lowQualScore : 1111 1111111111111111111111111111 22222222222222222222 11111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11
lowQualScore : 6 2 3 4 0000 22 333 6666666666666666666666666666 1 55555555 6 11 99999999 1 11 22222222222222222222 222 6 11 6 111 11111111111111111111111111 333 1 333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 3 3333333 3 55 44 8888888888888 44444 999 6 3
lowQualScore : . . . . .... .. ... ............................ . ........ . .. ........ . .. .................... ... . .. . ... .......................... ... . ... .................................................................... ... . ....... . .. .. ............. ..... ... . .
lowQualScore : 6 5 5 2 5555 66 333 0000000000000000000000000000 3 44444444 5 66 66666666 2 66 44444444444444444444 000 9 44 7 999 55555555555555555555555555 444 1 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 999 4 8888888 1 22 66 5555555555555 44444 222 7 6
consensus : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGT-CCT----GGGT--AC---T-------AT----A--T--CT--TG---GT-ACC--------CNGGGT--AC---T--A-T-T--T-G-AA--T--------G-T-TT---A-AAT-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------AT-T------A--A---A-TC-G-T-TT-G-TT--A--------A-C-G-T---ACCCTGGGTAC-GA----T-TA--A--A---T--TA--TA-A----TAGTACCC-N-GA-T-ACAAATC
Reference ( gi|112487 ) : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGT-CCT----GGGT--AC---T-------AT----A--T--CT--TG---GT-ACC--------CTGGGT--AC---T--A-T-T--T-G-AA--T--------G-T-TT---A-AAT-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------AT-T------A--A---A-TC-G-T-TT-G-TT--A--------A-C-G-T---ACCCTGGGTAC-GA----T-TA--A--A---T--TA--TA-A----TAGTACCC-T-GA-T-ACAAATC
gi|112485 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCAT-CCT----GGGT--AC---T-------AT----A--T--CT--TG---GT-ACC--------CTGGGT--AC---T--A-T-T--T-G-AA--T--------G-T-TT---A-AAT-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------AT-T------A--A---A-TT-G-T-TT-G-TT--A--------A-C-G-T---ACCCGGAGTAC-GA----T-TA--A--A---T--TA--TA-A----AAGTACCC-G-GA-T-ACAAATC
gi|112491 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGT-CCT----GGGT--AC---T-------AT----A--T--CT--TG---TC-ACC--------CTGGGT--AC---T--A-T-T--T-G-AA--T--------G-T-TT---A-AAT-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------AT-T------A--A---A-TC-G-A-TT-G-TT--A--------A-C-G--------CTGGGTAC-GA----T-TA--A--A---T--TA--TA-A----CAGTACCC-A-GA-T-ACAAATCtc
gi|112489 : GCTGAAGGGGTC-TT-GTCGT-CCT----GGGT--AC---T-------AT----A--T--CT--TG---GT-ACC--------CTGGGT--AT---T--A-T-T--T-G-AA--T--------G-T-TT---A-AAT-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------AT-TA-----A--A---A-TC-G-T-TT-G-TT--A--------A-T-G-T---ACACTGGGTAC-GA----T-TA--A--A---TTATA--TA-A----AAGTACCC-A-GA-T-ACAAATCtc
gi|112492 : GCTGAAGGGGTTGTT-GTCGT-CCTCAGTGGGT--AC---TTACTACTAT----A--T--CT--TG---GT-ACC--------CTGGGT--AC---T--A-T-T--T-G-AA--T--------G-T-TT---A-AA----TA---CC--------------------------CTG-G-G---GT--------A---------AT-T------A--AG--A-TC-G-T-TT-G-TT--A--------A-T-G-T---ACCCTTGGTACAAA----T-TA--A--A---T--TA--TATA----AAGAACCT-G-GA-T-ACAAATCtc
gi|112495 : GCTGAAGGGATCATT-GCCGT-CCT----GGAT--AC---T-------AC----A--T--CT--TG---GT-ACC--------CTGGGT--AC---G--A-T-T--T-G-AA--T--------G-T-TT---A-AAT-A-TA---CC--------------------------CA--G-G---GT--------A---------AT-T------A--A---A-ACTG-T-TT-G-TT--AGTTAACGTA-C-G-T---ACCCTGGGTAC-GA----T-TA--A--A---T--TATGTA-A----AAGTCCCtc
gi|112498 : GCTGAAGGGTTCGTT-CTCGT-CCTG---GGGT--AC---T-------AT----AATT--TT--TG---GT-ACC--------CTGG----AC---T--ATT-T--T-G-AA--T--------G-T-TG---T-AAT-G-TA---CC--------------------------CT--G-GA--GT--------A---------AT-T------A--A---ATTC-T-T-TT-G-TC--A--------A-C-GTT---ACCCTGGGTA--GA----T-TA--T--A------TA--TA-A----TA-TACCC-T-GATT-ACAAATCgg
gi|112493 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGT-CCTCAGTGAGT--AC---T-------AT----ATAT--CT--TG---GT-ACC--------CTTGGT--AC---T--A-T-T--T-G-AA-------------T-TT---A-AA----TA---CC--------------------------CTGGG-G---GT--------A---------AT-T------A--AG--A-TCTG-T-TT-G-TT--A--------A-T-G-T---ACCCTTGGTA--GA----T-AC--A--A---T--T---TA-A----tc
gi|112499 : GCTGAAGGGTTT-TT-GTCGT-C-------------------------A-----A--T--CTA-TG---GT-ACCA-------CACAGT--AC---T--A-T-C--T-G-AA--T--------G-T-TT---A-AAT-A-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------AT-TAC----A--A---A-TC-G-T-TT-G-TT--A--------A-C-G-T---ACCCTGGGT-C-GA----T-TA--A--A---T--TA--TATA----AAGTACCC-
