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lowQualScore                  :     .      .  .. .               .       .....   . ...        ..    ....  ... .........   . .      .      ...          ...... ....... ...    .      ...  ...      ..        ..  ..... .    .   .       .    .    ...        
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Reference ( gi|94374 )        : TTTC-TGCAACAAA--TTCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAAC-----CTCTT---TTGCCTTG--GACA----ACT--A------G--TCTTCTAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGATTA------T-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
gi|94375                      : TTTC-TGCAACAAA--TTCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAAC-----CTCTT---TTGCCTTG--GACA----ACT--A------G--CTTTCTAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGATTA------T-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
gi|94376                      : TTTC-TGCAACGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCATGTCAAC-----CTCCT---TTGTCTTG--GACA----ACT--ACA----G--TCTTCTAGAAGA-CCCGCC---TCCCCGATTA------T-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGTAATG-TCAC-TACA---TTCTTCAA
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lowQualScore                  :     .         ..                 .            ........        ..    ....   .........      .      .      ...        ......   ....... ...    .      ...  ...      ..        ..  ..... .    .   .       .    .    ...        
lowQualScore                  :     0         99                 8            22222222        00    7777   000000000      6      2      999        111111   8888888 777    1      999  999      99        99  33333 2    2   2       9    3    888        
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Reference ( family-737 )      : TTTC-TGCAACGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCTCCT--------TTGCCTTG--GACA----ACT--A------GTCTTCNAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TCGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
gi|94374                      : TTTC-TGCAACAAA--TTCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCTCTT--------TTGCCTTG--GACA----ACT--A------GTCTTCTAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
gi|94375                      : TTTC-TGCAACAAA--TTCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCTCTT--------TTGCCTTG--GACA----ACT--A------GCTTTCTAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
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gi|94377                      : TTTC-TGCAAGGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCTTGTCAACCTCCT--------TTGCCTTG--GACA----ACTACA------TTCTTCTAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGATTACATGTAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TCGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGTAATG-TCAT-TACA---TTCTTC
gi|94378                      : TTTC-TGCAACAAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACATCCA--------ATACAATG--GACA----ACT--A-----------CAA----------TC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TT---CGAGGG--TTGATCAA--CC-----A-CAGA-TGA-GGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTTAA
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gi|94390                      :                                                           actacatACA----AC------------CCTCAAAAAGA-CCCGTC---TTCCTGAT------TAT-------A---TTTA-GGGAGA---TT---CGAGGG--TTGATCGA--CT-----G-CAAA-TGA-AGAACTG-T
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gi|94394                      :                                                                                                                                                                     GATCGA--CC-----A-CAGA-CGA-AGAAATG-TCAC-CGCG---TTCTTCAA





Alignments
lowQualScore                  :                                               11111111              1111   222222222                                                                                                                                      
lowQualScore                  :     5         66                 2            33333333        55    1111   111111111      2      2      333        666666   6666666 333    2      333  333      22        22  55555 2    2   2       2    3    555        
lowQualScore                  :     .         ..                 .            ........        ..    ....   .........      .      .      ...        ......   ....... ...    .      ...  ...      ..        ..  ..... .    .   .       .    .    ...        
lowQualScore                  :     0         99                 8            22222222        00    7777   000000000      6      2      999        111111   8888888 777    1      999  999      99        99  33333 2    2   2       9    3    888        
consensus                     : TTTC-TGCAACGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCTCCT--------TTGCCTTG--GACA----ACT--A------GTCTTCNAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TCGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
Reference ( family-737 )      : TTTC-TGCAACGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCTCCT--------TTGCCTTG--GACA----ACT--A------GTCTTCNAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TCGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
gi|94374                      : TTTC-TGCAACAAA--TTCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCTCTT--------TTGCCTTG--GACA----ACT--A------GTCTTCTAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
gi|94375                      : TTTC-TGCAACAAA--TTCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCTCTT--------TTGCCTTG--GACA----ACT--A------GCTTTCTAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
gi|94376                      : TTTC-TGCAACGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCATGTCAACCTCCT--------TTGTCTTG--GACA----ACT--ACA----GTCTTCTAGAAGA-CCCGCC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGTAATG-TCAC-TACA---TTCTTCAA
gi|94377                      : TTTC-TGCAAGGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCTTGTCAACCTCCT--------TTGCCTTG--GACA----ACTACA------TTCTTCTAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGATTACATGTAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TCGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGTAATG-TCAT-TACA---TTCTTC
gi|94378                      : TTTC-TGCAACAAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACATCCA--------ATACAATG--GACA----ACT--A-----------CAA----------TC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TT---CGAGGG--TTGATCAA--CC-----A-CAGA-TGA-GGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTTAA
gi|94379                      : TTTC-TGCAACGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCT-CT--------GTGCCTTG--GACA----ACTACA------GTCTACTAGAAGA-CCCATC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGG-G
gi|94380                      : TTTC-TGCAGCGAA--TCCGTCTGGGC-----------AATTTCCT--------TTTTCGTG--GACA----A-----------GT----------A-CCCG---------CGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGA--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCACCAA
gi|94381                      : TTTCATGGAACGAACCTCCGTCTGGGCTGCTCC-TGTCATCTTTCTCCCTTGCCTTGCCTTG--GACACACAACC--A------CTCT-CTAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------AAACCAGATGGTAGAAACTC---CGAGGG--TCGCTCGA--CC-----A-CAGA-T-A-AGTATTGCTCACTTACAGAGTTCTTCA
