lowQualScore : 1 1111111111
lowQualScore : 2 22 2 2 22 0 5555 2 4 55555 2 22 2 2 4 2 33 2 4 2 2 4 333 2 2222222222 2 2 2 33 2 2
lowQualScore : . .. . . .. . .... . . ..... . .. . . . . .. . . . . . ... . .......... . . . .. . .
lowQualScore : 2 88 0 0 88 0 6666 0 0 33333 1 99 1 1 2 1 11 2 4 2 1 2 777 1 7777777777 1 2 2 22 7 7
consensus : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
Reference ( gi|101557 ) : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101558 : ATA-AACAACAA-AA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-A-AAAA--T-TTACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101560 : ATA-AACAACAATAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAC--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACA-A-A-GAAAAT-T---AAATT-T-T-------T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101561 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAC-CCC--GTTT-GCAACC--G-AAA-GGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-C-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGTA--
gi|101562 : ATATAACAACAAGAA--TG-CAT-CCC--GTTTGGCAATC--G--AA-ATAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAT--T-TATCC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC-------T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101563 : ATA-AACAACAAGAA--TA--AT-CCC--GTTT-GCA-TC--G-AAA-AGAC-T-----TCATAT--GA-A-TGGA-ACAAAA--T-TAACCCACA-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCACATTT-C-TACTTCT
gi|101559 : ATA-AACAACAAAAA--TA-CAT-TCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC---T--AG-A-TGAA-AAAAAA--T-TTACC-A-AGGAAAAT-T---AAAAT-TGT---A---TA-AA-AGG-T--AGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101565 : ATA-AACAACAATAA--TACCAT-CCC--G-TT-G-AATC--GAAAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAA-C-A-A-GAAAATGT---AGATT-TGT---A---T--AA-A-G-T-GAG-GCA--T-C-TACTTTT
gi|101564 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----GC-TAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-GAATG-A-A-GAAAAT-T---AGTTT-TGC---AAACC--AACAGG-C-AAGCGCA--T-C-TA
gi|101566 : ATA-AACAACAAAAA--TA-CAT-CCT--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAC-C-----AA-TAT--AG-A-TA-A-AGAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-C---AAATT-TGCAAAA---A--AA-AGG-T-AAGCGGA--T-T-TA
gi|101567 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--ATTT-GCAATC--T-AAA-ACAC-T-----GC-TAG--AA-A-TA-A-ACAAAA--T-TATCC-A-C-GAAATT-T---GAATT-TGCA--A---C--AA-AG
gi|101568 : ATA-AACA-CAAGAA--TG-CAT-CCA--ATTTGGCAATC--G-AAACCTACTT-----TC-TAT--AG-A-TG-A---AAAA--TGTATGC-A-G-AAAATT-T---AAATT-TGC---A---TCGAA-AGG-T-GAG-GCA--TCC-TACTTTT
gi|101569 : ATA-AGCAACAAGGA--TA-CAT-ACC--ATTG-GCAATA--T-AAA-AGAC-T-----AC-AAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAATCC-T---AAA-T-TGG---A---G--AA-TGG-T-ATGCG
gi|101570 : ATA-GACAATAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAC-
gi|101571 : ATA-AACAACAAGAA--AG-CAT-CCC--GTTG-GCAATC--G-AAA-ATACAT-----TG-CATAAAG-G-TG-A-GC
gi|101572 : TA-AACAACA-GAA--TG-CAT-CCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-TTAC-T-----TC-TAT--AG---TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-AAAA---T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTTgcatcttactttt
gi|101573 : TA-AACAACAAGAAAATA-CAT-CCC--GTTT-GCAAGC----AAT-TTAC-TAATCATC-CAT--AA-A--A-A-ACATAACTT-CGACC-A-T-GAAAAT-C---AAAAT-TGC---A------AA-AGG-TAGAGCTCA--T-C-
gi|101574 : -AACAACAATAA--TA-CAT-CCC--GTT--G-AATCCGA-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AGCACTG-A-ACAAAA--T-TAATCAA-A-GAGAATATGTGAGATTATGT---A---T--AA-AGGTT-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101575 : -AACAACAGGAA--TG-CATTCCC--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAT-T-----AC-AAT--AG-A-TA-ATCCAAAA--T-TAACA-A-G-GAAAAT-T---AAATT-TGC---G---A--AA-AGG-T-AAGCGCA--T-A-TA
gi|101576 : AACCAGAA--TA-CCT-CCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAC--AG-A-TG-A-ACAAAA----TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCG-A--T-C-TACTTTT
gi|101577 : AA--AA-CAT-CACTGGTTT-GCAACC--T-AAA-AGAT-T-----GC-TAT--GG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-A-T-GAAATA-T---AAATT-TGT---G---A--AA-AAG-T-AGGCGTA--
gi|101571 : -GAAAAT-----ACATT--GC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-CTTACTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 22 1 1 22 9 4444 1 3 55555 2 22 2 2 4 2 22 2 4 2 2 4 333 2 00000000000 2 2 2 33 2 2
lowQualScore : . .. . . .. . .... . . ..... . .. . . . . .. . . . . . ... . ........... . . . .. . .
