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Reference ( gi|2890 )         :                                                    TATGT-CC--AAGAC-A-CG-AT-ATA-A----A--T---ACGA-T--------------------ATC--G--A--C--G-ATA--------T--C--------------GT-C-A--AA----C-A--------CA---A---C---A----CGAT----A-TCGT-AACGA--TA---T-C-GA--AAT-GTA------AC-----CTT--C-TGGTGCC--TA----T---GA-T-AA--TCAAA---CAAT-G--TT--A----G-TG----A-CGATGTCG---------TG--T--TGATATCG--A-ATC--ATGA-TCGTG
gi|2891                       :                                                    TATGT-TC--AAGAC-A-CG-AT-GTA-G----A--T---ACGA-T--------------------ATC--G--A--C--G-ATA--------T--A--------------GT-A-A--AA----C-A--------CA---A---C---A----CGAT----A-TCGT-AACGA--TA---T-C-GA--AAA-GTA------AC-----CTT--C-TGGTGAC--TA----T---GA-T-AA--TCAAA---CAAT-A--TT--A----G-TG----A-CGATGTCG---------TG--T--TGATATCG--A-ATC--ATGA-TCGTG
gi|2892                       :                                                    TATGT-CC--AAGAC-A-CG-AT-GTA-G----A--T---ACGA-T--------------------ATC--G--A--C--G-ATA--------T--C--------------GT-C-A--AA----C-A--------CA---A---C---A----TGAT----A-TCGT-AACGA--TA---T-C-GA--AAA-GTA------AC-----TTT--C-TGGTGGC--TA----T---GA-T-AA--TCAAA---CAAT-G--TT--A-------G----A-CGATGTCG---------TG--T--TGATATAG--A-ATC--ATGA-TCGTG
gi|2893                       :                                                    TATGT-CC--AAGAC-A-CG-AT-GTA-G----A--TACCACGA-T--------------------AT---------C--G-ATA--------T--C--------------GT-C-A--AA----C-A--------CA---A---C---A----CGAT----A-TCGT-AACGA--TA---T-C-AA--AA--GTA------AC-----CTT--C-TGGTGGC--TA----T---GC-T-AA--TC-AA---CAAT-G--TT--A----G-TG----A-CGATGTCG---------TG--T--TGATATCG--A-ATC--ATGA-TCGTG
gi|2894                       :                                                    TATGT-CC--AAGAC-A-CG-AT-GTA-G----A--T---ACGA-A--------------------ATC--G--A--C--------------------------------------A--AA----T-A--------AA---A---C---A----TGAT----A-TCGC-AACGA--TA---T-C-GA--AA--GTA------CC-----CTT--C-TGGTGTC--TA----T---GA-T-AA------G---CAAT-G--TT--A----G-TG----A-CGATATCG---------TG--T--TGATATCG--A-ATT--ATGA-TCGTG
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gi|2896                       :                                                    TATGT-CC--AAGACCA-CG-AT-GTA-G----A--T---ACGAAT--------------------ATC--GT-A--C--G-ATA--------T--C--------------TTTC-A--AA----CCA--------CA---A---C--------CGAT----A-TCAA-AACGA--TA---T-C-GA--AAT--T-------AC-----CTT--C-TGGTGGC--TA----T---GA-TAAA--TCAAA---CAAT-G---T--A----G--A----C-CGA--TCG---------T---T--TAATATCG--A-ATC--AT
gi|2898                       :                                                    TAAGT-TC--AAAAC-A-CG-AT-GTA-A----GATT---ACGA-TGGAGAAAAAAAGCGAGGAATATC--G--A--C--GGATA--------T--C--------------GT-CAA--AA----T-A--------C----A---C---A----CGAT----AGTCGTAAACGGATTA---TGC-GA--AAA-ATA-------------CTT--CGTGGTCGC--TA----TGGAGA-T--A--TC-AA---CAAT-G--TT--A----G-GGA---A-CTATGTCG---------TGT-T--TGATAGCGAAA-ATC--GAAA-TCGTG
gi|2897                       :                                                    TATGT-TCGCAAGAA-ATCG-AT-ATC-G----A--C---ACGA-T--------------------ATC--G--T--C--G-ATA--------T--C--------------G-------------------------------------A----CGAT----A-TCGT-GTCGA--TA---T-C-GA--A
gi|2899                       :                                                     ATGT-CC--AAGAC---CA-A--ATA-ACAGCA--T----CGA-T--------------------ATC--G--A--C--G-ATA--------T--C--------------GA-C-A----------A--------TA---A---CGTGA----CGAT----G-TCGT-GTCGA--TA---T-C-GA--
gi|2903                       :                                                                GAC-A-CG-AT-AT--C----G--T----CGA-T--------------------ATC--G--A--C--G-ATA--------T--CGATAGCAAGTTGAAGT-C-A--AACTACC-A--------TA---AAATC---A----CG------A-TCAT-GATGA--TA---T-C-GA--
gi|2901                       :                                      cgatatcgtcgatatcgacgaatagtgAC-A-CA-AT-TTC-G----A--C---ACGA-T--------------------GTT--G--ATTC--G-ATA--------T--C--------------GT--------------A--------CA---A---C---ATTG-CGAT----G-TCGT-AACGA--TG---T-T-GA--Agatatcgaatcatgattgt
