lowQualScore : 11111111111111111 11111 444444444444444444 11111 222222222222222222222222222222222 11111 1111111 1111111 2
lowQualScore : 2 1 7777 2 7 4 4 0 2 22222222222222222 2 11111 2 777777777777777777 22 2 44444 555555555555555555555555555555555 5555 11111 3 7777777 555 0000000 3 3 6 666 666 3 3 66 5
lowQualScore : . . .... . . . . . . ................. . ..... . .................. .. . ..... ................................. .... ..... . ....... ... ....... . . . ... ... . . .. .
lowQualScore : 7 1 4444 4 3 7 4 3 5 88888888888888888 2 00000 1 999999999999999999 99 1 22222 111111111111111111111111111111111 7777 77777 3 5555555 888 8888888 3 3 7 444 444 6 8 11 1
consensus : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACAC-TATCCT----T-----A------T-CTTTTT--T--AA-ACTTG----T---T---------ATAC--C-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---CC-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
Reference ( gi|93444 ) : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACAC-TATCCT----T-----A------T-CTTTTT--T--AA-ACTTG---TT---T---------ATAC--C-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---CC-------TTATATGGG-CA-T-TG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93443 : ATA-ATATTGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACAC-TATCCT----T-----A------T-CTTTTT--T--AA-ACTTG---TT---T---------ATAC--C-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---CC-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93445 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATTGA-TTACAC-TATCCT----T-----A------T-C-TTTT--T--AA-ACTTG----T---T---------ATACCAC-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---CC-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAGTTCCAGTTTAA--AAAGAAAA
gi|93446 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAAAATTACAC-TATCCT----T-----A------T-CTTTTT-----AA-ACTTG---AT-------------ATAC--C-GATGAAATCGC-----T--------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---CC-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAA
gi|93447 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-TTACAC-TATCCT----T-----A------T-CTTTTT--A--AA-ACTTG----A---T---------ATAC--C-GACGAAATCGC-----TCT------------------A--------------A----GTA-----A-AT-------CTA---CC-------TTATATGGA-CA-TGTG---ACA---GGAAG-TCCAG-TTAA--CAAAAAAA
gi|93448 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-CTACAC-TATCATAGACT-----A------CACTTTTT--A--AA-ACTTG---AT-------------ATAC--C-GATGAAATTGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----C-AT-------TTA---CC-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---AGAAG-TCCAG-TTAA--AAAAAAAA
gi|93450 : ATA-ATATGGTGAATG----AAA-ATAAA-TTACAC-TAT-------T-----A------T-AT---------AATACTTA---TCA--T---------ATAC--C-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----T-AT-------CTA---CC-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTGA--AAAAAAAA
gi|93449 : ATA-TTATGGTGACAGCAAAAAA-ATATA-TTGCAC--ATCCT----T-----A------T-TCTTTT--G--AA-AATTG---AT-------------ATAC--C-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTAC----A-AT-------CTA---CC-------TTATATGGG-CAGT-TG---ACA----GAAG-TCCAGTTTAATTAAAAAAA
gi|93451 : ATATATATGGTGA-AG----AAATATAGA-TTACAC-TATCCT----T-----A------T-CTTTTT--T--AA---CTG---TGA--T---------ATAC--CTGACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---CC-------TTATATGGA-CA-G-T------A---TGAAG-T-CAGTTAAA--AACAAA
gi|93452 : ATC-ACATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTATAC-TACCCA----T-----A------T-CTTTTT--A--AA-ACTTG----A---T---------ATAC--C-GACGAGATTGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93453 : ATC-ATAAGGTGACAG----AAA-AAAAAATTACAC-TCTGCT----T-----A------T-CTTTTTTAT--AA-ACTTGATATTGA-T---------ATAC--C-TACAACATCGT-----TCC------------------G--------------tttctgcacttgcatataa
