lowQualScore : 11
lowQualScore : 4 3 33 2 2 444 5 2 444 11 444 0 5 2 33 5555 55 2 88 66 5555 22 2 33 33 6 33 33 2 1 2 33 1 2 3
lowQualScore : . . .. . . ... . . ... .. ... . . . .. .... .. . .. .. .... .. . .. .. . .. .. . . . .. . . .
lowQualScore : 0 5 77 7 0 555 0 5 444 00 444 6 1 5 44 3333 99 9 22 77 7777 99 7 77 99 7 99 44 9 2 9 33 8 0 3
consensus : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---CN-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACANACN-GT-CCC----CCA-AACGC--CATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
Reference ( gi|11856 ) : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAAT-GATCGA-CAGACGAC-GG---CT-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGACT-GT-CCC----CCA-AACAC--CATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11855 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-GG---CT-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGACT-GTCCCC----CCA-CACAA--CATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CGGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11857 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCACT-GATCGA-CAGACGAC-GG---CT-G---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CACCACATACA-GT-CCC----CCA-AACAC--CATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11858 : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAATTGATCGA-CAGACGAC-GG---CAAG---CATCATTGT--TC-C--CACAAA----T--CGTCACAGACT-GTTCCC----CCA-AACAA--CATTGTGAT--ATACTT--CT-A-C-CTGCCGTTCAT-GTGGAC-TTG-ACCTCC
gi|11859 : ATAC-CCAAGGTAT--C-CCATA-GATCGA-CAGACGAC-GG---CTTG---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CA-CACAGAA--GT-CCC----CAA-AACAC---ATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTG-C-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11860 : ATACTCAAGAGTAT--C-CTATT-GATCGAACAGACG-C-GG---CAAG---CATCATTG-CATT-CACCACAAA----TTTCGTCACAGACT-GT-TCC----CCA-AACACACCATTGTGAT--ATACTT--CT-A-C-CTGCC-TTCAT-GTGGCTTCTG-ACCTCC
gi|11861 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACAAC-GG---CT-G---CATCACTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGACT-GT-CC
gi|11862 : ATAC-CCTGTGTAT--C-CTAGC-ATCCAA-CATACGAC-TG---AT-G---CCTCATCTTCTGT-C--CAGATG----T--CATCGCAAACT-GT-CCC----CCA-CGTGT--CGTTGATAT--AAATTT--CA-ACT-CTACC-TTCAT-GTG
gi|11863 : TAC-CAAG-GTATTCC-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-CG---CT-G---CATCATTG-CATCTC--CACAAA----T--CGTCACAGACTGGT-CCCACCTCCA----AC--C-TTGTGATACACACTTGAAT-ACCTCTGCC-TTCAG-GTGGACTTTG-ACCTC
gi|11864 : TAC-CAAAGCTAT--CACCAGT-GATCGA-CAGACAACAGG---CT-GGCATATCATTGTCATC-C--CACACA----TT-CG-CACAGATT----TCC----CCA-AACAC--CATTGTGAT--ATACTT--CTAACC-CTGCC-TTCATAATGGACTGTGTACGTCC
gi|11865 : TAC-GAAGAAAAT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---CG-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACACA-GT-TCC----CCA-AAAGC--CATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11866 : AAGAAAAT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---CG-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACACA-GT-TCC----CCA-AAAGC--CATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11867 : GAGAAT--C-CCAAC-GATTCA-CACAAAAC-GG---CA-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACCAT----T--CGTCGCACACC-GT-TCC----CCA-AAAGC--CATTGTAAT--AAAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11869 : AT--C-CCAAC-GATTGA-CACACAAC-AG---CG-G---TGTCTCTACTATC-C--CACCAT----T--CGTTACATACA-GT-TCC----CCA-AAAGC--CATTGTAAT--AAATTT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11868 : AT--C-CCAAC-GATTGA-CATACGAC-GG---CG-G---TTTCCCTGT-ATC-C--CACCAG-------CGTAACACACA-GT--TC----CCA-AAAGC--CATTGTAAT--A-AATT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGTAGTCTG-CCCTCC
gi|11870 : AT--C-CTAGC--ATGGAGCAGACGAC-AG---CA-G---CATCTTTGTGATC-------AAAATTGT--CATCACATACC-GT-TCC----CCA-TTGTC--CATTATAAA--ATACTT--CT-ACT-CGACC-CTCAT--TGG
gi|11871 : -CAGACGAC-AGTTGCT-G---CGTCATT---ATC-C--CAGAAA----T--CGTCACAAACA-GT-ACC----CCATGTCA---CATTGT
Alignments
lowQualScore : 3 33 2 333 4 2 444 888 444 2 0 4 2 33 5555 55 1 55 2 33 5555 555555 33 1 0 33 2 2 0 2 0 2 0 5 3
lowQualScore : . .. . ... . . ... ... ... . . . . .. .... .. . .. . .. .... ...... .. . . .. . . . . . . . . .