gi|112486 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGT-CCT----GGGT--AC---T-------CC----A--T--TT--AT---GT-ACC--------TAGGGT--AC---T----T-T--T----A--T--------T-TATT---AGAAT-GATA---CC--------------------------CT--G-G---GT------------------AC-T------A--C---A-TA-A-TATT-A-TA--A--------T-C-G-T---ACCCTGGGTA
gi|112490 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCAT-CCT----GGGT--AC---T-------CC----A--T--TT--AT---GT-ACC--------CAGGGT--ACCTTT--A-T-T--T-A------------------TT---AGAAT-GAGA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------ACTACAT---AT-T------A--AT--A--------TT-A-TT--A--------T-C-G-T---ACCCTGGGTAA-GA----
gi|112494 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGT-CCT----GGGT--AC---T-------CC----A--T--TTA-TG---TT-ACC--------CAGGGT--AC---T----T-T--T----A--T--------T-TATT---AGAAT-GAGA---CC--------------------------CT--G-G---GT------------------AC-T------A--C---A-TA-A-TATT-A-TA--A--------T-C-G-A---ACCCTGGGTA
gi|112497 : GCTGATGGGGTCTTT-GTCGT-CCT----GGGT--AC---T-------CC----A--T--TT--AT---GT-ACC--------CAAGGT--AC---T----T-T--T----A--T--------T-TATT---AGAAT-GATA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------T---------AT-T------A--G---A-----------A-TT--A--------------T---ACCATGGGTAC-TA----CATA--AT-A---T--TA--CA-A----
gi|112488 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGT-CCT----GGGT--AC---G-------CC----A--T--TT--AT---GT-ACC--------CAGGGT--AC---T----T-T--T----A--T--------T-TATT---AGAAT-GATA---CC--------------------------CT--G-G---GT------------------AC-T------A--C---A-TA-A-TATT-A-TA--A--------T-C-G-T---ACCCTCGCTAC-
gi|112496 : GCTGAAGGGGTCTAT-GTCGT-CCT----GGGT--AC---T-------CC----A--T--TT--AT---GT-ACC--------CATGGT--AC---T----T-T--T----A--T--------T-TATT---AGAAT-GAGA---CT--------------------------CT--G-G---GT------------------AC-T------A--C---A-TA-A-TATT-A-TA--A--------T-C-G-A---ACCCTGGGTA
gi|112500 : GCTGAAGTGGTTGTTTGTCGT-CCT----TGGTCCAC---TCCT----AG----A--T--CAA-TG---GT-ACCGTTTCAGGCTGG-T--A----T--A-T-T--T-G-AAAAT--------G-T-TTTCAG-AAT-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---AC--------A---------AA-TGAGAGAA--A---G-T----T-TT-G-TT--A--------A-C-
gi|112501 : CTGAAGGGGTCGTT-GTCGT-CC------------------------------------------------------------TGGGT--AC---T--A-T-T--T-G-AA--T--------G-T-TT---A-AAT-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------AGACCTA---AT-T------A--A---A-TC-G-T-TT-A-TT--A--------A-C-G-T---ACCCTGGGTAC-GA----T-TA--A--A---T--TA--TA-T----TAGTACCA-T-GA-T-ACAAATC
gi|112491 : TTGTATCT----GGGT--AC---T-------GTTATAA--T--TTAATC---GT-ACC--------CAGCGTTAAC------A-A-T--C-G-A--------------T-TT-----AAT---TA---CC--------------------------CA--G-G---GT--------AC--------AT-T------T--A---A-AC-A-T-TC-A-----A--------A-TAG-T---ACCCAGGGT---GA----C-AA--G--A---T---------A----TAGTACCC-tc
gi|112489 : gctgaaggggtcgttgtcgtcctTTGTATCT----GGGT--ACTTTT-------AT----A--TAATT--TAATCGT-ACC--------CAGTGT--AC------A-T-TAAC-A-AA--C--------GAT-TT---T-AAT---TA---CC--------------------------CA--G-G---GT--------AC--------AT-T------T--A---A-AC-A-T-TCAA-AT--A--------A-----T---ACCCAGGGTAC-CA-------A--G--A---T---------A----TAGTACCC-atctc
gi|112502 : gctgaaggggtcttgtcgtcctGT-ACT----AGCT--AT---T-------AT----A--A--TT--TAATCGT-ACC--------C-GGGT--AC------G-T-T--AAG-AAACT--------A-T-TT---A-A-T---TA---CC--------------------------CA--G-GTACGT--------A---------AG--------A--A---A-C-------T-A-TT--A--------A-T---T---ACCC-AGGTAC-T-----T-TA--A--ACATT--CA--AA-A----TAGTAACC-C-GAGT-ACCAATatctc
gi|112496 : ggtactat----GGGT---C---T-------AT----G--T--C--------GT---C--------CTGGGT--AC---TCCA-T-T--T----------------------------AT-G-TA---CC--------------------------CA--T-G---GT--------A---------CT-T---------------TT-A-T-TT-A-TT--A--------G-A-A-TGAGACTCTGGGTAC-TA----CATA--AT-A---T--TA--TA-A----TCGAACCC-T-Gcctgatacaaa
gi|112502 : gctgaagGGT--AC---T-------AT----A--T------TG---GT-ACT--------CGGGTT--AC---T--A-T-T--TTG-AA--T--------G-T-TT---A-AA--G-TA---CCTGGGTAATTAATAGTTTCTTACGTACCT--G-G---GT--------A---------AT-T------A--A---A-TA-G-T-TT-C-TT--A--------A-C-G-T---ACCC-GGGTAC-GA----T-TA--A--A---T--TA--TA-ATAGCTAGTACCC-T-GA-T-ACAAAggta
gi|112490 : --T--CT--TT---GTCATC--------CTGGGT--AC---TCCA-T-T--T----------------------------AT-G-TA---CC--------------------------CA--G-G---GT--------A---------CC-T---------------TT-A-T-TT-A-TT--A--------G-A-A-TGAGACCCTGGGTAC-TACATAT-TA--AT-A---T--TA--TT-A----TCGTACCC-T-G
