lowQualScore : 1 1 22222 2222222222222 111
lowQualScore : 1 0 55 3 3 66666 00000 2 77777 666666 66 2 444 33 33 8 2 2 2 2 5555 2 2 33 888 5 999999 2 2 5 666 2 2 2 5 55 2 4 33 2222222222222 2 2 777 2 7 33 2 99 33 44
lowQualScore : . . .. . . ..... ..... . ..... ...... .. . ... .. .. . . . . . .... . . .. ... . ...... . . . ... . . . . .. . . .. ............. . . ... . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 4 5 00 3 1 22222 00000 9 11111 222222 33 7 444 77 77 0 7 7 7 7 7777 7 7 77 333 3 888888 7 7 0 999 5 5 5 0 99 5 7 22 6666666666666 4 4 666 4 1 22 4 11 44 22
consensus : CAATANGTATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----GATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG-TTC--AGCTA------------GA-AAATCA-CTCA--G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
Reference ( gi|73233 ) : CATTACGTATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----AATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG-TTC--AGCTA------------CA-AAATCA-CTCC--G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
gi|73222 : CAATAAGTATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---TT---CATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-G-C----TAT-CGG-AAG---------C-A-C-TGGT--CG-AG-TTC--AGCTA------------GA-AAATCA-CTCA--G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
gi|73226 : tgatatgtaCATTATGTATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---TTAATAATGTTT-T-----AAA-G-T--AT--G-GTTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TTTG--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-G-C-TGGT--CG-AT-TCC--AGCTA------------GA-AAATTA-GTCA--G-GTG-TGAGAA--TC-AC-CT--TTGTGA--TATA
gi|73227 : taataaaCAGTAAATATATT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T-------------------------------G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-A-T----C-CC-TATA--C---ATT-G-C----TAT-CGG-AGA-TG---T-GC-A-C-AGGT--CG-AG-TCC--TGCTA------------GA-AAATCA-CCTA--G-GTG-AGACAA--TC-AC-TT--TTGTGG--TATA
gi|73229 : tgatataCAATAAGTA-AC---GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----AATG-TT-T-----AAG-C-C--GT--G-ATTTCA----TG--TT--TCTT-C-A-T-T----C-CC-TATA------ATT-ACC----TAT-CTG-GAG-TG---T-GC-A-C-T-GT--CG-AG-TTC--AGCT--------------A-GAATCA-CT-C--A-GTG-TG-CA----C-AC-TTCATTGGG
gi|73232 : tgatataCAATATATGCACT--GCAATTATA-AGGAAAG-C-A---T----AATGTTT-T-----GAA-A-T--GA--T-ATTACAAT--TG--TT--TC-T-T-A-T-T----T-AC-TACA--CATTATT-A-T----TAT-CGC-ATT-TA---T-GC-T-T-TGAT--GG-AG-TTT--CGCCA------------GA-AAATGG-ATCA--G-ATG-TAGTAA--TC-TCATT--TTGG
gi|73228 : taATGTATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-CCCTT----GATGTTT-T-----AAA-G-C--GT--G-ATTTCAT----G--TT--TCCT-C-----T----T-CC-TATA--C---ATT-A------TAT-CGG-AGGCTG---T-GCGA-C-TGGT--CGGAG-TTC--AGCTA------------CA-AAATCA-CTCA--G-GTG--GACAA--TC-AT-TT-----GGG--TATAacata
gi|73223 : tgatatatcagGTATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----GATGTTT-T-----AAAGG-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TCTT-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG--G---T-GC-A-C-TGGT--CG-AGTTTC--AGCTA------------GA-AAATCA-CTCCAAG-GTGCTGACAA--TC-AC-CT--TTTGGG--TATA
gi|73224 : tgatatacaataTATACT--GTAATTTTGGAGCAATGGC-A---T----GATGTTTCT-----AAA-G-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-TAT----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---TAGC-A-C-TGGTT-CG-AG-TTC--AGCTA------------CA-AAATCA-CTCA--G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TGGCGG--TATA
