lowQualScore                  :        2     33  4  4 2    2 0     22 22 2  22  3  22  2   333   2 4  2   33     88888888       2 0    666   2  333 333  2   66 33       33  4   2   2     
lowQualScore                  :        .     ..  .  . .    . .     .. .. .  ..  .  ..  .   ...   . .  .   ..     ........       . .    ...   .  ... ...  .   .. ..       ..  .   .   .     
lowQualScore                  :        4     11  4  4 2    1 8     99 99 1  99  7  99  1   555   2 4  2   11     11111111       2 5    111   2  999 999  2   11 11       22  7   5   7     
consensus                     : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATNTC--AG-TGT-A-AAG-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
Reference ( gi|5910 )         : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATATC--AG-TGT-A-AAG-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5912                       : TTTGAAA-TTTCA--CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--T--C-AG--ATATC--AG-TTT-A-AAG-T-TG-TTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---A---AG-GTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5913                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTTTATA--T--C-AG--ATATC--AG-TGT-A-AAG-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTAG---AAG-AG---A---AG-TTG--T--AAGAATA--GT-AAT--TT-TTCAA
gi|5914                       : TTTGAAA-TTTAAAACC-GG-G-CAAA-TTTTCTA--T--C-AG--ATATC--AG-TGT-A-AAG-T-TA-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TTTTAA---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTAAA
gi|5911                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GT-G-CAAA-TCCTGTA--T--C-AG--ATCAC--AG-CGA-A-AAA-T-TG-CTA--TGTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--AT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5916                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-A-CAAATTTCTATA--T--C-AG--TTATC--GG-TGT---AAG-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTT-CCTTGG---AAG-TT---G---TG-TTG--T---AGAATT--AT-AAT-ATG-TTAAA
gi|5915                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TCCTATA--T--C-AG--ATCTC--AG-TGT-----T-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---GAG-TC---G---AG--------------TT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5917                       : TTTGAAA-TTTAA--AC-CG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG------------TGT-A-A-G-T-TG-CTA--TTTTA--------CATTTTC-CTCTGG---A-G-TT---G---AG-TTG--T--AAGAACT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5920                       : TTTGAAA-TTTAA--GATGG-G-CAA--TCCTACGATT--C-AG--ATATC--GG-TGT-A-AAGAT-TG-CTA--TTTTT--------CATTTT--CTCCGGC--AAG-TT---G---AG-TTG--TTAAGGAATTTGATAAAT-ATTATCTAA
gi|5921                       : TTTGAAG-TTTCA--CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--T--C-AGCAATATC--AGTTTT-T-AAG-TCTG-TTA--TTTTTGCGTCTCACATTTTCTCTCTGG---AAGTTT---A---AG-GTGGTT--AAGAATT--GA-AAT-ATT-TTTAA
gi|5918                       : TTTGATA-TTTAG--CA-GGAG-CAAA-TCATATA--T--C-AG--ATCGC--GA-TAT-A-AAG-A-AA-TTA--TTTGT--------CATTTTC-CACAGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--GAAAGTT--GT-AAT-A
gi|5919                       : TTTGAAA-TTTAA--CACGG-G-CAAA-TGTTACT--T--C-AA--ATCGC--AG-TAC-C-AAT-A-CG-CTA--TGTTT--------CATTTTC-CACACA---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--TT-AAT-ATT-TTT
gi|5923                       : TTTGAAACTTTAA--CA-GG-G------------------G-AG--ATATC--AG-TG--A-AAG-T-TG-CTATTTTTTT--------CA-TTTC-CTCT-G---AAG-TT---A---AG--TG--T--AGAGATT--GT-AA
gi|5922                       : TTTGAAA-TTCA---CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--TTTC-AG--ATATC--AG-TTTAA-AAG-T-TG-TTA---TTTT--------CATTTT--CTC-GGATTAAG-TA---GGACGG-TTGTTT--AAGAATT--GTCAATAATT-CTT
gi|5924                       : TTTGAAA----AA--CA-GG-G-CAAA-TCCTATA--T--C-AG--ATCTG--AG-TGT-
gi|5925                       :    GAAA-TTTAA--CA-TG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATCTC--GG-TGT-A-AAA-T-TG-CAA--TTTTT--------CATTTTT-CTCTCG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5926                       :      AA-TTTGA--TA-GGCG-CAAA-TGCTATA--T--C-AA--ATCGC--AG-TAT-A-AAG-T-AG-TTA--ATGTT--------CATTTTC-CACAGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AA
gi|5927                       :        -TTTAA--CA-GG-T-CAAA-TCCTAGA--T--C-AG--ATTGC--AG-TGT-A-ACG-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--C--AATAGTT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5928                       :            AG--CA-GA-GACAAA-----ATG--T--CTAG--TTATTTTAG-TGT-AGAAG-TGTGTCTT--ATTTT--------CATTTGC-CTTTTG---AAG-TT---G---AGTTTG--T--AAGAAAT--GT-AAT-ATT-TTT
gi|5929                       :                         AAA-TTCTATC--T--C-AG--ATCGC--AA-TGT-A-AAG-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--GT-GAT-ACT-TTTAA





Alignments
lowQualScore                  :        2     22  4  4 2    2 0     22 22 2  55  1    2    2  2 2 4  2   22     77777777       2      555   2  333 333  2   55 22       33  4   2   2     
lowQualScore                  :        .     ..  .  . .    . .     .. .. .  ..  .    .    .  . . .  .   ..     ........       .      ...   .  ... ...  .   .. ..       ..  .   .   .     
