lowQualScore : 1 2222 2222222222222222
lowQualScore : 0 3 8 2 1 4444 55 0 2 66 2 333 44 4 88 5555555555555555 2 0 2 8 6
lowQualScore : . . . . . .... .. . . .. . ... .. . .. ................ . . . . .
lowQualScore : 0 2 8 8 4 3333 00 4 0 77 0 555 55 0 88 4444444444444444 4 8 0 8 3
consensus : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTTTG--AAAAAGCGTG-AATTTTANT-GTAC---AG-NC-TGT--ACAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACANATCACATGTATG
Reference ( gi|13417 ) : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGTGGAAATTCGAATTCAAGGCAATTT----TTTTG--AAAAAGCGTG-AATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT--ACAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13418 : GAGATTTTAAAGTAAT-GGTGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTTGG--AAAAAGCGTG-AATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT--ACAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13419 : GAGATTTTAATGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTTAAATTCAAGGCAATTT----TTTTCTTAAAAAGGGTG-AATGTTATT-GTAC---AG-AC-TGT--ACAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGC--ATTTTTTAT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13420 : GAGATTCTAAAGTAATTGGCGACTTGCAGAAGCCAAA-TGCAGAAATTCAAACTAAAGGCA-TTT----TCTTG--AAAAAGTGTG-AATTTTTTTTGTAC---AG-AC-TGT--ACAGCATAA--A---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-TTGTTTTGT-ACAGGCTGTACATATCAAATGTATG
gi|13421 : AAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAATGAGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTA----TTTTG--AAAAAGCGTG-AATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT--ACAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13425 : GAATTCAA--------------TTA--AAAAAGTGTA-CATTTTTTT-GTAC---AG-TC-TGT--ACA
gi|13422 : agcatgaattttggtgtactgcagactgtacagcgtCAATTTATCATTTTG--------TGTG-AATTTTGGT-GTAC---AG-GC--GTG-ACAGCGTGA-------ATGCTAT--TGAAAAAGTGTGCATTTTTTTTGT-ACAGTCCGTACATATCACATGTtatcacatgtatg
gi|13423 : CAATTTATCATTTAG--AA------TG-AATTTTAAT-GTAC---AGGAG-TG---ACAG--TGG--G---AACG--AGATTGAAAAAGTGTGCA-AATTT--GT-GCAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13428 : TTTG--AAAAAGTGTG-CATTTTTTT-TTAC---AG-TC-TGT--ACA
gi|13429 : aacatgaattttggtgtacaggcggtacagcgtgattgcaTTG--AAAAAGTGTG-CAGTTTTTT-GCAC---AG-TC-TGT--A
gi|13431 : gcgtggattttgatgtacaggtgtgacagcgtgaatggcaTTG--AAAAAATGTA-AATTTTG-T-GTAC---AG-TC-TGT--ACAtggatcacatgtat
gi|13433 : gaattttaatgtacaggcatggcagcatgaatgaggTTG--AAAAAGTGCACAATTTCA-T-GTAC---AG-TC-TGT--ACAtatcacatgtatg
gi|13424 : gggaatggaaAAGCGTG-AATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT--ACAGTGTGA--G---AATG--GA--TGAAAATGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATGtatcacatatatg
gi|13425 : AGCATG-AATTTTGGT-GTACTGCAG-AC-TGT--ACAGCGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTACA-TTTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13426 : AGCGTG-AATTTTGTT-GTAC---AA-TC-TGT--ACATTGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTAC--ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13427 : AGAGTG-AATTTTAAT-GTAC---AG-AA--GTG-ACAGAGTGA--A---CAGG--GA--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG
gi|13428 : AACATG-AATTTTGGT-GTAC---AG-GC-GGT--ACAGCGTGATTG---CATT------TGAAAAAGTGTGCA-TTTTTTTTT-ACAGTCTGTACA
gi|13429 : GCGTG-GATTTTGAT-GTAC---AG-G--TGTG-ACAGCGTGA-------ATG--GCATTGAAAAAGTGTGCA-GTTTTTTGC-ACAGTCTGTATGGATCACATGTAT
gi|13430 : GCGGG-AATTTAATT-GTAC---A--AC-TGTAAACAGTTT----T---AATA--GGC-TTTAAAAGTTTAAA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACA
gi|13431 : G-AATTTTAAT-GTAC---AG-GCATG---GCAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAAATGTA-A-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13432 : G-AATTTTAAT-GTAC---AG-GCATG---GCAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAA---TGAA-ATTTTGTGTGACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13433 : GG--G---AATG--GAATTGAAAAAGTGCACA-ATTTCATGT-ACAGTCTGTACATATCACATATATG
gi|13434 : --G---AATG--GGGTTGAAAAAGTGCACA-ATTTTGGGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG
gi|13418 : TTTGT-ACAGCCTGTACAA
gi|13421 : gagattttaaagtaatggtgacttgcagaagccaaaacgcggaaattcaaattcaaggcaattttttggaaaaagcgtgaattttattgtacagactgtacagcgtgagaatgggtgaaaaagtgtgcaatttTTTGT-ACAGCCTGTACAAtcacatgtatg
gi|13424 : aaagtaatggcgacttgcagaagccaaaatgaggaaattcaaattcaaggcaattattttgaaaaagcgtgaattttattgtacagactgtacagcgtgagaatgggtgaaaaagtgtgcaatttTTTGT-ACAGCCTGTACAAtcacatgtatg
Alignments
lowQualScore : 2222 1 2222222222222222
lowQualScore : 8 0 4444 77 1 1 2 444 1 2 88 33 2222222222222222 22 1 2 1
lowQualScore : . . .... .. . . . ... . . .. .. ................ .. . . .
lowQualScore : 0 8 3333 99 4 0 5 444 0 5 88 44 9999999999999999 66 8 2 0
consensus : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AGAC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
Reference ( family-819 ) : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AGNC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACANATCACATGTATG
gi|13417 : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGTGGAAATTCGAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AGAC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13418 : GAGATTTTAAAGTAAT-GGTGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--GGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AGAC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13419 : GAGATTTTAATGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTTAAATTCAAGGCAATTT----TTTTCTTAAAAAGGGTGAATGTTATT-GTAC---AGAC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGC--ATTTTTTAT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13420 : GAGATTCTAAAGTAATTGGCGACTTGCAGAAGCCAAA-TGCAGAAATTCAAACTAAAGGCA-TTT----TCT--TGAAAAAGTGTGAATTTTTTTTGTAC---AGAC-TGT-A--CAGCATAA--A---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-TTGTTTTGT-ACAGGCTGTACATATCAAATGTATG
gi|13421 : AAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAATGAGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTA----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AGAC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13422 : CAATTTATCATTT--TG------TGTGAATTTTGGT-GTAC---AGGCGTG--A--CAGCGTGA-------ATGCTAT--TGAAAAAGTGTGCATTTTTTTTGT-ACAGTCCGTACATATCACATGT
gi|13423 : CAATTTATCATTT--AGAA------TGAATTTTAAT-GTAC---AGGAGTG--A--CAG--TGG--G---AACG--AGATTGAAAAAGTGTGCA-AATTT--GT-GCAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13424 : AAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AGAC-TGT-A--CAGTGTGA--G---AATG--GA--TGAAAATGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13425 : AGCATGAATTTTGGT-GTACTGCAGAC-TGT-A--CAGCGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTACA-TTTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13426 : AGCGTGAATTTTGTT-GTAC---AATC-TGT-A--CATTGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTACA--TTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13427 : AGAGTGAATTTTAAT-GTAC---AGAAGTG--A--CAGAGTGA--A---CAGG--GA--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG
gi|13428 : AACATGAATTTTGGT-GTAC---AGGC-GGT-A--CAGCGTGATTG---CATT------TGAAAAAGTGTGCA-TTTTTTTTT-ACAGTCTGTACA
gi|13429 : GCGTGGATTTTGAT-GTAC---AGG--TGTGA--CAGCGTGA-------ATG--GCATTGAAAAAGTGTGCA-GTTTTTTGC-ACAGTCTGTATGGATCACATGTAT
gi|13430 : GCGGGAATTTAATT-GTAC---A-AC-TGT-AAACAGTTTTA-------ATA--GGC-TTTAAAAGTTTAAA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACA
gi|13431 : GAATTTTAAT-GTAC---AGGCATG--G--CAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAAATGTA-A-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13432 : GAATTTTAAT-GTAC---AGGCATG--G--CAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAA---TGAA-ATTTTGTGTGACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13433 : GG--G---AATG--GAATTGAAAAAGTGCACA-ATTTCATGT-ACAGTCTGTACATATCACATATATG
gi|13434 : --G---AATG--GGGTTGAAAAAGTGCACA-ATTTTGGGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG
Alignments
lowQualScore : 2222 1 2222222222222222
lowQualScore : 8 0 4444 77 1 1 2 444 2 0 88 33 2222222222222222 22 1 2 0
lowQualScore : . . .... .. . . . ... . . .. .. ................ .. . . .
