lowQualScore : 77777777 11111111 11111 111 333333
lowQualScore : 2 777 2 222 2 7777 33 2 2 66666 2 2 2 2 2 7 2 2 33 77777777 2 2 00000000 2 33 2 00000 2 2 555 33 55555 2 4 2 33 77 4 2 2 2 2 33 777 2 2 999999 0 2 5555 33 2 6
lowQualScore : . ... . ... . .... .. . . ..... . . . . . . . . .. ........ . . ........ . .. . ..... . . ... .. ..... . . . .. .. . . . . . .. ... . . ...... . . .... .. . .
lowQualScore : 9 999 7 999 5 8888 44 5 5 22222 5 5 5 5 5 5 5 5 44 88888888 4 4 99999999 4 22 4 66666 4 4 999 22 99999 4 7 4 22 99 7 4 4 4 4 22 444 4 4 888888 1 7 7777 77 9 0
consensus : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-AC--G-A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TTAA-TT-GATAAC--A-TA-----TAA-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAAA---AAAATA-G----GT--TTTTTTTTTTT-TTTTT
Reference ( gi|85533 ) : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-AC--A-A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TTAA-TT-GATAAC--A-TAC-TTGTAA-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAAATT-AAAATA-G----GT--TTTTTTTTTTT-TTTCT
gi|85534 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A---CATCGG-AC--A-A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TTCA-TT-GATAAC--A-TAA-GTCT-A-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACA-----AAAATG-G----GTGGTTTTTTTTTTTATTTT
gi|85538 : AAAATCC-AAAATA---TTT-C-A-A-CATCGG-AA--C-A--TTTTT-TC-A------GC-TT-T-T-C-TG-T-AA-T--GATAAC--A--ACATTGTAA-GA-G--------T-T--A-G-----A-AT-A-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---A--T-CACAAATT-AAAATA-G----GG--TTTTTTTTTTT-TTTtttt
gi|85536 : AAAATTC-CAAATA---TTTTC-A-AACATCGG-AC--A-A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-TCT-C-TG-TTAA-TT-GATAAC--A--------TAA-GA-G--------T-T----G-----C-ATTA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--CTT-AG-T-CACCA---------A-G----GT--TGTTGTTTTTT-TTTtattt
gi|85537 : AAAATCC-AACATAA--TTTTC-A-A-CATCGGCAC--A-T--TTTTA-TC-ATTCAAGGC-TTCT-T-C-TGATTAA-TT-GATA-C--A-TA-------A-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTATTTTT---GG--T-----G-T--AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC------AAAATATG----GT--TTTTTTTTTTT-TTTTtattt
gi|85535 : AAAATCC-AAAA-A---TTT-C-A-A--ATCGG-AC--A-A--TTTT---C-AT-----GC-TT-T---C-TG-TTAA-TT-GATAAC--A--------TAA-GA-AT-------T-T--A-G-----A-ATTA-TCTTTTGGG--T-----GTTA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C----G-T-CAC------AAAATA-G----TT--TTTGTTTTTTT-TTatt
gi|85539 : AAAATCCCAAAATA---TTTTC-A---CATCGG-ACGCA-ACTTTTTT-TC-AT-----GT-TT-T-T-C-AG-TTAA-TT-GATAAC--A-TAC-----GA-G--G--------C-A--A-G-----A-ATTA-TTTT---GGGTT-----G-T--AT-TT--GA--TA-TG-A-ACAAT-G--C---AG-T-C--------AAAATA-A----GT--GTTTTTTTTTA-TTTatt
gi|85541 : AAAATCC-AAA-TA---TTTTT-C-A-CATCGG-AC--G-A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TATA-TT-GATAAC--A--------TAA-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TACAT-TT--GAG-TA-TT-A-AC-AT-C--A---AG-TCCAC-AACT-AA-----------T--TTTTTTTATT