gi|73234 : tgaatacatataagtATATT--CTAATTTTG-AGCAATG-C-A---TT---CATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCACT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGTGGCG-AG-TTC--AGCTA------------GA-AAATCA-CTCA--G-GTG-TGACGATTTC-AC--T--TTGGGGATTATA
gi|73230 : ATACTATGTGATTTTG-AGCAATG-C-G---C----AA----------------A-C--GCTAG-ATTTCATT--TG--TT--TT-T-C-CCT-T----C-CC-TATA--C---ATTTA-C----TAT-CGG-AGGGTG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG-TAC--AACTA------------GA-AAATCA-CTCA--G-GTGACAACAA--TC-AC-
gi|73225 : tgatatacaataACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-----T----GATGTTT-TTTTAAAAA-G-C--GT--G-ATTTCAG----G--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CCCTATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TG----CG-AG-TTC--AGCTA------------GA-AAATCA-CTCA--G-GTG--GACAA--TC-AC-TT--TT-GGG--TATA
gi|73231 : tgatatacaatagaataATTTTG-AGCATTG-C-A---TT---GATGTTT-T-----AAA-AGC--GTA-G-ATTTCATT--TGATTT--TC-TTC-A-A-T----T-CC-TATA--C---ATT-G-TAGCGTATTCGG-AGG-TGC--T-GC-ATC-TGGT--CG-AG-TTC--AGCTA------------GATAAATCAACTCAA-G-GTG-TGACAA--TC-AC--T--TTGGGG--TA
gi|73235 : tgatattcctaatgagtcagtttacttGCAGTA-CCA---T----AGT-TTT-T-----AAA-A-TTTGT--GGATTTCATTCTTG--GTGATC-T-AGA-T-TTGCTC-CA-TATA--T---ATTTA-CC---TAT-CGGGAGG-TGACTT-GC-A-AGTGGT--CG-AG-TTC--AGCTA------------CA-AAAACC-TTCA--GCGTG-TGACAA--TC-AC--T--TTGGCG--TATA
gi|73236 : TT-T-----AAA-A-G--GT--G-AATTTATT--TG--TT--AT-C-C-A-T-T----CGCC-TATA--CGA-ATA-A-C----TAT-T-G-AGG-TG---T-GC-A-CATGGT--CG-AG-TTCATAGCTA------------GA-AAATCA-C-CA--G-GTGTTGACAA--TCAAC-TT--TTGCAG--TATA
gi|73237 : --GT--T-ATCCTATG--TG--AT--TT-T-C-A-T-C----C-TC-TATATAC---ATG-A------TAT-CTA-A---TG---T-GC-A-C-CGGT--CG-AGACTT--GGTTAATGGTAGAAAGTCA-AAATTA-T-------GTG-TAACAA--TC-AC-AT--TTGAGG--TAT
gi|73238 : -TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG-TTC--AGCTA-------------G-AAATCA-CTCA--G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGG
gi|73239 : -TTC--AGCTA------------GA-AAATCA-CCCA--G-GTG-TGACAA--TT-AC--T--TTGGGG--TATA
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 888 3 0 44 3 2 55555 777777 2 66666 444 33 55 2 333 33 33 7 2 2 2 2 5555 2 2 33 777 5 888888 2 2 4 666 2 2 2 4 55 2 888888 33 2 2 2 33 33 2 2 6 33 2 88 33 33
lowQualScore : ... . . .. . . ..... ...... . ..... ... .. .. . ... .. .. . . . . . .... . . .. ... . ...... . . . ... . . . . .. . ...... .. . . . .. .. . . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 444 3 4 66 1 9 11111 555555 7 77777 555 44 99 5 666 44 44 5 5 5 5 5 3333 5 5 44 888 0 666666 5 5 7 555 4 4 4 7 66 4 666666 11 2 2 2 11 11 2 2 7 11 2 00 22 99
consensus : CAATANG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
Reference ( family-812 ) : CAATANG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
gi|73222 : CAATAAG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----TCATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-G-C----TAT-CGG-AAG---------C-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
gi|73223 : tgatatgtaCAATA-G-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAAGG-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TCTT-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG--G---T-GC-A-C-TGGT--CG-AGT-----TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TCCAA-G-GTGCTGACAA--TC-AC-CT--TTTGGG--TATA
