lowQualScore : 2 66 2 2 2 77 2 2 333 4 2 2 2 2 55 5 8 66
lowQualScore : . .. . . . .. . . ... . . . . . .. . . ..
lowQualScore : 4 11 1 1 1 99 0 0 555 0 0 0 0 0 55 0 7 99
consensus : GAAAG-TACTGTGGG--T-AC-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CCGA-GGC-TATCGC--TCGCCTTGC
Reference ( gi|8070 ) : GAAAG-TACTGTGGG--T-AC-T-GAG-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CCGA-AGC-TGTCGC--TCGCCTTGC
gi|8067 : GAAAG-TACTGTGGG--T-AT-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CC-GATAA-CT-G-CCGA-GGC-TATCGC--CTGCCTTGC
gi|8072 : GAAAG-TACTGTGGC--T-AC-T-GAG-AAATTCTT-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CCGA-GGT-TATCGC--TCGCCTTGCga
gi|8069 : GAAAG-TGCTATGGG--T-AC-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAT-CT-A-CCGA-GGCTTATCGC--TCGCCTTGCga
gi|8073 : GACAG-TACTCTGGG--T-AC-T-GAG-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GAAAT-CT-G-CCTA-GGC-TATCGC--TCGCCTTGCga
gi|8071 : GAAAG-TACTGTGGG--T-AC-T-GAT-AATTGCTTCA-C---AATGTG-CT-GATAA-AT-A-CCGA-GGC-TATCGT--TCGCCTTACaa
gi|8076 : GAAAG-TACACTAGG--T-AC-T-GGG-AAGTGCT----T---A-TGTG-CT-GATAA-CT-G-CCGA-GAC-TATCGC--TCGCCTTGCga
gi|8074 : GAAAG-TACTGTGGG--T-AC-T-GAG-AATTGCTA-A-T---AATGTG-CT-GATAT-CT-G-Caa
gi|8075 : GAAAG-TACTGTGGG--T-AC-T------ATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-AATCT-CT-G-CCGA-GGA-TACCGC--GCGTCTTGC
gi|8077 : GAAAG-TACTGTGGG--T-AT-----G-TATTGCTG-A-T---AATGTGCCT-GATCATCT-GCCCGA-GGCTTATCGC--TCGCga
gi|8068 : GAAAGCTACTGTGAGCGT-ACGT-GATTAATTGCTG-A-TTTGAATGTGGCC-GATAA-CT-G-CCGA-GGC-TTTCGCCTTGGCCTTtcctgtga
gi|8078 : AATG-TACTGTGGG--T-AG-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CCGA-GGC-TATCGC--TCGCCTTGCtgcga
gi|8079 : AAAG-TACTGTGGG--T-AC-T-GAT-AATTGCTG-ATT---AATGTG-CT-GATAT-CT-G-CCGG-AGg
gi|8080 : AATG-TACTATGAAAAT-AC-T-GTG-AAGTGTTG-A-T---CATGTA-CT-GATAA-CT-G-CCGA-GGC-CATCGC--TCGCCGTGCgctttaaaattgctccgcctgcga
gi|8081 : AAAA-TACTGTGGA--T-AC-TTGAT-TAATGCT--A-T---AAT-TG-CTCGATAA-CT---CCGATAAC-TATCAC--TCGCCTTGCga
gi|8082 : AAG-TACTGTGGG--TAAC-T-GAT-AATTGTTG-A-T---AA-ATT-AT-GATAA-CTCG-CTGA-GGC-TATCG---TCGCTT
gi|8083 : -TACTGTTGG--T-AC-T-GAT-AATTGCTG---T---GG-GTG-CT-GATAA-TT-G-CTGA-gtga
gi|8084 : -TACTGTTGG--T-AC-T-GAT-AATTGGTG---T---AA-GTG-CT-GATAA-TT-G-CGGA-
gi|8086 : --T-AC-T-GAG-AAGTGCTA-A-T---AACATG-CT-GATAA-AT-G-CCGG-GGC-TATTGCAAACGACTTGC
gi|8087 : -AC-T-GAT-AATTGCTA-A-T---AATGTG-CT-GATAA-AT-A-CCGA-GGG-TATCGC--TCGCCTTGC
gi|8085 : TACTG-G-T---AAT-TG--T-GATAA-CT-G-CCG--AGC-T-TCAC--TTGCCTTGCga
Alignments
lowQualScore : 2 2 55 1 1 1 22 22 1 333 3 1 1 1 1 2 2 4 55555 66 2
lowQualScore : . . .. . . . .. .. . ... . . . . . . . . ..... .. .
