lowQualScore : 11111 1111111111111111111 111111111111 1111111111 1111
lowQualScore : 444 2 44444 2 2 2 88888888 7777 2 2 2 333 33 5555555555555555555 555 33 2 2 4 2 111111111111 2 2 2 33 3 333 3333333333 3 3 3 555 3 3 3 1 4 6666
lowQualScore : ... . ..... . . . ........ .... . . . ... .. ................... ... .. . . . . ............ . . . .. . ... .......... . . . ... . . . . . ....
lowQualScore : 111 4 66666 2 2 2 11111111 8888 2 2 2 999 11 7777777777777777777 444 11 2 2 4 2 111111111111 7 7 7 77 1 222 5555555555 1 1 1 888 3 3 3 3 0 1111
consensus : CAGAGTTGGCGA---AAG-AG--CT-AAAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATGC-AA--TTTTAAT
Reference ( gi|55744 ) : CAGAGTTGGCGA---AAG-AG--TT-AAAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATGC-AA--TATTAAT
gi|55746 : CAGAGTTGGCGA---AAG-AG--CT-AAAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAAT
gi|55745 : CAGAGTTGGCGA---AAG-AG--CT-AAAATAT-CTG-T-CCG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGAAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATGC-AA--TTTTAATatttta
gi|55747 : CAGAGTTGACAA---AAG-AG--CT-AAAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---CAA--TTGT--------TAT-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATGC-AA--TTTTAAT
gi|55748 : CAGAGTTGGCGA---AA--AG--GC-AAAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAAAGT-AACAAAAA--CTAC-A-GGGAC-A----C-------ACT-T-AA-AATTTTTA-CCGGAC-T-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATGC-AA--TTTTAAT
gi|55750 : CAGAGTTGGCGA---AAG-AG--CT-AAAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAT-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCAGAC-C-AA----------AT-A-C-AAAA---C-CA-TAAAAATATAATTAAATG
gi|55751 : CAGAGTTG-CGA---AAG-AG--TTTAAAAAATGCTG-T-CGG--------ACAC---AGTAGT-CC-TAC---AA---TTGC--------TAA-AA--GT-AACAAAAC--GTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-TAAA-AATTT--G-CCGGAC-A-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CATTCAAAATAT-GTAAAATGCAAA--TTTTAAT
gi|55749 : CAGAGTTGGCGA---AAG-AG--CC-AAAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TACCATGAA--TTGT--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-C-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-A
gi|55752 : CAGAGTTGGCGA---AAG-AGCCTA-AAAAAAT-CTGGT-CGG---------CTCTA-AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AA--GT-AACAAAAA---TAC-AAGG-AC-AGTGAC-------ACT-T-AA-AATTG--T-CCAGAC-C-AA----------AT-A-G-ATAA---A-CA-TCAAAATAT-GTAAAATGC-AA--TTTTA
gi|55753 : CAGAGATGGCAA---AAG-CA--CG-CAAAAAT-CTG-G-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT-A--AAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55754 : CAGAGATGGCAA---AAG-CA--CG-CAAAAAT-CTG-A-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT-A--AAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55755 : CAGAGATGGCAA---AAG-CA--CG-CAAAAAT-CTG-G-CAG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT---CAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----T-------GGT----A-AATTT--
gi|55756 : CAGAGTTCCCGA---AACTAG--TT-AAAAA-T-TTG-T-CGG--------ACA----ATT-GT-CC-TGT---AAA--T-------------------GT--GTAAAAT--TTAC-C-GG-AC-A------------ATTGT-AA-AATTT--A-CCGGAC----ATTGTTGTTTTAT-ATG-AAAA---TACA-TAAAAATAA-ATAAAACGT-AA--CA
gi|55757 : CAGAGATGGCAA---AAA-CA--CG-CAGAAAT-CTG-G-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT---CAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----atttt
gi|55758 : AGAGTTGGCGA---AAG-AGG-CT-AAAAATT-CTG-T-CG---------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAACATTGC--------TTA-AAA-GT-AACAAAAA--CATC-A-GG-AC-AT---C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CTGGAC-C-AA----------AT-A-G--AAA---C-CA-TCAAAATAT-GT-AAATGC-AAC-TTTTAA
gi|55759 : AGAGTTGGCGA---AAG-AG--CT-AAAAAAT-CTG-T-TCG--------ACATCTAAGT-GTTCC-TAC---AAA--TTGC--------GAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GA-CC-A----CGTGCACAACT-T-AATAAATT--GTCCAGAC-C-AA----------AT-A-GAAAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATGC-AA--T
