lowQualScore : 333 11 5555555555555555 11 33333 22222222222222 22 11111111111 444444444444444444444 2222222222222222222222 1111111 22
lowQualScore : 333 7 1 1 1 5 1 3 1 5 11 88 1 11 55 2 1 1111111111111111 1 1 1 1 2 33 55 00 9999 2 2 3 55555 2 22 66666666666666 1 66 3 1 3 1 44 1 2 1 33 1 1 77 99999999999 55 1 5 1 5 111111111111111111111 6666 4444444444444444444444 5 1111111 44 22 2 55 4 88 2 77 0 666
lowQualScore : ... . . . . . . . . . .. .. . .. .. . . ................ . . . . . .. .. .. .... . . . ..... . .. .............. . .. . . . . .. . . . .. . . .. ........... .. . . . . ..................... .... ...................... . ....... .. .. . .. . .. . .. . ...
lowQualScore : 333 6 9 9 9 5 8 6 8 5 66 00 8 66 00 6 3 2222222222222222 3 3 3 3 6 11 66 55 2222 6 3 5 44444 4 99 77777777777777 2 55 6 2 6 2 55 2 4 2 33 2 2 11 99999999999 66 3 7 4 7 444444444444444444444 0000 8888888888888888888888 0 6666666 88 99 1 00 2 22 1 77 8 444
consensus : CCAC-A-ATTGT-T-AC-AA-GC-T-T-GTCA-GCT-G--AA--CC-ACCAC--A-TT-G-TT--CAA---GC-----T-T-G-T-C-A--GCT--G--AA----C-CA-CCAC-A---T-GT-T--AC--A---G---C---T-T--GTC-A-G-CT-G-AA-A-C-C--AC-C-ACA-TTG--T-----A--C--AA-G-C-T-TGGTCAG--G-CTGGA------AC----CA--N----A----TTG-T-----AC-A---G-C-TTTGTCA-G--CT-G--AA-CCAACCACA-TTG-TTACAAGC-TTGTC
Reference ( gi|33494 ) : CCACCA-ATTGT-T-AC-AA-GC-T-T-GTCA-GCT-G--AA--CC-ACCAC--A-CT-G-TT--CAA---A------T-T-G-T-C-A--GCT--G--AA----C-CA-CCAC-A---G-GT-T--AC--A---G---C---T-T--GTC-A-G-CT-G-AA-A-C-C--AC-C-AC--TTG--T-----A--C--AA-G-C-T-TGATCAGC-G-CTGGA------AC----CA--A----A----TTG-T-----AC-A---G-C-TTTGTC--G--CT-G--AA-CCAACCACA-TTG-TTACAAGC-TTGTC
gi|33486 : CCAC---ATTGT-T-AC-AA--T-T-T-GTCA-GTG-G--AA--CC-ACCAC--A-TT-G-TTA-CAA---GC-----T-T-G-T-C-A--GCT--GAAAA----C-CA-CCAC-A---T-TT-T--ACA-A---G---C---T-T--TCC-A-G-CT-G-GA-A---C--AC-C-ACA-TTGT-T-----A--C--AA-G-C-T-TTGTCA---G-CTGAA------AC----CA--
gi|33499 : CCACCA-ATTGT-T-AC-AA-GC-T-T-GTCA-GCT-G--AA--CC-ACCAC--A-CT-G-TT--CAA---A------T-T-G-T-C-A--GCT--G--AA----C-CA-CCAC-A---ccacatt
gi|33490 : cattgtttacaactatgtcagctgaaccaccacattgacaaaagcttgtcagctaaaCCAC---ATTGT-T-AC-AA-GCTT-T-GTCA-GCT-GA-AA--CC-ACCAC--A-TT-G-T----AA---AAGC---T-T-T-T-C-A--GCTAGA--AA----C-CA-CCAC-A---T-GT-T--ACA-A---G---CT--T-T--GTCAA-G-CT-G-AACA-C-C--A--C-AC--TTGT-T-----A--C--AA-G-C-T-TTGTCA---G-CTGAA------AC----CA--
gi|33488 : CCAC---ATTGT-T-AC-AA-GCTT-T-GTCA-GCT-GGAAA--CA-ACCAC--A-TT-G-TTA-CAA---CGCT---T-T-G-T-C-A--GCT--G--AA----C-CA-CC-C-ATT-G-TT-T--AC--A---A---C---TAT--GTC-A-G-CT-G--A-A-C-C--AC-C-ACA-TTG--------A--CAAAA-G-C-T-TG-TCA---G-CT-AA------AC----CACCA----A----TTGTT-----AC-A---A-G-CTTGTC--c
gi|33489 : CCAC---ATTGT-T-AC-AA-GC-T-T-GTCA-GCT-G--AA--AC-ACCAA--T-TT-G-TTTACAA---GACT---T-T-G-T-CAA--GCT--G--AA----C-CA--CAC-AT--T-GT-T--AC--A---G---A---T-T--GCA-A-T-CT-G--A-A-C-C--AC-C-ACA-TTT--T-----A--C--AA-G-C-T-TTGTCA---G-CTGAACC----AC----CA--C----A----TTT-T-----ACAA---G-C-TT
gi|33498 : CCACCACATTGT-T-AC-AA-GT-T-T-GTCA-AT-----AA--CC-ACCAC--A-TT-G-TTA-CAA---T------T-T-G-T-C-A--GTG--G--AA----C-CA-CCAC-AT--T-GT-T--ACA-A---G---C---T-T--GTC-A-G-CT-GAAA-A-C-C--AC-C-ACA-TTT--T-----A--C--AA-gc
gi|33487 : cattatacaagctgtcaagctgaaaccaccactttgtcactgaaaaCCACTA-GTTGT---ACTAA-GC-T-T-TGCA-GCT-G--GA--AC-ACCAC--A-TT-G-TT--CAAAGCA------T-T-G---C-A--GCTG-G--AA----CTCA-CCAC-A---T-GT-T--ACA-A---G---CT--T-T--GTC-A-G-CT-G-AA-C-C-C--AC-C-AC--
gi|33487 : ccacacttgttacaagctttgtcagctgaaaccaCCAC-A-CTTGT-T-AC-AA-GCTT-T-GTCA-GCT-GA-AA--CC-ACCACTAG-TT-G-TA--CTA---AGCT---T-T-G---C-A--GCT--G--GA----A-CA-CCAC-ATT-G-TT-C--AA--A---G---CA--T-T--G-C-A-G-CT-G-GA-A-CTC--AC-C-AC--ATGT-T-----A--C--AA-G-C-T-TTGTCA---G-CTGAA------CC----CA--atct
gi|33493 : CCAC---ATTGTAT-AC-AA-GC-T-TTGTCA-GCT-G--AAA-CC-AAAAC--A-CTTG-TT--AAA---AACAGCTT-T-G-T-C-A--GCT--G--AAA---C-CAACCAT-A---TTGT-T--AC--AA--G---C---T-TTTGTC-A-G-CT-G-GA-A---C--AC-C-AC--ccacatct
gi|33484 : CCAC---ATTGTCT-AC-AA-GC-T-T-GT-A-GCTGG--AA--CC-ACCAC--aca
gi|33483 : CCAC---ATTGTCT-AC-AA-GC-T-T-GT-A-GCTGG--AA--CC-ACCAC--catgttacaccgcgttgtcagactggaaccccacattttaacgaagactatgttcagatggatcccaacatagtgacaaactttgtcagtgaacaaccacatttttcaattgccccag
gi|33482 : CCAC---ATTGTCT-AC-AA-GC-T-T-GT-A-GCTGG--AA--CC-ACCAC--catgttacaccgcgttgtcagactggaaccccacattttaacgaagactatgttcagatggatcccaacatagtgacaaactttgtcagtgaacaaccacatttttcaattgccccag
gi|33495 : CCAC---ATT-T-T-AC-AA-GC-T-T-G-CA-GCT-GA-AA--CC-ACCAC--A-TT-GATTA-CAAG--A------T-T-G-TCC-A--GCTG-G--AA----C-CA-CCAcatgttacaccgcgttgtcagactggaaccccacattttaacgaagactatgttcagatggatcccaacatagtgacaaactttgtcagtgaacaaccacatttttcaattgccccag
