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finalCons                     : GAATGCCATGCTCCAGGTCT-AAT---------TTCG-CCTTACATCCTCG-----CAGGAAGT-CTACACC-AAGCAACATGGAGTCCTTCAAGG





Alignments
lowQualScore                  :              1      1   777777777    1             44444  0     1       2         1             
lowQualScore                  :              .      .   .........    .             .....  .     .       .         .             
lowQualScore                  :              6      9   666666666    9             88888  6     9       0         4             
consensus                     : GAATGCCATGCTCCAGGTCT-AAT---------TTCG-CCTTACATCCTCG-----CAGGAAGT-CTACACC-AAGCAACATGGAGTCCTTCAAGG
Reference ( family-747 )      : GAATGCCATGCTCCAGGTCT-AAT---------TTCG-CCTTACATCCTCG-----CAGGAAGT-CTACACC-AAGCAACATGGAGTCCTTCAAGG
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gi|113106                     : GAATGCCATGCTCAAGGTCT-AAT---------ATCG-CCTTACATCCTCG-----CATGAAAT-CTACACC-AAGCAACATAGAGTCC
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gi|113112                     : GAGTGTCATGCTCCGGGTCC-AAG---------TTTG-TCTTACATCCTCG-----CAGGGTGT-CTACACT-AAGCAACATGGAGTTCTTCAAGG
gi|113113                     : GAATGCTATGCCCCATGTCT-AAT---------TTTG-CCTTGCATTCTCG-----CAGGATGT-ATGTACC-AAGCAACATGGAGTCCTTCATGG
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gi|113117                     : GAGTGCCATGCTC---------------------TTG-CCTTACATCATCA-----CAGGAAAT-ACACACC-AAGCAACATGAAGTCCTTCAAGG
gi|113118                     : GAATGCTATGCCCCAGGTCA-AAC---------TTTG-CCTTACATTCTCG-----CAGGAAGT-ATGTAC
gi|113119                     :  AATGCCATGCTCCAGGTCC-AAT---------TTCG-CCTTGCATCCTCG-----CAGGAAGC-CTACACT-AAGCAACATGGAGTCTTTCAAAG
gi|113120                     :  AGTGCCACGCTCCAGGTTT-AAT---------TTCG-CCTTACATTCTCG-----AAAGGAATACTACACC-AAGCAACACAGAGTCCTTCAAGG
gi|113121                     :    TGCCATGCTCTAAGTAT-AAT---------TTCG-CCTTGCATCCTTG-----CAGGAAAT-CTACAGT-AAGCAACAT--AGTCCTTCAAG
gi|113122                     :      CCGTGCTCCAGGTTC-AAT---------TTGG-TCTTACACCCTATATTATCAAGATGT-CTATACA-AAGCAACATGGAGTCCTTCAAG
gi|113123                     :                  TCC-AGT---------TTCG-CCTTGCACCCTCG-----CAAGAAAT-CCACCCC-AAGCAGTATTGGATCCTTTAAGG