lowQualScore : 0 8 3333 99 4 0 5 444 5 0 88 44 9999999999999999 66 8 2 6
consensus : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
Reference ( family-819 ) : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13417 : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGTGGAAATTCGAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13418 : GAGATTTTAAAGTAAT-GGTGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--GGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13419 : GAGATTTTAATGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTTAAATTCAAGGCAATTT----TTTTCTTAAAAAGGGTGAATGTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGC--ATTTTTTAT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13420 : GAGATTCTAAAGTAATTGGCGACTTGCAGAAGCCAAA-TGCAGAAATTCAAACTAAAGGCA-TTT----TCT--TGAAAAAGTGTGAATTTTTTTTGTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCATAA--A---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-TTGTTTTGT-ACAGGCTGTACATATCAAATGTATG
gi|13421 : AAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAATGAGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTA----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13422 : CAATTTATCATTT--TG------TGTGAATTTTGGT-GTAC---AG-GCGTG--A--CAGCGTGA-------ATGCTAT--TGAAAAAGTGTGCATTTTTTTTGT-ACAGTCCGTACATATCACATGT
gi|13423 : CAATTTATCATTT--AGAA------TGAATTTTAAT-GTAC---AGGAG-TG--A--CAG--TGG--G---AACG--AGATTGAAAAAGTGTGCA-AATTT--GT-GCAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13424 : AAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGTGTGA--G---AATG--GA--TGAAAATGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13425 : AGCATGAATTTTGGT-GTACTGCAG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTACA-TTTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13426 : AGCGTGAATTTTGTT-GTAC---AA-TC-TGT-A--CATTGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTACA--TTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13427 : AGAGTGAATTTTAAT-GTAC---AG-AAGTG--A--CAGAGTGA--A---CAGG--GA--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG
gi|13428 : AACATGAATTTTGGT-GTAC---AG-GC-GGT-A--CAGCGTGATTG---CATT------TGAAAAAGTGTGCA-TTTTTTTTT-ACAGTCTGTACA
gi|13429 : GCGTGGATTTTGAT-GTAC---AG-G--TGTGA--CAGCGTGA-------ATG--GCATTGAAAAAGTGTGCA-GTTTTTTGC-ACAGTCTGTATGGATCACATGTAT
gi|13430 : GCGGGAATTTAATT-GTAC---A--AC-TGT-AAACAGTTTTA-------ATA--GGC-TTTAAAAGTTTAAA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACA
gi|13431 : GAATTTTAAT-GTAC---AG-GCATG--G--CAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAAATGTA-A-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13432 : GAATTTTAAT-GTAC---AG-GCATG--G--CAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAA---TGAA-ATTTTGTGTGACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13433 : GG--G---AATG--GAATTGAAAAAGTGCACA-ATTTCATGT-ACAGTCTGTACATATCACATATATG
gi|13434 : --G---AATG--GGGTTGAAAAAGTGCACA-ATTTTGGGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG
Alignments
lowQualScore : 2222 1 2222222222222222
lowQualScore : 8 0 4444 77 1 1 2 444 2 0 88 33 2222222222222222 22 1 2 0
lowQualScore : . . .... .. . . . ... . . .. .. ................ .. . . .