gi|33485 : CACCA-CATGT-T-AC-AA-GC-T-TTGTCA-GCT-G--AAC-CC-ACCAC--ATCT-G-TTA-CAA---GCT----T-T-G-T-C-A--GCT--G--GATTACC-CA-CCAC-AT--T-GT-T--ACA-A---G---CT--T-T--GTC-A-G-CTGG-AA-A-C-A--AC-C-ACA-TTGT-T-----A--C--AA-acacacctcaaaacgaa
gi|33491 : ccacattgttcaaagcattgcagctggaactACCACATTGT-T-AC-AA-GC-T-T-GTCA-GCT-G--AA--AC-ACCAA--T-TT-G-TTTACAA---GACT---T-T-G-T-CAA--GCT--G--AA----C-CA--CAC-AT--T-GT-T--AC--A---G---A---T-T--GCA-A-T-CT-G--A-A-C-C--AC-C-ACA-TTT--T-----A--C--AA-
gi|33491 : ccaaattgtacagctttgtcgctgaaccaA-ATTGT---AC-AG-CT-T-T-GTC--GCT-G--AA--CCAACCAC--A-TT-G-TTA-CAA---GC-----T-T-G-T-C-A--GCT--G--AA----A-CA-CCA--ATTTG-TT-T--AC--A---AGACT---T-T--GTCAA-G-CT-G--A-A-C-C--ACAC-A---TTGT-T-----A--C---A-G-A-T-TG--CAAT---CTGAACC----AC----CA--C----A----TTT-T-----AC-A---
gi|33497 : cca-ATTGT-T-AC-AA-GC-T-T-GTCA-GCT-GA-AA--CC-ACCAC--A-TT-G-TA--CAA---AGCT---T-T-G-T-C-A--GCTA-A--AA----C-CA-CCAC-AT--T-GTAT--ACA-A---G---CT--T-T--GTC-A-G-CT-G-AA-A-C-CAAAA-C-AC--TTG--TTAAAAA--C---A-G-C-T-TTGTCA---G-CTGAA------AC----CA--ACCATA----TTGTT-----AC-A---a
gi|33499 : cac-ATTGT-TTAC-AA--C-TAT-GTCA-GCT-G--AA--CC-ACCAC--A-TT-G--A--CAA---AAGC---T-T-G-T-C-A--GCT--A--AA----C-CA-CCAA-T---T-GT-T--ACA-A---G---C---T-T--GTC-A-G-CT-G--A-A-C-C--AC-C-ACA-CTG--T-----T--C--AA-A---T-TG-TCA---G-CT-GA------AC----CA--a
gi|33492 : cTGT-T-AC-AAAGC-T-T--TCA-GCT-G--GA--AC-ACCAT-----T-A-TA--CAA---G------C-T-G-T-C-AA-GCT--G--AAA---C-CA-CCAC-------------------------T---T-T--GTC-A---CT-G-AA-AAC-C--AC-C-ACA-TTG--TT----A--C--AA-G-T-T-TG-TCAAT-AACC---------AC----CA--C----A----TTG-TT----AC-A---A---TTTGTCA-G--TG-G--AA-CCA-CCACA-TTG-TTACAAGC-TTGTCccaca
gi|33496 : ccacaGT-T-AC-A--GC-T-T-GTCA-GCT-GA-AA--CC-ACCAC----TT-G-TA--CAA---GC-----T-T-GAT-C-AGCGCT--G--GA-------A-CCAA-A---T-TG-T--AC--A---G---CT--T-T--GTC---G-CT-G-AA-C-C-A--AC-C-ACA-TTGT-T-----A--C--AA-G-C-T-TG-TCA---G-CTGAA------ACA---CC--A----A----TT
gi|33498 : ccacag-T-AC-AA-GC-T---GTCAAGCT-G--AAA-CC-AC--C--A-CT--------------------T-T-G-T-C-A---CT--GAAAA----C-CA-CCAC-AT--T-GT-T--ACA-A---G---T---T-T--GTC-A-A-T-----A-A-C-C--AC-C-ACA-TTGT-T-----A--C--AA---T-T-TG-TCAG-----TGGA------AC----CACCAC---A----TTGTT-----AC-A---A-G-CTTGTCA-G--CT-GAAAA-CC-ACCACA-TT--TTACAAt
gi|33498 : catta-T-T-GTCA--CT-G--AAAACC-ACCAC--A-TT-G-TTA-CAA---GT-----T-T-G-T-C-A--AT------AA----C-CA-CCAC-AT--T-GT-T--AC--A---A---T---T-T--GTC-A-G--T-G-GA-A-C-C--AC-C-ACA-TTGT-T-----A--C--AA-G-C-T-TG-TCA---G-CTGAAAACC--AC----CA--C----A----TTT-T-----AC-A---
gi|33485 : cattatacaagctgtcaagctgaaaccaccactCCAC--A-TT-G-TT--CAA---AGCA---T-T-G---C-A--GCT--GG-AA----CTCA-CCAC-A---T-GT-T--AC--AA--G---C---T-TT-GTC-A-G-CT-G-AA-C-C-C--AC-C-ACATCTG--TT----A--C--AA-G-C-T-TTGTCAGC----TGGATTACCCAC----CA--C----A----TTG-TT----AC-AA--G-C-TTTGTCA-G--CT-GG-AA-ACAACCACA-TTG-TTACAAa
gi|33486 : CCAC--A-TT-G-TTA-CAA---T------T-T-G-T-C-A--GTG--G--AA----C-CA-CCAC-A---TTGT-T--AC--AA--G---C---T-T--GTC-A-G-CT-G-AA-AAC-C--AC-C-ACA-TTT--T-----A--C--AA-G-C-T-T--TC--CAG-CTGGA------ACAC--CA--C----A----TTG-TT----AC-AA--G-C-TTTGTCA-G--CT-G--AA-ACCACCACA-TT
gi|33488 : CCAC--A-TT-G-TTA-CAA---GCT----T-T-G-T-C-A--GCT--GGAAA----C-AA-CCAC-A---TTGT-T--AC--A---A---CGCTT-T--GTC-A-G-CT-G-AA---C-C--AC-C-CA--TTG--TTT---A--C--AA---C-TATG-TCAGC----TGAACC----AC----CA--C----A----TTG-------AC-AAAAG-C-TT-GTCA-G--CT-A--AA-CCA-CCA-A-TTG-TTACAAGC-TTGTC
gi|33489 : CCAC--A-TT-G-TTA-CAA---GC-----T-T-G-T-C-A--GCT--G--AA----A-CA-CCA--ATTTG-TT-T--AC--A---AGACT---T-T--GTC-AAG-CT-G-AA---C-C--AC---ACA-TTG--TT----A--C--A--G-A-T-TG--CAAT---CTGAACC----AC----CA--C----A----TTT-T-----AC-AA--G-C-TTTGTCA-G--CT-G--AA-CCA-CCACA-TT--TTACAAGC-TTG
gi|33491 : CCAA--A-TT-G-TA--CAG---C------T-TTG-T-C----GCT--G--AA----C-CAACCAC-A---TTGT-T--AC--AA--G---C---T-T--GTC-A-G-CT-G-AA-A---C--AC-CAAT--TTGTTT-----A--C--AA-GAC-T-TTGTCAA--G-CT-GA------AC----CAC-AC---A----TTGTT-----AC-A---G-A--TTG-C--AATCT-G--AA-CC-ACCACA-TT--TTACAAc
gi|33487 : CCAC--A-CTTG-TTA-CAA---GCT----T-T-G-T-C-A--GCT--G--AAA---C-CA-CCAC-T---A-GT-TGTACTAA---G---C---T-T--TGC-A-G-CT-G-GA-A-C----AC-C-ACA-TTG--T-----T--C--AAAG-CAT-TG--CAGC----TGGA------ACTCACCA--C----A----TGT-T-----AC-AA--G-C-TTTGTCA-G--CT-G--AA-CCCACCACA-T
gi|33484 : CCAC--A-TT-G-TCTACAA---GC-----T-T-G-T---A--GCT--GG-AA----C-CA-CCACCA---T-GT-T--AC--ACC-G---CG--T-T--GTC-A-GACT-G-GA-A-C-C---C-C-ACA-TTT--T-----AA-CG-AA-GAC-TATGTTCAGA----TGGAT-----CC----CA--AC---A----TAG-TG----AC-A---AAC-TTTGTC--A--GT-G--AA-C-AACCACA-TTT-TT-CAA---TTGCCct
gi|33483 : CCAC--A-TT-G-TCTACAA---GC-----T-T-G-T---A--GCT--GG-AA----C-CA-CCACCA---T-GT-T--AC--ACC-G---CG--T-T--GTC-A-GACT-G-GA-A-C-C---C-C-ACA-TTT--T-----AA-CG-AA-GAC-TATGTTCAGA----TGGAT-----CC----CA--AC---A----TAG-TG----AC-A---AAC-TTTGTC--A--GT-G--AA-C-AACCACA-TTT-TT-CAA---TTGCCccag