lowQualScore                  :        2     99  2  2 1    0 3     88 88 0  55  7    0    1  1 1 2  1   99     66666666       1      888   1  777 777  1   88 99       11  4   4   5     
consensus                     : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATNTCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
Reference ( family-754 )      : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATNTCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5910                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATATCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5911                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GT-G-CAAA-TCCTGTA--T--C-AG--ATCACAG-CGAA-AA-A-T-TG-CTA--TGTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--AT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5912                       : TTTGAAA-TTTCA--CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--T--C-AG--ATATCAG-TTTA-AA-G-T-TG-TTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---A---AG-GTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5913                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTTTATA--T--C-AG--ATATCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTAG---AAG-AG---A---AG-TTG--T--AAGAATA--GT-AAT--TT-TTCAA
gi|5914                       : TTTGAAA-TTTAAAACC-GG-G-CAAA-TTTTCTA--T--C-AG--ATATCAG-TGTA-AA-G-T-TA-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TTTTAA---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTAAA
gi|5915                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TCCTATA--T--C-AG--ATCTCAG-TGT-----T-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---GAG-TC---G---AG--------------TT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5916                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-A-CAAATTTCTATA--T--C-AG--TTATCGG-TGT--AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTT-CCTTGG---AAG-TT---G---TG-TTG--T---AGAATT--AT-AAT-ATG-TTAAA
gi|5917                       : TTTGAAA-TTTAA--AC-CG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG----------TGTA-A--G-T-TG-CTA--TTTTA--------CATTTTC-CTCTGG---A-G-TT---G---AG-TTG--T--AAGAACT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5918                       : TTTGATA-TTTAG--CA-GGAG-CAAA-TCATATA--T--C-AG--ATCGCGA-TATA-AA-G-A-AA-TTA--TTTGT--------CATTTTC-CACAGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--GAAAGTT--GT-AAT-A
gi|5919                       : TTTGAAA-TTTAA--CACGG-G-CAAA-TGTTACT--T--C-AA--ATCGCAG-TACC-AA-T-A-CG-CTA--TGTTT--------CATTTTC-CACACA---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--TT-AAT-ATT-TTT
gi|5920                       : TTTGAAA-TTTAA--GATGG-G-CAA--TCCTACGATT--C-AG--ATATCGG-TGTA-AA-GAT-TG-CTA--TTTTT--------CATTTT--CTCCGGC--AAG-TT---G---AG-TTG--TTAAGGAATTTGATAAAT-ATTATCTAA
gi|5921                       : TTTGAAG-TTTCA--CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--T--C-AGCAATATCAGTTTTT-AA-G-TCTG-TTA--TTTTTGCGTCTCACATTTTCTCTCTGG---AAGTTT---A---AG-GTGGTT--AAGAATT--GA-AAT-ATT-TTTAA
gi|5922                       : TTTGAAA-TTCA---CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--TTTC-AG--ATATCAG-TTTA-AAAG-T-TG-TTA--TTTT---------CATTTT--CTC-GGATTAAG-TA---GGACGG-TTGTTT--AAGAATT--GTCAATAATT-CTT
gi|5923                       : TTTGAAACTTTAA--CA-GG-G------------------G-AG--ATATCAG-TG-A-AA-G-T-TG-CTATTTTTTT--------CA-TTTC-CTCT-G---AAG-TT---A---AG--TG--T--AGAGATT--GT-AA
gi|5924                       : TTTGAAA----AA--CA-GG-G-CAAA-TCCTATA--T--C-AG--ATCTGAG-TGT
gi|5925                       :    GAAA-TTTAA--CA-TG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATCTCGG-TGTA-AA-A-T-TG-CAA--TTTTT--------CATTTTT-CTCTCG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5926                       :      AA-TTTGA--TA-GGCG-CAAA-TGCTATA--T--C-AA--ATCGCAG-TATA-AA-G-T-AG-TTA--ATGTT--------CATTTTC-CACAGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AA