gi|93454 : ATC-ATATGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TCACATGTACCCT----CTGCTGA------T-CTTTTT--TAAAA-ACTTG----A---T---------ATGG--C-GATAAAATCGC-----T
gi|93455 : A-GTATGGTGGCAG----AAT-AAAAA-TTACAC-TCTGCT----A-----A------T-CTTTTT--T--TA-ATTTG----A---T---------ATAC--C-GACGAAA
gi|93456 : -ATATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TTACAC-TCTGCT----A-----ACGTGGTT-TTTTTT--T--AA-A-TTG----A---T---------ATAC--C-AACGAAATCGCTG---TCTTTCGTACTCGTATTTTAAA--------------T----GTA-----A-ACA------CTA---CC-------TTATATGGG-CA-T-
gi|93458 : -ATATAGTGGCAG----AAA-A--AA-TTACAT-TCTGCT----A-----A------C-CTTTTT--TT-AA-CCTTA---TT---TTAACGTGATATAC--G-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93457 : -ATATTGTGGCAA----AAA-AAAGA-GAACAC-TCTGCT----C-----A------C-TTTTTT--T--CA-ACTTG---AT-------------ATAC--C-GACAGAATAGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93459 : ATGGTGGCAG----AAA-A---A-T-ACAC-TCTGCT----G-----A------T-CCTTTTGTT--AA-ACTTG---AT-------------ATAC--C-GACCAAATCAC-----T
gi|93460 : TGGCAGC---AAA-AAAGA-TTATGCCTCTGCT----A-----AAAC---T-TTTTTT--T--GA-ACC-A---TTCAAT---------AAAC--C-GACGAAATCGCCGTCTTCC------------------G--------------TAATCGTATTAGGA-ATGTCAAAACTA---CCGGTAACCTTATATGGGACG-TATG---ACAACAGGAAG-TCCAGCTT
gi|93461 : ACCC-CATCCT----A-----A------T-CTTTTT--T--AA-ACCTG----A---T---------ATAC--C-AACGAAATCGCTGTTTTCC------------------GTACTCGCATATAAAT----GTA-----A-ACA------CTG---CC-------TTATATGGA-CA-TATGAAAACA---GGAAG-TCCAGCTTCA--AAcagaa
gi|93462 : T--T--AA-ACTTG---AT-------------ATAC--T-GACGAAATCGC-----GCT------------------G--------------T----GTA-----AGAT-------CTAGGCCC-------TTGTAAGGG-CA-A-TG---ACA---GGAAA-T
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 11111 2222222 11111 222222222222222222222222222222222 11111 1111111
lowQualScore : 2 6666 2 6 4 55555 4 0 555555555555555555 2 00000 2 333 2 2222222 2 44 33333 333333333333333333333333333333333 5555 00000 2 5555555 555 2 9999999 2 2 555 555 3 7 55
lowQualScore : . .... . . . ..... . . .................. . ..... . ... . ....... . .. ..... ................................. .... ..... . ....... ... . ....... . . ... ... . . ..
lowQualScore : 5 9999 2 4 4 33333 2 5 888888888888888888 1 44444 0 555 0 2222222 0 88 44444 111111111111111111111111111111111 3333 00000 9 0000000 000 9 3333333 9 9 444 888 3 1 00
consensus : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--T--AA-AC---T-TG-A-----T-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
Reference ( family-760 ) : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--T--AA-AC---T-TG-T-----T-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
gi|93443 : ATA-ATATTGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--T--AA-AC---T-TG-T-----TTATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93444 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--T--AA-AC---T-TGTT-----T-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-T-TG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93445 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATTGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT-----AA-AC---T-TG-T-----T-ATACCACGACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAGTTCCAGTTTAA--AAAGAAAA
gi|93446 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAAAATTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT-----AA-AC---T-TG-A-----T-ATACC--GATGAAATCGC-----T--------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAA
gi|93447 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--A--AA-AC---T-TG-A-----T-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------A--------------A----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGA-CA-TGTG---ACA---GGAAG-TCCAG-TTAA--CAAAAAAA