gi|112485 : gctgaaggggT--TT---GT-ATC--------C-GGGT--AC---T----T-T--T-ATAA--T------------TT---A-ATC-G-TA---CT--------------------------CC--G-G---GT--------AC--------GT-T------A--ACA-A-AC-A-A-TT----T--A--------A-T---T---ACCCAGGGTAC-AT----T-TA--A--ACA-T--TC--AA-A----TAGTACCC-ggtaaga
gi|112501 : gctgaaggggtcgttgtcatcctgggtactatatcttggtaccctT--TT---GT-ATC--------ATGG-T--AC---T--A-A-T--A-T-AA--T------------TT---A-ATC-G-TA---CC--------------------------CA--G-G---GT--------AC--------GT-T------A--ATA-A-AC-GAT-TT-AATT--A--------G---G-TCT-ACCCAGGGTAC-AT----T-TA--A--ACA-T--TC--AA-A----TAGTACCC-tctc
gi|112486 : ctgaaggggtcgttgtcgtcct--TA---GT-ACC--------CAGGGT--AT---C--A-T-T--C-T-AA--T--------A-A-AT---A-AAA-G-TA---CC--------------------------CT--A-G---GT--------A---------CA-T------A--A---A-Ttctc
gi|112490 : gctgaaggggtctttgtcgtcctgggtactcc--TA---GT-ACC--------CAGGGT--CT---C--A-T-T--C-T-AA--T--------A-A-AT---A-AAG-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------CA-T------A--A---A-Tcataatattataatcgtaccctgggta
gi|112494 : gctgaaggggtctttgtcatcctgggtactcc--TA---GT-ACC--------CAGGGT--CT---C--A-T-T--C-T-AA--T--------A-A-AT---A-AAA-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------ACAT------A--A---A-Tcatattaatattattatcgtaccctgggtaaga
gi|112488 : gctgaaggggtctttgtcgtcctgggtactcc--TA---GT-ACC--------CAGGGT--AT---C--A-T-T--C-T-AA--T--------A-A-AT---A-AAA-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------CA-T------A--A---A-TG-G-----------------------C-G-T---ACCCAGG--AC-GA----cataatattataatcgaaccctgggta
gi|112495 : gctgaaggggtctttg---GT-ACC--------CAGGGT--ACG--T--A-CGT--T-A-AC--TAACAAACAG-T-TT---T-AAT---TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------AT--------AT-T------T--A---A-AC-A-T-TC-A-----A--------ATC-G-T---ACCCAGGGTAC-cataatattataatcgtaccctcgctac
gi|112495 : gctgaagggatcattgccgtcctggatactacatcttgT-ACC--------CTGGGT--A----T--A-T-T--T-A-AA--C--------A-T-TC---A-AATCG-TA---CC--------------------------CA--G-G---GT--------A---------gattaaattatgtaaaagtcccgg
gi|112490 : gctgaagggatcattgccgtcctggatactacatcttggT-ACC--------CAGGGT--AC---G--A-T-A--A-T-AA--T--------A-T-TA---A-TAT-G-TAGTACC--------------------------CA--G-G---GTCTCATTCTA---------AT--------A--A---A-TA--------------A--------A-G-G-T---ACCCTGGGTAC-A-------TA--A--A---T---------G----GAGTACCCAG-GA-TGACAAAattaaaactgtttgttagttaacgtacgtaccctgggtacgattaaattatgtaaaagtcccgg
gi|112491 : gctgaaggggtc--------CTGGGT--AC---T--G-T-T--A-T-AA-------------T-TT---A-ATC-G-TA---CC--------------------------CA--GCG---TT--------A---------AC-----------A---A-TC-G-A-T----TT--A--------A-T---T---ACCCAGGGTAC-AT----T-TA--AACA---T--TC--AA-A----TAGTACCC-aga
gi|112489 : gctgaaggggtcgttgtcgtcctgggtactatatcttgtcaccct--------CTGGGT--AC---T----T-T--T-A-TA--TA-------A-T-TT---A-ATC-G-TA---CC--------------------------CA--G-T---GT--------AC--------AT-T------AACA---A-AC-G-A-TT---TT--A--------A-T---T---ACCCAGGGTAC-AT----T-TA--AACA---T--TC--AA-A----TAATACCC-atacaaatctc
gi|112495 : gctgaaggggtcttgtcgtcctgggtactatatcttggtaccct--------CCGGG---AC---T----T-T--T-A-CA--T--------AAT-TT---A-ATC-G-TA---CC--------------------------CA--G-G---GT--------ACGTACGTTAAC-T------A--ACAAA-CA-G-T-TT----T--A--------A-T---T---ACCCTGGGTAT-AT----T-TA--AACA---T--TC--AA-A----TCGTACCC-atacaaatctc
gi|112503 : gctgaagggatcattgccgtcctggatactacatcttggtaccct--T--------G-T-TT---A-AAT-G-TA---CC--------------------------CT--G-G---GT--------A---------AT-T------A--A---A-
gi|112486 : -TA---CC--------------------------CA--G-G---GT--------ACG-------AT-T------AT-A---A-TA-T-T-AT-G-T------------A---G-T---ACCCAGGGTAT-CA----T-TCT-A--A---T--AAA-TA-A----AAGTACCC-TAGG-T-ACAatcaagtacccatatacaaatctc
gi|112503 : gctgaaggggtctttgtcgtcctgggtactccatttaT-G-TTTAA--------A-T-G-T---ACCCTGGGTA---A----T-TA--A--A-------A--TC-A-----AGTACCC-A-TA-T-ACAAATC
gi|112486 : -T---ACCCAGGGTAC-GA----T-TAT-AATA---T--TA--T--G----TAGTACCC-tc
gi|112496 : gctgaaggggtctttgtcgtcctgggtactccatttatgtacctagggtacttttatttattagaatgataccct-T---ACCCAGGGTTC-GA----T-TATAAT-A---T--TA--TG------TAGTACCC-A-GA-
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111 1111111111 1111111111 1 1 1111111 111111 11111 11111
lowQualScore : 5 2 2222 33 1111111 0 66 0 6 6666 1 333 333 7777777777 66 22 9999999999 333 2 888888888 2 55 2 4444444 111111 4 2 11111 22 888888888 2 44 3 3 44 44 6 55555 1 4
lowQualScore : . . .... .. ....... . .. . . .... . ... ... .......... .. .. .......... ... . ......... . .. . ....... ...... . . ..... .. ......... . .. . . .. .. . ..... . .
