lowQualScore                  :         11111                                        11                           1111111111                                                                  2     
lowQualScore                  :         77777          3 3     2   2    66    3  2   00   2       0        2      1111111111 55   7777      2  2   55  33 666     5   5555  444   33    2     0 3   
lowQualScore                  :         .....          . .     .   .    ..    .  .   ..   .       .        .      .......... ..   ....      .  .   ..  .. ...     .   ....  ...   ..    .     . .   
lowQualScore                  :         44444          3 3     9   9    33    1  5   11   5       1        4      2222222222 33   4444      4  4   66  22 888     0   3333  444   44    7     8 3   
consensus                     : TAAAGAAC-AC-CGGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAGAACA-GCCC-AGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AGGTGTGG--------T-TGCA----GCCCTA-TG-CTC--CA--C--NAGGAG-TTT----AC---AGG--AATA-AGTCAAGTAAG
Reference ( gi|5160 )         : TAAAGAAC-GC-TGGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAGCA-GCCT-AGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AGGTGTAG--------T-TGCA----GCCCTA-TG-CTC--CA--C--AAGGAG-TTT----AC---AGG--AATA-AGTCATGCAAG
gi|5159                       : TAAAGAGC-AC-CGGGATGACAT-G-GACCC-AAC-TGAA--GAGAACA-GCCC-AAA-ACAGGGTTCGCTGGAG-AGGTGTGG--------T-TGCA----GCCCTA-TG-CTC--CA--C--TAGGAG-TTT----AC---AGG--AATA-AGTCA
gi|5161                       : TAAAGAAC-AC-TGGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAACA-GCCA-AGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AGGTG--G--------T-TGCA----GCCCTA-TG-CTC--CA--C--CAGGAG-TTTTTAAAA---AGG--AACA-AGTCAagt
gi|5162                       : TAAAGAGCCAC-CGGA-TGACATTG-GACCC-AAC-TGAA--GAGAACA-GCCC-AAA-ACAGGGTTCGCTGAAG--GGTGTG-----------TGCA----GCCCTA-TG-CTC--CA--CTTAA-GAG-TTT----AC---AGG--AATA-AGTCAAGTAAGa
gi|5163                       : TAAAGAAC-AC-CGGCATGACAT---GACCC-AACTTGAA--AAAAACA-GCCC-AAA-CCAGAGTTC-CT-GCA-AGGTGT-G--------T-TGCA----GCCCTA-TG-CTC--CA--C--TA-GAG-TCT----AC---AGA--AAAA-AGTCA
gi|5164                       :  AAAGAAC-AC-TGGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGGA--GAAAGCA-GCCT-AGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AGGCGTAG--------T-TGCATGCTGCCCTA-TC-CTC--CA--C--CAGGAG-TTT----AC---AAG--AATA-AGTCGAGTAAGagta
gi|5165                       :  AAAGAAC-AC-TGGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAGCA-GCCC-AGA---AGAGTTCGCTGGCG-AGGGGTGG--------T-TGCA----GCCCTA-TA-CGC--CA--C--CAGGGG-TTT----CC---AGG--
gi|5166                       :  AAAGAACAG---GGGATCAGCT-G-GACAGGAGC--AAG--GAGATTA-GCCC-AGG-ACCGAGTGCGCTGGCG-AGGTGTTG--------T-CGAT----GGCCTA-TG-CTCATC---C--AAGGG---TT----AT---GGG--CCTA-AGTgcaagtgag
gi|5167                       :  AAAGAAC-A---GGGATCAACT-G-GACT---GT-TGCATTGAGATTA-GCCC-AAA-ACCGAGTGCACTGGCG-AGGTGTTG--------T---CG----ATCCTA-TG-CTCA-AA--C--AAGGaagtaa
gi|5169                       :   AAGAAC-AT-CGGAATGACAT-G-GACCC-ATC-TGAAA-GAAAGCA-TCC---GA-CCAGAATTCGCTGGAG-AGGTGTAG--------T-TGCA----GCCCTC-TG-AT---CA--C--CAGGAGTTTT----AC---AGG---ATA-AGTAA-GCAAGgctatcggcctaagaaagtaag
gi|5168                       :   AAGAAC-ACCTGGGATGACAT-GCGACCC-AGC-TGAA--GAAAACACGCCA-AGATACAGAGTTCGCGGCCG-AGAGGTGG--------TCTGCA----GCCCTATTG-CTC--CACCC--GAGGAGTTTT----ACCAAAGG--AACATAGTCA
gi|5172                       :           C-TGGAATGACGT-G-GGCAC-AGC-TGAG--GAGGACA-GCCC-AGA-ACCAGGTGCGATGGCATAGTCAT-G--------T-TGAG----GCCCTT-TG-CTC--CC--A--AAGGAG-TTC----AC---AGG--AATA-AGTCAa
