lowQualScore : 11111 11111111 222222222 1111111 22222222222222 2222 111111111 11111 11111111
lowQualScore : 6 5 22222 5 88888888 888888888 6666666 4 777 4 4 55 3 3 2 555 2 2 2 66666 6666 33 2 33 00000000000000 66 33 444 2 1111 55 2 666666666 2 2 8888 2 33 0 33333 5 2 00000000
lowQualScore : . . ..... . ........ ......... ....... . ... . . .. . . . ... . . . ..... .... .. . .. .............. .. .. ... . .... .. . ......... . . .... . .. . ..... . . ........
lowQualScore : 7 0 55555 0 99999999 000000000 2222222 4 888 4 4 55 6 3 9 000 9 9 9 11111 9999 99 9 77 88888888888888 00 44 444 5 4444 77 5 777777777 5 2 5555 5 77 2 99999 7 9 44444444
consensus : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTT-CTAAT--CGA---AAATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAA--T-TA-GGA-ATG---A-T-G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--ACA-AT--CA---AAT-TAT---GGAA-NT-TGTG------C-AAACATTTCTCGG-CTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTCGTCTG
Reference ( gi|2779 ) : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTT-CTAAT--CAA---AAATGCATG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAA--T-TA-GGA-ATG---A-T-G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--ACA-AT--CA---AAT-TAA---GGAA-AT-TGTG------C-AAACATTTCTCAG-CTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2780 : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTT-CTAAT--CGA---AAATGCAAG-------GTA-------TA-TAT---GCA-AA-GAAAA--T-TA-GGA-ATG---A-T-G-AAGT---ATT--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--ACA-AT--CA---AAT-TAT---GAAA-AT-TGTG------T-AAACATTTCTCAG-CTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CATTT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2781 : AAATGTGA-TCATCTGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTT-CTAAT--CGC---AAATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAA--T-TA-GAA-ATG---A-T-G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--ACA-AT--CA---AAT-TAT---GGAA-AT-TATG------C-AAACATTTCTCAG-CTT---AA-TA--CTTCTATAGACATAC-----AAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCATCTG
gi|2782 : AAATGT-A-TCATCCGAA-TT-CCTTTAAT-----CTTT-CTTAT--TGA---AAATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAA--T-TA-GGA-ATG---A-T-G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-CAA-TAT--ACA-AT--CA---AATCTAT---GGAA-AT-TGTG------C-AAACATTTCTCAG-CTTTTAAA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2783 : AAAT-TGA-TCATGCGAACTTTCCTCTAAT-----CTTT-CTAAT--C-G---AAATGCAAG-------ATAACAGGTCTG-TATGTAGCA-AA-GAAAA----TA-GGA-ATG---ATT-G-AAG----A-T--TT--T-A--T--TC---ACC-A-TAT--AT--GT--CA-------TGT---GG----TCTGT-------T-AAACATGTCTCAG-CTT----A-TA--TTTT--TAGATAT-T-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGAT-TTCATCTG
gi|2784 : AAATGTGA-TCACCCGAA-TTTCCTCTGAT-----CTTTCCTAATTGCAATATATATGCATGTAATATTATA-------TG-TAT---GAATAA-AAAAATGT-TACAAA-ATGATAA-T-G-AAAT---A----TT--A-ATGGAATC---A---A-CA---ACA-AT--CA---AAT-TAT---GGAA-TT-TGTG--------AAATA-TTCTCAG---T---AA-CAGGCTTTTATTGATA-----------------T--------TTATGATTGATATT
