lowQualScore                  :                   555555555                                                          
lowQualScore                  :                   222222222 22 2    888888             2 2    5    2                 
lowQualScore                  :                   ......... .. .    ......             . .    .    .                 
lowQualScore                  :                   333333333 00 5    999999             4 4    9    4                 
consensus                     :     CCCTGGTTTCACGTAGGAACGT-TCTTTTCCC--TGTCCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
Reference ( gi|116048 )       :     CCCTGGTTTCACGT-GGAACGTTTCTTTTCCC--TGTTCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGATTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
gi|116040                     :     CCCTGGTTTCACGTAGGAACGTTTCTTTTCCC--TG-TCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGATTGTAATGACCATCTGCCTCTG
gi|116043                     : ggcaCCCTGATTTCACGTAGGAACGTTTATGTTCCC--TGTTCTGGATGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATTACCATCTGCCTCT
gi|116044                     : ggcaCCCTGGTTTCATGTAGGAACGTTTAATTTCCC--TGTTCTGGATGTCTGGT-T-TTGGGGTGT-ATTACCATCTGCCTCT
gi|116037                     : ggcaCCCTGGTTTCACGT-G------------TCCC--------GGGTGTCTGGT-C-TTGGATTGT-ATGACCATCTGCCTTTG
gi|116045                     : ggcaCCCTGATTTCATGTAGGAATGTGTCTT--CCA--AGTCCTGGGTGTCCGGT-CCTTGGGTTGT-ATGACAATCTGCCCCTG
gi|116038                     : ggcgCCCTGGTTTCATGT-G-------TCTTT-------------GGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGAGCATCTGTCTCTG
gi|116050                     : ggcgCCCTGGTTTCTCG--GG------TCCACTCCC--T-T----GATGTCTGGT-C-TTGTGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
gi|116047                     :     CCCTGGTTTCACGT-G--------------------TCCTGGGTGTCTGGT---------TAT-ATGACCATTTGCCTTTG
gi|116039                     :   gcgCCTGGTTTCACGT-G-------TCTT-------------GGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCAT
gi|116052                     :                          ggcgaTTTCCC--TGTTCTGGGTGTCTGAT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCT
gi|116053                     :                               TTTCCC--TGTTCTGGGCGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACGACCTGCCTCTG
gi|116054                     :                               TTTCCC--TGTCCTTGGTGTCTGGTGC-TTTGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
gi|116049                     :                               TTTCGCATTGTTCTGGGTGTATTGT-C-TTTGGTTGT-ATGACCACCTGCCTCTG
gi|116042                     :                         ccctggTTTCACG-TGACCTGGGTGTCTGGT-C-TTGAATTGT-----CCATCTGCTTATG
gi|116041                     :                           ggcgccctaa--TGTCCTGGGTATCTGGT-C-TTGGGTTTA-ATGACCATTTGCCTCTG
gi|116046                     :                    ggcgcgctggattcatg--TGTCTTAGGTGTCTGGT-C-TTGAGTTGT-ATGACCATCTG
gi|116051                     :                     gcgccctggattcacg--TGCCCTGGGTGTTTGGT-C-TTAT-TTGT-ATGACCATCTGCCCCTG