lowQualScore : 1 66 9 9 66 5 8888 9 8 00000 0 88 0 0 0 0 99 1 2 1 0 0 555 0 99999999999 0 1 1 11 5 5
consensus : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
Reference ( family-740 ) : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101557 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101558 : ATA-AACAACAA-AA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-A-AAAA--T-TTACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101559 : ATA-AACAACAAAAA--TA-CAT-TCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC---T--AG-A-TGAA-AAAAAA--T-TTACC-A-AGGAAAAT-T---AAAAT-TGT---A---TA-AA-AGG-T--AGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101560 : ATA-AACAACAATAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAC--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACA-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TT--------T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101561 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAC-CCC--GTTT-GCAACC--G-AAA-GGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-C-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGTA--
gi|101562 : ATATAACAACAAGAA--TG-CAT-CCC--GTTTGGCAATC--G--AA-ATAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAT--T-TATCC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC-------T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101563 : ATA-AACAACAAGAA--TA--AT-CCC--GTTT-GCA-TC--G-AAA-AGAC-T-----TCATAT--GA-A-TGGA-ACAAAA--T-TAACCCACA-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCACATTT-C-TACTTCT
gi|101564 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----GC-TAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-GAATG-A-A-GAAAAT-T---AGTTT-TGC---AAACC--AACAGG-C-AAGCGCA--T-C-TA
gi|101565 : ATA-AACAACAATAA--TACCAT-CCC--G-TT-G-AATC--GAAAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAA-C-A-A-GAAAATGT---AGATT-TGT---A---T--AA-A-G-T-GAG-GCA--T-C-TACTTTT
gi|101566 : ATA-AACAACAAAAA--TA-CAT-CCT--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAC-C-----AA-TAT--AG-A-TA-A-AGAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-C---AAATT-TGCAAAA---A--AA-AGG-T-AAGCGGA--T-T-TA
gi|101567 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--ATTT-GCAATC--T-AAA-ACAC-T-----GC-TAG--AA-A-TA-A-ACAAAA--T-TATCC-A-C-GAAATT-T---GAATT-TGCA--A---C--AA-AG
gi|101568 : ATA-AACA-CAAGAA--TG-CAT-CCA--ATTTGGCAATC--G-AAACCTACTT-----TC-TAT--AG-A-TG-A---AAAA--TGTATGC-A-G-AAAATT-T---AAATT-TGC---A---TCGAA-AGG-T-GAG-GCA--TCC-TACTTTT
gi|101569 : ATA-AGCAACAAGGA--TA-CAT-ACC--ATTG-GCAATA--T-AAA-AGAC-T-----AC-AAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAATCC-T---AAA-T-TGG---A---G--AA-TGG-T-ATGCG
gi|101570 : ATA-GACAATAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAC-
gi|101571 : ATA-AACAACAAGAA--AG-CAT-CCC--GTTG-GCAATC--G-AAA-ATACAT-----TG-CATAAAG-G-TG-A-GC
gi|101571 : -GAAAAT-----ACATT--GC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-CTTACTTTTgcatcttactttt
