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lowQualScore                  :       .    .   .        ..  .    .  . .     .....   ....   ..      ....................  ...  .      . ..  .  ...........  ...... . ..... . .......... .... ..  .....    ..  .....  ..................................................................   ...  .. . .   . .  ... .  ...  .     ................     ....   .   . .  ................................................. .....    .. . ..       ...  .     .. ......              
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Reference ( gi|8165 )         : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCG-TCTTTGTCAA-----TCA--T-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGTTACC-A---TC-G-CACACCAGG-A--TG-TG--T-G--AT--AGC-A---CAT-----CTG----------T----A--CA----AATTC--CATGT--GG-TC---GT--AA---------T-GA-----T-G---AT---TC-TGGC-CGA-------GG----CCCT-G-TG--T-A-GGA-G-AA--TC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT----CAC-CAC-T-AC-AGC------ACG-----A----CG-A---AAT-A----------AA--T-----CAGA--C-AT-AATAATA---TCACCGTT-CTGA----TTCTCTGTGATGTA
gi|8166                       : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCG-TCTTTGTCAA-----TCA--T-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGT-ACC-A---TC-G-CACACCAGG-A--TG-TG--T-G--AT--AGC-A---CAT-----CTG----------T----A--CA----AATTC--CATGT--GG-TC---GT--AA---------T-GA-----T-G---AT---TC-TGGC-CGA-------GG----CCCTTG-TG--T-A-GGA-G-AA--TC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT----CAC-CAC-T-AC-AGC------ACG-----A----CG-A---AAT-A----------AA--T-----CAGA--C-AT-AATAATA---TCACCGTT-CTGA----TTCTCTGTGATGTA
gi|8167                       : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-CCCG-TCTTTGTCAA-----TCA--T-CTG--TACTGTG-TGG-G-TTTTGTA-A---TC-A-CATACCAGG-A--TG-TG--T-G--AA--AGC-G---CGT-----CTG----------T----A--CA----GATTC--CACGT--GGATC----T--AG---------T-GA-----T-G---AT---CC-TGGT-GGA-------GG----TCCT-G-TG--T-A-GGA-G-AA--TC-GA---TGTCTGCCA--CCG---T----GCTCTGT----CAC-CAC-T-AC-AGC------GCG-----A----CG-T---AAC-G----------AG--T-----CAGA--C-AC-AATAAAA---TCACCGTT-GTTA----TTATCTGTGATGTA
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Reference ( family-758 )      : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCGTCCT-T--GTCAA-----TCAT-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGTTANC-A---TCA-CAC-ACCAGG-A--TG--T-G------------TGAC--A-GC---GCGTCTGT----A--CA----GATTCC-ACG--T--GG-TC---GT--AA---T-GA-TGAT-T------C---TG-AC-GG-AGG---CCC-TG-TG-T-A---GGA------------------G-AA--CC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT-----C-AC-CAC-T-AC-AGC------AC------G-----A--CG-----AAT---A-AGTC--AGA--C-A-CGATAATATCACCGT-TC---TTATTCTCTGTGATGTA
gi|8165                       : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCGTCTT-T--GTCAA-----TCAT-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGTTACC-A---TCG-CAC-ACCAGG-A--TG--T-G------------TGAT--A-GC---ACATCTGT----A--CA----AATTCC-ATG--T--GG-TC---GT--AA---T-GA-TGAT-T------C---TG-GC-CG-AGG---CCC-TG-TG-T-A---GGA------------------G-AA--TC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT-----C-AC-CAC-T-AC-AGC------AC------G-----A--CGA----AAT---A-AATC--AGA--C-A-TAATAATATCACCGT-TC---TGATTCTCTGTGATGTA
gi|8166                       : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCGTCTT-T--GTCAA-----TCAT-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGT-ACC-A---TCG-CAC-ACCAGG-A--TG--T-G------------TGAT--A-GC---ACATCTGT----A--CA----AATTCC-ATG--T--GG-TC---GT--AA---T-GA-TGAT-T------C---TG-GC-CG-AGG---CCCTTG-TG-T-A---GGA------------------G-AA--TC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT-----C-AC-CAC-T-AC-AGC------AC------G-----A--CGA----AAT---A-AATC--AGA--C-A-TAATAATATCACCGT-TC---TGATTCTCTGTGATGTA