gi|5173                       :                   GACAT-G-AGCCG-AGC-TGAA--GAGGAC--GTCTGAGA-ACCGAGTGCGCTGGAG-GAGTGTGG--------T-AGTA----GCCCTA-TGTCCC--CA--C--AAGGAA-TAA----AG---AGG--ATTA-AGTCAAGTAAGgaaagtaag
gi|5171                       :                                -AGC-TGAA--GAAAACA-GCCC-AAA-GCAGAGTTCGCTGGCA-GGGTGTGG--------T--------------------TC--CA--C--TAGGAG-TCT----AC---AGG--AACA-AGTCAAGTAAG
gi|5170                       :                      agaacaccgg-AGC--GAA--GAGAGCA-GCCC-AAA-ACAGAGGACGGTG--G-AGGTTCAT--------TGTGCAG---GCCTTG-TG-CTC--CG--T--AAG------T----AC---AAGTAAGTA-AGT
gi|5174                       :          aaggacagtgacaagacctggagtgttcaaA--GAAAACA-GCCC-AGA-ACAGAGTTTGCTGGCG-AGGTGTGG--------T-TGCA----GCCCTA-TG-CTC--CC--C--CAGGAG-TTT----AC---AGG--AATA-AGTCAaag
gi|5175                       :                                              AACA-GCCC-AAA-ACAGAG--------CA-AGATGTAGAGTGACTGT-GGTA----GCCCTA-TG-TTC--CA--C--AAGGAA-CGA----AG---AGG--ATTA-AGaagtaag
gi|5176                       :                                                                            -AGGTGTGG--------T-TGCA----GCCCTA-TG-CTC--CA--C--AAGGTG-TCT----AC---AGG--AAAA-AGTCAAGTAAGgaagta





Alignments
lowQualScore                  :                                    3  55  5       2 2     2   2    55       2       2                2  2 33 33     33   6666      2  2   2  33 33     4   4444  333    0  2   7777       
lowQualScore                  :                                    .  ..  .       . .     .   .    ..       .       .                .  . .. ..     ..   ....      .  .   .  .. ..     .   ....  ...    .  .   ....       
lowQualScore                  :                                    3  00  8       9 9     7   7    99       4       4                2  2 11 11     77   9999      2  2   2  11 22     4   7777  999    6  2   2222       
consensus                     :                            TAAAGAAC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAGAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-NAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
Reference ( family-806 )      :                            TAAAGAAC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAGAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-NAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
gi|5159                       :                            TAAAGAGC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AAC-TGAA--GAGAACA-GCCCAAA-ACAGGGTTCGCTGGAG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-TAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGT
gi|5160                       :                            TAAAGAAC-GCT-GGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAGCA-GCCTAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTAGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-AAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---ATGCAAG
gi|5161                       :                            TAAAGAAC-ACT-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAACA-GCCAAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-------GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-CAGGAG-TTTTTAAAA---AGGAACA-AGTC---AA
gi|5162                       :                            TAAAGAGCCACC-GG-ATGACATTG-GACCC-AAC-TGAA--GAGAACA-GCCCAAA-ACAGGGTTCGCTGAAG--G-G--T--GTG---TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--CTTAAGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
gi|5163                       :                            TAAAGAAC-ACC-GGCATGACAT---GACCC-AACTTGAA--AAAAACA-GCCCAAA-CCAGAGTTC-CT-GCA-AG-G--T--GT-GT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-TA-GAG-TCT----AC---AGAAAAA-AGTC---AAGTA
