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lowQualScore                  :      . ...         .        ............    .     . ..............     .  .      . . ....  .      ..  .. .... .  ..    . ..  .  ......   ..    .   .  . .          
lowQualScore                  :      3 777         7        777777777777    7     7 99999999999999     0  4      2 4 7777  2      11  11 4444 6  99    7 11  4  444444   11    2   4  2 2          
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Reference ( gi|112832 )       : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACT-T---CT--ACC--ATTTTGG-GA-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--A----CGGC--GCGGGC--TA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112831                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACT-TA--TT--CCC--A-TTTGG-GA-TATTCC-A-C----AT-CCACGA--TT--A----CAGC--GCGGCC--GA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112833                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CACA-CAACT-T---CT--CCC--AATTCGG-GA-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--A----CAGC--GCGGCC--TA-ATTACATGTAC--ATAG-CGC-AA-T-GAGTGCACAT
gi|112839                     : GCACA-C---AGACCCCTAACCGTTTGA------------CGCA-CAACT-T---CTAAACC--ATTTTGG-AA-TATT-C-A-C----AT-CCGCGA--TTAAA----CGAC--GCGGGC--TA-AT------TAC--ATAGCCGC-AA-TAAAGTGCACAT
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Alignments
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lowQualScore                  :      5 444         2        222222222222    2     2 5 88   55      66 2      2 4 4444  2      22  22   4  22    22 55   4  666666   55    2   4  2 2          
lowQualScore                  :      . ...         .        ............    .     . . ..   ..      .. .      . . ....  .      ..  ..   .  ..    .. ..   .  ......   ..    .   .  . .          
lowQualScore                  :      0 444         5        888888888888    5     5 1 44   11      55 2      1 2 5555  1      99  99   2  88    99 88   2  111111   88    1   2  1 1          
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Reference ( family-761 )      : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACT-TCT--CCCANTTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
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gi|112842                     : GCACAGC---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACT-TCTA-CTCAATTTTGGAAA-TATTCC-AGC----AT-CCGCGA--TT--ATATGC--GCCG--CGTCTAGAT------TAC--AAGG-CGCGAA-T-AAGTGCATA
gi|112843                     : GCACAGC---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACT-TCTA-CTCAATTTTGGAAA-TATTCC-AGC----AT-CCGCGA--TT--ATATGC--GCCG--CGTCTAGAT------TAC--AAGG-CGCGAA-T-AAGTGCATA
gi|112844                     : GCACA-CCCAAGACCC-TA-CCGT--GA------------CGCAACAACTATCT--ACCA-TTTGGG--ACTATTCC-A-C----AA-TCGCGA--TT--ACG-GC--GCGG--G--CTA-AT------TAC--ATAG-TGC-AA---AAGT-CACAT
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gi|112847                     :                                                                   G--A-TATTCCCA-C----ATTCCGCAA--TT--ACA-GC--GCAGCCC--CTA-A-------TAC--ATAG-CGC-A----AAGTGCTCAT
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Alignments
lowQualScore                  :                             111111111111                                                                                                                       
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lowQualScore                  :      . ...         .        ............    .      . .. ..  ..      .. .      . . ....  .      ..  ..   .  ..    .. ..   .  ......   ..    .   .  . .          
lowQualScore                  :      0 444         5        888888888888    5      1 44 44  22      55 2      1 2 5555  1      99  99   2  88    99 88   2  111111   88    1   2  1 1          
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Reference ( family-761 )      : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCAATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
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gi|112840                     : GCACA-C---AGAGCCTTA-CTCTTTGA------------CACA-CACCTTAT--T--CTATTTTGGG--A-TAATGC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GG--GTGA--C--CTA-AT------TGC--ACAG-CGA-AA-T-AAGTGCACA
gi|112841                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCCATTTGGG--A-TATTCC-A-CATGTAT-TCACGA--TT--ACA-GT--GC
gi|112842                     : GCACAGC---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCTA-C--TCAATTTTGGAAA-TATTCC-AGC----AT-CCGCGA--TT--ATATGC--GCCG--CGTCTAGAT------TAC--AAGG-CGCGAA-T-AAGTGCATA
gi|112843                     : GCACAGC---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCTA-C--TCAATTTTGGAAA-TATTCC-AGC----AT-CCGCGA--TT--ATATGC--GCCG--CGTCTAGAT------TAC--AAGG-CGCGAA-T-AAGTGCATA
gi|112844                     : GCACA-CCCAAGACCC-TA-CCGT--GA------------CGCAACAACT-AT--CTACCA-TTTGGG--ACTATTCC-A-C----AA-TCGCGA--TT--ACG-GC--GCGG--G--CTA-AT------TAC--ATAG-TGC-AA---AAGT-CACAT
gi|112845                     :  CACA-C---AGACCGCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CACCTTAT--C--CCCATTAGGG--A-TATCCC-A-C----AT-CCGTGA--TT--ACA-GC--GTGG--C--TTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112846                     :      -C---GGGCACCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAC--C--CCCATTTGAG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCAA--TT--ACA-GC--TCGA--C--CTA-AT------TAC--ATGG-CCC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112847                     :                                                                    G--A-TATTCCCA-C----ATTCCGCAA--TT--ACA-GC--GCAGCCC--CTA-A-------TAC--ATAG-CGC-A----AAGTGCTCAT
gi|112848                     :                                                                        -TGTTCC-----------CCGCGAAATT--AC--GCAGGCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AAGT-AAGT-CACA
gi|112849                     :                                                                               -A-C----GT-CGGCGA--TT--GCA-AC--GCAG--C--CTA-GT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-ACGTGCACA
gi|112850                     :                                                                                                            --GCGG--C--CTA-AT------TAC--AAAG-CGC-AA-T-AAGTGCACGT





Alignments
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lowQualScore                  :      5 444         2        222222222222    2      0 88 33  22      66 2      2 4 4444  2      22  22   4  22    22 55   4  666666   55    2   4  2 2          
lowQualScore                  :      . ...         .        ............    .      . .. ..  ..      .. .      . . ....  .      ..  ..   .  ..    .. ..   .  ......   ..    .   .  . .          
