lowQualScore                  :                         3          2222                     1111111111111                    11111                                           
lowQualScore                  :         2 2    7   33   8   2 55   5555 2 888888888   2  2  6666666666666    2  333    4444  11111     2    4        2 2 2  4   33 2    2    
lowQualScore                  :         . .    .   ..   .   . ..   .... . .........   .  .  .............    .  ...    ....  .....     .    .        . . .  .   .. .    .    
lowQualScore                  :         5 5    5   22   6   1 00   4444 1 444444444   1  1  8888888888888    1  666    7777  11111     2    4        2 2 2  4   11 2    2    
consensus                     : AGCACAAA-A-TGGA-CGT--GAA-AAT-A--ACC-AA-C-T---------TGA-TT-TAANT-T----G--GGATT-TA-A-CACT----AT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
Reference ( gi|93424 )        : AGCACAAA-A-TGGA-CGT--GAATAAT-A--ACC-A--C-T---------TGA-TT-TAAAT-T----G--AGATT-TA-A-CACT----AT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93423                      : AGCACAAA-A-TGGA-CGT--GAA-AAT-A--ACC-C--C-T---------TGA-TT-TAAAT-T----G--AGATT-TA-A-CACT----A---G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93427                      : AGCACAAA-A-TGGA-CGT--GAA-AAT-A--ACCAA--C-T---------TGA-TT-TAAATGT----G--GACTT-TA-A-CACT----AT----AGAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TTA--T-GTGA-TAGG
gi|93425                      : AGCACTAA-A-TGGA-CGT--CAA-AAT-A--ACC-AA-C-T---------TGA-TA-TA---------G--GGATT-TA-A-CACC----AT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-CAT--T-GTGA-TAGG
gi|93434                      : AGCACAAA-T-TGGA-CGT--GAA--AT-A--ACG-AA-C-T---------TGA-TT-TAAAT-G----G--A---T-TA-A-CACT----AT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G---TT-TAT--T-GTGA-CAGG
gi|93432                      : AGCACAAA-A-TGGA-CAT--GAA-AAT-A--ACCAA--C-T---------TTA-TT-TAATT-T----G--GGATT-CA-A-CACT----AC--A-TAAAGG-TAAG-AAATGCAA-GTT-TT-TAT--T-CTGA-TAGG
gi|93430                      : AGCACAAA-A-TGGC-GGG--GAAAAATTA--ACC-A--C-T---------TGA-TT-TAAAT-T----G---GATT-AA-AACACT----ATTAG-GAAAGG-TAAGGAAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGATTAGG
gi|93426                      : AGCACTAA-A-GGAG-CGT--CAA-AAT-A--ACC-AA-C-T---------TGA-TA-TA---------G--GGATT-TA-A-CACC----AT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-CAT--T-GTGA-TAGG
gi|93428                      : AGCACAAA-A-TGGATCGT--CAA-AAT-A--ACC-AA-C-T---------TGA-TT-TAAAT-T----G---GATTGTA-A-CACC----AT-----AAAGG-TAAGCAAAAGCAA-G-T-TT-TGT--T-GTGA-TAAG
gi|93429                      : AGCACAAA-A-TGGA-CGT--CAA-AAT-A--ACCAA--C-T---------TGA-TT-TAAA--T----G--GGATT-T--A-CACC----AA--G--AAAGG-TAAG--AATGCAA-G-T-TT-TA---T-GTG--TAGG
gi|93435                      : AGCAAAAA-A-TATA-TGT--GAA-AAT-A--ACC-A--AGT---------TGA-TT-TAATT-C----G--GGATG-TA-A-AACT----AT--T-TAAAGT-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--A-GTAA-TAAG
gi|93431                      : AGCACAAA-A-TATA-TGT--CAA-AAT-A--ACC-AA-C-T---------TGA-TT-TAATT-T----G--GGATT-TA-A-AACA----AT--T--CAAGG-TAAA-AAATGCAA-G-T-TT-TGT--A-GAGA-TAAG
gi|93433                      : AGCACAAA-A-TG-A-CGT--GAA--AT-A--GAA-A--C-T---------TGAGTT-TAAAT------G--GGATT-TA---CA-T----AT--G-AAA-GG-TAAG-AAAT-CAA-G---TT-TAT--T-GTGA--AGG