gi|5164                       :                             AAAGAAC-ACT-GGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGGA--GAAAGCA-GCCTAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--C--GTAGT-TGCATGCTGCCCTA-TC-CTC-CA--C-CAGGAG-TTT----AC---AAGAATA-AGTC---GAGTAAG
gi|5165                       :                             AAAGAAC-ACT-GGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAGCA-GCCCAGA-A--GAGTTCGCTGGCG-AG-G--G--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TA-CGC-CA--C-CAGGGG-TTT----CC---AGGG-------C---AAGTGAG
gi|5166                       :                             AAAGAAC-AG--GGGATCAGCT-G-GACAGGAGC--AAG--GAGATTA-GCCCAGG-ACCGAGTGCGCTGGCG-AG-G--T--GTTGT-CGAT----GGCCTA-TG-CTC-AT--C-CAAGGG--TT----AT---GGGCCTA-AGT----AAGTAA
gi|5167                       :                             AAAGAAC-A---GGGATCAACT-G-GACT---GT-TGCATTGAGATTA-GCCCAAA-ACCGAGTGCACTGGCG-AG-G--T--GTTGT---CG----ATCCTA-TG-CTCAAA--C-AAGGG---CT----AT---CGGCCTA-AG-A---AAGTAAG
gi|5168                       :                              AAGAAC-ACCTGGGATGACAT-GCGACCC-AGC-TGAA--GAAAACACGCCAAGATACAGAGTTCGCGGCCG-AG-A--G--GTGGTCTGCA----GCCCTATTG-CTC-CACCC-GAGGAGTTTT----ACCAAAGGAACATAGTC---AA
gi|5169                       :                              AAGAAC-ATC-GGAATGACAT-G-GACCC-ATC-TGAAA-GAAAGCA-TCC--GA-CCAGAATTCGCTGGAG-AG-G--T--GTAGT-TGCA----GCCCTC-TG-AT--CA--C-CAGGAGTTTT----AC---AGG-ATA-AGT----AAGCAAG
gi|5170                       :                                                           -AGC--GAA--GAGAGCA-GCCCAAA-ACAGAGGACGGTG--G-AG-G--TTCATTG--TGCAG---GCCTTG-TG-CTC-CG--T-AAG------T----AC---AAG--TA-AGT----AAGTAAG
gi|5171                       : aaggacagtgacaagacctggagtgttcaaAGAAC-ACC-GG-----------------AGC-TGAA--GAAAACA-GCCCAAA-GCAGAGTTCGCTGGCA-GG-G--T--GTGGT--------------------TC-CA--C-TAGGAG-TCT----AC---AGGAACA-AGTC---AAGTAAG
gi|5172                       :                                      CT-GGAATGACGT-G-GGCAC-AGC-TGAG--GAGGACA-GCCCAGA-ACCAGGTGCGATGGCATAG-T--C--ATG-T-TGAG----GCCCTT-TG-CTC-CC--A-AAGGAG-TTC----AC---AGGAATA-AGTCAGAAAGTAAG
gi|5173                       :                                              GACAT-G-AGCCG-AGC-TGAA--GAGGACG-TCTGAGA-ACCGAGTGCGCTGGAG-GA-G--T--GTGGT-AGTA----GCCCTA-TGTCCC-CA--C-AAGGAA-TAA----AG---AGGATTA-AGTC---AAGTAAG
gi|5174                       :                                                                   A--GAAAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTTGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CC--C-CAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTCA--AAGTAAG
gi|5175                       :                                                                         AACA-GCCCAAA-ACAGAGCAAGATGTAG-AGTGACT--GTGGT----A----GCCCTA-TG-TTC-CA--C-AAGGAA-CGA----AG---AGGATTA-AG-G---AAGTA
gi|5176                       :                                                                                                      -AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-AAGGTG-TCT----AC---AGGAAAA-AGTC---AAGTAAG





Alignments
lowQualScore                  :                                    3  55  5       2 2     2   2    55       2       2                2  2 33 33     33   6666      2  2   2  33 33     4   4444  333    0  2   7777       
lowQualScore                  :                                    .  ..  .       . .     .   .    ..       .       .                .  . .. ..     ..   ....      .  .   .  .. ..     .   ....  ...    .  .   ....       