gi|2891                       :                                                                  C-A-CG-ATCATG-A----T--T----CGA-T--------------------ATC--A--A--CACG-ACA--------T--C--------------GT-C-ACTAA----T-A--------TT---G---T---T----TGATT---A-TCAT-A--GT--CA---C-C-AG--AAG-GTT------AC-----TTT--T-CGATATCGTTA----C---GA-T-A---TCG--------T-G--TT-------G-TGTTTTA-CTATATCG---------T------CGATATCG--T-ATCT-AC-A-TCGTG
gi|2892                       :                                                       tatgttcaagaC-A-CG-ATCATG-A----T--T----CTA-T--------------------ATC--A--A--CACG-ACA--------T--C--------------GT-C-T--AA----C-A--------TT---G---T---T----TGATT---A-TCAT-AGC----CA---C-C-AG--AAA-GTT------AC-----TTT--T-CGATATCGTTA----C---GA-T-A---TCATG---TTGT-G--TT---------TG----A-CGATATCG---------T------CGATATCG--T-ATCT-AC-A-TCGTG
gi|2893                       :                                                       tatgtccaagaC-A-CG-ATCATG-A----T--T----CGA-T--------------------ATC--A--A--CACG-ACA--------T--C--------------GT-C-ACTAA----C-A--------TT---G---T--------TGATT---A-GCAT-AGC----CA---C-C-AG--AAG-GTT------AC-----TTT----TGATATCGTTA----C---GA-T-A---TCGTG---TTGT-G--TT---------TG----A-CGATATCGA--------TA--TCGTGGTATCT--ACATC--GTG
gi|2894                       :                                                       tatgtccaagaC-A-CG-ATCATA-A----T--T----CGA-T--------------------ATC--A--A--CACG-ATA--------T--C--------------GT-C-ACTAA----C-A--------TT---G---C----------TT----A-TCAT-A--GA--CA---C-CAGA--AGG-GTA-------------CTT--T-CGATATCGTTG----C---GA-T--A--TC--------AT-GTTTT--AT---T-TG----T-CGATTTCG---------TA--T--CTACATCG--
gi|2908                       :                                                     tatgtccaagacaC-A-CG-AT--TATG----A--T---TCGA-T--------------------ATC--A--A--CACG-ATA--------T--C--------------GT-C-ACTAA----C-A--------
gi|2904                       :                   gtagtgatatcgaaaagtaaccttctggtggctatgataatcaaacga-A-CA-AC-ATA-AGC--A--A---ACGA-T--------------------AAT--G--AATC--G-ATA--------T--C--------------GT-C------------------------------C---A----CGAT----A-TCGT---CGA--TA---T-C-GA--
gi|2906                       :                                                             cgatatcg-CG-AT-ATC---------C---ACGA-T--------------------ATC--G--A--T--A-ACAATTTAAAGT--T--------------GT-C-A--AA----C-AACCATAATCA---A---A---A----CGAT----A-ATGA-ATCGA--TA---T-C-GA--ttgacaacttaaattgctatcgatatcgtcactatcttgtggatatcgaatcatgatcgtg
gi|2897                       :                                                          acgatattgtg-CG-AT-ATC-G----A--C---ACGA-T--------------------ATC--G--T--C--G-ATA--------T--C--------------G-------------------------------------A----CGAT----A-TCGT-GTCGA--TA---T-C-GA--aatcatgatcgtg
gi|2907                       :                                                      tatgttcgcaagaaa-CG-AT-ATC-C----A--C---ACGA-T--------------------ATT--G--A--C--A-ATA--------T--C--------------Gaa
gi|2902                       : acgatattgtgtcgatattgattcattatcttttatcttatggtcgtttgacgacttcaaattgctat-CG-AT-ATC-G----A--C---ACGA-T--------------------ATC--G--T--C--G-ATA--------T--C--------------G-------------------------------------A----CGAT----A-TCGT-GTCGA--TA---T-C-GA--aattatgatcgtg
gi|2902                       :                                                                     -CG-AT-ATC-G----A--C---ACGA-T--------------------ATC--G--T--C--G-ATA--------T--C--------------G-------------------------------------A----CGAT----A-TCGT-GTCGA--TA---T-C-G
gi|2903                       :                                                                                 ----A--T---TCGA-T--------------------ATC--GACA--C--G-ATA--------T--C--------------GT-----------------------------------------CGAT----A-TCG---ACGA--TA---T-C-GA--TA--GCA------A---------------GT-----------T---GA---AG--TCAAA---CTAC-C--ATAAA----A-TC----A-CGA--TCA---------TG--A--TGATATCG--A-a
