lowQualScore : 1 222222222222222222222222
lowQualScore : 2 5 2 33 2 7 2 55 4 2 333 2 6666 33 4 2 333333333333333333333333 2 2 444 33 66666 66 66666 2 5
lowQualScore : . . . .. . . . .. . . ... . .... .. . . ........................ . . ... .. ..... .. ..... . .
lowQualScore : 7 3 5 44 4 5 2 00 2 1 777 2 9999 11 4 4 666666666666666666666666 4 5 777 77 77777 33 77777 7 3
consensus : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TGAC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
Reference ( gi|94266 ) : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TTAC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94269 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TGAC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTGCA----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TCTACATAA
gi|94267 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TGAC-TTTTGTT-C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CC-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94271 : TGG-AA-GCA-C--GCGAT-TTAC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--CCGAGGCG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94268 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-G-AC-TTTGTT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CC-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94273 : TGT-AA-GCA-C--ACCAT-T-A------GT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-T---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94272 : TGT-AA-GCA-A--AAGAT-TGAC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCGAAACCACAAGTTTTTAA-------A-TCTA-G---GC--C-----TG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94270 : TGTCAA-GCA-C--ACGAT-G-AC-TTTTGT--C-G-T---AG-TTTG-A----GT--CGTTT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----C---A-----CA-TA-TCATAA
gi|94274 : TGT-AA-GCA-CCCACGAG-TGAC-TTTTGT--C-G-T---AG-TTTG-A----GT--CA--T-GCGA---------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CGA-A-----CACTC-ACAAAA
gi|94277 : TGT-AA-GCA-C--TCGAT-TC-C-TTTTGTTCC-G-T---AGTTTTG-A----GT--CGTTT-GCG----------------AT------ACTCT------GC--C-----CG--A-----CA-TC-
gi|94275 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TGAC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-T
gi|94276 : TGT-AA-GCA-C--AAAAT-TGAC-TTC-------------AGT---G-A----GT--CA-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-----GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94278 : TGT-AA-ACA-C--AAGAT-TGAC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GTTCCG-TT-TCG----------------A-------A-
gi|94279 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TGAC-TTTTGT--C-G-T---AG
gi|94280 : TGT-AACGCAAC--ACGACATGACGTTTTGT--CAG-TTCAGGTTTTG-ATAGAGT--CG-TT-GCG----------------A-------A-GCTA-G---GCGGC-----TGGAA-----CA-TCAACATA
gi|94281 : TGT-AAAGCA----AC-AT-TGAC-TTTTGG--T-G-T---AGTTTGG-AG---GT--CG-TTGGCGA---------------A-------A-TCTT-GGTAGC--C-----AG--ATAGCTCA-TC-ACATAA
gi|94283 : A-T--ACGAT-TGAC-TTTTGT--C-G-T---ATTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------AATCTACTA-TCTA-G---GC--C-----CA--A-----CA-AC-ACATAA
gi|94284 : GAT-TGAC-TTTTGT--CCG-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCGA---------------A-------A-TCTACG---AC--C-----CA--A-----CA-AT-ACATAA
gi|94282 : AC-TTTTGT--C-GGT---AAGTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GG--C-----CA--A-----CA-AC-ACATAA
gi|94285 : agtaccgactggTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222
lowQualScore : 2 4 2 33 2 2 2 44 4 2 333 2 6666 22 4 2 111111111111111111111111 2 2 444 33 66666 55 66666 2 5
lowQualScore : . . . .. . . . .. . . ... . .... .. . . ........................ . . ... .. ..... .. ..... . .