gi|5927                       :        -TTTAA--CA-GG-T-CAAA-TCCTAGA--T--C-AG--ATTGCAG-TGTA-AC-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--C--AATAGTT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5928                       :            AG--CA-GA-GACAAA-----ATG--T--CTAGTTATTTTAG-TGTAGAA-G-TGTGTCTT--ATTTT--------CATTTGC-CTTTTG---AAG-TT---G---AGTTTG--T--AAGAAAT--GT-AAT-ATT-TTT
gi|5929                       :                         AAA-TTCTATC--T--C-AG--ATCGCAA-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--GT-GAT-ACT-TTTAA





Alignments
lowQualScore                  :        2     22  4  4 2    2 0     22 22 2  55  1    2    2  2 2 4  2   22     77777777       2      555   2  333 333  2   55 22       33  4   2   2     
lowQualScore                  :        .     ..  .  . .    . .     .. .. .  ..  .    .    .  . . .  .   ..     ........       .      ...   .  ... ...  .   .. ..       ..  .   .   .     
lowQualScore                  :        2     99  2  2 1    0 3     88 88 0  55  7    0    1  1 1 2  1   99     66666666       1      888   1  777 777  1   88 99       11  4   4   5     
consensus                     : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATNTCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
Reference ( family-754 )      : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATNTCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5910                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATATCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5911                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GT-G-CAAA-TCCTGTA--T--C-AG--ATCACAG-CGAA-AA-A-T-TG-CTA--TGTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--AT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5912                       : TTTGAAA-TTTCA--CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--T--C-AG--ATATCAG-TTTA-AA-G-T-TG-TTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---A---AG-GTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5913                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTTTATA--T--C-AG--ATATCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTAG---AAG-AG---A---AG-TTG--T--AAGAATA--GT-AAT--TT-TTCAA
gi|5914                       : TTTGAAA-TTTAAAACC-GG-G-CAAA-TTTTCTA--T--C-AG--ATATCAG-TGTA-AA-G-T-TA-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TTTTAA---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTAAA
gi|5915                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TCCTATA--T--C-AG--ATCTCAG-TGT-----T-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---GAG-TC---G---AG--------------TT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5916                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-A-CAAATTTCTATA--T--C-AG--TTATCGG-TGT--AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTT-CCTTGG---AAG-TT---G---TG-TTG--T---AGAATT--AT-AAT-ATG-TTAAA
gi|5917                       : TTTGAAA-TTTAA--AC-CG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG----------TGTA-A--G-T-TG-CTA--TTTTA--------CATTTTC-CTCTGG---A-G-TT---G---AG-TTG--T--AAGAACT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5918                       : TTTGATA-TTTAG--CA-GGAG-CAAA-TCATATA--T--C-AG--ATCGCGA-TATA-AA-G-A-AA-TTA--TTTGT--------CATTTTC-CACAGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--GAAAGTT--GT-AAT-A
gi|5919                       : TTTGAAA-TTTAA--CACGG-G-CAAA-TGTTACT--T--C-AA--ATCGCAG-TACC-AA-T-A-CG-CTA--TGTTT--------CATTTTC-CACACA---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--TT-AAT-ATT-TTT
gi|5920                       : TTTGAAA-TTTAA--GATGG-G-CAA--TCCTACGATT--C-AG--ATATCGG-TGTA-AA-GAT-TG-CTA--TTTTT--------CATTTT--CTCCGGC--AAG-TT---G---AG-TTG--TTAAGGAATTTGATAAAT-ATTATCTAA
gi|5921                       : TTTGAAG-TTTCA--CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--T--C-AGCAATATCAGTTTTT-AA-G-TCTG-TTA--TTTTTGCGTCTCACATTTTCTCTCTGG---AAGTTT---A---AG-GTGGTT--AAGAATT--GA-AAT-ATT-TTTAA
