lowQualScore : 1 22 111 2222222222 2222222
lowQualScore : 2 33 5 33 33 2 444 0 22 2 55 55 2 2 55555 33 111 2 333 2 2 3333333333 2 2 777 555 2 2 77 2 7777777 22 2 2 2 333 4 2 2 2
lowQualScore : . .. . .. .. . ... . .. . .. .. . . ..... .. ... . ... . . .......... . . ... ... . . .. . ....... .. . . . ... . . . .
lowQualScore : 7 44 0 44 44 5 444 0 11 4 66 66 4 4 99999 11 444 2 777 1 1 1111111111 1 1 999 888 1 1 11 1 2222222 99 1 1 1 777 4 2 4 4
consensus : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---G-AAA-TA-T--TTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A-AA---G--G---C-CAAAAAA-T---A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--TTTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
Reference ( gi|81971 ) : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---G-AA--TA-T--TTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A-AA---T--G---C-CAAAAAA-T---A---CA-C-ACCTT--G-ACTTG--TTTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81970 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCT--T-T---G-AAA-TA-T--TTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TAAA-TGT-AAC---AAA-A-AA---G--G---C-CAAAAAA-T---A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--TTTA--CTTTT-T-T-G---AC-T-AAAA-TCT-CAAGA
gi|81972 : AAAGTAT-TGT--TTA-CT--TCC--T-T---G-AAA-TA-T--TTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TT---TGT-AAC---AAA-A-AA---G--G---C-CAAAAAA-T---A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--TTTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TTT-CATGA
gi|81973 : AAAGTAT-T-----TT-CT--TCC--T-T---G-AAA-TA-T--TTAG--AAT-AA-TA-----CCT--TA---TCT-AAC---AAA-A-AA---G--G---C-CAAAAAA-T---A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--TTTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81976 : AAAGTAT-TGT--TTT-AT--TCC--T-T---G-AAA-TA-T--TTAG--AAT-GA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-C-AA---T------C-CAAAAAA-T---A---CA-C-ACCTT--G-AA-TA--TTTG--ATTTT-T-T-G---AC-A-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81974 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---G-AAA-TA-T--TTAG--AAT-AA-CG-----CCT--TA---TGT-AA------------------------CAAAAAA-T---A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--GTTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-
gi|81975 : AAAGTATGTGT--TTT-CT--TCC--T-T---G-AAA-TA-T--TTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-ATT---AAA-----------G---G-CAAAAAA-T---A---CA-C-ACCTT--G-ACTGC--TTTA--CTTTT---T-G---AC-T-AGAA-TCT-CA
gi|81978 : AAAGTAC-TGTGTTTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-T--TTAG--ATA-AA-CA------CT--TA---TGT-AAC---GAA-A-AG------G---C-CAAAAAA-T---A---CA-C-A-CTT--G-AC-AG--TTTA--CTTTT-C-T-G---GC-T-AGAATTCT-CAAGA
gi|81979 : AAAGTAT-TGT--TTTTCT--TCC--T-T---G-AAA-TA-A--TTAG--A-T-A--CA-----TCA--TA---TGC-AAC---AAA-A-AAAAAG--G---C-CAAAAAAAT---AA--CA-C-ACCT---G-A--TG--TTTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81980 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TC---T-T---G-AAAATG-T--CTAG--AATTAA-CA-----CCTGTTAG--TGT-AGC---AAA-A-AG------G---CACATAGAA-T---A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG---TTA--CTTTT-C-T-G---ACTT-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81981 : AAAGTAC-AGT--TTT-TT--TCCACT-T---G-AA--AA-TCATTTG--ACT-AG-CC-----CAT--TT---TGT-AACTTTAAA-A-AA------A---C-CA------T---A---CA-A-ATCTT--G-ACT-G--CTTA--CCTTT-C-T-G---AC-C-AGAA-TCT-CCAGA
gi|81982 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--ACC--T-T---GTGG--TT-T--TTA---CTT-GA-TC-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A-AA---G--G---C-CAAA-------------------CTC--A-A---G-----------TT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81977 : AAAGTAT-TGT--TTTATT--TTC--T-T---GAAA--TA-T--TTAAGTAAT-GA-AA-----CCT--TA---TGTCCAC---AAACA-AC---T--GTTTC-CAAAAAA-TAACA---CA-C-ACATTAGG-AA-TA--TTAA--ATTTT-T-T-GCTTACAC-AGAA-T-T-CAGGA