gi|2785 : GTGAATCATCCGA--TTTCC-CTAATATCTATTTT-ATAAT--CGAC--AAATGCA-A-------GTA-------TGATAT---GCA-AAAGATAA--TGTA-GGATATG---A-T-G-AA-T---A-TA-TT--ATAAGA--TC---A-C-AATATGAACG-ATATCA---CAT-TAT---GTAA-AT--GTG------C-AAACATTTCTGCG-CTT---GATTA--CTTT
gi|2786 : CCAAA-TTTTCTCT---------CTA-CTAAT--TAG---AAATGCAAT-------GCA-------TG-TAT---GAA-TA-G-AAA--T-TG-GAA-ATG---A-T---AAAT---A-C--CT--A-GTGG--TTTCAA-C-A-T-----TA-GT--CA---AAT-TAT---GGAA-TT-TGTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagacatatgaaacattttaaaattgatattcgtctg
gi|2787 : A-TTTCCTCTAAT-----CTTT-CTAAT--CGA---AAATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAA--T-TA-GGA-ATG---A-T-G-AAGCATAA-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--AC-----------------------AA-GT-TGTG------C-AAACATTTCTCAG-CTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCATCTG
gi|2788 : G-TAT---GCA-TA-GAATA--T-TA-TAA-AAG---A-T-G-AAGC---A-T--GT--A-AAGG--TT---A-C-A-AAA--AC------------AT-TAAT--GAAA-AT-TTTT------CTCAACATT--TTAGTTTT---TT-TT--TTTTTTTATACATAT-----GGAACCA-GT--------TTATGCTTGATATTCGTCTG
gi|2789 : AAA--T-TA-TTG-ATC---A-T-GTAAAT---A-TAGTT----------TC---A---A-CAA--ACA-AT--CA---AAT-CAT---GGAA-TT-CGTA------A-AAATATTTCTTGG-CAT---CA-TA--CTTCTATGGACATATA----AAAA-CA-TTGTATGTCATTATGATTGATATTT
gi|2790 : -TA-GAA-ATG---A-T-G-AAGT---A-T--TTAAA-AAGG--TT---A-C-A-TAT--ATACGT--CAATTAAT-TAAT--GGAA-AT-T-TG------C-ACAGATTT-TCA--CTC---AA-
gi|2791 : -GGA-ATG---G-TTG-A-----------TT--A-AAAA--TC---------TAA--GCT-AT--CA---AAT-TATTCTGGAA-TT-TGTAAATTTTT-AAATATTTCTCAG-CAC---CA-TT--CTTTTATAGACA-GT-----AAAGCCA-TT--------TTATGACTGATATT
gi|2792 : A-ATT---A-T-T-AATC---A-T--GT--A-AAGG--TCTCCA-C-A------ACA-AT--CA---AAT-CAT---GGAA-AT-TGTT------G-AAATATTTCTTGG-CAT---CA-TA--CTTTTATGGACATTTTA---AAAA-TA-TT--------TTATGATTAATATTT
gi|2793 : A-ATT---A-T-T-GAGC---A-T--GT--A-AACG--TCTCAA-C-A------ACA-AT--CA---AAG-CAT---GGAATAT-TGTA------A-AAATATTTCTTTG-CAT---CA-T------------ACATGT-----AAAA-CA-TT--------TTATGATTCATATTT
gi|2794 : GG--TC---A-CCA-CA---ACA-AT--CA---AAT-CAT---GGAA-TT-TGTT------G-AAATATTTCTTGG-CAT---CA-TA--CTTTCATGGACATATTATTAAAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTT
gi|2795 : -AT--CA---AAT-TAA---GGAA-TT-TGTG------A-AAGTATATTTCAG-CTT---AA-TA--CTTTTACAGA
gi|2796 : ACATTTCTCAG-CAT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCGTCTG
gi|2785 : ATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTAAAATTGATATTCGTCTG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 1111111 1111111 11111111111111 111111111 11111
lowQualScore : 5 4 11111 4 77 11111 4444444 4444444 4 777 4 4 77 3 2 2 777 2 444 2 66 33 2 33 66666666666666 66666 2 33 2 444 33 444444444 3 2 8888 2 33 1 33333 5 2 99999999
lowQualScore : . . ..... . .. ..... ....... ....... . ... . . .. . . . ... . ... . .. .. . .. .............. ..... . .. . ... .. ......... . . .... . .. . ..... . . ........