gi|85542 : AAAATCC-AAAATA---TTTTT-C-A-CATCGG-AC----A--TTTTT-TCAAT-----GC-TT-T-T-C--G-TTAATTT-GATAAC--A-T------TAATGA-G--------TAT--A-GA----A-ATTA-GTTG---GG--T-----G--A-AT-TT--GA--TA--G-A-AC-AT----C---A--T-CAC------AAAATA-G----GT--TGTTTTTTTTT-CTT
gi|85540 : AAAATCC-AAA-TA---TTTTC-A-A-CATCGG-AC--A-A--TTTTTCTC-AT--------CT-T-T-C-TG--TAA----GATAAC--A--------TAA-TG-G--------T-T--A-G-----A-TTGA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AG-TT--G---TA-GG-AGAC-AT-G--C---AG-T-CAC------AAAATA-G----GT--TGTTTTTTTAT-Tt
gi|85543 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA-A-A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TTAA-TT-GATAAC--A-
gi|85544 : AAAATCA-AAAATA---TTTTCGA-A-CA-CGG-AC--G-A---CTTT-TC-AT-----GCATT-T-T-C-AGTTTAA-TT-GATAAC--A-------ATAA-GA-GAGCAGATTT-T--A-ATCGGTA-AATA-TTTT---GG--TCTGTGG-TA-AT-TC--GAATCA-TG-A-GC-AT-AGCC---AG-T-CAC------AAAACA-------T--CTTTTTTTATT-T
gi|85545 : AAATCC-AACAAA---TGTTC-A-A-CATCGG-AC--A-A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TTAA-TT-GATAACCGA-TACATTGT-A-GA----------T-T--A-GA----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-ATATT--GA--TA-TG---AC-AT-G--TCTAAG-T-CACAAATTAAAAATA-G----GT--TTTTTTTTTTT-TTT
gi|85546 : AAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-AC--G-A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TTAA-TT-GATAAC--A--------TAA-GA-A--------G-T--A-G-----A-AT---TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAAAAT-AG---G-G----GT--TTTTTTTGTTT-GTTT
gi|85547 : AAATC--AAAATAATCTTTTC-AGA-CATCGA-AC--ATG--TGTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-CGTG-TTAA-TTTGATAAC--AATACATTGTAA-G--G--------T-CTAA-G-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AC-TTTGGAG-TA-TG-A-A--AT-G--C---AG-T-CACAAATT-AAAATA-G----GT--TTTTTTTTTTT-Ttt
gi|85548 : -A-A-AATCAA-AC--A-A--TGATT-----------GC-TT-T-TTC-TGGTTAA-TT-GATAAC--A--------TAA-GAGG--------G-T--ATG-----ACATTA-TTTTG--GG--T-----G-TATAT-TT--GA--TA-TGAA-AG-ATCG--C---AGAT-CACAA----AAAATA-GTCTAGT--TATTTTTTATA-TTTattt
gi|85549 : ATCGG-AC--G-A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TTGA-TT-GATAAC--A--------TAA-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAAAT---------A----GT--TTTTTTTATTT-
gi|85550 : TAA-GA-G--------G-T--A-G-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TATTG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAAA
gi|85551 : ttgaaacaTAA-GA-G--------G-T--A-G-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TATTG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAAAAC-AAAa
Alignments
lowQualScore : 111 222222222222222222222 11111111 11111 111 22222222
lowQualScore : 2 777 2 222 2 111 55 5 2 55555 2 2 2 2 2 4 2 2 2 888888888888888888888 2 00000000 2 33 00000 2 2 000 77 55555 2 4 2 33 77 4 2 2 2 2 33 666 2 2 66666666 2 5555 33 2 2 2 3
lowQualScore : . ... . ... . ... .. . . ..... . . . . . . . . . ..................... . ........ . .. ..... . . ... .. ..... . . . .. .. . . . . . .. ... . . ........ . .... .. . . . .