lowQualScore : 0 8 3333 99 4 0 5 444 5 0 88 44 9999999999999999 66 8 2 6
consensus : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
Reference ( family-819 ) : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13417 : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGTGGAAATTCGAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13418 : GAGATTTTAAAGTAAT-GGTGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--GGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13419 : GAGATTTTAATGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTTAAATTCAAGGCAATTT----TTTTCTTAAAAAGGGTGAATGTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGC--ATTTTTTAT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13420 : GAGATTCTAAAGTAATTGGCGACTTGCAGAAGCCAAA-TGCAGAAATTCAAACTAAAGGCA-TTT----TCT--TGAAAAAGTGTGAATTTTTTTTGTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCATAA--A---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-TTGTTTTGT-ACAGGCTGTACATATCAAATGTATG
gi|13421 : AAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAATGAGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTA----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13422 : CAATTTATCATTT--TG------TGTGAATTTTGGT-GTAC---AG-GCGTG--A--CAGCGTGA-------ATGCTAT--TGAAAAAGTGTGCATTTTTTTTGT-ACAGTCCGTACATATCACATGT
gi|13423 : CAATTTATCATTT--AGAA------TGAATTTTAAT-GTAC---AGGAG-TG--A--CAG--TGG--G---AACG--AGATTGAAAAAGTGTGCA-AATTT--GT-GCAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13424 : AAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGTGTGA--G---AATG--GA--TGAAAATGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13425 : AGCATGAATTTTGGT-GTACTGCAG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTACA-TTTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13426 : AGCGTGAATTTTGTT-GTAC---AA-TC-TGT-A--CATTGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTACA--TTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13427 : AGAGTGAATTTTAAT-GTAC---AG-AAGTG--A--CAGAGTGA--A---CAGG--GA--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG
gi|13428 : AACATGAATTTTGGT-GTAC---AG-GC-GGT-A--CAGCGTGATTG---CATT------TGAAAAAGTGTGCA-TTTTTTTTT-ACAGTCTGTACA
gi|13429 : GCGTGGATTTTGAT-GTAC---AG-G--TGTGA--CAGCGTGA-------ATG--GCATTGAAAAAGTGTGCA-GTTTTTTGC-ACAGTCTGTATGGATCACATGTAT
gi|13430 : GCGGGAATTTAATT-GTAC---A--AC-TGT-AAACAGTTTTA-------ATA--GGC-TTTAAAAGTTTAAA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACA
gi|13431 : GAATTTTAAT-GTAC---AG-GCATG--G--CAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAAATGTA-A-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13432 : GAATTTTAAT-GTAC---AG-GCATG--G--CAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAA---TGAA-ATTTTGTGTGACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13433 : GG--G---AATG--GAATTGAAAAAGTGCACA-ATTTCATGT-ACAGTCTGTACATATCACATATATG
gi|13434 : --G---AATG--GGGTTGAAAAAGTGCACA-ATTTTGGGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG
blockSeqs : T ATCA TC A T T TGC G G TG AA GAACGAGAT TT T G
blockSeqs : . ATCA . A T . . . G T . GAATGGAAT A T .
blockSeqs : . . . A T . . . A T . GAATGGGGT A T .
blockSeqs : . . . A T . . . A T . GAATGGG T T .
blockSeqs : . . . G . . . . T . GAATGGG A T .
blockSeqs : . . . A . . . . T . AAATGGG A T .
blockSeqs : T . . . . T . GAATGGG A T .
blockSeqs : G . . . . T . ATGCTAT T T .
blockSeqs : T . . . . T . GAATGGA A G .
blockSeqs : A . . . . T . ATTCAAT T T .
blockSeqs : G . . . . . . ATTCAAT G T .
blockSeqs : A . . . . . . ACAGGGA A G .
blockSeqs : T . . . . . . TTGCATT A G .
blockSeqs : A . . . . . . ATGGCAT A G .
blockSeqs : A . . . . . . ATGAGGT A A .