gi|93436                      : AGCACAAATA-TGGA-CGT--CAA-AAT-AC-ACCAA--A-T---------TGA-TTGTAAATGT----GGTGGATT-T
gi|93437                      :  GCACAAA-ATTGGATCGT--GAA-AAT-ATTACC-AATC-TTGGATTTCATGA-TT-TAATC-T----G--GGCAT-TA-A-CACT----ATA-G-AAAGGG-TAAG--AATGCAA-G-T-TTATAT--T-GTGA-TAGG
gi|93438                      :      AAA-A-TGGA-CGT--GAA--AT-A--ACC-AAAC-C---------TGA-TT-TAA-T-T----G--GGATT-TA-A--ACT----AT--G-AAAAG--TAAG-AAATGCAA-G-T-TTATAT--T-GTGA-CAGG
gi|93439                      :       AA-A-TGGAACGTATGAA-AAT-A--TCC-AA-C-C---------TGA-TT-TATTT-G----G--CAATT-TATA-CACT----AT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--TCGTGA-TAGG
gi|93440                      :                    --GAA-AAT-A--ACC-AA-C-T---------TGA-TT-TACTG-C----G--GGATT-TA---CATT----AT--G-TAAAGG-TAAG-AAATACAATG-TATT-TTT--T-TTAA-
gi|93442                      :                    gacttcAGT-A--ATCGA--C-T---------TGA-TT-TACTG-T----G--GGATT-TA---CACT----AT--G-TAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TATAAT-GCCA-TAGG
gi|93441                      :                         aAAT-A--ACC-AA-C-T---------TGA-TT-TAATT-TTGTGG--GGATT-TA-A-AACTGCTTAT--GCAAAAGGCTAAG-ACA-GCAA-G-T-AT-TAT--T-GTGA-





Alignments
lowQualScore                  :                                                             111111111                                                                         
lowQualScore                  :         2  2   7   33   2  22  44   2  2    888888888 2  2  222222222 22 2    2  2 2   4444   99999     2    4        2 2 2  4   22 2    2    
lowQualScore                  :         .  .   .   ..   .  ..  ..   .  .    ......... .  .  ......... .. .    .  . .   ....   .....     .    .        . . .  .   .. .    .    
lowQualScore                  :         4  4   1   11   0  88  88   0  0    000000000 0  0  222222222 88 0    0  1 1   5555   55555     1    2        1 1 1  2   99 1    1    
consensus                     : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAANT-T----G--G-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
Reference ( family-759 )      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAANT-T----G--G-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93423                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-C--CTTG---------A-TT-TAAAT-T----G--A-GATT-TA-A-CAC----TA---G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93424                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAATAA--TA--ACC--A-CTTG---------A-TT-TAAAT-T----G--A-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93425                      : AGCACTAA-AT-GGA-CGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TA-TA---------G--G-GATT-TA-A-CAC----CAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-CAT--T-GTGA-TAGG
gi|93426                      : AGCACTAA-AG-GAG-CGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TA-TA---------G--G-GATT-TA-A-CAC----CAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-CAT--T-GTGA-TAGG
gi|93427                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAAATGT----G--G-ACTT-TA-A-CAC----TAT----AGAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TTA--T-GTGA-TAGG