gi|2900                       :                                                              cgatatcgtcgatatcgacgaatagtg---ACGA-T--------------------ATC--GTTA--C--G-ATA--------T--A--------------CT-C-C--AA----C-A--------CA---A---C---A----CGAT----A-TC-T-ATCGA--TATTCT-C-GG--AAT-TTATAG---AC-----TTA--C-T-ATG----TAAGACT---GA-T-AAT-TCAAA---CAA--G--TT--A----GTTG----A-CGACCTCG---------TAATT--TGATATC---A-ATCA-ATGA-TCGTcatgattgt
gi|2904                       :                                                              gtcgcaagacagcggagatcgttagatgatcCGA-T--------------------ATC--G--T--C--G-ATA--------T--C--------------G-------------------------------------A----CGAT----A-TCGTGGACGA--TA---T-C-GATTCAT--TA------TCGTTTGCTT--A-TGTTG----TT----T---GA-C-AAC-TTAAA---T--T-G--CT--A------T-------CGATATCGTCACTATCTTG--T--GGATATCG--A-ATC--ATGA-TCGTG
gi|2899                       :                                                                                             CGA-T--------------------ATC--GACA--C--G-ACA--------T--C--------------GT------------C-A--------CG---T---T---ATTGTCGAT----A-TCGT---CGA--TA---T-C-GA--
gi|2903                       :                                                                      atgtccaagaccaaataacagcaCGA-T--------------------ATC--G--T--C--G-ATA--------T--C--------------GA-C-G--AA----T-AGTGT----CG---A---T---A----TCATCATGA-TCGT-GATTT--TA---T-G-GT--AGT-TTG------AC-----TTCAAC-T--TGC---TA----TC--GA-T-A---TCGT----CGAT-A--TC----------G----A-CGATATCG---------TG--T--CGATATCG--A-ATC--ATGA-TTGTa
gi|2905                       :                                                                                                                            --A--C--G-ATA--------T--C--------------GT-C-A--AA----C-A--------CA---A---C---A----TGAT----A-TCGT-
gi|2906                       :                                                                                                                                                                                                      ---A----CGAT----A-TTGT-GTCGA--TA---T-C-GATTCAT--TA------TC-----GTT--T-TGAT-----TA----T---GG-T-TG--TTTGA---CAAC-T--TT--AAATTG-TT----ATCGATATCG---------TG------GATATCG--A-ATC--ATGA-TCGTG
gi|2907                       :                                                                                                                                                                                                      ---A----CGAT----A-TTGT-GTCGA--TA---T-T-GATTCAT--TATCTTTTAT-----CTT--A-TGGT-CG--TT----T---GA-C-GACTTCAAATTGCTATCG--AT--A----T-TG----T-CAATATCG---------TG--T--GGATATCG--A-ATT--ATGA-TCGTG
gi|2909                       :                                                                                                                                                                                                      ---A----CGAT----A-TCGT-GTCGA--TA---T-C-GA--ATC-GTG------AT-----C
gi|2900                       :                                                                                                                                                                                                               gAT----A-TCGT-AACGA--TA---T-C-Ggt
gi|2908                       :                                                                                                                                                                                          gtcgcaagacagcggagatcgttagatgatcaGT-AGTGA--TA---T-C-GA--AAA-GTA------AC-----CTT--C-TGGTGGC--TA----T---GA-T-AA--TCAAA---CGAT-G--TT--A----G-TG----A-CGATATCG---------TG--T--TGATATCG--A-ATC--ATAA-TCGTGactccaacacaacacgatatctatcgatattctcggaatttatagacttactatgtaagactgataattcaaacaagttagttgacgacctcgtaatttgatatcaatcaatgatcgt
gi|2899                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----G-TG----A-CGATGTCG---------TG--T--CGATATCG--A-
gi|2897                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                   atgtccaagaccaaataacagcatcgatatcgacgatatcgacaataacG----A-CGATATCG---------TG--T--CGATATCG--A-A