gi|101572 : ataaacaacaagaaagcatcccgttggcaatcTA-AACAACA-GAA--TG-CAT-CCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-TTAC-T-----TC-TAT--AG---TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-AAAA---T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101573 : TA-AACAACAAGAAAATA-CAT-CCC--GTTT-GCAAGC----AAT-TTAC-TAATCATC-CAT--AA-A--A-A-ACATAACTT-CGACC-A-T-GAAAAT-C---AAAAT-TGC---A------AA-AGG-TAGAGCTCA--T-C-
gi|101574 : -AACAACAATAA--TA-CAT-CCC--GTT--G-AATCCGA-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AGCACTG-A-ACAAAA--T-TAATCAA-A-GAGAATATGTGAGATTATGT---A---T--AA-AGGTT-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101575 : -AACAACAGGAA--TG-CATTCCC--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAT-T-----AC-AAT--AG-A-TA-ATCCAAAA--T-TAACA-A-G-GAAAAT-T---AAATT-TGC---G---A--AA-AGG-T-AAGCGCA--T-A-TA
gi|101576 : AACCAGAA--TA-CCT-CCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAC--AG-A-TG-A-ACAAAA----TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCG-A--T-C-TACTTTT
gi|101577 : AA--AA-CAT-CACTGGTTT-GCAACC--T-AAA-AGAT-T-----GC-TAT--GG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-A-T-GAAATA-T---AAATT-TGT---G---A--AA-AAG-T-AGGCGTA--
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 22 1 1 22 9 4444 1 3 55555 2 22 2 2 4 2 22 2 4 2 2 4 333 2 00000000000 2 2 2 33 2 2
lowQualScore : . .. . . .. . .... . . ..... . .. . . . . .. . . . . . ... . ........... . . . .. . .
lowQualScore : 1 66 9 9 66 5 8888 9 8 00000 0 88 0 0 0 0 99 1 2 1 0 0 555 0 99999999999 0 1 1 11 5 5
consensus : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
Reference ( family-740 ) : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101557 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101558 : ATA-AACAACAA-AA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-A-AAAA--T-TTACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101559 : ATA-AACAACAAAAA--TA-CAT-TCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC---T--AG-A-TGAA-AAAAAA--T-TTACC-A-AGGAAAAT-T---AAAAT-TGT---A---TA-AA-AGG-T--AGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101560 : ATA-AACAACAATAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAC--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACA-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TT--------T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101561 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAC-CCC--GTTT-GCAACC--G-AAA-GGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-C-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGTA--
gi|101562 : ATATAACAACAAGAA--TG-CAT-CCC--GTTTGGCAATC--G--AA-ATAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAT--T-TATCC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC-------T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101563 : ATA-AACAACAAGAA--TA--AT-CCC--GTTT-GCA-TC--G-AAA-AGAC-T-----TCATAT--GA-A-TGGA-ACAAAA--T-TAACCCACA-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCACATTT-C-TACTTCT
gi|101564 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----GC-TAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-GAATG-A-A-GAAAAT-T---AGTTT-TGC---AAACC--AACAGG-C-AAGCGCA--T-C-TA
gi|101565 : ATA-AACAACAATAA--TACCAT-CCC--G-TT-G-AATC--GAAAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAA-C-A-A-GAAAATGT---AGATT-TGT---A---T--AA-A-G-T-GAG-GCA--T-C-TACTTTT