lowQualScore : 6 4 4444 11 1111111 9 11 4 7 9999 8 999 999 1111111111 11 99 7777777777 777 6 444444444 6 00 1 8888888 111111 2 1 88888 99 111111111 2 33 1 1 22 22 2 22222 0 4
consensus : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------ACA--TCT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA---------TTTGAA--TGT----------TT---A-A---------ATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-AT--TA--TA-A----NAGTACCCGGA-TACAAATC
Reference ( family-791 ) : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------ATA--TCT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA---------TTTGAA--TGT----------TT---A-A---------ATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-AT--TA--TA-A----TAGTACCCNGA-TACAAATC
gi|112485 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCATCCT----GGGT--ACT-------ATA--TCT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA---------TTTGAA--TGT----------TT---A-A---------ATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TT-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCGGAGTAC-GAT-TAA-AT--TA--TA-A----AAGTACCCGGA-TACAAATC
gi|112486 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CCA--TTT-ATGTACC----TAGG---GTAC---T----------TTT--A--TTTA---------TT---AGA---------ATGATACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-TACCCTGGGTAtc
gi|112487 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGTCCT----GGGT--ACT-------ATA--TCT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA---------TTTGAA--TGT----------TT---A-A---------ATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-AT--TA--TA-A----TAGTACCCTGA-TACAAATC
gi|112488 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACG-------CCA--TTT-ATGTACC----CAGG---GTAC---T----------TTT--A--TTTA---------TT---AGA---------ATGATACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-TACCCTCGCTAC-
gi|112489 : GCTGAAGGGGTC-TT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------ATA--TCT-TGGTACC----CTGG---GTAT---TA---------TTTGAA--TGT----------TT---A-A---------ATG-TACCCT--GG-GTA------ATTA-----AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ATG-TACACTGGGTAC-GAT-TAA-ATTATA--TA-A----AAGTACCCAGA-TACAAATC
gi|112490 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCATCCT----GGGT--ACT-------CCA--TTT-ATGTACC----CAGG---GTACCTTTA---------TTTA-----------------TT---AGA---------ATGAGACCCT--GG-GTACTACATATT------AA-------TATTATT--A--------TCG-TACCCTGGGTAA-GAtc
gi|112491 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------ATA--TCT-TGTCACC----CTGG---GTAC---TA---------TTTGAA--TGT----------TT---A-A---------ATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GA-TTGTT--A--------ACG-----CTGGGTAC-GAT-TAA-AT--TA--TA-A----CAGTACCCAGA-TACAAATC
gi|112492 : GCTGAAGGGGTTGTT-GTCGTCCTCAGTGGGT--ACTTACTACTATA--TCT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA---------TTTGAA--TGT----------TT---A-A---------A---TACCCTG-GG-GTA------ATT------AAGA-TC-GT-TTGTT--A--------ATG-TACCCTTGGTACAAAT-TAA-AT--TA--TATA----AAGAACCTGGA-TACAAATCtc
gi|112493 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGTCCTCAGTGAGT--ACT-------ATATATCT-TGGTACC----CTTG---GTAC---TA---------TTTGAA----T----------TT---A-A---------A---TACCCTGGGG-GTA------ATT------AAGA-TCTGT-TTGTT--A--------ATG-TACCCTTGGTA--GAT-ACA-AT--T---TA-A----tc
gi|112494 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CCA--TTTATGTTACC----CAGG---GTAC---T----------TTT--A--TTTA---------TT---AGA---------ATGAGACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-AACCCTGGGTA
gi|112495 : GCTGAAGGGATCATT-GCCGTCCT----GGAT--ACT-------ACA--TCT-TGGTACC----CTGG---GTAC---GA---------TTTGAA--TGT----------TT---A-A---------ATA-TACCCA--GG-GTA------ATT------AA-A-ACTGT-TTGTT--AGTTAACGTACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-AT--TATGTA-A----AAGT-CCCGG
gi|112496 : GCTGAAGGGGTCTAT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CCA--TTT-ATGTACC----CATG---GTAC---T----------TTT--A--TTTA---------TT---AGA---------ATGAGACTCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-AACCCTGGGTA
gi|112497 : GCTGATGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CCA--TTT-ATGTACC----CAAG---GTAC---T----------TTT--A--TTTA---------TT---AGA---------ATGATACCCT--GG-GTT------ATT------AG-A---------ATT--A------------TACCATGGGTAC-TACATAATAT--TA--CA-A----
gi|112498 : GCTGAAGGGTTCGTT-CTCGTCCTG---GGGT--ACT-------ATAATTTT-TGGTACC----CTGG-----AC---TAT--------TTTGAA--TGT----------TG---T-A---------ATG-TACCCT--GGAGTA------ATT------AA-ATTC-TT-TTGTC--A--------ACGTTACCCTGGGTA--GAT-TAT-A---TA--TA-A----TA-TACCCTGATTACAAATC
gi|112499 : GCTGAAGGGTTT-TT-GTCGTC----------------------A-A--TCTATGGTACCA---CACA---GTAC---TA---------TCTGAA--TGT----------TT---A-A---------ATA-TACCCT--GG-GTA------ATTAC----AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGT-C-GAT-TAA-AT--TA--TATA----AAGTACCCtc
