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lowQualScore                  :            7   2  2 2      77     44 2 888888 33  555    4 00000000000000   2  2 2        5555555    333      2     777 4444   6      2         
lowQualScore                  :            .   .  . .      ..     .. . ...... ..  ...    . ..............   .  . .        .......    ...      .     ... ....   .      .         
lowQualScore                  :            1   2  2 2      55     22 2 222222 11  888    6 55555555555555   2  2 9        4444444    999      2     111 7777   6      4         
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|112861 ): TGTCTGTGGCGGACTGGGTAGTGCGCTGGGGTAGCTGATTACTAATTCTG
Unaligned ( gi|112862 ): TGTCTGTGGCCGAACTGGGAGTAATGGTATGTGATGACGGTATTCTGCTCCAACCCCCCCCCCACCTGCTCCTAAAGCAAGGG






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lowQualScore                  :               ..  . . .  .      ..     . . . .... ..  .. .   ..............   .   .  .      . ...    ...      .     ... ....   .      .         
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Reference ( family-745 )      :            TGGC-GG-A-C-TG-GGGAGTN-CGCCGCG-GNA----G--GTT-A-TGACT-----TT-----TTC-TGCCCC-AAAACCTGCTGTCTC---CTCCCA-CCTGC-C-A---TCAAGGCAGGG-GGTGTGTAT
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Alignments
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lowQualScore                  :               22  4 1  1 1      66     4 1 0 9999 22  44 1   88888888888888   3   2  2     2 2 666    333      2     666 4444   5      2         
lowQualScore                  :               ..  . .  . .      ..     . . . .... ..  .. .   ..............   .   .  .     . . ...    ...      .     ... ....   .      .         
lowQualScore                  :               55  0 9  9 9      55     6 9 9 3333 66  00 9   44444444444444   8   4  0     0 9 777    555      0     111 1111   7      1         
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Reference ( family-745 )      :            TGGC-GG-A-CT-G-GGGAGT-GCGCCGCG-GTA----G--GTT-A-TGACT-----TT-----TTC-TGCCCC-AAAAC-CNGCTGTCTC---CTCCCA-CCTGC-C-A---TCAAGGCAGGG-GGTGTGTAT
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Alignments
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Alignments
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blockSeqs                     :               C   . .  . .      G      G .   TTT  .   TG .   TTAATAA          G   G  .     . G TTG    .        .     AA  C      A      .
blockSeqs                     :               C   . .  . .      G      G .   A    .   G  .   ATAATT           .   G  .     . G TTG    .        .     T   C      G      .
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blockSeqs                     :               G   . .  . .      G      C .   .    .   G  .   CTAA             .   T  .     . G TTG    .        .     A   T      G      .
blockSeqs                     :               C   . .  . .      C      C .   .    .   T  .   CTAA             .   C  .     . T CT     .        .     C   G      G      .
blockSeqs                     :               C   . .  . .      G      G .   .    .   T  .   ATAA             .   T  .     . T CT     .        .     C   T      G      .
blockSeqs                     :               C   . .  . .      A      T .   .    .   G  .   TTTT             .   C  .     . G CT     .        .     T   C      T      .
blockSeqs                     :               C   . .  . .      G      G .   .    .   G  .   CTTT             .   C  .     . G TG     .        .     T   T      G      .
blockSeqs                     :               C   . .  . .      C      G .   .    .   T  .   CTAA             .   C  .     . T CT     .        .     T   T      G      .
blockSeqs                     :               C   . .  . .      C      C .   .    .   T  .   TTTT             .   C  .     . T GG     .        .     C   T      G      .
blockSeqs                     :               .   . .  . .      C      C .   .    .   T  .   CTTT             .   C  .     . T C      .        .     C   T      .      .
blockSeqs                     :               .   . .  . .      G      C .   .    .   T  .   CTTT             .   G  .     . G C      .        .     C   T      .      .
blockSeqs                     :               .   . .  . .      C      G .   .    .   T  .   CGTT             .   C  .     . T C      .        .     T   T      .      .
blockSeqs                     :                   . .  . .      A      T .   .    .   T  .   CTTT             .   C  .     . T C      .        .     T   T      .      .
blockSeqs                     :                   . .  . .      C      C .   .    .   A  .   TTTT             .   T  .     . T C      .        .     C   .      .      .
