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lowQualScore                  :     .       .    . ..   .. . . .  .  .   . . .  .  ...... ..    .  .......   . .  ....     .   .  . ..  . .  .  ..   .....  . . .....       .. .. . .   .   ...  .   .. . ..     ..     .  .. ...     .......  ...........      . . .....     
lowQualScore                  :     3       1    1 22   99 9 9 9  9  9   7 9 9  9  999999 99    5  8888888   5 0  8888     0   0  5 88  5 5  0  44   99999  5 0 22222       22 99 4 4   4   111  7   99 4 44     22     4  55 222     6666666  66666666666      4 0 55555     
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Reference ( gi|116518 )       : GTGT-CTATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-T-GC-AT-ATT-T-G-CA-AC------A--GAAACAC-ATAGTTCTA-A-AT-A--AAATG-TAC-AA-A-TCA-A-TT-GA--TGT-G---GC-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCA-TAC---AG-TAC--A-AT-TAACA--AGCAG-AAG-A---TGTCC-------CC--------G-GTTACAT-G-T----AAATGT
gi|116521                     : GTGT-CTATAAT-GACG-A--AAC--G-A-T-GC-AT-ATT-T-G-CA-AC------A--GAAACAC-ATAGGTCTA-A-AT-G--AAATG-TAC-AA-A-CCA-A-TT-GA--TGT-G---GT-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCG-TAC---AG-TAC--A-AT-TAAGA--AGCAG-AAG-A---TATCC-------CC--------G-ATTATAT-
gi|116520                     : GTGT-CTATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-T-GC-AT-ATT-T-G-CA-AC------A---AAACAC-ATAGT-CTA-A-AT-G--AAATG-TAC-AA-A-CCA-A-TT-GAACGGT-G---GC-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCA-TAC---AG-TAT--A-GT-TAACA--AGCAG-AAG-A---TGTCC-------CC--------G-ATTACAT-G-
gi|116522                     : GTGTTCTATAAT-GAAG-A--AAC--G-A-T-GC-AT-ATT-T-G-CA-AC------A--GAAACTC-ATAGGTCTA-A-AT-G--AAATG-TGCAAA-A-CCA-A-TT-TA--TGT-T---GT-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCA-TAC---AG-TAC--A-AT-TAACA--AGC----AG-A---TGTCC-------CC--------G-ATTACAT-G-T----AAATGT
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gi|116527                     : GTGT-CTACAA--GAAG-A--AAC--G-A-T-GC-ATCATT-T-G-CA-AC------A--GAAG----ACAGTTCTA-A-AT-G--AAATG-TAC-AA-A---A-A-TT-GA--TGT-G------C-A-----TAATCTA--ATTA-C-TCA--AC---AG--AC--A-AT-TAACA--AGCAG-AA--A---TG-CC-------CC--------G-ATTACAT---T-----AATGT
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Alignments
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lowQualScore                  :     .       .     ..  . ..  . .   . .   . .  . .  ......     .    .... ..     . . ..     .  .   .  . .   . .  .  ..   .. ...  . . .....       .. .. . .   . ...    .   .. . ..     ..     .  .. ...     .......  ........ .       . . .....     
lowQualScore                  :     1       9     99  7 77  3 7   7 7   3 7  7 7  000000     7    4444 77     4 7 22     7  7   1  4 4   4 4  7  22   66 111  4 7 99999       11 33 2 2   2 999    4   55 2 77     11     2  77 888     2222222  11111111 7       2 7 55555     
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Reference ( family-820 )      : GTGT-CTATAAT-GAAGA--AA-C--GA-T-GCA-T-ATT-T-GC-A-AC------AGAAA-CACAT--AG--GTCTA-A-A--TGAAA-TG-TAC-AA-A-CCA-A-TT-GA--TGT--G---GC-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCA-T---ACAG-TAC--A-AT-TAACA--AGCAG-AAG-A---TGTCC-------CC--------G-ATTACAT-G-T----AAATGT
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gi|116519                     : GTGT-CTGTAAT-GAAGA--AA-C--AA-T-GC--T-ATT-T-GC-A-AC------AGAAA--ACAC--AG--GTCTACA-A--TGAAA-TGATACAAA-A-CCA-ATTT-GG--TGT--G---GC-T-A-----TACTCTA--A--A-C-TAT-T---ACAG-TACA-A-AT-TAATA--AGCAG-AAG-A---TGT-C-------CC--------G-ATTACAT-G-T----AAATGT
gi|116520                     : GTGT-CTATAAT-GAAGA--AA-C--GA-T-GCA-T-ATT-T-GC-A-AC------A-AAA-CACAT--AG---TCTA-A-A--TGAAA-TG-TAC-AA-A-CCA-A-TT-GAACGGT--G---GC-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCA-T---ACAG-TAT--A-GT-TAACA--AGCAG-AAG-A---TGTCC-------CC--------G-ATTACAT-G-