gi|93428                      : AGCACAAA-AT-GGATCGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAAAT-T-------G-GATTGTA-A-CAC----CAT-----AAAGG-TAAGCAAAAGCAA-G-T-TT-TGT--T-GTGA-TAAG
gi|93429                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAAA--T----G--G-GATT-T--A-CAC----CAA--G--AAAGG-TAAG--AATGCAA-G-T-TT-TA---T-GTG--TAGG
gi|93430                      : AGCACAAA-AT-GGC-GGG--GAA-AAATTA--ACC-A--CTTG---------A-TT-TAAAT-T----G--G--ATT-AA-AACAC----TATTAG-GAAAGG-TAAGGAAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGATTAGG
gi|93431                      : AGCACAAA-AT-ATA-TGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAATT-T----G--G-GATT-TA-A-AAC----AAT--T--CAAGG-TAAA-AAATGCAA-G-T-TT-TGT--A-GAGA-TAAG
gi|93432                      : AGCACAAA-AT-GGA-CAT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTT---------A-TT-TAATT-T----G--G-GATT-CA-A-CAC----TAC--A-TAAAGG-TAAG-AAATGCAA-GTT-TT-TAT--T-CTGA-TAGG
gi|93433                      : AGCACAAA-AT-G-A-CGT--GAA-A---TA--GA--AA-CTTG---------AGTT-TAAAT------G--G-GATT-TA---CA-----TAT--G-AAA-GG-TAAG-AAAT-CAA-G---TT-TAT--T-GTGA--AGG
gi|93434                      : AGCACAAA-TT-GGA-CGT--GAA-A---TA--ACG-AA-CTTG---------A-TT-TAAAT---------G-GATT--A-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G---TT-TAT--T-GTGA-CAGG
gi|93435                      : AGCAAAAA-AT-ATA-TGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-GTTG---------A-TT-TAATT-C----G--G-GATG-TA-A-AAC----TAT--T-TAAAGT-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--A-GTAA-TAAG
gi|93436                      : AGCACAAATAT-GGA-CGT--CAA-AA--TAC-ACC-AA-ATTG---------A-TTGTAAATGT----GGTG-GATT-T
gi|93437                      :  GCACAAA-ATTGGATCGT--GAA-AA--TATTACC-AATCTTGGATTTCATGA-TT-TAATC-T----G--G-GCAT-TA-A-CAC----TATA-G-AAAGGG-TAAG-AA-TGCAA-G-T-TTATAT--T-GTGA-TAGG
gi|93438                      :      AAA-AT-GGA-CGT--G-A-AA--TA--ACCAAA-CCTG---------A-TT-TAA-T-T----G--G-GATT-TA-A--AC----TAT--G-AAAA-G-TAAG-AAATGCAA-G-T-TTATAT--T-GTGA-CAGG
gi|93439                      :       AA-AT-GGAACGTATGAA-AA--TA--TCC-AA-CCTG---------A-TT-TA-TT-T----G--GCAATT-TATA-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--TCGTGA-TAGG
gi|93440                      :                    --GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TACTG-C----G--G-GATT-T--A-CAT----TAT--G-TAAAGG-TAAG-AAATACAATG-TATT-TTT--T-TTAA-
gi|93441                      :                 gacttcAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAATT-TTGTGG--G-GATT-TA-A-AACTGCTTAT--GCAAAAGGCTAAG-ACA-GCAA-G-T-AT-TAT--T-GTGA-
gi|93442                      :                        A-AG--TA--ATC-GA-CTTG---------A-TT-TACTG-T----G--G-GATT-TA---CAC----TAT--G-TAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TATAAT-GCCA-TAGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                             111111111                                                                         
lowQualScore                  :         2  2   7   33   2  22  44   2  2    888888888 2  2  222222222 22 2    2  2 2   4444   99999     2    4        2 2 2  4   22 2    2    
lowQualScore                  :         .  .   .   ..   .  ..  ..   .  .    ......... .  .  ......... .. .    .  . .   ....   .....     .    .        . . .  .   .. .    .    