lowQualScore : 7 333 7 999 5 888 99 0 5 99999 4 4 4 4 4 7 4 1 1 333333333333333333333 2 33333333 2 11 00000 2 2 666 55 66666 2 4 2 11 55 4 2 2 2 2 11 999 2 2 44444444 5 3333 44 5 5 9 3
consensus : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TA----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--AAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTT
Reference ( family-780 ) : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TA----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--AAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTT
gi|85533 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TACTTGTA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---ATTAAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TCT
gi|85534 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A---CATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-CA-TT-GATAAC--A------TAAGTCTA------GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GGG-T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC-----A--AAAATG-G----GTGGT-TT-TTTTTTTTATT-TTT
gi|85535 : AAAATCC-AAAA-A---TTT-C-A-A--ATCGG-ACA--A--TTTT---C-AT-----GC-TT-T---C-TG-TT-AA-TT-GATAAC----------A----TA----A-GAAT-------T-T--AG-----A-ATTA-TCTTTTGGG--T-----GTTA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C----G-T-CAC--------AAAATA-G----TT--T-TT-GTTTTTTT-TT-ATTtttt
gi|85536 : AAAATTC-CAAATA---TTTTC-A-AACATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-TCT-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TA----------A-GAG--------T-T---G-----C-ATTA-TTTT---GGG-T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--CTT-AG-T-CACCA---A---------G----GT--TGTTGTTTTTTTT-TTATTT
gi|85537 : AAAATCC-AACATAA--TTTTC-A-A-CATCGGCAC---A--TTTTTATC-ATTCAAGGC-TTCT-T-C-TGATT-AA-TT-GATA-----------CA----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTATTTTT---GG--T-----G-T--AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC--------AAAATATG----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTT
gi|85538 : AAAATCC-AAAATA---TTT-C-A-A-CATCGG-AAC--A--TTTTT-TC-A------GC-TT-T-T-C-TG--T-AA--T-GATAAC--AACAT--TG----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-A-TA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---A--T-CACAA---ATTAAAATA-G----GG--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTatt
gi|85539 : AAAATCCCAAAATA---TTTTC-A---CATCGG-ACGCAACTTTTTT-TC-AT-----GT-TT-T-T-C-AG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TA----CG----A-G-G--------C-A--AG-----A-ATTA-TTTT---GGGTT-----G-T--AT-TT--GA--TA-TG-A-ACAAT-G--C---AG-T-C----------AAAATA-A----GT--G-TT-TTTTTTTA-TT-attt
gi|85540 : AAAATCC-AAA-TA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA--A--TTTTTCTC-AT--------CT-T-T-C-TG--T-AA----GATAAC----------A----TA----A-TGG--------T-T--AG-----A-TTGA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AG-TT--G---TA-GG-AGAC-AT-G--C---AG-T-CAC--------AAAATA-G----GT--T-GT-TTTTTTAT-T
gi|85541 : AAAATCC-AAA-TA---TTTTT-C-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TA-TA-TT-GATAAC----------A----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TACAT-TT--GAG-TA-TT-A-AC-AT-C--A---AG-TCCACAA---C--TAA----------T--T-TT-TTTTATT
gi|85542 : AAAATCC-AAAATA---TTTTT-C-A-CATCGG-AC---A--TTTTT-TCAAT-----GC-TT-T-T-C--G-TT-AATTT-GATAAC--A------T-----TA----ATGAG--------TAT--AGA----A-ATTA-GTTG---GG--T-----G--A-AT-TT--GA--TA--G-A-AC-AT----C---A--T-CAC--------AAAATA-G----GT--T-GT-TTTTTTTT-CT-TT
gi|85543 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA--AA-TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------
gi|85544 : AAAATCA-AAAATA---TTTTCGA-A-CA-CGG-ACG--A--CTTTT--C-AT-----GCATT-T-T-C-AG-TTTAA-TT-GATAAC--A-------A----TA----A-GAGAGCAGATTT-T--AATCGGTA-AATA-TTTT---GG--TCTGTGG-TA-AT-TC--GAATCA-TG-A-GC-AT-AGCC---AG-T-CACAA---A--ACA----------T--C-TT-TTTTTATT-T
