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lowQualScore                  :                 .   .    . .  .      .  . .           ...............    ...            ..  ... .    ..      
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Reference ( gi|104615 )       : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTTT-TT-GCTGCG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTACCTCAAT---ATTT---AGTCAAATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT
gi|104617                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTAC-TT-GCTGCG-GA-TTAGAATTAAAATTGTTACCTCAAT---ATTT---AGTCAAATTTAC--TT---T-CATT--CTGAT
gi|104616                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GAG-AGCTGT-TT-GCTGTG-GA-G-AGAAGTAAAATC-TTACGCCAAT---ATTT---AGTCAGATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT
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Alignments
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Reference ( family-803 )      : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTGT-TT-GCTGCG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTACCTCAAT---ATTT---AGTCAAATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT
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Alignments
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lowQualScore                  :                 2   2      2  2      4  2 2           000000000000000    444            33  444 2    33      
lowQualScore                  :                 .   .      .  .      .  . .           ...............    ...            ..  ... .    ..      
lowQualScore                  :                 4   2      2  2      7  4 4           000000000000000    777            77  777 7    77      
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Reference ( family-803 )      : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTGT-TT-GCTGCG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTACCTCAAT---ATTT---AGTCAAATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT
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blockSeqs                     :                 .   .      .  .      T  . .           TGTTACCTCAAT       .              .   .   .    . 
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blockSeqs                     :                 .   .      .  .      .  . .           ATTACCTCAAT        .              .   .   .    . 
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finalCons                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTGT-TT-GCTGCG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTACCTCAAT---ATTT---AGTCAAATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT





Alignments
lowQualScore                  :                                                       222222222222222                                        
lowQualScore                  :                 2   2      2  2      4  2 2           000000000000000    444            33  444 2    33      
lowQualScore                  :                 .   .      .  .      .  . .           ...............    ...            ..  ... .    ..      
lowQualScore                  :                 4   2      2  2      7  4 4           000000000000000    777            77  777 7    77      
consensus                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTGT-TT-GCTGCG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTACCTCAAT---ATTT---AGTCAAATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT
Reference ( family-803 )      : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTGT-TT-GCTGCG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTACCTCAAT---ATTT---AGTCAAATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT
gi|104615                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTTT-TT-GCTGCG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTACCTCAAT---ATTT---AGTCAAATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT
gi|104616                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GAG-AGCTGT-TT-GCTGTG-GA-G-AGAAGTAAAATC-TTACGCCAAT---ATTT---AGTCAGATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT
gi|104617                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTAC-TT-GCTGCG-GA-TTAGAATTAAAATTGTTACCTCAAT---ATTT---AGTCAAATTTAC--TT---T-CATT--CTGAT
gi|104618                     : CCACTTGGTGAAGTTT-AAA-AGCTGT-TT-GCTCTG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTACCTCAAA---ATTT---AGTT-AATTTCC--CT---T-CATT--CTAATT
gi|104619                     : CTACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTGC-TT-GTTGTG-GA-G-AGATTTAAAATA-TTACCTCAAT---ATTT---GGCCAGATTTCT--TT---T-CATC--CTGATT
gi|104620                     : CCACTTG---AAGTAA-GAA-AGCTGT-TT-GCTGTT-GA-T-ATAATTAAAATC-TAACCTCAAT---ATTT---CGTCAAATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT
gi|104621                     : CCACTTGATGAAGTTT-AAA-AGCTGT-TT-GCTGTG-GA-T-AGAATTAAAAT-----------------TT---AGTAAAATTTCC--TT---T-CATT--CTAATT
gi|104622                     : CCACCTG-TGAA-TTT-GAA-AGCTAT-TT-GCTGCGCGT-T-AGAATTAAAAT--TTACCTCAAT---A-TT---AATAAAATTTCC--TT---T-CATTTACTGATT
gi|104623                     : CCATTTGGTGAAGTTT-AAA-CGCTGT-TT-GTTGTG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTG-------------T---GGTCATATTTTT--TT---TCCATC--CTGATT
gi|104624                     : CCATTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTGT-TT-CCTGTG-GA-T-A-AAGTAAAAT----------------TTT---AGCCAAATTTCC--TT---T-CATT--
gi|104625                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GGA-AGATGT-TT-GCTGTG-GA-G-AGAATTAAA-----------------ACTT---GGTCAAATTTCCAGTTTAGT-CGTC--CTGGT
gi|104626                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTG---------CG-GA-T-AGAATTAAAATC-TTACCTCAA
gi|104627                     : CCACTTGA--AAGT---GGA-AGTTGT-TT-GTTGTG-GA-T-ATAATTAAAAT----------AT---ATTT---AGTCAAATTTCC--TT---T-AATT--GTGCTT
gi|104628                     : CCACTTGGTGAAGTT--GAA-AGCTATATTAGCTGCG-GA-T-AGAATTAAAAT----------------TTT---AGTCAAGTTTCA--TT------ATT--TTGATT
gi|104629                     : CCACTTGGTGACGTTT-GAA-AGTTGT-TT-GTTGTGTGAGT-AGAATTAA
gi|104630                     : CCACTTGGTGAAGTTT-GAA-AGCTAT-TT-GC
gi|104631                     :           AAGTTTTGAAGAGCTGT-TT-GCTGCT-GA-T-AGAA-TAAAATC-TTACCACAACTCGATTTTTCAGTCAAATTT-C--TT---T-CATT--CTGATT
gi|104632                     :                   AA-AGCTGT-TT-GCTGCG-GA-T-AGA-TCAAAATT-TTACCTCAAT---ATTT---GGCCAAATTTCC--TT---T-CATT--CTGATT