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lowQualScore                  :        .     . .. ..     ............    .  .. ..  .  ... .   .  ....     ..... . .  .  ................. .....   ...   . .. . .... . . ..     .... .    . .  .. .. .. ..  .................... .   .  ....  .     . .     .. .  .  .....  ..   ....  . .... ....  ... .. . .  ....      ...  ..  ...... ... .... . ....  . ... . ..   ..   .    ... .. .. ..  .....  ..  .    .   .. ......    . ............    .      
lowQualScore                  :        1     1 22 22     555555555555    7  99 44  5  444 5   8  8888     77777 5 5  5  11111111111111111 88888   444   0 44 5 8888 5 5 99     4444 5    5 5  44 99 44 99  22222222222222222222 5   5  1111  5     5 5     44 5  0  22222  99   3333  4 7777 2222  111 22 4 4  0000      999  11  333333 111 0000 4 0000  4 999 4 99   44   0    444 99 44 00  66666  44  5    0   44 222222    5 000000000000    5      
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Reference ( gi|107066 )       :   AAAAG-AGCTA-A--A--TACAT------T-----TACA-TA--T--AA-GA---A-TTGCGC----CCCAA--T--T-T-AA-CT-C-----T----A----C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATCT---TC-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TTCCA-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT--G--AA--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AC-A---A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-GT-----TT--CC-GAGCACCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
gi|107057                     :   AAAAG-TGCTA-A--A--CATAT------G-----TACA-TA--T--AA-GA---A-TTGCGC----CCTAA--C--T-T-AA-CT-A-----T----ATA--C-----AGG---TAC-A--C-T----C-TTG--CATCT---CC-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TTTCG-GT-GATGT-C-TTCCT--T-TG-TT--C--AA--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAA-----C---T----T-T--A-AT-A---A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TC-GT-----TT--CC-GAGCGCCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
gi|107056                     : aaAAAAG-AGCTA-A--G--TACAT------G-----CACA-AA--T--AA-GA---A-TTGTAC----CCCAA--C--T-T-AA-CT-A-----T----A----C-----TGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATCT---CC-ACGA-A-TG--C--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TTCTG-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT--C--AA--TAC----TT-C----A--A-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----A-T--A-AC-A---A-A--CTT--GTC-TTTA---C--A--TA-AT-----TT--CC-GAGCGCCA--G------GCAT-C-G----------CAAC-TTCTAC
gi|107067                     : aaAAAAG-AGCTA-A--A--TACAT------G-----TACA-TA--T--AA-GA---A-TTGCGC----CCCAA--C--T-T-AA-CT-A-----T---------C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATCT---CG-ACGA-G-TG--T--A--AA-CA--------------G-------ACT-TTCTG-GT-GAAGT-C-TTTCT--T-TG-TT--C--AA--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAA-----C---T----T-T--A-AC-A---A-A--CCT--GTC-TATA---C--A--TC-GT-----TT--CC-GAGTGCCA--G------ATAT-C-A----------TGAC-TTCTAC
gi|107059                     :   AAAAG-AGCTA-A--AATTACGT------TG----TACA-TA--T--AA-GA---A-TTGCGC----CCCAA--C--T-T-AA-CT-A-----T----A----C-----CTG---TAC-A--C-TAGCTC-T-G--CAT-----TC-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------TCC---T-ACT-TTCC--GT-AAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT--C--AA--TAC----TT-C----A--A-TT---T--G-C-TC----GAGTCT----A--AAG-----C---T----T-T--A-AC-AC--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-AT-----TT--CC-GAGCGCCA--G------GCAT-C-G----------TGAC-TTCTAC