lowQualScore : 7 4 11111 4 99 11111 4444444 4444444 0 000 0 0 99 1 7 7 333 7 777 7 33 77 7 44 11111111111111 22222 8 22 4 111 44 444444444 1 2 5555 5 44 3 00000 3 7 77777777
consensus : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-NTTGTG------C-AAACATTTCTCGGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTCGTCTG
Reference ( family-809 ) : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-NTTGTG------C-AAACATTTCTCGGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTCGTCTG
gi|2779 : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCAA-AA-----ATGCATG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAA---GGAA-ATTGTG------C-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2780 : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TA-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---ATT--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GAAA-ATTGTG------T-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CATTT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2781 : AAATGTGA-TCATCTGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGC-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GAA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-ATTATG------C-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTCTATAGACATAC-----AAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCATCTG
gi|2782 : AAATGT-A-TCATCCGAA-TT-CCTTTAAT-----CTTTC-TTATTGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-CAA-TAT--A-----CAAT--CAAATCTAT---GGAA-ATTGTG------C-AAACATTTCTCAGCTTTTAAA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2783 : AAAT-TGA-TCATGCGAACTTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCG--AA-----ATGCAAG-------ATAACAGGTCTG-TATGTAGCA-AA-GAAAA---TA-GGA-ATGATT---G-AAG----A-T--TT--T-A--T--TC---ACC-A-TAT--A-----T-GT--CA----TGT---GG---TCTGT-------T-AAACATGTCTCAGCTT----A-TA--TTTT--TAGATAT-T-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGAT-TTCATCTG
gi|2784 : AAATGTGA-TCACCCGAA-TTTCCTCTGAT-----CTTTCCTAATTGC-AATATATATGCATGTAATATTATA-------TG-TAT---GAATAA-AAAAATGTTACAAA-ATGA-TAATG-AAAT---A-T--T---A-ATGGAATC---A---A-CA---A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-TTTGTG--------AAATATT-CTCAG--T---AA-CAGGCTTTTATTGATAT-------------------------TTATGATTGATATT
gi|2785 : GTGAATCATCCGA--TTTCC-CTAATATCTATTTTA-TAATCGACAA-----ATGCAAG--------TA-------TGATAT---GCA-AAAGATAATG-TA-GGATATGA-T---G-AA-T---A-TA-TT--ATAAGA--TC---A-C-AATATGAA-----CGATATCACAT-TAT---GTAA-AT-GTG------C-AAACATTTCTGCGCTT---GATTA--CTTT
gi|2785 : ATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTAAAATTGATATTCGTCTGacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagacatatgaaacattttaaaattgatattcgtctg
gi|2786 : gtgaatcatccgatttccctaatatctattttataatcgacaaatgcaagtatgatatgcaaaagataatgtaggatatgatgaatatattataagatcacaatatgaacgatatcacattatgtaaatgtgcaaacatttctgcgcttgattactttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCAAA-TTTTCTCT---------CTAC-TAATTAG-AA-----ATGCAAT-------GCA-------TG-TAT---GAA-TA-G-AAAT--TG-GAA-ATGA-T-----AAAT---A-C--CT--A-GTGG--TTTCAA-C-A-T----------TAGT--CAAAT-TAT---GGAA-TTTGT
gi|2787 : A-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGCATAA-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----C-------------------AA-GTTGTG------C-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCATCTG
gi|2788 : G-TAT---GCA-TA-GAATAT--TA-TAA-AAGA-T---G-AAGC---A-T--GT--A-AAGG--TT---A-C-A-AAA--A-----C-AT--TA-----AT---GAAA-ATTTTT------CTCAACATTT-TAGTTTT---TT-TT--TTTTTTTATACATAT-----GGAACCA-GT--------TTATGCTTGATATTCGTCTG
gi|2789 : AAAT--TA-TTG-ATCA-T---GTAAAT---A-TAGTT----------TC---A---A-CAA--A-----CAAT--CAAAT-CAT---GGAA-TTCGTA------A-AAATATTTCTTGGCAT---CA-TA--CTTCTATGGACATATA----AAAA-CA-TTGTATGTCATTATGATTGATATT