gi|93448 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-CTACA-----C-TATCATAGACT------A------CACTTTTT--A--AA-AC---T-TG-A-----T-ATACC--GATGAAATTGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----C-AT-------TTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---AGAAG-TCCAG-TTAA--AAAAAAAA
gi|93449 : ATA-TTATGGTGACAGCAAAAAA-ATATA-TTGCA-----C--ATCCT----T------A------T-TCTTTT--G--AA-AA---T-TG-A-----T-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTAC----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-GTTG---ACA----GAAG-TCCAGTTTAATTAAAAAAA
gi|93450 : ATA-ATATGGTGAATG----AAA-ATAAA-TTACA-----C-TAT-------T------A------T-AT---------AATAC---T-TA-TCA---T-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----T-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTGA--AAAAAAAA
gi|93451 : ATATATATGGTGA-AG----AAATATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--T--AA--C---TGTG-A-----T-ATACCT-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGA-CAGTAT-----------GAAG-T-CAG-TTAA--AAACAAA
gi|93452 : ATC-ACATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTATA-----C-TACCCA----T------A------T-CTTTTT--A--AA-AC---T-TG-A-----T-ATACC--GACGAGATTGC-----TCT------------------G--------------T----TT---------T-------CTG---CAC-------TT------G-CA-TATA---A
gi|93453 : ATC-ATAAGGTGACAG----AAA-AAAAAATTACA-----C-TCTGCT----T------A------T-CTTTTTTAT--AA-AC---T-TGATATTGAT-ATACC--TACAACATCGT-----TCC------------------G--------------
gi|93454 : ATC-ATATGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TCACA-----TGTACCCT----CTGCTG-A------T-CTTTTT--TAAAA-AC---T-TG-A-----T-ATGGC--GATAAAATCGC-----T
gi|93455 : A-GTATGGTGGCAG----AAT-AAAAA-TTACA-----C-TCTGCT----A------A------T-CTTTTT--T--TA-AT---T-TG-A-----T-ATACC--GACGAAA
gi|93456 : -ATATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TTACA-----C-TCTGCT----A------ACGTGGTT-TTTTTT--T--AA-A----T-TG-A-----T-ATACC--AACGAAATCGCTG---TCTTTCGTACTCGTATTTTAAA--------------T----GTA-----A-ACA------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-T
gi|93457 : -ATATTGTGGCAA----AAA-AAAGA-GAACA-----C-TCTGCT----C------A------C-TTTTTT--T--CA-AC---T-TG-A-----T-ATACC--GACAGAATAGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93458 : -ATATAGTGGCAG----AAA-A--AA-TTACATTCTGC-TAACCT----TTTTTTAA------C-CTTATT--T--TA-AC---G-TG-A-----T-ATACG--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93459 : ATGGTGGCAG----AAA-A---A-T-ACA-----C-TCTGCT----G------A------T-CCTTTTGTT--AA-AC---T-TG-A-----T-ATACC--GACCAAATCAC-----T
gi|93460 : TGGCAGC---AAA-AAAGA-TTATG-----CCTCTGCT----A------AAAC---T-TTTTTT--T--GA-ACCATT-CA-A-----T-AAACC--GACGAAATCGCCGTCTTCC------------------G--------------TAATCGTATTAGGA-ATGTCAAAACTA---C-CGGTAACCTTATATGGGACG-TATG---ACAACAGGAAG-TCCAGCTTCA--GAA
gi|93461 : ACC-----C-CATCCT----A------A------T-CTTTTT--T--AA-AC---C-TG-A-----T-ATACC--AACGAAATCGCTGTTTTCC------------------GTACTCGCATATAAAT----GTA-----A-ACA------CTG---C-C-------TTATATGGA-CA-TATGAAAACA---GGAAG-TCCAGCTTCA--AA
gi|93462 : T--T--AA-AC---T-TG-A-----T-ATACT--GACGAAATCGC-----GCT------------------G--------------T----GTA-----AGAT-------CTAGGCC-C-------TTGTAAGGG-CA--ATG---ACA---GGAAA-T
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 11111 222222222222222222222222222222222 11111 1111111
lowQualScore : 2 6666 2 6 4 55555 4 0 555555555555555555 2 777 2 22 999999 2 44 2 44 33333 333333333333333333333333333333333 5555 00000 2 5555555 555 2 9999999 2 2 555 555 3 7 55
lowQualScore : . .... . . . ..... . . .................. . ... . .. ...... . .. . .. ..... ................................. .... ..... . ....... ... . ....... . . ... ... . . ..