lowQualScore : 5 7 2 11 1 1 1 88 0 0 555 1 6666 99 2 2 888888888888888888888888 2 4 444 44 22222 99 22222 5 0
consensus : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
Reference ( family-762 ) : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94266 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TT-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94267 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGTT-C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CC-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94268 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT--G-AC-TTTGTT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CC-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94269 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTGCA----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TCTACATAA
gi|94270 : TGTCAA-GCA-C--ACGAT--G-AC-TTTTGT--C-G-T---AG-TTTG-A----GT--CGTTT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----C---A-----CA-TA-TCATAA
gi|94271 : TGG-AA-GCA-C--GCGAT-TT-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--CCGAGGCG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94272 : TGT-AA-GCA-A--AAGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCGAAACCACAAGTTTTTAA-------A-TCTA-G---GC--C-----TG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94273 : TGT-AA-GCA-C--ACCAT-TA--------GT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-T---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94274 : TGT-AA-GCA-CCCACGAG-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AG-TTTG-A----GT--CA--T-GCGA---------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CGA-A-----CACTC-ACAAAA
gi|94275 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-T
gi|94276 : TGT-AA-GCA-C--AAAAT-TG-AC-TTC-------------AGT---G-A----GT--CA-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-----GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94277 : TGT-AA-GCA-C--TCGAT-TC--C-TTTTGTTCC-G-T---AGTTTTG-A----GT--CGTTT-GCG----------------AT------ACTCT------GC--C-----CG--A-----CA-TC-
gi|94278 : TGT-AA-ACA-C--AAGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GTTCCG-TT-TCG----------------A-------A-
gi|94279 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AG
gi|94280 : TGT-AACGCAAC--ACGACATG-ACGTTTTGT--CAG-TTCAGGTTTTG-ATAGAGT--CG-TT-GCG----------------A-------A-GCTA-G---GCGGC-----TGGAA-----CA-TCAACATA
gi|94281 : TGT-AAAGCA----AC-AT-TG-AC-TTTTGG--T-G-T---AGTTTGG-AG---GT--CG-TTGGCGA---------------A-------A-TCTT-GGTAGC--C-----AG--ATAGCTCA-TC-ACATAA
gi|94282 : A-GTA-C---CGAC-TGGAC-TTTTGT--C-GGT---AAGTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GG--C-----CA--A-----CA-AC-ACATAA
gi|94283 : A-T--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---ATTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------AATCTACTA-TCTA-G---GC--C-----CA--A-----CA-AC-ACATAA
gi|94284 : GAT-TG-AC-TTTTGT--CCG-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCGA---------------A-------A-TCTACG---AC--C-----CA--A-----CA-AT-ACATAA
gi|94285 : TTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222
lowQualScore : 2 4 2 33 2 2 2 44 4 2 333 2 6666 22 4 2 111111111111111111111111 2 2 444 33 66666 55 66666 2 5
lowQualScore : . . . .. . . . .. . . ... . .... .. . . ........................ . . ... .. ..... .. ..... . .
lowQualScore : 5 7 2 11 1 1 1 88 0 0 555 1 6666 99 2 2 888888888888888888888888 2 4 444 44 22222 99 22222 5 0
consensus : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
Reference ( family-762 ) : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94266 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TT-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94267 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGTT-C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CC-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94268 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT--G-AC-TTTGTT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CC-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94269 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTGCA----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TCTACATAA
gi|94270 : TGTCAA-GCA-C--ACGAT--G-AC-TTTTGT--C-G-T---AG-TTTG-A----GT--CGTTT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----C---A-----CA-TA-TCATAA
gi|94271 : TGG-AA-GCA-C--GCGAT-TT-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--CCGAGGCG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94272 : TGT-AA-GCA-A--AAGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCGAAACCACAAGTTTTTAA-------A-TCTA-G---GC--C-----TG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94273 : TGT-AA-GCA-C--ACCAT-TA--------GT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-T---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94274 : TGT-AA-GCA-CCCACGAG-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AG-TTTG-A----GT--CA--T-GCGA---------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CGA-A-----CACTC-ACAAAA
gi|94275 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-T
gi|94276 : TGT-AA-GCA-C--AAAAT-TG-AC-TTC-------------AGT---G-A----GT--CA-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-----GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94277 : TGT-AA-GCA-C--TCGAT-TC--C-TTTTGTTCC-G-T---AGTTTTG-A----GT--CGTTT-GCG----------------AT------ACTCT------GC--C-----CG--A-----CA-TC-
gi|94278 : TGT-AA-ACA-C--AAGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GTTCCG-TT-TCG----------------A-------A-
gi|94279 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AG
gi|94280 : TGT-AACGCAAC--ACGACATG-ACGTTTTGT--CAG-TTCAGGTTTTG-ATAGAGT--CG-TT-GCG----------------A-------A-GCTA-G---GCGGC-----TGGAA-----CA-TCAACATA
gi|94281 : TGT-AAAGCA----AC-AT-TG-AC-TTTTGG--T-G-T---AGTTTGG-AG---GT--CG-TTGGCGA---------------A-------A-TCTT-GGTAGC--C-----AG--ATAGCTCA-TC-ACATAA
gi|94282 : A-GTA-C---CGAC-TGGAC-TTTTGT--C-GGT---AAGTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GG--C-----CA--A-----CA-AC-ACATAA
gi|94283 : A-T--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---ATTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------AATCTACTA-TCTA-G---GC--C-----CA--A-----CA-AC-ACATAA
gi|94284 : GAT-TG-AC-TTTTGT--CCG-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCGA---------------A-------A-TCTACG---AC--C-----CA--A-----CA-AT-ACATAA
gi|94285 : TTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-
blockSeqs : C C A CC A G G TC A G TCA C TAGA TC T G AAACCACAAGTTTTTAA C C GTA GG CGAGG GA TAGCT C T
blockSeqs : . A . . . . . T C . . . G . T . AATCTACT . . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
finalCons : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222
lowQualScore : 2 4 2 33 2 2 2 44 4 2 333 2 6666 22 4 2 111111111111111111111111 2 2 444 33 66666 55 66666 2 5
lowQualScore : . . . .. . . . .. . . ... . .... .. . . ........................ . . ... .. ..... .. ..... . .