gi|73224 : tgatataATAAG-TTATACT--GTAATTTTGGAGCAATGGC-A---T----G-ATGTTTCT-----AAA-G-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-TAT----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---TAGC-A-C-TGGTT-CG-AG------TTC--A-GCTACA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TGGCGG--TATA
gi|73225 : tgaatacatCAATAGAAT-A-ACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-----T----G-ATGTTT-TTTTAAAAA-G-C--GT--G-ATTTCAG----G--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CCCTATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TG----CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG--GACAA--TC-AC-TT--TT-GGG--TATA
gi|73226 : tgatataCATTATG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---TTAATA-ATGTTT-T-----AAA-G-T--AT--G-GTTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TTTG--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-G-C-TGGT--CG-AT------TCC--A-GCTAGA-AAATTA-G--TC--A-G-GTG-TGAGAA--TC-AC-CT--TTGTGA--TATA
gi|73227 : taataaaCAGTAAA-T-ATATT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-AT----------------------------TTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-A-T----C-CC-TATA--C---ATT-G-C----TAT-CGG-AGA-TG---T-GC-A-C-AGGT--CG-AG------TCC--T-GCTAGA-AAATCA-C--CT--A-G-GTG-AGACAA--TC-AC-TT--TTGTGG--TATA
gi|73228 : tgatataATG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-CCCTT----G-ATGTTT-T-----AAA-G-C--GT--G-ATTTCAT----G--TT--TCCT-C-----T----T-CC-TATA--C---ATT-A------TAT-CGG-AGGCTG---T-GCGA-C-TGGT--CGGAG------TTC--A-GCTACA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG--GACAA--TC-AT-TT-----GGG--TATA
gi|73229 : tgatatatcagCAATAAG-T-A-AC---GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----A-ATG-TT-T-----AAG-C-C--GT--G-ATTTCA----TG--TT--TCTT-C-A-T-T----C-CC-TATA------ATT-ACC----TAT-CTG-GAG-TG---T-GC-A-C-T-GT--CG-AG------TTC--A-GCTAG---AATCA-C--TC--A---GTG-TG-CA----C-AC-TTCATTGGG
gi|73230 : tgatataCAATA-----ATACTATGTGATTTTG-AGCAATG-C-G---C--------------------AA-A-C--GCTAG-ATTTCATT--TG--TT--TT-T-C-CCT-T----C-CC-TATA--C---ATTTA-C----TAT-CGG-AGGGTG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TAC--A-ACTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTGACAACAA--TC-AC-
gi|73231 : tgatataATTTTG-AGCATTG-C-A---TT---G-ATGTTT-T-----AAA-AGC--GTA-G-ATTTCATT--TGATTT--TC-TTC-A-A-T----T-CC-TATA--C---ATT-G-TAGCGTATTCGG-AGG-TGC--T-GC-ATC-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGATAAATCAAC--TC--AAG-GTG-TGACAA--TC-AC--T--TTGGGG--TA
gi|73232 : tgatattcctaatgagtcagtttacttCAATATA-T-GCACT--GCAATTATA-AGGAAAG-C-A---T----A-ATGTTT-T-----GAA-A-T--GA--T-ATTACAAT--TG--TT--TC-T-T-A-T-T----T-AC-TACA--CATTATT-A-T----TAT-CGC-ATT-TA---T-GC-T-T-TGAT--GG-AG------TTT--C-GCCAGA-AAATGG-A--TC--A-G-ATG-TAGTAA--TC-TCATT--TTGG
gi|73233 : taCATTACG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----A-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTACA-AAATCA-C--TC--C-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATAacata
gi|73234 : -ATATT--CTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----TCATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCACT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGTGGCG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACGATTTC-AC--T--TTGGGGATTATA