gi|2897                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                         tatgttcgcaagaaatcgatatcgacacgatatcgtcgatatcG----A-CGATATCG---------TG--T--CGATATCG--A-
gi|2909                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tatgttcgcaagaaaG----A-CGATATCG---------TG--T--CGATATCG--A-ATC--GTGA-TCGTgatatcgacgatatcgtgtcgatatcgaa
gi|2902                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    G----A-CGATATCG---------TG--T--CGATATCG--A-
gi|2902                       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cgatatcgacacgatatcgtcgatatcG----A-CGATATCG---------TG--T--CGATATCG--





Alignments
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lowQualScore                  :      3 3 55     3 6  888  000  3 6  8888    2 11111111111111111111   33 11111  2    33  666666666  4444  4444444     2    2 33   33  333 2   0000000000   333333      2  2  33 1  3 555  5 33 99  1 888888 777    2  888888  999999  2 2         444444444444 5       33    66    2     
lowQualScore                  :      . . ..     . .  ...  ...  . .  ....    . ....................   .. .....  .    ..  .........  ....  .......     .    . ..   ..  ... .   ..........   ......      .  .  .. .  . ...  . .. ..  . ...... ...    .  ......  ......  . .         ............ .       ..    ..    .     
lowQualScore                  :      6 6 00     3 2  555  222  1 2  1111    7 77777777777777777777   77 44444  5    44  999999999  6666  2222222     2    1 22   11  999 2   9999999999   222222      9  9  99 0  2 000  7 88 66  6 222222 999    9  222222  666666  7 7         111111111111 7       77    33    9     
consensus                     : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---ATG--TA-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AA-CGA--TA---T-CGA------AAN-GTA------ACCTTC-TG-GT--GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TA----G-TG-A-CGATGTCGT---------G--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
Reference ( family-769 )      : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---ATA--TA-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AN-CGA--TA---T-CGA------AAN-GTA------ACCTTC-TG-GT--GNCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TA----G-TG-A-CGATATCGT---------G--TCGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2890                       : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---ATA--TA-A-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AA-CGA--TA---T-CGA------AAT-GTA------ACCTTC-TG-GT--GCCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TA----G-TG-A-CGATGTCGT---------G--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2891                       : TATGT-T-C--AAGAC-A-CG---ATG--TA-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--AGT-A-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AA-CGA--TA---T-CGA------AAA-GTA------ACCTTC-TG-GT--GACTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-AT------TA----G-TG-A-CGATGTCGT---------G--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2892                       : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---ATG--TA-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---TGATA-TCGT-AA-CGA--TA---T-CGA------AAA-GTA------ACTTTC-TG-GT--GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TA-------G-A-CGATGTCGT---------G--TTGATATAG--AATC--ATGA-TCGTG
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gi|2894                       : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---ATG--TA-G-AT----ACGA-A--------------------ATC--G--A--C--------------AAAT-AAA---AC---A---TGATA-TCGC-AA-CGA--TA---T-CGA------AA--GTA------CCCTTC-TG-GT--GTCTAT---GA-T-AA------------G---CAAT-GT------TA----G-TG-A-CGATATCGT---------G--TTGATATCG--AATT--ATGA-TCGTG
gi|2895                       : TATGTTC-C--AAGAC-A-CGG--ATG--TA-GGATC---ACGA-T--------------------ATCTTG-----CG-ATATGTCGT-C-TA-C-ACACCTAC---A---TGATA-TCGT-AA-CGA--TA---T-CGA------AAGAGTA------ACCTTG-CG-GT--GGCTAT---GGGT-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TA----G-TG-A-CGATGCTGT---------GT-TTGATATCG--AATCAGATGATTCGTG
