lowQualScore : 222222 11 22222 4444444444444444444444444 111111111 2222 1 1 1
lowQualScore : 44 000000 88 555 3 3 6666 99 5 33 7 2 2 2 2 33 33 2 2 44444 2 2 33 2 88 1 2 0 33 2 2 5 66 2 2 5 4444444444444444444444444 2 2 33 4444 2 2 5 55 66 5 555555555 5555 3 8 3 3 3 77 3 3 3 3 3 3 3 3 6 6 44 3 6 6 2
lowQualScore : .. ...... .. ... . . .... .. . .. . . . . . .. .. . . ..... . . .. . .. . . . .. . . . .. . . . ......................... . . .. .... . . . .. .. . ......... .... . . . . . .. . . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 22 111111 55 444 1 1 5555 77 7 99 3 9 9 9 9 77 77 7 7 77777 7 7 77 5 44 1 5 1 44 5 5 0 99 5 5 0 2222222222222222222222222 7 9 99 8888 9 9 7 99 88 7 555555555 3333 1 2 1 1 1 33 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7 66 3 7 7 5
consensus : ATTT--AAAT-CT---GTT--AC---T-ATC-A----TT-ATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC-ACT---CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATC-TT-ACAC------------------N------TTTCATA-TT-AA--T--C-A-G-CA-TT-NAA--AA-AAATCTAC------CC-CATC---ATTC-AAAAAT-CG-A-C--CCAC-ACA-A-A-A-A-TA-TNAAAAAT-ACC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
Reference ( gi|91741 ) : ATTT--AAAT-AT---GTT--AC---T-ATC-A----TA-ATTTC-TC--TCCG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC-AAC---CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATC-TT-ACAC------------------T------TTTCATA-TT-AA--T--C-A-G-CA-TT-GAA--AA-AAATCTAC------CA-CATC---TTTC-AAAATT-CG-A-C--CCAC-ACA-A-A-A-A-TA-TGAAAAAT-ACC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91740 : ATTT--AAAT-AT---GAT--AC---G-ATC-A----TT-ATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC-ACT---CACTG-GG-G--TCA-TCA--TGTTTATATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATC-TT-ACAC------------------A------TTTCATA-TT-AA--T--C-A-G-TA-TT-TAA--AA-AAATCTAC------CA-CATC---ATTC-AAAAAT-CG-A-C--CCGC-A-A-A-A-A-A-TA-TATAAAAT-ATC--A-TTTAAAGTA-ACA
gi|91739 : ATTT--AAAT-CT---GTT--AC---T-ATC-A----TT-ATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC-ACT---CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CTC-TT-ATAC------------------A------TTTCATA-GT-AA--T--T-A-G-CATTT-TAA--AA-AAATGTAC------CC-CATC---ATTA-AAGAAT-CG-A-C--CAAC-A-A-A-A-A-A-TA-TTAAAAAT-ACC--A-TTTAAAATA-ACATTTGT
gi|91744 : ATTT--AAAT-CT---GTT--AC---T-ATC-A----TT-ATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTT---A-AC-ACT---CACTG-GT-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--C-TG-AAC-GT--A-CTC-TT-ATAC------------------A------TTTCATA-GT--A--T--T-A-G-CA-TT-TAA--AA-AAATGTAC------CC-CATC---ACTC-AAA--T-CG-A-C--CCAC-AAA-A-A-A-ATTA-TGAAAAAT-ACC--A-TTTAAAGTA-ACAT
gi|91742 : ATTT--AAAT-CT---GTT--AC---T-ATC-A----TT-ATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC-ACT---CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CCC-TT-ACAC------------------A------TTTCATA-GT-AA--T--T-A-G-CATTT-TAA--AA-AAAGGTAC------CC-CATC---ATTC-AAAAAT-CG-A-C--CCAC-----A-A-A-A-TA-T--AAAAT-ATC--C-TTTA-AGTATACAT-TGT
gi|91745 : ATTT--AAAT-CTTGCATT--AC---T-ATC-A----TT-ATTTCGTC--TCTG-T-G-C-TACA--GCTTTTTAA-AC-ACT---CACTGCGGCA--TCAATCAA-TGTTT-CATGCAATTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATC-TT-ACAC-------------------------TTTCATA-TT-AA--T--C-A-GCCA-TTGGAA--AA-AAATCTAC------CC-CATC---ATTCAAAAATT-CGCA-A--CCAC-ACA-A-A-A-A-TA-TAAAAAAT-ACC--ACTTTACAGTA-ACGTGTAT
gi|91746 : ATTT--AATT-TTT--GTTGGAC---T-ATC-A----TT-ATTTTATC--CCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC-ACT---C-CTG-GG-A--TC--TCAAATGTTT-T-TGAATTTT-T--T-TG-AACTGT--A-ATC-TTCACAC------------------T------TTTCATA-TTTAA--T--C-A-G-CA-TT-GAA--AA-AAATCTAC------CGCCATCAA-ATTC-AAAA-G-CA-A-C--CCAA-ACACA-A-A-A-TA-T-AAAAATAACA--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91748 : ATTT--AATTTGT---GTT--AC---T-ATC-A----TCTATTTA-TC--CCTGAT-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC-ACT---C-CTG-GG-ACTTCA--AA--TGTTT-T-TGAATTTTA---T-TG-AACTGT--A-ATC-TT-ACAC------------------T------TTTCATATTT-AA--T--C-A-G-CA-TT-GAA--AATAAATCTAC------C--CATCAAATTCC-AAAA-G-CA-A-C--CCAA-ACA-A-A-A-A-TA-T-AAAAAT-ACA--A-GTTACAGTA-AAATGTGT