gi|55760 : TTGGCGAGCGAAG-AG--CT-AAAAAAT-CTG-TACGGGTAGCGAAACA----AGT-GA-TC-TAC---AAA--TTGCATGACACATAACCAG-GTAAACAAAAAACCTACAA-GG-ACAA----C-------ACT-T-AA-AATTG--A-CCGGACGCAAA----------ATAA-G-AAAAATCT-CA--CAAAATAT-GT-AAATGC-AACTTTTTAATttgaa
gi|55761 : TGGCGA---AAG-AG--C--AAAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CCATAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GGGAC-A----C-------ACT-T-AA-GATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-C-AAAA---C-CA-TCAAATTAT-GTAAAATGC-AA--TTTTAAT
gi|55762 : T-CTG-T-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--TGGT--------TA-------T------AAA--CTAC-A-GG-AC-A----T-------GCT-C-AA-AATCT--
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 1111111111
lowQualScore : 333 2 8888888 2 2 2 77777777 6666 2 2 2 333 22 000000000000000 2 444 22 2 2 4 2 999999999999 2 2 2 33 2 444 1111111111 2 2 2 555 2 2 2 3 555 3 77
lowQualScore : ... . ....... . . . ........ .... . . . ... .. ............... . ... .. . . . . ............ . . . .. . ... .......... . . . ... . . . . ... . ..
lowQualScore : 999 2 9999999 1 1 1 66666666 9999 1 1 1 777 99 555555555555555 1 222 99 1 1 2 1 888888888888 5 5 5 44 7 777 7777777777 7 7 7 000 9 9 9 4 000 1 33
consensus : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
Reference ( family-774 ) : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55744 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-TT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TATTAAT
gi|55745 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAATAT-CTG-T-CCG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGAAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55746 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAAT-------A--TTTTA
gi|55747 : CAGAGTTGACAA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---CAA--TTGT--------TAT-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55748 : CAGAGTTGGCGA---AAAGG-C---A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAAAGT-AACAAAAA--CTAC-A-GGGAC-A----C-------ACT-T-AA-AATTTTTA-CCGGAC-T-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55749 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CC--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TACCATGAA--TTGT--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-C-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-A
gi|55750 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAT-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCAGAC-C-AA----------AT-A-C-AAAA---C-CA-TAAAAATATAATTAAATG---
gi|55751 : CAGAGTTG-CGA---AAGAG-TTT-A---AAAAATGCTG-T-CGG--------ACAC---AGTAGT-CC-TAC---AA---TTGC--------TAA-AA--GT-AACAAAAC--GTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-TAAA-AATTT--G-CCGGAC-A-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CATTCAAAATAT-GTAAAATG---CAAA--TTTTAAT
gi|55752 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CCTAA---AAAAAT-CTGGT-CGG---------CTCTA-AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AA--GT-AACAAAAA---TAC-AAGG-AC-AGTGAC-------ACT-T-AA-AATTG--T-CCAGAC-C-AA----------AT-A-G-ATAA---A-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTA
gi|55753 : CAGAGATGGCAA---AAGCA-CG--C---AAAAAT-CTG-G-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT-A--AAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55754 : CAGAGATGGCAA---AAGCA-CG--C---AAAAAT-CTG-A-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT-A--AAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55755 : CAGAGATGGCAA---AAGCA-CG--C---AAAAAT-CTG-G-CAG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT---CAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----T-------GGT----A-AATTT--
gi|55756 : CAGAGTTCCCGA---AA----CT--AGTTAAAAAT-TTG-T-CGG--------ACA----ATT-GT-CC-TGT---AAA--T-------------------GT--GTAAAAT--TTAC-C-GG-AC-A------------ATTGT-AA-AATTT--A-CCGGAC----ATTGTTGTTTTAT-ATG-AAAA---TACA-TAAAAATAA-ATAAAACGTAAC-AA--TTTT