gi|33482 : CCAC--A-TT-G-TCTACAA---GC-----T-T-G-T---A--GCT--GG-AA----C-CA-CCACCA---T-GT-T--AC--ACC-G---CG--T-T--GTC-A-GACT-G-GA-A-C-C---C-C-ACA-TTT--T-----AA-CG-AA-GAC-TATGTTCAGA----TGGAT-----CC----CA--AC---A----TAG-TG----AC-A---AAC-TTTGTC--A--GT-G--AA-C-AACCACA-TTT-TT-CAA---TTGCCccag
gi|33495 : CCAC--A-TT-T-TA--CAA---GC-----T-T-G---C-A--GCT--G--AAA---C-CA-CCAC-ATT-G-AT-T--AC--AA--G---A---T-T--GTCCA-G-CT-G-GA-A-C-C--AC-C-Accag
gi|33497 : CAC--A-TT-G-TTA-CAA---GC-----T-T-G-T-C-A--GCT--G--AAA---C-CA-CCAC-A---T-TG-T--AC--AAA-G---C---T-TT-GTC-A-G-CT-A-AA-A-C-C--AC-C-ACA-TTG--T-----ATAC--AA-G-C-T-TTGTCAGC----TGAA------AC----CA--A----AACACTTG-TTAAAAAC-A---G-C-TTTGTCA-G--CT-G--AAACCAACCATA-TTG-TTACAAacacacctcaaaacgaa
gi|33499 : C--A-TT-G-TTTACAA---C------TAT-G-T-C-A--GCT--G--AA----C-CA-CCAC-A------T-TG-AC--AAAAG---C---T-T--GTC-A-G-CT---AA-A-C-C--AC-C-AA--TTGT-T-----A--C--AA-G-C-T-TG-TCA---G-CTGAACC----AC----CA--C----A----CTG-T-----TC-A---A-A--TTGTCA-G--CT-G--AA-CC-ACCACA-
gi|33496 : -CCAC-A---G-GT-T--AC--A---G---C---T-T--GTC-A-G-CT-G-AA-A-C-C--AC-C-AC--TTG--T-----A--C--AA-G-C-T-TGATCAGC-G-CTGGA------AC----CA--A----A----TTG-T-----AC-A---G-C-TTTGTC--G--CT-G--AA-CCAACCACA-TTG-TTACAAGC-TTGTC
gi|33490 : -CCAC-A---TTGT-T--AC--AA--G---C---T-TT-GTC-A-G-CT-G-AA-A-C-C--AC-C-ACA-TTG--T-----A--A--AA-G-C-T-TT-TCA---G-CTAGAAACC--AC----CA--C----A----TGT-T-----ACAA---G-C-TTTGTCAAG--CT-G--AA-C--ACCACACTTG-TTACAAGCTTTGTCagctgaaacaccaattt
gi|33493 : -CCAC-A---TTGTAT--AC--AA--G---C---T-TT-GTC-A-G-CT-G-AA-A-C-CAAAA-C-AC--TTG--TTAAAAA--C---A-G-C-T-TTGTCA---G-CTGAA------AC----CA--ACCATA----TTGTT-----ACAA---G-CTTTTGTCA-G--CTGG--AA-C--ACCACA-agctgaaaccac
gi|33495 : -CCAC-A---T-TT-T--AC--AA--G---C---T-T--G-C-A-G-CT-G-AA-A-C-C--AC-C-ACA-TTGATT-----A--C--AA-G-A-T-TGTCCA---G-CTGGA------AC----CA--ca
gi|33493 : C-C-ACA-TTG--T-----ATAC--AA-G-C-T-TTGTCAGC----TGAA------AC----CA--A----AACACTTG-TTAAAAAC-A---G-C-TTTGTCA-G--CT-G--AAACCAACCATA-TTG-TTACAAGC-TTccaacacacctcaaaacgaa
gi|33491 : C----CA--A----A----TTG-T-----AC-A---G-C-TTTGTC--G--CT-G--AA-CCAACCACA-TTG-TTACAAGC-TTGTCttgtcagctggaacaccacaca
gi|33495 : C----CA--C----A----TTT-T-----AC-A---A-G-CTTGCA--G--CT-G--AA-ACCACCACA-TTGATTACAAGA-TTGTCagctgaaacaccaatttgtttacaagactttgtcaagctgaaccacacattgttacagattgcaatctgaaccaccacattttacaa
Alignments
lowQualScore : 1 222 11 111 2222 1 1111111 1111 111111 111111111111 33333 111
lowQualScore : 4 9 3 33 6 3 77 3 77 6 2 33 888 2 9999999 2 2 33 22 77 2 2 000 4 2 2 2222 1 2 4 2 6 66 2 2 2 2 4444444 6 8 9999 9999 1 333333 33 333333333333 3 33333 3 000 3 77 6 55 4 3 8
lowQualScore : . . . .. . . .. . .. . . .. ... . ....... . . .. .. .. . . ... . . . .... . . . . . .. . . . . ....... . . .... .... . ...... .. ............ . ..... . ... . .. . .. . . .
lowQualScore : 4 9 3 88 7 3 99 3 99 7 4 11 888 4 4444444 4 4 22 66 99 4 1 777 4 2 2 3333 1 2 4 2 7 99 2 2 1 1 4444444 3 9 9999 6666 1 333333 11 444444444444 1 88888 1 444 8 99 7 88 6 2 8
consensus : CCAC-A-TTGTT-ACAA-GC-T-T--GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTGTT--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTG-AAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C-AAG-CT-TTGTCAG--GCTGGA------AC--C--AC---A----TTG-TT----AC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
Reference ( family-808 ) : CCAC-AATTGTT-ACAA-GC-T-T--GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTGTT--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTG-AAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C-AAG-CT-TGGTCAG--GCTGGA------AC--C--AN---A----TTG-T-----AC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTC
gi|33482 : -CCAC--ATTGTCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTG-GAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CGAAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAAC---A----TAG-TG----AC-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCC
gi|33483 : -CCAC--ATTGTCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTG-GAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CGAAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAAC---A----TAG-TG----AC-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33484 : -CCAC--ATTGTCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTG-GAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CGAAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAAC---A----TAG-TG----AC-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33485 : -CCAC--ATTGTT--C-AAA-G--CATTG-C-A-GCT--GG-AA--CTCA-CCAC-A-T-G-TT-AC-AA-GC-T-TTGTC-AG-CTG-AAC-C-CACCACA-TCTG--TTA--C-AAG-CT-TTGTCAG---CTGGATTACCCAC--C--AC---A----TTG-TT----AC-AAG-CTTTGTCAGCTGG-AA-ACAACCACATTGTTACAAccag