gi|81983 : AGAGTAT-TTT--TTT-CTCTTCC--T-T---GAAA--TT-T--TTCA--AAC-AA-TAGCCACCCT--TAT--TGT-AAC---AAA-ATGA---T------C-CAAACGA-CA--A---TA-A-AACTT--GAACTGA--TTTAGGCTTTTAC-T-G---AC-TAAGAA-TCT--AAGA
gi|81984 : AAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---G-AA--AA-TA-TTAG--AAT-AA-CA-----CTG--TAGTTTGT-AAC---AAA-A-AA---TATG---C-CAAGAAA-T---A---AA-C-ACCTT--G-ACT-G--TTTA--CTTTT-CGT-G---AC-T-AGAA-TCTACAAGA
gi|81985 : T-TGT--TTT-TT--TCC--TGTAAGG-AAC-TAGT--TTAG--AAT-AA-CA-----GCT--TA----GT-ATC---AAA-C-AG---A--G---C-CCAAAAA-TT--ATGCCATC-ACTTTT-G-ACT-GCTTTTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGA
gi|81986 : --TTT-CT--T----T-T---G-AA---A-T--TTTG--AAT-AA--A-----CCT--TA---TGT-AA-----AA-A-AA---G--G---C--AAAAAA-T---A---TA-C-A---T--G----TG---TTA--CTTCT-C-A-G---A
gi|81987 : --TA-T--TTAGT-AAT-AAACA-----CCT--TT---TTT-GAA---AAA-A-AG---G--G---C-CGAAAA--T---A---CA-CCACTTT--G-GACTG--TTTA--C-TTT-C-T-G---AC-T-AGAA--CT-TAAG
gi|81988 : --TA---TGT-AAC---AAA-A-AA---G--G---C--AAAAAA-T---A---CA-T-ACCTT--G-ACT-G--TTTA--TTTTT-C-T-G---AC-T-ACAA-TCT-CAAGA
gi|81989 : C---AAA-A-AA---T------------AAA-T---A---CA-C-ACCTTG-G-AC-------TG--CTTTT-C-TAG---AA-T-AGAA-TCT-CAAGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111
lowQualScore : 2 33 4 33 33 2 444 55 2 55 2 2 55555 22 000 2 333 2 333 66666 2 2 1111 333 2 2 66 4 2 9999 22 2 2 2 333 4 2 2 2
lowQualScore : . .. . .. .. . ... .. . .. . . ..... .. ... . ... . ... ..... . . .... ... . . .. . . .... .. . . . ... . . . .
lowQualScore : 5 22 7 22 22 4 111 33 2 33 2 2 66666 99 888 1 777 1 777 99999 0 0 8888 555 0 0 88 0 0 1111 88 0 0 0 555 2 1 2 2
consensus : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
Reference ( family-771 ) : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81970 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCT--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TAAA-TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-T-T-G---AC-T-AAAA-TCT-CAAGA
gi|81971 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAA---TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--T--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-ACTTG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81972 : AAAGTAT-TGT--TTA-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TT---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TTT-CATGA
gi|81973 : AAAGTAT-T-----TT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-TA-----CCT--TA---TCT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81974 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CG-----CCT--TA---TGT-AA----------------------C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--G-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-
gi|81975 : AAAGTATGTGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-ATT-------A---AA--G--G--C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TGC-T-TTA--CTTTT---T-G---AC-T-AGAA-TCT-CA
gi|81976 : AAAGTAT-TGT--TTT-AT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-GA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-C---AA-----TC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AA-TA--T-TTG--ATTTT-T-T-G---AC-A-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81977 : AAAGTAT-TGT--TTTATT--TTC--T-T---GAAA--TA-TTTAAGTAAT-GA-AA-----CCT--TA---TGTCCAC---AAA-C---AACTGTTTC-C-AAAAAATAAC-A---CA-C-ACATTAGG-AA-TA--T-TAA--ATTTT-T-T-GCTTACAC-AGAA-T-T-CAGGA
gi|81978 : AAAGTAC-TGTGTTTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--ATA-AA-CA------CT--TA---TGT-AAC----GA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-A-CTT--G-AC-AG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---GC-T-AGAATTCT-CAAGA