blockSeqs : ATGAGGT A G .
blockSeqs : ATAGGC . . .
blockSeqCons :
originalCons : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
finalCons : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
Alignments
lowQualScore : 2222 1 2222222222222222
lowQualScore : 8 0 4444 77 1 1 2 444 2 0 88 33 2222222222222222 22 1 2 0
lowQualScore : . . .... .. . . . ... . . .. .. ................ .. . . .
lowQualScore : 0 8 3333 99 4 0 5 444 5 0 88 44 9999999999999999 66 8 2 6
consensus : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
Reference ( family-819 ) : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTANT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13417 : GAGATTTTAAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGTGGAAATTCGAATTCAAGGCAATTT----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13418 : GAGATTTTAAAGTAAT-GGTGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTT----TTT--GGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13419 : GAGATTTTAATGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAACGCGGAAATTTAAATTCAAGGCAATTT----TTTTCTTAAAAAGGGTGAATGTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGC--ATTTTTTAT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13420 : GAGATTCTAAAGTAATTGGCGACTTGCAGAAGCCAAA-TGCAGAAATTCAAACTAAAGGCA-TTT----TCT--TGAAAAAGTGTGAATTTTTTTTGTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCATAA--A---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-TTGTTTTGT-ACAGGCTGTACATATCAAATGTATG
gi|13421 : AAAGTAAT-GGCGACTTGCAGAAGCCAAAATGAGGAAATTCAAATTCAAGGCAATTA----TTT--TGAAAAAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--G---AATG--GG--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13422 : CAATTTATCATTT--TG------TGTGAATTTTGGT-GTAC---AG-GCGTG--A--CAGCGTGA-------ATGCTAT--TGAAAAAGTGTGCATTTTTTTTGT-ACAGTCCGTACATATCACATGT
gi|13423 : CAATTTATCATTT--AGAA------TGAATTTTAAT-GTAC---AGGAG-TG--A--CAG--TGG--G---AACG--AGATTGAAAAAGTGTGCA-AATTT--GT-GCAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13424 : AAGCGTGAATTTTATT-GTAC---AG-AC-TGT-A--CAGTGTGA--G---AATG--GA--TGAAAATGTGTGCA-ATTTTTTGT-ACAGGCTGTACAAATCACATGTATG
gi|13425 : AGCATGAATTTTGGT-GTACTGCAG-AC-TGT-A--CAGCGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTACA-TTTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13426 : AGCGTGAATTTTGTT-GTAC---AA-TC-TGT-A--CATTGTGA--ATTCAAT-------TAAAAAAGTGTACA--TTTTTTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13427 : AGAGTGAATTTTAAT-GTAC---AG-AAGTG--A--CAGAGTGA--A---CAGG--GA--TGAAAAAGTGTGCA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG
gi|13428 : AACATGAATTTTGGT-GTAC---AG-GC-GGT-A--CAGCGTGATTG---CATT------TGAAAAAGTGTGCA-TTTTTTTTT-ACAGTCTGTACA
gi|13429 : GCGTGGATTTTGAT-GTAC---AG-G--TGTGA--CAGCGTGA-------ATG--GCATTGAAAAAGTGTGCA-GTTTTTTGC-ACAGTCTGTATGGATCACATGTAT
gi|13430 : GCGGGAATTTAATT-GTAC---A--AC-TGT-AAACAGTTTTA-------ATA--GGC-TTTAAAAGTTTAAA-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACA
gi|13431 : GAATTTTAAT-GTAC---AG-GCATG--G--CAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAAATGTA-A-ATTTTGTGT-ACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13432 : GAATTTTAAT-GTAC---AG-GCATG--G--CAGCATGA-------ATG--AGGTTGAAAAA---TGAA-ATTTTGTGTGACAGTCTGTACATATCACATGTATG
gi|13433 : GG--G---AATG--GAATTGAAAAAGTGCACA-ATTTCATGT-ACAGTCTGTACATATCACATATATG
gi|13434 : --G---AATG--GGGTTGAAAAAGTGCACA-ATTTTGGGT-ACAGTCTGTACATATCATATGTATG