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Reference ( family-794 )      : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGCCA---A--A----GG-C-AGCC-GGC--CGA-G-T-C-G--C-G-AAGCGA-C--G---A-GGG----G-GAG-----A---GT-GCGGGA--GGGG-CTTGCCCCCTCCTGCTGGTG
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Reference ( family-794 )      : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGCCA---A--A----GG-C-AGCC-GGC--CGA-G-T-C-G--C-G-AAGCGA-C--G---A-GGG----G-GAG-----A---GT-GCGGGA--GGGG-CTTGCCCCCTCCTGCTGGTG
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gi|17384                      : ATATTGATG-A-ACTGT-TCCTG-GT--GTT-AGT--AGA-T-AAGTCGGAG--C--TGCCA---ATAA----GG----GTC-AGCAATG--G-T-C-A--G-A-AAGGAA-T--G---A-TGG----G-GAG-----ATGAGT-GCGGGGAGGGGG-CTTGCCCTC-GCTGCT
gi|17385                      :  TAT-AATT-A-ACTCA-TCC---GT--GTT-GAT--AAA-T-A-GTC-G-G--C--TGCCG---A--A----GGGC-AGC--GGC--CGA-C-T-C-A--TTG-AAGCGATC--G---A-GGG----G-GGG--------------GGGA--GGGGGCTTG---CCTCCTGCTG
gi|17386                      :  TAT-AATTTA-ACTGG-TCCTG-----GTTTAGT--TAA-T-A-GTCCGCG--CCATG-CA---A--A-------C-AGCCTGGC--CCG-A-T-C-A--C-G--AGCGA----G---A-GGGC---G-GGG-----A---GT--C--GA--AGGG-CTT--CCCCTCCTtgg
gi|17387                      : ATAT-A-TT-AGACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGTAAAAA-T-A-GTCCG-GCCC--TGCGAAGCA--A----GG-C-ATTC----------T-T-C-G--C-G-AAGTGA-C--G---A-GGG----G-GTG-----AG--GT-GC
gi|17388                      : tTGT-AATT-A-ACCAG-TCCTG-CTA-GTTCGGT--AGC-T-A-GTTTG-G--T--T---------------GG-C-AGTC-GGC--AGA-G-T-T-G--C-
gi|17389                      :  TGT-AATT-T-ACTAG-TCCTG-AT--GATTGGT--GGACT-T-GTCCA-G--C--TGCTA---A--A----GG-
gi|17390                      :    T-GATT-A-ATTAT-TCCTG-ATAAGTC-GGT--AGC-T-C-ATCCA-G--C--TGCCA---G--T----GG-C-AGTC-AGC--CGA-A-T-C-A--A-A-AAGCTA-C--A---A-GGG----G-GTGGGGGCA---GT-ACAGGAT-GGAG-ATTTCTCCC
gi|17391                      :     -AATA-A-GCTAT-TCCTGCGA--GGTCAGT--AGC-T-A-GTCCG-G--G--TGTCG---G--A----GG-C-AGTC-GGC--CGA-G-T-C-A--A-T-GAGCAA-C--AATTA-GGGGTTAG-GAGC----A---AT-ATGGGAT-AGGG-TTTCTCCCATATTG-TGGT
gi|17392                      :            -ACTAG-TCCTG-GT--G-TTGGT--AAA-TCA-GTCC--G--C--TGCCT---T--T----GG-CAAGCC-GGC--CGA-G-T-C-G--C-GAAAGCGA-C--G---A-CGG----G-GAG-----A----T-ACGGGA--Gag


blockSeqs                     :     T    T G     C     CG AA       AA   C C A     A CC CA    AAGCAA        G A    T   AA   T T C GGA  T A      T AATT   G   GTTA A   GGGGCA     G      GG    G   GT
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  A        .    . . .     C .  .     AATAA         . .    .   .    . . . GG   . A      . CTG    .   C    .   ATGA       .      AG    .   GT
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  .        .    . . .     . .  .     TTTT          . .    .   .    . . . G    . .      . AA     .   .    .   AG         .      G     .   GC
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  .        .    . . .     . .  .     AAA           . .    .   .    . . . G    . .      . G      .   .    .   CA         .      G     .   GC
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  .        .    . . .     . .  .     AAA           . .    .   .    . . . G    . .      . G      .   .    .   A          .      T     .   GC
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  .        .    . . .     . .  .     AAA           . .    .   .    . . . G    . .      . G      .   .    .   A          .      T     .   TC
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  .        .    . . .     . .  .     TTT           . .    .   .    . . . A    . .      . G      .   .    .   A          .      .     .   CT
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  .        .    . . .     . .  .     GAC           . .    .   .    . . . A    . .      . G      .   .    .   A          .      .     .   C 
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  .        .    . . .     . .  .     GAA           . .    .   .    . . . A    . .      . G      .   .    .   A          .      .     .   G 
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  .        .    . . .     . .  .     AAA           . .    .   .    . . . G    . .      . G      .   .    .   A          .      .     .   G 
blockSeqs                     :     .    . .     .     C  .        .    . . .     . .  .     AAA           . .    .   .    . . . G    . .      . A      .   .    .   A          .      .     .   . 