gi|91747 : ATTT--AATT--T---GTTGGAC---T-ATC-A----TT-ATTTA-TC--CCTG-TTGCT-TAC---GTTTTT--ACAC-ACT---CACTG-GG-A--TCA-TCAA-TGTAT-TATGAATTTTATATT-TGTAAC-GTGTA-ATC-TTCACAC------------------T------TTTCATA-TT-AA--T--C-A---CA-TT-GAA--AA-AAATCTAC------CC-CATCA--ATTC-AAAA-G-CA-A-C--CCAA-ACA-ATATA-A-TA-TCAAAAATAACA--A-TTTACAGTA-ACATGTG
gi|91751 : ATTTTAAAAT-CT---GTT--AC---TCATCCA----TT-ATTTC-TC--TCTG-T-T-T-TACACAGTTTTT--A-AC-ACCT--CACT--GG-A--TCA-TCA--TG-TT-TATGAAT----T--T-TG-AAT-GT--AGATCTTT-ACAC------------------C------TTTCATA-TT-AA--TGAC-A---CA-TT-GAACTAACAACTCTCC------CA--ATCT--TTTC-AAAAAT-CG-A-CCACCACAACA-A-A-ATA-TA-TTATAATT-ACCTTA-TTTACAGCA-ACAT
gi|91750 : ATTT--AAAT-CT---GTT--AC---T-ATA-A----TT-ATTTC-TC--TGCG-T-G-T-TACA--GTTTCT--A-A--AACT--CACTG-GG-A--TTA-TCA--TG----------TTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATC-TT-ACAC------------------A------TTTCAT
gi|91749 : ATTT--AAAT-CC---GTA--AC---T-GTC-A----TT-ATTTC-TC--TC---T-G-T-TACA---TTTTA--A-AC-ACT---AACTG-GG-A--TAA-TCA--TGTTT-TCTGAATTTAAT--T-TC-AAG-GT--A-ATC-TT-ACACA-----------------TTACACATTTCATA-CA-AA--T--T-A-G-CA-TT-TTA--AA-AAATCTAC------CC-CATC---
gi|91752 : ATTT--AAAT-CT---GTT--AC---T-ATC-ATTTTTT-GTTTG-TC--TCTG-T-G-TGTATA--ATTTTT--A-ACTAACTCGCACTA-GG-A--TAA-TGA--TGTTT-GATGA---TTAT--TGTG-AAC-G------TT-TT-ACCT------------------T------TTCCATA-TT-GA--T--CGA-G-CA-AT-G-A--AA-AAATCTACAGCGAGTA-CA------TTC---AATTGCG-AGA--TCAC-A-A-A-A-A-A-TA-TAAAAAat
gi|91743 : ATTT--AAAT-CG---TTT--ACATAC-ACC-A----TT-ATT-C-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC-ATT---CACTG-GG-A--TCA-TCA--TG-GT-TATGAAATTT-T--T-TG-AAC-GT--A-CAC--T-ACAA------------------TAA----TTTCATA-AT-AGCTT--T-ACG-CA-TT-AAAT-AA-AAATGAGC------C--CA------TTC-AAAAAT--G-T-CA-CCAC-A-A-A-C-A-A-TATTTAAATAT--CC--A-TTTA-AGTATACTTG
gi|91753 : -ATTTT-TCCATATG-T-A-T-TACA--GTTTCT--A-AC-ACT---CACAA-GG-A--TTA-TCA--TATTG-TATGAACTTTAT--T-TG-AAC--TAAA-AAC-TT-ACAT------------------A------TTTCATA-TT-AA--T--T-A-G-CA-TT-AAA--AC-AA
gi|91754 : tACA--GTTTCT--A-AC-ACT---CACTG-GG-A--TAA-TCA--TGCTG-CATGAATTTTAT--T-TG-AAC-TT--A-ATC-AT-ACAC------------------A------TTTCATA-T
gi|91755 : -TCA--TGTTT-TATAAGCTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATC-TT-ACACATTTCNCTGTTCATGTCTTACACA-TTTCATA-TT-AA--T--T-A-G-CA-TT-TCA--AA-CAATCTAC------CC-GATC---ATTC-AAAAAT-TA-A-C--CCAC-A-A-A-A-A-A-TA-TTAAAAAT-ACC--A-TTTAAAGTA-ACATTTGT
gi|91756 : -CATC---TTTC-AAAAAT-CG-A-C--CCAC-GCA-A-A-A-A-TA-TAAAAAAT-ACC--A-TTTACAGTA-AC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222 11 1
lowQualScore : 33 2 777 77 555 2 2 6666 2 5 33 2 2 2 2 33 33 2 33 2 33 2 2 33 2 33 4 0 2 33 2 2 4 66 2 11111111111111111111111 2 7777777 4 33 3 5 33 3333 2 2 5 33 66 5 33 2 2 22 77777 2 2 66 2 1 2 2 2 2 2 9 6 3 44 3 5 6 1
lowQualScore : .. . ... .. ... . . .... . . .. . . . . .. .. . .. . .. . . .. . .. . . . .. . . . .. . ....................... . ....... . .. . . .. .... . . . .. .. . .. . . .. ..... . . .. . . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 99 9 999 99 000 9 9 1111 7 3 77 7 7 7 7 44 44 5 44 5 44 5 5 44 4 22 7 5 4 22 4 4 7 55 4 88888888888888888888888 4 6666666 7 22 3 0 77 8888 7 7 3 77 33 3 99 7 7 77 11111 9 9 88 9 4 9 9 9 9 9 4 2 1 22 1 4 2 1
consensus : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TC--A-TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-T-------T-ACA--CATTTCATA-TTAA--T--C-A-G-CA-TT-GAA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
Reference ( family-792 ) : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TC--A-TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-T-------T-ACA--CNTTTCATA-TTAA--T--C-A-G-CA-TT-NAA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91739 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TC--A-TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CT-----------------------C-T-------T-ATA--CATTTCATA-GTAA--T--T-A-G-CATTT-TAA--AA-AAATGTAC--C-CCAT-C--ATTAAA-----GAA-TCG-AC--CAAC-A-A-A-A-A-A-TATTAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAATA-ACATTTGT
gi|91740 : ATTT--AAATA-T---GAT--AC---G-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-G--TCA-TC--A-TGTTTATATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-T-------T-ACA--CATTTCATA-TTAA--T--C-A-G-TA-TT-TAA--AA-AAATCTAC--C-ACAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCGC-A-A-A-A-A-A-TATATAAAAT-A-TC--A-TTTAAAGTA-ACA