gi|2896                       : TATGT-C-C--AAGACCA-CG---ATG--TA-G-AT----ACGAAT--------------------ATC--GT-A--CG-ATAT--CTTTC-AAACCACA---AC-------CGATA-TCAA-AA-CGA--TA---T-CGA------AA---TT------ACCTTC-TG-GT--GGCTAT---GA-TAAA--TCAA------A---CAAT-G-------TA----G--A-C-CG--ATCGT------------TTAATATCG--AATC--AT
gi|2897                       : TATGT-T-CGCAAGAA-ATCG---ATA--TC-G-AC----ACGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CG--------------------A---CGATA-TCGT-GT-CGA--TA---T-CGA------A
gi|2898                       : TAAGT-T-C--AAAAC-A-CG---ATG--TAAG-ATT---ACGA-TGGAGAAAAAAAGCGAGGAATATC--G--A--CGGATAT--CGT-CAAAAT-AC----AC---A---CGATAGTCGTAAA-CGGATTA---TGCGA------AAA-ATA--------CTTCGTG-GT--CGCTATGGAGA-T--A--TC-A------A---CAAT-GT------TA----G-GGAA-CTATGTCGT---------GT-TTGATAGCGAAAATC--GAAA-TCGTG
gi|2899                       :  ATGT-C-C--AAGAC-C-AA---ATAA-CA-GCAT-----CGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGA-C-A----ATA---ACGTGA---CGATG-TCGT-GT-CGA--TA---T-CGA------
gi|2900                       :    GT-CGC--AAGAC-AGCGGAGATCGTTA-G-ATGATCACGA-T--------------------ATC--GTTA--CG-ATAT--ACT-C-CAAC-ACA---AC---A---CGATA-TC-T-AT-CGA--TATTCT-CGG------AAT-TTATAG---ACTTAC-TATGTAAGAC--T---GA-T-AAT-TCAA------A---CAA--GT------TA----GTTG-A-CGACCTCGT---------AATTTGATATC---AATCA-ATGA-TCGT
gi|2901                       :               AC-A-CA---ATT--TC-G-AC----ACGA-T--------------------GTT--G--ATTCG-ATAT--CGT--------ACA---AC---ATTGCGATG-TCGT-AA-CGA--TG---T-TGA------A
gi|2902                       :                   -CG---ATA--TC-G-AC----ACGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CG--------------------A---CGATA-TCGT-GT-CGA--TA---T-CGA------
gi|2903                       :                                          CGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CGA-C-GAAT-AGT---GT-------CGATA-TCAT-CA-TGA--T-----------------C-GTG------ATTTTA-TG-GT--AGTT-T---GACT-----TCAACTTGCTAT--CGAT-ATCGTCGATA----T-CG-A-CGATATCGT---------G--TCGATATCG--AATC--ATGA-TTGT
gi|2904                       :                                          CGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CG--------------------A---CGATA-TCGT-GGACGA--TA---T-CGATTCATTATC-GTT------TGCTTA-TG-TT--GTTT-----GA-C-AAC-TTAA------A---T--T-GC------TA------T----CGATATCGTCACTATCTTG--TGGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2905                       :                                                                         --A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---TGATA-TCGT-
gi|2906                       :                                                                                                          ---A---CGATA-TTGT-GT-CGA--TA---T-CGA------TTC-ATT------ATCGTT-T---T--GATTAT---GG-T-TG--TTTG------A---CAAC-TT------TAAATTG-TT-ATCGATATCGT---------G----GATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2907                       :                                                                                                          ---A---CGATA-TTGT-GT-CGA--TA---T-TGATT----CAT--TATCTTTTATCTTA-TG-GT--CGTT-T---GA-C-GACTTCAA------ATTGCTATCGA------TA----T-TG-T-CAATATCGT---------G--TGGATATCG--AATT--ATGA-TCGTG
gi|2908                       :                                                                                                                         GT-AG-TGA--TA---T-CGA------AAA-GTA------ACCTTC-TG-GT--GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CGAT-GT------TA----G-TG-A-CGATATCGT---------G--TTGATATCG--AATC--ATAA-TCGTG
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Alignments
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lowQualScore                  :      . . ..     . .  ...  . . . . .  ....    . ....................   .. .....  .    ..  .........  ....  .......     .    . .   ..  ... .   ..  ...  ......   .   .  .....  ...    . ...  . .  ..    ...... ... .  .  ......  ..  .     .   .........  ..         ..    ..    .     