lowQualScore                  :         4  4   1   11   0  88  88   0  0    000000000 0  0  222222222 88 0    0  1 1   5555   55555     1    2        1 1 1  2   99 1    1    
consensus                     : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAANT-T----G--G-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
Reference ( family-759 )      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAANT-T----G--G-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93423                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-C--CTTG---------A-TT-TAAAT-T----G--A-GATT-TA-A-CAC----TA---G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93424                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAATAA--TA--ACC--A-CTTG---------A-TT-TAAAT-T----G--A-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93425                      : AGCACTAA-AT-GGA-CGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TA-TA---------G--G-GATT-TA-A-CAC----CAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-CAT--T-GTGA-TAGG
gi|93426                      : AGCACTAA-AG-GAG-CGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TA-TA---------G--G-GATT-TA-A-CAC----CAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-CAT--T-GTGA-TAGG
gi|93427                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAAATGT----G--G-ACTT-TA-A-CAC----TAT----AGAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TTA--T-GTGA-TAGG
gi|93428                      : AGCACAAA-AT-GGATCGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAAAT-T-------G-GATTGTA-A-CAC----CAT-----AAAGG-TAAGCAAAAGCAA-G-T-TT-TGT--T-GTGA-TAAG
gi|93429                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAAA--T----G--G-GATT-T--A-CAC----CAA--G--AAAGG-TAAG--AATGCAA-G-T-TT-TA---T-GTG--TAGG
gi|93430                      : AGCACAAA-AT-GGC-GGG--GAA-AAATTA--ACC-A--CTTG---------A-TT-TAAAT-T----G--G--ATT-AA-AACAC----TATTAG-GAAAGG-TAAGGAAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGATTAGG
gi|93431                      : AGCACAAA-AT-ATA-TGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAATT-T----G--G-GATT-TA-A-AAC----AAT--T--CAAGG-TAAA-AAATGCAA-G-T-TT-TGT--A-GAGA-TAAG
gi|93432                      : AGCACAAA-AT-GGA-CAT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTT---------A-TT-TAATT-T----G--G-GATT-CA-A-CAC----TAC--A-TAAAGG-TAAG-AAATGCAA-GTT-TT-TAT--T-CTGA-TAGG
gi|93433                      : AGCACAAA-AT-G-A-CGT--GAA-A---TA--GA--AA-CTTG---------AGTT-TAAAT------G--G-GATT-TA---CA-----TAT--G-AAA-GG-TAAG-AAAT-CAA-G---TT-TAT--T-GTGA--AGG
gi|93434                      : AGCACAAA-TT-GGA-CGT--GAA-A---TA--ACG-AA-CTTG---------A-TT-TAAAT---------G-GATT--A-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G---TT-TAT--T-GTGA-CAGG
gi|93435                      : AGCAAAAA-AT-ATA-TGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-GTTG---------A-TT-TAATT-C----G--G-GATG-TA-A-AAC----TAT--T-TAAAGT-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--A-GTAA-TAAG
gi|93436                      : AGCACAAATAT-GGA-CGT--CAA-AA--TAC-ACC-AA-ATTG---------A-TTGTAAATGT----GGTG-GATT-T
gi|93437                      :  GCACAAA-ATTGGATCGT--GAA-AA--TATTACC-AATCTTGGATTTCATGA-TT-TAATC-T----G--G-GCAT-TA-A-CAC----TATA-G-AAAGGG-TAAG-AA-TGCAA-G-T-TTATAT--T-GTGA-TAGG
gi|93438                      :      AAA-AT-GGA-CGT--G-A-AA--TA--ACCAAA-CCTG---------A-TT-TAA-T-T----G--G-GATT-TA-A--AC----TAT--G-AAAA-G-TAAG-AAATGCAA-G-T-TTATAT--T-GTGA-CAGG
gi|93439                      :       AA-AT-GGAACGTATGAA-AA--TA--TCC-AA-CCTG---------A-TT-TA-TT-T----G--GCAATT-TATA-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--TCGTGA-TAGG