gi|91741 : ATTT--AAATA-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-AATTTC-TC--TCCG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-AC--CACTG-GG-A--TCA-TC--A-TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-T-------T-ACA--CTTTTCATA-TTAA--T--C-A-G-CA-TT-GAA--AA-AAATCTAC--C-ACAT-C--TTTCAA-----AAT-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATGAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91742 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TC--A-TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CC-----------------------C-T-------T-ACA--CATTTCATA-GTAA--T--T-A-G-CATTT-TAA--AA-AAAGGTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-----A-A-A-A-TAT--AAAAT-A-TC--C-TTTA-AGTATACAT-TGT
gi|91743 : ATTT--AAATC-G---TTT--ACATAC-ACC-A----T-TATT-C-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-TT--CACTG-GG-A--TCA-TC--A-TG-GT-TATGAAATTT-T--T-TG-AAC-GT--A-CA-----------------------C---------T-ACAATAATTTCATA-ATAGCTT--T-ACG-CA-TT-AAAT-AA-AAATGAGC--C------C--ATTCAA-----AAA-T-G-TCA-CCAC-A-A-A-C-A-A-TATT-TAAAT-ATCC--A-TTTA-AGTATACTTG
gi|91744 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTT---A-AC--A-CT--CACTG-GT-A--TCA-TC--A-TGTTT-TATGAATTTTAT--C-TG-AAC-GT--A-CT-----------------------C-T-------T-ATA--CATTTCATA-GT-A--T--T-A-G-CA-TT-TAA--AA-AAATGTAC--C-CCAT-C--ACTC-------AAA-TCG-AC--CCAC-AAA-A-A-A-ATTATGAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAGTA-ACAT
gi|91745 : ATTT--AAATC-TTGCATT--AC---T-ATC-A----T-TATTTCGTC--TCTG-T-G-C-TACA--GCTTTTTAA-AC--A-CT--CACTGCGGCA--TCAATC--AATGTTT-CATGCAATTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-T-------T-ACA--C-TTTCATA-TTAA--T--C-A-GCCA-TTGGAA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAATTCGCAA--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATAAAAAAT-A-CC--ACTTTACAGTA-ACGTGTAT
gi|91746 : ATTT--AATTT-TT--GTTGGAC---T-ATC-A----T-TATTTTATC--CCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--C-CTG-GG-A--TC--TCAAA-TGTTT-T-TGAATTTT-T--T-TG-AACTGT--A-AT-----------------------C-T-------TCACA--CTTTTCATATTTAA--T--C-A-G-CA-TT-GAA--AA-AAATCTAC--CGCCAT-CAAATTCAA-----AAG--CA-AC--CCAA-ACACA-A-A-A-TAT-AAAAATAA-CA--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91747 : ATTT--AA-TT-T---GTTGGAC---T-ATC-A----T-TATTTA-TC--CCTG-TTGCT-TAC---GTTTTT--ACAC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TC--AATGTAT-TATGAATTTTATATT-TGTAAC-GTGTA-AT-----------------------C-T-------TCACA--CTTTTCATA-TTAA--T--C-A---CA-TT-GAA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-CA-ATTCAA-----AAG--CA-AC--CCAA-ACA-ATATA-A-TATCAAAAATAA-CA--A-TTTACAGTA-ACATGTG
gi|91748 : ATTT--AATTTGT---GTT--AC---T-ATC-A----TCTATTTA-TC--CCTGAT-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--C-CTG-GG-ACTTCA--A--A-TGTTT-T-TGAATTTTA---T-TG-AACTGT--A-AT-----------------------C-T-------T-ACA--CTTTTCATATTTAA--T--C-A-G-CA-TT-GAA--AATAAATCTA---C-CCAT-CAAATTCCA-----AAA-GCA-AC--CCAA-ACA-A-A-A-A-TAT-AAAAAT-A-CA--A-GTTACAGTA-AAATGTGT
gi|91749 : ATTT--AAATC-C---GTA--AC---T-GTC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-----TACA---TTTTA--A-AC--A-CT--AACTG-GG-A--TAA-TC--A-TGTTT-TCTGAATTTAAT--T-TC-AAG-GT--A-AT-----------------------C-TTACACATT-ACA--CATTTCATA-CAAA--T--T-A-G-CA-TT-TTA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--AT
gi|91750 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATA-A----T-TATTTC-TC--TGCG-T-G-T-TACA--GTTTCT--A-AA--A-CT--CACTG-GG-A--TTA-TC--A-TG----------TTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-T-------T-ACA--CATTTCAT
gi|91751 : ATTTTAAAATC-T---GTT--AC---TCATCCA----T-TATTTC-TC--TCTG-T-T-T-TACACAGTTTTT--A-AC--ACCT--CACT--GG-A--TCA-TC--A-TG-TT-TATGAAT----T--T-TG-AAT-GT--AGAT-----------------------CTT-------T-ACA--CCTTTCATA-TTAA--TGAC-A---CA-TT-GAACTAACAACTCT-C--C-CAAT-CT-TTTCAA-----AAA-TCG-ACCACCACAACA-A-A-ATA-TATTATAATT-A-CCTTA-TTTACAGCA-ACAT
gi|91752 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-ATTTTT-TGTTTG-TC--TCTG-T-G-TGTATA--ATTTTT--A-ACTAA-CTCGCACTA-GG-A--TAA-TG--A-TGTTT-GATGA---TTAT--TGTG-AAC-G------T-----------------------T-T-------T-ACC--TTTTCCATA-TTGA--T--CGA-G-CA-AT-G-A--AA-AAATCTACAGC-GAGTAC--ATTCAATTGCGAGA-T--------CAC-A-A-A-A-A-A-TATAAAAA
