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Reference ( gi|5661 )         : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AA-TAATTTTTC-TCTCT-ACA--AA-ATGT-G-TCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCGTTT
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gi|5664                       : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-T-AA-GG--T-C-C--AA-TAATTTTTC-TCTCT-A-A--AA-ATAT-G-TCTG-AAATT--A-ACA------T-TA-T--CA-CCGTTT
gi|5663                       : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AA-AAATTCT-C-TCTCT-ATA--AA-AAAT-G-TCTA-GAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-TCGTT
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lowQualScore                  :       . . .  ..   .  .    . . .  .  .. . . ..  . . .   . .     .   ..  . ..   .     .     .. .   .....  .  . ..  .      
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Reference ( family-739 )      : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AANA-ATTTTTC-TCTCT-ATA--AA-A--TGT-GTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCGTTT
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Reference ( family-739 )      : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AANA-ATTTTTC-TCTCT-ATA--AA-A--TGT-GTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCGTTT
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blockSeqs                     :       G C T  CT   T  T    T G T     TT T T GT  A T A   T T     C   AT  G AT   T     A     TA C   TTAAA  G  T TC  G
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    A . .     .  . . G   A . T   T .     .   T   . G    .     G     .  .   A      .  . A   C
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   T . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   T . C   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   A . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   A . A   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   T . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   A . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   A . C   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   T . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   A . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   T . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   A . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   C . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   T . T   T .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   T . A   . .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   T . .   . .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :       . . .  .    .  .    . . .     .  . . .   T . .   . .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  . .   .
blockSeqs                     :              .    .  .    . . .     .  . . .   C . .   . .     .   .   . .    .     .     .  .   .      .  .      
blockSeqs                     :                             . .     .  . . .   . . .   . .     .   .   . .    .                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AANA-ATTTTTC-TCTCT-ATA--AA-A--TGT-GTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCGTTT
finalCons                     : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AANA-ATTTTTC-TCTCT-ATA--AA-A--TGT-GTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCGTTT





Alignments
lowQualScore                  :       2 2 2  22   2  2    4 1 1  0  22 1 1 44  2 1 4   1 1     1   44  1 44   1     4     22 2   77777  2  2 55  4      
lowQualScore                  :       . . .  ..   .  .    . . .  .  .. . . ..  . . .   . .     .   ..  . ..   .     .     .. .   .....  .  . ..  .      
lowQualScore                  :       1 1 1  88   0  0    0 9 9  3  66 9 9 55  9 9 3   5 9     9   55  9 55   9     0     88 0   00000  0  0 00  2      
