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blockSeqs                     :              .    .   .     .    .           . .   .   .    .    .      C                         .   .     .  .      .   .
blockSeqs                     :              .    .   .     .    .           . .   .   .    .    .      C                         .   .     .  .      .   .
blockSeqs                     :              .    .   .     .    .           . .   .   .    .    .      C                         .   .     .  .      .   .
blockSeqs                     :              .    .   .     .    .           . .   .   .    .    .      C                         .   .     .  .      .   .


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATAATATCGCATA-TTCT---A--GCTT-GTCT----------AG-C--AT-ATG-CGCA--TTT-----AT---------C--------------TC---C----GG-AA----CTG---T-CTCATTGTC
finalCons                     : ATAATATCGCATA-TTCT---A--GCTT-GTCT----------AG-C--AT-ATG-CGCA--TTT-----AT---------C--------------TC---C----GG-AA----CTG---T-CTCATTGTC





Alignments
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lowQualScore                  :              2    777 33    2    9999999999  2 33  2   2    55   55555  444444444444444444444444  666 4444  2  4444   666 2         
lowQualScore                  :              .    ... ..    .    ..........  . ..  .   .    ..   .....  ........................  ... ....  .  ....   ... .         
lowQualScore                  :              2    888 11    2    7777777777  2 11  2   2    33   66666  777777777777777777777777  111 7777  2  7777   111 2         
consensus                     : ATAATATCGCATA-TTCT---A--GCTT-GTCT----------AG-C--AT-ATG-CGCA--TTT-----AT---------C--------------TC---C----GG-AA----CTG---T-CTCATTGTC
Reference ( family-800 )      : ATAATATCGCATA-TTCT---A--GCTT-GTCT----------AG-C--AT-ATG-CGCA--TTT-----AT---------C--------------TC---C----GG-AA----CTG---T-CTCATTGTC
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gi|106135                     : ATAATATCGCATA-TTCT---A--GCTT-GTCT----------AGAC--AT-ATG-CGCA--TTTGAAAAAC---------C--------------TC---CCCCGGG-AA----CTGATAC-CTCATTG
gi|106136                     : ATAATATCGCA-A-TTCT---A--GCTT-GTCT----------AG-C---T-ATGTCGCA--TTG-----ATTAAAAACCGC--------------TCCCTC----GG-AA----CTG---T-CTCATTG
gi|106137                     : ATAATATCGCATA-TTCT---A--GCTT-GTCTTCTTGCTCTAAG-C--AT-ATG-CGCA--GTT-----AT---------C--------------TCA--C----GG-AAAAACTTG---T-CTCAT
gi|106138                     : ATAATATCGCATA-TTCT---AACGCTTGGTCT----------GA-C--AT-AT--CGCAATTTT-----AT---------C--------------TC---C-----G-AA----CGG---T-CTGATT
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gi|106140                     :  TAATATCG-ATA-TTCT---A--GCTT-TCCT----------AT-C--AT-ATG-CGCA--TTT-----AT---------C--------------TC---C----GGAAA----CTG---T-CTCATTATC
gi|106141                     :     TATCGAATA-TCCT---C--GCT--GTCT----------AG-C--AT-AT--CGCAA-TTT-----AT---------C-------------------C----GG-AA----CTG---T-CTCATTGTC
gi|106142                     :      ATCGCATA-TTCT---A--GCTT-GTCT----------AG-C--AT-ATG-CGCA--TTT-----AT---------C--------------TC---C----GG-AA----CTG---TCCTCATTGTC
gi|106143                     :          CATA-TTCT---A--ACTT-GTCT----------AG-C--AT-ATG-CGCA---TT-----GT---------C--------------TC------------A----TTG---T-CT--TTGT