gi|33486 : CCAC-A-TTGTT-ACAA--T-T-T--GTCA-GTGG--AA-CCA-CCAC--ATTGTTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--GAAAA--C-CA-CCAC-A-T-T-TT-ACAA--GC-T-T-TCC-AG-CTG-GAA---CACCACA-T-TGT-T-A--C-AAG-CT-TTGTCA---GCTGAA------AC--C--A
gi|33487 : CCAC-ACTTGTT-ACAA-GCTT-T--GTCA-GCTGA-AA-CCA-CCACTAGTTGTA--CTAA--G--C-TTTGC-A-GCT--G--GA--A-CA-CCAC-ATT-G-TTCAA-A--GCAT-T-G-C-AG-CTG-GAA-CTCACCACA-T-GT--T-A--C-AAG-CT-TTGTCA---GCTGAACCC---AC--C--AC---A----Tccacatt
gi|33488 : CCAC-A-TTGTT-ACAA-GCTT-T--GTCA-GCTGGAAA-CAA-CCAC--ATTGTTA-C-AAC-G--CTTTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CC-C-ATT-GTTT-AC-A--AC-TAT-GTC-AG-CTG--AA-C-CACCACA-T-TG----A--C-AA----------AA--GCT----------------------------------------------TGTCAGCTA--AA-CC-ACCA-ATTGTTACAAGCTTGTCct
gi|33489 : CCAC-A-TTGTT-ACAA-GC-T-T--GTCA-GCTG--AA-ACA-CCAA--TTTGTTTAC-AA--GACT-TTGTCAA-GCT--G--AA--C-CA--CAC-ATT-G-TT-AC-A--GA-T-T-GCA-AT-CTG--AA-C-CACCACA-T-TT--T-A--C-AAG-CT-TTGTCA---GCTGAACC----AC--C--AC---A----TTT-T-----ACAA-G-CTT
gi|33490 : CCAC-A-TTGTT-ACAA-GC-T-TT-GTCA-GCTG--AAACCA-CCAC--ATTGTA--A-AA--G--C-TTTTC-A-GCTAGA--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-ACAA--GCTT-T-GTCAAG-CTG-AA----CACCACACT-TGT-T-A--C-AAG-CT-TTGTCA---GCTGAA------AC--C--Agc
gi|33491 : -CCAA--ATTGTA--C-AG--C--T-TTGTC---GCT--G--AA--C-CAACCAC-A-TTG-TT-AC-AA-GC-T-T-GTC-AG-CTG-AAA---CACCAAT-T-TGTTT-A--C-AAGACT-TTGTCAA--GCT-GA------ACCAC--AC---A----TTGTT-----AC-A-G-A-TTGCAATCTG--AA-CC-ACCACATT-TTACAAc
gi|33492 : CCAC-A--TGTT-ACAAAGC-T-T---TCA-GCTG--GA-ACA-CCA----TTATA--C-AA--G--C-T-GTC-AAGCT--G--AAA-C-CA-CCAC-----------------T-T-T-GTC-A--CTG-AAAAC-CACCACA-T-TG--TTA--C-AAG-TT-TG-TCAATAACC---------AC--C--AC---A----TTG-TT----AC-A-A--TTTGTCAGTGG--AA-CCA-CCACATTGTTACAAGCTTGTC
gi|33493 : CCACA-T-TG--T-ATAC-AAG-CT-TTGTCAG---CTGAA------AC--C--AA---AACACTTG-TTAAAAAC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AAACCAACCATATTGTTACAAGCTT
gi|33493 : ATTGTT-ACAA-GC-T-TTTGTCA-GCTG--GA-ACA-CCAC--Attgtcagctggaacaccacaca
gi|33494 : ccacattgtatacaagctttgtcagctgaaaccaaaacacttgttaaaaacagctttgtcagctgaaaccaaccatCCACCAATTGTT-ACAA-GC-T-T--GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ACTGTT--C-AA--A----TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-G-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTG-AAA-C-CACCAC--T-TG--T-A--C-AAG-CT-TGATCAGC-GCTGGA------AC--C--AA---A----TTG-T-----AC-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCca
gi|33495 : -CCAC-A-T-T-TT-AC-AA-GC-T-T-G-C-AG-CTG-AAA-C-CACCACA-T-TGATT-A--C-AAG-AT-T-GTCCA--GCTGGA------AC--C--A
gi|33496 : -CCAC-A-G-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTG-AAA-C-CACCAC--T-TG--T-A--C-AAG-CT-TGATCAGC-GCTGGA------AC--C--AA---A----TTG-T-----AC-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCccaacacacctcaaaacgaa
gi|33496 : CCA--AATTGT--ACAG-CT-T-T--GTC--GCTG--AA-CCAACCAC--ATTGTTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--A-CA-CCAagctgaaacaccaattt
gi|33497 : ccacaggttacagcttgtcagctgaaaccaccacttgtacaagcttgatcagcgctggaaCAC--ATTGTTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AAA-C-CA-CCAC-A-T-T-GT-AC-AAAGC-T-TTGTC-AG-CTA-AAA-C-CACCACA-T-TG--T-ATAC-AAG-CT-TTGTCAG---CTGAA------AC--C--AA---AACACTTG-TTAAAAAC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AAACCAACCATATTGTTACAAattt
gi|33498 : T-ACAA-GC-T----GTCAAGCTG--AAACCA-CCAC-------------------T-TTGTC-A--CT--G--AAAAC-CA-CCAC-A-TTG-TT-AC-AA-GT-T-T-GTC-AA-T----AA-C-CACCACA-T-TG--TTA--C-AA---T-TTGTCAG----TGGA------AC--C--ACCACA----TTG-TT----AC-A-A-GCTTGTCAGCTGAAAA-CC-ACCACATT-TTACAA
gi|33498 : cattaCCAC-A-TTGTT-ACAA-GT-T-T--GTCA-AT----AA-CCA-CCAC--ATTGTTA-C-AA-----T-TTGTC-A-GTG--G--AA--C-CA-CCAC-ATT-G-TT-ACAA--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAAA-C-CACCACA-T-TT--T-A--C-AA
gi|33499 : cattatacaagctgtcaagctgaaaccaccactttgtcactgaaaaccaATTGTTTACAA--C-TAT--GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTGA---C-AAAAG--C-TTGTC-A-GCT--A--AA--C-CA-CCAA-T-T-G-TT-ACAA--GC-T-T-GTC-AG-CTG--AA-C-CACCACA-C-TG--T-T--C-AAA-TT---GTCA---GCT-GA------AC--C--A
Alignments
lowQualScore : 11 222 11 22 1 1111111 2222 111111 1111 11
lowQualScore : 55 3 3 55 22 3 3 3 88 7 2 33 888 2 88 33 5 2 2 33 33 88 2 2 999 4 2 2 7 22 1 2 4 2 7 5 2 2 2 2 6666666 99 8 6 1111 1 777777 33 99 777 33 5 3333 3 999 5 88 7 3 5 4 22
lowQualScore : .. . . .. .. . . . .. . . .. ... . .. .. . . . .. .. .. . . ... . . . . .. . . . . . . . . . . ....... .. . . .... . ...... .. .. ... .. . .... . ... . .. . . . . ..