gi|94382                      :                        GGGCTGCTCCCGGTCAACCTCCT--------T-GCCTTG--GACA----ACT--ACA----GTCTT--AGAAGA-CC-GTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GG--AA---TC---CGAGGG--TTGA-CGA--CC-----A-CAGATTGA-GTAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTTAA
gi|94383                      :                 aaaacggccgCTACTCCGTATGGACCTCCT--------TTGTCGTGCTGCCATC--ACC--ATGTGCCGTCTTCTAGAAGA-CCCGTCGTCTCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TT---CGAGGG--TCGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAA
gi|94384                      :                                CTCTGCCAACCTCCT--------TTGCTTTG--GACA----AGT--ACA----GTCTTGCAG---------TC---TTCCCGAT------TAT-------A---TT-A-GGGAGA---TC---CAAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATA-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
gi|94385                      :                                                                            --A------GTCTTCAAGATGA-CCCATC---TGCCTGAT------TAC-------A---CCCA-AAGAGA---TC---CGAGAA--TAAATGGA--AC-----A-CACA-TAC-AGA
gi|94386                      :                                                                      gacacgtac------GTCTTCAAGAAGA-CCCGTT---TTCCCGAT------TATGTGACTCA---CTAA-GGGAGA---TC---CGAGGGGTTCGATCGA--CC-----
gi|94387                      :                                                                             caaatacccTCTTCAATATG--TCCATC---TCACCAAT------TAT-------A---CTG--TCGAGA---TC---CGTGGG---CGATCGA--CC-----C-GAGA-AAAGAGAGATG-T
gi|94388                      :                                                                               actgcatTCTTTAAGCAGAGCCCATC----CCCCGAT------TAT-------A---CTGT-GGG-GA---TC---AGTGGG---CGATCGA--CT-----C-CAG---GA-GGA
gi|94389                      :                                                                               actgcatTCTTCAAGAAG--TCCATC----CCCTGAT------TAT-------A---CTGT-GGG-GA---TC---CGTGGG---CGATCG
gi|94390                      :                                                           actacatACA----AC------------CCTCAAAAAGA-CCCGTC---TTCCTGAT------TAT-------A---TTTA-GGGAGA---TT---CGAGGG--TTGATCGA--CT-----G-CAAA-TGA-AGAACTG-T
gi|94391                      :                                                                            --A------GTCTGCAAGAAGA-TCAATC---TTACCGAT------TAT-------A---ATGT-GGGAGA---TCCCGCGGGGG--TTCATCAA--CCACTGTA-CAGA-TGA-
gi|94392                      :                                                                                                            acCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGTAATG-TCAC-TACA---TTCTTCAA
gi|94393                      :                                                                                                                                                                 --TCGATCGAACCC-----AACAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TACA---TTCCTTA
gi|94394                      :                                                                                                                                                                     GATCGA--CC-----A-CAGA-CGA-AGAAATG-TCAC-CGCG---TTCTTCAA


blockSeqs                     :     A         CC                 C            CCCTTGCC        CT    CACA   ATGTGCC        T      G      GTC        TACATG   GTGACTC AAC    T      AAC  CCG      GT        AC  ACTGT A    T   G       C    T    GAG
blockSeqs                     :     .         .                  A            .               .     TC     ACA            T      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :     .         .                  T            .               .     .      ACA            T      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :     .         .                  C            .               .     .      ACA            A      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :     .         .                  C            .               .     .      ACA            T      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :     .         .                  C            .               .     .      ACA            T      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :     .         .                  G            .               .     .      A              T      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :                                  C            .               .     .      A              C      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :                                  .            .               .     .      A              A      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :                                  .            .               .     .      A              A      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :                                                                     .      A              A      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .    .    .  
blockSeqs                     :                                                                            .              A      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .            
blockSeqs                     :                                                                            .              A      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .       .            
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blockSeqs                     :                                                                                           A      .      .          .        .       .      .      .    .        .         .   .     .    .   .                    
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originalCons                  : TTTC-TGCAACGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCTCCT--------TTGCCTTG--GACA----ACT--A------GTCTTCNAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TCGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
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Reference ( family-737 )      : TTTC-TGCAACGAA--TCCGTCTGGGCTGCTCCCTGTCAACCTCCT--------TTGCCTTG--GACA--ACTA----C-A-GTCTTCNAGAAGA-CCCGTC---TCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TC---CGAGGG--TCGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATG-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
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gi|94383                      :                 aaaacggccgCTACTCCGTATGGACCTCCT--------TTGTCGTGCTGCCATCACCATGTGC-C-GTCTTCTAGAAGA-CCCGTCGTCTCCCCGAT------TAT-------A---CTGA-GGGAGA---TT---CGAGGG--TCGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAA
gi|94384                      :                                CTCTGCCAACCTCCT--------TTGCTTTG--GACA--AGTA----C-A-GTCTTGCAG---------TC---TTCCCGAT------TAT-------A---TT-A-GGGAGA---TC---CAAGGG--TTGATCGA--CC-----A-CAGA-TGA-AGAAATA-TCAC-TGCA---TTCTTCAA
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gi|94390                      :                                                                          A----C-A-ACCCTCAAAAAGA-CCCGTC---TTCCTGAT------TAT-------A---TTTA-GGGAGA---TT---CGAGGG--TTGATCGA--CT-----G-CAAA-TGA-AGAACTG-T
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gi|94394                      :                                                                                                                                                                   GATCGA--CC-----A-CAGA-CGA-AGAAATG-TCAC-CGCG---TTCTTCAA