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lowQualScore                  :   4      2  4        33 77777   4  2  2       999999999999999 55555   55   44444444444444444444444444444444444444444444444444444444   666666 2 666666 77777  8888888   99999999999999999999 2    2 4 2  2  2 111111111111111    2 11111 4 2 2  2  44   88  2 333 2  666666  2 0 33 333     0    
lowQualScore                  :   .      .  .        .. .....   .  .  .       ............... .....   ..   ........................................................   ...... . ...... .....  .......   .................... .    . . .  .  . ...............    . ..... . . .  .  ..   ..  . ... .  ......  . . .. ...     .    
lowQualScore                  :   9      4  4        11 66666   4  2  2       111111111111111 66666   33   99999999999999999999999999999999999999999999999999999999   111111 1 111111 44444  9999999   22222222222222222222 1    1 2 1  1  1 111111111111111    2 22222 4 2 2  2  22   33  2 999 2  444444  2 7 11 999     5    
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Reference ( gi|106608 )       : TTAACATTA-TT-GTAAACCA--A----ATTA-TT-AC-AAAGCTT------------A--C-----CCC--TCC-------C------------TA----C----------A----A-------------AAA------C-A------A-----AC-------AAA--------------------A-ACTC-T-T-AT-TA-T----A----------AACC-T----GA-T-T-CA-TG--TTT--GC-A---A-TA------GA-TGC--G-T-TAAAACGAAT
gi|106606                     : TTAACATTA-TT-GTAAACCA--A----ATTA-TT-AC-AA-GCTT------------A--C-----CCC--TCC-------C------------TA----C----------A----A-------------AAA------C-A------A-----AC--------AA--------------------A-ACTC-T-T-AT-TA-T----A----------AACC-T----AA-T-T-CA-TG--TTTC-GC-A---A-TA------GA-TAC--G-A-TAAAACGAAT
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gi|106619                     : TTTACATGA-AT-GTAAACCA--A----ATTT-TT-AC-AAAGTTTTCCC--------C--C-----CCC--CCC-------C------------TC----C----------A----A-------------AAA------C-AAAAAACA-----AC-------AAAC-------------------A-ACTC-T-A-AT-TA-C----A----------AACC-T----AA-T-T-CA-TA--TTTC-AC-A---A-TA------GA-AAC--G----AAAA
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gi|106611                     : TTTACATTA-TTTGTAAACCA--A----ATT--TT-AC-AAAGCTT------------A--C-----CCCA-TCT--------------------------C----------A----A-------------AAA------C-A------A-----CG-------GAA--------------------A-ATTC-TCT-AA-TG-T----A----------AACA-A----AA-TAT-CA-TT--TTT--GC-AATTA-TA------GA--GC--A---TAGAACGAATggaccca
gi|106621                     :  TAAC-TTA-TT-GTAAACAA--A----TTTA-TT-ACAAAAGCGT------------A--C-----CCA--TCC-------C------------TA----CA---------A----A-------------AAA------C-A------AACAACAC-------AAA--------------------G-ACTC-T-TAATATA-T----A----------GACCTT----AA-T-TACA-TGACTTTCAGC-G---A-TG------AG-TAC--GAT-TAAAAC
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gi|106625                     :                                                                                                                                     AA------C-A------A-----AC-------AAA--------------------A-ACTC-T-T-AT-TA-T----A----------AACC-TATTAAA-T-T-CA-TG--TTTC-AC-A---A-TA------GA-TAC--





Alignments
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lowQualScore                  :   1      2  4        22 66666   2  4  2       777777777777777    88888888  2222222222222222222222222222222222222222222222222222   222222   11111111111111111111   2 2 66666666666666666666    4 4  2   444444444444444    2 4444   2 4 33  22    2  4 333 2  666666  2   4  4     33    
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lowQualScore                  :   0      2  2        99 77777   1  2  1       666666666666666    77777777  2222222222222222222222222222222222222222222222222222   888888   66666666666666666666   0 0 22222222222222222222    0 0  0   333333333333333    0 2222   1 2 99  99    1  2 777 1  111111  1   2  7     22    
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Reference ( family-772 )      : TTNACATTA-TT-GTAAACCA--A----ATTA-TT-AC-AAAGCTT------------A--CCCC--T-----CC-------C------------TAC----------A----A-------------AAA------CAA-----A------C-------AAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-TAT----A----------AACC-T----AAT-T-CG-TG--TTTC-GC-A---A-TA------GA-TAC-GA-TAAAA-CGAAT
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gi|106622                     :     CATTA-TT-GTAAATCA--A----ATTA-TTTAC-AATGCTT------------A--CCCC--CACCCCCC-------C------------CGCCCCC------A----AT------------AAA------CAAT----A------C-------AAA-A-AAGAAAAATAATACCACCCAACTCT-T-AT-TAT----ACATGCATGTGAACC-T----AAT-T-CA-TA--TTTC-AC-A---A-TA------GATTAC-GA-TAAAG--GAAT