gi|112500 : GCTGAAGTGGTTGTTTGTCGTCCT----TGGTCCACTCCT----AGA--TCAATGGTACCGTTTCAGGCTGGTA----TA---------TTTGAAAATGT----------TTTCAG-A---------ATG-TACCCT--GG-ACA------AATGAGAGAAA-G-T---T-TTGTT--A--------AC
gi|112501 : CTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AT--------------------------------------------TTGAA--TGT----------TT---A-A---------ATG-TACCCT--GG-GTAGACCTAATT------AA-A-TC-GT-TTATT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-AT--TA--TA-T----TAGTACCATGA-TACAAATC
gi|112502 : GGT--ACT-------ATA--T---TGGTACT----CGGG---TTAC---TATTTTGAATGTTTAAA---GTACCTGGGTAATT---A-ATAGTTTCTTACG-TACC-T--GG-GTA------ATT------AA-A-TA-GT-TTCTT--A--------ACG-TACCC-GGGTAC-GAT-TAA-AT--TA--TA-ATAGCTAGTACCCTGA-TACAAAtc
gi|112503 : --TGT----------TT---A-A---------ATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-
gi|112503 : TGTTTAA--------ATG-TACCCTGGGTA---AT-TAA-A----A--TC-A-----AGTACCCATA-TACAAATCatcaagtacccatatacaaatctc
Alignments
lowQualScore : 1111 111111111111 1 1 1 1111111 111111 11111 11111
lowQualScore : 5 2 1111 22 444444444444 22 888888 6666 2 333 333 99 77 22 0 333 2 2 44 2 3333333 000000 4 2 11111 22 77777777 2 66 2 2 8888888 33 5 00000 3 4
lowQualScore : . . .... .. ............ .. ...... .... . ... ... .. .. .. . ... . . .. . ....... ...... . . ..... .. ........ . .. . . ....... .. . ..... . .
lowQualScore : 6 4 7777 99 999999999999 99 222222 6666 5 777 777 44 88 88 0 555 0 0 88 0 6666666 555555 0 0 00000 88 22222222 1 66 9 9 0000000 99 7 33333 5 0
consensus : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----NAGTACCCGGA-TACAAATC
Reference ( family-791 ) : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----NAGTACCCGGA-TACAAATC
gi|112485 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCATCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TT-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCGGAGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----AAGTACCCGGA-TACAAATC
gi|112486 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----TAGG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGATACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-TACCCTGGGTAtc
gi|112487 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGTCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----TAGTACCCTGA-TACAAATC
gi|112488 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACG-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CAGG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGATACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-TACCCTCGCTAC-
gi|112489 : GCTGAAGGGGTC-TT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAT---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATTA-----AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ATG-TACACTGGGTAC-GAT-TAA-A----TTATA--TA-A----AAGTACCCAGA-TACAAATC
gi|112490 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCATCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CAGG---GTACCTTTA-TTTA--------TT---AGAATGAGACCCT--GG-GTACTACATATT------AA-------TATTATT--A--------TCG-TACCCTGGGTAA-GAtc
gi|112491 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGTCACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GA-TTGTT--A--------ACG-----CTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----CAGTACCCAGA-TACAAATC
gi|112492 : GCTGAAGGGGTTGTT-GTCGTCCTCAGTGGGT--ACTTACTACTAT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AA---TACCCTG-GG-GTA------ATT------AAGA-TC-GT-TTGTT--A--------ATG-TACCCTTGGTACAAAT-TAA-A----T--TA--TATA----AAGAACCTGGA-TACAAATCtc
gi|112493 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGTCCTCAGTGAGT--ACT-------AT---A--TATCT-TGGTACC----CTTG---GTAC---TA-TTTGAA----T-TT---A-AA---TACCCTGGGG-GTA------ATT------AAGA-TCTGT-TTGTT--A--------ATG-TACCCTTGGTA--GAT-ACA-A----T--T---TA-A----tc
gi|112494 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TTATGTTACC----CAGG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGAGACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-AACCCTGGGTA
gi|112495 : GCTGAAGGGATCATT-GCCGTCCT----GGAT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---GA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATA-TACCCA--GG-GTA------ATT------AA-A-ACTGT-TTGTT--AGTTAACGTACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TATGTA-A----AAGT-CCCGG
gi|112496 : GCTGAAGGGGTCTAT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CATG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGAGACTCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-AACCCTGGGTA