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Reference ( family-758 )      : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCGTCCT-T--GTCAA-----TCAT-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGTTANC-A---TCA-CAC-ACCAGG-A--TG--T-G------------TGAC--A-GC---GCGTCTGT----A--C----AGATTCC-ACG--T--GG-TC---GT--AA---T-GA----TGA-T------C-C---TG-A---C-GG-AGG-T--CC-TG-TG-T-A---GGA------------------G-AA--CC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT-----C-AC-CAC-T-AC-AGC------AC------G-----A--CG-----AAT---A-AGTC--AGA--C-A-CGATAATATCACCGT-TC---TTATTCTCTGTGATGTA
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Reference ( family-758 )      : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCGTCCT-T--GTCAA-----TCAT-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGTTANC-A---TCA-CAC-ACCAGG-A--TG--T-G------------TGAC--A-GC---GCGTCTGT----A--C----AGATTCC-ACG--T--GG-TC---GT--AA---T-GA----TGA-T------C-C---TG-A---C-GG-AGG-T--CC-TG-TG-T-A---GGA------------------G-AA--CC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT-----C-AC-CAC-T-AC-AGC------AC------G-----A--CG-----AAT---A-AGTC--AGA--C-A-CGATAATATCACCGT-TC---TTATTCTCTGTGATGTA
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gi|8184                       :                                                                                   -A---CCA-CAC-ACCAGG-A------T-G------------TGACCGA-GG---ACATCAGT----A--CACTGAGATTCC-CCA-----GG----------AA---TAGAACCCCGACT------C-C---TG-A---------------CC-TG-TG-T-A---GGA------------------G-AA--CC-TG---TGTTGTCCT-------------GATTTATTAAC-C-AC-CAC-T-AT-ACC------GCCCATTTA-----A--TT-----AAT---ACCGCC--TGA--T-G-TGCAGATATCTCCAT-TT---CTATTTTCTGTGATGTA


blockSeqs                     :       T    C   A        GA  C        TCA      GGAGA    T   GA      GACGTCGAGTCACA         G   C      T AT  TT T ACATAGAATGTT    CG T CAGGG       GGTC GT ACTG       C   TCC    TAATAATTGATTGTCTACCTGAATGGTAGGAT                             T  G  A A ATC   CTGATGACCTGTATAGTC C  CTC T  ACT        TCCACGACAGT          GAAAA C  G   AT   T CCGCCCATTTAATTAATAC                         TG   TG A T A        A    G TGAA
blockSeqs                     :       .    C   .        G   .        AT       GAT      .   GA      GGGAATATTAGTAA         .   .      . .   .  . AC              CG T CTG         .    .  .          .   TAT    TCTAAATAGTGATGATCCTGATGGATGT                                 .  A  . . A     C                  .  T   T  ACT        CCTGATTTAC           TAAC  .  .   TC   . ACACTGTGTTCGTTATGA                          .    C  . . A        A    . C   
blockSeqs                     :       .    T   .        G   .        T        .        .   A       TTGGTTTTCTAAGT         .   .      . .   .  . .               G  . CA          .    .  .          .   T      AATAAATGATTTCTTTGATTGGAGATTT                                 .  .  . . .     .                  .  T   .  .          TGATCGGG             C     .  .   T    . CTGCGTCCTTACGATT                            .    .  . . A        A    . G   
blockSeqs                     :       .    C   .        G   .        T        .        .   .       GTGGGTTTTGTAA          .   .      . .   .  . .               .  . CG          .    .  .          .   T      TGTTTAGTGAGGATCCTGATGGAGGGC                                  .  .  . . .     .                  .  T   .  .          TCCGCGC              C     .  .   T    . AAACATCGCGTTGGT                             .    .  . . A        A    . C   
blockSeqs                     :       .    C   .        G   .        T        .        .   .       GTTGCTTTTCTCA          .   .      . .   .  . .               .  . CG          .    .  .          .   T      TCGTAATGATGATTCTGGCCGAGGC                                    .  .  . . .     .                  .  T   .  .          ACCGTGC              .     .  .   T    . GCACGACGAAATA                               .    .  . . A        A    . T   
blockSeqs                     :       .    A   .        G   .        T        .        .   .       GTCAGTATTAAAA          .   .      . .   .  . .               .  . CG          .    .  .          .   T      ATCTAGTGATGATCCTGGTGGAGGT                                    .  .  . . .     .                  .  T   .  .          CCAAAAC              .     .  .   A    . GCGCGACGTAACG                               .    .  . . G        C    . C   