gi|2790 : --TA-GAA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TTAAA-AAGG--TT---A-C-A-TAT--ATACGTCAAT--TAATT-AAT---GGAA-ATT-TG------C-ACAGATTTt
gi|2791 : -GGA-ATGG-TT--G-A-----------TT--A-AAAA--TC---------TAA--G-----CTAT--CAAAT-TATTCTGGAA-TTTGTAAATTTTT-AAATATTTCTCAGCAC---CA-TT--CTTTTATAGACA-GT-----AAAGCCA-TT--------TTATGACTGATATTtcactcaa
gi|2792 : A-ATTA-T---T-AATC---A-T--GT--A-AAGG--TCTCCA-C-A------A-----CAAT--CAAAT-CAT---GGAA-ATTGTT------G-AAATATTTCTTGGCAT---CA-TA--CTTTTATGGACATTTTA---AAAA-TA-TT--------TTATGATTAATATT
gi|2793 : A-ATTA-T---T-GAGC---A-T--GT--A-AACG--TCTCAA-C-A------A-----CAAT--CAAAG-CAT---GGAATATTGTA------A-AAATATTTCTTTGCAT---CA-T------------ACATGT-----AAAA-CA-TT--------TTATGATTCATATTt
gi|2794 : GG--TC---A-CCA-CA---A-----CAAT--CAAAT-CAT---GGAA-TTTGTT------G-AAATATTTCTTGGCAT---CA-TA--CTTTCATGGACATATTATTAAAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTt
gi|2795 : AT--CAAAT-TAA---GGAA-TTTGTG------A-AAGTATATTTCAGCTT---AA-TA--CTTTTACAGAt
gi|2796 : ACATTTCTCAGCAT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCGTCTG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 1111111 1111111 11111111111111 111111111 11111
lowQualScore : 5 4 11111 4 77 11111 4444444 4444444 4 777 4 4 77 3 2 2 777 2 444 2 66 33 2 33 66666666666666 66666 2 33 2 444 33 444444444 3 2 8888 2 33 1 33333 5 2 99999999
lowQualScore : . . ..... . .. ..... ....... ....... . ... . . .. . . . ... . ... . .. .. . .. .............. ..... . .. . ... .. ......... . . .... . .. . ..... . . ........
lowQualScore : 7 4 11111 4 99 11111 4444444 4444444 0 000 0 0 99 1 7 7 333 7 777 7 33 77 7 44 11111111111111 22222 8 22 4 111 44 444444444 1 2 5555 5 44 3 00000 3 7 77777777
consensus : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-NTTGTG------C-AAACATTTCTCGGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTCGTCTG
Reference ( family-809 ) : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-NTTGTG------C-AAACATTTCTCGGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTCGTCTG
gi|2779 : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCAA-AA-----ATGCATG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAA---GGAA-ATTGTG------C-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2780 : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TA-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---ATT--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GAAA-ATTGTG------T-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CATTT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2781 : AAATGTGA-TCATCTGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGC-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GAA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-ATTATG------C-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTCTATAGACATAC-----AAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCATCTG
gi|2782 : AAATGT-A-TCATCCGAA-TT-CCTTTAAT-----CTTTC-TTATTGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-CAA-TAT--A-----CAAT--CAAATCTAT---GGAA-ATTGTG------C-AAACATTTCTCAGCTTTTAAA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2783 : AAAT-TGA-TCATGCGAACTTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCG--AA-----ATGCAAG-------ATAACAGGTCTG-TATGTAGCA-AA-GAAAA---TA-GGA-ATGATT---G-AAG----A-T--TT--T-A--T--TC---ACC-A-TAT--A-----T-GT--CA----TGT---GG---TCTGT-------T-AAACATGTCTCAGCTT----A-TA--TTTT--TAGATAT-T-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGAT-TTCATCTG
gi|2784 : AAATGTGA-TCACCCGAA-TTTCCTCTGAT-----CTTTCCTAATTGC-AATATATATGCATGTAATATTATA-------TG-TAT---GAATAA-AAAAATGTTACAAA-ATGA-TAATG-AAAT---A-T--T---A-ATGGAATC---A---A-CA---A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-TTTGTG--------AAATATT-CTCAG--T---AA-CAGGCTTTTATTGATAT-------------------------TTATGATTGATATT