lowQualScore : 1 1 55 9 9 9 00 55 9 333 8 9 9 9 9 0 0 4 66666 11 2
consensus : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
Reference ( family-736 ) : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
gi|8067 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-T-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CC-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--C-TGCCTTGC
gi|8068 : GAAAGCTACTGTG-AGCGTA-CGT-GATTAATTGCTG-A-TTTGAATGTGGCC-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----TTCGCCTT-GGCCTTga
gi|8069 : GAAAG-TGCTATG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAT-CT-A-CC-GA-GGCTT-----ATCGC--T-CGCCTTGCtgcga
gi|8070 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAG-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-AGC-T-----GTCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8071 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTTCA-C---AATGTG-CT-GATAA-AT-A-CC-GA-GGC-T-----ATCGT--T-CGCCTTAC
gi|8072 : GAAAG-TACTGTG-GC--TA-C-T-GAG-AAATTCTT-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGT-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8073 : GACAG-TACTCTG-GG--TA-C-T-GAG-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GAAAT-CT-G-CC-TA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8074 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAG-AATTGCTA-A-T---AATGTG-CT-GATAT-CT-G-Caa
gi|8075 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T------ATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-AATCT-CT-G-CC-GA-GGA-T-----ACCGC--G-CGTCTTGC
gi|8076 : GAAAG-TACACTA-GG--TA-C-T-GGG-AAGTGCT----T---A-TGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GAC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8077 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA---T-G-T--ATTGCTG-A-T---AATGTGCCT-GATCATCT-GCCC-GA-GGCTT-----ATCGC--T-CGCaa
gi|8078 : AATG-TACTGTG-GG--TA-G-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCtcctgtga
gi|8079 : AAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-ATT---AATGTG-CT-GATAT-CT-G-CCGGA-GGC-TTTAAAATTGC--TCCGCCTg
gi|8080 : AATG-TACTATG-AAAATA-C-T-GTG-AAGTGTTG-A-T---CATGTA-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-C-----ATCGC--T-CGCCGTGCgcga
gi|8081 : AAAA-TACTGTG-GA--TA-C-TTGAT-TAATGCT--A-T---AAT-TG-CTCGATAA-CT---CC-GATAAC-T-----ATCAC--T-CGCCTTGCga
gi|8082 : AAG-TACTGTG-GG--TAAC-T-GAT-AATTGTTG-A-T---AA-ATT-AT-GATAA-CTCG-CT-GA-GGC-T-----ATCG---T-CGCTT
gi|8083 : -TACTGTT-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG---T---GG-GTG-CT-GATAA-TT-G-CT-GA-gtga
gi|8084 : -TACTGTT-GG--TA-C-T-GAT-AATTGGTG---T---AA-GTG-CT-GATAA-TT-G-CG-GA-
gi|8085 : -TATTATGTGG--TA-C-T-GGT-AATTG------------------T-GATAA-CT-G-CC-GA--GC-T------TCAC--T-TGCCTTGC
gi|8086 : --TA-C-T-GAG-AAGTGCTA-A-T---AACATG-CT-GATAA-AT-G-CC-GG-GGC-T-----ATTGCAAA-CGACTTGCaa
gi|8087 : A-C-T-GAT-AATTGCTA-A-T---AATGTG-CT-GATAA-AT-A-CC-GA-GGG-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
Alignments
lowQualScore : 2 2 55 1 1 1 22 22 1 333 3 1 1 1 1 2 2 4 55555 66 2
lowQualScore : . . .. . . . .. .. . ... . . . . . . . . ..... .. .