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gi|107058                     :   AAAAG-TGCTA-A--A--CATAT------G-----TACA-TA--T--AA-GA---A-TTGCGC----CCTAA--TACT-T-AA-CT-A-----TATACA----C-----GGG---TA--A--C-T----CTT-G--CATCT---CC-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CG-GT-GATGTCC-TTCCT--T-TGTTT--C--AA--TAC----TT-C----AAGG-TT---T--G-CTTT----GAGTCT---AA--AA------C---T----T-T----AC-A---ATA--ACT--GTCTTTTA---C--A--TC-GC-----TT--CC-GAGCG-CA--G------GTAT---A----------CGAC-TTCTAC
gi|107061                     : aaAAAAG-AGCTA-A--A--TACAT------G-----TACA-TA--T--AA-CA---A-TTACGC----CCTAA--C--T-T-A--CT-A-----T----A----C------GG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATCT---CC-ACGA-G-TG--C--A--A--TA--------------T-C---T-ACT-TTCCA-GT-GAAGT-C-TTCAT--T-TG-TT--C--AA--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAATAT---AA--AA
gi|107069                     : aaAAAAGTAGCTA-A--A--TAC-T------G-----T-CA-TAGCT--AA-GA---A-TTGCAC----CCCAA--C--T-T-AA-CT-TA----T----A----CATACGCGG---TAC----C-T----C-T-GTCTATTC---TC-GCGA-G-TGGTC--A--A--CA--------------T-C---G-ACG-TTCCG-GT-GAAGT---TTCCTTAT-TG-TT--A--AA--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TTTCAGGAGTCT---AA--AAA-----C---T----T-TAAA-AC-AAT-A-A--CCT--GTC-TATA---C--C--TC-GT-----TT--CC-GAGTGCAG--G------ATATCC-AAT--------TGAC-TTCT
gi|107062                     :   AAAAG-AGCTA-A--A--TACAT------G-----TACA-TT--T--AA-GA---ATTTGGGTA---CCCAA--C--T-TAAA-CA-A-----T----A----C-----CGA---TAC-A--C-T----C-T-G--CATCT---TC-CAAA-G-TG--T--T--T--CA--------------TAC---TAACT-TTCCCTGT-GAAGT-C-TT-CT--T-TGTTT--C--AA--TAC----TT-CT---C--G-TT---T--C-C-TT----GAGTCT---AA--AAGC----C---T----T-T--AGACAA---A-A--CCTCCGTA-TCTA------ATTTA-GTATATATC--CC-G-GCGCCA--G------ATAT-C-A----------CGATATTTTAC
gi|107065                     : aaAAAAG-AGGCATA--A--TATAC------TGGTGATAAA-TAG-T--AA-GA---AATTGAGCGTAGTCCAACCT--T-T-AA-CCAC-----T----ATATTC-----CGG---GGA-ATTC-T----C-T-A--CATT-------ATGT-G--G--T--A--A--CACTGCGAAAGACAATT-C---T-ACT-GTC---GT-GCAGT-T-TTACT--T-TG-TT--C--ATGTTAC----TT-CTCTCA--G-CTCTAT--G-C-TC----GAGTCTTATAA--CAG-----CCCTT----TAT--A-AC-A---A-A--CTT--GTCTTTTA---C--A--TA-GCTTG--TT--TC-TAGCGCCC--A------GT-T-CAA----------CAAC-TTCTAC
gi|107064                     :   aAGAG-AACTA-AGGA--TACATAGTTGTT-----CACG-TA--T--AA-G-----------------CCAA--T--TGT-AA-CT-A-----T----AG---C-----CGG---TACGA--TGT----C-T-GGGCATTTCTCTC-ACGGTG-TG--TTAA--G--CA--------------T-C---T-ACT-TTC--------------TTCCC--T-TG-TT--C--AAG-TATCTGGTT-CG---A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---TATTAAG-----C---TCATGT-TTAA-AC-A---A-AGCCTT--ATC-TTTA---CATA--TA-GT-----TT--CCTGAGCGCCACTG------GTAT-C-A----------CGA--TTCT
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gi|107071                     :                        agctgaggataacgtgaA-TA--T--AAAGA---G-TTG-GC----CCCAA--C--T-T-AA-C--A-----T----A----C-----T-------C-A--C-T----T-T-G---ATCT----C-ACGA-G-TT--T--A--A--CA--------------T-A---T-ACT-TT---------------TTCCT--T-TG-TT---------CAT----TT-C----A----TT---T--G-C-TT----GAGTCT----A--AAG-----C---T----T---------A---A-A--CCT--GTC--TTA---C--A--TA-GT-----TT--CC-GAG-GTCA--G------GTAT-C-A----------CGAA-TT-TAC
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Alignments
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lowQualScore                  :         .  . .   .. ..  . ..... .... . ..   .  .....  .   .   .  ....    ..  .. . .  .. .....   ....... .....   ...   . .. . .... . . ..    ...... .    . .  .. .. .. ..  .................... .   .  .....  .     . .     .. .  .  .  . ..   ....  . .... ....  ... .. . .  ....      ...  ..  ...... ... .... . .. .  ... .. . ..   ..   .    ... .. .. ..  .....    .        .. ......    . . ..........    .      