lowQualScore : 5 9999 2 4 4 33333 2 5 888888888888888888 1 777 0 88 222222 0 88 0 88 44444 111111111111111111111111111111111 3333 00000 9 0000000 000 9 3333333 9 9 444 888 3 1 00
consensus : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
Reference ( family-760 ) : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
gi|93443 : ATA-ATATTGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--TTTATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93444 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TGT-TT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-T-TG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93445 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATTGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT---AA-A--C------T-TG--TT-ATACCACGACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAGTTCCAGTTTAA--AAAGAAAA
gi|93446 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAAAATTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT---AA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GATGAAATCGC-----T--------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAA
gi|93447 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--AAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------A--------------A----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGA-CA-TGTG---ACA---GGAAG-TCCAG-TTAA--CAAAAAAA
gi|93448 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-CTACA-----C-TATCATAGACT------A------CACTTTTT--AAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GATGAAATTGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----C-AT-------TTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---AGAAG-TCCAG-TTAA--AAAAAAAA
gi|93449 : ATA-TTATGGTGACAGCAAAAAA-ATATA-TTGCA-----C--ATCCT----T------A------T-TCTTTT--GAA-A--A------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTAC----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-GTTG---ACA----GAAG-TCCAGTTTAATTAAAAAAA
gi|93450 : ATA-ATATGGTGAATG----AAA-ATAAA-TTACA-----C-TAT-------T------A------T-AT-------AATA--C------T-TATCAT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----T-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTGA--AAAAAAAA
gi|93451 : ATATATATGGTGA-AG----AAATATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--T-A-A--C------TGTG--AT-ATACCT-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGA-CAGTAT-----------GAAG-T-CAG-TTAA--AAACAAA
gi|93452 : ATC-ACATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTATA-----C-TACCCA----T------A------T-CTTTTT--AAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAGATTGC-----TCT------------------G--------------T----TT---------T-------CTG---CAC-------TT------G-CA-TATA---A
gi|93453 : ATC-ATAAGGTGACAG----AAA-AAAAAATTACA-----C-TCTGCT----T------A------T-CTTTTTTATAA-A--CTTGATAT-TG--AT-ATACC--TACAACATCGT-----TCC------------------G--------------
gi|93454 : ATC-ATATGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TCACA-----TGTACCCT----CTGCTG-A------T-CTTTTT--TAA-AAAC------T-TG--AT-ATGGC--GATAAAATCGC-----T
gi|93455 : A-GTATGGTGGCAG----AAT-AAAAA-TTACA-----C-TCTGCT----A------A------T-CTTTTT--TTA-A--T------T-TG--AT-ATACC--GACGAAA
gi|93456 : -ATATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TTACA-----C-TCTGCT----A------ACGTGGTT-TTTTTT--TAA-A---------T-TG--AT-ATACC--AACGAAATCGCTG---TCTTTCGTACTCGTATTTTAAA--------------T----GTA-----A-ACA------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-T
gi|93457 : -ATATTGTGGCAA----AAA-AAAGA-GAACA-----C-TCTGCT----C------A------C-TTTTTT--TCA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACAGAATAGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93458 : -ATATAGTGGCAG----AAA-A--AA-TTACATTCTGC-TAACCT----TTTTTTAA------C-CTTATT--TTA-A--C------G-TG--AT-ATACG--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93459 : ATGGTGGCAG----AAA-A---A-T-ACA-----C-TCTGCT----G------A------T-CCTTTTGTTAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACCAAATCAC-----T
gi|93460 : TGGCAGC---AAA-AAAGA-TTATG-----CCTCTGCT----A------AAAC---T-TTTTTT--TGA-A--CCAT---T-CA--AT-AAACC--GACGAAATCGCCGTCTTCC------------------G--------------TAATCGTATTAGGA-ATGTCAAAACTA---C-CGGTAACCTTATATGGGACG-TATG---ACAACAGGAAG-TCCAGCTTCA--GAA
gi|93461 : ACC-----C-CATCCT----A------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------C-TG--AT-ATACC--AACGAAATCGCTGTTTTCC------------------GTACTCGCATATAAAT----GTA-----A-ACA------CTG---C-C-------TTATATGGA-CA-TATGAAAACA---GGAAG-TCCAGCTTCA--AA
gi|93462 : T--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACT--GACGAAATCGC-----GCT------------------G--------------T----GTA-----AGAT-------CTAGGCC-C-------TTGTAAGGG-CA--ATG---ACA---GGAAA-T
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 11111 222222222222222222222222222222222 11111 1111111
lowQualScore : 2 6666 2 6 4 55555 4 0 555555555555555555 2 777 2 22 999999 2 44 2 44 33333 333333333333333333333333333333333 5555 00000 2 5555555 555 2 9999999 2 2 555 555 3 7 55
lowQualScore : . .... . . . ..... . . .................. . ... . .. ...... . .. . .. ..... ................................. .... ..... . ....... ... . ....... . . ... ... . . ..