lowQualScore : 6 44 5 888 7 4 111 111 111 4 1 2 4 22 0000 66 0 66 4 44 3333 333333 77 0 5 77 7 7 5 7 7 7 8 8 1
consensus : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-NG-T-CCC----CCAAACG-C--CATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
Reference ( family-823 ) : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACANAC-NG-T-CCC----CCAAACG-C--CATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
gi|11855 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-TCCCC----CCACACA-A--CATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CGGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11856 : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAAT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-T-CCC----CCAAACA-C--CATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11857 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCACT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CACCACATAC-AG-T-CCC----CCAAACA-C--CATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11858 : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAATTGATCGA-CAGACGAC-GG---CAA-G---CATCATTGT--TC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TGTT-CCC----CCAAACA-A--CATTGTGAT--ATACTT--CT-A-C-CTGCCGTTCAT-GTGGACT-TG-ACCTCC
gi|11859 : ATAC-CCAAGGTAT--C-CCATA-GATCGA-CAGACGAC-GG---CTT-G---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CA-CACAGA--AG-T-CCC----CAAAACA----CATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTG-C-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11860 : ATACTCAAGAGTAT--C-CTATT-GATCGAACAGACG-C-GG---C-AAG---CATCATTG-CATT-CACCACAAA----TTTCGTCACAGAC-TG-T-TCC----CCAAACA-CACCATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC--TGCC-TTCAT-GTGGCTTCTG-ACCTCC
gi|11861 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACAAC-GG---C-T-G---CATCACTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-T-CC
gi|11862 : ATAC-CCTGTGTAT--C-CTAGC-ATCCAA-CATACGAC-TG---A-T-G---CCTCATCTTCTGT-C--CAGATG----T--CATCGCAAAC-TG-T-CCC----CCACGTG-T--CGTTGATAT--AAATTT--CA-ACT-CTACC-TTCAT-GTG
gi|11863 : TAC-CAAGG-TATTCC-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-CG---C-T-G---CATCATTG-CATCTC--CACAAA----T--CGTCACAGACTGG-T-CCCACCTCCAA----C--C-TTGTGATACACACTTGAAT-ACCTCTGCC-TTCAG-GTGGACTTTG-ACCTC
gi|11864 : TAC-CAAAGCTAT--CACCAGT-GATCGA-CAGACAACAGG---C-T-GGCATATCATTGTCATC-C--CACACA----TT-CG-CACAGAT----T-TCC----CCAAACA-C--CATTGTGAT--ATACTT--CTAACC-CTGCC-TTCATAATGGACTGTGTACGTCC
gi|11865 : TAC-GAAGAAAAT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---C-G-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACAC-AG-T-TCC----CCAAAAG-C--CATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11866 : AT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---C-G-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACAC-AG-T-TCC----CCAAAAG-C--CATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11867 : aagaaaAT--C-CCAAC-GATTCA-CACAAAAC-GG---C-A-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACCAT----T--CGTCGCACAC-CG-T-TCC----CCAAAAG-C--CATTGTAAT--AAAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11868 : gagaAT--C-CCAAC-GATTGA-CATACGAC-GG---C-G-G---TTTCCCTGT-ATC-C--CACCAG-------CGTAACACAC-AG-T--TC----CCAAAAG-C--CATTGTAAT--AAA-TT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGTAGTCTG-CCCTCC