gi|91753 : -TATTTT-TCCATATG-T-A-T-TACA--GTTTCT--A-AC--A-CT--CACAA-GG-A--TTA-TC--A-TATTG-TATGAACTTTAT--T-TG-AAC--TAAA-AA-----------------------C-T-------T-ACA--TATTTCATA-TTAA--T--T-A-G-CA-TT-AAA--AC-AA
gi|91754 : ACA--GTTTCT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TAA-TC--A-TGCTG-CATGAATTTTAT--T-TG-AAC-TT--A-AT-----------------------C-A-------T-ACA--CATTTCATA-T
gi|91755 : -TC--A-TGTTT-TATAAGCTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATCTTACACATTTCNCTGTTCATGTC-T-------T-ACA--CATTTCATA-TTAA--T--T-A-G-CA-TT-TCA--AA-CAATCTAC--C-CGAT-C--ATTCAA-----AAA-TTA-AC--CCAC-A-A-A-A-A-A-TATTAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAGTA-ACATTTGT
gi|91756 : -CCAT-C--TTTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-GCA-A-A-A-A-TATAAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-AC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222 11 1
lowQualScore : 33 2 777 77 555 2 2 6666 2 5 33 2 2 2 2 33 33 2 33 2 33 2 2 33 2 77 0 2 33 2 2 4 66 2 11111111111111111111111 2 4 7777777 33 2 2 2 33 3333 2 2 5 44 66 5 33 2 2 22 77777 2 2 66 2 1 2 2 2 2 2 9 6 3 44 3 5 6 1
lowQualScore : .. . ... .. ... . . .... . . .. . . . . .. .. . .. . .. . . .. . .. . . .. . . . .. . ....................... . . ....... .. . . . .. .... . . . .. .. . .. . . .. ..... . . .. . . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 99 9 999 99 000 9 9 1111 7 3 77 7 7 7 7 44 44 5 44 5 44 5 5 44 4 99 5 4 22 4 4 7 55 4 88888888888888888888888 4 7 6666666 22 9 5 7 77 8888 7 7 3 88 33 3 99 7 7 77 11111 9 9 88 9 4 9 9 9 9 9 4 2 1 22 1 4 2 1
consensus : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
Reference ( family-792 ) : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91739 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CT-----------------------C-TT-A-------TA--CATTTCATA-GT-AA--T--T-A-GC-ATTTT-AA--AA-AAATGTAC--C-CCAT-C--ATTAAA-----GAA-TCG-AC--CAAC-A-A-A-A-A-A-TATTAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAATA-ACATTTGT
gi|91740 : ATTT--AAATA-T---GAT--AC---G-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-G--TCA-TCA--TGTTTATATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GT-A-TTT-AA--AA-AAATCTAC--C-ACAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCGC-A-A-A-A-A-A-TATATAAAAT-A-TC--A-TTTAAAGTA-ACA
gi|91741 : ATTT--AAATA-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-AATTTC-TC--TCCG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-AC--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CTTTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-ACAT-C--TTTCAA-----AAT-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATGAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91742 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CC-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-GT-AA--T--T-A-GC-ATTTT-AA--AA-AAAGGTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-----A-A-A-A-TAT--AAAAT-A-TC--C-TTTA-AGTATACAT-TGT
gi|91743 : ATTT--AAATC-G---TTT--ACATAC-ACC-A----T-TATT-C-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-TT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TG-GT-TATGAAATTT-T--T-TG-AAC-GT--A-CA-----------------------C--T-A-------CAATAATTTCATA-AT-AGCTT--T-ACGC-A-TTA-AAT-AA-AAATGAGC--C------C--ATTCAA-----AAA-T-G-TCA-CCAC-A-A-A-C-A-A-TATT-TAAAT-ATCC--A-TTTA-AGTATACTTG
gi|91744 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTT---A-AC--A-CT--CACTG-GT-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--C-TG-AAC-GT--A-CT-----------------------C-TT-A-------TA--CATTTCATA-GT--A--T--T-A-GC-A-TTT-AA--AA-AAATGTAC--C-CCAT-C--ACTC-------AAA-TCG-AC--CCAC-AAA-A-A-A-ATTATGAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAGTA-ACAT
gi|91745 : ATTT--AAATC-TTGCATT--AC---T-ATC-A----T-TATTTCGTC--TCTG-T-G-C-TACA--GCTTTTTAA-AC--A-CT--CACTGCGGCA--TCAATCAA-TGTTT-CATGCAATTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--C-TTTCATA-TT-AA--T--C-A-GCCA-TTGGAA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAATTCGCAA--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATAAAAAAT-A-CC--ACTTTACAGTA-ACGTGTAT