gi|81979 : AAAGTAT-TGT--TTTTCT--TCC--T-T---GAAA--TA-ATTAG--A-T-A--CA-----TCA--TA---TGC-AAC---AAA-AAAAAA--G--GC-CAAAAAAATA---A---CA-C-ACC-T--G-A--TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81980 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCT--T-G---AAAA--TG-TCTAG--AATTAA-CA-----CCTGTTAG--TGT-AGC---AAA-A---A---G--GCAC-ATAGAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG----TTA--CTTTT-C-T-G---ACTT-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81981 : AAAGTAC-AGT--TTT-TT--TCCACT-T---GAAAATCA-TTT-G--ACT-AG-CC-----CAT--TT---TGT-AACTTTAAA-A---AA--A---C-C-A-----T----A---CA-A-ATCTT--G-AC-TG--C-TTA--CCTTT-C-T-G---AC-C-AGAA-TCT-CCAGA
gi|81982 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--ACC--T-T---GTGG--TT-TTTAC--T-T-GA-TC-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAA-------------------CTC--A-A---G------------TT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81983 : AGAGTAT-TTT--TTT-CTCTTCC--T-T---GAAA--TT-TTTCA--AAC-AA-TAGCCACCCT--TAT--TGT-AAC---AAA-A---TG--A--TC-C-AAACGACA---A---TA-A-AACTT--GAAC-TGA-T-TTAGGCTTTTAC-T-G---AC-TAAGAA-TCT--AAGA
gi|81984 : AAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAAA-TA-TT-AG--AAT-AA-CA-----CTG--TAGTTTGT-AAC---AAA-A---AA--TATGC-C-AAGAAAT----A---AA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-CGT-G---AC-T-AGAA-TCTACAAGA
gi|81985 : T-TGT--TTT-TT--TCC--TGTAAGGAAC--TAGTTTAG--AAT-AA-CA-----GCT--TA----GT-ATC---AAACA---GA--G--CC-C-AAAAATT----ATGCCATC-ACTTTT-G-AC-TGCTT-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGA
gi|81986 : --TTT-CT--T----T-T---GAAA--T--TTT-G--AAT-AA--A-----CCT--TA---TGT-AA-----AA-A---AA--G--GC---AAAAAAT----A---TA-C-A-----------TG--TGTTA--CTTCT-C-A-G---A
gi|81987 : --TA-TTTAGT-AAT-AAACA-----CCT--TT---TTT-GAA---AAA-A---AG--G--GC-C-GAAAA-T----A---CA-CCACTTT--GGAC-TG--T-TTA--CTTT--C-T-G---AC-T-AGAA--CT-TAAG
gi|81988 : --TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC---AAAAAAT----A---CA-T-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--TTTTT-C-T-G---AC-T-ACAA-TCT-CAAGA
gi|81989 : C-C-AAAAAATAAATA---CA-C-ACCTTG-G-AC-TG---------CTTTT-C-TAG---AA-T-AGAA-TCT-CAAGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111
lowQualScore : 2 33 4 33 33 2 444 55 2 55 2 2 55555 22 000 2 333 2 333 66666 2 2 1111 333 2 2 66 4 2 9999 22 2 2 2 333 4 2 2 2
lowQualScore : . .. . .. .. . ... .. . .. . . ..... .. ... . ... . ... ..... . . .... ... . . .. . . .... .. . . . ... . . . .
lowQualScore : 5 22 7 22 22 4 111 33 2 33 2 2 66666 99 888 1 777 1 777 99999 0 0 8888 555 0 0 88 0 0 1111 88 0 0 0 555 2 1 2 2
consensus : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
Reference ( family-771 ) : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81970 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCT--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TAAA-TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-T-T-G---AC-T-AAAA-TCT-CAAGA
gi|81971 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAA---TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--T--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-ACTTG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81972 : AAAGTAT-TGT--TTA-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TT---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TTT-CATGA
gi|81973 : AAAGTAT-T-----TT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-TA-----CCT--TA---TCT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81974 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CG-----CCT--TA---TGT-AA----------------------C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--G-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-
gi|81975 : AAAGTATGTGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-ATT-------A---AA--G--G--C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TGC-T-TTA--CTTTT---T-G---AC-T-AGAA-TCT-CA