lowQualScore                  :                                    3  00  8       9 9     7   7    99       4       4                2  2 11 11     77   9999      2  2   2  11 22     4   7777  999    6  2   2222       
consensus                     :                            TAAAGAAC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAGAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-NAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
Reference ( family-806 )      :                            TAAAGAAC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAGAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-NAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
gi|5159                       :                            TAAAGAGC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AAC-TGAA--GAGAACA-GCCCAAA-ACAGGGTTCGCTGGAG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-TAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGT
gi|5160                       :                            TAAAGAAC-GCT-GGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAGCA-GCCTAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTAGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-AAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---ATGCAAG
gi|5161                       :                            TAAAGAAC-ACT-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAACA-GCCAAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-------GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-CAGGAG-TTTTTAAAA---AGGAACA-AGTC---AA
gi|5162                       :                            TAAAGAGCCACC-GG-ATGACATTG-GACCC-AAC-TGAA--GAGAACA-GCCCAAA-ACAGGGTTCGCTGAAG--G-G--T--GTG---TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--CTTAAGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
gi|5163                       :                            TAAAGAAC-ACC-GGCATGACAT---GACCC-AACTTGAA--AAAAACA-GCCCAAA-CCAGAGTTC-CT-GCA-AG-G--T--GT-GT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-TA-GAG-TCT----AC---AGAAAAA-AGTC---AAGTA
gi|5164                       :                             AAAGAAC-ACT-GGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGGA--GAAAGCA-GCCTAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--C--GTAGT-TGCATGCTGCCCTA-TC-CTC-CA--C-CAGGAG-TTT----AC---AAGAATA-AGTC---GAGTAAG
gi|5165                       :                             AAAGAAC-ACT-GGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAGCA-GCCCAGA-A--GAGTTCGCTGGCG-AG-G--G--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TA-CGC-CA--C-CAGGGG-TTT----CC---AGGG-------C---AAGTGAG
gi|5166                       :                             AAAGAAC-AG--GGGATCAGCT-G-GACAGGAGC--AAG--GAGATTA-GCCCAGG-ACCGAGTGCGCTGGCG-AG-G--T--GTTGT-CGAT----GGCCTA-TG-CTC-AT--C-CAAGGG--TT----AT---GGGCCTA-AGT----AAGTAA
gi|5167                       :                             AAAGAAC-A---GGGATCAACT-G-GACT---GT-TGCATTGAGATTA-GCCCAAA-ACCGAGTGCACTGGCG-AG-G--T--GTTGT---CG----ATCCTA-TG-CTCAAA--C-AAGGG---CT----AT---CGGCCTA-AG-A---AAGTAAG
gi|5168                       :                              AAGAAC-ACCTGGGATGACAT-GCGACCC-AGC-TGAA--GAAAACACGCCAAGATACAGAGTTCGCGGCCG-AG-A--G--GTGGTCTGCA----GCCCTATTG-CTC-CACCC-GAGGAGTTTT----ACCAAAGGAACATAGTC---AA
gi|5169                       :                              AAGAAC-ATC-GGAATGACAT-G-GACCC-ATC-TGAAA-GAAAGCA-TCC--GA-CCAGAATTCGCTGGAG-AG-G--T--GTAGT-TGCA----GCCCTC-TG-AT--CA--C-CAGGAGTTTT----AC---AGG-ATA-AGT----AAGCAAG
gi|5170                       :                                                           -AGC--GAA--GAGAGCA-GCCCAAA-ACAGAGGACGGTG--G-AG-G--TTCATTG--TGCAG---GCCTTG-TG-CTC-CG--T-AAG------T----AC---AAG--TA-AGT----AAGTAAG
gi|5171                       : aaggacagtgacaagacctggagtgttcaaAGAAC-ACC-GG-----------------AGC-TGAA--GAAAACA-GCCCAAA-GCAGAGTTCGCTGGCA-GG-G--T--GTGGT--------------------TC-CA--C-TAGGAG-TCT----AC---AGGAACA-AGTC---AAGTAAG
gi|5172                       :                                      CT-GGAATGACGT-G-GGCAC-AGC-TGAG--GAGGACA-GCCCAGA-ACCAGGTGCGATGGCATAG-T--C--ATG-T-TGAG----GCCCTT-TG-CTC-CC--A-AAGGAG-TTC----AC---AGGAATA-AGTCAGAAAGTAAG
gi|5173                       :                                              GACAT-G-AGCCG-AGC-TGAA--GAGGACG-TCTGAGA-ACCGAGTGCGCTGGAG-GA-G--T--GTGGT-AGTA----GCCCTA-TGTCCC-CA--C-AAGGAA-TAA----AG---AGGATTA-AGTC---AAGTAAG
gi|5174                       :                                                                   A--GAAAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTTGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CC--C-CAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTCA--AAGTAAG