gi|91746 : ATTT--AATTT-TT--GTTGGAC---T-ATC-A----T-TATTTTATC--CCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--C-CTG-GG-A--TC--TCAAATGTTT-T-TGAATTTT-T--T-TG-AACTGT--A-AT-----------------------C-TTCA-------CA--CTTTTCATA-TTTAA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--CGCCAT-CAAATTCAA-----AAG--CA-AC--CCAA-ACACA-A-A-A-TAT-AAAAATAA-CA--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91747 : ATTT--AA-TT-T---GTTGGAC---T-ATC-A----T-TATTTA-TC--CCTG-TTGCT-TAC---GTTTTT--ACAC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCAA-TGTAT-TATGAATTTTATATT-TGTAAC-GTGTA-AT-----------------------C-TTCA-------CA--CTTTTCATA-TT-AA--T--C-A--C-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-CA-ATTCAA-----AAG--CA-AC--CCAA-ACA-ATATA-A-TATCAAAAATAA-CA--A-TTTACAGTA-ACATGTG
gi|91748 : ATTT--AATTTGT---GTT--AC---T-ATC-A----TCTATTTA-TC--CCTGAT-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--C-CTG-GG-ACTTCA--AA--TGTTT-T-TGAATTTTA---T-TG-AACTGT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CTTTTCATATTT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AATAAATCTA---C-CCAT-CAAATTCCA-----AAA-GCA-AC--CCAA-ACA-A-A-A-A-TAT-AAAAAT-A-CA--A-GTTACAGTA-AAATGTGT
gi|91749 : ATTT--AAATC-C---GTA--AC---T-GTC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-----TACA---TTTTA--A-AC--A-CT--AACTG-GG-A--TAA-TCA--TGTTT-TCTGAATTTAAT--T-TC-AAG-GT--A-AT-----------------------C-TT-ACACATTACA--CATTTCATA-CA-AA--T--T-A-GC-A-TTT-TA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--AT
gi|91750 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATA-A----T-TATTTC-TC--TGCG-T-G-T-TACA--GTTTCT--A-AA--A-CT--CACTG-GG-A--TTA-TCA--TG----------TTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCAT
gi|91751 : ATTTTAAAATC-T---GTT--AC---TCATCCA----T-TATTTC-TC--TCTG-T-T-T-TACACAGTTTTT--A-AC--ACCT--CACT--GG-A--TCA-TCA--TG-TT-TATGAAT----T--T-TG-AAT-GT--AGAT-----------------------CTTT-A-------CA--CCTTTCATA-TT-AA--TGAC-A--C-A-TTG-AACTAACAACTCT-C--C-CAAT-CT-TTTCAA-----AAA-TCG-ACCACCACAACA-A-A-ATA-TATTATAATT-A-CCTTA-TTTACAGCA-ACAT
gi|91752 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-ATTTTT-TGTTTG-TC--TCTG-T-G-TGTATA--ATTTTT--A-ACTAA-CTCGCACTA-GG-A--TAA-TGA--TGTTT-GATGA---TTAT--TGTG-AAC-G------T-----------------------T-TT-A-------CC--TTTTCCATA-TT-GA--T--CGA-GC-A-ATG--A--AA-AAATCTACAGC-GAGTAC--ATTCAATTGCGAGA-T--------CAC-A-A-A-A-A-A-TATAAAAA
gi|91753 : -TATTTT-TCCATATG-T-A-T-TACA--GTTTCT--A-AC--A-CT--CACAA-GG-A--TTA-TCA--TATTG-TATGAACTTTAT--T-TG-AAC--TAAA-AA-----------------------C-TT-A-------CA--TATTTCATA-TT-AA--T--T-A-GC-A-TTA-AA--AC-AA
gi|91754 : ACA--GTTTCT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TAA-TCA--TGCTG-CATGAATTTTAT--T-TG-AAC-TT--A-AT-----------------------C-AT-A-------CA--CATTTCATA-T
gi|91755 : -TCA--TGTTT-TATAAGCTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATCTTACACATTTCNCTGTTCATGTC-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--T-A-GC-A-TTT-CA--AA-CAATCTAC--C-CGAT-C--ATTCAA-----AAA-TTA-AC--CCAC-A-A-A-A-A-A-TATTAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAGTA-ACATTTGT
gi|91756 : -CCAT-C--TTTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-GCA-A-A-A-A-TATAAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-AC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222 11 1
lowQualScore : 33 2 777 77 555 2 2 6666 2 5 33 2 2 2 2 33 33 2 33 2 33 2 2 33 2 77 0 2 33 2 2 4 66 2 11111111111111111111111 2 4 7777777 33 2 2 2 33 3333 2 2 5 44 66 5 33 2 2 22 77777 2 2 66 2 1 2 2 2 2 2 9 6 3 44 3 5 6 1
lowQualScore : .. . ... .. ... . . .... . . .. . . . . .. .. . .. . .. . . .. . .. . . .. . . . .. . ....................... . . ....... .. . . . .. .... . . . .. .. . .. . . .. ..... . . .. . . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 99 9 999 99 000 9 9 1111 7 3 77 7 7 7 7 44 44 5 44 5 44 5 5 44 4 99 5 4 22 4 4 7 55 4 88888888888888888888888 4 7 6666666 22 9 5 7 77 8888 7 7 3 88 33 3 99 7 7 77 11111 9 9 88 9 4 9 9 9 9 9 4 2 1 22 1 4 2 1
consensus : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
Reference ( family-792 ) : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91739 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CT-----------------------C-TT-A-------TA--CATTTCATA-GT-AA--T--T-A-GC-ATTTT-AA--AA-AAATGTAC--C-CCAT-C--ATTAAA-----GAA-TCG-AC--CAAC-A-A-A-A-A-A-TATTAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAATA-ACATTTGT