blockSeqs                     :       .    A   .        A   .        T        .        .   .       GGTGCTCCACTTA          .   .      . .   .  . .               .  . TG          .    .  .          .   T      GTCCAGCCGAACACCAGCAGGAGGA                                    .  .  . . .     .                  .  C   .  .          TCCAAGA              .     .  .   T    . ACACGACGTAACC                               .    .  . . G        C    . A   
blockSeqs                     :       .    T   .        G   .        T        .        .   .       GTCGGTGTTACCA          .   .      . .   .  . .               .  . GA          .    .  .          .   T      TGAGAGTGATGATCCTGATGGAGGT                                    .  .  . . .     .                  .  C   .  .          CACGCGC              .     .  .   A    . GCTTCTTTTTGAT                               .    .  . . C        T    . C   
blockSeqs                     :       .    T   .        C   .        G        .        .   .       GTGGTTATCACAG          .   .      . .   .  . .               .  . AG          .    .  .          .   G      TCGTATGATCACGTGATGGAGGT                                      .  .  . . .     .                  .  T   .  .          CCACAT               .     .  .   T    . GCACCACGCCAAT                               .    .  . . A        A    . G   
blockSeqs                     :       .    T   .        A   .        T        .        .   .       GTGTGTGTACCA           .   .      . .   .  . .               .  . GA          .    .  .          .   G      ATCTAGTGTGAGATCTGATGAGT                                      .  .  . . .     .                  .  T   .  .          CCGCGC               .     .  .   T    . GTCTTTGTTTTAA                               .    .  . . G        T    . T   
blockSeqs                     :       .    C   .        C   .        G        .        .   .       CAGTTGTAAGCA           .   .      . .   .  . .               .  . CG          .    .  .          .   T      ATCAGTGATTGATCCTGTGATT                                       .  .  . . .     .                  .  C   .  .          CCGCC                .     .  .   G    . CCTCGGTCCCAA                                .    .  . . A        A    . G   
blockSeqs                     :       .    C   .        C   .        G        .        .   .       CATTGTAAGCA            .   .      . .   .  . .               .  . CG          .    .  .          .   T      AATAGAACCCCGACTCCTGA                                         .  .  . . .     .                  .  T   .  .          TGA                  .     .  .   T    . AACGGTGATA                                  .    .  . . A        A    . A   
blockSeqs                     :       .    C   .        C   .        T        .        .   .       GTCGGTTTTAA            .   .      . .   .  . .               .  . AA          .    .  .          .   A      ATAAAAGCGAGACTGAGGG                                          .  .  . . .     .                  .  C   .  .          CGC                  .     .  .   T    . CGGTCTAAA                                   .    .  . . A        A    . C   
blockSeqs                     :       .    .   .        G   .        T        .        .   .       TGTTTTCACAG            .   .      . .   .  . .               .  . CG          .    .  .          .   T      ACGCAACCTTGATTTCTGA                                          .  .  . . .     .                  .  C   .  .          TTG                  .     .  .   T    . CACGGTGAA                                   .    .  . . A        T    . C   
blockSeqs                     :       .    .   .        C   .        G        .        .   .       TCGTGTAACA             .   .      . .   .  . .               .  . GA          .    .  .          .   T      ATAGAATCCCGATTTCAGA                                          .  .  . . .     .                  .  C   .  .          TGA                  .     .  .   T    . GCCAGAT                                     .    .  . . A        .    . C   