lowQualScore : 00 6 6 00 33 6 6 6 66 3 5 22 666 5 44 44 0 5 5 44 44 44 5 2 555 7 4 4 1 44 8 4 7 4 1 5 4 4 2 2 2222222 77 9 7 5555 1 222222 11 22 888 11 7 1111 1 777 1 66 3 6 9 4 11
consensus : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTGTN--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C--AAG-CTTTGT-CAG--GCTGGA------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
Reference ( family-808 ) : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTGTT--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C--AAG-CTTTGT-CAG--GCTGGA------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
gi|33482 : -CCAC--ATTGTCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTGGAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CG-AAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAA---C--A-TAGTGA----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCC
gi|33483 : -CCAC--ATTGTCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTGGAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CG-AAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAA---C--A-TAGTGA----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33484 : -CCAC--ATTGTCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTGGAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CG-AAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAA---C--A-TAGTGA----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33485 : -CCAC--ATTGTT--C-AAA-G--CATTG-C-A-GCT--GG-AA--CTCA-CCAC-A-T-G-TT-AC-AA-GC-T-TTGTC-AG-CTGAAC-C-CACCACA-TCTG--TTA--C--AAG-CTTTGT-CAG---CTGGATTACCCAC--C--A---C--A-TTGTTA----C-AAG-CTTTGTCAGCTGG-AA-ACAACCACATTGTTACAAccag
gi|33486 : CCAC--A-TTGTT-ACAA--T--T-T-GTCA-GTGG--AA-CCA-CCAC--ATTGTTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--GAAAA--C-CA-CCAC-A-T-T-TT-ACAA--GC-T-T-TCC-AG-CTGGAA---CACCACA-T-TGT-T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAA------AC--C--A---C--
gi|33487 : CCAC--ACTTGTT-ACAA-GCT-T-T-GTCA-GCTGA-AA-CCA-CCACTAGTTGTA--CTAA--G--C-TTTGC-A-GCT--G--GA--A-CA-CCAC-ATT-G-TTCAA-A--GCAT-T-G-C-AG-CTGGAA-CTCACCACA-T-GT--T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAACCC---AC--C--A---C--A-Tcacatt
gi|33488 : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GCT-T-T-GTCA-GCTGGAAA-CAA-CCAC--ATTGTTA-C-AAC-G--CTTTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CC-C-ATT-GTTT-AC-A--AC-TAT-GTC-AG-CTG-AA-C-CACCACA-T-TG----A--CAAAAG-C-TTGT-CA---GCT-AA------AC--C--A---CCAA-TTGTTA----C-A-A-GCTTGTCct
gi|33489 : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-ACA-CCAA--TTTGTTTAC-AA--GACT-TTGTCAA-GCT--G--AA--C-CA--CAC-ATT-G-TT-AC-A--GA-T-T-GCA-AT-CTG-AA-C-CACCACA-T-TT--T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAACC----AC--C--A---C--A-TT-TTA----CAA-G-CTT
gi|33490 : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-TTGTCA-GCTG--AAACCA-CCAC--ATTGTA--A-AA--G--C-TTTTC-A-GCTAGA--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-ACAA--GCTT-T-GTCAAG-CTGAA----CACCACACT-TGT-T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAA------AC--C--A---C--gc
gi|33491 : -CCAA--ATTGTA--C-AG--C--T-TTGTC---GCT--G--AA--C-CAACCAC-A-TTG-TT-AC-AA-GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA---CACCAAT-T-TGTTT-A--C--AAGACTTTGT-CAA--GCT-GA------ACCAC--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-A-TTGCAATCTG--AA-CC-ACCACATT-TTACAA
gi|33492 : CCAC--A-T-GTT-ACAAAGC--T-T--TCA-GCTG--GA-ACA-CCA----TTATA--C-AA--G--C-T-GTC-AAGCT--G--AAA-C-CA-CCAC-----------------T-T-T-GTC-A--CTGAAAAC-CACCACA-T-TG--TTA--C--AAG--TTTGT-CAATAACC---------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-A--TTTGTCAGTGG--AA-CCA-CCACATTGTTACAAGCTTGTC
gi|33493 : CCACA-T-TG--T-ATAC--AAG-CTTTGT-CAG---CTGAA------AC--C--AAAAC--ACTTGTTAAAAAC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AAACCAACCATATTGTTACAAGCTT
gi|33493 : CCAT--A-TTGTT-ACAA-GCTTT-T-GTCA-GCTG--GA-ACA-CCAC--Attgtcagctggaacaccacaca
gi|33494 : ccacattgtatacaagctttgtcagctgaaaccaaaacacttgttaaaaacagctttgtcagctgaaaccaaCCACCAA-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ACTGTT--C-AA--A----TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-G-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCAC--T-TG--T-A--C--AAG-CTTGAT-CAGC-GCTGGA------AC--C--A---A--A-TTG-TA----C-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCca
gi|33495 : -CCAC-A-T-T-TT-AC-AA-GC-T-T-G-C-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TGATT-A--C--AAG-A-TTGT-CCA--GCTGGA------AC--C--A---C--
gi|33496 : -CCAC-A-G-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCAC--T-TG--T-A--C--AAG-CTTGAT-CAGC-GCTGGA------AC--C--A---A--A-TTG-TA----C-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCcaacacacctcaaaacgaa
gi|33496 : CCAA--A-TTGT--ACAG-CT--T-T-GTC--GCTG--AA-CCAACCAC--ATTGTTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--A-CA-CCAagctgaaacaccaattt
gi|33497 : ccacaggttacagcttgtcagctgaaaccaccacttgtacaagcttgatcagcgctggaaCAC--ATTGTTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AAA-C-CA-CCAC-A-T-T-GT-AC-AAAGC-T-TTGTC-AG-CTAAAA-C-CACCACA-T-TG--T-ATAC--AAG-CTTTGT-CAG---CTGAA------AC--C--AAAAC--ACTTGTTAAAAAC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AAACCAACCATATTGTTACAAattt
gi|33498 : C--A-TTAT--ACAA-GC--T---GTCAAGCTG--AAACCA-CCAC-------------------T-TTGTC-A--CT--G--AAAAC-CA-CCAC-A-TTG-TT-AC-AA-GT-T-T-GTC-AA-T---AA-C-CACCACA-T-TGT-T-A--C--AA---TTTGT-CAG----TGGAACC---AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-A-GCTTGTCAGCTGAAAA-CC-ACCACATT-TTACAA
gi|33499 : C--A-TTGTTTACAA--C--TAT-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTGA---C-AAAAG--C-TTGTC-A-GCT--A--AA--C-CA-CCAA-T-T-G-TT-ACAA--GC-T-T-GTC-AG-CTG-AA-C-CACCACA-C-TG--T-T--C--AAA---TTGT-CA---GCT-GA------AC--C--A---C--
Alignments
lowQualScore : 11 222222 11 22 1 1111111 2222 111111 1111 11
lowQualScore : 55 3 3 55 22 3 3 3 88 7 2 33 111111 2 88 33 5 2 2 33 33 88 2 2 999 4 2 2 7 22 1 2 4 2 7 5 2 2 2 2 6666666 99 8 6 1111 1 777777 33 99 777 33 5 3333 3 999 5 88 7 3 5 4 22
lowQualScore : .. . . .. .. . . . .. . . .. ...... . .. .. . . . .. .. .. . . ... . . . . .. . . . . . . . . . . ....... .. . . .... . ...... .. .. ... .. . .... . ... . .. . . . . ..
lowQualScore : 00 6 6 00 33 6 6 6 66 3 5 22 222222 5 44 44 0 5 5 44 44 44 5 2 555 7 4 4 1 44 8 4 7 4 1 5 4 4 2 2 2222222 77 9 7 5555 1 222222 11 22 888 11 7 1111 1 777 1 66 3 6 9 4 11
consensus : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTG--TN--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C--AAG-CTTTGT-CAG--GCTGGA------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
Reference ( family-808 ) : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTG--TN--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C--AAG-CTTTGT-CAG--GCTGGA------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
gi|33482 : -CCAC--ATTG--TCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTGGAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CG-AAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAA---C--A-TAGTGA----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCC
gi|33483 : -CCAC--ATTG--TCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTGGAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CG-AAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAA---C--A-TAGTGA----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33484 : -CCAC--ATTG--TCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTGGAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CG-AAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAA---C--A-TAGTGA----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33485 : -CCAC--ATTG--TT--C-AAA-G--CATTG-C-A-GCT--GG-AA--CTCA-CCAC-A-T-G-TT-AC-AA-GC-T-TTGTC-AG-CTGAAC-C-CACCACA-TCTG--TTA--C--AAG-CTTTGT-CAG---CTGGATTACCCAC--C--A---C--A-TTGTTA----C-AAG-CTTTGTCAGCTGG-AA-ACAACCACATTGTTACAAccag
gi|33486 : CCAC--A-TTGTT-ACAA--T--T-T-GTCA-GTGG--AA-CCA-CCAC--ATTGT-TA--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--GAAAA--C-CA-CCAC-A-T-T-TT-ACAA--GC-T-T-TCC-AG-CTGGAA---CACCACA-T-TGT-T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAA------AC--C--A---C--
gi|33487 : CCAC--ACTTGTT-ACAA-GCT-T-T-GTCA-GCTGA-AA-CCA-CCACTAGTTG--TA--CTAA--G--C-TTTGC-A-GCT--G--GA--A-CA-CCAC-ATT-G-TTCAA-A--GCAT-T-G-C-AG-CTGGAA-CTCACCACA-T-GT--T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAACCC---AC--C--A---C--A-Tcacatt
gi|33488 : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GCT-T-T-GTCA-GCTGGAAA-CAA-CCAC--ATTGT-TA--C-AAC-G--CTTTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CC-C-ATT-GTTT-AC-A--AC-TAT-GTC-AG-CTG-AA-C-CACCACA-T-TG----A--CAAAAG-C-TTGT-CA---GCT-AA------AC--C--A---CCAA-TTGTTA----C-A-A-GCTTGTCct
gi|33489 : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-ACA-CCAA--TTTGTTTA--C-AA--GACT-TTGTCAA-GCT--G--AA--C-CA--CAC-ATT-G-TT-AC-A--GA-T-T-GCA-AT-CTG-AA-C-CACCACA-T-TT--T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAACC----AC--C--A---C--A-TT-TTA----CAA-G-CTT
gi|33490 : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-TTGTCA-GCTG--AAACCA-CCAC--ATTG--TA--A-AA--G--C-TTTTC-A-GCTAGA--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-ACAA--GCTT-T-GTCAAG-CTGAA----CACCACACT-TGT-T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAA------AC--C--A---C--gc
gi|33491 : -CCAA--ATTG--TA--C-AG--C--T-TTGTC---GCT--G--AA--C-CAACCAC-A-TTG-TT-AC-AA-GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA---CACCAAT-T-TGTTT-A--C--AAGACTTTGT-CAA--GCT-GA------ACCAC--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-A-TTGCAATCTG--AA-CC-ACCACATT-TTACAA
gi|33492 : CCAC--A-T-GTT-ACAAAGC--T-T--TCA-GCTG--GA-ACA-CCA----TTA--TA--C-AA--G--C-T-GTC-AAGCT--G--AAA-C-CA-CCAC-----------------T-T-T-GTC-A--CTGAAAAC-CACCACA-T-TG--TTA--C--AAG--TTTGT-CAATAACC---------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-A--TTTGTCAGTGG--AA-CCA-CCACATTGTTACAAGCTTGTC
gi|33493 : CCACA-T-TG--T-ATAC--AAG-CTTTGT-CAG---CTGAA------AC--C--AAAAC--ACTTGTTAAAAAC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AAACCAACCATATTGTTACAAGCTT
gi|33493 : CCAT--A-TTGTT-ACAA-GCTTT-T-GTCA-GCTG--GA-ACA-CCAC--Attgtcagctggaacaccacaca
gi|33494 : ccacattgtatacaagctttgtcagctgaaaccaaaacacttgttaaaaacagctttgtcagctgaaaccaaCCACCAA-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ACTG--TT--C-AA--A----TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-G-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCAC--T-TG--T-A--C--AAG-CTTGAT-CAGC-GCTGGA------AC--C--A---A--A-TTG-TA----C-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCca
gi|33495 : -CCAC-A-T-T-TT-AC-AA-GC-T-T-G-C-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TGATT-A--C--AAG-A-TTGT-CCA--GCTGGA------AC--C--A---C--
gi|33496 : -CCAC-A-G-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCAC--T-TG--T-A--C--AAG-CTTGAT-CAGC-GCTGGA------AC--C--A---A--A-TTG-TA----C-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCcaacacacctcaaaacgaa
gi|33496 : CCAA--A-TTGT--ACAG-CT--T-T-GTC--GCTG--AA-CCAACCAC--ATTG--TTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--A-CA-CCAagctgaaacaccaattt
gi|33497 : ccacaggttacagcttgtcagctgaaaccaccacttgtacaagcttgatcagcgctggaaCAC--ATTG--TTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AAA-C-CA-CCAC-A-T-T-GT-AC-AAAGC-T-TTGTC-AG-CTAAAA-C-CACCACA-T-TG--T-ATAC--AAG-CTTTGT-CAG---CTGAA------AC--C--AAAAC--ACTTGTTAAAAAC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AAACCAACCATATTGTTACAAattt
gi|33498 : C--A-TTAT--ACAA-GC--T---GTCAAGCTG--AAACCA-CCAC---------------------T-TTGTC-A--CT--G--AAAAC-CA-CCAC-A-TTG-TT-AC-AA-GT-T-T-GTC-AA-T---AA-C-CACCACA-T-TGT-T-A--C--AA---TTTGT-CAG----TGGAACC---AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-A-GCTTGTCAGCTGAAAA-CC-ACCACATT-TTACAA
gi|33499 : C--A-TTGTTTACAA--C--TAT-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTG---A--C-AAAAG--C-TTGTC-A-GCT--A--AA--C-CA-CCAA-T-T-G-TT-ACAA--GC-T-T-GTC-AG-CTG-AA-C-CACCACA-C-TG--T-T--C--AAA---TTGT-CA---GCT-GA------AC--C--A---C--
Alignments
lowQualScore : 11 222222 11 22 1 1111111 2222 111111 1111 11
lowQualScore : 55 3 3 55 22 3 3 3 88 7 2 33 111111 2 88 33 5 2 2 33 33 88 2 2 999 4 2 2 7 22 1 2 4 2 7 5 2 2 2 2 6666666 99 8 6 1111 1 777777 33 99 777 33 5 3333 3 999 5 88 7 3 5 4 22
lowQualScore : .. . . .. .. . . . .. . . .. ...... . .. .. . . . .. .. .. . . ... . . . . .. . . . . . . . . . . ....... .. . . .... . ...... .. .. ... .. . .... . ... . .. . . . . ..
lowQualScore : 00 6 6 00 33 6 6 6 66 3 5 22 222222 5 44 44 0 5 5 44 44 44 5 2 555 7 4 4 1 44 8 4 7 4 1 5 4 4 2 2 2222222 77 9 7 5555 1 222222 11 22 888 11 7 1111 1 777 1 66 3 6 9 4 11
consensus : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTG--TN--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C--AAG-CTTTGT-CAG--GCTGGA------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
Reference ( family-808 ) : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTG--TN--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C--AAG-CTTTGT-CAG--GCTGGA------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
gi|33482 : -CCAC--ATTG--TCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTGGAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CG-AAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAA---C--A-TAGTGA----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCC
gi|33483 : -CCAC--ATTG--TCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTGGAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CG-AAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAA---C--A-TAGTGA----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33484 : -CCAC--ATTG--TCTAC-AA--G--C-TTGT--A-GCT--GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT-AC-ACCGCGT-T-GTC-AGACTGGAA-C-C-CCACA-T-TT--T-AA-CG-AAGACTATGTTCAG--A-TGGA------TC--CCAA---C--A-TAGTGA----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33485 : -CCAC--ATTG--TT--C-AAA-G--CATTG-C-A-GCT--GG-AA--CTCA-CCAC-A-T-G-TT-AC-AA-GC-T-TTGTC-AG-CTGAAC-C-CACCACA-TCTG--TTA--C--AAG-CTTTGT-CAG---CTGGATTACCCAC--C--A---C--A-TTGTTA----C-AAG-CTTTGTCAGCTGG-AA-ACAACCACATTGTTACAAccag