gi|85545 : AAATCC-AACAAA---TGTTC-A-A-CATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAACCGA------TA----CATTGTA-GA---------T-T--AGA----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-ATATT--GA--TA-TG---AC-AT-G--TCTAAG-T-CACAAATTA--AAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-
gi|85546 : AAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC----------A----TA----A-GAA--------G-T--AG-----A-AT---TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--ATAG-G-G----GT--T-TT-TTTTGTTT-GT-TTT
gi|85547 : AAATC--AAAATAATCTTTTC-AGA-CATCGA-ACAT-G--TGTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-CGTG-TT-AA-TTTGATAAC--AATACATTG----TA----A-G-G--------T-CTAAG-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AC-TTTGGAG-TA-TG-A-A--AT-G--C---AG-T-CACAA---ATTAAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TA-TTTtt
gi|85548 : T-----GC-TT-T-TTC-TGGTT-AA-TT-GATAAC--A------TA----AG----A-GGG--------T-A--TG-----ACATTA-TTTTG--GG--T-----G-TATAT-TT--GA--TA-TGAA-AG-ATCG--C---AGAT-CAC-A---A--AAAATA-GTCTAGT--T-AT-TTTTTATA-TT-
gi|85549 : aaaatcaaacaatgatATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-GA-TT-GATAAC----------A----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC---------AAATA-G----TT--T-TT-TTTATTT
gi|85550 : -TT-GA-AAC--A------TA----------A-GAG--------G-T--AG-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TATTG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--A
gi|85551 : -TT-GA-AAC--A------TA----------A-GAG--------G-T--AG-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TATTG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--ACAA
Alignments
lowQualScore : 111 222222222222222222222 11111111 11111 111 22222222
lowQualScore : 2 777 2 222 2 111 55 5 2 55555 2 2 2 2 2 4 2 2 2 888888888888888888888 2 00000000 2 33 00000 2 2 000 77 55555 2 4 2 33 77 4 2 2 2 2 33 666 2 2 66666666 2 5555 33 2 2 2 3
lowQualScore : . ... . ... . ... .. . . ..... . . . . . . . . . ..................... . ........ . .. ..... . . ... .. ..... . . . .. .. . . . . . .. ... . . ........ . .... .. . . . .
lowQualScore : 7 333 7 999 5 888 99 0 5 99999 4 4 4 4 4 7 4 1 1 333333333333333333333 2 33333333 2 11 00000 2 2 666 55 66666 2 4 2 11 55 4 2 2 2 2 11 999 2 2 44444444 5 3333 44 5 5 9 3
consensus : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TA----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--AAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTT
Reference ( family-780 ) : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TA----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--AAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTT
gi|85533 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TACTTGTA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---ATTAAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TCT
gi|85534 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A---CATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-CA-TT-GATAAC--A------TAAGTCTA------GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GGG-T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC-----A--AAAATG-G----GTGGT-TT-TTTTTTTTATT-TTT
gi|85535 : AAAATCC-AAAA-A---TTT-C-A-A--ATCGG-ACA--A--TTTT---C-AT-----GC-TT-T---C-TG-TT-AA-TT-GATAAC----------A----TA----A-GAAT-------T-T--AG-----A-ATTA-TCTTTTGGG--T-----GTTA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C----G-T-CAC--------AAAATA-G----TT--T-TT-GTTTTTTT-TT-ATTtttt
gi|85536 : AAAATTC-CAAATA---TTTTC-A-AACATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-TCT-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TA----------A-GAG--------T-T---G-----C-ATTA-TTTT---GGG-T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--CTT-AG-T-CACCA---A---------G----GT--TGTTGTTTTTTTT-TTATTT