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Alignments
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Reference ( family-786 )      :    AAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CCG-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-GT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
gi|107056                     :    AAAAG-AG-C-TAA--G--TA-C--A--T----G-C--ACA-AA--T--AA-GAA-TTGTAC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----TGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACGA-A-TG--C--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CTG-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--A-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----A-T--A-AC---A--A-A--CTT--GTC-TTTA---C--A--TA-AT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GCAT-C-G----------CAAC-TTCTAC
gi|107057                     :  aaAAAAG-TG-C-TAA--A--CA-T--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCTA--AC--T-T-AA--C-----TAT----ATAC-----AGG---TAC-A--C-T----C-TTG--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-TCG-GT-GATGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAA-----C---T----T-T--A-AT---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TC-GT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
gi|107058                     :  aaAAAAG-TG-C-TAA--A--CA-T--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCTAATAC--T-T-AA--C-----TATATACA--C-----GGG---TA--A--C-T----CTT-G--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT--CG-GT-GATGTCC-TTCCT--T-TGTTT-CA-A--TAC----TT-C----AAGG-TT---T--G-CTTT----GAGTCT---AA--AA------C---T----T-T----AC---A--ATA--ACT--GTCTTTTA---C--A--TC-GC-----TTCC-GAGCG-CA--G------GTAT---A----------CGAC-TTCTAC
gi|107059                     :  aaAAAAG-AG-C-TAA--AATTA-C--G--TT---G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CTG---TAC-A--C-TAGCTC-T-G--CATT------C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------TCC---T-ACT-TT-CC--GT-AAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--A-TT---T--G-C-TC----GAGTCT----A--AAG-----C---T----T-T--A-AC---AC-A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-AT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GCAT-C-G----------TGAC-TTCTAC
gi|107060                     :  aaAGAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--TT-AG-GAA-TTGCGC----CCCA--GC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CGG---TAC-A--T-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACCA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-T---T-ACT-TT-CCA-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TTC----TT-C----A--A-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--ATG-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--T---------------AGCGCCA--G------AAAT-C-G----------CAAC-TTCTAC
gi|107061                     :  aaAAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-CAA-TTACGC----CCTA--AC--T-T-A---C-----TAT----A--C------GG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--C--A--A--TA--------------T-C---T-ACT-TT-CCA-GT-GAAGT-C-TTCAT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAATAT---AA--AA
gi|107062                     :  aaAAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TT--T--AA-GAATTTGGGTA---CCCA--AC--T-TAAA--C-----AAT----A--C-----CGA---TAC-A--C-T----C-T-G--CATCTTC---C-A-AA-G-TG--T--T--T--CA--------------TAC---TAACT-TTCCCT-GT-GAAGT-C-TT-CT--T-TGTTT-CA-A--TAC----TT-CT---C--G-TT---T--C-C-TT----GAGTCT---AA--AAGC----C---T----T-T--AGACA--A--A-A--CCTCCGTA-TCTA------ATTTA-GTATATATCCC-G-GCGCCA--G------ATAT-C-A----------CGATATTTTAC
gi|107063                     :    aaAAA-AG-C--AA--A--TG-C--AGTT----G-G--ACA-TAA-G--AG-GGA-TGGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--CCCAATTAT----A--C-----CGAGCATAC-A--C-TA---C-A-G--CATC-TC---CGACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------TTC---G-ACT-----CGTGTTGAAGT-CGTTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TTCC----A--G-TT---TTGG-C-TT----GAGGTC---AA--ACA-----C---T----T-T----AC---AGGA-ATTCCT--GTC-TTCATATC--A--TGCGT-----TGCG-GAGTGCCA--G------ATAT-C------------CGAC-TTCTAC
gi|107064                     : aaatAGAG-AA-C-TAAGGA--TA-C--A--TAGTTG-TTCACG-TA--T--AA-G--------------CCA--AT--TGT-AA--C-----TAT----AG-C-----CGG---TACGA--TGT----C-T-GGGCATT-TCTCTC-ACGGTG-TG--TTAA--G--CA--------------T-C---T-ACT-TT-C--------------TTCCC--T-TG-TT-CA-AG-TATCTGGTT-CG---A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---TATTAAG-----C---TCATGT-TTAA-AC---A--A-AGCCTT--ATC-TTTA---CATA--TA-GT-----TTCCTGAGCGCCACTG------GTAT-C-A----------CGA--TTCT