blockSeqs                     :                         G   .        T        .        .   .       GTTCTGA                .   .      . .   .  . .               .  . A           .    .  .          .   .      ATCAAATGAATGGAGATTT                                          .  .  . . .     .                  .  .   .  .          T                    .     .  .   .    . TCACG                                       .    .  . . G        .    . T   
blockSeqs                     :                         C   .        G        .        .   .       TTTATAA                .   .      . .   .  . .               .  . C           .    .  .          .   .      ATAAAAGGAGACTGAGGG                                           .  .  . . .                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                         C   .        G        .        .   .       AAA                    .   .      . .   .  . .               .  . C           .    .  .          .                                                                                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                           .   .      . .   .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                          


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCGTCCT-T--GTCAA-----TCAT-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGTTANC-A---TCA-CAC-ACCAGG-A--TG--T-G------------TGAC--A-GC---GCGTCTGT----A--C----AGATTCC-ACG--T--GG-TC---GT--AA---T-GA----TGA-T------C-C---TG-A---C-GG-AGG-T--CC-TG-TG-T-A---GGA------------------G-AA--CC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT-----C-AC-CAC-T-AC-AGC------AC------G-----A--CG-----AAT---A-AGTC--AGA--C-A-CGATAATATCACCGT-TC---TTATTCTCTGTGATGTA
finalCons                     : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCGTCCT-T--GTCAA-----TCAT-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGTTANC-A---TCA-CAC-ACCAGG-A--TG--T-G------------TGAC--A-GC---GCGTCTGT----A--C----AGATTCC-ACG--T--GG-TC---GT--AA---T-GA----TGA-T------C-C---TG-A---C-GG-AGG-T--CC-TG-TG-T-A---GGA------------------G-AA--CC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT-----C-AC-CAC-T-AC-AGC------AC------G-----A--CG-----AAT---A-AGTC--AGA--C-A-CGATAATATCACCGT-TC---TTATTCTCTGTGATGTA





Alignments
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lowQualScore                  :       .    .   .        ..  .        ....     .....    .   ..      ....................   .   .      . ..  .. . ............    .. . .....       .... .. ....       .   .....  ...........................................................  .  .  . . ...   .................. .  ... .  ...        ................     ..... .  .   ...  . ........................................    ..   .. . . .        .    . ....                 
lowQualScore                  :       5    8   5        00  1        6666     99999    1   99      00000000000000000000   0   0      0 88  88 0 777777777777    99 2 00000       5555 99 5555       1   77777  66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666  2  4  2 2 111   777777777777777777 4  666 7  222        1111111111111111     66666 4  4   111  4 3333333333333333333333333333333333333333    22   66 4 4 8        2    4 2222                 
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Reference ( family-758 )      : GTGTCA-GTAACAGA-GACAGGAAG-TG-ACCGTCCT-T--GTCAA-----TCAT-CTG--TACTGTG-TGT-G-TGTTANC-A---TCA-CAC-ACCAGG-A--TG--T-G------------TGAC--A-GC---GCGTCTGT----A--C----AGATTCC-ACG--T--GG-TC---GT--AA---T-GA----TGA-T------C-C---TG-A---C-GG-AGG-T--CC-TG-TG-T-A---GGA------------------G-AA--CC-GA---TGTCTTCCT--CCG---C----GCTCTGT-----C-AC-CAC-T-AC-AGC------AC------G-----A--CG-----AAT---A-AGTC--AGA--C-A-CGATAATATCACCGT-TC---TTATTCTCTGTGATGTA
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