gi|73235 : GCAGTA-CCA---T----A-GT-TTT-T-----AAA-A-TTTGT--GGATTTCATTCTTG--GTGATC-T-AGA-T-TTGCTC-CA-TATA--T---ATTTA-CC---TAT-CGGGAGG-TGACTT-GC-A-AGTGGT--CG-AG------TTC--A-GCTACA-AAAACC-T--TC--A-GCGTG-TGACAA--TC-AC--T--TTGGCG--TATA
gi|73236 : TT-T-----AAA-A-G--GT--G-AATTTATT--TG--TT--AT-C-C-A-T-T----CGCC-TATA--CGA-ATA-A-C----TAT-T-G-AGG-TG---T-GC-A-CATGGT--CG-AG------TTCATA-GCTAGA-AAATCA-C---C--A-G-GTGTTGACAA--TCAAC-TT--TTGCAG--TATA
gi|73237 : --GT--T-ATCCTATG--TG--AT--TT-T-C-A-T-C----C-TC-TATATAC---ATG-A------TAT-CTA-A---TG---T-GC-A-C-CGGT--CG-AGACTTGGTTA--ATGGTAGA-AAGTCA-AAATT--A-T-GTG-TAACAA--TC-AC-AT--TTGAGG--TAT
gi|73238 : -TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AA-TCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGG
gi|73239 : ------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--CC--A-G-GTG-TGACAA--TT-AC--T--TTGGGG--TATA
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 888 3 0 44 3 2 55555 777777 2 66666 444 33 55 2 333 33 33 7 2 2 2 2 5555 2 2 33 777 5 888888 2 2 4 666 2 2 2 4 55 2 888888 33 2 2 2 33 33 2 2 6 33 2 88 33 33
lowQualScore : ... . . .. . . ..... ...... . ..... ... .. .. . ... .. .. . . . . . .... . . .. ... . ...... . . . ... . . . . .. . ...... .. . . . .. .. . . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 444 3 4 66 1 9 11111 555555 7 77777 555 44 99 5 666 44 44 5 5 5 5 5 3333 5 5 44 888 0 666666 5 5 7 555 4 4 4 7 66 4 666666 11 2 2 2 11 11 2 2 7 11 2 00 22 99
consensus : CAATANG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
Reference ( family-812 ) : CAATANG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
gi|73222 : CAATAAG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----TCATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-G-C----TAT-CGG-AAG---------C-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
gi|73223 : tgatatgtaCAATA-G-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAAGG-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TCTT-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG--G---T-GC-A-C-TGGT--CG-AGT-----TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TCCAA-G-GTGCTGACAA--TC-AC-CT--TTTGGG--TATA
gi|73224 : tgatataATAAG-TTATACT--GTAATTTTGGAGCAATGGC-A---T----G-ATGTTTCT-----AAA-G-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-TAT----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---TAGC-A-C-TGGTT-CG-AG------TTC--A-GCTACA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TGGCGG--TATA
gi|73225 : tgaatacatCAATAGAAT-A-ACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-----T----G-ATGTTT-TTTTAAAAA-G-C--GT--G-ATTTCAG----G--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CCCTATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TG----CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG--GACAA--TC-AC-TT--TT-GGG--TATA
gi|73226 : tgatataCATTATG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---TTAATA-ATGTTT-T-----AAA-G-T--AT--G-GTTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TTTG--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-G-C-TGGT--CG-AT------TCC--A-GCTAGA-AAATTA-G--TC--A-G-GTG-TGAGAA--TC-AC-CT--TTGTGA--TATA