gi|91740 : ATTT--AAATA-T---GAT--AC---G-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-G--TCA-TCA--TGTTTATATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GT-A-TTT-AA--AA-AAATCTAC--C-ACAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCGC-A-A-A-A-A-A-TATATAAAAT-A-TC--A-TTTAAAGTA-ACA
gi|91741 : ATTT--AAATA-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-AATTTC-TC--TCCG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-AC--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CTTTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-ACAT-C--TTTCAA-----AAT-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATGAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91742 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CC-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-GT-AA--T--T-A-GC-ATTTT-AA--AA-AAAGGTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-----A-A-A-A-TAT--AAAAT-A-TC--C-TTTA-AGTATACAT-TGT
gi|91743 : ATTT--AAATC-G---TTT--ACATAC-ACC-A----T-TATT-C-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-TT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TG-GT-TATGAAATTT-T--T-TG-AAC-GT--A-CA-----------------------C--T-A-------CAATAATTTCATA-AT-AGCTT--T-ACGC-A-TTA-AAT-AA-AAATGAGC--C------C--ATTCAA-----AAA-T-G-TCA-CCAC-A-A-A-C-A-A-TATT-TAAAT-ATCC--A-TTTA-AGTATACTTG
gi|91744 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTT---A-AC--A-CT--CACTG-GT-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--C-TG-AAC-GT--A-CT-----------------------C-TT-A-------TA--CATTTCATA-GT--A--T--T-A-GC-A-TTT-AA--AA-AAATGTAC--C-CCAT-C--ACTC-------AAA-TCG-AC--CCAC-AAA-A-A-A-ATTATGAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAGTA-ACAT
gi|91745 : ATTT--AAATC-TTGCATT--AC---T-ATC-A----T-TATTTCGTC--TCTG-T-G-C-TACA--GCTTTTTAA-AC--A-CT--CACTGCGGCA--TCAATCAA-TGTTT-CATGCAATTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--C-TTTCATA-TT-AA--T--C-A-GCCA-TTGGAA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAATTCGCAA--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATAAAAAAT-A-CC--ACTTTACAGTA-ACGTGTAT
gi|91746 : ATTT--AATTT-TT--GTTGGAC---T-ATC-A----T-TATTTTATC--CCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--C-CTG-GG-A--TC--TCAAATGTTT-T-TGAATTTT-T--T-TG-AACTGT--A-AT-----------------------C-TTCA-------CA--CTTTTCATA-TTTAA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--CGCCAT-CAAATTCAA-----AAG--CA-AC--CCAA-ACACA-A-A-A-TAT-AAAAATAA-CA--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91747 : ATTT--AA-TT-T---GTTGGAC---T-ATC-A----T-TATTTA-TC--CCTG-TTGCT-TAC---GTTTTT--ACAC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCAA-TGTAT-TATGAATTTTATATT-TGTAAC-GTGTA-AT-----------------------C-TTCA-------CA--CTTTTCATA-TT-AA--T--C-A--C-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-CA-ATTCAA-----AAG--CA-AC--CCAA-ACA-ATATA-A-TATCAAAAATAA-CA--A-TTTACAGTA-ACATGTG
gi|91748 : ATTT--AATTTGT---GTT--AC---T-ATC-A----TCTATTTA-TC--CCTGAT-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--C-CTG-GG-ACTTCA--AA--TGTTT-T-TGAATTTTA---T-TG-AACTGT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CTTTTCATATTT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AATAAATCTA---C-CCAT-CAAATTCCA-----AAA-GCA-AC--CCAA-ACA-A-A-A-A-TAT-AAAAAT-A-CA--A-GTTACAGTA-AAATGTGT
gi|91749 : ATTT--AAATC-C---GTA--AC---T-GTC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-----TACA---TTTTA--A-AC--A-CT--AACTG-GG-A--TAA-TCA--TGTTT-TCTGAATTTAAT--T-TC-AAG-GT--A-AT-----------------------C-TT-ACACATTACA--CATTTCATA-CA-AA--T--T-A-GC-A-TTT-TA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--AT
gi|91750 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATA-A----T-TATTTC-TC--TGCG-T-G-T-TACA--GTTTCT--A-AA--A-CT--CACTG-GG-A--TTA-TCA--TG----------TTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCAT
gi|91751 : ATTTTAAAATC-T---GTT--AC---TCATCCA----T-TATTTC-TC--TCTG-T-T-T-TACACAGTTTTT--A-AC--ACCT--CACT--GG-A--TCA-TCA--TG-TT-TATGAAT----T--T-TG-AAT-GT--AGAT-----------------------CTTT-A-------CA--CCTTTCATA-TT-AA--TGAC-A--C-A-TTG-AACTAACAACTCT-C--C-CAAT-CT-TTTCAA-----AAA-TCG-ACCACCACAACA-A-A-ATA-TATTATAATT-A-CCTTA-TTTACAGCA-ACAT