lowQualScore : 5 9999 2 4 4 33333 2 5 888888888888888888 1 777 0 88 222222 0 88 0 88 44444 111111111111111111111111111111111 3333 00000 9 0000000 000 9 3333333 9 9 444 888 3 1 00
consensus : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
Reference ( family-760 ) : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
gi|93443 : ATA-ATATTGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--TTTATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93444 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TGT-TT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-T-TG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93445 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATTGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT---AA-A--C------T-TG--TT-ATACCACGACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAGTTCCAGTTTAA--AAAGAAAA
gi|93446 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAAAATTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT---AA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GATGAAATCGC-----T--------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAA
gi|93447 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--AAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------A--------------A----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGA-CA-TGTG---ACA---GGAAG-TCCAG-TTAA--CAAAAAAA
gi|93448 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-CTACA-----C-TATCATAGACT------A------CACTTTTT--AAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GATGAAATTGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----C-AT-------TTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---AGAAG-TCCAG-TTAA--AAAAAAAA
gi|93449 : ATA-TTATGGTGACAGCAAAAAA-ATATA-TTGCA-----C--ATCCT----T------A------T-TCTTTT--GAA-A--A------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTAC----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-GTTG---ACA----GAAG-TCCAGTTTAATTAAAAAAA
gi|93450 : ATA-ATATGGTGAATG----AAA-ATAAA-TTACA-----C-TAT-------T------A------T-AT-------AATA--C------T-TATCAT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----T-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTGA--AAAAAAAA
gi|93451 : ATATATATGGTGA-AG----AAATATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--T-A-A--C------TGTG--AT-ATACCT-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGA-CAGTAT-----------GAAG-T-CAG-TTAA--AAACAAA
gi|93452 : ATC-ACATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTATA-----C-TACCCA----T------A------T-CTTTTT--AAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAGATTGC-----TCT------------------G--------------T----TT---------T-------CTG---CAC-------TT------G-CA-TATA---A
gi|93453 : ATC-ATAAGGTGACAG----AAA-AAAAAATTACA-----C-TCTGCT----T------A------T-CTTTTTTATAA-A--CTTGATAT-TG--AT-ATACC--TACAACATCGT-----TCC------------------G--------------
gi|93454 : ATC-ATATGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TCACA-----TGTACCCT----CTGCTG-A------T-CTTTTT--TAA-AAAC------T-TG--AT-ATGGC--GATAAAATCGC-----T
gi|93455 : A-GTATGGTGGCAG----AAT-AAAAA-TTACA-----C-TCTGCT----A------A------T-CTTTTT--TTA-A--T------T-TG--AT-ATACC--GACGAAA
gi|93456 : -ATATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TTACA-----C-TCTGCT----A------ACGTGGTT-TTTTTT--TAA-A---------T-TG--AT-ATACC--AACGAAATCGCTG---TCTTTCGTACTCGTATTTTAAA--------------T----GTA-----A-ACA------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-T