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gi|106624                     :             -GTAAACCA--A----ATTA-TT-AC-AAACCTT------------A--CCCC--A-----CC-------C------------T-C----------A----A-------------AAAAACAAACAA-----A------C-------AAA-C-A--------------------CTCT-T-AT-CAT----A----------AACC-T----AAT-T-CA-TG--TTTC-GC-A---A-TA------GA-TAC-GA-TAAAA-TGAAT
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Alignments
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lowQualScore                  :   1      2  4        22 66666   2  4  2       777777777777777    88888888  2222222222222222222222222222222222222222222222222222   222222   11111111111111111111   2 2 66666666666666666666    4 4  2   444444444444444    2 4444   2 4  2  22    2  4 333 2  666666  2   4  4     33    
lowQualScore                  :   .      .  .        .. .....   .  .  .       ...............    ........  ....................................................   ......   ....................   . . ....................    . .  .   ...............    . ....   . .  .  ..    .  . ... .  ......  .   .  .     ..    
lowQualScore                  :   0      2  2        99 77777   1  2  1       666666666666666    77777777  2222222222222222222222222222222222222222222222222222   888888   66666666666666666666   0 0 22222222222222222222    0 0  0   333333333333333    0 2222   1 2  1  99    1  2 777 1  111111  1   2  7     22    
consensus                     : TTNACATTA-TT-GTAAACCA--A----ATTA-TT-AC-AAAGCTT------------A--CCCC--T-----CC-------C------------TAC----------A----A-------------AAA------CAA-----A------C-------AAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-TAT----A----------AACC-T----AAT-T-CA-TG--TTTC-GC-A---A-TA------GA-TAC-GA-TAAAA-CGAAT
Reference ( family-772 )      : TTNACATTA-TT-GTAAACCA--A----ATTA-TT-AC-AAAGCTT------------A--CCCC--T-----CC-------C------------TAC----------A----A-------------AAA------CAA-----A------C-------AAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-TAT----A----------AACC-T----AAT-T-CA-TG--TTTC-GC-A---A-TA------GA-TAC-GA-TAAAA-CGAAT
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gi|106615                     : TTTACATTA-TT-GAAAACCATTA----ATTA-TT-AC-AAAGCT-------------A--CCCC--C-----CT-------CGCCCACTCACACCAC----------AC---A-------------AAA------CAA-----C------A-------AAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-TAT----C----------AACC-T----AAT-T-CG-TG--TTTG-GCAA---A-TA------GA-TGCGGA-TAAAA-
gi|106616                     : TTAAAATTA-TT-GTAA--CA--A----ATTA-TT-AC-AA-GCTT------------ATACCCC--T-----CC-------T------------TAC----------A----A-------------AAAA-----CAA-----AA-----C-------AAA-A-A--------------------CTCT-TTAT-TATTT--G----------ACCT-T----ATT-T-CA-TT--TTTC-ACCA---A-TA------GA-TAC-GA-TAAAA-CAAAT
gi|106617                     : TTTACATTA-TT-GTAAACCA--A-----TTA-TA-AC-AAAGCGC------------C--CCCC--C-----CC-------C-----------------------------------------------------CCA-----A------C-------AAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-CAT----C----------AACC-T----AAT-T-TG-TG--TTTC-GC-A---A-TA------GA-TGC-TA-TAAAA-
gi|106618                     : TTTACATTA-TT--TAAACCA--A-----TTA-TT-AC-AAAGCTT---------------CCCC--C-----CA-------C------------AAC----------AAAACA-------------AAA------CAA-----A--------------AAA-A-A----------------------CT-T-AT-TAT----C----------AACC-T----AAT-T-CG-TG--TTTC-GC-A---ATTA------GA-TGC-GA-TAAAA-
gi|106619                     : TTTACATGA-AT-GTAAACCA--A----ATTT-TT-AC-AAAGTTTTCCC--------C--CCCC--C-----CC-------C------------TCC----------A----A-------------AAA------CAA-----AAAACAAC-------AAACA-A--------------------CTCT-A-AT-TAC----A----------AACC-T----AAT-T-CA-TA--TTTC-AC-A---A-TA------GA-AAC-GA--AAAA-GGA
gi|106620                     : TTAACTTTA-TTCGTAAACCA--A----ATTA-TTTAC-AAAGCTT------------A--CCCC--T-----CC-------T------------AAC----------A----A-------------AAA------CAA-----A------CAATAACAAAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-TAT----AG---------GACC-C----A
gi|106621                     :  TAAC-TTA-TT-GTAAACAA--A----TTTA-TT-ACAAAAGCGT------------A--CCCA--T-----CC-------C------------TACA---------A----A-------------AAA------CAAACAACA------C-------AAA-G-A--------------------CTCT-TAATATAT----A----------GACCTT----AAT-TACA-TGACTTTCAGC-G---A-TG------AG-TAC-GATTAAAA-C