gi|11869 : AT--C-CCAAC-GATTGA-CACACAAC-AG---C-G-G---TGTCTCTACTATC-C--CACCAT----T--CGTTACATAC-AG-T-TCC----CCAAAAG-C--CATTGTAAT--AAATTT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11870 : AT--C-CTAGC--ATGGAGCAGACGAC-AG---C-A-G---CATCTTTGTGAT-------CAAAATTGT--CATCACATAC-CG-T-TCC----CC-ATTGTC--CATTATAAA--ATACTT--CT-ACT-CGACC-CTCAT--TGG
gi|11871 : -CAGACGAC-AGTTGC-T-G---CGTCATT---ATC-C--CAGAAA----T--CGTCACAAAC-AG-T-ACC----CCA
Alignments
lowQualScore : 3 33 2 333 4 2 444 888 444 2 0 4 2 33 5555 55 2 55 2 33 5555 444444 33 1 0 33 2 2 0 2 0 2 0 5 3
lowQualScore : . .. . ... . . ... ... ... . . . . .. .... .. . .. . .. .... ...... .. . . .. . . . . . . . . .
lowQualScore : 6 44 5 888 7 4 111 111 111 4 1 2 4 22 0000 66 2 66 4 44 3333 666666 77 0 5 77 7 7 5 7 7 7 8 8 1
consensus : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-NG-T-CCC----CCAA--ACG-CCATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
Reference ( family-823 ) : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-NG-T-CCC----CCAA--ACG-CCATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
gi|11855 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-TCCCC----CCAC--ACA-ACATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CGGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11856 : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAAT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-T-CCC----CCAA--ACA-CCATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11857 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCACT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CACCACATAC-AG-T-CCC----CCAA--ACA-CCATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11858 : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAATTGATCGA-CAGACGAC-GG---CAA-G---CATCATTGT--TC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TGTT-CCC----CCAA--ACA-ACATTGTGAT--ATACTT--CT-A-C-CTGCCGTTCAT-GTGGACT-TG-ACCTCC
gi|11859 : ATAC-CCAAGGTAT--C-CCATA-GATCGA-CAGACGAC-GG---CTT-G---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CA-CACAGA--AG-T-CCC----CAAA--ACA--CATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTG-C-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11860 : ATACTCAAGAGTAT--C-CTATT-GATCGAACAGACG-C-GG---C-AAG---CATCATTG-CATT-CACCACAAA----TTTCGTCACAGAC-TG-T-TCC----CCAAACACA-CCATTGTGAT--ATACTT--CT-A-C-CTGCC-TTCAT-GTGGCTTCTG-ACCTCC
gi|11861 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACAAC-GG---C-T-G---CATCACTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-T-CC
gi|11862 : ATAC-CCTGTGTAT--C-CTAGC-ATCCAA-CATACGAC-TG---A-T-G---CCTCATCTTCTGT-C--CAGATG----T--CATCGCAAAC-TG-T-CCC----CCAC--GTG-TCGTTGATAT--AAATTT--CA-ACT-CTACC-TTCAT-GTG
gi|11863 : TAC-CAAGG-TATTCC-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-CG---C-T-G---CATCATTG-CATCTC--CACAAA----T--CGTCACAGACTGG-T-CCCACCTCCAA------CC-TTGTGATACACACTTGAAT-ACCTCTGCC-TTCAG-GTGGACTTTG-ACCTC
gi|11864 : TAC-CAAAGCTAT--CACCAGT-GATCGA-CAGACAACAGG---C-T-GGCATATCATTGTCATC-C--CACACA----TT-CG-CACAGAT----T-TCC----CCAA--ACA-CCATTGTGAT--ATACTT--CTAACC-CTGCC-TTCATAATGGACTGTGTACGTCC