gi|107065                     :  agAAAAG-AGGCATAAT-A--TA-CTGG--T----GAT--AAA-TAG-T--AA-GAAATTGAGCGTAGTCCA--ACCTT-T-AA--CCAC--TAT----ATTC-----CGG---GGA-ATTC-T----C-T-A--CATT--------ATGT-G--G--T--A--A--CACTGCGAAAGACAATT-C---T-ACT-GT-C---GT-GCAGT-T-TTACT--T-TG-TT-CA-TGTTAC----TT-CTCTCA--G-CTCTAT--G-C-TC----GAGTCTTATAA--CAG-----CCCTT----TAT--A-AC---A--A-A--CTT--GTCTTTTA---C--A--TA-GCTTG--TTTC-TAGCGCCC--A------GT-T-CAA----------CAAC-TTCTAC
gi|107066                     :   aAAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----T-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AT--T-T-AA--C-----TCT----A--C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TT---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CCA-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-GA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-GT-----TTCC-GAGCACCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
gi|107067                     :    AAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT-------C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---G-ACGA-G-TG--T--A--AA-CA--------------G-------ACT-TT-CTG-GT-GAAGT-C-TTTCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAA-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TATA---C--A--TC-GT-----TTCC-GAGTGCCA--G------ATAT-C-A----------TGAC-TTCTAC
gi|107068                     :    AAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACAATA--TTAAA-AAA-TTGTGC----ACCA--AC--T-T-AAACT-----TAT----A--C-----CGA---T-C-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C--CAA-G-CG--T--A--A--CA--------------T-TCTTT-ACTCTT-CCG-GT-GAAGT-C-TTCAT--T-TG-TTGCA-AA-TAC----TT-C----A--G-TT---T--GTC-TT----GAGTCT---AA--AA------C---T----T-T--A-AA---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-G------TTCT-GAGCGCCA--G------GTAT-C-ACCCC------CCAC-TTCTA
gi|107069                     :    AAAAGTAG-C-TAA--A--TA-C-----T----G-T---CA-TAGCT--AA-GAA-TTGCAC----CCCA--AC--T-T-AA--CT----TAT----A--CATACGCGG---TAC----C-T----C-T-GTCTATT-CT---C-GCGA-G-TGGTC--A--A--CA--------------T-C---G-ACG-TT-CCG-GT-GAAGT---TTCCTTAT-TG-TT-AA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TTTCAGGAGTCT---AA--AAA-----C---T----T-TAAA-AC---AATA-A--CCT--GTC-TATA---C--C--TC-GT-----TTCC-GAGTGCAG--G------ATATCC-AAT--------TGAC-TTCT
gi|107070                     :         -AG-C-TGAGGA--TAAC--G--T----GAT--ACA-TA--TTCAA--AA-TTGTGC----CCCA--ATG-T-T-AA--C-----TATT---A--CG----TGT---TACCA--C-A----C-T-G--CATT------C-ACGA-GCTG--TC-A--AGCCA--------------TTC---G-GCT-TT-GCG-GT-GAAGT-C-CGCCT--TATG-TTTCA-A--TAC----TT-C----A--ACTT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAACTTTTC---T----T-T--A-AC---A--A-
gi|107071                     :                                            A-TA--T--AAAGAG-TTG-GC----CCCA--AC--T-T-AA--C------AT----A--C-----T-------C-A--C-T----T-T-G---ATC-TC-----ACGA-G-TT--T--A--A--CA--------------T-A---T-ACT-TT----------------TTCCT--T-TG-TT-CA------T----TT-C----A----TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--A-G-----C---T----T-----------A--A-A--CCT--GTC-TT-A---C--A--TA-GT-----TTCC-GAG-GTCA--G------GTAT-C-A----------CGAA-TT-TAC
gi|107072                     :                                                --T--AA-GAAGTTGCGC----CCCA--A---T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CGG---TAC-A----T----C-T-G--CATC-TT---C-ACGG-A-TG--T--ATAA--CA--------------T-C---T-ACT-CT-----GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TTTCAGA--TAC----TT-C----A----TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-ATACAA--A-A--CCT--GTT-CTTA---C--A--TA-ATTC---TCCC-GAGTGCCA--G------GCAT-C-G----------CGAC-TTCT
gi|107073                     :                                                                                                                                                                                                                                                     -C----A--A-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AA---A--A-A--CCT--GTT-TTTA---CATA--TA-AT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GCAT-C-ATGAGGCATTGCGAC-TTCTAC
gi|107074                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                   AATCT---AA--A-------C---T----T-T--A-AT---C--A-A--CCT--GTT-TTTA---C--A--TC-GT-----TTCC-GAGAGCCA--GGTATATGTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC


blockSeqs                     :         T  G A   GG AT  A AGT   AGTT A TC   A  TTA    A   T      GTAG    AT  CT G A  AC CCAAT   ATACA   ATACG   GCA   G TT G AGCT T T GG    TCTCT  G    T C  GT TA TA GC  CTGCGAAAGACAATTC     A   C  CCCT   T     C G     TA A  T  G  G GT   CTGG  C TCTC AGG   CTA TG T T  TCAG      TAT  TT  ACTTTT CCT CATG A TA G  ACA GG T TT   CC   T    TAT AT TT GC  ATATA    T        CT GTATAT    C A TGAGGCATTG    A
blockSeqs                     :         .  . .   GG .   . TGG   T    A .    .  GCT    .   A      A       .   G  . .  .  CAC     ATA     G       .     C .  . A    . . TC    TTC    .    . .  .  C  .  A   TTCTT                .   .  TCG    .     . .     .  .  T  T  . G    .     . T    AC    .   .  . .  .         .    .   GC     .   .    . AA .  A   AT . GC   .    T    .   AT .  C   TTG      .        .  .         . . CCCC          .
blockSeqs                     :         .  . .   T  .   . A     .    . .    .  TTC    .   G      .       .   .  . .  .  T       ATT     .       .     . .  . .    . . .     TC     .    . .  .  .  .  .   TCC                  .   .  CCA    .     . .     .  .  .  T  . A    .     . G    G     .   .  . .  .         .    .   A      .   .    . .  .  .   C  . .    .    .    .   .  .  C   TC       .        .  .         . . AT            .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . A     .    . .    .  TT     .   .      .       .   .  . .  .  .       AG      .       .     . .  . .    . . .     TC     .    . .  .  .  .  .   TAC                  .   .  CCA    .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    A     .   .  . .  .         .    .   G      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  A   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . G     .    . .    .  AG     .   .      .       .   .  . .  .  .       TA      .       .     . .  . .    . . .     TC     .    . .  .  .  .  .   TTC                  .   .  CGT    .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    A     .   .  . .  .         .    .   G      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  A   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . A     .    . .    .  GT     .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     TC     .    . .  .  .  .  .   TTC                  .   .  CCA    .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    G     .   .  . .  .         .    .   A      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  A   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . A     .    . .    .  T      .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     TC     .    . .  .  .  .  .   TC                   .   .  CTG    .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    G     .   .  . .  .         .    .   G      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  A   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . A     .    . .    .  T      .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     TT     .    . .  .  .  .  .   TC                   .   .  CCG    .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    G     .   .  . .  .         .    .   G      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  A   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . A     .    . .    .  T      .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     TC     .    . .  .  .  .  .   TT                   .   .  CCG    .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    G     .   .  . .  .         .    .   G      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  C   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . A     .    . .    .  T      .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     TC     .    . .  .  .  .  .   TC                   .   .  GCG    .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    G     .   .  . .  .         .    .   A      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  A   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . A     .    . .    .  T      .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     CT     .    . .  .  .  .  .   TC                   .   .  CG     .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    G     .   .  . .  .         .    .   