gi|2785 : GTGAATCATCCGA--TTTCC-CTAATATCTATTTTA-TAATCGACAA-----ATGCAAG--------TA-------TGATAT---GCA-AAAGATAATG-TA-GGATATGA-T---G-AA-T---A-TA-TT--ATAAGA--TC---A-C-AATATGAA-----CGATATCACAT-TAT---GTAA-AT-GTG------C-AAACATTTCTGCGCTT---GATTA--CTTT
gi|2785 : ATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTAAAATTGATATTCGTCTGacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagacatatgaaacattttaaaattgatattcgtctg
gi|2786 : gtgaatcatccgatttccctaatatctattttataatcgacaaatgcaagtatgatatgcaaaagataatgtaggatatgatgaatatattataagatcacaatatgaacgatatcacattatgtaaatgtgcaaacatttctgcgcttgattactttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCAAA-TTTTCTCT---------CTAC-TAATTAG-AA-----ATGCAAT-------GCA-------TG-TAT---GAA-TA-G-AAAT--TG-GAA-ATGA-T-----AAAT---A-C--CT--A-GTGG--TTTCAA-C-A-T----------TAGT--CAAAT-TAT---GGAA-TTTGT
gi|2787 : A-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGCATAA-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----C-------------------AA-GTTGTG------C-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCATCTG
gi|2788 : G-TAT---GCA-TA-GAATAT--TA-TAA-AAGA-T---G-AAGC---A-T--GT--A-AAGG--TT---A-C-A-AAA--A-----C-AT--TA-----AT---GAAA-ATTTTT------CTCAACATTT-TAGTTTT---TT-TT--TTTTTTTATACATAT-----GGAACCA-GT--------TTATGCTTGATATTCGTCTG
gi|2789 : AAAT--TA-TTG-ATCA-T---GTAAAT---A-TAGTT----------TC---A---A-CAA--A-----CAAT--CAAAT-CAT---GGAA-TTCGTA------A-AAATATTTCTTGGCAT---CA-TA--CTTCTATGGACATATA----AAAA-CA-TTGTATGTCATTATGATTGATATT
gi|2790 : --TA-GAA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TTAAA-AAGG--TT---A-C-A-TAT--ATACGTCAAT--TAATT-AAT---GGAA-ATT-TG------C-ACAGATTTt
gi|2791 : -GGA-ATGG-TT--G-A-----------TT--A-AAAA--TC---------TAA--G-----CTAT--CAAAT-TATTCTGGAA-TTTGTAAATTTTT-AAATATTTCTCAGCAC---CA-TT--CTTTTATAGACA-GT-----AAAGCCA-TT--------TTATGACTGATATTtcactcaa
gi|2792 : A-ATTA-T---T-AATC---A-T--GT--A-AAGG--TCTCCA-C-A------A-----CAAT--CAAAT-CAT---GGAA-ATTGTT------G-AAATATTTCTTGGCAT---CA-TA--CTTTTATGGACATTTTA---AAAA-TA-TT--------TTATGATTAATATT
gi|2793 : A-ATTA-T---T-GAGC---A-T--GT--A-AACG--TCTCAA-C-A------A-----CAAT--CAAAG-CAT---GGAATATTGTA------A-AAATATTTCTTTGCAT---CA-T------------ACATGT-----AAAA-CA-TT--------TTATGATTCATATTt
gi|2794 : GG--TC---A-CCA-CA---A-----CAAT--CAAAT-CAT---GGAA-TTTGTT------G-AAATATTTCTTGGCAT---CA-TA--CTTTCATGGACATATTATTAAAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTt
gi|2795 : AT--CAAAT-TAA---GGAA-TTTGTG------A-AAGTATATTTCAGCTT---AA-TA--CTTTTACAGAt
gi|2796 : ACATTTCTCAGCAT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCGTCTG
blockSeqs : A C ATCTA C AC TATAT TAATATT ACAGGTC A GTA T A GT C T T AAT T ATA T AG AA T AA ACAATATGA TACGT A AT C TCT TA AAATTTTT A T TTAA T GG A TATTA C T GTATGTCA
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . G . . . T . . . A . . . ACAATAT . A . . . A TCT A T A . . A TA C . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACCATAT . A . . . A GT A T A . . A A . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCAACAT . A . . . A GC A T A . . A . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACATAT . G . . . T GC A T G . . A . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACATAT . A . . . T GC C T A . . A . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACATAT . A . . . A GC A T T . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACAAAA . A . . . T AA G A C . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . ACATAT . T . . . G GC G A C . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TCCACA . A . . . A TG A A C . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TCAACA . A . . . T AA G A C . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ACCACA . A . . . A TG T A C . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AACAA . . . . . T GA G T A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AACA . . . . . A T A A A . . . . . . .
