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lowQualScore                  :                        44     44   6666666     11 22      4    22  55  111111111111 4     4  4   55   3    66  5   5     7       444           44      44       9          
consensus                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--GTA-TA------------A-CGCCG-CATTTTT-CTA-GGAA-CGT-TTT-TCCTG-CTACTTA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CCAAATTCGCTTTCGCCA
Reference ( gi|106980 )       : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--GTT-TA------------A-CGCCA-CATTTTT-CTA-GGAA-TGT-TTT-TCCTG-CTACTTA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CCAAATTTGCTTTCGCCA
gi|106979                     : TACAGTTAACTCTCGAATTACCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--GTT-TA------------A-CGCCA-CAATTCT-CTA-GGAA-CGT-TTT-TCCTG-CTACTTA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CCAAATTCGCTTTCGCCA
gi|106981                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTTAT--C--GCCATT-TTCG--GTT-TA------------A-CAACA-CATTTTT-CTA-GGAA-CGT-TTT-TCCTG-CTACTTA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CCTAATTCGCTTTCGCCA
gi|106983                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--TCACT--AAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--GTA-TA------------A-CGCCG-CATTTTT-CTA-AGAA-CGT-TTT-TCCTG-CTACTTA---AAATTATCGTT--AAAACG--CCAAATTCGCTTTTGCCA
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gi|106991                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCGGCCCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTC---GTA-TA------------A-CGCCA-CATTTTT-
gi|106992                     : TATAGTTAACTCTCGAATTATC---CCGCG--CAGCTTTCCCTTCATAGC--CCCATTCTTCG--GTA-TATCCCGTCAGCGCG-CGCGA-CATTTTT-CTGTGGAACTGT-TTT-TCCTG-C-AGTTACCCACCTTCTCGTCTAAAAACGGACCAAATTCGCTTTC
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gi|106993                     : TACACTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--tagattcact
gi|106994                     :   CAGTTA-CTCTCGAATTATCG--CCA-T--CAA-------TTCAT--T--GCCATT-TT-G--GCT-AT------------A-CGCCG-CATTTA--CTA-GGAA-CGT-TTT-TCCTG-TTACTTA---AACT--TCGTT--ATAACG--CCA
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gi|106996                     :                                  AA-------TTTAT--C--GCCATT-TTCGCTATA-TA------------A-CGCCA-TATTTTT-CTA-GGAA-TGTATTT-T
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Alignments
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lowQualScore                  :                        22     22   2222222     99 11      2    9999   11111111  2   2 8888      88   0     4  4   4      4   4  111           22      22  55                
consensus                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
Reference ( family-748 )      : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
gi|106979                     : TACAGTTAACTCTCGAATTACCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TTT--------AA-CGC-CA---CAATTC-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
gi|106980                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TTT--------AA-CGC-CA---CATTTT-TCTA-GGAAT-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTTGCTTTCGCCA
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gi|106993                     : TACACTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--
gi|106994                     :   CAGTTA-CTCTCGAATTATCG--CCA-T--CAA-------TTCAT--T--GCCATT-TTGG--C-TAT--------A--CGC-CG---CATTTA--CTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGTTACT-TA---AACT--TCGTT--ATAACG--CCATAGATTC
gi|106995                     :    AGTTAATACTCGAATTATCT--CCATT--CAA-------TTCAT--C--GTCATT---AG--T-TAT--------AA-CTC-CG---CATTTT-TCAA-GGTAT-AT-TTT-TACGATTAAT-TA---GAATTCTCGTT--ACAATG--CC--AAATTCGCTATCG
gi|106996                     :                                  AA-------TTTAT--C--GCCATT-TTCGCTA-TAT--------AA-CGC-CA---TATTTT-TCTA-GGAAT-GTATTT-T
gi|106997                     :                                              AT--C--GCCATT-TTCA--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TTTT-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCAACT-TA---AAATTGACGTT--AACACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
gi|106998                     :                                                                                                            -GT-TTT-CCCTAGAACT-TA---AAATTCTTGTT--TAAACA--TC--AAATTCGCTATCTCCA
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Alignments
lowQualScore                  :                        33     33   7777777     22 33      2    4444   88888888  2   2 8888      22   5     2  2   2      0   2  444           33      33  66                
lowQualScore                  :                        ..     ..   .......     .. ..      .    ....   ........  .   . ....      ..   .     .  .   .      .   .  ...           ..      ..  ..                