gi|91752 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-ATTTTT-TGTTTG-TC--TCTG-T-G-TGTATA--ATTTTT--A-ACTAA-CTCGCACTA-GG-A--TAA-TGA--TGTTT-GATGA---TTAT--TGTG-AAC-G------T-----------------------T-TT-A-------CC--TTTTCCATA-TT-GA--T--CGA-GC-A-ATG--A--AA-AAATCTACAGC-GAGTAC--ATTCAATTGCGAGA-T--------CAC-A-A-A-A-A-A-TATAAAAA
gi|91753 : -TATTTT-TCCATATG-T-A-T-TACA--GTTTCT--A-AC--A-CT--CACAA-GG-A--TTA-TCA--TATTG-TATGAACTTTAT--T-TG-AAC--TAAA-AA-----------------------C-TT-A-------CA--TATTTCATA-TT-AA--T--T-A-GC-A-TTA-AA--AC-AA
gi|91754 : ACA--GTTTCT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TAA-TCA--TGCTG-CATGAATTTTAT--T-TG-AAC-TT--A-AT-----------------------C-AT-A-------CA--CATTTCATA-T
gi|91755 : -TCA--TGTTT-TATAAGCTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATCTTACACATTTCNCTGTTCATGTC-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--T-A-GC-A-TTT-CA--AA-CAATCTAC--C-CGAT-C--ATTCAA-----AAA-TTA-AC--CCAC-A-A-A-A-A-A-TATTAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAGTA-ACATTTGT
gi|91756 : -CCAT-C--TTTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-GCA-A-A-A-A-TATAAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-AC
blockSeqs : TA G TGC GG ATA C C TTTT C G CA A T C G CA TA C TA C CG C C CT A AA A AT G T T GT G CTTACACATTTCNCTGTTCATGT T C CACATTA AT A T T CT GAC C C T GG CT T AG G A AA TTGCG T C CA A C C T T T T A A T TT C A T G
blockSeqs : . . T GG . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T AA . . . C . . T . . . CG . . . T T C . . . AA . . . A . A . . . . . G A . . . C T G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . G . . . . . A . . . . . C . . . . . T . . . . A . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . T . . . . . T . . . . . C . . . . . G . . . . C . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . C . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . . C . . . . C . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . C . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . . . G . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
finalCons : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222 11 1
lowQualScore : 33 2 777 77 555 2 2 6666 2 5 33 2 2 2 2 33 33 2 33 2 33 2 2 33 2 77 0 2 33 2 2 4 66 2 11111111111111111111111 2 4 7777777 33 2 2 2 33 3333 2 2 5 44 66 5 33 2 2 22 77777 2 2 66 2 1 2 2 2 2 2 9 6 3 44 3 5 6 1
lowQualScore : .. . ... .. ... . . .... . . .. . . . . .. .. . .. . .. . . .. . .. . . .. . . . .. . ....................... . . ....... .. . . . .. .... . . . .. .. . .. . . .. ..... . . .. . . . . . . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 99 9 999 99 000 9 9 1111 7 3 77 7 7 7 7 44 44 5 44 5 44 5 5 44 4 99 5 4 22 4 4 7 55 4 88888888888888888888888 4 7 6666666 22 9 5 7 77 8888 7 7 3 88 33 3 99 7 7 77 11111 9 9 88 9 4 9 9 9 9 9 4 2 1 22 1 4 2 1
consensus : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
Reference ( family-792 ) : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATNAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91739 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CT-----------------------C-TT-A-------TA--CATTTCATA-GT-AA--T--T-A-GC-ATTTT-AA--AA-AAATGTAC--C-CCAT-C--ATTAAA-----GAA-TCG-AC--CAAC-A-A-A-A-A-A-TATTAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAATA-ACATTTGT
gi|91740 : ATTT--AAATA-T---GAT--AC---G-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-G--TCA-TCA--TGTTTATATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--C-A-GT-A-TTT-AA--AA-AAATCTAC--C-ACAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCGC-A-A-A-A-A-A-TATATAAAAT-A-TC--A-TTTAAAGTA-ACA
gi|91741 : ATTT--AAATA-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-AATTTC-TC--TCCG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-AC--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CTTTTCATA-TT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-ACAT-C--TTTCAA-----AAT-TCG-AC--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATGAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91742 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-CC-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCATA-GT-AA--T--T-A-GC-ATTTT-AA--AA-AAAGGTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-----A-A-A-A-TAT--AAAAT-A-TC--C-TTTA-AGTATACAT-TGT
