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lowQualScore                  :     66    9    9 9 999999 7  9 9     6666666666    9  9 9   9  7  7  7 7    77 7         3333    1   888     777 88 2   1    2   11     2  11     
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gi|21333                      : GTGA-CGTCA-TAGT-A-C----T-G-TT-T-GCGTA-CACATAGC-AACAAAC-T-TTT-GA-TG-AC-G-TCGA--T-CTACATTCG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
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gi|21342                      : GTG-A-CATCA-AAGTT-AC----A-TT-T-GTGTA-CACATAGC-AAGATAC-T-TTT-GATG-GCG-TCAA--T-CTACATATGAGCTAGGT-TTA---TTTGC---A--G-TTT-AGGA-AAT--AACTG-AG--TAGTT
gi|21343                      : GTG-AACGTCAATAGTA-CCCGATG-TT-T-GCG---------GT-AATCAAC-T-TTT-GATG-GCG-TAAG--T-CTACATACG----AGGT-TCATGGTTTTCCAGG--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AA--TAGTT
gi|21344                      : GTG-A-GTTCA-TAGTA-CCA---G-TT-TAGCGTA-C----------CA--C-T-TTT-GATGCGCG-TCAA--T-CTACATACG----AGGTATCA---TTTTC---G--G-TTA-GGAG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21345                      : GTG-A-CGTCA-TAGTA-CC----G-TT-T-GCGT-----------AACAAAC-C-TTT-GAGC-GAG-TCAA--T-CTACA-AC-----AGG--TCA---TTTTC---G--G-TTA-C-GG-AATAAAGCCG-AG--TAGTT
gi|21346                      : GTG-A-TGTCA-TAGCT-TG----A-TT-T-GTGTA-CAGCTAGA-AACAGAC-TCTCT-GATG-ACA-TCGA--T-GGACAAACA----AGGT-TTA---CCTAA---GTAG-TTA-CG
gi|21347                      :                                                                        GA--T-CTACATACG----AGGT-CCA-----TTC---GC-A-TTA-TGGA-AAT--AGCCG-AGACTGGTT
gi|21348                      :                                                                                tgactgt----AAGT-TCA---TTTTC---G--GCTTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21349                      :                                                                                             GT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGA-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21350                      :                                                                                               -TCA---TTTGC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGCT
gi|21351                      :                                                                                               -TCA---ATTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCTG-AG--TAGTT


blockSeqs                     :    C A     A     A  CGAT C  C A     ATACATAGCC    A  C C   T    C   C    GA A         AGCT    A   TGG     CAG AA G   A    A   AA     A  AC
blockSeqs                     :    . .     .     .  A    .  . .     CACATAGC      A  . .   .    .   .    .  .         .       .   A       .   GA C   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     CACATAGC      G  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   TA .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     CACATAGC      C  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   C  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     CACATAGC      A  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     AACATAGC      A  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     CACATAGC      A  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     CAGCTAGA      C  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     CACATAG       A  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     GT            T  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     C             A  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     .             A  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     .             G  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :    . .     .     .  .    .  . .     .             .  . .   .    .   .    .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :                                                                          .  .         .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :                                                                                       .       .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :                                                                                               .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :                                                                                               .   .       .   .  .   .    .   .      .  . 
blockSeqs                     :                                                                                               .   .       .   .  .   .                    


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GTG-A-CGTCA-TAGTA-CC----G-TT-T-GCGTA-CACATAGC-AACAAAC-T-TTT-GATG-GCG-TCGA--T-CTACATACG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
finalCons                     : GTG-A-CGTCA-TAGTA-CC----G-TT-T-GCGTA-CACATAGC-AACAAAC-T-TTT-GATG-GCG-TCGA--T-CTACATACG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT





Alignments
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lowQualScore                  :    2 2     2     2  8888 2  2 2     6666666666    1  2 2   2    2   2    33 2         5555    2   555     333 00 4   2    2   22     2  22     
lowQualScore                  :    . .     .     .  .... .  . .     ..........    .  . .   .    .   .    .. .         ....    .   ...     ... .. .   .    .   ..     .  ..     
lowQualScore                  :    7 7     7     7  3333 7  7 7     7777777777    2  7 7   7    7   7    44 5         0000    0   555     555 22 0   0    1   99     1  99     
consensus                     : GTG-A-CGTCA-TAGTA-CC----G-TT-T-GCGTA-CACATAGC-AACAAAC-T-TTT-GATG-GCG-TCGA--T-CTACATACG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
Reference ( family-763 )      : GTG-A-CGTCA-TAGTA-CC----G-TT-T-GCGTA-CACATAGC-AACAAAC-T-TTT-GATG-GCG-TCGA--T-CTACATACG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21332                      : GTG-A-TGTCA-TAGTA-CT----G-TT-T-GCGTA-CACATAGC-AACAAAC-T-TTT-GATG-ACG-TCGA--T-CTACATACG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21333                      : GTG-A-CGTCA-TAGTA-CT----G-TT-T-GCGTA-CACATAGC-AACAAAC-T-TTT-GATG-ACG-TCGA--T-CTACATTCG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21334                      : GTG-A-CGTCA-TAGTA-AC----G-TT-T-GCGTA-CACATAGC-AACAAAC-T-TTT-GATG-ACG-TCGA--T-CTACATACG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G--TA-CGGGAAAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21335                      : GTT-A-CGTCA-TAGTA-AT----G-TT-T-GCGTA-CACATAGC-AACAGAA-T-TTT-GATG-GTG-TCGA--T-CTACATACG----AGGT-TCA---TTTCC---A--G-TTA-TGGA-AAT--AGCCG-AA--
gi|21336                      : GTG-A-CGTCA-TAGTA-CC----G-TT-T-GTGTA-CACATAGC-AACACAC-T-TT--GATG-GCG-TCAA--T-CTACATGTG----AGGT-TGA---TTTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TA
gi|21337                      : GTG-A-CTTCA-TAGTA-CT----G-TT-T-GCGTA-AACATAGC-AACAAAC-T-TTT-GATG-ACG-TCGA--CATTACATACG----ACGT-TCA---TTTTC---GAAG-TTA-C-GG-AAT--AGCCGAAG--TAGTT
gi|21338                      : GTGCA-CTTCA-TAGTA-CT----GCTT-T-GCGTAATACATAGCCAACAAAC---TTT-GATG-ACGCTCGA--A-TTACATACG----A-GT-TCA---TTTTC---GGAG-TTA-CGGG--AT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21339                      : GTG-A-CGTCA-TAATA-CC----G-TT-T-GCGTA-----------ACAAAC-T-TTT-GATG-GCG-TCAA--T-CTACATACG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CTGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21340                      : GTG-A-CGTCA-TAGTA-CC----G-TT-T-GCGTA-----------ACACAC-T-TTTTGATG-GCG-TCAA--T-CTACATACG----AGGT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGCT
gi|21341                      : GTG-A-CGTCA-TAGTAACC----G-TTCT-GCGT--CACATAG--AACAAACCT-TTT-GATG-ACG-TCGAGAT-CTACATAC-----AGGT-TCAA--TTTTC---G--GGTTAACGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21342                      : GTG-A-CATCA-AAGTT-AC----A-TT-T-GTGTA-CACATAGC-AAGATAC-T-TTT-GATG-GCG-TCAA--T-CTACATATGAGCTAGGT-TTA---TTTGC---A--G-TTT-AGGA-AAT--AACTG-AG--TAGTT
gi|21343                      : GTG-AACGTCAATAGTA-CCCGATG-TT-T-GCG---------GT-AATCAAC-T-TTT-GATG-GCG-TAAG--T-CTACATACG----AGGT-TCATGGTTTTCCAGG--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AA--TAGTT
gi|21344                      : GTG-A-GTTCA-TAGTA-CCA---G-TT-TAGCGTA-C----------CA--C-T-TTT-GATGCGCG-TCAA--T-CTACATACG----AGGTATCA---TTTTC---G--G-TTA-GGAG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21345                      : GTG-A-CGTCA-TAGTA-CC----G-TT-T-GCGT-----------AACAAAC-C-TTT-GAGC-GAG-TCAA--T-CTACA-AC-----AGG--TCA---TTTTC---G--G-TTA-C-GG-AATAAAGCCG-AG--TAGTT
gi|21346                      : GTG-A-TGTCA-TAGCT-TG----A-TT-T-GTGTA-CAGCTAGA-AACAGAC-TCTCT-GATG-ACA-TCGA--T-GGACAAACA----AGGT-TTA---CCTAA---GTAG-TTA-CG
gi|21347                      :                                                                        GA--T-CTACATACG----AGGT-CCA-----TTC---GC-A-TTA-TGGA-AAT--AGCCG-AGACTGGTT
gi|21348                      :                                                                                tgactgt----AAGT-TCA---TTTTC---G--GCTTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21349                      :                                                                                             GT-TCA---TTTTC---G--G-TTA-CGGA-AAT--AGCCG-AG--TAGTT
gi|21350                      :                                                                                               -TCA---TTTGC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCCG-AG--TAGCT
gi|21351                      :                                                                                               -TCA---ATTTC---G--G-TTA-CGGG-AAT--AGCTG-AG--TAGTT