gi|11865 : TAC-GAAGAAAAT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---C-G-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACAC-AG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11866 : AT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---C-G-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACAC-AG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11867 : aagaaaAT--C-CCAAC-GATTCA-CACAAAAC-GG---C-A-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACCAT----T--CGTCGCACAC-CG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AAAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11868 : gagaAT--C-CCAAC-GATTGA-CATACGAC-GG---C-G-G---TTTCCCTGT-ATC-C--CACCAG-------CGTAACACAC-AG-T--TC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AAA-TT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGTAGTCTG-CCCTCC
gi|11869 : AT--C-CCAAC-GATTGA-CACACAAC-AG---C-G-G---TGTCTCTACTATC-C--CACCAT----T--CGTTACATAC-AG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AAATTT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11870 : AT--C-CTAGC--ATGGAGCAGACGAC-AG---C-A-G---CATCTTTGTGAT-------CAAAATTGT--CATCACATAC-CG-T-TCC----CC-A--TTGTCCATTATAAA--ATACTT--CT-ACT-CGACC-CTCAT--TGG
gi|11871 : -CAGACGAC-AGTTGC-T-G---CGTCATT---ATC-C--CAGAAA----T--CGTCACAAAC-AG-T-ACC----CCA
Alignments
lowQualScore : 3 33 2 333 4 2 444 888 444 2 0 4 2 33 5555 55 2 55 2 33 5555 444444 33 1 0 33 2 2 0 2 0 2 0 5 3
lowQualScore : . .. . ... . . ... ... ... . . . . .. .... .. . .. . .. .... ...... .. . . .. . . . . . . . . .
lowQualScore : 6 44 5 888 7 4 111 111 111 4 1 2 4 22 0000 66 2 66 4 44 3333 666666 77 0 5 77 7 7 5 7 7 7 8 8 1
consensus : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-NG-T-CCC----CCAA--ACG-CCATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
Reference ( family-823 ) : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-NG-T-CCC----CCAA--ACG-CCATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
gi|11855 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-TCCCC----CCAC--ACA-ACATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CGGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11856 : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAAT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-T-CCC----CCAA--ACA-CCATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11857 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCACT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CACCACATAC-AG-T-CCC----CCAA--ACA-CCATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11858 : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAATTGATCGA-CAGACGAC-GG---CAA-G---CATCATTGT--TC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TGTT-CCC----CCAA--ACA-ACATTGTGAT--ATACTT--CT-A-C-CTGCCGTTCAT-GTGGACT-TG-ACCTCC
gi|11859 : ATAC-CCAAGGTAT--C-CCATA-GATCGA-CAGACGAC-GG---CTT-G---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CA-CACAGA--AG-T-CCC----CAAA--ACA--CATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTG-C-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11860 : ATACTCAAGAGTAT--C-CTATT-GATCGAACAGACG-C-GG---C-AAG---CATCATTG-CATT-CACCACAAA----TTTCGTCACAGAC-TG-T-TCC----CCAAACACA-CCATTGTGAT--ATACTT--CT-A-C-CTGCC-TTCAT-GTGGCTTCTG-ACCTCC
gi|11861 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACAAC-GG---C-T-G---CATCACTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-T-CC
gi|11862 : ATAC-CCTGTGTAT--C-CTAGC-ATCCAA-CATACGAC-TG---A-T-G---CCTCATCTTCTGT-C--CAGATG----T--CATCGCAAAC-TG-T-CCC----CCAC--GTG-TCGTTGATAT--AAATTT--CA-ACT-CTACC-TTCAT-GTG