gi|73227 : taataaaCAGTAAA-T-ATATT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-AT----------------------------TTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-A-T----C-CC-TATA--C---ATT-G-C----TAT-CGG-AGA-TG---T-GC-A-C-AGGT--CG-AG------TCC--T-GCTAGA-AAATCA-C--CT--A-G-GTG-AGACAA--TC-AC-TT--TTGTGG--TATA
gi|73228 : tgatataATG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-CCCTT----G-ATGTTT-T-----AAA-G-C--GT--G-ATTTCAT----G--TT--TCCT-C-----T----T-CC-TATA--C---ATT-A------TAT-CGG-AGGCTG---T-GCGA-C-TGGT--CGGAG------TTC--A-GCTACA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG--GACAA--TC-AT-TT-----GGG--TATA
gi|73229 : tgatatatcagCAATAAG-T-A-AC---GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----A-ATG-TT-T-----AAG-C-C--GT--G-ATTTCA----TG--TT--TCTT-C-A-T-T----C-CC-TATA------ATT-ACC----TAT-CTG-GAG-TG---T-GC-A-C-T-GT--CG-AG------TTC--A-GCTAG---AATCA-C--TC--A---GTG-TG-CA----C-AC-TTCATTGGG
gi|73230 : tgatataCAATA-----ATACTATGTGATTTTG-AGCAATG-C-G---C--------------------AA-A-C--GCTAG-ATTTCATT--TG--TT--TT-T-C-CCT-T----C-CC-TATA--C---ATTTA-C----TAT-CGG-AGGGTG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TAC--A-ACTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTGACAACAA--TC-AC-
gi|73231 : tgatataATTTTG-AGCATTG-C-A---TT---G-ATGTTT-T-----AAA-AGC--GTA-G-ATTTCATT--TGATTT--TC-TTC-A-A-T----T-CC-TATA--C---ATT-G-TAGCGTATTCGG-AGG-TGC--T-GC-ATC-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGATAAATCAAC--TC--AAG-GTG-TGACAA--TC-AC--T--TTGGGG--TA
gi|73232 : tgatattcctaatgagtcagtttacttCAATATA-T-GCACT--GCAATTATA-AGGAAAG-C-A---T----A-ATGTTT-T-----GAA-A-T--GA--T-ATTACAAT--TG--TT--TC-T-T-A-T-T----T-AC-TACA--CATTATT-A-T----TAT-CGC-ATT-TA---T-GC-T-T-TGAT--GG-AG------TTT--C-GCCAGA-AAATGG-A--TC--A-G-ATG-TAGTAA--TC-TCATT--TTGG
gi|73233 : taCATTACG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----A-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTACA-AAATCA-C--TC--C-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATAacata
gi|73234 : -ATATT--CTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----TCATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCACT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGTGGCG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACGATTTC-AC--T--TTGGGGATTATA
gi|73235 : GCAGTA-CCA---T----A-GT-TTT-T-----AAA-A-TTTGT--GGATTTCATTCTTG--GTGATC-T-AGA-T-TTGCTC-CA-TATA--T---ATTTA-CC---TAT-CGGGAGG-TGACTT-GC-A-AGTGGT--CG-AG------TTC--A-GCTACA-AAAACC-T--TC--A-GCGTG-TGACAA--TC-AC--T--TTGGCG--TATA
gi|73236 : TT-T-----AAA-A-G--GT--G-AATTTATT--TG--TT--AT-C-C-A-T-T----CGCC-TATA--CGA-ATA-A-C----TAT-T-G-AGG-TG---T-GC-A-CATGGT--CG-AG------TTCATA-GCTAGA-AAATCA-C---C--A-G-GTGTTGACAA--TCAAC-TT--TTGCAG--TATA
gi|73237 : --GT--T-ATCCTATG--TG--AT--TT-T-C-A-T-C----C-TC-TATATAC---ATG-A------TAT-CTA-A---TG---T-GC-A-C-CGGT--CG-AGACTTGGTTA--ATGGTAGA-AAGTCA-AAATT--A-T-GTG-TAACAA--TC-AC-AT--TTGAGG--TAT
gi|73238 : -TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AA-TCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGG
gi|73239 : ------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--CC--A-G-GTG-TGACAA--TT-AC--T--TTGGGG--TATA
blockSeqs : GAA T AT G G CCCT TAATA C TTTAA GG TT TA G TCT AT GA T T G C A TGCT G C TA ATT T TAGCG T G C ACT A G T G GG G ACTTGG AT T T A AA CA A C C TT A AT CA AT
blockSeqs : AG . . . . CA TG . . AG . A . T . . C . . . . . . . . GA T CC . . G C . . . A T . T . . . . . . . . A . . C . .