gi|101566 : ATA-AACAACAAAAA--TA-CAT-CCT--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAC-C-----AA-TAT--AG-A-TA-A-AGAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-C---AAATT-TGCAAAA---A--AA-AGG-T-AAGCGGA--T-T-TA
gi|101567 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--ATTT-GCAATC--T-AAA-ACAC-T-----GC-TAG--AA-A-TA-A-ACAAAA--T-TATCC-A-C-GAAATT-T---GAATT-TGCA--A---C--AA-AG
gi|101568 : ATA-AACA-CAAGAA--TG-CAT-CCA--ATTTGGCAATC--G-AAACCTACTT-----TC-TAT--AG-A-TG-A---AAAA--TGTATGC-A-G-AAAATT-T---AAATT-TGC---A---TCGAA-AGG-T-GAG-GCA--TCC-TACTTTT
gi|101569 : ATA-AGCAACAAGGA--TA-CAT-ACC--ATTG-GCAATA--T-AAA-AGAC-T-----AC-AAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAATCC-T---AAA-T-TGG---A---G--AA-TGG-T-ATGCG
gi|101570 : ATA-GACAATAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAC-
gi|101571 : ATA-AACAACAAGAA--AG-CAT-CCC--GTTG-GCAATC--G-AAA-ATACAT-----TG-CATAAAG-G-TG-A-GC
gi|101571 : -GAAAAT-----ACATT--GC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-CTTACTTTTgcatcttactttt
gi|101572 : ataaacaacaagaaagcatcccgttggcaatcTA-AACAACA-GAA--TG-CAT-CCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-TTAC-T-----TC-TAT--AG---TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-AAAA---T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101573 : TA-AACAACAAGAAAATA-CAT-CCC--GTTT-GCAAGC----AAT-TTAC-TAATCATC-CAT--AA-A--A-A-ACATAACTT-CGACC-A-T-GAAAAT-C---AAAAT-TGC---A------AA-AGG-TAGAGCTCA--T-C-
gi|101574 : -AACAACAATAA--TA-CAT-CCC--GTT--G-AATCCGA-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AGCACTG-A-ACAAAA--T-TAATCAA-A-GAGAATATGTGAGATTATGT---A---T--AA-AGGTT-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101575 : -AACAACAGGAA--TG-CATTCCC--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAT-T-----AC-AAT--AG-A-TA-ATCCAAAA--T-TAACA-A-G-GAAAAT-T---AAATT-TGC---G---A--AA-AGG-T-AAGCGCA--T-A-TA
gi|101576 : AACCAGAA--TA-CCT-CCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAC--AG-A-TG-A-ACAAAA----TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCG-A--T-C-TACTTTT
gi|101577 : AA--AA-CAT-CACTGGTTT-GCAACC--T-AAA-AGAT-T-----GC-TAT--GG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-A-T-GAAATA-T---AAATT-TGT---G---A--AA-AAG-T-AGGCGTA--
blockSeqs : T AA C T TG T CGA C T AATCA A AA C C A T CT G C C G G GTG A CAAACC C T A TT C T
blockSeqs : . . . . . G GA . A . . . . . G . . . A . . A . . CAAAAA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G G . . . . . . . . . . . . . . . . . CATCG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . TATA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . CAAC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . GAG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . CAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . CGA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . TGA . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
finalCons : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 2 22 1 1 22 9 4444 1 3 55555 2 22 2 2 4 2 22 2 4 2 2 4 333 2 00000000000 2 2 2 33 2 2
lowQualScore : . .. . . .. . .... . . ..... . .. . . . . .. . . . . . ... . ........... . . . .. . .
