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lowQualScore                  :        3             2 2    2 33   2 2   1   33  2  8888888 2  33  55   4  2      2   555555 2  2 2 88    55     2  2     2        2   33     
lowQualScore                  :        .             . .    . ..   . .   .   ..  .  ....... .  ..  ..   .  .      .   ...... .  . . ..    ..     .  .     .        .   ..     
lowQualScore                  :        3             7 7    7 77   7 7   8   44  5  1111111 5  44  99   7  4      5   666666 5  5 5 44    66     4  4     4        4   22     
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Reference ( gi|78464 )        :   TTTGTATTTTTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
gi|78471                      :   TTTGT--TTTTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
gi|78465                      :   TTTGTATTTTTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-AACAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
gi|78472                      :   TTTGTTTTTTTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-C--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG---T--CTGTA
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Alignments
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lowQualScore                  :           .   ..         . .    . ..   . .   .   ..  .  ....... .  ..  ..   .  .      .   ...... .  . . ..    ..     .  .     .        .   ..     
lowQualScore                  :           3   55         5 5    5 44   5 5   2   22  4  6666666 4  22  66   4  2      4   222222 4  4 4 99    33     2  2     2        2   11     
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Reference ( family-785 )      :      TTTGT-TTT-TTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
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Alignments
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lowQualScore                  :           .   ..         . .    . ..   . .   .   ..  .  ....... .  ..  ..   .  .      .   ...... .  . . ..    ..     .  .     .        .   ..     
lowQualScore                  :           3   55         5 5    5 44   5 5   2   22  4  6666666 4  22  66   4  2      4   222222 4  4 4 99    33     2  2     2        2   11     
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gi|78477                      :          T-TTT-TTAC-TGCGT-T-T-TC-G--AAAAT-ACAAGCTTCCT-TC-------A-GA--TTCTTTA-TG-TTTGTACTTT-----AT-AT-A-A--ATTC--TACGCCAA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTG
gi|78478                      :                   ttTTTGT-T-TGGC-G--AAA-T-ATATGCC--CT-TC-------A-AG--GC--TTG-TG-TT-GCA-ATT-----TT-CTCA-AT-ATTC--GACAC-AA-AATAA--GCTTCTG-TAT--CTGTA
gi|78479                      :                                            CAAGCT--CT-TCAGACTTCA-GA--GC--TTA-TG-TTTGAA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AG-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
gi|78480                      :                                                                           TA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACG--AA-AATAA-AGTATCTG-TAT--CTGTA
gi|78481                      :                                                                                                             TC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA


blockSeqs                     :           A   TT         G G    A GC   A T   A   TC  G  AGACTTC T  TG  CT   C  T      C   TTAGAA A  C C CT    CG     C  T     G        C   . 
blockSeqs                     :           A   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   G    T  .      .   TTAAA  .  . . T     C      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   TGG    .  . . T     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   A      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   A      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   A      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   G      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   A      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   A      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   A      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   T          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   A      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   .          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   T      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   .          . .    . .    . .   T   .   .  .       .  .   .    .  .      .   A      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :           .   .          . .    . .    . .   A   .   .  .       .  .   .    .  .      .   A      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :                          . .    . .    . .   .   .   .  .       .  .   .    .  .      .   .      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :                                              .   .   .  .       .  .   .    .  .      .   .      .  . . .     .      .  .     .        .   . 
blockSeqs                     :                                                                             .  .                              .      .  .     .        .   . 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                            **
originalCons                  :      TTTGT-TTT-TTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
finalCons                     :      TTTGT-TTT-TTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA





Alignments
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lowQualScore                  :           .   ..         . .    . ..   . .   .   ..  .  ....... .  ..  ..   .  .      .   ...... .  . . ..    ..     .  .     .        .   ..     
lowQualScore                  :           3   55         5 5    5 44   5 5   2   22  4  6666666 4  22  66   4  2      4   222222 4  4 4 99    33     2  2     2        2   11     
consensus                     :      TTTGT-TTT-TTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
Reference ( family-785 )      :      TTTGT-TTT-TTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
gi|78463                      :      TTTAT-TTT-TTACCTTT-------TC-G--AAA-T-ACA-GCT--CT-TC-------A--A--GC--TTA-TG-TTT-TA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AA-AA-AATTTCTG-TATTCTTGTA
gi|78464                      :    ttTTTGTATTT-TTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
gi|78465                      :      TTTGTATTT-TTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-AACAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
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gi|78467                      : ttgttTTTTT-TTT-TCACCTT-GT-T-TGTCAG--AAA-TTACAAGCT--CTGTT-------A-GA--GC--CTA--G-TGTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTCC-GACGC-AA-AATAA-AAGTTCTGCTAA--CTG
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gi|78472                      :      TTTGT-TTTTTTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-C--ATTC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG---T--CTGTA
gi|78473                      :      TTTGT-TTT-TTACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTTGTA-TTTTTAA-AT-AT-A-T--ATTC--GACGT-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA
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gi|78475                      :       TTTT-TTT-TTACCTTTTT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------ATGATGGC--GTATTGTTTTGTA-TTTTG---GTAAT-A-A--ATTCCGGACGC-AA-AA-AA-AG--TCTG-TAT--CTGTA
gi|78476                      :      TTTGT-TTT--TACCTTTGT-T-TGTC-G--AAA-T-ACAAGCT--CT-TC-------A-GA--GC--TTA-TG-TTT
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gi|78480                      :                                                                           TA-TG-TTTGTA-TTT-----AT-AT-A-A--ATTC--GACG--AA-AATAA-AGTATCTG-TAT--CTGTA
gi|78481                      :                                                                                                             TC--GACGC-AA-AATAA-AGTTTCTG-TAT--CTGTA