lowQualScore                  :      6 6 00     3 2  555  1 1 1 1 2  1111    7 77777777777777777777   77 44444  5    44  999999999  6666  2222222     2    2 5   11  999 2   11  000  222222   9   9  00000  999    3 999  7 9  66    222222 999 0  9  222222  11  7     8   777777777  00         77    33    9     
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Reference ( family-769 )      : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAN-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATGTCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
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gi|2900                       :    GT-CGC--AAGAC-AGCGGAGATCG-TTA-G-ATGATCACGA-T--------------------ATC--GTTA--CG-ATAT--ACT-C-CAAC-ACA---AC---A---CGATA-TC-T-ATCGA--TATTCT-CGG--AAT-TTATAG---ACT-TAC-TAT----GTAA-GAC--T---GA-T-AAT-TCAA------A---CAA--GT------TAGTTG-ACGACCTCG---------TAATTTGATATC---AATCA-ATGA-TCGT
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gi|2903                       :                                           CGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CGA-C-GAAT-AGT---GT-------CGATA-TCAT-CATGA--T-------------C-GTG------ATT-TTA-TG-----GT---AGTT-T---GACT-----TCAACTTGCTAT--CGAT-ATCGTCGATAT-CG-ACGATATCG---------TG--TCGATATCG--AATC--ATGA-TTGT
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gi|2905                       :                                                                          --A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---TGATA-TCGT-
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Alignments
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lowQualScore                  :      6 6 00     3 2  555  1 1 1 1 2  1111    7 77777777777777777777   77 44444  5    44  999999999  6666  2222222     2    2 5   11  999 2   11  000  222222   9   9  00000  999    3 999  7 9  66    222222 999 0  9  222222  11  7     8   777777777  00         77    33    9     
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Reference ( family-769 )      : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAN-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATGTCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
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gi|2901                       :               AC-A-CA---AT-T-T-C-G-AC----ACGA-T--------------------GTT--G--ATTCG-ATAT--CGT--------ACA---AC---ATTGCGATG-TCGT-AACGA--TG---T-TGA--A
gi|2902                       :                   -CG---AT-A-T-C-G-AC----ACGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CG--------------------A---CGATA-TCGT-GTCGA--TA---T-CGA--
gi|2903                       :                                           CGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CGA-C-GAAT-AGT---GT-------CGATA-TCAT-CATGA--T-------------C-GTG------ATT-TTA-TG-----GT---AGTT-T---GACT-----TCAACTTGCTAT--CGAT-ATCGTCGATAT-CG-ACGATATCG---------TG--TCGATATCG--AATC--ATGA-TTGT
gi|2904                       :                                           CGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CG--------------------A---CGATA-TCGTGGACGA--TA---T-CGA--TTC-ATT------ATC-GTT-TGCTTATGT---TGTT-T---GA-C-AAC-TTAA------A---T--T-GC------TA--T---CGATATCGTCACTATCTTG--TGGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2905                       :                                                                          --A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---TGATA-TCGT-
gi|2906                       :                                                                                                           ---A---CGATA-TTGT-GTCGA--TA---T-CGA--TTC-ATT------ATCGTTT-TG-----ATTATGGTTGTTT-GA-C-AACTTTAA------A---T--T-GT------TA--T---CGATATCG---------TG----GATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2907                       :                                                                                                           ---A---CGATA-TTGT-GTCGA--TA---T-TGATTCAT--TATCTTTTATC-TTA-TG-----GT---CGTT-T---GA-C-GACTTCAA------ATTGCTATCGA------TAT-TG-TCAATATCG---------TG--TGGATATCG--AATT--ATGA-TCGTG
gi|2908                       :                                                                                                                          GT-AGTGA--TA---T-CGA--AAA-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CGAT-GT------TAG-TG-ACGATATCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATAA-TCGTG
gi|2909                       :                                                                                                                                                                                                                                   G-ACGATATCG---------TG--TCGATATCG--AATC--GTGA-TCGT


blockSeqs                     :      T G GC     C T  GAG  C A T A G  GATC    A GGAGAAAAAAAGCGAGGAAT   TT TTA    G    GT  TTCAAACC   ACCT  GTGA        G    A     AT  TTC G   TT  GAG  TCTTTT   G   G  CTTAT  TAT    A GGA  G A  CT    CTTGCT TTG A  C  CGTCGA  GT  A         TCACTATCT  AT         AA    AG    T
blockSeqs                     :      . . .      . G  G    . . . . C  ACC     . .                      .  ATT    .    .   TCAAAAT    A     ATTG        .    G     .   .   .   .   AG   TAG      .   .  T      AA     A TT   C .  CT    .      T   A  .  .       G   .         .          T          .     A     .
blockSeqs                     :      . . .      . .  .    . . . . .  C       . .                      .  TA     .    .   TAAAAC     A     A           .    .     .   .   .   .   AG   .        .   .  .      .      A .    . .  T     .      .   A  .  .       G   .         .          T          .     .     .
