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Reference ( gi|113229 )       :   TACAAGCCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-ATG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113230                     :   TACATGCCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTCTGA-TGTTT-C--A-ATG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113231                     :   TACATGCCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTCT-C--G-ATGTTT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113232                     :   TACATGCCAA-G-A-T-------C--ATATT------AGTTTGG-TGTTT-C--GAATG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AA-ATATTTGG
gi|113234                     :   TACACGCCAA-T-A-TATCATATT--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------T-AG---TT--GA-AACGTATTTGG
gi|113233                     :   TACATGCCAA-T-A-TAT-----C--ATATT------AGATTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACA
gi|113235                     :   TACATGCGAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AGTTTTT--AA-AATTTATTTGG
gi|113236                     :   TACATGCCAA-T-A-----------------------AGTTTGA-TGTTT-C--A-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACGTATTTGG
gi|113237                     :   TACATGC--A-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--AA-
gi|113238                     :   TACATGCCA--T-A-T-------C--ATATT------ATTTTGA-TGTTT-C--G-ATG-TT-CA---TTGA------C-AG---TGA-GA-AACATTATTGG
gi|113239                     :   TACATGCCAA-TTA-T-------TCAATATT------A-TTTGA-TGTTT-C--G-AT--TT-CA---T--A------CAAG---TT--GA-AACATATTT
gi|113241                     :    ACATGCCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TG-TT-C--G--TG-TT-CA---T--ACGCTACC-AG---TT--TA-AAC-TATTTGG
gi|113240                     :    ACATGCCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TG-TT-C--G--TG-TT-CA---T--ACGCTACC-AG---TT--TA-AAC-TATTTGG
gi|113243                     :     CATGCCAAGT-ACT-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT----G-TTT-TT-CA---T--A------C-AG---TTGAGA-AACATATTTGG
gi|113245                     :        GCCAA-T-A-T-------C--GAATT------TGTTTGA-TGTTT-C--G-TTT-TT-CA---T--G------C-AG---TT--GA-AACATATCTGG
gi|113246                     :         CCAA-A-T-T-------C--GTATT------ATTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CG---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTG
gi|113242                     :         CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGCTT-CGAG-ATG-TCGCAAATT--A------C-AG---CT--GAGAACATATTT
gi|113244                     : acatggccCCAA-T-A-T-------C--ATATTTAATTAAGTTTGAATGTTTTC--G-TTG-TT-TAA--T--A------C-AG---TT--GA-AACAAATT
gi|113247                     :                                        cataTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATTTTTGG





Alignments
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lowQualScore                  :       ...    . . . ....... ..     ......       .     . .. ..  .  .  ... .. ...... .  ...  ..  .           
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Reference ( family-787 )      : TACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113229                     : TACAAG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-ATG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113230                     : TACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTCTGA-TGTTT-C--A-ATG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113231                     : TACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTCT-C--G-ATGTTT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113232                     : TACATG---CCAA-G-A-T-------C--ATATT------AGTTTGG-TGTTT-C--GAATG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AA-ATATTTGG
gi|113233                     : TACATG---CCAA-T-A-TAT-----C--ATATT------AGATTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACA
gi|113234                     : TACACG---CCAA-T-A-TATCATATT--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------T-AG---TT--GA-AACGTATTTGG
gi|113235                     : TACATG---CGAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AGTTTTT--AA-AATTTATTTGG
gi|113236                     : TACATG---CCAA-T-A-----------------------AGTTTGA-TGTTT-C--A-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACGTATTTGG
gi|113237                     : TACATG---C--A-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--AA-
gi|113238                     : TACATG---CCA--T-A-T-------C--ATATT------ATTTTGA-TGTTT-C--G-ATG-TT-CA---TTGA------C-AG---TGA-GA-AACATTATTGG
gi|113239                     : TACATG---CCAA-TTA-T-------TCAATATT------A-TTTGA-TGTTT-C--G-AT--TT-CA---T--A------CAAG---TT--GA-AACATATTT
gi|113240                     :  ACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TG-TT-C--G--TG-TT-CA---T--ACGCTACC-AG---TT--TA-AAC-TATTTGG
gi|113241                     :  ACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TG-TT-C--G--TG-TT-CA---T--ACGCTACC-AG---TT--TA-AAC-TATTTGG
gi|113242                     :  ACATGGCCCCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGCTT-CGAG-ATG-TCGCAAATT--A------C-AG---CT--GAGAACATATTT
gi|113243                     :   CATG---CCAAGT-ACT-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT----G-TTT-TT-CA---T--A------C-AG---TTGAGA-AACATATTTGG
gi|113244                     :   CATA---CCAA-T-A-T-------C--ATATTTAATTAAGTTTGAATGTTTTC--G-TTG-TT-TAA--T--A------C-AG---TT--GA-AACAAATT
gi|113245                     :      G---CCAA-T-A-T-------C--GAATT------TGTTTGA-TGTTT-C--G-TTT-TT-CA---T--G------C-AG---TT--GA-AACATATCTGG
gi|113246                     :       ---CCAA-A-T-T-------C--GTATT------ATTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CG---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTG
gi|113247                     :                                             TGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATTTTTGG





Alignments
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Reference ( family-787 )      : TACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113229                     : TACAAG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-ATG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113230                     : TACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTCTGA-TGTTT-C--A-ATG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113231                     : TACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTCT-C--G-ATGTTT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
gi|113232                     : TACATG---CCAA-G-A-T-------C--ATATT------AGTTTGG-TGTTT-C--GAATG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AA-ATATTTGG
gi|113233                     : TACATG---CCAA-T-A-TAT-----C--ATATT------AGATTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACA
gi|113234                     : TACACG---CCAA-T-A-TATCATATT--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------T-AG---TT--GA-AACGTATTTGG
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gi|113237                     : TACATG---C--A-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--AA-
gi|113238                     : TACATG---CCA--T-A-T-------C--ATATT------ATTTTGA-TGTTT-C--G-ATG-TT-CA---TTGA------C-AG---TGA-GA-AACATTATTGG
gi|113239                     : TACATG---CCAA-TTA-T-------TCAATATT------A-TTTGA-TGTTT-C--G-AT--TT-CA---T--A------CAAG---TT--GA-AACATATTT
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gi|113243                     :   CATG---CCAAGT-ACT-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT----G-TTT-TT-CA---T--A------C-AG---TTGAGA-AACATATTTGG
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blockSeqs                     :       .      . . . .       .      .            .     . .  T   .  .  .   .  .      .  .    .   .
blockSeqs                     :       .      . . . .       .      .            .     . .  .   .  .  .   .  .      .  .    .   .
blockSeqs                     :                                                .     . .  .   .  .  .   .  .      .  .    .   .


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
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Alignments
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lowQualScore                  :       ...    . . . ....... ..     ......       .     . .. ..  .  .  ... .. ...... .  ...  ..  .           
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Reference ( family-787 )      : TACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTGG
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gi|113239                     : TACATG---CCAA-TTA-T-------TCAATATT------A-TTTGA-TGTTT-C--G-AT--TT-CA---T--A------CAAG---TT--GA-AACATATTT
gi|113240                     :  ACATG---CCAA-T-A-T-------C--ATATT------AGTTTGA-TG-TT-C--G--TG-TT-CA---T--ACGCTACC-AG---TT--TA-AAC-TATTTGG
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gi|113244                     :   CATA---CCAA-T-A-T-------C--ATATTTAATTAAGTTTGAATGTTTTC--G-TTG-TT-TAA--T--A------C-AG---TT--GA-AACAAATT
gi|113245                     :      G---CCAA-T-A-T-------C--GAATT------TGTTTGA-TGTTT-C--G-TTT-TT-CA---T--G------C-AG---TT--GA-AACATATCTGG
gi|113246                     :       ---CCAA-A-T-T-------C--GTATT------ATTTTGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CG---T--A------C-AG---TT--GA-AACATATTTG
gi|113247                     :                                             TGA-TGTTT-C--G-TTG-TT-CA---T--A------C-AG---TT--GA-AACATTTTTGG