blockSeqs                     :                   . .  . .      .      C .   .    .   T  .   T                .   .  .     . . .      .        .     C   .              
blockSeqs                     :                     .  . .      .      . .   .    .   T  .   .                .                                                         


blockSeqCons                  :                                                                                                CTG                   C**
originalCons                  :            TGGC-GG-A-CT-G-GGGAGTG-CGCCGCG-GTA----G--GTT-A-TGACT-----TT-----TTC-TGCCCC-AAAAC-CGGCTGTCTC---CTCCCA-CCTGC-C-A---TCAAGGCAGGG-GGTGTGTAT
finalCons                     :            TGGC-GG-A-CT-G-GGGAGTG-CGCCGCG-GTA----G--GTT-A-TGACT-----TT-----TTC-TGCCCC-AAAAC-CGGCTGTCTC---CTCCCA-CCTGCC--A---TCAAGGCAGGG-GGTGTGTAT





Alignments
lowQualScore                  :                                                              11111111111111                    111                                               
lowQualScore                  :               22  4 1  1 1      66     4 1 0 9999 22  44 1   88888888888888   3   2  2     2 4 666    333      2     666 4444   5      2         
lowQualScore                  :               ..  . .  . .      ..     . . . .... ..  .. .   ..............   .   .  .     . . ...    ...      .     ... ....   .      .         
lowQualScore                  :               55  0 9  9 9      55     6 9 9 3333 66  00 9   44444444444444   8   4  0     0 6 777    555      0     111 1111   7      1         
consensus                     :            TGGC-GG-A-CT-G-GGGAGTG-CGCCGCG-GTA----G--GTT-A-TGACT-----TT-----TTC-TGCCCC-AAAAC-CGGCTGTCTC---CTCCCA-CCTGC-C-A---TCAAGGCAGGG-GGTGTGTAT
Reference ( family-745 )      :            TGGC-GG-A-CT-G-GGGAGTG-CGCCGCG-GTA----G--GTT-A-TGACT-----TT-----TTC-TGCCCC-AAAAC-CGGCTGTCTC---CTCCCA-CCTGC-C-A---TCAAGGCAGGG-GGTGTGTAT
gi|112851                     :            TGGC-GGGA-CT-G-GGGAGTC-CGTAGCG-GTA----G--GTG-A-GGACT-----TT-----TCC-TGCCCC-AAAAC-CTG-TGTCTC---CTCCCA-CCTGC-CAA---GCAAGGCAGGG-GGTGTGTAT
gi|112852                     :      tgtctgTGGC-AG-A-TT-G-GGAAGTG-CGCCAGG-GTA----G--TTG-A-TCATT-----AA-----TTC-TGTGCC-AAAAC-CAGC--TCTC---CTCCCA-CCTGTAC-A----CAAAGCAGGG-GGCGTATAT
gi|112853                     :      tgtctgTAGC-GG-A-CT-G-GGTAGTG-AGTTGGG-GTA----G--CTG-A-TTACT-----AA-----TTC-TGCGCC-AAAAC-CGGC--TCTC---CTCCCA-CTTGC-T-A---CTAAAGCAGAG-GGCGTG
gi|112854                     :      tgtcttTGGC-GG-A-CT-G-AGGAGTG-CACCAGG-GTA----G--TTG-A-TCACT-----AA-----TTC-TGCGCC-AAAAC-CGGC--TCTC---CTCCCA-CCTGT-T-A---CTAA
gi|112855                     :      tatctgTGGC-GG-A-CT-GTGGGAGTG-CGCC-CG-GTA----G--TTT-G-TAA-------TTAATAATTC-TGCGCC-AAAAC-CGGCT--CTC---CTCCCA-CCTGT-A-A---TCAA-GCAGGG-GG