A      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  C   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . A     .    . .    .  T      .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     TC     .    . .  .  .  .  .   TC                   .   .  CC     .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    G     .   .  . .  .         .    .   G      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  A   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . G     .    . .    .  T      .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     TT     .    . .  .  .  .  .   TC                   .   .  C      .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    G     .   .  . .  .         .    .   G      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  A   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :         .  . .   .  .   . .     .    . .    .  T      .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     .      .    . .  .  .  .  .   TA                   .   .  C      .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    G     .   .  . .  .         .    .   G      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  A   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :                                             .  T      .   .      .       .   .  . .  .  .       A       .       .     . .  . .    . . .     .      .    . .  .  .  .  .   TC                   .   .  .      .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    A     .   .  . .  .         .    .   .      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  C   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :                                                T      .   .      .       .   .  . .  .  .       .       .       .     . .  . .    . . .     .      .    . .  .  .  .  .   G                    .   .  .      .     . .     .  .  .  .  . .    .     . .    .     .   .  . .  .         .    .   .      .   .    . .  .  .   .  . .    .    .    .   .  .  .   .        .        .  .         . . .             .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                     . .    .     .   .  . .  .         .    .   .      .   .    . .  .  .   .  .                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                        .    .                                                                                                                   


blockSeqCons                  :    
originalCons                  :    AAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CCG-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-GT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
finalCons                     :    AAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CCG-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-GT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC





Alignments
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lowQualScore                  :         2  2 2   00 33  2 44444 8888 5 33   2  99999  2   7   0  7777    33  55 2 2  33 22222   0000000 88888   444   4 33 2 7777 2 2 66    444444 2    2 2  33 55 33 55  66666666666666666666 2   2  11111  2     2 2     33 2  4  7  2 77   5555  2 9999 5555  333 33 2 2  4444      333  22  999999 333 4444 2 66 2  666 88 2 66   33   4    444 66 33 44  33333    2        33 666666    2 2 8888888888    2      
lowQualScore                  :         .  . .   .. ..  . ..... .... . ..   .  .....  .   .   .  ....    ..  .. . .  .. .....   ....... .....   ...   . .. . .... . . ..    ...... .    . .  .. .. .. ..  .................... .   .  .....  .     . .     .. .  .  .  . ..   ....  . .... ....  ... .. . .  ....      ...  ..  ...... ... .... . .. .  ... .. . ..   ..   .    ... .. .. ..  .....    .        .. ......    . . ..........    .      
lowQualScore                  :         7  7 7   00 77  7 66666 3333 3 77   5  22222  4   1   2  4444    22  66 4 4  22 44444   1111111 22222   111   7 22 4 4444 4 4 55    222222 4    4 4  22 66 22 66  11111111111111111111 4   4  22222  4     4 4     22 4  7  1  4 99   0000  2 2222 3333  999 11 2 2  7777      777  99  222222 999 7777 2 11 2  111 33 2 55   22   7    111 55 22 22  22222    4        22 888888    4 4 5555555555    4      
consensus                     :    AAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CCG-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-GT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