lowQualScore : 1 1 55 9 9 9 00 55 9 333 8 9 9 9 9 0 0 4 66666 11 2
consensus : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
Reference ( family-736 ) : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
gi|8067 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-T-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CC-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--C-TGCCTTGC
gi|8068 : GAAAGCTACTGTG-AGCGTA-CGT-GATTAATTGCTG-A-TTTGAATGTGGCC-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----TTCGCCTT-GGCCTTga
gi|8069 : GAAAG-TGCTATG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAT-CT-A-CC-GA-GGCTT-----ATCGC--T-CGCCTTGCtgcga
gi|8070 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAG-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-AGC-T-----GTCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8071 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTTCA-C---AATGTG-CT-GATAA-AT-A-CC-GA-GGC-T-----ATCGT--T-CGCCTTAC
gi|8072 : GAAAG-TACTGTG-GC--TA-C-T-GAG-AAATTCTT-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGT-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8073 : GACAG-TACTCTG-GG--TA-C-T-GAG-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GAAAT-CT-G-CC-TA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8074 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAG-AATTGCTA-A-T---AATGTG-CT-GATAT-CT-G-Caa
gi|8075 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T------ATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-AATCT-CT-G-CC-GA-GGA-T-----ACCGC--G-CGTCTTGC
gi|8076 : GAAAG-TACACTA-GG--TA-C-T-GGG-AAGTGCT----T---A-TGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GAC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8077 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA---T-G-T--ATTGCTG-A-T---AATGTGCCT-GATCATCT-GCCC-GA-GGCTT-----ATCGC--T-CGCaa
gi|8078 : AATG-TACTGTG-GG--TA-G-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCtcctgtga
gi|8079 : AAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-ATT---AATGTG-CT-GATAT-CT-G-CCGGA-GGC-TTTAAAATTGC--TCCGCCTg
gi|8080 : AATG-TACTATG-AAAATA-C-T-GTG-AAGTGTTG-A-T---CATGTA-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-C-----ATCGC--T-CGCCGTGCgcga
gi|8081 : AAAA-TACTGTG-GA--TA-C-TTGAT-TAATGCT--A-T---AAT-TG-CTCGATAA-CT---CC-GATAAC-T-----ATCAC--T-CGCCTTGCga
gi|8082 : AAG-TACTGTG-GG--TAAC-T-GAT-AATTGTTG-A-T---AA-ATT-AT-GATAA-CTCG-CT-GA-GGC-T-----ATCG---T-CGCTT
gi|8083 : -TACTGTT-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG---T---GG-GTG-CT-GATAA-TT-G-CT-GA-gtga
gi|8084 : -TACTGTT-GG--TA-C-T-GAT-AATTGGTG---T---AA-GTG-CT-GATAA-TT-G-CG-GA-
gi|8085 : -TATTATGTGG--TA-C-T-GGT-AATTG------------------T-GATAA-CT-G-CC-GA--GC-T------TCAC--T-TGCCTTGC
gi|8086 : --TA-C-T-GAG-AAGTGCTA-A-T---AACATG-CT-GATAA-AT-G-CC-GG-GGC-T-----ATTGCAAA-CGACTTGCaa
gi|8087 : A-C-T-GAT-AATTGCTA-A-T---AATGTG-CT-GATAA-AT-A-CC-GA-GGG-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
blockSeqs : C T CG A G T TT TC T TTG G C T C C G T T TTAAA CT C
blockSeqs : . . AA . . . T G . . C . . . . . . T . AA .