gi|93457 : -ATATTGTGGCAA----AAA-AAAGA-GAACA-----C-TCTGCT----C------A------C-TTTTTT--TCA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACAGAATAGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93458 : -ATATAGTGGCAG----AAA-A--AA-TTACATTCTGC-TAACCT----TTTTTTAA------C-CTTATT--TTA-A--C------G-TG--AT-ATACG--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93459 : ATGGTGGCAG----AAA-A---A-T-ACA-----C-TCTGCT----G------A------T-CCTTTTGTTAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACCAAATCAC-----T
gi|93460 : TGGCAGC---AAA-AAAGA-TTATG-----CCTCTGCT----A------AAAC---T-TTTTTT--TGA-A--CCAT---T-CA--AT-AAACC--GACGAAATCGCCGTCTTCC------------------G--------------TAATCGTATTAGGA-ATGTCAAAACTA---C-CGGTAACCTTATATGGGACG-TATG---ACAACAGGAAG-TCCAGCTTCA--GAA
gi|93461 : ACC-----C-CATCCT----A------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------C-TG--AT-ATACC--AACGAAATCGCTGTTTTCC------------------GTACTCGCATATAAAT----GTA-----A-ACA------CTG---C-C-------TTATATGGA-CA-TATGAAAACA---GGAAG-TCCAGCTTCA--AA
gi|93462 : T--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACT--GACGAAATCGC-----GCT------------------G--------------T----GTA-----AGAT-------CTAGGCC-C-------TTGTAAGGG-CA--ATG---ACA---GGAAA-T
blockSeqs : T CAAA T T A TTCTG G AACGTGGT A TAT T AA TTGATA G TC . AC CGTCT TTCGTACTCGTATTTTAAA AATC TTAGG G GTCAAAA GGC A GGTAACC A G AAA ACA T T TT
blockSeqs : . C . T A . C TTTTTTAA . GTT . . CAT . T . T TGTTT GTACTCGCATATAAA . C . A . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . T . . . CTGCTGA . T . . . . . . . TG G . . . A . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . T . . . AGACTA . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . T . . . AAAAC . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . T . . . TA . G . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . T . . . TA . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . T . . . TA . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . TA . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . TA . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . TA . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . TA . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . TA . T . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . TA . T . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . AA . T . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . CA . T . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . GA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
finalCons : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 11111 222222222222222222222222222222222 11111 1111111
lowQualScore : 2 6666 2 6 4 55555 4 0 555555555555555555 2 777 2 22 999999 2 44 2 44 33333 333333333333333333333333333333333 5555 00000 2 5555555 555 2 9999999 2 2 555 555 3 7 55
lowQualScore : . .... . . . ..... . . .................. . ... . .. ...... . .. . .. ..... ................................. .... ..... . ....... ... . ....... . . ... ... . . ..
lowQualScore : 5 9999 2 4 4 33333 2 5 888888888888888888 1 777 0 88 222222 0 88 0 88 44444 111111111111111111111111111111111 3333 00000 9 0000000 000 9 3333333 9 9 444 888 3 1 00
consensus : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
Reference ( family-760 ) : ATA-ATATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAAAA
gi|93443 : ATA-ATATTGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TG--TTTATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93444 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------T-TGT-TT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-T-TG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAGAAAAA
gi|93445 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATTGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT---AA-A--C------T-TG--TT-ATACCACGACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAGTTCCAGTTTAA--AAAGAAAA