lowQualScore : 1 66 9 9 66 5 8888 9 8 00000 0 88 0 0 0 0 99 1 2 1 0 0 555 0 99999999999 0 1 1 11 5 5
consensus : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
Reference ( family-740 ) : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101557 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101558 : ATA-AACAACAA-AA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-A-AAAA--T-TTACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101559 : ATA-AACAACAAAAA--TA-CAT-TCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC---T--AG-A-TGAA-AAAAAA--T-TTACC-A-AGGAAAAT-T---AAAAT-TGT---A---TA-AA-AGG-T--AGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101560 : ATA-AACAACAATAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAC--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAACA-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TT--------T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101561 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAC-CCC--GTTT-GCAACC--G-AAA-GGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-C-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCGTA--
gi|101562 : ATATAACAACAAGAA--TG-CAT-CCC--GTTTGGCAATC--G--AA-ATAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAT--T-TATCC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGC-------T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101563 : ATA-AACAACAAGAA--TA--AT-CCC--GTTT-GCA-TC--G-AAA-AGAC-T-----TCATAT--GA-A-TGGA-ACAAAA--T-TAACCCACA-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCACATTT-C-TACTTCT
gi|101564 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--G-AAA-AGAC-T-----GC-TAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-GAATG-A-A-GAAAAT-T---AGTTT-TGC---AAACC--AACAGG-C-AAGCGCA--T-C-TA
gi|101565 : ATA-AACAACAATAA--TACCAT-CCC--G-TT-G-AATC--GAAAA-AGAC-T-----TC-TAT--AG-A-TG-A-ACAAAA--T-TAA-C-A-A-GAAAATGT---AGATT-TGT---A---T--AA-A-G-T-GAG-GCA--T-C-TACTTTT
gi|101566 : ATA-AACAACAAAAA--TA-CAT-CCT--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAC-C-----AA-TAT--AG-A-TA-A-AGAAAA--T-TAACC-A-A-GAAAAT-C---AAATT-TGCAAAA---A--AA-AGG-T-AAGCGGA--T-T-TA
gi|101567 : ATA-AACAACAAGAA--TA-CAT-CCC--ATTT-GCAATC--T-AAA-ACAC-T-----GC-TAG--AA-A-TA-A-ACAAAA--T-TATCC-A-C-GAAATT-T---GAATT-TGCA--A---C--AA-AG
gi|101568 : ATA-AACA-CAAGAA--TG-CAT-CCA--ATTTGGCAATC--G-AAACCTACTT-----TC-TAT--AG-A-TG-A---AAAA--TGTATGC-A-G-AAAATT-T---AAATT-TGC---A---TCGAA-AGG-T-GAG-GCA--TCC-TACTTTT
gi|101569 : ATA-AGCAACAAGGA--TA-CAT-ACC--ATTG-GCAATA--T-AAA-AGAC-T-----AC-AAT--AG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-GAATCC-T---AAA-T-TGG---A---G--AA-TGG-T-ATGCG
gi|101570 : ATA-GACAATAAGAA--TA-CAT-CCC--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAC-
gi|101571 : ATA-AACAACAAGAA--AG-CAT-CCC--GTTG-GCAATC--G-AAA-ATACAT-----TG-CATAAAG-G-TG-A-GC
gi|101571 : -GAAAAT-----ACATT--GC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-CTTACTTTTgcatcttactttt
gi|101572 : ataaacaacaagaaagcatcccgttggcaatcTA-AACAACA-GAA--TG-CAT-CCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-TTAC-T-----TC-TAT--AG---TG-A-ACAAAA--T-TAACC-A-A-AAAA---T---AAATT-TGC---A---T--AA-AGG-T-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101573 : TA-AACAACAAGAAAATA-CAT-CCC--GTTT-GCAAGC----AAT-TTAC-TAATCATC-CAT--AA-A--A-A-ACATAACTT-CGACC-A-T-GAAAAT-C---AAAAT-TGC---A------AA-AGG-TAGAGCTCA--T-C-
gi|101574 : -AACAACAATAA--TA-CAT-CCC--GTT--G-AATCCGA-AAA-AGAC-T-----TC-TAT--AGCACTG-A-ACAAAA--T-TAATCAA-A-GAGAATATGTGAGATTATGT---A---T--AA-AGGTT-GAGCGCA--T-C-TACTTTT
gi|101575 : -AACAACAGGAA--TG-CATTCCC--GTTT-GCAATC--T-AAA-AGAT-T-----AC-AAT--AG-A-TA-ATCCAAAA--T-TAACA-A-G-GAAAAT-T---AAATT-TGC---G---A--AA-AGG-T-AAGCGCA--T-A-TA
gi|101576 : AACCAGAA--TA-CCT-CCC--GTTTTGCAATC--G-AAA-AGAC-T-----TC-TAC--AG-A-TG-A-ACAAAA----TAACC-A-A-GAAAAT-T---AAATT-TGT---A---T--AA-AGG-T-GAGCG-A--T-C-TACTTTT
gi|101577 : AA--AA-CAT-CACTGGTTT-GCAACC--T-AAA-AGAT-T-----GC-TAT--GG-A-TA-A-ACAAAA--T-TAACC-A-T-GAAATA-T---AAATT-TGT---G---A--AA-AAG-T-AGGCGTA--