gi|5922                       : TTTGAAA-TTCA---CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--TTTC-AG--ATATCAG-TTTA-AAAG-T-TG-TTA--TTTT---------CATTTT--CTC-GGATTAAG-TA---GGACGG-TTGTTT--AAGAATT--GTCAATAATT-CTT
gi|5923                       : TTTGAAACTTTAA--CA-GG-G------------------G-AG--ATATCAG-TG-A-AA-G-T-TG-CTATTTTTTT--------CA-TTTC-CTCT-G---AAG-TT---A---AG--TG--T--AGAGATT--GT-AA
gi|5924                       : TTTGAAA----AA--CA-GG-G-CAAA-TCCTATA--T--C-AG--ATCTGAG-TGT
gi|5925                       :    GAAA-TTTAA--CA-TG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATCTCGG-TGTA-AA-A-T-TG-CAA--TTTTT--------CATTTTT-CTCTCG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5926                       :      AA-TTTGA--TA-GGCG-CAAA-TGCTATA--T--C-AA--ATCGCAG-TATA-AA-G-T-AG-TTA--ATGTT--------CATTTTC-CACAGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AA
gi|5927                       :        -TTTAA--CA-GG-T-CAAA-TCCTAGA--T--C-AG--ATTGCAG-TGTA-AC-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--C--AATAGTT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5928                       :            AG--CA-GA-GACAAA-----ATG--T--CTAGTTATTTTAG-TGTAGAA-G-TGTGTCTT--ATTTT--------CATTTGC-CTTTTG---AAG-TT---G---AGTTTG--T--AAGAAAT--GT-AAT-ATT-TTT
gi|5929                       :                         AAA-TTCTATC--T--C-AG--ATCGCAA-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--GT-GAT-ACT-TTTAA


blockSeqs                     :        C     AA  C  A A    T       AT TT T  CA  C    T    G  A A C  T   TT     GCGTCTCA       T      ATT   T  TTA GAC  T   GT TA       TG  A   A   A
blockSeqs                     :        .     .   T  C .    .       .  .  .  TT  A    .    .  . . G  .   .      .              .      C     .  .   .    .   TT .        .   C   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   A    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   A    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   C    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   A    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   C    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   C    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   A    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   A    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   A    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   A    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   C    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   C    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   C    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .   .
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   T    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .   .    
blockSeqs                     :        .     .   .  . .    .       .  .  .  .   T    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .        .   .        
blockSeqs                     :              .   .  . .    .       .  .  .  .   C    .    .  . . .  .   .      .              .      .     .  .   .    .   .  .                     
blockSeqs                     :                            .       .  .  .  .   .    .                                                                                              


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATNTCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
finalCons                     : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATNTCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA





Alignments
lowQualScore                  :        2     22  4  4 2    2 0     22 22 2  55  1    2    2  2 2 4  2   22     77777777       2      555   2  333 333  2   55 22       33  4   2   2     
lowQualScore                  :        .     ..  .  . .    . .     .. .. .  ..  .    .    .  . . .  .   ..     ........       .      ...   .  ... ...  .   .. ..       ..  .   .   .     