blockSeqs : TG . . . . A TC . . G . . . T . . T . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : AA . . . . A G . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : TG . . . . A G . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqs : AG . . . . A G . . G . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : TA . . . . A G . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : CG . . . . G G . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : G . . . . A A . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . A A . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . A A . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . A A . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : G*****
originalCons : CAATANG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
finalCons : CAATANG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---TG-----ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
Alignments
lowQualScore : 111111
lowQualScore : 888 3 0 44 3 2 55555 777777 2 66666 444 33 55 2 333 33 33 7 2 2 2 2 5555 2 2 33 777 5 888888 2 2 4 666 2 2 2 4 55 2 888888 33 2 2 2 33 33 2 2 6 33 2 88 33 33
lowQualScore : ... . . .. . . ..... ...... . ..... ... .. .. . ... .. .. . . . . . .... . . .. ... . ...... . . . ... . . . . .. . ...... .. . . . .. .. . . . .. . .. .. ..
lowQualScore : 444 3 4 66 1 9 11111 555555 7 77777 555 44 99 5 666 44 44 5 5 5 5 5 3333 5 5 44 888 0 666666 5 5 7 555 4 4 4 7 66 4 666666 11 2 2 2 11 11 2 2 7 11 2 00 22 99
consensus : CAATANG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
Reference ( family-812 ) : CAATANG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
gi|73222 : CAATAAG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----TCATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-G-C----TAT-CGG-AAG---------C-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATA
gi|73223 : tgatatgtaCAATA-G-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-ATGTTT-T-----AAAGG-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TCTT-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG--G---T-GC-A-C-TGGT--CG-AGT-----TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TCCAA-G-GTGCTGACAA--TC-AC-CT--TTTGGG--TATA
gi|73224 : tgatataATAAG-TTATACT--GTAATTTTGGAGCAATGGC-A---T----G-ATGTTTCT-----AAA-G-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-TAT----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---TAGC-A-C-TGGTT-CG-AG------TTC--A-GCTACA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TGGCGG--TATA
gi|73225 : tgaatacatCAATAGAAT-A-ACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-----T----G-ATGTTT-TTTTAAAAA-G-C--GT--G-ATTTCAG----G--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CCCTATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TG----CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG--GACAA--TC-AC-TT--TT-GGG--TATA
gi|73226 : tgatataCATTATG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---TTAATA-ATGTTT-T-----AAA-G-T--AT--G-GTTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TTTG--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-G-C-TGGT--CG-AT------TCC--A-GCTAGA-AAATTA-G--TC--A-G-GTG-TGAGAA--TC-AC-CT--TTGTGA--TATA