Reference ( family-786 )      :    AAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CCG-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-GT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
gi|107056                     :    AAAAG-AG-C-TAA--G--TA-C--A--T----G-C--ACA-AA--T--AA-GAA-TTGTAC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----TGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACGA-A-TG--C--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CTG-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--A-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----A-T--A-AC---A--A-A--CTT--GTC-TTTA---C--A--TA-AT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GCAT-C-G----------CAAC-TTCTAC
gi|107057                     :  aaAAAAG-TG-C-TAA--A--CA-T--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCTA--AC--T-T-AA--C-----TAT----ATAC-----AGG---TAC-A--C-T----C-TTG--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-TCG-GT-GATGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAA-----C---T----T-T--A-AT---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TC-GT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
gi|107058                     :  aaAAAAG-TG-C-TAA--A--CA-T--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCTAATAC--T-T-AA--C-----TATATACA--C-----GGG---TA--A--C-T----CTT-G--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT--CG-GT-GATGTCC-TTCCT--T-TGTTT-CA-A--TAC----TT-C----AAGG-TT---T--G-CTTT----GAGTCT---AA--AA------C---T----T-T----AC---A--ATA--ACT--GTCTTTTA---C--A--TC-GC-----TTCC-GAGCG-CA--G------GTAT---A----------CGAC-TTCTAC
gi|107059                     :  aaAAAAG-AG-C-TAA--AATTA-C--G--TT---G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CTG---TAC-A--C-TAGCTC-T-G--CATT------C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------TCC---T-ACT-TT-CC--GT-AAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--A-TT---T--G-C-TC----GAGTCT----A--AAG-----C---T----T-T--A-AC---AC-A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-AT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GCAT-C-G----------TGAC-TTCTAC
gi|107060                     :  aaAGAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--TT-AG-GAA-TTGCGC----CCCA--GC--T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CGG---TAC-A--T-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACCA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-T---T-ACT-TT-CCA-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-CA-A--TTC----TT-C----A--A-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--ATG-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--T---------------AGCGCCA--G------AAAT-C-G----------CAAC-TTCTAC
gi|107061                     :  aaAAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-CAA-TTACGC----CCTA--AC--T-T-A---C-----TAT----A--C------GG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C-ACGA-G-TG--C--A--A--TA--------------T-C---T-ACT-TT-CCA-GT-GAAGT-C-TTCAT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAATAT---AA--AA
gi|107062                     :  aaAAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TT--T--AA-GAATTTGGGTA---CCCA--AC--T-TAAA--C-----AAT----A--C-----CGA---TAC-A--C-T----C-T-G--CATCTTC---C-A-AA-G-TG--T--T--T--CA--------------TAC---TAACT-TTCCCT-GT-GAAGT-C-TT-CT--T-TGTTT-CA-A--TAC----TT-CT---C--G-TT---T--C-C-TT----GAGTCT---AA--AAGC----C---T----T-T--AGACA--A--A-A--CCTCCGTA-TCTA------ATTTA-GTATATATCCC-G-GCGCCA--G------ATAT-C-A----------CGATATTTTAC
gi|107063                     :    aaAAA-AG-C--AA--A--TG-C--AGTT----G-G--ACA-TAA-G--AG-GGA-TGGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--CCCAATTAT----A--C-----CGAGCATAC-A--C-TA---C-A-G--CATC-TC---CGACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------TTC---G-ACT-----CGTGTTGAAGT-CGTTCCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TTCC----A--G-TT---TTGG-C-TT----GAGGTC---AA--ACA-----C---T----T-T----AC---AGGA-ATTCCT--GTC-TTCATATC--A--TGCGT-----TGCG-GAGTGCCA--G------ATAT-C------------CGAC-TTCTAC
gi|107064                     : aaatAGAG-AA-C-TAAGGA--TA-C--A--TAGTTG-TTCACG-TA--T--AA-G--------------CCA--AT--TGT-AA--C-----TAT----AG-C-----CGG---TACGA--TGT----C-T-GGGCATT-TCTCTC-ACGGTG-TG--TTAA--G--CA--------------T-C---T-ACT-TT-C--------------TTCCC--T-TG-TT-CA-AG-TATCTGGTT-CG---A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---TATTAAG-----C---TCATGT-TTAA-AC---A--A-AGCCTT--ATC-TTTA---CATA--TA-GT-----TTCCTGAGCGCCACTG------GTAT-C-A----------CGA--TTCT