gi|5175                       :                                                                         AACA-GCCCAAA-ACAGAGCAAGATGTAG-AGTGACT--GTGGT----A----GCCCTA-TG-TTC-CA--C-AAGGAA-CGA----AG---AGGATTA-AG-G---AAGTA
gi|5176                       :                                                                                                      -AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-AAGGTG-TCT----AC---AGGAAAA-AGTC---AAGTAAG


blockSeqs                     :                                    C  CT  A       T C     G   T    TT       C       T                T  T AC TC     CT   TGCT      T  T   A  CC TT     T   TTAA  CAA       T   CAGA
blockSeqs                     :                                    .  T   G       . .     .   .    A        .       .                .  . .  .      T    G         .  .   .  .  A      T   .     .         .   CA  
blockSeqs                     :                                    .  T   C       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  C      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                    .  C   A       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  T      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                    .  C   A       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  C      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                    .  T   G       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  C      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                    .  T   G       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  C      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                    .  C   G       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      C    .         .  .   .  .  A      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                    .  C   A       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  G      .   .     .         .   A   
blockSeqs                     :                                    .  T   A       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  C      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                    .  .   .       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  A      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                       .   .       . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      A    .         .  .   .  .  T      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                                   . .     .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  A      .   .     .         .   G   
blockSeqs                     :                                                           .   .    .        .       .                .  . .  .      T    .         .  .   .  .  A      .   .     .         .   C   
blockSeqs                     :                                                                    .        .       .                .  . .  .      .    .         .  .   .  .  C      .   .     .         .   .   
blockSeqs                     :                                                                             .       .                .  . .  .      .    .         .  .   .  .  A      .   .     .         .   .   
blockSeqs                     :                                                                                                      .  . .  .      .    .         .  .   .  .  A      .   .     .         .   .   


blockSeqCons                  :                            
originalCons                  :                            TAAAGAAC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAGAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-NAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
finalCons                     :                            TAAAGAAC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAGAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-NAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG





Alignments
lowQualScore                  :                                    3  55  5       2 2     2   2    55       2       2                2  2 33 33     33   6666      2  2   2  33 33     4   4444  333    0  2   7777       
lowQualScore                  :                                    .  ..  .       . .     .   .    ..       .       .                .  . .. ..     ..   ....      .  .   .  .. ..     .   ....  ...    .  .   ....       
lowQualScore                  :                                    3  00  8       9 9     7   7    99       4       4                2  2 11 11     77   9999      2  2   2  11 22     4   7777  999    6  2   2222       