gi|93440                      :                    --GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TACTG-C----G--G-GATT-T--A-CAT----TAT--G-TAAAGG-TAAG-AAATACAATG-TATT-TTT--T-TTAA-
gi|93441                      :                 gacttcAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAATT-TTGTGG--G-GATT-TA-A-AACTGCTTAT--GCAAAAGGCTAAG-ACA-GCAA-G-T-AT-TAT--T-GTGA-
gi|93442                      :                        A-AG--TA--ATC-GA-CTTG---------A-TT-TACTG-T----G--G-GATT-TA---CAC----TAT--G-TAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TATAAT-GCCA-TAGG


blockSeqs                     :         T  T   T   AT   T  AT  TT   A  T    GATTTCATG G  G  ATTTTGTG  GT C    G  T A   TGCT   TAGG      C    C        T T A  A   AA C    T
blockSeqs                     :         .  .   T   .    .  .   C    .  .    .         .  .  AATGT     .  .    .  . .   .      AGA       .    G        . . .  A   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   A   .    .  .   .    .  .    .         .  .  AATGT     .  .    .  . .   .      GCA       .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  AATT      .  .    .  . .   .      GA        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  AATT      .  .    .  . .   .      GA        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  AATT      .  .    .  . .   .      GA        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  ATTT      .  .    .  . .   .      AT        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  ATTT      .  .    .  . .   .      GA        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  ATTC      .  .    .  . .   .      GA        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  ATCT      .  .    .  . .   .      TT        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  CTGC      .  .    .  . .   .      GA        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  CTGT      .  .    .  . .   .      GA        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  AAT       .  .    .  . .   .      GT        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  AAT       .  .    .  . .   .      GT        .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  AAT       .  .    .  . .   .      A         .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :         .  .   .   .    .  .   .    .  .    .         .  .  ATT       .  .    .  . .   .      G         .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :                    .    .  .   .    .  .    .         .  .  TTT       .  .    .  . .   .      T         .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :                         .  .   .    .  .    .         .  .  .         .  .    .  . .   .      .         .    .        . . .  .   .  .    .
blockSeqs                     :                         .  .   .    .  .    .         .  .  .         .  .    .                                                           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAANT-T----G--G-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
finalCons                     : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAANT-T----G--G-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                             111111111                                                                         
lowQualScore                  :         2  2   7   33   2  22  44   2  2    888888888 2  2  222222222 22 2    2  2 2   4444   99999     2    4        2 2 2  4   22 2    2    
lowQualScore                  :         .  .   .   ..   .  ..  ..   .  .    ......... .  .  ......... .. .    .  . .   ....   .....     .    .        . . .  .   .. .    .    