gi|93446 : ATA-ATATGGTGACAG----AAA-ATAAAATTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT---AA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GATGAAATCGC-----T--------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTAA--AAAAAA
gi|93447 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--AAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------A--------------A----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGA-CA-TGTG---ACA---GGAAG-TCCAG-TTAA--CAAAAAAA
gi|93448 : ATA-ATATGGTGTCAG----AAA-ATAGA-CTACA-----C-TATCATAGACT------A------CACTTTTT--AAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GATGAAATTGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----C-AT-------TTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---AGAAG-TCCAG-TTAA--AAAAAAAA
gi|93449 : ATA-TTATGGTGACAGCAAAAAA-ATATA-TTGCA-----C--ATCCT----T------A------T-TCTTTT--GAA-A--A------T-TG--AT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTAC----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-GTTG---ACA----GAAG-TCCAGTTTAATTAAAAAAA
gi|93450 : ATA-ATATGGTGAATG----AAA-ATAAA-TTACA-----C-TAT-------T------A------T-AT-------AATA--C------T-TATCAT-ATACC--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----T-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-TATG---ACA---GGAAG-TCCAGTTTGA--AAAAAAAA
gi|93451 : ATATATATGGTGA-AG----AAATATAGA-TTACA-----C-TATCCT----T------A------T-CTTTTT--T-A-A--C------TGTG--AT-ATACCT-GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----GTA-----A-AT-------CTA---C-C-------TTATATGGA-CAGTAT-----------GAAG-T-CAG-TTAA--AAACAAA
gi|93452 : ATC-ACATGGTGGCAG----AAA-ATAGA-TTATA-----C-TACCCA----T------A------T-CTTTTT--AAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACGAGATTGC-----TCT------------------G--------------T----TT---------T-------CTG---CAC-------TT------G-CA-TATA---A
gi|93453 : ATC-ATAAGGTGACAG----AAA-AAAAAATTACA-----C-TCTGCT----T------A------T-CTTTTTTATAA-A--CTTGATAT-TG--AT-ATACC--TACAACATCGT-----TCC------------------G--------------
gi|93454 : ATC-ATATGGTGGCAG----AAA-A-AAA-TCACA-----TGTACCCT----CTGCTG-A------T-CTTTTT--TAA-AAAC------T-TG--AT-ATGGC--GATAAAATCGC-----T
gi|93455 : A-GTATGGTGGCAG----AAT-AAAAA-TTACA-----C-TCTGCT----A------A------T-CTTTTT--TTA-A--T------T-TG--AT-ATACC--GACGAAA
gi|93456 : -ATATGGTGGCAG----AAA-AAAGA-TTACA-----C-TCTGCT----A------ACGTGGTT-TTTTTT--TAA-A---------T-TG--AT-ATACC--AACGAAATCGCTG---TCTTTCGTACTCGTATTTTAAA--------------T----GTA-----A-ACA------CTA---C-C-------TTATATGGG-CA-T
gi|93457 : -ATATTGTGGCAA----AAA-AAAGA-GAACA-----C-TCTGCT----C------A------C-TTTTTT--TCA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACAGAATAGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93458 : -ATATAGTGGCAG----AAA-A--AA-TTACATTCTGC-TAACCT----TTTTTTAA------C-CTTATT--TTA-A--C------G-TG--AT-ATACG--GACGAAATCGC-----TCT------------------G--------------T----
gi|93459 : ATGGTGGCAG----AAA-A---A-T-ACA-----C-TCTGCT----G------A------T-CCTTTTGTTAA-A--C------T-TG--AT-ATACC--GACCAAATCAC-----T
gi|93460 : TGGCAGC---AAA-AAAGA-TTATG-----CCTCTGCT----A------AAAC---T-TTTTTT--TGA-A--CCAT---T-CA--AT-AAACC--GACGAAATCGCCGTCTTCC------------------G--------------TAATCGTATTAGGA-ATGTCAAAACTA---C-CGGTAACCTTATATGGGACG-TATG---ACAACAGGAAG-TCCAGCTTCA--GAA
gi|93461 : ACC-----C-CATCCT----A------A------T-CTTTTT--TAA-A--C------C-TG--AT-ATACC--AACGAAATCGCTGTTTTCC------------------GTACTCGCATATAAAT----GTA-----A-ACA------CTG---C-C-------TTATATGGA-CA-TATGAAAACA---GGAAG-TCCAGCTTCA--AA
gi|93462 : T--TAA-A--C------T-TG--AT-ATACT--GACGAAATCGC-----GCT------------------G--------------T----GTA-----AGAT-------CTAGGCC-C-------TTGTAAGGG-CA--ATG---ACA---GGAAA-T