gi|106622                     :     CATTA-TT-GTAAATCA--A----ATTA-TTTAC-AATGCTT------------A--CCCC--CACCCCCC-------C------------CGCCCCC------A----AT------------AAA------CAAT----A------C-------AAA-A-AAGAAAAATAATACCACCCAACTCT-T-AT-TAT----ACATGCATGTGAACC-T----AAT-T-CA-TA--TTTC-AC-A---A-TA------GATTAC-GA-TAAAG--GAAT
gi|106623                     :          -TT-GAAAACCA--A----ATTAATT-AC-AAAGCTTCCCCCCACCCCTA--CCCC--C-----CCAACACCAC------------CAC----------A----ACACACACCAGAACAAA------CAA-----A------CC------AAA-ATA--------------------CTCT-T-AT-TATGAAAA----------AACC-T----AAT-T-CG-TG--ATTT-GC-A---A-TA------AA-TGC-
gi|106624                     :             -GTAAACCA--A----ATTA-TT-AC-AAACCTT------------A--CCCC--A-----CC-------C------------T-C----------A----A-------------AAAAACAAACAA-----A------C-------AAA-C-A--------------------CTCT-T-AT-CAT----A----------AACC-T----AAT-T-CA-TG--TTTC-GC-A---A-TA------GA-TAC-GA-TAAAA-TGAAT
gi|106625                     :                                                                                                                                 AA------CAA-----A------C-------AAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-TAT----A----------AACC-TATTAAAT-T-CA-TG--TTTC-AC-A---A-TA------GA-TAC-


blockSeqs                     :   A      C  T        TT TTAAA   A  T  A       CCCCCCACCCCTA      CACCCC    AACACCACCACAACACACACCAGAAC                             AACAAA   ACAATAACA              C T AGAAAAATAATACCACCCAA    C T  A   ACATGCATGTG        T ATTA   A T  T  AC    A  A ATT T  GAATAG  T   G  G     GC
blockSeqs                     :   A      .  C        .  GA      .  T  .       TCCCC              CCT       CCACTCACACCCACACCCA                                    ACAAA    AAAACAAC               . . .                       G A  .   GAAAA              . .      . A  .  .     .  C .   .  .       .   G  T     C 
blockSeqs                     :   T      .  .        .  A       .  .  .       ATA                AT        CGCCCACTCACACCACACA                                    A        ACAACAC                . . .                       . .  .   TTG                . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     C 
blockSeqs                     :   T      .  .        .  A       .  .  .       AA                 T         CCGCCCCCAAT                                            .        AAC                    . . .                       . .  .   AG                 . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     G 
blockSeqs                     :   T      .  .        .  A       .  .  .       A                  T         CAACAAAACA                                             .        TAC                    . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     G 
blockSeqs                     :   A      .  .        .  A       .  .  .       A                  A         CCGTACAA                                               .        ACC                    . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     C 
blockSeqs                     :   T      .  .        .  A       .  .  .       A                  T         CATACGA                                                .        AC                     . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     C 
blockSeqs                     :   T      .  .        .  A       .  .  .       A                  T         CTACAAA                                                .        AC                     . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     C 
blockSeqs                     :   T      .  .        .  A       .  .  .       A                  T         CTACAA                                                 .        AC                     . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     G 
blockSeqs                     :   A      .  .        .  A       .  .  .       A                  C         CTACAA                                                 .        AC                     . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     C 
blockSeqs                     :   T      .  .        .  A       .  .  .       C                  T         CTACAA                                                 .        CG                     . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     T 
blockSeqs                     :   T      .  .        .  T       .  .  .       A                  C         CTACAA                                                 .        AC                     . . .                       . .  .   C                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .     . 