gi|85537 : AAAATCC-AACATAA--TTTTC-A-A-CATCGGCAC---A--TTTTTATC-ATTCAAGGC-TTCT-T-C-TGATT-AA-TT-GATA-----------CA----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTATTTTT---GG--T-----G-T--AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC--------AAAATATG----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTT
gi|85538 : AAAATCC-AAAATA---TTT-C-A-A-CATCGG-AAC--A--TTTTT-TC-A------GC-TT-T-T-C-TG--T-AA--T-GATAAC--AACAT--TG----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-A-TA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---A--T-CACAA---ATTAAAATA-G----GG--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTatt
gi|85539 : AAAATCCCAAAATA---TTTTC-A---CATCGG-ACGCAACTTTTTT-TC-AT-----GT-TT-T-T-C-AG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TA----CG----A-G-G--------C-A--AG-----A-ATTA-TTTT---GGGTT-----G-T--AT-TT--GA--TA-TG-A-ACAAT-G--C---AG-T-C----------AAAATA-A----GT--G-TT-TTTTTTTA-TT-attt
gi|85540 : AAAATCC-AAA-TA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA--A--TTTTTCTC-AT--------CT-T-T-C-TG--T-AA----GATAAC----------A----TA----A-TGG--------T-T--AG-----A-TTGA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AG-TT--G---TA-GG-AGAC-AT-G--C---AG-T-CAC--------AAAATA-G----GT--T-GT-TTTTTTAT-T
gi|85541 : AAAATCC-AAA-TA---TTTTT-C-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TA-TA-TT-GATAAC----------A----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TACAT-TT--GAG-TA-TT-A-AC-AT-C--A---AG-TCCACAA---C--TAA----------T--T-TT-TTTTATT
gi|85542 : AAAATCC-AAAATA---TTTTT-C-A-CATCGG-AC---A--TTTTT-TCAAT-----GC-TT-T-T-C--G-TT-AATTT-GATAAC--A------T-----TA----ATGAG--------TAT--AGA----A-ATTA-GTTG---GG--T-----G--A-AT-TT--GA--TA--G-A-AC-AT----C---A--T-CAC--------AAAATA-G----GT--T-GT-TTTTTTTT-CT-TT
gi|85543 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA--AA-TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------
gi|85544 : AAAATCA-AAAATA---TTTTCGA-A-CA-CGG-ACG--A--CTTTT--C-AT-----GCATT-T-T-C-AG-TTTAA-TT-GATAAC--A-------A----TA----A-GAGAGCAGATTT-T--AATCGGTA-AATA-TTTT---GG--TCTGTGG-TA-AT-TC--GAATCA-TG-A-GC-AT-AGCC---AG-T-CACAA---A--ACA----------T--C-TT-TTTTTATT-T
gi|85545 : AAATCC-AACAAA---TGTTC-A-A-CATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAACCGA------TA----CATTGTA-GA---------T-T--AGA----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-ATATT--GA--TA-TG---AC-AT-G--TCTAAG-T-CACAAATTA--AAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-
gi|85546 : AAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC----------A----TA----A-GAA--------G-T--AG-----A-AT---TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--ATAG-G-G----GT--T-TT-TTTTGTTT-GT-TTT
gi|85547 : AAATC--AAAATAATCTTTTC-AGA-CATCGA-ACAT-G--TGTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-CGTG-TT-AA-TTTGATAAC--AATACATTG----TA----A-G-G--------T-CTAAG-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AC-TTTGGAG-TA-TG-A-A--AT-G--C---AG-T-CACAA---ATTAAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TA-TTTtt
gi|85548 : T-----GC-TT-T-TTC-TGGTT-AA-TT-GATAAC--A------TA----AG----A-GGG--------T-A--TG-----ACATTA-TTTTG--GG--T-----G-TATAT-TT--GA--TA-TGAA-AG-ATCG--C---AGAT-CAC-A---A--AAAATA-GTCTAGT--T-AT-TTTTTATA-TT-
gi|85549 : aaaatcaaacaatgatATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-GA-TT-GATAAC----------A----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC---------AAATA-G----TT--T-TT-TTTATTT
gi|85550 : -TT-GA-AAC--A------TA----------A-GAG--------G-T--AG-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TATTG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--A
gi|85551 : -TT-GA-AAC--A------TA----------A-GAG--------G-T--AG-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TATTG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--ACAA
blockSeqs : C ATC G AA C GCA CT A A TCAAG A C C T G A T T T CGATACATTGT T AGCAGATT A TA TCGGT C T TTG GT CTGTG T C A TG AT T A G A C GC CTA A C AAATTA T TCTA GG G G A A