gi|11863 : TAC-CAAGG-TATTCC-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-CG---C-T-G---CATCATTG-CATCTC--CACAAA----T--CGTCACAGACTGG-T-CCCACCTCCAA------CC-TTGTGATACACACTTGAAT-ACCTCTGCC-TTCAG-GTGGACTTTG-ACCTC
gi|11864 : TAC-CAAAGCTAT--CACCAGT-GATCGA-CAGACAACAGG---C-T-GGCATATCATTGTCATC-C--CACACA----TT-CG-CACAGAT----T-TCC----CCAA--ACA-CCATTGTGAT--ATACTT--CTAACC-CTGCC-TTCATAATGGACTGTGTACGTCC
gi|11865 : TAC-GAAGAAAAT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---C-G-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACAC-AG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11866 : AT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---C-G-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACAC-AG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11867 : aagaaaAT--C-CCAAC-GATTCA-CACAAAAC-GG---C-A-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACCAT----T--CGTCGCACAC-CG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AAAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11868 : gagaAT--C-CCAAC-GATTGA-CATACGAC-GG---C-G-G---TTTCCCTGT-ATC-C--CACCAG-------CGTAACACAC-AG-T--TC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AAA-TT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGTAGTCTG-CCCTCC
gi|11869 : AT--C-CCAAC-GATTGA-CACACAAC-AG---C-G-G---TGTCTCTACTATC-C--CACCAT----T--CGTTACATAC-AG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AAATTT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11870 : AT--C-CTAGC--ATGGAGCAGACGAC-AG---C-A-G---CATCTTTGTGAT-------CAAAATTGT--CATCACATAC-CG-T-TCC----CC-A--TTGTCCATTATAAA--ATACTT--CT-ACT-CGACC-CTCAT--TGG
gi|11871 : -CAGACGAC-AGTTGC-T-G---CGTCATT---ATC-C--CAGAAA----T--CGTCACAAAC-AG-T-ACC----CCA
blockSeqs : T TC A ATT A A TTG AA GCA A C T AC ATTG TT G TG T C ACCT ACACA AC T GA A T G A T T
blockSeqs : . . . AT G . . TT . A C . . . T T T . C . TTGT . C . . . . . T .
blockSeqs : . . . CT . . . AA . A C . . . . G A . C . ACA . T . . . . . T .
blockSeqs : . . . TA . . . T . A C . . . . G T . C . ACA . T . . . . . C .
blockSeqs : . . . TT . . . T . A C . . . . G A . T . ACA . T . . . . . T .
blockSeqs : . . . GT . . . T . A C . . . . G T . C . ACA . A . . . . . G .
blockSeqs : . . . GC . . . T . C C . . . . A T . C . GTG . C . . . . . G .
blockSeqs : . . . GT . . . T . A C . . . . G T . C . ACA . T . . . . . G .
blockSeqs : . . . GT . . . T . A A . . . . G A . T . AAG . G . . . . . C .
blockSeqs : . . . AC . . . G . G A . . . . C A . T . AAG . G . . . . . C .
blockSeqs : . . AC . . . G . G A . . . . C C . T . AAG . A . . . . . C .
blockSeqs : . . AC . . . A . G T . . . . C A . T . AAG . A . . . . . . .
blockSeqs : . . AC . . . G . T G . . . . C A . T . AAG . A . . . . .
blockSeqs : . . AC . . . G . G . . . . . T C . T . . . T . . . . .
blockSeqs : . . GC . . . A . A . . . . . T A . A .
blockSeqs : . . . T . G . . . . . A . . .
blockSeqCons : C*
originalCons : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-NG-T-CCC----CCAA--ACG-CCATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
finalCons : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-NG-TC-CC----CCAA--ACG-CCATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
Alignments
lowQualScore : 3 33 2 333 4 2 444 888 444 2 0 4 2 33 5555 55 2 55 2 33 5555 444444 33 1 0 33 2 2 0 2 0 2 0 5 3
lowQualScore : . .. . ... . . ... ... ... . . . . .. .... .. . .. . .. .... ...... .. . . .. . . . . . . . . .