Alignments
lowQualScore                  :                               4444444444444444                                                       
lowQualScore                  :                               1111111111111111      77   2             2 2         2                 
lowQualScore                  :                               ................      ..   .             . .         .                 
lowQualScore                  :                               6666666666666666      55   3             2 2         2                 
consensus                     :                 CCCTGGTTTCACGTAGGAACG-T-TC-T--TTTCCC--TGTCCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
Reference ( family-821 )      :                 CCCTGGTTTCACGTAGGAACG-T-TC-T--TTTCCC--TGTCCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
gi|116037                     :                 CCCTGGTTTCACGT-------------------------GTCCCGGGTGTCTGGT-C-TTGGATTGT-ATGACCATCTGCCTTTG
gi|116038                     :             ggcaCCCTGGTTTCATGTG---------TC-T--TT-------------GGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGAGCATCTGTCTCTG
gi|116039                     :                                         ggcg--TTTCACG-TGTCTTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCAT
gi|116040                     :       ggcgacctggCCCTGGTTTCACGTAGGAACGTT-TC-T--TTTCCC--TGT-CTGGGTGTCTGGT-C-TTGGATTGTAATGACCATCTGCCTCTG
gi|116041                     :                                                 ggca--TGTCCTGGGTATCTGGT-C-TTGGGTTTA-ATGACCATTTGCCTCTG
gi|116042                     :                            ggcgcgctggattcatg--TTTCACG-TGACCTGGGTGTCTGGT-C-TTGAATTGT-----CCATCTGCTTATG
gi|116043                     :       ggcgccctaaCCCTGATTTCACGTAGGAACG-T-TTAT--GTTCCC--TGTTCTGGATGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATTACCATCTGCCTCT
gi|116044                     :             ggcaCCCTGGTTTCATGTAGGAACG-T-T--TAATTTCCC--TGTTCTGGATGTCTGGT-T-TTGGGGTGT-ATTACCATCTGCCTCT
gi|116045                     :             ggcaCCCTGATTTCATGTAGGAATG-TGTC-T--T--CCA--AGTCCTGGGTGTCCGGT-CCTTGGGTTGT-ATGACAATCTGCCCCTG
gi|116046                     :                                                 ggcg--TGTCTTAGGTGTCTGGT-C-TTGAGTTGT-ATGACCATCTG
gi|116047                     : gcgccctggattcacgCCCTGGTTTCACGT-------------------------GTCCTGGGTGTCTGGT---------TAT-ATGACCATTTGCCTTTG
gi|116048                     :              gcgCCCTGGTTTCACGT-GGAACGTT-TC-T--TTTCCC--TGTTCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGATTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
gi|116049                     :                                             --TTTCGCATTGTTCTGGGTGTATTGT-C-TTTGGTTGT-ATGACCACCTGCCTCTG
gi|116050                     :           ccctggCCCTGGTTTCTCG--GG-------TC-C--ACTCCC--T-T----GATGTCTGGT-C-TTGTGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
gi|116051                     :                                                     --TGCCCTGGGTGTTTGGT-C-TTAT-TTGT-ATGACCATCTGCCCCTG
gi|116052                     :                                ccctgatttatcg--TTTCCC--TGTTCTGGGTGTCTGAT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCT
gi|116053                     :                                             --TTTCCC--TGTTCTGGGCGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACGACCTGCCTCTG
gi|116054                     :                                             --TTTCCC--TGTCCTTGGTGTCTGGTGC-TTTGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG





Alignments
lowQualScore                  :                               4444444444444444                                                       
lowQualScore                  :                               1111111111111111      77   2             2 2         2                 
lowQualScore                  :                               ................      ..   .             . .         .                 
lowQualScore                  :                               6666666666666666      55   3             2 2         2                 
consensus                     :                 CCCTGGTTTCACGTAGGAACG-T-TC-T--TTTCCC--TGTCCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
Reference ( family-821 )      :                 CCCTGGTTTCACGTAGGAACG-T-TC-T--TTTCCC--TGTCCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
gi|116037                     :                 CCCTGGTTTCACGT-------------------------GTCCCGGGTGTCTGGT-C-TTGGATTGT-ATGACCATCTGCCTTTG
gi|116038                     :             ggcaCCCTGGTTTCATGTG---------TC-T--TT-------------GGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGAGCATCTGTCTCTG
gi|116039                     :                                         ggcg--TTTCACG-TGTCTTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCAT
gi|116040                     :       ggcgacctggCCCTGGTTTCACGTAGGAACGTT-TC-T--TTTCCC--TGT-CTGGGTGTCTGGT-C-TTGGATTGTAATGACCATCTGCCTCTG
gi|116041                     :                                                 ggca--TGTCCTGGGTATCTGGT-C-TTGGGTTTA-ATGACCATTTGCCTCTG
gi|116042                     :                            ggcgcgctggattcatg--TTTCACG-TGACCTGGGTGTCTGGT-C-TTGAATTGT-----CCATCTGCTTATG
gi|116043                     :       ggcgccctaaCCCTGATTTCACGTAGGAACG-T-TTAT--GTTCCC--TGTTCTGGATGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATTACCATCTGCCTCT
gi|116044                     :             ggcaCCCTGGTTTCATGTAGGAACG-T-T--TAATTTCCC--TGTTCTGGATGTCTGGT-T-TTGGGGTGT-ATTACCATCTGCCTCT
gi|116045                     :             ggcaCCCTGATTTCATGTAGGAATG-TGTC-T--T--CCA--AGTCCTGGGTGTCCGGT-CCTTGGGTTGT-ATGACAATCTGCCCCTG
gi|116046                     :                                                 ggcg--TGTCTTAGGTGTCTGGT-C-TTGAGTTGT-ATGACCATCTG
gi|116047                     : gcgccctggattcacgCCCTGGTTTCACGT-------------------------GTCCTGGGTGTCTGGT---------TAT-ATGACCATTTGCCTTTG
gi|116048                     :              gcgCCCTGGTTTCACGT-GGAACGTT-TC-T--TTTCCC--TGTTCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGATTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
gi|116049                     :                                             --TTTCGCATTGTTCTGGGTGTATTGT-C-TTTGGTTGT-ATGACCACCTGCCTCTG
gi|116050                     :           ccctggCCCTGGTTTCTCG--GG-------TC-C--ACTCCC--T-T----GATGTCTGGT-C-TTGTGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
gi|116051                     :                                                     --TGCCCTGGGTGTTTGGT-C-TTAT-TTGT-ATGACCATCTGCCCCTG
gi|116052                     :                                ccctgatttatcg--TTTCCC--TGTTCTGGGTGTCTGAT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCT
gi|116053                     :                                             --TTTCCC--TGTTCTGGGCGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACGACCTGCCTCTG
gi|116054                     :                                             --TTTCCC--TGTCCTTGGTGTCTGGTGC-TTTGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG


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blockSeqs                     :                               AGGAACGTTTAT          G    C             . .         .
blockSeqs                     :                               AGGAACGTTTAA          G    C             . .         .
blockSeqs                     :                               AGGAATGTGTCT          .    T             . .         .
blockSeqs                     :                               GGAACGTTTCT           .    T             . .         .
blockSeqs                     :                               GGTCC                 .    C             . .         .
blockSeqs                     :                               GTCT                  .    C             . .         .
blockSeqs                     :                               .                     .    C             . .         .
blockSeqs                     :                                                     .    T             . .         .
blockSeqs                     :                                                     .    T             . .         .
blockSeqs                     :                                                     .    C             . .         .
blockSeqs                     :                                                     .    T             . .         .
blockSeqs                     :                                                     .    T             . .         .
blockSeqs                     :                                                     .    C             . .         .
blockSeqs                     :                                                     .    .             . .         .
blockSeqs                     :                                                     .    .             . .         .
blockSeqs                     :                                                     .    .             . .         .


blockSeqCons                  :                               AGGAACGTTTCT****
originalCons                  :                 CCCTGGTTTCACGTAGGAACG-T-TC-T--TTTCCC--TGTCCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
finalCons                     :                 CCCTGGTTTCACGTAGGAACGTTTCT----TTTCCC--TGTCCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG





Alignments
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lowQualScore                  :                               333333333333      77   0             2 2         2                 
lowQualScore                  :                               ............      ..   .             . .         .                 
lowQualScore                  :                               444444444444      55   9             2 2         2                 
consensus                     :                 CCCTGGTTTCACGTAGGAACGTTTCTTTTCCC--TGTCCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
Reference ( family-821 )      :                 CCCTGGTTTCACGTAGGAACGTTTCTTTTCCC--TGTCCTGGGTGTCTGGT-C-TTGGGTTGT-ATGACCATCTGCCTCTG
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gi|116047                     : gcgccctggattcacgCCCTGGTTTCACGT---------------------GTCCTGGGTGTCTGGT---------TAT-ATGACCATTTGCCTTTG
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