blockSeqs                     :     .    . .     .     A  .        .    . . .     . .  .     AGT           . .    .   .    . . . A    . .      . G      .   .    .   A          .      .           
blockSeqs                     :     .    . .     .     A  .        .    . . .     . .  .     GGA           . .    .   .    . . . A    . .      . .      .   .    .   A          .                  
blockSeqs                     :     .    . .     .     G  .        .    . . .     . .  .     TTT           . .    .   .    . . . G    . .      . .      .   .    .   .          .                  
blockSeqs                     :     .    . .     .     .  .        .    . . .     . .  .     AA            . .    .   .    . . . .    .                                                            
blockSeqs                     :     .    . .     .     .  .        .    . . .     . .  .     .             .                                                                                       
blockSeqs                     :            .     .     .  .        .    . . .     . .  .                                                                                                           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGCCA---A--A----GG-C-AGCC-GGC--CGA-G-T-C-G--C-G-AAGCGA-C--G---A-GGG----G-GAG-----A---GT-GCGGGA--GGGG-CTTGCCCCCTCCTGCTGGTG
finalCons                     : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGCCA---A--A----GG-C-AGCC-GGC--CGA-G-T-C-G--C-G-AAGCGA-C--G---A-GGG----G-GAG-----A---GT-GCGGGA--GGGG-CTTGCCCCCTCCTGCTGGTG





Alignments
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lowQualScore                  :     2    2 2     2     22 55   0   33   2 2 2     4 33 33    111111111111  2 2    2   33   2 2 2 4444 2 5      2 999999 2   8888 2   000000000  2      00    3   66               
lowQualScore                  :     .    . .     .     .. ..   .   ..   . . .     . .. ..    ............  . .    .   ..   . . . .... . .      . ...... .   .... .   .........  .      ..    .   ..               
lowQualScore                  :     4    4 2     2     33 33   8   11   2 2 2     4 11 11    888888888888  4 5    5   44   5 5 5 1111 5 3      7 222222 7   3333 7   999999999  7      88    3   99               
consensus                     : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGCCA---A--A----GG-C-AGCC-GGC--CGA-G-T-C-G--C-G-AAGCGA-C--G---A-GGG----G-GAG-----A---GT-GCGGGA--GGGG-CTTGCCCCCTCCTGCTGGTG
Reference ( family-794 )      : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGCCA---A--A----GG-C-AGCC-GGC--CGA-G-T-C-G--C-G-AAGCGA-C--G---A-GGG----G-GAG-----A---GT-GCGGGA--GGGG-CTTGCCCCCTCCTGCTGGTG
gi|17375                      : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG-GT--GTTTGTT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGCCA---A--A----GG-C-AGCC-GGC--CGA-G-T-C-G--C-G-AAGCGA-C--G---A-GGG----G-GAG-----A---GT-GCGGGA--GGGG-CTTGCCCCCTCCTGCTGGTG
gi|17376                      : ATAT-AATT-A-ACTAGCTCCTG-GT--GTTTGTT--AAA-T-A-GTCGA-G--C--TGCCA---A--A----GG-C-AGCC-GGC--CGA-G-T-CGG--C-G-AAGCGA-C--G---AGGGG----G-GAG-----A---GTGGCGGGA--GGGG-CTT-CCCCCTCCTGCTGGTG