gi|91743 : ATTT--AAATC-G---TTT--ACATAC-ACC-A----T-TATT-C-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-TT--CACTG-GG-A--TCA-TCA--TG-GT-TATGAAATTT-T--T-TG-AAC-GT--A-CA-----------------------C--T-A-------CAATAATTTCATA-AT-AGCTT--T-ACGC-A-TTA-AAT-AA-AAATGAGC--C------C--ATTCAA-----AAA-T-G-TCA-CCAC-A-A-A-C-A-A-TATT-TAAAT-ATCC--A-TTTA-AGTATACTTG
gi|91744 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-G-T-TACA--GTTTT---A-AC--A-CT--CACTG-GT-A--TCA-TCA--TGTTT-TATGAATTTTAT--C-TG-AAC-GT--A-CT-----------------------C-TT-A-------TA--CATTTCATA-GT--A--T--T-A-GC-A-TTT-AA--AA-AAATGTAC--C-CCAT-C--ACTC-------AAA-TCG-AC--CCAC-AAA-A-A-A-ATTATGAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAGTA-ACAT
gi|91745 : ATTT--AAATC-TTGCATT--AC---T-ATC-A----T-TATTTCGTC--TCTG-T-G-C-TACA--GCTTTTTAA-AC--A-CT--CACTGCGGCA--TCAATCAA-TGTTT-CATGCAATTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--C-TTTCATA-TT-AA--T--C-A-GCCA-TTGGAA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--ATTCAA-----AAATTCGCAA--CCAC-ACA-A-A-A-A-TATAAAAAAT-A-CC--ACTTTACAGTA-ACGTGTAT
gi|91746 : ATTT--AATTT-TT--GTTGGAC---T-ATC-A----T-TATTTTATC--CCTG-T-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--C-CTG-GG-A--TC--TCAAATGTTT-T-TGAATTTT-T--T-TG-AACTGT--A-AT-----------------------C-TTCA-------CA--CTTTTCATA-TTTAA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--CGCCAT-CAAATTCAA-----AAG--CA-AC--CCAA-ACACA-A-A-A-TAT-AAAAATAA-CA--A-TTTACAGTA-ACATGTGT
gi|91747 : ATTT--AA-TT-T---GTTGGAC---T-ATC-A----T-TATTTA-TC--CCTG-TTGCT-TAC---GTTTTT--ACAC--A-CT--CACTG-GG-A--TCA-TCAA-TGTAT-TATGAATTTTATATT-TGTAAC-GTGTA-AT-----------------------C-TTCA-------CA--CTTTTCATA-TT-AA--T--C-A--C-A-TTG-AA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-CA-ATTCAA-----AAG--CA-AC--CCAA-ACA-ATATA-A-TATCAAAAATAA-CA--A-TTTACAGTA-ACATGTG
gi|91748 : ATTT--AATTTGT---GTT--AC---T-ATC-A----TCTATTTA-TC--CCTGAT-G-T-TACA--GTTTTT--A-AC--A-CT--C-CTG-GG-ACTTCA--AA--TGTTT-T-TGAATTTTA---T-TG-AACTGT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CTTTTCATATTT-AA--T--C-A-GC-A-TTG-AA--AATAAATCTA---C-CCAT-CAAATTCCA-----AAA-GCA-AC--CCAA-ACA-A-A-A-A-TAT-AAAAAT-A-CA--A-GTTACAGTA-AAATGTGT
gi|91749 : ATTT--AAATC-C---GTA--AC---T-GTC-A----T-TATTTC-TC--TCTG-T-----TACA---TTTTA--A-AC--A-CT--AACTG-GG-A--TAA-TCA--TGTTT-TCTGAATTTAAT--T-TC-AAG-GT--A-AT-----------------------C-TT-ACACATTACA--CATTTCATA-CA-AA--T--T-A-GC-A-TTT-TA--AA-AAATCTAC--C-CCAT-C--AT
gi|91750 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATA-A----T-TATTTC-TC--TGCG-T-G-T-TACA--GTTTCT--A-AA--A-CT--CACTG-GG-A--TTA-TCA--TG----------TTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-AT-----------------------C-TT-A-------CA--CATTTCAT
gi|91751 : ATTTTAAAATC-T---GTT--AC---TCATCCA----T-TATTTC-TC--TCTG-T-T-T-TACACAGTTTTT--A-AC--ACCT--CACT--GG-A--TCA-TCA--TG-TT-TATGAAT----T--T-TG-AAT-GT--AGAT-----------------------CTTT-A-------CA--CCTTTCATA-TT-AA--TGAC-A--C-A-TTG-AACTAACAACTCT-C--C-CAAT-CT-TTTCAA-----AAA-TCG-ACCACCACAACA-A-A-ATA-TATTATAATT-A-CCTTA-TTTACAGCA-ACAT
gi|91752 : ATTT--AAATC-T---GTT--AC---T-ATC-ATTTTT-TGTTTG-TC--TCTG-T-G-TGTATA--ATTTTT--A-ACTAA-CTCGCACTA-GG-A--TAA-TGA--TGTTT-GATGA---TTAT--TGTG-AAC-G------T-----------------------T-TT-A-------CC--TTTTCCATA-TT-GA--T--CGA-GC-A-ATG--A--AA-AAATCTACAGC-GAGTAC--ATTCAATTGCGAGA-T--------CAC-A-A-A-A-A-A-TATAAAAA
gi|91753 : -TATTTT-TCCATATG-T-A-T-TACA--GTTTCT--A-AC--A-CT--CACAA-GG-A--TTA-TCA--TATTG-TATGAACTTTAT--T-TG-AAC--TAAA-AA-----------------------C-TT-A-------CA--TATTTCATA-TT-AA--T--T-A-GC-A-TTA-AA--AC-AA
gi|91754 : ACA--GTTTCT--A-AC--A-CT--CACTG-GG-A--TAA-TCA--TGCTG-CATGAATTTTAT--T-TG-AAC-TT--A-AT-----------------------C-AT-A-------CA--CATTTCATA-T
gi|91755 : -TCA--TGTTT-TATAAGCTTTAT--T-TG-AAC-GT--A-ATCTTACACATTTCNCTGTTCATGTC-TT-A-------CA--CATTTCATA-TT-AA--T--T-A-GC-A-TTT-CA--AA-CAATCTAC--C-CGAT-C--ATTCAA-----AAA-TTA-AC--CCAC-A-A-A-A-A-A-TATTAAAAAT-A-CC--A-TTTAAAGTA-ACATTTGT
gi|91756 : -CCAT-C--TTTCAA-----AAA-TCG-AC--CCAC-GCA-A-A-A-A-TATAAAAAAT-A-CC--A-TTTACAGTA-AC