lowQualScore : 5 7 2 11 1 1 1 88 0 0 555 1 6666 99 2 2 888888888888888888888888 2 4 444 44 22222 99 22222 5 0
consensus : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
Reference ( family-762 ) : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94266 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TT-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94267 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGTT-C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CC-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94268 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT--G-AC-TTTGTT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CC-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94269 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTGCA----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CG--A-----CA-TCTACATAA
gi|94270 : TGTCAA-GCA-C--ACGAT--G-AC-TTTTGT--C-G-T---AG-TTTG-A----GT--CGTTT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----C---A-----CA-TA-TCATAA
gi|94271 : TGG-AA-GCA-C--GCGAT-TT-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GC--CCGAGGCG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94272 : TGT-AA-GCA-A--AAGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCGAAACCACAAGTTTTTAA-------A-TCTA-G---GC--C-----TG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94273 : TGT-AA-GCA-C--ACCAT-TA--------GT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-T---GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94274 : TGT-AA-GCA-CCCACGAG-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AG-TTTG-A----GT--CA--T-GCGA---------------A-------A-TCTA-G---GC--C-----CGA-A-----CACTC-ACAAAA
gi|94275 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-T
gi|94276 : TGT-AA-GCA-C--AAAAT-TG-AC-TTC-------------AGT---G-A----GT--CA-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-----GC--C-----CG--A-----CA-TC-ACATAA
gi|94277 : TGT-AA-GCA-C--TCGAT-TC--C-TTTTGTTCC-G-T---AGTTTTG-A----GT--CGTTT-GCG----------------AT------ACTCT------GC--C-----CG--A-----CA-TC-
gi|94278 : TGT-AA-ACA-C--AAGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GTTCCG-TT-TCG----------------A-------A-
gi|94279 : TGT-AA-GCA-C--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---AG
gi|94280 : TGT-AACGCAAC--ACGACATG-ACGTTTTGT--CAG-TTCAGGTTTTG-ATAGAGT--CG-TT-GCG----------------A-------A-GCTA-G---GCGGC-----TGGAA-----CA-TCAACATA
gi|94281 : TGT-AAAGCA----AC-AT-TG-AC-TTTTGG--T-G-T---AGTTTGG-AG---GT--CG-TTGGCGA---------------A-------A-TCTT-GGTAGC--C-----AG--ATAGCTCA-TC-ACATAA
gi|94282 : A-GTA-C---CGAC-TGGAC-TTTTGT--C-GGT---AAGTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-G---GG--C-----CA--A-----CA-AC-ACATAA
gi|94283 : A-T--ACGAT-TG-AC-TTTTGT--C-G-T---ATTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------AATCTACTA-TCTA-G---GC--C-----CA--A-----CA-AC-ACATAA
gi|94284 : GAT-TG-AC-TTTTGT--CCG-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCGA---------------A-------A-TCTACG---AC--C-----CA--A-----CA-AT-ACATAA
gi|94285 : TTGT--C-G-T---AGTTTTG-A----GT--CG-TT-GCG----------------A-------A-TCTA-