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gi|116530                     :  TGT-CTATAAT-GAAGA--AA-C--GA-T-GCA-T-ATT-C-GC-A-ACGTTAACAGAAA-CACAT----------------------------C-AA-A-CCA-A-TT-GA--TGT--G---GC-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCA-T---ACAG-TAC--A-AT-TAACA--AGCAG-ATA-A---TGTCC-------CC--------G-GTTACTT-G-T----AAATGT
gi|116531                     :         TAAT-GTAGATGAA-A--TA-T-GCA-T-ATT-TTGC-A-AC------ATAGA-AACAT--TGTAGTCTA-A-A--TGAAA-TG-TAC-AA-A-CCACA-TT-GA--T-T--G---GC-T-ATGAATTACTCTA--A-TA-C-TCATT---ACAGCTAC--ATAT-TAACA--A-C-G-AAG-T---TGT-C-------CC--------G-A-TACAT-G-T-----AATGT
gi|116532                     :                      A-C--GA-T-GCT-T-ATT-T-AC-A-AC------AGAAA-CACAT--AT--GTCAA-A-A--TGAAA-TG-TAC------------------------------------------TCTA--A-TA-C-TCA-T---ACAT-TAC--A-AT-TAACA--AGCAG-AAA-A---TG-CC-------CC--------G-ATTACAT-G-T-----AATGT
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gi|116535                     :                                                                                                                                              A--A-TA-C-TCA-T---ACAG-TAC--C-AT-TAACA--AGC---AAA-A---TGTCC-------CC--------G-ATTACAT-G-TTTACAAATGT





Alignments
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lowQualScore                  :     .       .     ..  . ..  . .   . .   . .  . .  ......     .    .... ..     . . ..     .  .   .  . .   . .  .  ..   .. ...  . . .....       .. .. . .   . ...    .   .. . ..     ..     .  .. ...     .......  ........ .       . . .....     
lowQualScore                  :     1       9     99  7 77  3 7   7 7   3 7  7 7  000000     7    4444 77     4 7 22     7  7   1  4 4   4 4  7  22   66 111  4 7 99999       11 33 2 2   2 999    4   55 2 77     11     2  77 888     2222222  11111111 7       2 7 55555     
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Reference ( family-820 )      : GTGT-CTATAAT-GAAGA--AA-C--GA-T-GCA-T-ATT-T-GC-A-AC------AGAAA-CACAT--AG--GTCTA-A-A--TGAAA-TG-TAC-AA-A-CCA-A-TT-GA--TGT--G---GC-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCA-T---ACAG-TAC--A-AT-TAACA--AGCAG-AAG-A---TGTCC-------CC--------G-ATTACAT-G-T----AAATGT
gi|116518                     : GTGT-CTATAAT-GAAGA--AA-C--GA-T-GCA-T-ATT-T-GC-A-AC------AGAAA-CACAT--AG--TTCTA-A-A--TAAAA-TG-TAC-AA-A-TCA-A-TT-GA--TGT--G---GC-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCA-T---ACAG-TAC--A-AT-TAACA--AGCAG-AAG-A---TGTCC-------CC--------G-GTTACAT-G-T----AAATGT
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gi|116527                     : GTGT-CTACAA--GAAGA--AA-C--GA-T-GCA-TCATT-T-GC-A-AC------AGAAG----AC--AG--TTCTA-A-A--TGAAA-TG-TAC-AA-A---A-A-TT-GA--TGT--G------C-A-----TAATCTA--ATTA-C-TCA-----ACAG--AC--A-AT-TAACA--AGCAG-AA--A---TG-CC-------CC--------G-ATTACAT---T-----AATGT
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blockSeqs                     :     .       .     .   . .   . .   . .   . .  . .  .          .    TA   .      . . .      .  .   .  . .   . .  .  .    .  .    . . .           .  C  . .   . .      .   .  . T      .      .  G  .       .        .        .       . . A    
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blockSeqs                     :     .       .     .   . .   . .   . .   . .  . .  .          .    CA   .      . . .      .  .   .  . .   . .  .  .    .  .    . . .           .  T  . .   . .      .   .  . G      .      .  G  .       .        .        .       . . A    
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blockSeqs                     :                                                                                                                                               .  .  . .   . .      .   .  . .      .      .  .  .       .        .        .       .        


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Reference ( family-820 )      : GTGT-CTATAAT-GAAGA--AA-C--GA-T-GCA-T-ATT-T-GC-A-AC------AGAAA-CACAT--AG--GTCTA-A-A--TGAAA-TG-TAC-AA-A-CCA-A-TT-GA--TGT--G---GC-T-A-----TACTCTA--A-TA-C-TCA-T---ACAG-TAC--A-AT-TAACA--AGCAG-AAG-A---TGTCC-------CC--------G-ATTACAT-G-T----AAATGT
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