gi|33486 : CCAC--A-TTGTT-ACAA--T--T-T-GTCA-GTGG--AA-CCA-CCAC--ATTGT-TA--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--GAAAA--C-CA-CCAC-A-T-T-TT-ACAA--GC-T-T-TCC-AG-CTGGAA---CACCACA-T-TGT-T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAA------AC--C--A---C--
gi|33487 : CCAC--ACTTGTT-ACAA-GCT-T-T-GTCA-GCTGA-AA-CCA-CCACTAGTTG--TA--CTAA--G--C-TTTGC-A-GCT--G--GA--A-CA-CCAC-ATT-G-TTCAA-A--GCAT-T-G-C-AG-CTGGAA-CTCACCACA-T-GT--T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAACCC---AC--C--A---C--A-Tcacatt
gi|33488 : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GCT-T-T-GTCA-GCTGGAAA-CAA-CCAC--ATTGT-TA--C-AAC-G--CTTTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CC-C-ATT-GTTT-AC-A--AC-TAT-GTC-AG-CTG-AA-C-CACCACA-T-TG----A--CAAAAG-C-TTGT-CA---GCT-AA------AC--C--A---CCAA-TTGTTA----C-A-A-GCTTGTCct
gi|33489 : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-ACA-CCAA--TTTGTTTA--C-AA--GACT-TTGTCAA-GCT--G--AA--C-CA--CAC-ATT-G-TT-AC-A--GA-T-T-GCA-AT-CTG-AA-C-CACCACA-T-TT--T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAACC----AC--C--A---C--A-TT-TTA----CAA-G-CTT
gi|33490 : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-TTGTCA-GCTG--AAACCA-CCAC--ATTG--TA--A-AA--G--C-TTTTC-A-GCTAGA--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-ACAA--GCTT-T-GTCAAG-CTGAA----CACCACACT-TGT-T-A--C--AAG-CTTTGT-CA---GCTGAA------AC--C--A---C--gc
gi|33491 : -CCAA--ATTG--TA--C-AG--C--T-TTGTC---GCT--G--AA--C-CAACCAC-A-TTG-TT-AC-AA-GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA---CACCAAT-T-TGTTT-A--C--AAGACTTTGT-CAA--GCT-GA------ACCAC--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-A-TTGCAATCTG--AA-CC-ACCACATT-TTACAA
gi|33492 : CCAC--A-T-GTT-ACAAAGC--T-T--TCA-GCTG--GA-ACA-CCA----TTA--TA--C-AA--G--C-T-GTC-AAGCT--G--AAA-C-CA-CCAC-----------------T-T-T-GTC-A--CTGAAAAC-CACCACA-T-TG--TTA--C--AAG--TTTGT-CAATAACC---------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-A--TTTGTCAGTGG--AA-CCA-CCACATTGTTACAAGCTTGTC
gi|33493 : CCACA-T-TG--T-ATAC--AAG-CTTTGT-CAG---CTGAA------AC--C--AAAAC--ACTTGTTAAAAAC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AAACCAACCATATTGTTACAAGCTT
gi|33493 : CCAT--A-TTGTT-ACAA-GCTTT-T-GTCA-GCTG--GA-ACA-CCAC--Attgtcagctggaacaccacaca
gi|33494 : ccacattgtatacaagctttgtcagctgaaaccaaaacacttgttaaaaacagctttgtcagctgaaaccaaCCACCAA-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ACTG--TT--C-AA--A----TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-G-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCAC--T-TG--T-A--C--AAG-CTTGAT-CAGC-GCTGGA------AC--C--A---A--A-TTG-TA----C-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCca
gi|33495 : -CCAC-A-T-T-TT-AC-AA-GC-T-T-G-C-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TGATT-A--C--AAG-A-TTGT-CCA--GCTGGA------AC--C--A---C--
gi|33496 : -CCAC-A-G-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCAC--T-TG--T-A--C--AAG-CTTGAT-CAGC-GCTGGA------AC--C--A---A--A-TTG-TA----C-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCcaacacacctcaaaacgaa
gi|33496 : CCAA--A-TTGT--ACAG-CT--T-T-GTC--GCTG--AA-CCAACCAC--ATTG--TTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--A-CA-CCAagctgaaacaccaattt
gi|33497 : ccacaggttacagcttgtcagctgaaaccaccacttgtacaagcttgatcagcgctggaaCAC--ATTG--TTA-C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AAA-C-CA-CCAC-A-T-T-GT-AC-AAAGC-T-TTGTC-AG-CTAAAA-C-CACCACA-T-TG--T-ATAC--AAG-CTTTGT-CAG---CTGAA------AC--C--AAAAC--ACTTGTTAAAAAC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AAACCAACCATATTGTTACAAattt
gi|33498 : C--A-TTAT--ACAA-GC--T---GTCAAGCTG--AAACCA-CCAC---------------------T-TTGTC-A--CT--G--AAAAC-CA-CCAC-A-TTG-TT-AC-AA-GT-T-T-GTC-AA-T---AA-C-CACCACA-T-TGT-T-A--C--AA---TTTGT-CAG----TGGAACC---AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-A-GCTTGTCAGCTGAAAA-CC-ACCACATT-TTACAA
gi|33499 : C--A-TTGTTTACAA--C--TAT-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTG---A--C-AAAAG--C-TTGTC-A-GCT--A--AA--C-CA-CCAA-T-T-G-TT-ACAA--GC-T-T-GTC-AG-CTG-AA-C-CACCACA-C-TG--T-T--C--AAA---TTGT-CA---GCT-GA------AC--C--A---C--
blockSeqs : CA C T AG TT A T A GA A A TA TCTA T AA AC A A A AG AA AA T A CA T T C A CC G A T A A G A T C C TTTA AA A T ATAA G TTACCC CA CA AAA CA C AAAA A AA C AA A C T A GC
blockSeqs : . . . G T . . . A A . . TCTA . A . T . . . G A . . CA T . . A CC G . T . A G . . . . TATA G A T GCG G CCC . CA AAA . C AAAA . AA C G A C T A GC
blockSeqs : . . . G T . . . . . . . TTTA . C . . . . . G A . . AT . . . A AA A . . . . A . . . . ATTA G A . GCG G ACC . . . . . . . AG T . . C G A GC
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . TTA . . . . . . . G . . . AT . . . . A T . . . . G . . . . TATA . . . GA G CC . . . . . . . A C . . C G A GC
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . TTA . . . . . . . . . . . AT . . . . A . . . . . G . . . . TAA . . . GA G . . . . . . . . G C . . C G A .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . TTA . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . A . . . . TAA . . . AG G . . . . . . . . G C . . C G A .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . TTA . . . . . . . . . . . A . . . . A . . . . . A . . . . TTA . . . AG G . . . . . . . . A C . . C G A
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . TTA . . . G G . . . . . . . . G C . . C G A
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . TTA . . . G G . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . TTA . . . G G . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . TA . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . TTA . . . G G . . . . . . . . G
blockSeqs : . . TA . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . . TA . . . G G . . . . . . . . A
blockSeqs : . . TT . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . G G . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . G . . . . . .
blockSeqCons : G* TTA*** ** A** ** ** G*** ** G** GC
originalCons : CCAC--A-TTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTG--TN--C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C--AAG-CTTTGT-CAG--GCTGGA------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
finalCons : CCAC--A-TTGTT-ACAAG-C--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCAC--ATTGTTA---C-AA--G--C-TTGTC-A-GCT--G--AA--C-CA-CCACA--T-G-TT-AC-A--GC-T-T-GTC-AG-CTGAAA-C-CACCACA-T-TG--T-A--C--AAG-CTTTGT-CAG---CTGGA------AC--C--A---C--A-TTGTTA----C-AG--CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
Alignments
lowQualScore : 11 11111 22222 11111 111111 111 111 11 11
lowQualScore : 44 3 33 77 3 3 3 77 6 2 2 4 88 2 5555 2 222 2 2 55 99 2 2 22222 2 33 55555 7 2 7 2 7 77 2 2 2 4 66666 99 2 9 7 88 000000 7777 333 888 33 5 0 6666 6666 2 111 3 11 3 77 5 4 22
lowQualScore : .. . .. .. . . . .. . . . . .. . .... . ... . . .. .. . . ..... . .. ..... . . . . . .. . . . . ..... .. . . . .. ...... .... ... ... .. . . .... .... . ... . .. . .. . . ..