consensus                     : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AANA-ATTTTTC-TCTCT-ATA--AA-A--TGT-GTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCGTTT
Reference ( family-739 )      : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AANA-ATTTTTC-TCTCT-ATA--AA-A--TGT-GTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCGTTT
gi|5661                       : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AATA-ATTTTTC-TCTCT-ACA--AA-A--TGT-GTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCGTTT
gi|5662                       : AAAGTA-C-G-AA--TGT-AT-ACAT-A-A-AGAGG--C-C-C--AAAA-AATTTTC-TCTCT-ATA--AA-A--TGT-GTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCATTT
gi|5663                       : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AAAA-ATTCT-C-TCTCT-ATA--AA-A--AAT-GTCTA-GAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-TCGTT
gi|5664                       : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ACAT---A-TAAGG--T-C-C--AATA-ATTTTTC-TCTCT-A-A--AA-A--TAT-GTCTG-AAATT--A-ACA------T-TA-T--CA-CCGTTT
gi|5665                       : AAGAAA-C-G-TT--TGTTAT-ACAA-A-A-AAAGG--C-C-C--AATA---TTTTC-TCTCT-GTA--AAGA--TGT-GTCTG-AAATT--A-ATC-----TT-TA-T--CA-CCGTT
gi|5666                       : AAGGTA-C-G-AA--TGT-AT-ACAT-A-A-AACGG--C-C-C--AAAA-ACATTTA-TCT---ATA--AA-A--TTT-GTCTG-GAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-TCGTT
gi|5667                       : AAGGTA-C-G-AC--TGT-AT-ACAT-A-A-A--GG--C-T-CG-AAAA-ATT---C-TCTCT-ATA--GA-A--TGT-GTCTG-GAATT--A-ACCTTAAATT-TA-T--CA-TCGTTT
gi|5668                       : AAGGTA-C-G-AG--T-T-AT-ACAT-G-A-AAAGG--C-C-C--AATA-A-TTTTC-TCTCT-ATA--AA-A--TG--GTCTG-AAATT--A-AC-------T-GA-T--CA-CCGTTT
gi|5669                       : AGGGT--C-G-AT--T-T-AT-ACAT-A-A-AA-GGTTC-T-C--AAAA-AATTTTC-TATGT-A-----A-A--TGT-GTCTG-AAATT--A-A-C-----TT-TA-T--CA-CCGT
gi|5670                       : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ATAT-A-A-AATGG--C-C-A--AAAA-TTTTTTCTTTTCT-ATAATAA-G--TGT-GT-TG-AAATTTAA-ACCA----TT-TA-TTCCAGCCGTTT
gi|5671                       : AAAGTA-C-A-AT--TGT-AT-ACAT-A-A-A------T-T------TA-ATTCTTC-TCTCT-ATA--AA-C--TGT-GTCTG-AATTT--A-ACC-----TT-TC-T--CA-CCGTTT
gi|5672                       : AATGTA-C-G-AT--TGT-A-------------AGG--CTC-C--AAAA-ACTTT-C-TGCCT-ATA--AA-AG-TG--GTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TATT--TA-CCGTTT
gi|5673                       : AAGGTA-C-G-AC--TTT-AT-ACAT-AGA-AAAGG--C-T-CGTAATA-ATTTT-C-T-TCT-ATA--AA-AATTGT-GTCTGAAAATT--ACACC-----TTGCA-T--TACCCGTTT
gi|5674                       : AGGGTA-C-A-AT--TGT-AT-ACGT-A-A-GA-GG--C-C-C--AAAC-ATGTT-C-TGTCT-ATG--AC-A--TGT-GTCTG-GAACT--A-ACC-----CT-TA-C--CC-TCCTTT
gi|5675                       : AACGTAGC-G-AT--TGC-ATTACATTA-ATAAAGG--C-C-C--AACTTCTTTTTC-TCTTTCATA--AA-A--TGTTGTCTGGAAATT--A-ACC-----TT-TA-TA-CA-CCGTTT
gi|5676                       : AAGGTA-C-G-AT--TGT-AT-ATAT-A-A-GAATG--C-C-C--TATA-TTTTTTC-TCTCT-ATA--AA-A--TGT-GTCT
gi|5677                       : AAGGTA-C-A-ATCTTAT-GT-ACAT-C-A-AAAGG--T-T-C--AA-A-ATTTTTC-TCTCT-AT------A--TTT-GTCTG-GAATT--A-CCC-----TT-TA-
gi|5678                       :  AAGTA-C-GTAT--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-CTC--AATA-ATTTTTC-TCTAT-ATA--AA-A--TGT-TTCTG-AAATT--A-ACC-----TT-TA-T--CA-CCGTTT
gi|5679                       :  AAGTA-CCG-AG--TGT-AT-ACAT-A-A-AAAGG--C-C-C--AATA-A-TGTTC-TTTCT-ATAT-AA-A--TGT--TCTG---ATT--A---C-----AT-TA-T--CA-CCGTT
gi|5680                       :              --TGT-AT-ACATAA-A-AAAGG--C-C-C--AATA-A-TTTTC-TCTCT-ACA--AA-A--TGT-GTCTG-AAATT----ACC-----TT-TA-T--CA--CGTTT
gi|5681                       :                             -A-AAAAG--C-C-C--CCCA-AATGTTC-TGTCT-ATA--AA-T--TGT-GTCTG-GAATT--A-ACC-----TT-TG-T--CA-TCGT