gi|55757 : CAGAGATGGCAA---AAACA-CG--C---AGAAAT-CTG-G-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT---CAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55758 : AGAGTTGGCGA---AAGAGGCT--A---AAAATT-CTG-T-CG---------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAACATTGC--------TTA-AAA-GT-AACAAAAA--CATC-A-GG-AC-AT---C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CTGGAC-C-AA----------AT-A-G--AAA---C-CA-TCAAAATAT-GT-AAATG---C-AAC-TTTTAA
gi|55759 : AGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-TCG--------ACATCTAAGT-GTTCC-TAC---AAA--TTGC--------GAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GA-CC-A----CGTGCACAACT-T-AATAAATT--GTCCAGAC-C-AA----------AT-A-GAAAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTGAA
gi|55760 : TTGGCGAGCGAAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-TACGGGTAGCGAAACA----AGT-GA-TC-TAC---AAA--TTGCATGACACATAACCAG-GTAAACAAAAAACCTACAA-GG-ACAA----C-------ACT-T-AA-AATTG--A-CCGGACGCAAA----------ATAA-G-AAAAATCT-CA--CAAAATAT-GT-AAATG---C-AACTTTTTAAT
gi|55761 : TGGCGA---AAGAG-C---A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CCATAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GGGAC-A----C-------ACT-T-AA-GATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-C-AAAA---C-CA-TCAAATTAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55762 : T-CTG-T-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--TGGT--------TA-------T------AAA--CTAC-A-GG-AC-A----T-------GCT-C-AA-AATCT--T-AAGGAC---------------AT-A-A----------TA-TCTAATTAT-AT-AAGTA---C-GG--TTTTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 1111111111
lowQualScore : 333 2 8888888 2 2 2 77777777 6666 2 2 2 333 22 000000000000000 2 444 22 2 2 4 2 999999999999 2 2 2 33 2 444 1111111111 2 2 2 555 2 2 2 3 555 3 77
lowQualScore : ... . ....... . . . ........ .... . . . ... .. ............... . ... .. . . . . ............ . . . .. . ... .......... . . . ... . . . . ... . ..
lowQualScore : 999 2 9999999 1 1 1 66666666 9999 1 1 1 777 99 555555555555555 1 222 99 1 1 2 1 888888888888 5 5 5 44 7 777 7777777777 7 7 7 000 9 9 9 4 000 1 33
consensus : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
Reference ( family-774 ) : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55744 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-TT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TATTAAT
gi|55745 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAATAT-CTG-T-CCG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGAAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55746 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAAT-------A--TTTTA
gi|55747 : CAGAGTTGACAA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---CAA--TTGT--------TAT-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55748 : CAGAGTTGGCGA---AAAGG-C---A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAAAGT-AACAAAAA--CTAC-A-GGGAC-A----C-------ACT-T-AA-AATTTTTA-CCGGAC-T-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55749 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CC--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TACCATGAA--TTGT--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-C-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-A
gi|55750 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAT-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCAGAC-C-AA----------AT-A-C-AAAA---C-CA-TAAAAATATAATTAAATG---
gi|55751 : CAGAGTTG-CGA---AAGAG-TTT-A---AAAAATGCTG-T-CGG--------ACAC---AGTAGT-CC-TAC---AA---TTGC--------TAA-AA--GT-AACAAAAC--GTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-TAAA-AATTT--G-CCGGAC-A-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CATTCAAAATAT-GTAAAATG---CAAA--TTTTAAT
gi|55752 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CCTAA---AAAAAT-CTGGT-CGG---------CTCTA-AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AA--GT-AACAAAAA---TAC-AAGG-AC-AGTGAC-------ACT-T-AA-AATTG--T-CCAGAC-C-AA----------AT-A-G-ATAA---A-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTA
gi|55753 : CAGAGATGGCAA---AAGCA-CG--C---AAAAAT-CTG-G-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT-A--AAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55754 : CAGAGATGGCAA---AAGCA-CG--C---AAAAAT-CTG-A-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT-A--AAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55755 : CAGAGATGGCAA---AAGCA-CG--C---AAAAAT-CTG-G-CAG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT---CAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----T-------GGT----A-AATTT--
gi|55756 : CAGAGTTCCCGA---AA----CT--AGTTAAAAAT-TTG-T-CGG--------ACA----ATT-GT-CC-TGT---AAA--T-------------------GT--GTAAAAT--TTAC-C-GG-AC-A------------ATTGT-AA-AATTT--A-CCGGAC----ATTGTTGTTTTAT-ATG-AAAA---TACA-TAAAAATAA-ATAAAACGTAAC-AA--TTTT
gi|55757 : CAGAGATGGCAA---AAACA-CG--C---AGAAAT-CTG-G-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT---CAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55758 : AGAGTTGGCGA---AAGAGGCT--A---AAAATT-CTG-T-CG---------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAACATTGC--------TTA-AAA-GT-AACAAAAA--CATC-A-GG-AC-AT---C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CTGGAC-C-AA----------AT-A-G--AAA---C-CA-TCAAAATAT-GT-AAATG---C-AAC-TTTTAA
gi|55759 : AGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-TCG--------ACATCTAAGT-GTTCC-TAC---AAA--TTGC--------GAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GA-CC-A----CGTGCACAACT-T-AATAAATT--GTCCAGAC-C-AA----------AT-A-GAAAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTGAA
gi|55760 : TTGGCGAGCGAAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-TACGGGTAGCGAAACA----AGT-GA-TC-TAC---AAA--TTGCATGACACATAACCAG-GTAAACAAAAAACCTACAA-GG-ACAA----C-------ACT-T-AA-AATTG--A-CCGGACGCAAA----------ATAA-G-AAAAATCT-CA--CAAAATAT-GT-AAATG---C-AACTTTTTAAT
gi|55761 : TGGCGA---AAGAG-C---A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CCATAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GGGAC-A----C-------ACT-T-AA-GATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-C-AAAA---C-CA-TCAAATTAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55762 : T-CTG-T-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--TGGT--------TA-------T------AAA--CTAC-A-GG-AC-A----T-------GCT-C-AA-AATCT--T-AAGGAC---------------AT-A-A----------TA-TCTAATTAT-AT-AAGTA---C-GG--TTTTA
blockSeqs : GCG G TAGTT G G A GTAGCGAA TCTA A T A CAT CA TGCATGACACATAAC A AAA AC A A G A CGTGCACA G A T TT T GCA TTGTTGTTTT A T A ATC A T A A TAA A CT
blockSeqs : . . CTAA . . . . CTA . . . . . TGCTAA . AA . . . G . GTGAC . . . . . C . . . . . . . . A . . C
blockSeqs : . . TTA . . . . C . . . . . TGCTAA . AA . . . . . TC . . . . . C . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . TA . . . . C . . . . . TGTTAT . AA . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . TA . . . . C . . . . . TGCTAA . AA . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . TA . . . . C . . . . . TGTTAA . AA . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . CA . . . . C . . . . . TGCTAT . AA . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . TA . . . . C . . . . . TGCTAA . AA . . . . . C . . . . . A . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . GC . . . . C . . . . . TGCTAA . AA . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . GC . . . . T . . . . . TGCTTA . AA . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . GC . . . . T . . . . . TGCGAA . AA . . . . . T . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GC . . . . T . . . . . TGCTAA . AA . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TA . . . . T . . . . . GGTTA . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TA . . . . C . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TA . . . . C . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
finalCons : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 1111111111
lowQualScore : 333 2 8888888 2 2 2 77777777 6666 2 2 2 333 22 000000000000000 2 444 22 2 2 4 2 999999999999 2 2 2 33 2 444 1111111111 2 2 2 555 2 2 2 3 555 3 77
lowQualScore : ... . ....... . . . ........ .... . . . ... .. ............... . ... .. . . . . ............ . . . .. . ... .......... . . . ... . . . . ... . ..