blockSeqs                     :   T      .  .        .  A       .  .  .       C                  C         TTACAA                                                 .        AC                     . . .                       . .  .   C                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .       
blockSeqs                     :   A      .  .        .  A       .  .  .       A                  C         CTCCAA                                                 .        AC                     . . .                       . .  .   C                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .       
blockSeqs                     :   A      .  .        .  A       .  .  .       A                  T         TAACAA                                                 .        CA                     . . .                       . .  .   C                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .       
blockSeqs                     :          .  .        .  .       .  .  .       A                  T         CTCAA                                                  .        AC                     . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .  .       
blockSeqs                     :          .  .        .  .       .  .  .       A                  C         CAA                                                    .        AC                     . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .          
blockSeqs                     :             .        .  .       .  .  .       .                  A         C                                                      .        AC                     . . .                       . .  .   A                  . .      . .  .  .     .  . .   .  .       .   .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                   .        A                      . . .                       . .  .   A                  . .                                                       


blockSeqCons                  : 
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Alignments
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lowQualScore                  :   1      2  4        22 66666   2  4  2       777777777777777    88888888  2222222222222222222222222222222222222222222222222222   222222   11111111111111111111   2 2 66666666666666666666    4 4  2   444444444444444    2 4444   2 4  2  22    2  4 333 2  666666  2   4  4     33    
lowQualScore                  :   .      .  .        .. .....   .  .  .       ...............    ........  ....................................................   ......   ....................   . . ....................    . .  .   ...............    . ....   . .  .  ..    .  . ... .  ......  .   .  .     ..    
lowQualScore                  :   0      2  2        99 77777   1  2  1       666666666666666    77777777  2222222222222222222222222222222222222222222222222222   888888   66666666666666666666   0 0 22222222222222222222    0 0  0   333333333333333    0 2222   1 2  1  99    1  2 777 1  111111  1   2  7     22    
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Reference ( family-772 )      : TTNACATTA-TT-GTAAACCA--A----ATTA-TT-AC-AAAGCTT------------A--CCCC--T-----CC-------C------------TAC----------A----A-------------AAA------CAA-----A------C-------AAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-TAT----A----------AACC-T----AAT-T-CA-TG--TTTC-GC-A---A-TA------GA-TAC-GA-TAAAA-CGAAT
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gi|106620                     : TTAACTTTA-TTCGTAAACCA--A----ATTA-TTTAC-AAAGCTT------------A--CCCC--T-----CC-------T------------AAC----------A----A-------------AAA------CAA-----A------CAATAACAAAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-TAT----AG---------GACC-C----A
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gi|106622                     :     CATTA-TT-GTAAATCA--A----ATTA-TTTAC-AATGCTT------------A--CCCC--CACCCCCC-------C------------CGCCCCC------A----AT------------AAA------CAAT----A------C-------AAA-A-AAGAAAAATAATACCACCCAACTCT-T-AT-TAT----ACATGCATGTGAACC-T----AAT-T-CA-TA--TTTC-AC-A---A-TA------GATTAC-GA-TAAAG--GAAT
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gi|106625                     :                                                                                                                                 AA------CAA-----A------C-------AAA-A-A--------------------CTCT-T-AT-TAT----A----------AACC-TATTAAAT-T-CA-TG--TTTC-AC-A---A-TA------GA-TAC-