gi|73227 : taataaaCAGTAAA-T-ATATT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----G-AT----------------------------TTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-A-T----C-CC-TATA--C---ATT-G-C----TAT-CGG-AGA-TG---T-GC-A-C-AGGT--CG-AG------TCC--T-GCTAGA-AAATCA-C--CT--A-G-GTG-AGACAA--TC-AC-TT--TTGTGG--TATA
gi|73228 : tgatataATG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-CCCTT----G-ATGTTT-T-----AAA-G-C--GT--G-ATTTCAT----G--TT--TCCT-C-----T----T-CC-TATA--C---ATT-A------TAT-CGG-AGGCTG---T-GCGA-C-TGGT--CGGAG------TTC--A-GCTACA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG--GACAA--TC-AT-TT-----GGG--TATA
gi|73229 : tgatatatcagCAATAAG-T-A-AC---GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----A-ATG-TT-T-----AAG-C-C--GT--G-ATTTCA----TG--TT--TCTT-C-A-T-T----C-CC-TATA------ATT-ACC----TAT-CTG-GAG-TG---T-GC-A-C-T-GT--CG-AG------TTC--A-GCTAG---AATCA-C--TC--A---GTG-TG-CA----C-AC-TTCATTGGG
gi|73230 : tgatataCAATA-----ATACTATGTGATTTTG-AGCAATG-C-G---C--------------------AA-A-C--GCTAG-ATTTCATT--TG--TT--TT-T-C-CCT-T----C-CC-TATA--C---ATTTA-C----TAT-CGG-AGGGTG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TAC--A-ACTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTGACAACAA--TC-AC-
gi|73231 : tgatataATTTTG-AGCATTG-C-A---TT---G-ATGTTT-T-----AAA-AGC--GTA-G-ATTTCATT--TGATTT--TC-TTC-A-A-T----T-CC-TATA--C---ATT-G-TAGCGTATTCGG-AGG-TGC--T-GC-ATC-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGATAAATCAAC--TC--AAG-GTG-TGACAA--TC-AC--T--TTGGGG--TA
gi|73232 : tgatattcctaatgagtcagtttacttCAATATA-T-GCACT--GCAATTATA-AGGAAAG-C-A---T----A-ATGTTT-T-----GAA-A-T--GA--T-ATTACAAT--TG--TT--TC-T-T-A-T-T----T-AC-TACA--CATTATT-A-T----TAT-CGC-ATT-TA---T-GC-T-T-TGAT--GG-AG------TTT--C-GCCAGA-AAATGG-A--TC--A-G-ATG-TAGTAA--TC-TCATT--TTGG
gi|73233 : taCATTACG-T-ATACT--GTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----A-ATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCATT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTACA-AAATCA-C--TC--C-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGGG--TATAacata
gi|73234 : -ATATT--CTAATTTTG-AGCAATG-C-A---T----TCATGTTT-T-----AAA-A-C--GT--G-ATTTCACT--TG--TT--TC-T-C-A-T-T----C-CC-TATA--C---ATT-A-C----TAT-CGG-AGG-TG---T-GC-A-C-TGGTGGCG-AG------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--TC--A-G-GTG-TGACGATTTC-AC--T--TTGGGGATTATA
gi|73235 : GCAGTA-CCA---T----A-GT-TTT-T-----AAA-A-TTTGT--GGATTTCATTCTTG--GTGATC-T-AGA-T-TTGCTC-CA-TATA--T---ATTTA-CC---TAT-CGGGAGG-TGACTT-GC-A-AGTGGT--CG-AG------TTC--A-GCTACA-AAAACC-T--TC--A-GCGTG-TGACAA--TC-AC--T--TTGGCG--TATA
gi|73236 : TT-T-----AAA-A-G--GT--G-AATTTATT--TG--TT--AT-C-C-A-T-T----CGCC-TATA--CGA-ATA-A-C----TAT-T-G-AGG-TG---T-GC-A-CATGGT--CG-AG------TTCATA-GCTAGA-AAATCA-C---C--A-G-GTGTTGACAA--TCAAC-TT--TTGCAG--TATA
gi|73237 : --GT--T-ATCCTATG--TG--AT--TT-T-C-A-T-C----C-TC-TATATAC---ATG-A------TAT-CTA-A---TG---T-GC-A-C-CGGT--CG-AGACTTGGTTA--ATGGTAGA-AAGTCA-AAATT--A-T-GTG-TAACAA--TC-AC-AT--TTGAGG--TAT
gi|73238 : -TG---T-GC-A-C-TGGT--CG-AG------TTC--A-GCTAGA-AA-TCA-C--TC--A-G-GTG-TGACAA--TC-AC-TT--TTGGG
gi|73239 : ------TTC--A-GCTAGA-AAATCA-C--CC--A-G-GTG-TGACAA--TT-AC--T--TTGGGG--TATA