gi|81976 : AAAGTAT-TGT--TTT-AT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-GA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-C---AA-----TC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AA-TA--T-TTG--ATTTT-T-T-G---AC-A-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81977 : AAAGTAT-TGT--TTTATT--TTC--T-T---GAAA--TA-TTTAAGTAAT-GA-AA-----CCT--TA---TGTCCAC---AAA-C---AACTGTTTC-C-AAAAAATAAC-A---CA-C-ACATTAGG-AA-TA--T-TAA--ATTTT-T-T-GCTTACAC-AGAA-T-T-CAGGA
gi|81978 : AAAGTAC-TGTGTTTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--ATA-AA-CA------CT--TA---TGT-AAC----GA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-A-CTT--G-AC-AG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---GC-T-AGAATTCT-CAAGA
gi|81979 : AAAGTAT-TGT--TTTTCT--TCC--T-T---GAAA--TA-ATTAG--A-T-A--CA-----TCA--TA---TGC-AAC---AAA-AAAAAA--G--GC-CAAAAAAATA---A---CA-C-ACC-T--G-A--TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81980 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCT--T-G---AAAA--TG-TCTAG--AATTAA-CA-----CCTGTTAG--TGT-AGC---AAA-A---A---G--GCAC-ATAGAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG----TTA--CTTTT-C-T-G---ACTT-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81981 : AAAGTAC-AGT--TTT-TT--TCCACT-T---GAAAATCA-TTT-G--ACT-AG-CC-----CAT--TT---TGT-AACTTTAAA-A---AA--A---C-C-A-----T----A---CA-A-ATCTT--G-AC-TG--C-TTA--CCTTT-C-T-G---AC-C-AGAA-TCT-CCAGA
gi|81982 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--ACC--T-T---GTGG--TT-TTTAC--T-T-GA-TC-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAA-------------------CTC--A-A---G------------TT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81983 : AGAGTAT-TTT--TTT-CTCTTCC--T-T---GAAA--TT-TTTCA--AAC-AA-TAGCCACCCT--TAT--TGT-AAC---AAA-A---TG--A--TC-C-AAACGACA---A---TA-A-AACTT--GAAC-TGA-T-TTAGGCTTTTAC-T-G---AC-TAAGAA-TCT--AAGA
gi|81984 : AAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAAA-TA-TT-AG--AAT-AA-CA-----CTG--TAGTTTGT-AAC---AAA-A---AA--TATGC-C-AAGAAAT----A---AA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-CGT-G---AC-T-AGAA-TCTACAAGA
gi|81985 : T-TGT--TTT-TT--TCC--TGTAAGGAAC--TAGTTTAG--AAT-AA-CA-----GCT--TA----GT-ATC---AAACA---GA--G--CC-C-AAAAATT----ATGCCATC-ACTTTT-G-AC-TGCTT-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGA
gi|81986 : --TTT-CT--T----T-T---GAAA--T--TTT-G--AAT-AA--A-----CCT--TA---TGT-AA-----AA-A---AA--G--GC---AAAAAAT----A---TA-C-A-----------TG--TGTTA--CTTCT-C-A-G---A
gi|81987 : --TA-TTTAGT-AAT-AAACA-----CCT--TT---TTT-GAA---AAA-A---AG--G--GC-C-GAAAA-T----A---CA-CCACTTT--GGAC-TG--T-TTA--CTTT--C-T-G---AC-T-AGAA--CT-TAAG
gi|81988 : --TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC---AAAAAAT----A---CA-T-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--TTTTT-C-T-G---AC-T-ACAA-TCT-CAAGA
gi|81989 : C-C-AAAAAATAAATA---CA-C-ACCTTG-G-AC-TG---------CTTTT-C-TAG---AA-T-AGAA-TCT-CAAGA
blockSeqs : G GT A CT AC G AAG AT G GT T A GCCAC GT GTT C TTT C AAA CTGTT A A AAAT TGC T C AG A T CTT GG A G A CTT A A T A
blockSeqs : . . T . . . . A . T . . . . G . . . . TAT . . AAC . . . T G . CT . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . A . . . G . . AT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . TG . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ***
originalCons : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
finalCons : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
Alignments
lowQualScore : 111 1111
lowQualScore : 2 33 4 33 33 2 444 55 2 55 2 2 55555 22 000 2 333 2 333 66666 2 2 1111 333 2 2 66 4 2 9999 22 2 2 2 333 4 2 2 2
lowQualScore : . .. . .. .. . ... .. . .. . . ..... .. ... . ... . ... ..... . . .... ... . . .. . . .... .. . . . ... . . . .