gi|112856                     :      tgtctgTGGC-GG-A-CT-G-GGGAGTG-CGCCAGG-GTA----G--TTG-A-TCAATAA---TT-----TTG-TG--CC-AAAAC-CGGC--TCTC---CTCCCA--CTGTAA-A---TTAA-GCAGGG-GG
gi|112857                     :      tgtctgTGGG-GG-A-CT-G-GGGAGTGGCGCCAGG-GTA----G--TTTGA-TTAAT-----AA-----TTC-TGCGCC-AAAAC-CGGCT-TC-------CCCA-CCTGT-T-A---TCAA-GCAGGG-GG
gi|112858                     :      tgtctgTGGC-GG-A-TT-G-GGGACTG-CGCAG-G-GTATTT-G--ATT-AATAA--------------TTCATGCGCC-AAAAT-TGGCT--CTC---CTCCCA-CCTGT-A-A---TCAAGTCAGGG-
gi|112859                     :      tgtctgTGGC-GGGA-CT-G-AGGAGC--CGTAGCG-GC-----G--GTTGA-TGATT-----TT-----TTC-TGCTCC-AAATC-CTG-TGTCCC---CTTCCA-CCTGC-C-A---GCAAGGCA-GG-GGTGTGTAT
gi|112860                     :          tgtctg-GG-A-CT-G-G--AGTC-CGTCGCGAGAA----G--GTT-A-TG-CT-----TT-----TTC-TGCCCC-AAAAC-CTGTTGTCT----CTCCCACCCTGC-C-A---TTAAGGCAGGG-GGTGTAT
gi|112861                     : tgtctgtggtaTGGC-GG-A-CT-G-GGTAGTG-CGCTGGG-GTA----G--CTG-A-TTACT-----AA-----TTC-TG
gi|112862                     :      tgtctgTGGCCGA-A-CT-G-GG-AGTA-----ATG-GTA----T--GTG-A-TGACG-----GTA----TTC-TGCTCC-AA--C-C------CCC---CCCCCA-CCTGC-T-C---CTAAAGCAAGG-
gi|112863                     :      tgtctgTGGC-GG-ATCT-G-GAGAGT--CGCCAGG-GTA----G--GTT---TGATTAATAATC-----TAG-TGCC----AAAC-CGGCT-CCTC---CTCCCA-CCTGC-T-ATAGTTAAGGCAGGG-GG
gi|112864                     :      gtctgaTGGC-GG-A-CTTG-GGGAGTG-CGCAGGG-GGA----GTAGTT---TGATT-----ATAA---TTCGTGGCGC-GAAAC-CGG-GGTCTCCGGCCCCCA-CCTGT-T-G----CA--GCAGGG-
gi|112865                     :       gtctgTGG--GG-A-CT-G-GGGAGTC-CGTCGCG-GAA----G--GTT-A-TGATT-----TT-----TTC-TGCC---AAAAC-CTGTTGTCTC---CTCCCA-CCTGC-C-A---TTAAGGCAGGG-GGTGTGTAT
gi|112866                     :           gTGG--GG-A-CT-G-GGGAGTC-CGTCGCG-GAA----G--GTT-A-TGACT-----TT-----TTC-TGCCCC-AAAAC-CTGTTGTCTC---CTCCCA-CCTGC-C-A---TCAAGGCAGGG-GGTGTGTAT
gi|112867                     :            TGG--GG-A-CT-G-GG-AGTC-CGTCGCG-GGAA---G--GCT-A-TGCCT-----TT-----TTC-TGCCCC-AAAAC-CTGTTGTCTC---CTCCCA-CCTGC-C-A---TTAATGCAGGGCGGTGTGTAT
gi|112868                     :             GGC-GG-A-CT-G-GGGAGTG-CGCCAGG-GTAGTTTG--ATT-A-TAA--------T-----TTC-TGCGCC-AAAACGCGGC--TCTC-----CCCA--CTGT-T-A---TCAA-GCAGGG-GG
gi|112869                     :                  G-A-CA-G-GGGAGTC-CGTCGTG-GAA----G--GTA-A-TGACG-----TT-----TCC-TGCCCCCAAAAC-CTGCTGTCTC---CTTGCA-CCTGC-T-A---TAATGGCAAGG-TGTGTTTAT
gi|112870                     :                   -A-CT-T-GGGAGTA-CGTTGCG-GCA----G--GTT-A-TGACT-----TT-----TTC-GTACCC-AAAAT-ATATTGTCTC---CTCCTA-CCTGC-C-A---TTAAGACAGGG-GGTGT
gi|112871                     :                     -CT-G-GGGAATC-CGTCGCG-GAT----G--GTT-A-GGATT-----TT-----TTC-TTCTAC-AAAAC-CTGTTGTCTC---CTCTCA-CCTAT-C-A---TTAAGGCAGGG-GATGTGTAT