lowQualScore : 999 2 9999999 1 1 1 66666666 9999 1 1 1 777 99 555555555555555 1 222 99 1 1 2 1 888888888888 5 5 5 44 7 777 7777777777 7 7 7 000 9 9 9 4 000 1 33
consensus : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
Reference ( family-774 ) : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55744 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-TT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TATTAAT
gi|55745 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAATAT-CTG-T-CCG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGAAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55746 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAAT-------A--TTTTA
gi|55747 : CAGAGTTGACAA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---CAA--TTGT--------TAT-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55748 : CAGAGTTGGCGA---AAAGG-C---A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AAAAGT-AACAAAAA--CTAC-A-GGGAC-A----C-------ACT-T-AA-AATTTTTA-CCGGAC-T-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55749 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CC--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TACCATGAA--TTGT--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-C-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-G-A
gi|55750 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAT-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CCAGAC-C-AA----------AT-A-C-AAAA---C-CA-TAAAAATATAATTAAATG---
gi|55751 : CAGAGTTG-CGA---AAGAG-TTT-A---AAAAATGCTG-T-CGG--------ACAC---AGTAGT-CC-TAC---AA---TTGC--------TAA-AA--GT-AACAAAAC--GTAC-A-GG-AC-A----C-------ACT-TAAA-AATTT--G-CCGGAC-A-AA----------AT-A-G-AAAA---C-CATTCAAAATAT-GTAAAATG---CAAA--TTTTAAT
gi|55752 : CAGAGTTGGCGA---AAGAG-CCTAA---AAAAAT-CTGGT-CGG---------CTCTA-AGT-GT-CC-TAC---AAA--TTGC--------TAA-AA--GT-AACAAAAA---TAC-AAGG-AC-AGTGAC-------ACT-T-AA-AATTG--T-CCAGAC-C-AA----------AT-A-G-ATAA---A-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTA
gi|55753 : CAGAGATGGCAA---AAGCA-CG--C---AAAAAT-CTG-G-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT-A--AAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55754 : CAGAGATGGCAA---AAGCA-CG--C---AAAAAT-CTG-A-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT-A--AAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55755 : CAGAGATGGCAA---AAGCA-CG--C---AAAAAT-CTG-G-CAG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT---CAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----T-------GGT----A-AATTT--
gi|55756 : CAGAGTTCCCGA---AA----CT--AGTTAAAAAT-TTG-T-CGG--------ACA----ATT-GT-CC-TGT---AAA--T-------------------GT--GTAAAAT--TTAC-C-GG-AC-A------------ATTGT-AA-AATTT--A-CCGGAC----ATTGTTGTTTTAT-ATG-AAAA---TACA-TAAAAATAA-ATAAAACGTAAC-AA--TTTT
gi|55757 : CAGAGATGGCAA---AAACA-CG--C---AGAAAT-CTG-G-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--T-----------------A-GT---CAAAAA--CTAC-A-GG-AC-A----
gi|55758 : AGAGTTGGCGA---AAGAGGCT--A---AAAATT-CTG-T-CG---------ACAC---AGT-GT-CC-TAC---AAACATTGC--------TTA-AAA-GT-AACAAAAA--CATC-A-GG-AC-AT---C-------ACT-T-AA-AATTT--G-CTGGAC-C-AA----------AT-A-G--AAA---C-CA-TCAAAATAT-GT-AAATG---C-AAC-TTTTAA
gi|55759 : AGAGTTGGCGA---AAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-T-TCG--------ACATCTAAGT-GTTCC-TAC---AAA--TTGC--------GAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GA-CC-A----CGTGCACAACT-T-AATAAATT--GTCCAGAC-C-AA----------AT-A-GAAAAA---C-CA-TCAAAATAT-GTAAAATG---C-AA--TTTGAA
gi|55760 : TTGGCGAGCGAAGAG-CT--A---AAAAAT-CTG-TACGGGTAGCGAAACA----AGT-GA-TC-TAC---AAA--TTGCATGACACATAACCAG-GTAAACAAAAAACCTACAA-GG-ACAA----C-------ACT-T-AA-AATTG--A-CCGGACGCAAA----------ATAA-G-AAAAATCT-CA--CAAAATAT-GT-AAATG---C-AACTTTTTAAT
gi|55761 : TGGCGA---AAGAG-C---A---AAAAAT-CTG-T-CGG--------ACAC---AGT-GT-CCATAC---AAA--TTGC--------TAA-AAA-GT-AACAAAAA--CTAC-A-GGGAC-A----C-------ACT-T-AA-GATTT--G-CCGGAC-C-AA----------AT-A-C-AAAA---C-CA-TCAAATTAT-GTAAAATG---C-AA--TTTTAAT
gi|55762 : T-CTG-T-CGG--------ACAT---TGT-GT-CC-TGC---AGA--TGGT--------TA-------T------AAA--CTAC-A-GG-AC-A----T-------GCT-C-AA-AATCT--T-AAGGAC---------------AT-A-A----------TA-TCTAATTAT-AT-AAGTA---C-GG--TTTTA