blockSeqs : . A . GA . AT A C . . . . . . . G . . . AATACATTGTA . T . . A . . G G . . T . . G T . . . . . TT . . AAATT . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . A . . . . . . . . . . . . . ATAAGTCTA . . . . A . . G G . . . . . G . . . . . . . . . AAATT . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . A . . . . . . . . . . . . . AACATTGTA . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . CAA . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . A . . . . . . . . . . . . . ATACG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAC . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . C . . . . . . . . . . . . . ATAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . A . . . . . . . . . . . . . CATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . G . . . . . . . . . . . . . ATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . A . . . . . . . . . . . . . AATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . G . . . . . . . . . . . . . ATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . A . . . . . . . . . . . . . ATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . G . . . . . . . . . . . . . ATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . . ATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . ATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . ATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ATA****************** AAA*****
originalCons : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A------TA----TA----A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--AAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTT
finalCons : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAACATA------------------A-GAG--------T-T--AG-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAAA-----AAAATA-G----GT--T-TT-TTTTTTTT-TT-TTT
Alignments
lowQualScore : 111 22222222 111111 11111111 11111 111 22222222
lowQualScore : 2 777 2 222 2 111 55 5 2 55555 2 2 2 2 2 4 2 2 2 22 33333333 111111 2 2 00000000 2 55 2 00000 2 2 555 33 55555 2 4 2 33 77 4 2 2 2 2 33 666 2 2 99999999 2 5555 33 2
lowQualScore : . ... . ... . ... .. . . ..... . . . . . . . . . .. ........ ...... . . ........ . .. . ..... . . ... .. ..... . . . .. .. . . . . . .. ... . . ........ . .... .. .
lowQualScore : 7 333 7 999 5 888 99 0 5 99999 4 4 4 4 4 7 4 1 1 99 99999999 999999 2 2 33333333 2 33 2 00000 2 2 000 11 66666 2 4 2 11 55 4 2 2 2 2 11 999 2 2 22222222 5 3333 44 9
consensus : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A--------TA------A-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--AAAATA-G----GT--TTTTTTTTTTT-TTTTT
Reference ( family-780 ) : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A--------TA------A-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--AAAATA-G----GT--TTTTTTTTTTT-TTTTT
gi|85533 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--ATACTTG--TA------A-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---ATTAAAATA-G----GT--TTTTTTTTTTT-TTTCT
gi|85534 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A---CATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-CA-TT-GATAAC--A--------TAAGTCT-A-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC-----A--AAAATG-G----GTGGTTTTTTTTTTTATTTTT
gi|85535 : AAAATCC-AAAA-A---TTT-C-A-A--ATCGG-ACA--A--TTTT---C-AT-----GC-TT-T---C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A--------TA------A-GA-AT-------T-T--A-G-----A-ATTA-TCTTTTGGG--T-----GTTA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C----G-T-CAC--------AAAATA-G----TT--TTTGTTTTTTT-TTATTtttt
gi|85536 : AAAATTC-CAAATA---TTTTC-A-AACATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-TCT-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A--------TA------A-GA-G--------T-T----G-----C-ATTA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--CTT-AG-T-CACCA-----------A-G----GT--TGTTGTTTTTT-TTTT