blockSeqs : . TAA . . . . . T G A . . . .
blockSeqs : . . . T
blockSeqCons :
originalCons : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-NTTGTG------C-AAACATTTCTCGGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTCGTCTG
finalCons : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-NTTGTG------C-AAACATTTCTCGGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTCGTCTG
Alignments
lowQualScore : 11111 11111 1111111 1111111 11111111111111 111111111 11111
lowQualScore : 5 4 11111 4 77 11111 4444444 4444444 4 777 4 4 77 3 2 2 777 2 444 2 66 33 2 33 66666666666666 66666 2 33 2 444 33 444444444 3 2 8888 2 33 1 33333 5 2 99999999
lowQualScore : . . ..... . .. ..... ....... ....... . ... . . .. . . . ... . ... . .. .. . .. .............. ..... . .. . ... .. ......... . . .... . .. . ..... . . ........
lowQualScore : 7 4 11111 4 99 11111 4444444 4444444 0 000 0 0 99 1 7 7 333 7 777 7 33 77 7 44 11111111111111 22222 8 22 4 111 44 444444444 1 2 5555 5 44 3 00000 3 7 77777777
consensus : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-NTTGTG------C-AAACATTTCTCGGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTCGTCTG
Reference ( family-809 ) : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-NTTGTG------C-AAACATTTCTCGGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTCGTCTG
gi|2779 : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCAA-AA-----ATGCATG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAA---GGAA-ATTGTG------C-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2780 : AAATGTGA-TCATCCGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TA-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---ATT--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GAAA-ATTGTG------T-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CATTT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2781 : AAATGTGA-TCATCTGAA-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGC-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GAA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-ATTATG------C-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTCTATAGACATAC-----AAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCATCTG
gi|2782 : AAATGT-A-TCATCCGAA-TT-CCTTTAAT-----CTTTC-TTATTGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TT--A-AAGG--TC---A-CAA-TAT--A-----CAAT--CAAATCTAT---GGAA-ATTGTG------C-AAACATTTCTCAGCTTTTAAA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTTGTCTG
gi|2783 : AAAT-TGA-TCATGCGAACTTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCG--AA-----ATGCAAG-------ATAACAGGTCTG-TATGTAGCA-AA-GAAAA---TA-GGA-ATGATT---G-AAG----A-T--TT--T-A--T--TC---ACC-A-TAT--A-----T-GT--CA----TGT---GG---TCTGT-------T-AAACATGTCTCAGCTT----A-TA--TTTT--TAGATAT-T-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGAT-TTCATCTG
