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lowQualScore                  :     2      2   2   2   4   2    2  2   2 2 2 33 2  77 2  33 2      33 666        
lowQualScore                  :     .      .   .   .   .   .    .  .   . . . .. .  .. .  .. .      .. ...        
lowQualScore                  :     7      4   4   4   4   2    2  2   2 2 2 11 2  77 2  11 2      44 111        
consensus                     : AACA-CAATTC-ACA-ATA-ATA-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TGN-C-AC--A-GGAAACATA---AAAATTCT
Reference ( gi|7375 )         : AACA-CAATTC-ACA-ATA-ATA-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TGA-C-AC--A-GGAAACATA---AAAATTCT
gi|7376                       : AACA-CAATTC-ACA-ATA-ATA-GCT-CCAC-GA-TCC-T-C-C--A-TGT-C-AC--A-GAAAACGTA---AAATTTCT
gi|7377                       : AACA-CAATTC-ACA-ATA-ATA-GCT-CCAC-GA--CC-T-C-C--A-TGT-C-CC--A-AGAAACATT---AAAATTCT
gi|7381                       : AACA-CAATTC-ACA-TTA--TA-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TGA-C-AC--A-GGAACC--A---AAAATTCT
gi|7383                       : AACA-GAATTT-ACA-ATA-ATAAGCT-CCAC-GA-CCC-T-C-G--A-TGA-C-AC--A-GGAAAC--A---AAAATTCT
gi|7382                       : AACA-CAATTC-ACA-ATT-ATA-GCT-TCAC-GG-CCC-T-C-C--A-TGA-C-AC--A-GGAAAC--A---AAAAT
gi|7378                       : AATA-CAATTC-ACT-ATA-ATA-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-A--A-TGT-T-AC--A-GGAAATATA---CAAATTCT
gi|7379                       : AGCA-CAATTA-ACA-ATA-ATA-ACT-CCAA-GA-CCC-T-C-C--A-TGT-C-AC--A-GGAACCATA---ACAATTCT
gi|7380                       : AACA-CAATTC-ACT-ATG-ATA-GTT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TGT-T-AC--A-GGAAATATA---CAAATT
gi|7385                       : AACA-CAATTC-A-A-ATA-ATA-GCT-CCAT-GA-ACC-T-C-C--A-TGATC-AC--A-GGAAAC-------AAATTCT
gi|7386                       : AACAACAATTC-ACA-ATA--TA-GCT-CCACAGA-CCC-T-C----A-TGA-C-AC--A-GGCAATA-A---AAAATTCT
gi|7384                       : AACA-GAATTT-ACA-ATA-ATAAGCT-CCAC-GACCCC-T-C-CTGA-TGA-CAAC--A-GGAAAC--A---AAAATTCT
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gi|7388                       : AACA-CAATTC-ACACATA-ATA-G-T-CCA--GA--CC-T-C-C--AGTGT-C-AC--A-GAAAACGTA---AAATTT
gi|7389                       :   CA-CAATTC-ACA-ATG-ATA-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TGT-C-AC--G-GGAAACATA---AAAATTCT
gi|7390                       :    A-CAATTCCACT-ATA-ATA-GCTTCCAC-GA-CCC-T-CAA--A-TGT-T-AC--A-AGAAATATAATCAAAGTTCT
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Alignments
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lowQualScore                  :     2      2   2   2  2 2   2    2  2   2 2 2 22 2  33 2  22 2      11 555        
lowQualScore                  :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .. .  .. .  .. .      .. ...        
lowQualScore                  :     5      2   2   2  1 1   1    1  1   1 1 1 99 1  11 1  99 1      88 888        
consensus                     : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TG-TC-AC--A-GGAAACATA---AAAATTCT
Reference ( family-789 )      : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TG-NC-AC--A-GGAAACATA---AAAATTCT
gi|7375                       : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TG-AC-AC--A-GGAAACATA---AAAATTCT
gi|7376                       : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA-TCC-T-C-C--A-TG-TC-AC--A-GAAAACGTA---AAATTTCT
gi|7377                       : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA--CC-T-C-C--A-TG-TC-CC--A-AGAAACATT---AAAATTCT
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gi|7389                       :   CA-CAATTC-ACA-ATG-AT-A-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TG-TC-AC--G-GGAAACATA---AAAATTCT
gi|7390                       :    A-CAATTCCACT-ATA-AT-A-GCTTCCAC-GA-CCC-T-CAA--A-TG-TT-AC--A-AGAAATATAATCAAAGTTCT
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Alignments
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lowQualScore                  :     2      2   2   2  2 2   2    2  2   2 2 2 22 2  44 2  22 2      11 555        
lowQualScore                  :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .. .  .. .  .. .      .. ...        
lowQualScore                  :     5      2   2   2  1 1   1    1  1   1 1 1 99 1  11 1  99 1      88 888        
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Reference ( family-789 )      : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TG-TC-AC--A-GGAAACATA---AAAATTCT
gi|7375                       : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TG-AC-AC--A-GGAAACATA---AAAATTCT
gi|7376                       : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA-TCC-T-C-C--A-TG-TC-AC--A-GAAAACGTA---AAATTTCT
gi|7377                       : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA--CC-T-C-C--A-TG-TC-CC--A-AGAAACATT---AAAATTCT
gi|7378                       : AATA-CAATTC-ACT-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-A--A-TG-TT-AC--A-GGAAATATA---CAAATTCT
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blockSeqs                     :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  T  .  .  .      AT C  
blockSeqs                     :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  T  .  .  .      AT .  
blockSeqs                     :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  T  .  .  .      AT .  
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blockSeqs                     :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  T  .  .  .      AT .  
blockSeqs                     :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  A  .  .  .      GT .  
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blockSeqs                     :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  A  .  .  .      T  .  
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blockSeqs                     :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  T  .  .  .      .  .  
blockSeqs                     :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  T  .  .  .      .  .  
blockSeqs                     :            .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  T  .  .  .      .  .  
blockSeqs                     :            .   .   .  . .   .    .  .   . . . .  .  A  .  .  .      .  .  
blockSeqs                     :                       . .   .    .  .   . . . .  .  T  .  .  .      .  .  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AACA-CAATTC-ACA-ATA-AT-A-GCT-CCAC-GA-CCC-T-C-C--A-TG-TC-AC--A-GGAAACATA---AAAATTCT
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Alignments
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lowQualScore                  :     .      .   .   .  . .   .    .  .   . . . .. .  .. .  .. .      .. ...        
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