lowQualScore : 6 44 5 888 7 4 111 111 111 4 1 2 4 22 0000 66 2 66 4 44 3333 666666 77 0 5 77 7 7 5 7 7 7 8 8 1
consensus : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-NG-T-CCC----CCAA--ACG-CCATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
Reference ( family-823 ) : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGC-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-N-G---CGTCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-NG-T-CCC----CCAA--ACG-CCATTGTGAT--ANACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCGT-GTGGACTCTG-ACCTCC
gi|11855 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-TCCCC----CCAC--ACA-ACATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CGGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11856 : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAAT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-T-CCC----CCAA--ACA-CCATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11857 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCACT-GATCGA-CAGACGAC-GG---C-T-G---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CACCACATAC-AG-T-CCC----CCAA--ACA-CCATTGTGAT--ACACTT--CT-ACC-CTGCC-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11858 : ATAC-CAAGAGTAT--C-CTAATTGATCGA-CAGACGAC-GG---CAA-G---CATCATTGT--TC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TGTT-CCC----CCAA--ACA-ACATTGTGAT--ATACTT--CT-A-C-CTGCCGTTCAT-GTGGACT-TG-ACCTCC
gi|11859 : ATAC-CCAAGGTAT--C-CCATA-GATCGA-CAGACGAC-GG---CTT-G---CATCATTGTCATC-C--CAGAAA----T--CA-CACAGA--AG-T-CCC----CAAA--ACA--CATTGTGAT--ATACTT--CT-ACC-CTG-C-TTCAT-GTGGACTTTG-ACCTCC
gi|11860 : ATACTCAAGAGTAT--C-CTATT-GATCGAACAGACG-C-GG---C-AAG---CATCATTG-CATT-CACCACAAA----TTTCGTCACAGAC-TG-T-TCC----CCAAACACA-CCATTGTGAT--ATACTT--CT-A-C-CTGCC-TTCAT-GTGGCTTCTG-ACCTCC
gi|11861 : ATAC-CAAGGGTAT--C-CCAGT-GATCGA-CAGACAAC-GG---C-T-G---CATCACTGTCATC-C--CACAAA----T--CGTCACAGAC-TG-T-CC
gi|11862 : ATAC-CCTGTGTAT--C-CTAGC-ATCCAA-CATACGAC-TG---A-T-G---CCTCATCTTCTGT-C--CAGATG----T--CATCGCAAAC-TG-T-CCC----CCAC--GTG-TCGTTGATAT--AAATTT--CA-ACT-CTACC-TTCAT-GTG
gi|11863 : TAC-CAAGG-TATTCC-CCAGT-GATCGA-CAGACGAC-CG---C-T-G---CATCATTG-CATCTC--CACAAA----T--CGTCACAGACTGG-T-CCCACCTCCAA------CC-TTGTGATACACACTTGAAT-ACCTCTGCC-TTCAG-GTGGACTTTG-ACCTC
gi|11864 : TAC-CAAAGCTAT--CACCAGT-GATCGA-CAGACAACAGG---C-T-GGCATATCATTGTCATC-C--CACACA----TT-CG-CACAGAT----T-TCC----CCAA--ACA-CCATTGTGAT--ATACTT--CTAACC-CTGCC-TTCATAATGGACTGTGTACGTCC
gi|11865 : TAC-GAAGAAAAT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---C-G-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACAC-AG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11866 : AT--C-CCAAC-GATTCA-CATACGAC-GG---C-G-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACGAT----T--CGTCACACAC-AG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AGAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTGTG-TCCTCC
gi|11867 : aagaaaAT--C-CCAAC-GATTCA-CACAAAAC-GG---C-A-G---TGTCTCTGTAATC-C--CACCAT----T--CGTCGCACAC-CG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AAAGTT--CA-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11868 : gagaAT--C-CCAAC-GATTGA-CATACGAC-GG---C-G-G---TTTCCCTGT-ATC-C--CACCAG-------CGTAACACAC-AG-T--TC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AAA-TT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGTAGTCTG-CCCTCC
gi|11869 : AT--C-CCAAC-GATTGA-CACACAAC-AG---C-G-G---TGTCTCTACTATC-C--CACCAT----T--CGTTACATAC-AG-T-TCC----CCAA--AAG-CCATTGTAAT--AAATTT--CC-ACT-CTTCC-TTCGT-ATGGAGTCTG-GCCTCC
gi|11870 : AT--C-CTAGC--ATGGAGCAGACGAC-AG---C-A-G---CATCTTTGTGAT-------CAAAATTGT--CATCACATAC-CG-T-TCC----CC-A--TTGTCCATTATAAA--ATACTT--CT-ACT-CGACC-CTCAT--TGG
gi|11871 : -CAGACGAC-AGTTGC-T-G---CGTCATT---ATC-C--CAGAAA----T--CGTCACAAAC-AG-T-ACC----CCA