lowQualScore                  :         4  4   1   11   0  88  88   0  0    000000000 0  0  222222222 88 0    0  1 1   5555   55555     1    2        1 1 1  2   99 1    1    
consensus                     : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAANT-T----G--G-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
Reference ( family-759 )      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAANT-T----G--G-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93423                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-C--CTTG---------A-TT-TAAAT-T----G--A-GATT-TA-A-CAC----TA---G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93424                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAATAA--TA--ACC--A-CTTG---------A-TT-TAAAT-T----G--A-GATT-TA-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGA-TAGG
gi|93425                      : AGCACTAA-AT-GGA-CGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TA-TA---------G--G-GATT-TA-A-CAC----CAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-CAT--T-GTGA-TAGG
gi|93426                      : AGCACTAA-AG-GAG-CGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TA-TA---------G--G-GATT-TA-A-CAC----CAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-CAT--T-GTGA-TAGG
gi|93427                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAAATGT----G--G-ACTT-TA-A-CAC----TAT----AGAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TTA--T-GTGA-TAGG
gi|93428                      : AGCACAAA-AT-GGATCGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAAAT-T-------G-GATTGTA-A-CAC----CAT-----AAAGG-TAAGCAAAAGCAA-G-T-TT-TGT--T-GTGA-TAAG
gi|93429                      : AGCACAAA-AT-GGA-CGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAAA--T----G--G-GATT-T--A-CAC----CAA--G--AAAGG-TAAG--AATGCAA-G-T-TT-TA---T-GTG--TAGG
gi|93430                      : AGCACAAA-AT-GGC-GGG--GAA-AAATTA--ACC-A--CTTG---------A-TT-TAAAT-T----G--G--ATT-AA-AACAC----TATTAG-GAAAGG-TAAGGAAATGCAA-G-T-TT-TAT--T-GTGATTAGG
gi|93431                      : AGCACAAA-AT-ATA-TGT--CAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAATT-T----G--G-GATT-TA-A-AAC----AAT--T--CAAGG-TAAA-AAATGCAA-G-T-TT-TGT--A-GAGA-TAAG
gi|93432                      : AGCACAAA-AT-GGA-CAT--GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTT---------A-TT-TAATT-T----G--G-GATT-CA-A-CAC----TAC--A-TAAAGG-TAAG-AAATGCAA-GTT-TT-TAT--T-CTGA-TAGG
gi|93433                      : AGCACAAA-AT-G-A-CGT--GAA-A---TA--GA--AA-CTTG---------AGTT-TAAAT------G--G-GATT-TA---CA-----TAT--G-AAA-GG-TAAG-AAAT-CAA-G---TT-TAT--T-GTGA--AGG
gi|93434                      : AGCACAAA-TT-GGA-CGT--GAA-A---TA--ACG-AA-CTTG---------A-TT-TAAAT---------G-GATT--A-A-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G---TT-TAT--T-GTGA-CAGG
gi|93435                      : AGCAAAAA-AT-ATA-TGT--GAA-AA--TA--ACC-AA-GTTG---------A-TT-TAATT-C----G--G-GATG-TA-A-AAC----TAT--T-TAAAGT-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--A-GTAA-TAAG
gi|93436                      : AGCACAAATAT-GGA-CGT--CAA-AA--TAC-ACC-AA-ATTG---------A-TTGTAAATGT----GGTG-GATT-T
gi|93437                      :  GCACAAA-ATTGGATCGT--GAA-AA--TATTACC-AATCTTGGATTTCATGA-TT-TAATC-T----G--G-GCAT-TA-A-CAC----TATA-G-AAAGGG-TAAG-AA-TGCAA-G-T-TTATAT--T-GTGA-TAGG
gi|93438                      :      AAA-AT-GGA-CGT--G-A-AA--TA--ACCAAA-CCTG---------A-TT-TAA-T-T----G--G-GATT-TA-A--AC----TAT--G-AAAA-G-TAAG-AAATGCAA-G-T-TTATAT--T-GTGA-CAGG
gi|93439                      :       AA-AT-GGAACGTATGAA-AA--TA--TCC-AA-CCTG---------A-TT-TA-TT-T----G--GCAATT-TATA-CAC----TAT--G-AAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TAT--TCGTGA-TAGG
gi|93440                      :                    --GAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TACTG-C----G--G-GATT-T--A-CAT----TAT--G-TAAAGG-TAAG-AAATACAATG-TATT-TTT--T-TTAA-
gi|93441                      :                 gacttcAA-AA--TA--ACC-AA-CTTG---------A-TT-TAATT-TTGTGG--G-GATT-TA-A-AACTGCTTAT--GCAAAAGGCTAAG-ACA-GCAA-G-T-AT-TAT--T-GTGA-
gi|93442                      :                        A-AG--TA--ATC-GA-CTTG---------A-TT-TACTG-T----G--G-GATT-TA---CAC----TAT--G-TAAAGG-TAAG-AAATGCAA-G-T-TT-TATAAT-GCCA-TAGG