consensus                     :                            TAAAGAAC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAGAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-NAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
Reference ( family-806 )      :                            TAAAGAAC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAGAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-NAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
gi|5159                       :                            TAAAGAGC-ACC-GGGATGACAT-G-GACCC-AAC-TGAA--GAGAACA-GCCCAAA-ACAGGGTTCGCTGGAG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-TAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGT
gi|5160                       :                            TAAAGAAC-GCT-GGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAGCA-GCCTAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--T--GTAGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-AAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---ATGCAAG
gi|5161                       :                            TAAAGAAC-ACT-GGGATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAACA-GCCAAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-------GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-CAGGAG-TTTTTAAAA---AGGAACA-AGTC---AA
gi|5162                       :                            TAAAGAGCCACC-GG-ATGACATTG-GACCC-AAC-TGAA--GAGAACA-GCCCAAA-ACAGGGTTCGCTGAAG--G-G--T--GTG---TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--CTTAAGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTC---AAGTAAG
gi|5163                       :                            TAAAGAAC-ACC-GGCATGACAT---GACCC-AACTTGAA--AAAAACA-GCCCAAA-CCAGAGTTC-CT-GCA-AG-G--T--GT-GT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-TA-GAG-TCT----AC---AGAAAAA-AGTC---AAGTA
gi|5164                       :                             AAAGAAC-ACT-GGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGGA--GAAAGCA-GCCTAGA-ACAGAGTTCGCTGGCG-AG-G--C--GTAGT-TGCATGCTGCCCTA-TC-CTC-CA--C-CAGGAG-TTT----AC---AAGAATA-AGTC---GAGTAAG
gi|5165                       :                             AAAGAAC-ACT-GGAATGACAT-G-GACCC-AGC-TGAA--GAAAGCA-GCCCAGA-A--GAGTTCGCTGGCG-AG-G--G--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TA-CGC-CA--C-CAGGGG-TTT----CC---AGGG-------C---AAGTGAG
gi|5166                       :                             AAAGAAC-AG--GGGATCAGCT-G-GACAGGAGC--AAG--GAGATTA-GCCCAGG-ACCGAGTGCGCTGGCG-AG-G--T--GTTGT-CGAT----GGCCTA-TG-CTC-AT--C-CAAGGG--TT----AT---GGGCCTA-AGT----AAGTAA
gi|5167                       :                             AAAGAAC-A---GGGATCAACT-G-GACT---GT-TGCATTGAGATTA-GCCCAAA-ACCGAGTGCACTGGCG-AG-G--T--GTTGT---CG----ATCCTA-TG-CTCAAA--C-AAGGG---CT----AT---CGGCCTA-AG-A---AAGTAAG
gi|5168                       :                              AAGAAC-ACCTGGGATGACAT-GCGACCC-AGC-TGAA--GAAAACACGCCAAGATACAGAGTTCGCGGCCG-AG-A--G--GTGGTCTGCA----GCCCTATTG-CTC-CACCC-GAGGAGTTTT----ACCAAAGGAACATAGTC---AA
gi|5169                       :                              AAGAAC-ATC-GGAATGACAT-G-GACCC-ATC-TGAAA-GAAAGCA-TCC--GA-CCAGAATTCGCTGGAG-AG-G--T--GTAGT-TGCA----GCCCTC-TG-AT--CA--C-CAGGAGTTTT----AC---AGG-ATA-AGT----AAGCAAG
gi|5170                       :                                                           -AGC--GAA--GAGAGCA-GCCCAAA-ACAGAGGACGGTG--G-AG-G--TTCATTG--TGCAG---GCCTTG-TG-CTC-CG--T-AAG------T----AC---AAG--TA-AGT----AAGTAAG
gi|5171                       : aaggacagtgacaagacctggagtgttcaaAGAAC-ACC-GG-----------------AGC-TGAA--GAAAACA-GCCCAAA-GCAGAGTTCGCTGGCA-GG-G--T--GTGGT--------------------TC-CA--C-TAGGAG-TCT----AC---AGGAACA-AGTC---AAGTAAG
gi|5172                       :                                      CT-GGAATGACGT-G-GGCAC-AGC-TGAG--GAGGACA-GCCCAGA-ACCAGGTGCGATGGCATAG-T--C--ATG-T-TGAG----GCCCTT-TG-CTC-CC--A-AAGGAG-TTC----AC---AGGAATA-AGTCAGAAAGTAAG
gi|5173                       :                                              GACAT-G-AGCCG-AGC-TGAA--GAGGACG-TCTGAGA-ACCGAGTGCGCTGGAG-GA-G--T--GTGGT-AGTA----GCCCTA-TGTCCC-CA--C-AAGGAA-TAA----AG---AGGATTA-AGTC---AAGTAAG
gi|5174                       :                                                                   A--GAAAACA-GCCCAGA-ACAGAGTTTGCTGGCG-AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CC--C-CAGGAG-TTT----AC---AGGAATA-AGTCA--AAGTAAG
gi|5175                       :                                                                         AACA-GCCCAAA-ACAGAGCAAGATGTAG-AGTGACT--GTGGT----A----GCCCTA-TG-TTC-CA--C-AAGGAA-CGA----AG---AGGATTA-AG-G---AAGTA
gi|5176                       :                                                                                                      -AG-G--T--GTGGT-TGCA----GCCCTA-TG-CTC-CA--C-AAGGTG-TCT----AC---AGGAAAA-AGTC---AAGTAAG