lowQualScore                  :        2     99  2  2 1    0 3     88 88 0  55  7    0    1  1 1 2  1   99     66666666       1      888   1  777 777  1   88 99       11  4   4   5     
consensus                     : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATNTCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
Reference ( family-754 )      : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATNTCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5910                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATATCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5911                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GT-G-CAAA-TCCTGTA--T--C-AG--ATCACAG-CGAA-AA-A-T-TG-CTA--TGTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--AT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5912                       : TTTGAAA-TTTCA--CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--T--C-AG--ATATCAG-TTTA-AA-G-T-TG-TTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TT---A---AG-GTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5913                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TTTTATA--T--C-AG--ATATCAG-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTAG---AAG-AG---A---AG-TTG--T--AAGAATA--GT-AAT--TT-TTCAA
gi|5914                       : TTTGAAA-TTTAAAACC-GG-G-CAAA-TTTTCTA--T--C-AG--ATATCAG-TGTA-AA-G-T-TA-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---AAG-TTTTAA---AG-TTG--T--AAGAATT--GT-AAT-ATT-TTAAA
gi|5915                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-G-CAAA-TCCTATA--T--C-AG--ATCTCAG-TGT-----T-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CTCTGG---GAG-TC---G---AG--------------TT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5916                       : TTTGAAA-TTTAA--CA-GG-A-CAAATTTCTATA--T--C-AG--TTATCGG-TGT--AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTT-CCTTGG---AAG-TT---G---TG-TTG--T---AGAATT--AT-AAT-ATG-TTAAA
gi|5917                       : TTTGAAA-TTTAA--AC-CG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG----------TGTA-A--G-T-TG-CTA--TTTTA--------CATTTTC-CTCTGG---A-G-TT---G---AG-TTG--T--AAGAACT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5918                       : TTTGATA-TTTAG--CA-GGAG-CAAA-TCATATA--T--C-AG--ATCGCGA-TATA-AA-G-A-AA-TTA--TTTGT--------CATTTTC-CACAGG---AAG-TT---G---AG-TTG--T--GAAAGTT--GT-AAT-A
gi|5919                       : TTTGAAA-TTTAA--CACGG-G-CAAA-TGTTACT--T--C-AA--ATCGCAG-TACC-AA-T-A-CG-CTA--TGTTT--------CATTTTC-CACACA---AAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--TT-AAT-ATT-TTT
gi|5920                       : TTTGAAA-TTTAA--GATGG-G-CAA--TCCTACGATT--C-AG--ATATCGG-TGTA-AA-GAT-TG-CTA--TTTTT--------CATTTT--CTCCGGC--AAG-TT---G---AG-TTG--TTAAGGAATTTGATAAAT-ATTATCTAA
gi|5921                       : TTTGAAG-TTTCA--CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--T--C-AGCAATATCAGTTTTT-AA-G-TCTG-TTA--TTTTTGCGTCTCACATTTTCTCTCTGG---AAGTTT---A---AG-GTGGTT--AAGAATT--GA-AAT-ATT-TTTAA
gi|5922                       : TTTGAAA-TTCA---CT-GG-G-CAGA-TTTTATA--TTTC-AG--ATATCAG-TTTA-AAAG-T-TG-TTA--TTTT---------CATTTT--CTC-GGATTAAG-TA---GGACGG-TTGTTT--AAGAATT--GTCAATAATT-CTT
gi|5923                       : TTTGAAACTTTAA--CA-GG-G------------------G-AG--ATATCAG-TG-A-AA-G-T-TG-CTATTTTTTT--------CA-TTTC-CTCT-G---AAG-TT---A---AG--TG--T--AGAGATT--GT-AA
gi|5924                       : TTTGAAA----AA--CA-GG-G-CAAA-TCCTATA--T--C-AG--ATCTGAG-TGT
gi|5925                       :    GAAA-TTTAA--CA-TG-G-CAAA-TTCTATA--T--C-AG--ATCTCGG-TGTA-AA-A-T-TG-CAA--TTTTT--------CATTTTT-CTCTCG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5926                       :      AA-TTTGA--TA-GGCG-CAAA-TGCTATA--T--C-AA--ATCGCAG-TATA-AA-G-T-AG-TTA--ATGTT--------CATTTTC-CACAGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AA
gi|5927                       :        -TTTAA--CA-GG-T-CAAA-TCCTAGA--T--C-AG--ATTGCAG-TGTA-AC-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--C--AATAGTT--GT-AAT-ATT-TTTAA
gi|5928                       :            AG--CA-GA-GACAAA-----ATG--T--CTAGTTATTTTAG-TGTAGAA-G-TGTGTCTT--ATTTT--------CATTTGC-CTTTTG---AAG-TT---G---AGTTTG--T--AAGAAAT--GT-AAT-ATT-TTT
gi|5929                       :                         AAA-TTCTATC--T--C-AG--ATCGCAA-TGTA-AA-G-T-TG-CTA--TTTTT--------CATTTTC-CACTGG---GAG-TT---G---AG-TTG--T--AAGAGTT--GT-GAT-ACT-TTTAA