lowQualScore                  :      0 444         5        888888888888    5      1 44 44  22      55 2      1 2 5555  1      99  99   2  88    99 88   2  111111   88    1   2  1 1          
consensus                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCAATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
Reference ( family-761 )      : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCAATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112831                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--T--CCCATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCACGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CGA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112832                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCT--A--CCATTTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACG-GC--GCGG--G--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112833                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CACA-CAACTTCT--C--CCAATTCGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-ATTACATGTAC--ATAG-CGC-AA-T-GAGTGCACAT
gi|112834                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCATTTGA------------TGCA-CAACTTAA--C--CTCATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GTGG--C--CTA-AT------AAC--ATAG-CCC-AA-T-AAGT
gi|112835                     : GCACG-C---AGAGCCCTA-TCGTTTGA------------CGCA-CAATTTAT--T--CCAATTTGGG--A-TAATCC-A-C----GT-CCGCGA--TT--ACA-AC--GCGG--C--CTA-AT------TACATATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112836                     : GCACA-C---ACACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCTATTTGGG--A-TCATCC-A-C----AT-CCTCGA--TT--ACA-GC--GCAA--C--CTA-AT------TAC--ACAG-CAC-AA-T-AAGT-CAC
gi|112837                     : GCACA-C---AGACCGTTA-CCGTTTGAGGCACCGGGTGACGCA-CAACTTAT--C--CCCATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GT--TCAG--A--TTA-AT------TGCATATAG-CGC-AA-T-AAATGCACAT
gi|112838                     : GTACA-C---AGGGCCTTG-CTGTTTGA------------CGCA-CACCTTTT--C--ACATTTTAGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGTGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-AT------TAC--ACAG-CGC-AA-T-AAGTGCACA
gi|112839                     : GCACA-C---AGACCCCTAACCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCTAAA--CCATTTTGGA--A-TATT-C-A-C----AT-CCGCGA--TTAAACG-AC--GCGG--G--CTA-AT------TAC--ATAGCCGC-AA-TAAAGTGCACAT
gi|112840                     : GCACA-C---AGAGCCTTA-CTCTTTGA------------CACA-CACCTTAT--T--CTATTTTGGG--A-TAATGC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GG--GTGA--C--CTA-AT------TGC--ACAG-CGA-AA-T-AAGTGCACA
gi|112841                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCCATTTGGG--A-TATTCC-A-CATGTAT-TCACGA--TT--ACA-GT--GC
gi|112842                     : GCACAGC---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCTA-C--TCAATTTTGGAAA-TATTCC-AGC----AT-CCGCGA--TT--ATATGC--GCCG--CGTCTAGAT------TAC--AAGG-CGCGAA-T-AAGTGCATA
gi|112843                     : GCACAGC---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCTA-C--TCAATTTTGGAAA-TATTCC-AGC----AT-CCGCGA--TT--ATATGC--GCCG--CGTCTAGAT------TAC--AAGG-CGCGAA-T-AAGTGCATA
gi|112844                     : GCACA-CCCAAGACCC-TA-CCGT--GA------------CGCAACAACT-AT--CTACCA-TTTGGG--ACTATTCC-A-C----AA-TCGCGA--TT--ACG-GC--GCGG--G--CTA-AT------TAC--ATAG-TGC-AA---AAGT-CACAT
gi|112845                     :  CACA-C---AGACCGCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CACCTTAT--C--CCCATTAGGG--A-TATCCC-A-C----AT-CCGTGA--TT--ACA-GC--GTGG--C--TTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112846                     :      -C---GGGCACCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAC--C--CCCATTTGAG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCAA--TT--ACA-GC--TCGA--C--CTA-AT------TAC--ATGG-CCC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112847                     :                                                                    G--A-TATTCCCA-C----ATTCCGCAA--TT--ACA-GC--GCAGCCC--CTA-A-------TAC--ATAG-CGC-A----AAGTGCTCAT
gi|112848                     :                                                                        -TGTTCC-----------CCGCGAAATT--AC--GCAGGCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AAGT-AAGT-CACA
gi|112849                     :                                                                               -A-C----GT-CGGCGA--TT--GCA-AC--GCAG--C--CTA-GT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-ACGTGCACA
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blockSeqs                     :      G CCA         A        GGCACCGGGTGA    A        AA TA  AT      AA C      C G ATGT  T      AA  AA   T  AG    CC GT   G  TACATG   AT    C   G  G A
blockSeqs                     :      G .           .        .               .        A  .   AA      AA .      . G .     .      .   .    T  .     .  GT   G  .        AT    .   G  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        A  .   CA      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   AA      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   TA      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   CA      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   AT      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
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blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   AT      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   CA      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   AA      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   AA      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   CA      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   CA      .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :      . .           .        .               .        .  .   A       .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :                                                                     .  .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
blockSeqs                     :                                                                        .      . . .     .      .   .    .  .     .  .    .  .        .     .   .  . .