gi|2784 : AAATGTGA-TCACCCGAA-TTTCCTCTGAT-----CTTTCCTAATTGC-AATATATATGCATGTAATATTATA-------TG-TAT---GAATAA-AAAAATGTTACAAA-ATGA-TAATG-AAAT---A-T--T---A-ATGGAATC---A---A-CA---A-----CAAT--CAAAT-TAT---GGAA-TTTGTG--------AAATATT-CTCAG--T---AA-CAGGCTTTTATTGATAT-------------------------TTATGATTGATATT
gi|2785 : GTGAATCATCCGA--TTTCC-CTAATATCTATTTTA-TAATCGACAA-----ATGCAAG--------TA-------TGATAT---GCA-AAAGATAATG-TA-GGATATGA-T---G-AA-T---A-TA-TT--ATAAGA--TC---A-C-AATATGAA-----CGATATCACAT-TAT---GTAA-AT-GTG------C-AAACATTTCTGCGCTT---GATTA--CTTT
gi|2785 : ATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTAAAATTGATATTCGTCTGacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatagacatatgaaacattttaaaattgatattcgtctg
gi|2786 : gtgaatcatccgatttccctaatatctattttataatcgacaaatgcaagtatgatatgcaaaagataatgtaggatatgatgaatatattataagatcacaatatgaacgatatcacattatgtaaatgtgcaaacatttctgcgcttgattactttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCAAA-TTTTCTCT---------CTAC-TAATTAG-AA-----ATGCAAT-------GCA-------TG-TAT---GAA-TA-G-AAAT--TG-GAA-ATGA-T-----AAAT---A-C--CT--A-GTGG--TTTCAA-C-A-T----------TAGT--CAAAT-TAT---GGAA-TTTGT
gi|2787 : A-TTTCCTCTAAT-----CTTTC-TAATCGA-AA-----ATGCAAG-------GTA-------TG-TAT---GCA-AA-GAAAAT--TA-GGA-ATGA-T---G-AAGCATAA-T--TT--A-AAGG--TC---A-C-A-TAT--A-----C-------------------AA-GTTGTG------C-AAACATTTCTCAGCTT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCATCTG
gi|2788 : G-TAT---GCA-TA-GAATAT--TA-TAA-AAGA-T---G-AAGC---A-T--GT--A-AAGG--TT---A-C-A-AAA--A-----C-AT--TA-----AT---GAAA-ATTTTT------CTCAACATTT-TAGTTTT---TT-TT--TTTTTTTATACATAT-----GGAACCA-GT--------TTATGCTTGATATTCGTCTG
gi|2789 : AAAT--TA-TTG-ATCA-T---GTAAAT---A-TAGTT----------TC---A---A-CAA--A-----CAAT--CAAAT-CAT---GGAA-TTCGTA------A-AAATATTTCTTGGCAT---CA-TA--CTTCTATGGACATATA----AAAA-CA-TTGTATGTCATTATGATTGATATT
gi|2790 : --TA-GAA-ATGA-T---G-AAGT---A-T--TTAAA-AAGG--TT---A-C-A-TAT--ATACGTCAAT--TAATT-AAT---GGAA-ATT-TG------C-ACAGATTTt
gi|2791 : -GGA-ATGG-TT--G-A-----------TT--A-AAAA--TC---------TAA--G-----CTAT--CAAAT-TATTCTGGAA-TTTGTAAATTTTT-AAATATTTCTCAGCAC---CA-TT--CTTTTATAGACA-GT-----AAAGCCA-TT--------TTATGACTGATATTtcactcaa
gi|2792 : A-ATTA-T---T-AATC---A-T--GT--A-AAGG--TCTCCA-C-A------A-----CAAT--CAAAT-CAT---GGAA-ATTGTT------G-AAATATTTCTTGGCAT---CA-TA--CTTTTATGGACATTTTA---AAAA-TA-TT--------TTATGATTAATATT
gi|2793 : A-ATTA-T---T-GAGC---A-T--GT--A-AACG--TCTCAA-C-A------A-----CAAT--CAAAG-CAT---GGAATATTGTA------A-AAATATTTCTTTGCAT---CA-T------------ACATGT-----AAAA-CA-TT--------TTATGATTCATATTt
gi|2794 : GG--TC---A-CCA-CA---A-----CAAT--CAAAT-CAT---GGAA-TTTGTT------G-AAATATTTCTTGGCAT---CA-TA--CTTTCATGGACATATTATTAAAAA-CA-TT--------TTATGATTGATATTt
gi|2795 : AT--CAAAT-TAA---GGAA-TTTGTG------A-AAGTATATTTCAGCTT---AA-TA--CTTTTACAGAt
gi|2796 : ACATTTCTCAGCAT---AA-TA--CTTTTATAGACATAT-----GAAA-CA-TT--------TTATAATTGATATTCGTCTG