lowQualScore                  :                        22     22   2222222     99 11      2    9999   11111111  2   2 8888      88   0     4  4   4      4   4  111           22      22  55                
consensus                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
Reference ( family-748 )      : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
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gi|106990                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CA---CATTTT-TC
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gi|106992                     : TATAGTTAACTCTCGAATTATC---CCGCG--CAGCTTTCCCTTCATAGC--CCCATTCTTCG--G-TATATCCCGTCAG-CGCGCGCGACATTTT-TCTGTGGAACTGT-TTT-TCCTGC-AGT-TACCCACCTTCTCGTCTAAAAACGGACC--AAATTCGCTTTC
gi|106993                     : TACACTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--
gi|106994                     :   CAGTTA-CTCTCGAATTATCG--CCA-T--CAA-------TTCAT--T--GCCATT-TTGG--C-TAT--------A--CGC-CG---CATTTA--CTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGTTACT-TA---AACT--TCGTT--ATAACG--CCATAGATTC
gi|106995                     :    AGTTAATACTCGAATTATCT--CCATT--CAA-------TTCAT--C--GTCATT---AG--T-TAT--------AA-CTC-CG---CATTTT-TCAA-GGTAT-AT-TTT-TACGATTAAT-TA---GAATTCTCGTT--ACAATG--CC--AAATTCGCTATCG
gi|106996                     :                                  AA-------TTTAT--C--GCCATT-TTCGCTA-TAT--------AA-CGC-CA---TATTTT-TCTA-GGAAT-GTATTT-T
gi|106997                     :                                              AT--C--GCCATT-TTCA--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TTTT-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCAACT-TA---AAATTGACGTT--AACACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
gi|106998                     :                                                                                                            -GT-TTT-CCCTAGAACT-TA---AAATTCTTGTT--TAAACA--TC--AAATTCGCTATCTCCA
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blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    AC     .         .   . GT        T    T     .  .   .          .  .             .       .   AT
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    G      .         .   . A         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    G      .         .   . A         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    G      .         .   . G         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    G      .         .   . G         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    A      .         .   . A         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    T      .         .   . A         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    G      .         .   . G         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    T      .         .   . A         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    T      .         .   . A         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    G      .         .   . G         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    G      .         .   . G         T    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    G      .         .   . A         .    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    C      .         .   . G         .    .     .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                        .      .    .           .  .       .    T      .         .   . .         .          .  .   .          .  .             .       .   . 
blockSeqs                     :                                    .           .  .       .    G      .         .   . .         .                                                           
blockSeqs                     :                                                .                                                                                                            


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
finalCons                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA





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lowQualScore                  :                        ..     ..   .......     .. ..      .    ....   ........  .   . ....      ..   .     .  .   .      .   .  ...           ..      ..  ..                
