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lowQualScore                  :          1 1   22    33 22     9 9    88 99   77777777777777777777     44444444   9    555555   99  66    999   9 9       4 7  33 0   5  4   4 22  66  777 22 4444 2222 4    4 7  99   55555          77 3         
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Reference ( gi|5081 )         : AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CTC--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTT-T--AA--CTT--T--T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAATACCT--GCGGGATTTCC
gi|5082                       : AAAGAGGGT-T-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CTC--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTT-T--AA--CTC--T--T----A----C-TTGT-G-TG--CCA-----TTAAATACCT--GTGGGATTTCC
gi|5083                       : AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--G--TTC--------------------C-TAA--------TCT-GGAC-A----CTC--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTT-T--AA--CTC--T--T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAATACTT--GTGAGATTTCC
gi|5084                       : AAAGAGGGT-G-T-----ACA--G--AAGCG---TGAT--TCTTTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CTC--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-TCT-AATTTT-T--AA--CTC--T--T----A----C-GTGTGG-TG--CCA----TTTCAATACTT--GTGGGATTTCC
gi|5085                       : AAAGAGGAT-G-T-G--CACA--G--AAGCGAG-TGG---T--TTC--------------------CCTAA--------TCT--GACAA----CTC--GT--GACG---TAG-A-ACTG-CCTTACA--T-CCT-AA-TTT-TTAGA--ATC--T--T----A----C-GTGT-G-TG--CCA-----TTAAATACCT--ATGGGATTCCC
gi|5086                       : AAAGAGGGT-G-TTG--C-CA--GTAAAGCG-GGTGATC-T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-AGAC-A----CTC--GT--GGAG---TAG-A-ACTGACC---CA--T-CCT-AA--TT-T--AA--CTTCGT--TG---A----C-GTGT-GCTG--CCA-----TTAAATA--T--GTGGGATTTCC
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gi|5089                       : AAAGAGGGT-G-TTG--CACAT-G--AAG-G-G-TGTT--T--TTCTG------------------CCTAA--------TCTGGGAC-ATCGCTTC--GTTGGACGTATTAG-A-ACTGACC-T-CATTT-CCT--A-TTT-T--AACTCTT--T--T----A------GTGT-G-TGCTCTATATTTTTAAATA-CT--GTTGGATTTCC
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gi|5092                       :  AAAAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TCT--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CTC--GT--GACG---TAG-A-ACTGAC----CA--T-CCT-AA-TTT-T--AA--CTC--T--T----A----C-ATGT-G-Ttaactcttgtaaacgtgtgtgccatttaaatacctgtgggatttcc
gi|5093                       :  AAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TT
gi|5094                       :    GAGGGTTG-TTG--CACACAG--AAGTG-G-TGATATT--TTC--------------------CCTAA--------TCT-AGGA-A----CTCGAGTAGGACG---TAGAA-ACTGACC-T-CA--TCCCT-AA-TTT-----A--CTC--A--T----A----CTTTGT-G-TG--CCA----TATAA
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lowQualScore                  :                                     . .   ..    .. ..     . .    .. ..   ....................     ........   .    . ....  .. ..  ..    ...   . .       . .  .. .   .  .    ..  .   .. ... .... .... .    . .  ..   ....      ......     .. .          
lowQualScore                  :                                     9 9   99    88 99     7 7    33 77   22222222222222222222     77777777   7    3 7777  77 77  00    333   7 7       3 5  99 7   4  2    11  2   11 999 9999 5555 2    2 4  66   0000      888888     22 4          
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Reference ( family-779 )      :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCC
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gi|5086                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--C-CA--GTAAAGCG-GGTGATC-T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-AGAC-A----CT--C--GT--GGAG---TAG-A-ACTGACC---CA--T-CCT-AA--TTT--AA-CTTCGT---TG---A----C-GTGT-GCTG--CCA-----TTAAA------TA--T--G-TGGGATTTCC
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gi|5091                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAACG-G-TGAT--T--TT
gi|5091                       :                                                                                                                                                                       -TTTT--AA-CTC--T---TGTAAA----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCCtaactcttgtaaacgtgtgtgccatttaaatacctgtgggatttcc
gi|5092                       : aaagagggtgttgcacagaaacggtgatAAAAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TCT--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGAC----CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-ATGT-G-T
gi|5093                       :                             AAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TT
gi|5094                       :                               GAGGGTTG-TTG--CACACAG--AAGTG-G-TGATATT--TTC--------------------CCTAA--------TCT-AGGA-A----CT--CGAGTAGGACG---TAGAA-ACTGACC-T-CA--TCCCT-AA-TTT----A-CTC--A---T----A----CTTTGT-G-TG--CCA----TAT-AA------T-CTT--GTTGGGA
gi|5095                       :                                                         CG-G-TAAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--AAAG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCC-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCC--G-TGGGATTTCC
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gi|5098                       :                                                                                                                                                         T-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-G-T----CA----TATAAA------TACTC--G-TGGGATTT
gi|5099                       :                                                                                                                                                                -CCT-GA-CCTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-GGTG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                          22222222222222222222                                    11                                                            1111                                                   
lowQualScore                  :                                     2 2   33    66 33     2 2    66 33   99999999999999999999     99999999   2    5 5555  33 33  00    777   2 2       7 2  55 4   2  2    33  2   66 333 6666 2222 2    2 4  55   5555      666666     33 2          
lowQualScore                  :                                     . .   ..    .. ..     . .    .. ..   ....................     ........   .    . ....  .. ..  ..    ...   . .       . .  .. .   .  .    ..  .   .. ... .... .... .    . .  ..   ....      ......     .. .          