gi|17377                      : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG--T--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGCCA---A--A----G--C-AGCT-GGC--CGA-G-T-C-G--C-G-AAGCGA-C--G---A-GGG----G-GAG-----A---AT-GCGAGA--GGGG-CTTGTCCCCTCCTGCTGGTGg
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gi|17379                      : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCTG-G--C--TGCCT---T--T----GG-C-AGCC-GCC--AGA-G-T-C-G--C-G-AAGTGA-CA-A---A-GGG----G-GAG-----A---GT-GCAGGAGGGGGG-CTTGCCCCCTCCTGCTGGTG
gi|17380                      : ATAT-AATT-A-AGTAG-TCCTG-GT--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGCC--------TTTTGG-C-AGCT-GGC--CGA-G-TCC-G--C-G--AGCGA-C--G---A-GGG----GAGAG-----A---GT-GCTGGAG-GGGG-CTTG--CCCTCCTGCTGGTGg
gi|17381                      : ATAT-AATG-A-ACT-G-TCCTG-GT--GTTTAGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TG-CG---A--C----GG-C-AGTC-G----CGA-G-G-T-GGAC-GAAAGCGA-C------A-AGG----G-GAG-----A---GT-GCGGGAG-GGGG-CTTGCCCC--TCTGCTGGTGg
gi|17382                      : ATAT-AATT-A-ACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGT--AAA-T-A-GTCCG-G--C--TGC-----A--A----TG-C-------GA--CGATGTT-C-G--C-G-ATGAG-----------GGG----G-GAG-----A---GT-Gg
gi|17383                      : ATTT-AATT-A-ATTAG-TCCTG-GT--GTTTCGT--AAA-T-A-GTTCG-G--C--TGCC
gi|17384                      : ATATTGATG-A-ACTGT-TCCTG-GT--GTT-AGT--AGA-T-AAGTCGGAG--C--TGCCA---ATAA----GG----GTC-AGCAATG--G-T-C-A--G-A-AAGGAA-T--G---A-TGG----G-GAG-----ATGAGT-GCGGGGAGGGGG-CTTGCCCTC-GCTGCT
gi|17385                      :  TAT-AATT-A-ACTCA-TCC---GT--GTT-GAT--AAA-T-A-GTC-G-G--C--TGCCG---A--A----GGGC-AGC--GGC--CGA-C-T-C-A--TTG-AAGCGATC--G---A-GGG----G-GGG--------------GGGA--GGGGGCTTG---CCTCCTGCTG
gi|17386                      :  TAT-AATTTA-ACTGG-TCCTG-----GTTTAGT--TAA-T-A-GTCCGCG--CCATG-CA---A--A-------C-AGCCTGGC--CCG-A-T-C-A--C-G--AGCGA----G---A-GGGC---G-GGG-----A---GT--C--GA--AGGG-CTT--CCCCTCCTtgg
gi|17387                      : ATAT-A-TT-AGACTAG-TCCTG-GT--GTTTGGTAAAAA-T-A-GTCCG-GCCC--TGCGAAGCA--A----GG-C-ATTC----------T-T-C-G--C-G-AAGTGA-C--G---A-GGG----G-GTG-----AG--GT-GC
gi|17388                      : tTGT-AATT-A-ACCAG-TCCTG-CTA-GTTCGGT--AGC-T-A-GTTTG-G--T--T---------------GG-C-AGTC-GGC--AGA-G-T-T-G--C-
gi|17389                      :  TGT-AATT-T-ACTAG-TCCTG-AT--GATTGGT--GGACT-T-GTCCA-G--C--TGCTA---A--A----GG-
gi|17390                      :    T-GATT-A-ATTAT-TCCTG-ATAAGTC-GGT--AGC-T-C-ATCCA-G--C--TGCCA---G--T----GG-C-AGTC-AGC--CGA-A-T-C-A--A-A-AAGCTA-C--A---A-GGG----G-GTGGGGGCA---GT-ACAGGAT-GGAG-ATTTCTCCC
gi|17391                      :     -AATA-A-GCTAT-TCCTGCGA--GGTCAGT--AGC-T-A-GTCCG-G--G--TGTCG---G--A----GG-C-AGTC-GGC--CGA-G-T-C-A--A-T-GAGCAA-C--AATTA-GGGGTTAG-GAGC----A---AT-ATGGGAT-AGGG-TTTCTCCCATATTG-TGGT
gi|17392                      :            -ACTAG-TCCTG-GT--G-TTGGT--AAA-TCA-GTCC--G--C--TGCCT---T--T----GG-CAAGCC-GGC--CGA-G-T-C-G--C-GAAAGCGA-C--G---A-CGG----G-GAG-----A----T-ACGGGA--Gag