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCAATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
finalCons                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCAATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT





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lowQualScore                  :      . ...         .        ............    .      . .. ..  ..      .. .      . . ....  .      ..  ..   .  ..    .. ..   .  ......   ..    .   .  . .          
lowQualScore                  :      0 444         5        888888888888    5      1 44 44  22      55 2      1 2 5555  1      99  99   2  88    99 88   2  111111   88    1   2  1 1          
consensus                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCAATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
Reference ( family-761 )      : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCAATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112831                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--T--CCCATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCACGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CGA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112832                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCT--A--CCATTTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACG-GC--GCGG--G--CTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112833                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CACA-CAACTTCT--C--CCAATTCGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GC--GCGG--C--CTA-ATTACATGTAC--ATAG-CGC-AA-T-GAGTGCACAT
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gi|112836                     : GCACA-C---ACACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCTATTTGGG--A-TCATCC-A-C----AT-CCTCGA--TT--ACA-GC--GCAA--C--CTA-AT------TAC--ACAG-CAC-AA-T-AAGT-CAC
gi|112837                     : GCACA-C---AGACCGTTA-CCGTTTGAGGCACCGGGTGACGCA-CAACTTAT--C--CCCATTTGGG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GT--TCAG--A--TTA-AT------TGCATATAG-CGC-AA-T-AAATGCACAT
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gi|112839                     : GCACA-C---AGACCCCTAACCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCTAAA--CCATTTTGGA--A-TATT-C-A-C----AT-CCGCGA--TTAAACG-AC--GCGG--G--CTA-AT------TAC--ATAGCCGC-AA-TAAAGTGCACAT
gi|112840                     : GCACA-C---AGAGCCTTA-CTCTTTGA------------CACA-CACCTTAT--T--CTATTTTGGG--A-TAATGC-A-C----AT-CCGCGA--TT--ACA-GG--GTGA--C--CTA-AT------TGC--ACAG-CGA-AA-T-AAGTGCACA
gi|112841                     : GCACA-C---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAT--C--CCCATTTGGG--A-TATTCC-A-CATGTAT-TCACGA--TT--ACA-GT--GC
gi|112842                     : GCACAGC---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCTA-C--TCAATTTTGGAAA-TATTCC-AGC----AT-CCGCGA--TT--ATATGC--GCCG--CGTCTAGAT------TAC--AAGG-CGCGAA-T-AAGTGCATA
gi|112843                     : GCACAGC---AGACCCCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTCTA-C--TCAATTTTGGAAA-TATTCC-AGC----AT-CCGCGA--TT--ATATGC--GCCG--CGTCTAGAT------TAC--AAGG-CGCGAA-T-AAGTGCATA
gi|112844                     : GCACA-CCCAAGACCC-TA-CCGT--GA------------CGCAACAACT-AT--CTACCA-TTTGGG--ACTATTCC-A-C----AA-TCGCGA--TT--ACG-GC--GCGG--G--CTA-AT------TAC--ATAG-TGC-AA---AAGT-CACAT
gi|112845                     :  CACA-C---AGACCGCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CACCTTAT--C--CCCATTAGGG--A-TATCCC-A-C----AT-CCGTGA--TT--ACA-GC--GTGG--C--TTA-AT------TAC--ATAG-CGC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112846                     :      -C---GGGCACCTA-CCGTTTGA------------CGCA-CAACTTAC--C--CCCATTTGAG--A-TATTCC-A-C----AT-CCGCAA--TT--ACA-GC--TCGA--C--CTA-AT------TAC--ATGG-CCC-AA-T-AAGTGCACAT
gi|112847                     :                                                                    G--A-TATTCCCA-C----ATTCCGCAA--TT--ACA-GC--GCAGCCC--CTA-A-------TAC--ATAG-CGC-A----AAGTGCTCAT
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gi|112850                     :                                                                                                            --GCGG--C--CTA-AT------TAC--AAAG-CGC-AA-T-AAGTGCACGT