lowQualScore : 66 3 88 99 3 3 3 99 7 2 1 4 00 2 2222 2 888 2 2 00 77 2 1 55555 4 22 11111 1 4 1 4 1 88 4 2 2 4 44444 77 2 4 1 88 000000 4444 888 222 22 7 1 1111 1111 9 111 8 22 3 88 9 4 11
consensus : CCAC--ATTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCACA-TTG-T-TACAA-G--C-TT-GT-C-A-GCT-G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT--AC--A--GC-T-T-GTCA-G-CTG-AAA-CCACCACA-T-TG-T--A--C--AA-G-CTTTGT-CA--GCTGGA------AC----C---A---C--A-TTGTT----A----C-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
Reference ( family-808 ) : CCAC--ATTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCACA-TTG-T-TACAA-G--C-TT-GT-C-A-GCT-G--AA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT--AC--A--GC-T-T-GTCA-G-CTG-AAA-CCACCACA-T-TG-T--A--C--AA-G-CTTTGT-CA--GCTGGA------AC----C---A---C--A-TTGTT----A----C-A-G-CTTTGTCAGCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGCC
gi|33482 : -CCACA-TTG-TCTACAA-G--C-TT-GT---A-GCT-GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT--AC--ACCGCGT-T-GTCA-GACTG-GAA-CC-CCACA-T-TT-T--AA-CG-AA-GACTATGTTCA--GATGGA------TC----CCA-A---C--A-TAGTG----A----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCC
gi|33483 : -CCACA-TTG-TCTACAA-G--C-TT-GT---A-GCT-GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT--AC--ACCGCGT-T-GTCA-GACTG-GAA-CC-CCACA-T-TT-T--AA-CG-AA-GACTATGTTCA--GATGGA------TC----CCA-A---C--A-TAGTG----A----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33484 : -CCACA-TTG-TCTACAA-G--C-TT-GT---A-GCT-GG-AA--C-CA-CCACCA-T-G-TT--AC--ACCGCGT-T-GTCA-GACTG-GAA-CC-CCACA-T-TT-T--AA-CG-AA-GACTATGTTCA--GATGGA------TC----CCA-A---C--A-TAGTG----A----C-A-AACTTTGTCAG-TG--AA-C-AACCACATTTTT-CAA--TTGCCccag
gi|33485 : -CCACA-TTG-T-TCAAA-G--CATT-G--C-A-GCT-GG-AA--CTCA-CCAC-A-T-G-TT--AC--AA-GC-T-TTGTCA-G-CTG-AAC-CCACCACA-TCTG-TT-A--C--AA-G-CTTTGT-CA--GCTGGATTACCCAC----C---A---C--A-TTGTT----A----C-AAG-CTTTGTCAGCTGG-AA-ACAACCACATTGTTACAAccag
gi|33486 : CCAC--ATTGTT-ACAA--T--T-T-GTCA-GTGG--AA-CCA-CCACA-TTG-T-TACAA-G--C-TT-GT-C-A-GCT-GAAAA--C-CA-CCAC-A-T-T-TT--ACA-A--GC-T-T-TCCA-G-CTG-GAA--CACCACA-T-TGTT--A--C--AA-G-CTTTGT-CA--GCTGAA------AC----C---A---C--
gi|33487 : -CCACACTTG-T-TACAA-G--C-TTTGT-C-A-GCT-G--AAA-C-CA-CCAC-T-A-G-TTGTACTAA--GC-T-T-TGCA-G-CTG-GAA-C-ACCACA-T-TG-T--T--C--AAAG-CATTG--CA--GCTGGA------ACTCACC---A---C--A-T-GTT----A----C-AAG-CTTTGTCAGCTG--AA-CCCACCACATcacatt
gi|33488 : CCAC--ATTGTT-ACAA-GCT-T-T-GTCA-GCTGGAAA-CAA-CCACA-TTG-T-TACAACG--CTTT-GT-C-A-GCT-G--AA--C-CA-CC-C-ATT-GTTT--AC--A--AC-TAT-GTCA-G-CTG--AA-CCACCACA-T-TG----A--CAAAA-G-C-TTGT-CA--GCT-AA------AC----C---A---CCAA-TTGTT----A----C-A-A-GCTTGTCct
gi|33489 : CCAC--ATTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-ACA-CCAAT-TTGTT-TACAA-GACT-TT-GT-CAA-GCT-G--AA--C-CA--CAC-ATT-G-TT--AC--A--GA-T-T-GCAA-T-CTG--AA-CCACCACA-T-TT-T--A--C--AA-G-CTTTGT-CA--GCTGAACC----AC----C---A---C--A-TT-TT----A----CAA-G-CTT
gi|33490 : CCAC--ATTGTT-ACAA-GC--T-TTGTCA-GCTG--AAACCA-CCACA-TTG-T--AAAA-G--C-TT-TT-C-A-GCT-AGAAA--C-CA-CCAC-A-T-G-TT--AC--AA-GC-T-TTGTCAAG-CTG-AA---CACCACACT-TG-TT-A--C--AA-G-CTTTGT-CA--GCTGAA------AC----C---A---C--gc
gi|33491 : -CCAAA-TTG-T--ACAG-C--T-TT-GT-C---GCT-G--AA--C-CAACCAC-A-TTG-TT--AC--AA-GC-T-T-GTCA-G-CTG-AAA-C-ACCAAT-T-TG-TTTA--C--AA-GACTTTGT-CAA-GCTGAA------CCA---C---A---C--A-TTGTT----A----C-A-G-ATT-GCAATCTG--AA-CC-ACCACATT-TTACAA
gi|33492 : CCAC--AT-GTT-ACAAAGC--T-T--TCA-GCTG--GA-ACA-CCA---TTA-T--ACAA-G--C-T--GT-C-AAGCT-G--AAA-C-CA-CCAC-------------------T-T-T-GTCA---CTG-AAAACCACCACA-T-TGTT--A--C--AA-G--TTTGT-CA--ATAACC------AC----C---A---C--A-TTGTT----A----C-A-A--TTTGTCAGTGG--AA-CC-ACCACATTGTTACAAGCTTGTC
gi|33493 : CCACA-T-TG-T--ATAC--AA-G-CTTTGT-CA--GCTGAA------AC----CAAAA---C--ACTTGTTAAAAA----C-A-G-CTTTGTCAGCTGA-AA-CCAACCATATTGTTACAAGCTT
gi|33493 : CCAT--ATTGTT-ACAA-GCTTT-T-GTCA-GCTG--GA-ACA-CCACA-ttgtcagctggaacaccacaca
gi|33494 : ccacattgtatacaagctttgtcagctgaaaccaaaacacttgttaaaaacagctttgtcagctgaaaccaaCCACCAATTGTT-ACAA-GC--T-T-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCACA-CTG-T-T-CAA-A----TT-GT-C-A-GCT-G--AA--C-CA-CCAC-A-G-G-TT--AC--A--GC-T-T-GTCA-G-CTG-AAA-CCACCAC--T-TG-T--A--C--AA-G-CTTGAT-CAGCGCTGGA------AC----C---A---A--A-TTG-T----A----C-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCca
gi|33495 : CCAC--ATT-TT-ACAA-GC--T-T-G-CA-GCTGA-AA-CCA-CCACA-TTGAT-TACAA-G--A-TT-GTCC-A-GCTGG--AA--C-CA-CCA
gi|33496 : -CCAC-A-G-G-TT--AC--A--GC-T-T-GTCA-G-CTG-AAA-CCACCAC--T-TG-T--A--C--AA-G-CTTGAT-CAGCGCTGGA------AC----C---A---A--A-TTG-T----A----C-A-G-CTTTGTC-GCTG--AA-CCAACCACATTGTTACAAGCTTGTCacacacctcaaaacgaa
gi|33496 : CCAA--ATTGT--ACAG-CT--T-T-GTC--GCTG--AA-CCAACCACA-TTG-T-TACAA-G--C-TT-GT-C-A-GCT-G--AA--A-CA-CCAagctgaaacaccaattt
gi|33497 : ccacaggttacagcttgtcagctgaaaccaccacttgtacaagcttgatcagcgctggaaCACA-TTG-T-TACAA-G--C-TT-GT-C-A-GCT-G--AAA-C-CA-CCAC-A-T-T-GT--AC--AAAGC-T-TTGTCA-G-CTA-AAA-CCACCACA-T-TG-T--ATAC--AA-G-CTTTGT-CA--GCTGAA------AC----C---AAAAC--ACTTGTT----AAAAAC-A-G-CTTTGTCAGCTG--AAACCAACCATATTGTTACAAattt
gi|33498 : C--ATTAT--ACAA-GC--T---GTCAAGCTG--AAACCA-CCAC-----------------T-TT-GT-C-A--CT-G--AAAAC-CA-CCAC-A-TTG-TT--AC--AA-GT-T-T-GTCA-A-T----AA-CCACCACA-T-TG-TT-A--C--AA----TTTGT-CA--G-TGGA------AC----C---ACCAC--A-TTGTT----A----C-A-A-GCTTGTCAGCTGAAAA-CC-ACCACATT-TTACAA
gi|33498 : CCAC--ATTGTT-ACAA-GT--T-T-GTCA-AT----AA-CCA-CCACA-TTG-T-TACAA----T-TT-GT-C-A-GTG-G--AA--C-CA-CCAC-ATT-G-TT--ACA-A--GC-T-T-GTCA-G-CTGAAAA-CCACCACA-T-TT-T--A--C--AA-
gi|33499 : cattatacaagctgtcaagctgaaaccaccactttgtcactgaaaaccaC--ATTGTTTACAA--C--TAT-GTCA-GCTG--AA-CCA-CCACA-TTG-A-CAAAA-G--C-TT-GT-C-A-GCT-A--AA--C-CA-CCAA-T-T-G-TT--ACA-A--GC-T-T-GTCA-G-CTG--AA-CCACCACA-C-TG-T--T--C--AA-A---TTGT-CA--GCT-GA------AC----C---A---C--