lowQualScore                  :                        22     22   2222222     99 11      2    9999   11111111  2   2 8888      88   0     4  4   4      4   4  111           22      22  55                
consensus                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
Reference ( family-748 )      : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
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gi|106980                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TTT--------AA-CGC-CA---CATTTT-TCTA-GGAAT-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTTGCTTTCGCCA
gi|106981                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTTAT--C--GCCATT-TTCG--G-TTT--------AA-CAA-CA---CATTTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--TAATTCGCTTTCGCCA
gi|106982                     : TACAGTTAATTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCT--G-TAT--------AA-CGC-CG---CAATTT-TCTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCTAC--TA---AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
gi|106983                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--TCACT--AAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TCTA-AGAAC-GT-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTATCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTTGCCA
gi|106984                     : TACAGTTAACCCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TCTG--A-TAT--------AA-TGC-CA---CATTTT-TCTA-GGAAC-GG-TTT-TCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTT--AAAATG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
gi|106985                     : TACAGTTAACTCTTGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--T-T-T--------AA-CGC-CA---CCATTT-TCTA-GGAAC-G--TTT-TCCTGCTACT-T----AAATTCTCGTT--AAAACG--CC--AAATTCGCTTT
gi|106986                     : TACAGT-GACTCTCGA-TTATCG--CCACTTGCAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CAC-CGT--CATTTT--CTATAGAAC-GT-TTTTTCCTGCTACT-TA---AAATTCTCGTA--AAAACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
gi|106987                     : TACCGTTA-CT-TCGATTAATCG--CCA-T--CA--------TTCAT--CACGCCATT-T-CG--ACTAT--------AAACGC-CG---CATTTTAACTA-GGCAA-GT-TTT-TCCTGT--CTGTA---AAAT--TCGTT--ATAACG--CCATAGATTCACT
gi|106988                     : TACAGTTAACTCTTGAATTATGG--CCTCT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTTG--T-TAT--------AA-CAC-C-------------------AC-AT-TTT-TCCTGTTGCT-TA---AAATTCTCGTT--TAAATG--CC--AATTTCGCT
gi|106989                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCAAT--CAA-------CTTAT--C--GTCATT-TTCG--T-TAT--------AA-CGT-C-------------------AC-AT-TTT-TCCTGTTACT-TA---AAATTCTCGTC--ATTACG--CT--AAATTTG
gi|106990                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTCG--G-TAT--------AA-CGC-CA---CATTTT-TC
gi|106991                     : TACAGTTAACTCTCGAATTATCGGCCCACT--CAA-------TTCAT--C--GCCATT-TTC---G-TAT--------AA-CGC-CA---CATTTT-T
gi|106992                     : TATAGTTAACTCTCGAATTATC---CCGCG--CAGCTTTCCCTTCATAGC--CCCATTCTTCG--G-TATATCCCGTCAG-CGCGCGCGACATTTT-TCTGTGGAACTGT-TTT-TCCTGC-AGT-TACCCACCTTCTCGTCTAAAAACGGACC--AAATTCGCTTTC
gi|106993                     : TACACTTAACTCTCGAATTATCG--CCACT--CAA-------TTCAT--
gi|106994                     :   CAGTTA-CTCTCGAATTATCG--CCA-T--CAA-------TTCAT--T--GCCATT-TTGG--C-TAT--------A--CGC-CG---CATTTA--CTA-GGAAC-GT-TTT-TCCTGTTACT-TA---AACT--TCGTT--ATAACG--CCATAGATTC
gi|106995                     :    AGTTAATACTCGAATTATCT--CCATT--CAA-------TTCAT--C--GTCATT---AG--T-TAT--------AA-CTC-CG---CATTTT-TCAA-GGTAT-AT-TTT-TACGATTAAT-TA---GAATTCTCGTT--ACAATG--CC--AAATTCGCTATCG
gi|106996                     :                                  AA-------TTTAT--C--GCCATT-TTCGCTA-TAT--------AA-CGC-CA---TATTTT-TCTA-GGAAT-GTATTT-T
gi|106997                     :                                              AT--C--GCCATT-TTCA--G-TAT--------AA-CGC-CG---CATTTT-TTTT-GGAAC-GT-TTT-TCCTGCAACT-TA---AAATTGACGTT--AACACG--CC--AAATTCGCTTTCGCCA
gi|106998                     :                                                                                                            -GT-TTT-CCCTAGAACT-TA---AAATTCTTGTT--TAAACA--TC--AAATTCGCTATCTCCA
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