lowQualScore                  :                                     9 9   99    88 99     7 7    33 77   22222222222222222222     77777777   7    3 7777  77 77  00    333   7 7       3 5  99 7   4  2    11  2   11 999 9999 5555 2    2 4  66   0000      888888     22 4          
consensus                     :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCC
Reference ( family-779 )      :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCC
gi|5081                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTT--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-CGGGATTTCC
gi|5082                       :                            AAAGAGGGT-T-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-TTGT-G-TG--CCA-----TTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCC
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gi|5086                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--C-CA--GTAAAGCG-GGTGATC-T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-AGAC-A----CT--C--GT--GGAG---TAG-A-ACTGACC---CA--T-CCT-AA--TTT--AA-CTTCGT---TG---A----C-GTGT-GCTG--CCA-----TTAAA------TA--T--G-TGGGATTTCC
gi|5087                       :                            AAAGAGCGT-GATTGAACACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAT--------ACT-GGACAA----CT--C--GTA-GACGA--TAG-A-AATGACC-T-CA--TACCT-AA-TTTT--AA-CTC--A---T----ATCCGC-ATGT-G-TG--TCA----TTTAAA------TACTTGGG-GGGGATTTCC
gi|5088                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CTCA--G--AAGCG-G-TAAT--T--TTCCCCAATCTGGATTTCGAATACCTAGATATTAATTTT-AAAC-A----CTGTC---T--GACG---TAG-GTAGTGACCTT-CAG-T-CCGGAA-TTTT--AAACTT--T---T----A------GCGT-G-TG--C-A----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTTC
gi|5089                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACAT-G--AAG-G-G-TGTT--T--TTCTG------------------CCTAA--------TCTGGGAC-ATCGCTT--C--GTTGGACGTATTAG-A-ACTGACC-T-CATTT-CCT--A-TTTT--AA-CTCTTT---T----A------GTGT-G-TGCTCTATATTTTTAAA------TA-CT--G-TTGGATTTCC
gi|5090                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--TAAA--G--AA---------T--T--CTT--------------------CCTAA--------CCA-GGGC-T----CT------------G---T-G-A-ACTGATCTT-CG--T-CCA-GA-TTTG--AA-CTC--T---T----ATTA-C-GTGT-T-TG--CCA----TTTAAA------TACCC--G-AAGGATTCCC
gi|5091                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAACG-G-TGAT--T--TT
gi|5091                       :                                                                                                                                                                       -TTTT--AA-CTC--T---TGTAAA----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCCtaactcttgtaaacgtgtgtgccatttaaatacctgtgggatttcc
gi|5092                       : aaagagggtgttgcacagaaacggtgatAAAAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TCT--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGAC----CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-ATGT-G-T
gi|5093                       :                             AAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TT
gi|5094                       :                               GAGGGTTG-TTG--CACACAG--AAGTG-G-TGATATT--TTC--------------------CCTAA--------TCT-AGGA-A----CT--CGAGTAGGACG---TAGAA-ACTGACC-T-CA--TCCCT-AA-TTT----A-CTC--A---T----A----CTTTGT-G-TG--CCA----TAT-AA------T-CTT--GTTGGGA
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gi|5096                       :                                                                                                 AA--------TTT-GAAC-A----CT--G--GT--CACG---CTG-A-ACCAACCGT-AG--T-CCC-TA-TTTA--AA-CTC--T---T----ATTT-C-ATAT-T-TG--CCA----TTTAAA------TACCG--G-TAGGATTTCC
gi|5097                       :                                                                                                  A--------TTT-AAAC-T----TT--C--GT--GACT---CAG-A-ACCGACCTT-CG--T-CCT-GA-TTTA--TA-CCC--TTAGT----A----C-GTAT-T-TGA-CAA----TATAGATACATGTACCT--G-TATGATTCCC
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blockSeqs                     :                                     . .   .     .  .      . .    .  .    .                        .          .    . .     .  .   A     .     . .       T .  .  .   .  .    .   .   .  .   .    TTT  .    . .  .    .         .          .  .