gi|107065                     :  agAAAAG-AGGCATAAT-A--TA-CTGG--T----GAT--AAA-TAG-T--AA-GAAATTGAGCGTAGTCCA--ACCTT-T-AA--CCAC--TAT----ATTC-----CGG---GGA-ATTC-T----C-T-A--CATT--------ATGT-G--G--T--A--A--CACTGCGAAAGACAATT-C---T-ACT-GT-C---GT-GCAGT-T-TTACT--T-TG-TT-CA-TGTTAC----TT-CTCTCA--G-CTCTAT--G-C-TC----GAGTCTTATAA--CAG-----CCCTT----TAT--A-AC---A--A-A--CTT--GTCTTTTA---C--A--TA-GCTTG--TTTC-TAGCGCCC--A------GT-T-CAA----------CAAC-TTCTAC
gi|107066                     :   aAAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----T-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AT--T-T-AA--C-----TCT----A--C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TT---C-ACGA-G-TG--T--A--A--CA--------------T-C---T-ACT-TT-CCA-GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TT-GA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-GT-----TTCC-GAGCACCA--G------GTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC
gi|107067                     :    AAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACA-TA--T--AA-GAA-TTGCGC----CCCA--AC--T-T-AA--C-----TAT-------C-----CGG---TAC-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---G-ACGA-G-TG--T--A--AA-CA--------------G-------ACT-TT-CTG-GT-GAAGT-C-TTTCT--T-TG-TT-CA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAA-----C---T----T-T--A-AC---A--A-A--CCT--GTC-TATA---C--A--TC-GT-----TTCC-GAGTGCCA--G------ATAT-C-A----------TGAC-TTCTAC
gi|107068                     :    AAAAG-AG-C-TAA--A--TA-C--A--T----G-T--ACAATA--TTAAA-AAA-TTGTGC----ACCA--AC--T-T-AAACT-----TAT----A--C-----CGA---T-C-A--C-T----C-T-G--CATC-TC---C--CAA-G-CG--T--A--A--CA--------------T-TCTTT-ACTCTT-CCG-GT-GAAGT-C-TTCAT--T-TG-TTGCA-AA-TAC----TT-C----A--G-TT---T--GTC-TT----GAGTCT---AA--AA------C---T----T-T--A-AA---A--A-A--CCT--GTC-TTTA---C--A--TA-G------TTCT-GAGCGCCA--G------GTAT-C-ACCCC------CCAC-TTCTA
gi|107069                     :    AAAAGTAG-C-TAA--A--TA-C-----T----G-T---CA-TAGCT--AA-GAA-TTGCAC----CCCA--AC--T-T-AA--CT----TAT----A--CATACGCGG---TAC----C-T----C-T-GTCTATT-CT---C-GCGA-G-TGGTC--A--A--CA--------------T-C---G-ACG-TT-CCG-GT-GAAGT---TTCCTTAT-TG-TT-AA-A--TAC----TT-C----A--G-TT---T--G-C-TTTCAGGAGTCT---AA--AAA-----C---T----T-TAAA-AC---AATA-A--CCT--GTC-TATA---C--C--TC-GT-----TTCC-GAGTGCAG--G------ATATCC-AAT--------TGAC-TTCT
gi|107070                     :         -AG-C-TGAGGA--TAAC--G--T----GAT--ACA-TA--TTCAA--AA-TTGTGC----CCCA--ATG-T-T-AA--C-----TATT---A--CG----TGT---TACCA--C-A----C-T-G--CATT------C-ACGA-GCTG--TC-A--AGCCA--------------TTC---G-GCT-TT-GCG-GT-GAAGT-C-CGCCT--TATG-TTTCA-A--TAC----TT-C----A--ACTT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAACTTTTC---T----T-T--A-AC---A--A-
gi|107071                     :                                            A-TA--T--AAAGAG-TTG-GC----CCCA--AC--T-T-AA--C------AT----A--C-----T-------C-A--C-T----T-T-G---ATC-TC-----ACGA-G-TT--T--A--A--CA--------------T-A---T-ACT-TT----------------TTCCT--T-TG-TT-CA------T----TT-C----A----TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--A-G-----C---T----T-----------A--A-A--CCT--GTC-TT-A---C--A--TA-GT-----TTCC-GAG-GTCA--G------GTAT-C-A----------CGAA-TT-TAC
gi|107072                     :                                                --T--AA-GAAGTTGCGC----CCCA--A---T-T-AA--C-----TAT----A--C-----CGG---TAC-A----T----C-T-G--CATC-TT---C-ACGG-A-TG--T--ATAA--CA--------------T-C---T-ACT-CT-----GT-GAAGT-C-TTCCT--T-TG-TTTCAGA--TAC----TT-C----A----TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-ATACAA--A-A--CCT--GTT-CTTA---C--A--TA-ATTC---TCCC-GAGTGCCA--G------GCAT-C-G----------CGAC-TTCT
gi|107073                     :                                                                                                                                                                                                                                                     -C----A--A-TT---T--G-C-TT----GAGTCT---AA--AAG-----C---T----T-T--A-AA---A--A-A--CCT--GTT-TTTA---CATA--TA-AT-----TTCC-GAGCGCCA--G------GCAT-C-ATGAGGCATTGCGAC-TTCTAC
gi|107074                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                   AATCT---AA--A-------C---T----T-T--A-AT---C--A-A--CCT--GTT-TTTA---C--A--TC-GT-----TTCC-GAGAGCCA--GGTATATGTAT-C-A----------CGAC-TTCTAC