gi|112497 : GCTGATGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CAAG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGATACCCT--GG-GTT------ATT------AG-A---------ATT--A------------TACCATGGGTAC-TACATAATA----T--TA--CA-A----
gi|112498 : GCTGAAGGGTTCGTT-CTCGTCCTG---GGGT--ACT-------AT---AATT--TT-TGGTACC----CTGG-----AC---TATTTTGAA--TGT-TG---T-AATG-TACCCT--GGAGTA------ATT------AA-ATTC-TT-TTGTC--A--------ACGTTACCCTGGGTA--GAT-TAT-A-------TA--TA-A----TA-TACCCTGATTACAAATC
gi|112499 : GCTGAAGGGTTT-TT-GTCGTC----------------------A----A--T--CTATGGTACCA---CACA---GTAC---TA-TCTGAA--TGT-TT---A-AATA-TACCCT--GG-GTA------ATTAC----AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGT-C-GAT-TAA-A----T--TA--TATA----AAGTACCCtc
gi|112500 : GCTGAAGTGGTTGTTTGTCGTCCT----TGGTCCACT-------CCTAGA--T--CAATGGTACCGTTTCAGGCTGGTA----TA-TTTGAAAATGT-TTTCAG-AATG-TACCCT--GG-ACA------AATGAGAGAAA-G-T---T-TTGTT--A--------AC
gi|112501 : CTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------A-----------------------------------------TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTAGACCTAATT------AA-A-TC-GT-TTATT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-T----TAGTACCATGA-TACAAATC
gi|112502 : GGT--ACT-------AT---A--T-----TGGTACT----CGGG---TTAC---TATTTTGAA--TGT-TT---A-AA-G-TA-CCT--GG-GTA------ATT-------A-A-TA-GT-TTCTT-----------ACG-TA-CCTGGGTA---AT-TAA-ATAGTT--TC--TT-A----ACGTACCCGGG-TACGAtc
gi|112502 : CCT----GGGT--A--------------A--T------------------------TAA---TA-GTT-----TCT-T-------ACG-TA-CCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TA-GT-TTCTT--A--------ACG-TACCC-GGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-ATAGCTAGTACCCTGA-TACAAAttaaattataatagctagtaccctgatacaaa
gi|112503 : ggtactatattggtactcgggttactattttgaatgtttaaagta--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-
gi|112503 : TGTTTAA--------ATG-TACCCTGGGTA---AT-TAA-A--------A--TC-A-----AGTACCCATA-TACAAATCatcaagtacccatatacaaatctc
Alignments
lowQualScore : 1111 111111111111 1 1 1 1111111 111111 11111 11111
lowQualScore : 5 2 1111 22 444444444444 22 888888 6666 2 333 333 99 77 22 0 333 2 2 44 2 3333333 000000 4 2 11111 22 77777777 2 66 2 2 8888888 33 5 00000 3 4
lowQualScore : . . .... .. ............ .. ...... .... . ... ... .. .. .. . ... . . .. . ....... ...... . . ..... .. ........ . .. . . ....... .. . ..... . .
lowQualScore : 6 4 7777 99 999999999999 99 222222 6666 5 777 777 44 88 88 0 555 0 0 88 0 6666666 555555 0 0 00000 88 22222222 1 66 9 9 0000000 99 7 33333 5 0
consensus : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----NAGTACCCGGA-TACAAATC
Reference ( family-791 ) : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----NAGTACCCGGA-TACAAATC
gi|112485 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCATCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TT-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCGGAGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----AAGTACCCGGA-TACAAATC
gi|112486 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----TAGG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGATACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-TACCCTGGGTAtc
gi|112487 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGTCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----TAGTACCCTGA-TACAAATC
gi|112488 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACG-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CAGG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGATACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-TACCCTCGCTAC-
gi|112489 : GCTGAAGGGGTC-TT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAT---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATTA-----AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ATG-TACACTGGGTAC-GAT-TAA-A----TTATA--TA-A----AAGTACCCAGA-TACAAATC
gi|112490 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCATCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CAGG---GTACCTTTA-TTTA--------TT---AGAATGAGACCCT--GG-GTACTACATATT------AA-------TATTATT--A--------TCG-TACCCTGGGTAA-GAtc
gi|112491 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGTCACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GA-TTGTT--A--------ACG-----CTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----CAGTACCCAGA-TACAAATC
gi|112492 : GCTGAAGGGGTTGTT-GTCGTCCTCAGTGGGT--ACTTACTACTAT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AA---TACCCTG-GG-GTA------ATT------AAGA-TC-GT-TTGTT--A--------ATG-TACCCTTGGTACAAAT-TAA-A----T--TA--TATA----AAGAACCTGGA-TACAAATCtc
gi|112493 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGTCCTCAGTGAGT--ACT-------AT---A--TATCT-TGGTACC----CTTG---GTAC---TA-TTTGAA----T-TT---A-AA---TACCCTGGGG-GTA------ATT------AAGA-TCTGT-TTGTT--A--------ATG-TACCCTTGGTA--GAT-ACA-A----T--T---TA-A----tc