gi|85537 : AAAATCC-AACATAA--TTTTC-A-A-CATCGGCAC---A--TTTTTATC-ATTCAAGGC-TTCT-T-C-TGATT-AA-TT-GATA-C--A--------TA------A-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTATTTTT---GG--T-----G-T--AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC--------AAAATATG----GT--TTTTTTTTTTT-TTTTTattt
gi|85538 : AAAATCC-AAAATA---TTT-C-A-A-CATCGG-AAC--A--TTTTT-TC-A------GC-TT-T-T-C-TG-T--AA-T--GATAAC--AACATTG--TA------A-GA-G--------T-T--A-G-----A-AT-A-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---A--T-CACAA---ATTAAAATA-G----GG--TTTTTTTTTTT-TTTTatt
gi|85539 : AAAATCCCAAAATA---TTTTC-A---CATCGG-ACGCAACTTTTTT-TC-AT-----GT-TT-T-T-C-AG-TT-AA-TT-GATAAC--A--------TA------C-GA-G--------G-CA-A-G-----A-ATTA-TTTT---GGGTT-----G-T--AT-TT--GA--TA-TG-A-ACAAT-G--C---AG-T-C----------AAAATA-A----GT--GTTTTTTTTTA-TTTattt
gi|85540 : AAAATCC-AAA-TA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA--A--TTTTTCTC-AT--------CT-T-T-C-TG--T-AA----GATAAC--A--------TA------A-TG-G--------T-T--A-G-----A-TTGA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AG-TT--G---TA-GG-AGAC-AT-G--C---AG-T-CAC--------AAAATA-G----GT--TGTTTTTTTAT-
gi|85541 : AAAATCC-AAA-TA---TTTTT-C-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TA-TA-TT-GATAAC--A--------TA------A-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TACAT-TT--GAG-TA-TT-A-AC-AT-C--A---AG-TCCACAA---C--TAA----------T--TTTTTTTATT
gi|85542 : AAAATCC-AAAATA---TTTTT-C-A-CATCGG-AC---A--TTTTT-TCAAT-----GC-TT-T-T-C--G-TT-AATTT-GATAAC--AT-------TA------ATGA-G--------TAT--A-GA----A-ATTA-GTTG---GG--T-----G--A-AT-TT--GA--TA--G-A-AC-AT----C---A--T-CAC--------AAAATA-G----GT--TGTTTTTTTTT-CTTT
gi|85543 : AAAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACA--AA-TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A--------
gi|85544 : AAAATCA-AAAATA---TTTTCGA-A-CA-CGG-ACG--A--CTTTT--C-AT-----GCATT-T-T-C-AG-TTTAA-TT-GATAAC--AA-------TA------A-GA-GAGCAGATTT-T--A-ATCGGTA-AATA-TTTT---GG--TCTGTGG-TA-AT-TC--GAATCA-TG-A-GC-AT-AGCC---AG-T-CACAA---A--ACA----------T--CTTTTTTTATT-
gi|85545 : AAATCC-AACAAA---TGTTC-A-A-CATCGG-ACA--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAACCGA--------TACATTGTA-GA----------T-T--A-GA----A-ATTA-TTTT---GG--T-----G-TA-ATATT--GA--TA-TG---AC-AT-G--TCTAAG-T-CACAAATTA--AAAATA-G----GT--TTTTTTTTTTT-TTT
gi|85546 : AAATCC-AAAATA---TTTTC-A-A-CATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-AA-TT-GATAAC--A--------TA------A-GA-A--------G-T--A-G-----A-AT---TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--ATAG-G-G----GT--TTTTTTTGTTT-GTTTT
gi|85547 : AAATC--AAAATAATCTTTTC-AGA-CATCGA-ACAT-G--TGTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-CGTG-TT-AA-TTTGATAAC--AATACATTGTA------A-G--G--------T-CTAA-G-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AC-TTTGGAG-TA-TG-A-A--AT-G--C---AG-T-CACAA---ATTAAAATA-G----GT--TTTTTTTTTTT-TATTTtt
gi|85548 : T-----GC-TT-T-TTC-TGGTT-AA-TT-GATAAC--A--------TA------A-GAGG--------G-T--ATG-----ACATTA-TTTTG--GG--T-----G-TATAT-TT--GA--TA-TGAA-AG-ATCG--C---AGAT-CAC-A---A--AAAATA-GTCTAGT--TATTTTTTATA-TTT
gi|85549 : aaaatcaaacaatgatATCGG-ACG--A--TTTTT-TC-AT-----GC-TT-T-T-C-TG-TT-GA-TT-GATAAC--A--------TA------A-GA-G--------T-T--A-G-----A-ATTA-TTTTG--GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TA-TG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CAC---------AAATA-G----TT--TTTTTTATTT
gi|85550 : -TT-GA-AAC--A--------TA------A-GA-G--------G-T--A-G-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TATTG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--A
gi|85551 : -TT-GA-AAC--A--------TA------A-GA-G--------G-T--A-G-----A-ATTA-TTTG---GG--T-----G-TA-AT-TT--GA--TATTG-A-AC-AT-G--C---AG-T-CACAA---A--ACAA