blockSeqs : . . . . . . G G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
finalCons : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
Alignments
lowQualScore : 2 2 55 1 1 1 22 22 1 333 3 1 1 1 1 2 2 4 55555 66 2
lowQualScore : . . .. . . . .. .. . ... . . . . . . . . ..... .. .
lowQualScore : 1 1 55 9 9 9 00 55 9 333 8 9 9 9 9 0 0 4 66666 11 2
consensus : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
Reference ( family-736 ) : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC
gi|8067 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-T-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CC-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--C-TGCCTTGC
gi|8068 : GAAAGCTACTGTG-AGCGTA-CGT-GATTAATTGCTG-A-TTTGAATGTGGCC-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----TTCGCCTT-GGCCTTga
gi|8069 : GAAAG-TGCTATG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAT-CT-A-CC-GA-GGCTT-----ATCGC--T-CGCCTTGCtgcga
gi|8070 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAG-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-AGC-T-----GTCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8071 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTTCA-C---AATGTG-CT-GATAA-AT-A-CC-GA-GGC-T-----ATCGT--T-CGCCTTAC
gi|8072 : GAAAG-TACTGTG-GC--TA-C-T-GAG-AAATTCTT-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGT-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8073 : GACAG-TACTCTG-GG--TA-C-T-GAG-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GAAAT-CT-G-CC-TA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8074 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAG-AATTGCTA-A-T---AATGTG-CT-GATAT-CT-G-Caa
gi|8075 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T------ATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-AATCT-CT-G-CC-GA-GGA-T-----ACCGC--G-CGTCTTGC
gi|8076 : GAAAG-TACACTA-GG--TA-C-T-GGG-AAGTGCT----T---A-TGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GAC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCga
gi|8077 : GAAAG-TACTGTG-GG--TA---T-G-T--ATTGCTG-A-T---AATGTGCCT-GATCATCT-GCCC-GA-GGCTT-----ATCGC--T-CGCaa
gi|8078 : AATG-TACTGTG-GG--TA-G-T-GAT-AATTGCTG-A-T---AATGTG-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-T-----ATCGC--T-CGCCTTGCtcctgtga
gi|8079 : AAAG-TACTGTG-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG-ATT---AATGTG-CT-GATAT-CT-G-CCGGA-GGC-TTTAAAATTGC--TCCGCCTg
gi|8080 : AATG-TACTATG-AAAATA-C-T-GTG-AAGTGTTG-A-T---CATGTA-CT-GATAA-CT-G-CC-GA-GGC-C-----ATCGC--T-CGCCGTGCgcga
gi|8081 : AAAA-TACTGTG-GA--TA-C-TTGAT-TAATGCT--A-T---AAT-TG-CTCGATAA-CT---CC-GATAAC-T-----ATCAC--T-CGCCTTGCga
gi|8082 : AAG-TACTGTG-GG--TAAC-T-GAT-AATTGTTG-A-T---AA-ATT-AT-GATAA-CTCG-CT-GA-GGC-T-----ATCG---T-CGCTT
gi|8083 : -TACTGTT-GG--TA-C-T-GAT-AATTGCTG---T---GG-GTG-CT-GATAA-TT-G-CT-GA-gtga
gi|8084 : -TACTGTT-GG--TA-C-T-GAT-AATTGGTG---T---AA-GTG-CT-GATAA-TT-G-CG-GA-
gi|8085 : -TATTATGTGG--TA-C-T-GGT-AATTG------------------T-GATAA-CT-G-CC-GA--GC-T------TCAC--T-TGCCTTGC
gi|8086 : --TA-C-T-GAG-AAGTGCTA-A-T---AACATG-CT-GATAA-AT-G-CC-GG-GGC-T-----ATTGCAAA-CGACTTGCaa
gi|8087 : A-C-T-GAT-AATTGCTA-A-T---AATGTG-CT-GATAA-AT-A-CC-GA-GGG-T-----ATCGC--T-CGCCTTGC