gi|112494 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TTATGTTACC----CAGG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGAGACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-AACCCTGGGTA
gi|112495 : GCTGAAGGGATCATT-GCCGTCCT----GGAT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---GA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATA-TACCCA--GG-GTA------ATT------AA-A-ACTGT-TTGTT--AGTTAACGTACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TATGTA-A----AAGT-CCCGG
gi|112496 : GCTGAAGGGGTCTAT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CATG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGAGACTCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-AACCCTGGGTA
gi|112497 : GCTGATGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CAAG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGATACCCT--GG-GTT------ATT------AG-A---------ATT--A------------TACCATGGGTAC-TACATAATA----T--TA--CA-A----
gi|112498 : GCTGAAGGGTTCGTT-CTCGTCCTG---GGGT--ACT-------AT---AATT--TT-TGGTACC----CTGG-----AC---TATTTTGAA--TGT-TG---T-AATG-TACCCT--GGAGTA------ATT------AA-ATTC-TT-TTGTC--A--------ACGTTACCCTGGGTA--GAT-TAT-A-------TA--TA-A----TA-TACCCTGATTACAAATC
gi|112499 : GCTGAAGGGTTT-TT-GTCGTC----------------------A----A--T--CTATGGTACCA---CACA---GTAC---TA-TCTGAA--TGT-TT---A-AATA-TACCCT--GG-GTA------ATTAC----AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGT-C-GAT-TAA-A----T--TA--TATA----AAGTACCCtc
gi|112500 : GCTGAAGTGGTTGTTTGTCGTCCT----TGGTCCACT-------CCTAGA--T--CAATGGTACCGTTTCAGGCTGGTA----TA-TTTGAAAATGT-TTTCAG-AATG-TACCCT--GG-ACA------AATGAGAGAAA-G-T---T-TTGTT--A--------AC
gi|112501 : CTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------A-----------------------------------------TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTAGACCTAATT------AA-A-TC-GT-TTATT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-T----TAGTACCATGA-TACAAATC
gi|112502 : GGT--ACT-------AT---A--T-----TGGTACT----CGGG---TTAC---TATTTTGAA--TGT-TT---A-AA-G-TA-CCT--GG-GTA------ATT-------A-A-TA-GT-TTCTT-----------ACG-TA-CCTGGGTA---AT-TAA-ATAGTT--TC--TT-A----ACGTACCCGGG-TACGAtc
gi|112502 : CCT----GGGT--A--------------A--T------------------------TAA---TA-GTT-----TCT-T-------ACG-TA-CCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TA-GT-TTCTT--A--------ACG-TACCC-GGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-ATAGCTAGTACCCTGA-TACAAAttaaattataatagctagtaccctgatacaaa
gi|112503 : ggtactatattggtactcgggttactattttgaatgtttaaagta--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-
gi|112503 : TGTTTAA--------ATG-TACCCTGGGTA---AT-TAA-A--------A--TC-A-----AGTACCCATA-TACAAATCatcaagtacccatatacaaatctc
blockSeqs : T T CAGT CC TACTACTAT AT ATCTT GTTT A CTG CTT AT GA AA A TCA G A GG A ACTACAT GAGAGA G T AATA TA GTTAACGT T CA A T TAGTT TG T TAGCT T T
blockSeqs : G . CAGT . CCTAG . TTAT A T . . AT GA . A . G A G . AGACCTA AC G . AATA . . . C . . TTA . T T A .
blockSeqs : T . G . CC . CTAT . A . . A GA . A . G A . . A A . . CTGT . . . C . . T . . A A .
blockSeqs : T . . . AT . CAAT . T . . A GA . A . G A . . A . . . AATA . . . C . . T . . C G .
blockSeqs : G . . . CC . TTA . A . . A GA . A . G A . . A . . . CTGT . . . A . . T . . A G .
blockSeqs : G . . . AT . CTT . T . . A GA . . . G A . . A . . . AATA . . . C . . T . . A T .
blockSeqs : G . . . CC . TTA . T . . A GA . . . . . . . A . . . CGT . . . C . . T . . T T .
blockSeqs : T . . . AT . CTT . T . . A GA . . . . . . . A . . . CGT . . . C . . T . . A G .
blockSeqs : A . . . AT . TTA . A . . A GA . . . . . . . T . . . CGA . . . C . . T . . T T .
blockSeqs : T . . . CC . CTT . T . . A GA . . . . . . . A . . . CGT . . . C . . T . . A A
blockSeqs : T . . . AC . CTT . A . . A GA . . . . . . . A . . . CTT . . . C . . T . . .
blockSeqs : G . . . CC . CTT . A . . A A . . . . . . . A . . . CGT . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . CC . TTA . T . . . . . . . . . . . A . . . CGT . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . AT . TTA . A . . . . . . . . . . . A . . . AGT . . . .
blockSeqs : . . . . AT . TTT . A . . . . . . . . . . . A . . . AGT . . . .
blockSeqs : . . . . A . T . G . . . . . . . . . . . . . . . TA . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----NAGTACCCGGA-TACAAATC
finalCons : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----NAGTACCCGGA-TACAAATC
Alignments
lowQualScore : 1111 111111111111 1 1 1 1111111 111111 11111 11111
lowQualScore : 5 2 1111 22 444444444444 22 888888 6666 2 333 333 99 77 22 0 333 2 2 44 2 3333333 000000 4 2 11111 22 77777777 2 66 2 2 8888888 33 5 00000 3 4
lowQualScore : . . .... .. ............ .. ...... .... . ... ... .. .. .. . ... . . .. . ....... ...... . . ..... .. ........ . .. . . ....... .. . ..... . .