blockSeqs                     :      . . .      . .  .    . . . . .  T       . .                      .  A      .    .   TCAAAC     A     A           .    .     .   .   .   .   AG   .        .   .  .      .      A .    . .  C     .      .   A  .  .       G   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :      . . .      . .  .    . . . . .  .       . .                      .  A      .    .   TCAAAC     A     A           .    .     .   .   .   .   AA   .        .   .  .      .      A .    . .  .     .      .   A  .  .       G   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :      . . .      . .  .    . . . . .  .       . .                      .  A      .    .   TCCAAC     A     A           .    .     .   .   .   .   TT   .        .   .  .      .      A .    . .  .     .      .   A  .  .       G   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :      . . .      . .  .    . . . . .  .       . .                      .  T      .    .   ACGAAT     A     A           .    .     .   .   .   .   CG   .        .   .  .      .      A .    . .  .     .      .   A  .  .       G   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :      . . .      . .  .    . . . . .  .       . .                      .  A      .    .   TCAAAC     A     A           .    .     .   .   .   .   CA   .        .   .  .      .      G .    . .  .     .      .   A  .  .       T   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :      . . .      . .  .    . . . . .  .       . .                      .  A      .    .   TCTAC      A     A           .    .     .   .   .   .   CA   .        .   .  .      .      A .    . .  .     .      .   G  .  .       T   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :      . . .      . .  .    . . . . .  .       . .                      .  T      .    .   AAAT       T     A           .    .     .   .   .   .   AG   .        .   .  .      .      . .    . .  .     .      .   T  .  .       G   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :                 . .  .    . . . . .  .       . .                      .  T      .    .   ACA        A     A           .    .     .   .   .   .   G    .        .   .  .      .      . .    . .  .     .      .   G  .  .       .   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :                   .  .    . . . . .  .       . .                      .  T      .    .   T          .     A           .    .     .   .   .   .   T    .        .   .  .      .      . .    . .  .     .      .   .  .  .       .   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :                                              . .                      .  A      .    .   .          .     A           .    .     .   .   .   .   .    .        .   .  .      .      . .    . .  .     .      .   .  .  .       .   .         .          .          .     .     .
blockSeqs                     :                                              . .                      .  .      .    .   .          .     A           .    .     .   .   .   .                                                                                     .         .          .          .     .      
blockSeqs                     :                                                                          .      .    .   .          .     A           .    .     .   .   .   .                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                           .           .    .     .   .   .   .                                                                                                                                  
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blockSeqs                     :                                                                                                                            .                                                                                                                                                    


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAN-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATGTCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
finalCons                     : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAN-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATGTCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG





Alignments
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lowQualScore                  :      . . ..     . .  ...  . . . . .  ....    . ....................   .. .....  .    ..  .........  ....  .......     .    . .   ..  ... .   ..  ...  ......   .   .  .....  ...    . ...  . .  ..    ...... ... .  .  ......  ..  .     .   .........  ..         ..    ..    .     
lowQualScore                  :      6 6 00     3 2  555  1 1 1 1 2  1111    7 77777777777777777777   77 44444  5    44  999999999  6666  2222222     2    2 5   11  999 2   11  000  222222   9   9  00000  999    3 999  7 9  66    222222 999 0  9  222222  11  7     8   777777777  00         77    33    9     
consensus                     : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAN-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATGTCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