lowQualScore : 5 22 7 22 22 4 111 33 2 33 2 2 66666 99 888 1 777 1 777 99999 0 0 8888 555 0 0 88 0 0 1111 88 0 0 0 555 2 1 2 2
consensus : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
Reference ( family-771 ) : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81970 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCT--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TAAA-TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-T-T-G---AC-T-AAAA-TCT-CAAGA
gi|81971 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAA---TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--T--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-ACTTG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81972 : AAAGTAT-TGT--TTA-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TT---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TTT-CATGA
gi|81973 : AAAGTAT-T-----TT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-TA-----CCT--TA---TCT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81974 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CG-----CCT--TA---TGT-AA----------------------C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG--G-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-
gi|81975 : AAAGTATGTGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-AA-CA-----CCT--TA---TGT-ATT-------A---AA--G--G--C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TGC-T-TTA--CTTTT---T-G---AC-T-AGAA-TCT-CA
gi|81976 : AAAGTAT-TGT--TTT-AT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--AAT-GA-CA-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-C---AA-----TC-C-AAAAAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AA-TA--T-TTG--ATTTT-T-T-G---AC-A-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81977 : AAAGTAT-TGT--TTTATT--TTC--T-T---GAAA--TA-TTTAAGTAAT-GA-AA-----CCT--TA---TGTCCAC---AAA-C---AACTGTTTC-C-AAAAAATAAC-A---CA-C-ACATTAGG-AA-TA--T-TAA--ATTTT-T-T-GCTTACAC-AGAA-T-T-CAGGA
gi|81978 : AAAGTAC-TGTGTTTT-CT--TCC--T-T---GAAA--TA-TTTAG--ATA-AA-CA------CT--TA---TGT-AAC----GA-A---AA--G--GC-C-AAAAAAT----A---CA-C-A-CTT--G-AC-AG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---GC-T-AGAATTCT-CAAGA
gi|81979 : AAAGTAT-TGT--TTTTCT--TCC--T-T---GAAA--TA-ATTAG--A-T-A--CA-----TCA--TA---TGC-AAC---AAA-AAAAAA--G--GC-CAAAAAAATA---A---CA-C-ACC-T--G-A--TG--T-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81980 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--TCT--T-G---AAAA--TG-TCTAG--AATTAA-CA-----CCTGTTAG--TGT-AGC---AAA-A---A---G--GCAC-ATAGAAT----A---CA-C-ACCTT--G-AC-TG----TTA--CTTTT-C-T-G---ACTT-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81981 : AAAGTAC-AGT--TTT-TT--TCCACT-T---GAAAATCA-TTT-G--ACT-AG-CC-----CAT--TT---TGT-AACTTTAAA-A---AA--A---C-C-A-----T----A---CA-A-ATCTT--G-AC-TG--C-TTA--CCTTT-C-T-G---AC-C-AGAA-TCT-CCAGA
gi|81982 : AAAGTAT-TGT--TTT-CT--ACC--T-T---GTGG--TT-TTTAC--T-T-GA-TC-----CCT--TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC-C-AAA-------------------CTC--A-A---G------------TT-C-T-G---AC-T-AGAA-TCT-CAAGA
gi|81983 : AGAGTAT-TTT--TTT-CTCTTCC--T-T---GAAA--TT-TTTCA--AAC-AA-TAGCCACCCT--TAT--TGT-AAC---AAA-A---TG--A--TC-C-AAACGACA---A---TA-A-AACTT--GAAC-TGA-T-TTAGGCTTTTAC-T-G---AC-TAAGAA-TCT--AAGA
gi|81984 : AAGTAT-TGT--TTT-CT--TCC--T-T---GAAAA-TA-TT-AG--AAT-AA-CA-----CTG--TAGTTTGT-AAC---AAA-A---AA--TATGC-C-AAGAAAT----A---AA-C-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--CTTTT-CGT-G---AC-T-AGAA-TCTACAAGA
gi|81985 : T-TGT--TTT-TT--TCC--TGTAAGGAAC--TAGTTTAG--AAT-AA-CA-----GCT--TA----GT-ATC---AAACA---GA--G--CC-C-AAAAATT----ATGCCATC-ACTTTT-G-AC-TGCTT-TTA--CTTTT-C-T-G---AC-T-AGA
gi|81986 : --TTT-CT--T----T-T---GAAA--T--TTT-G--AAT-AA--A-----CCT--TA---TGT-AA-----AA-A---AA--G--GC---AAAAAAT----A---TA-C-A-----------TG--TGTTA--CTTCT-C-A-G---A
gi|81987 : --TA-TTTAGT-AAT-AAACA-----CCT--TT---TTT-GAA---AAA-A---AG--G--GC-C-GAAAA-T----A---CA-CCACTTT--GGAC-TG--T-TTA--CTTT--C-T-G---AC-T-AGAA--CT-TAAG
gi|81988 : --TA---TGT-AAC---AAA-A---AA--G--GC---AAAAAAT----A---CA-T-ACCTT--G-AC-TG--T-TTA--TTTTT-C-T-G---AC-T-ACAA-TCT-CAAGA
gi|81989 : C-C-AAAAAATAAATA---CA-C-ACCTTG-G-AC-TG---------CTTTT-C-TAG---AA-T-AGAA-TCT-CAAGA