lowQualScore : 6 4 7777 99 999999999999 99 222222 6666 5 777 777 44 88 88 0 555 0 0 88 0 6666666 555555 0 0 00000 88 22222222 1 66 9 9 0000000 99 7 33333 5 0
consensus : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----NAGTACCCGGA-TACAAATC
Reference ( family-791 ) : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CNGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----NAGTACCCGGA-TACAAATC
gi|112485 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCATCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TT-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCGGAGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----AAGTACCCGGA-TACAAATC
gi|112486 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----TAGG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGATACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-TACCCTGGGTAtc
gi|112487 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGTCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----TAGTACCCTGA-TACAAATC
gi|112488 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACG-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CAGG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGATACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-TACCCTCGCTAC-
gi|112489 : GCTGAAGGGGTC-TT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAT---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATTA-----AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ATG-TACACTGGGTAC-GAT-TAA-A----TTATA--TA-A----AAGTACCCAGA-TACAAATC
gi|112490 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCATCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CAGG---GTACCTTTA-TTTA--------TT---AGAATGAGACCCT--GG-GTACTACATATT------AA-------TATTATT--A--------TCG-TACCCTGGGTAA-GAtc
gi|112491 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------AT---A--T--CT-TGTCACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TC-GA-TTGTT--A--------ACG-----CTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-A----CAGTACCCAGA-TACAAATC
gi|112492 : GCTGAAGGGGTTGTT-GTCGTCCTCAGTGGGT--ACTTACTACTAT---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---TA-TTTGAA--TGT-TT---A-AA---TACCCTG-GG-GTA------ATT------AAGA-TC-GT-TTGTT--A--------ATG-TACCCTTGGTACAAAT-TAA-A----T--TA--TATA----AAGAACCTGGA-TACAAATCtc
gi|112493 : GCTGAAGGGGTCGTT-GTTGTCCTCAGTGAGT--ACT-------AT---A--TATCT-TGGTACC----CTTG---GTAC---TA-TTTGAA----T-TT---A-AA---TACCCTGGGG-GTA------ATT------AAGA-TCTGT-TTGTT--A--------ATG-TACCCTTGGTA--GAT-ACA-A----T--T---TA-A----tc
gi|112494 : GCTGAAGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TTATGTTACC----CAGG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGAGACCCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-AACCCTGGGTA
gi|112495 : GCTGAAGGGATCATT-GCCGTCCT----GGAT--ACT-------AC---A--T--CT-TGGTACC----CTGG---GTAC---GA-TTTGAA--TGT-TT---A-AATA-TACCCA--GG-GTA------ATT------AA-A-ACTGT-TTGTT--AGTTAACGTACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TATGTA-A----AAGT-CCCGG
gi|112496 : GCTGAAGGGGTCTAT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CATG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGAGACTCT--GG-GT-------ACT------AC-A-TA-ATATTATA--A--------TCG-AACCCTGGGTA
gi|112497 : GCTGATGGGGTCTTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------CC---A--T--TT-ATGTACC----CAAG---GTAC---T--TTT--A--TTTATT---AGAATGATACCCT--GG-GTT------ATT------AG-A---------ATT--A------------TACCATGGGTAC-TACATAATA----T--TA--CA-A----
gi|112498 : GCTGAAGGGTTCGTT-CTCGTCCTG---GGGT--ACT-------AT---AATT--TT-TGGTACC----CTGG-----AC---TATTTTGAA--TGT-TG---T-AATG-TACCCT--GGAGTA------ATT------AA-ATTC-TT-TTGTC--A--------ACGTTACCCTGGGTA--GAT-TAT-A-------TA--TA-A----TA-TACCCTGATTACAAATC
gi|112499 : GCTGAAGGGTTT-TT-GTCGTC----------------------A----A--T--CTATGGTACCA---CACA---GTAC---TA-TCTGAA--TGT-TT---A-AATA-TACCCT--GG-GTA------ATTAC----AA-A-TC-GT-TTGTT--A--------ACG-TACCCTGGGT-C-GAT-TAA-A----T--TA--TATA----AAGTACCCtc
gi|112500 : GCTGAAGTGGTTGTTTGTCGTCCT----TGGTCCACT-------CCTAGA--T--CAATGGTACCGTTTCAGGCTGGTA----TA-TTTGAAAATGT-TTTCAG-AATG-TACCCT--GG-ACA------AATGAGAGAAA-G-T---T-TTGTT--A--------AC
gi|112501 : CTGAAGGGGTCGTT-GTCGTCCT----GGGT--ACT-------A-----------------------------------------TTTGAA--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTAGACCTAATT------AA-A-TC-GT-TTATT--A--------ACG-TACCCTGGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-T----TAGTACCATGA-TACAAATC
gi|112502 : GGT--ACT-------AT---A--T-----TGGTACT----CGGG---TTAC---TATTTTGAA--TGT-TT---A-AA-G-TA-CCT--GG-GTA------ATT-------A-A-TA-GT-TTCTT-----------ACG-TA-CCTGGGTA---AT-TAA-ATAGTT--TC--TT-A----ACGTACCCGGG-TACGAtc
gi|112502 : CCT----GGGT--A--------------A--T------------------------TAA---TA-GTT-----TCT-T-------ACG-TA-CCT--GG-GTA------ATT------AA-A-TA-GT-TTCTT--A--------ACG-TACCC-GGGTAC-GAT-TAA-A----T--TA--TA-ATAGCTAGTACCCTGA-TACAAAttaaattataatagctagtaccctgatacaaa
gi|112503 : ggtactatattggtactcgggttactattttgaatgtttaaagta--TGT-TT---A-AATG-TACCCT--GG-GTA------ATT------AA-A-
gi|112503 : TGTTTAA--------ATG-TACCCTGGGTA---AT-TAA-A--------A--TC-A-----AGTACCCATA-TACAAATCatcaagtacccatatacaaatctc