Reference ( family-769 )      : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAN-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATGTCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2890                       : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-A-T-A-A-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAT-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GCCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATGTCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2891                       : TATGT-T-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--AGT-A-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAA-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GACTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-AT------TAG-TG-ACGATGTCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2892                       : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---TGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAA-GTA------ACT-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TA---G-ACGATGTCG---------TG--TTGATATAG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2893                       : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-ATACC-ACGA-T--------------------AT---------CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---CGATA-TCGT-AACGA--TA---T-C-A--AAA-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GC-T-AA--TC-A------A---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATGTCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2894                       : TATGT-C-C--AAGAC-A-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGA-A--------------------ATC--G--A--C--------------AAAT-AAA---AC---A---TGATA-TCGC-AACGA--TA---T-CGA--AA--GTA------CCC-TTC-TG-----GT---GTCTAT---GA-T-AA------------G---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATATCG---------TG--TTGATATCG--AATT--ATGA-TCGTG
gi|2895                       : TATGTTC-C--AAGAC-A-CGG--AT-G-T-A-GGATC---ACGA-T--------------------ATCTTG-----CG-ATATGTCGT-C-TA-C-ACACCTAC---A---TGATA-TCGT-AACGA--TA---T-CGA--AAGAGTA------ACC-TTG-CG-----GT---GGCTAT---GGGT-AA--TCAA------A---CAAT-GT------TAG-TG-ACGATGCTG---------TGT-TTGATATCG--AATCAGATGATTCGTG
gi|2896                       : TATGT-C-C--AAGACCA-CG---AT-G-T-A-G-AT----ACGAAT--------------------ATC--GT-A--CG-ATAT--CTTTC-AAACCACA---AC-------CGATA-TCAA-AACGA--TA---T-CGA--AA---TT------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-TAAA--TCAA------A---CAAT-G-------TAG--A-CCGA--TCG---------T---TTAATATCG--AATC--AT
gi|2897                       : TATGT-T-CGCAAGAA-ATCG---AT-A-T-C-G-AC----ACGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CG--------------------A---CGATA-TCGT-GTCGA--TA---T-CGA--A
gi|2898                       : TAAGT-T-C--AAAAC-A-CG---AT-G-T-AAG-ATT---ACGA-TGGAGAAAAAAAGCGAGGAATATC--G--A--CGGATAT--CGT-CAAAAT-AC----AC---A---CGATAGTCGTAAACGGATTA---TGCGA--AAA-ATA--------C-TTCGTG-----GT---CGCTATGGAGA-T--A--TC-A------A---CAAT-GT------TAG-GGAACTATGTCG---------TGT-TTGATAGCGAAAATC--GAAA-TCGTG
gi|2899                       :  ATGT-C-C--AAGAC-C-AA---AT-AAC-A-GCAT-----CGA-T--------------------ATC--G--A--CG-ATAT--CGA-C-A----ATA---ACGTGA---CGATG-TCGT-GTCGA--TA---T-CGA--
gi|2900                       :    GT-CGC--AAGAC-AGCGGAGATCG-TTA-G-ATGATCACGA-T--------------------ATC--GTTA--CG-ATAT--ACT-C-CAAC-ACA---AC---A---CGATA-TC-T-ATCGA--TATTCT-CGG--AAT-TTATAG---ACT-TAC-TAT----GTAA-GAC--T---GA-T-AAT-TCAA------A---CAA--GT------TAGTTG-ACGACCTCG---------TAATTTGATATC---AATCA-ATGA-TCGT
gi|2901                       :               AC-A-CA---AT-T-T-C-G-AC----ACGA-T--------------------GTT--G--ATTCG-ATAT--CGT--------ACA---AC---ATTGCGATG-TCGT-AACGA--TG---T-TGA--A
gi|2902                       :                   -CG---AT-A-T-C-G-AC----ACGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CG--------------------A---CGATA-TCGT-GTCGA--TA---T-CGA--
gi|2903                       :                                           CGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CGA-C-GAAT-AGT---GT-------CGATA-TCAT-CATGA--T-------------C-GTG------ATT-TTA-TG-----GT---AGTT-T---GACT-----TCAACTTGCTAT--CGAT-ATCGTCGATAT-CG-ACGATATCG---------TG--TCGATATCG--AATC--ATGA-TTGT
gi|2904                       :                                           CGA-T--------------------ATC--G--T--CG-ATAT--CG--------------------A---CGATA-TCGTGGACGA--TA---T-CGA--TTC-ATT------ATC-GTT-TGCTTATGT---TGTT-T---GA-C-AAC-TTAA------A---T--T-GC------TA--T---CGATATCGTCACTATCTTG--TGGATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2905                       :                                                                          --A--CG-ATAT--CGT-C-AAAC-ACA---AC---A---TGATA-TCGT-
gi|2906                       :                                                                                                           ---A---CGATA-TTGT-GTCGA--TA---T-CGA--TTC-ATT------ATCGTTT-TG-----ATTATGGTTGTTT-GA-C-AACTTTAA------A---T--T-GT------TA--T---CGATATCG---------TG----GATATCG--AATC--ATGA-TCGTG
gi|2907                       :                                                                                                           ---A---CGATA-TTGT-GTCGA--TA---T-TGATTCAT--TATCTTTTATC-TTA-TG-----GT---CGTT-T---GA-C-GACTTCAA------ATTGCTATCGA------TAT-TG-TCAATATCG---------TG--TGGATATCG--AATT--ATGA-TCGTG
gi|2908                       :                                                                                                                          GT-AGTGA--TA---T-CGA--AAA-GTA------ACC-TTC-TG-----GT---GGCTAT---GA-T-AA--TCAA------A---CGAT-GT------TAG-TG-ACGATATCG---------TG--TTGATATCG--AATC--ATAA-TCGTG
gi|2909                       :                                                                                                                                                                                                                                   G-ACGATATCG---------TG--TCGATATCG--AATC--GTGA-TCGT