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blockSeqs                     :                                     . .   .     .  .      . .    .  .    .                        .          .    . .     .  .   .     .     . .       T .  .  .   .  .    .   .   .  .   .    .    .    . .  .    .         .          .  .
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blockSeqs                     :                                                           . .    .  .                             .          .    . .     .  .   .     .     . .       . .  .  .   .  .    .   .   .  .   .    .    .    . .  .    .         .          .  .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                .   .  .    .   .   .  .   .    .    .    . .  .    .         .          .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       .    .   .   .  .   .    .    .    . .                                


blockSeqCons                  :                            
originalCons                  :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCC
finalCons                     :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCC





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lowQualScore                  :                                     2 2   33    66 33     2 2    66 33   99999999999999999999     99999999   2    5 5555  33 33  00    777   2 2       7 2  55 4   2  2    33  2   66 333 6666 2222 2    2 4  55   5555      666666     33 2          
lowQualScore                  :                                     . .   ..    .. ..     . .    .. ..   ....................     ........   .    . ....  .. ..  ..    ...   . .       . .  .. .   .  .    ..  .   .. ... .... .... .    . .  ..   ....      ......     .. .          
lowQualScore                  :                                     9 9   99    88 99     7 7    33 77   22222222222222222222     77777777   7    3 7777  77 77  00    333   7 7       3 5  99 7   4  2    11  2   11 999 9999 5555 2    2 4  66   0000      888888     22 4          
consensus                     :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCC
Reference ( family-779 )      :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCC
gi|5081                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTT--T---T----A----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-CGGGATTTCC
gi|5082                       :                            AAAGAGGGT-T-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGACCTT-CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-TTGT-G-TG--CCA-----TTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCC
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gi|5086                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--C-CA--GTAAAGCG-GGTGATC-T--TTC--------------------CCTAA--------TCT-AGAC-A----CT--C--GT--GGAG---TAG-A-ACTGACC---CA--T-CCT-AA--TTT--AA-CTTCGT---TG---A----C-GTGT-GCTG--CCA-----TTAAA------TA--T--G-TGGGATTTCC
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gi|5088                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CTCA--G--AAGCG-G-TAAT--T--TTCCCCAATCTGGATTTCGAATACCTAGATATTAATTTT-AAAC-A----CTGTC---T--GACG---TAG-GTAGTGACCTT-CAG-T-CCGGAA-TTTT--AAACTT--T---T----A------GCGT-G-TG--C-A----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTTC
gi|5089                       :                            AAAGAGGGT-G-TTG--CACAT-G--AAG-G-G-TGTT--T--TTCTG------------------CCTAA--------TCTGGGAC-ATCGCTT--C--GTTGGACGTATTAG-A-ACTGACC-T-CATTT-CCT--A-TTTT--AA-CTCTTT---T----A------GTGT-G-TGCTCTATATTTTTAAA------TA-CT--G-TTGGATTTCC
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gi|5091                       :                                                                                                                                                                       -TTTT--AA-CTC--T---TGTAAA----C-GTGT-G-TG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTTCCtaactcttgtaaacgtgtgtgccatttaaatacctgtgggatttcc
gi|5092                       : aaagagggtgttgcacagaaacggtgatAAAAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TCT--------------------CCTAA--------TCT-GGAC-A----CT--C--GT--GACG---TAG-A-ACTGAC----CA--T-CCT-AA-TTTT--AA-CTC--T---T----A----C-ATGT-G-T
gi|5093                       :                             AAGAGGGT-G-TTG--CACA--G--AAGCG-G-TGAT--T--TT
gi|5094                       :                               GAGGGTTG-TTG--CACACAG--AAGTG-G-TGATATT--TTC--------------------CCTAA--------TCT-AGGA-A----CT--CGAGTAGGACG---TAGAA-ACTGACC-T-CA--TCCCT-AA-TTT----A-CTC--A---T----A----CTTTGT-G-TG--CCA----TAT-AA------T-CTT--GTTGGGA
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gi|5099                       :                                                                                                                                                                -CCT-GA-CCTT--AA-CTC--T---T----A----C-GTGT-GGTG--CCA----TTTAAA------TACCT--G-TGGGATTT