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lowQualScore                  :      . .    . .    . .  . ..  ............... ...       ...        ..........  .............. .   . .              ..       
lowQualScore                  :      0 3    0 0    0 0  0 00  000000000000000 333       444        3333333333  00000000000000 9   8 9              66       
consensus                     : CAGGGNTAGACA-T-TAAC-T-TT-T-ATT--C-C----------A---CTTGTCC-N-TCGGGCAA----------GTATA--C--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
Reference ( family-734 )      : CAGGGNTAGACA-T-TAAC-T-TT-T-ATT--C-C----------A---CTTGTCC-N-TCGGGCAA----------GTATA--C--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
gi|77687                      : CAGGGATAGACA-T-TAAC-T-TT-TGATC--T-C----------A---CTTGTCC-T-TCGGGCAA----------GTATA--G--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
gi|77688                      : CAGGGATAGACA-T-TAAC-T-TT-T-AAT--CTC----------A---CTTGTCC-T-TCGGGCAA----------GTATA--G--T-----C-AAATT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
gi|77689                      : CAGGGATTGACA-T-TAAC-T-TT-T-AAT--CTC----------A---CTTGTCC-T-TCGGGCAA----------GTGTA--G--T-----C-AAATT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
gi|77690                      : CAGGGATAGACA-T-TAAC-T-TT-T-ATT--C-C----------A---CTTGTCC-A-TCGGGCAA----------GTATA--C--T-----C-CAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
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gi|77692                      : CAGGGATAGACA-T-GAAC-T-TT-TTATT--C-C----------G---CTTGCCC-G-TCGGGCAA----------GTATA--C--T-----C-GAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
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gi|77694                      : CAGGGTTAGACA-T--AAC-T-TT-TTCTT--T-C----------A---CTTGCCC-C-TTCGGCAA----------GTGAA--C--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAATTTGAAAA
gi|77695                      : CAGGGATA-ACA-A-TAAC-TCTT-T-ATA--T-C----------G---TTTACCC-T-TCGGGCAA----------GTA-A--A--T-----C-AAACT-TTTA-TTGTCTGAA--TGAAAAA
gi|77696                      : CAGGGCTCAACA-T-TAAC-T-TA-A-ATT--C-C----------A---CTTGTCC-A-TCGGACAA----------GC-TG--CCAC-----C-AAA-T-GTCACTTGTCTGAA--TG
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gi|77700                      : CAGGGCTCAACA-T-TAAC-T-TA-A-ATT--T-CT---------A---CTTGTCC-A-TCGGACAA----------GC-TG--C--CAC---C-AAATG-TT-ACTTGTCCGAA--
gi|77701                      : CAGGGCTCAACA-T-TAAC-T-TA-A-ATTT-C-C----------A---CTTGTCC-A-TCGGACAA----------TT-TAAGC--TGCCACC-AAA-T-GTTACTTGTCCGAA--TG
gi|77702                      : CAGGGCT---CA-T-TAAC-T-TC-A-ATTT-C-C----------A---CTTGTCC-A-TCAGACAA----------GC-TG--CCAC-----C-AAA-T-GTTACTTGTCCGAA--TG
gi|77703                      :  AGGGATAGACA-T--AAC-T-TT-TTATT--C-C----------A---CTTGTCC-A-TCGGGCAG----------G-------------------------CACTTGTCCGAA--TGAAAAA
gi|77704                      :       TAGATA-TGTAAC-T-TT-T-CCT--C-CTGAAATAATCA---CTTGCCC-GATCGGACAA----------GTGTG--A--T-----C-GAGCT-TTCACTTGTCTGAA--
gi|77705                      :        AGACA-T-TAAC-T-TT-T-TTT--C--------------------------TCGGGCAA----------GTAAA--C--T-----C-AAACT-CTAGCTTGTTTGAA--TGAAA
gi|77706                      :             -T-TAAC-T-TT-T-AAT--CTC----------A---CTTGTCC-T-TTGAACAA----------GTAAA--C--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
gi|77707                      :                           -ATC--T-C----------A---CTTGTCC-T-TCGGGCAA----------GGAAA--C--T-----T-AAACT-TCCACTTGTCCAAA--TAAAAAA


blockSeqs                     :      A A    A G    A C  C TA  CCTGAAATAATC    AAC       AT         TTAGCCGCAA  TAAGCTGCCAC    A   T G              TT
blockSeqs                     :      A T    . .    C .  . TC  ACCC            .         AT         .           ATACTT         .   T .              . 
blockSeqs                     :      A A    . .    . .  . TA  GCCC            .         GA         .           TGCCAC         .   C .              . 
blockSeqs                     :      A A    . .    . .  . A   CTC             .         T          .           TGCCAC         .   C .              . 
blockSeqs                     :      A A    . .    . .  . A   CTC             .         T          .           TGCCAC         .   C .              . 
blockSeqs                     :      A A    . .    . .  . A   TCT             .         A          .           ATAGT          .   C .              . 
blockSeqs                     :      T A    . .    . .  . A   TCC             .         A          .           GTAGT          .   C .              . 
blockSeqs                     :      A A    . .    . .  . A   TCC             .         G          .           ATACT          .   C .              . 
blockSeqs                     :      C C    . .    . .  . A   CTC             .         A          .           ATACT          .   C .              . 
blockSeqs                     :      C C    . .    . .  . A   CC              .         C          .           ATACT          .   T .              . 
blockSeqs                     :      T A    . .    . .  . C   CC              .         T          .           GAACT          .   T .              . 
blockSeqs                     :      C C    . .    . .  . A   CC              .         A          .           AAACT          .   C .              . 
blockSeqs                     :      C C    . .    . .  . A   CC              .         T          .           GTGAT          .   C .              . 
blockSeqs                     :      C C    . .    . .  . A   TC              .         A          .           AAACT          .   C .              . 
blockSeqs                     :      C A    . .    . .  . C   TC              .         A          .           AAACT          .   C .              . 
blockSeqs                     :      A A    . .    . .  . T   CC              .         A          .           AAACT          .   . .              . 
blockSeqs                     :        A    . .    . .  . A   TC              .         A          .           AAAT           .   . .              . 
blockSeqs                     :        .    . .    . .  . A   CC              .         T          .           GACT           .   . .              . 
blockSeqs                     :             . .    . .  . .   TC              .         T          .           GACT           .   . .              . 
blockSeqs                     :                           .   C               .         .          .           .              .   . .              . 


blockSeqCons                  :                           A*
originalCons                  : CAGGGNTAGACA-T-TAAC-T-TT-T-ATT--C-C----------A---CTTGTCC-N-TCGGGCAA----------GTATA--C--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
finalCons                     : CAGGGNTAGACA-T-TAAC-T-TT-TA-TT--C-C----------A---CTTGTCC-N-TCGGGCAA----------GTATA--C--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA





Alignments
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lowQualScore                  :      1 1    2 2    4 2  2 88  222222222222222 333       777        8888888888  44444444444444 1   3 1              22       
lowQualScore                  :      . .    . .    . .  . ..  ............... ...       ...        ..........  .............. .   . .              ..       
lowQualScore                  :      0 3    0 0    0 0  0 00  000000000000000 333       444        3333333333  00000000000000 9   8 9              66       
consensus                     : CAGGGNTAGACA-T-TAAC-T-TT-T-ATT--C-C----------A---CTTGTCC-N-TCGGGCAA----------GTATA--C--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
Reference ( family-734 )      : CAGGGNTAGACA-T-TAAC-T-TT-T-ATT--C-C----------A---CTTGTCC-N-TCGGGCAA----------GTATA--C--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
gi|77687                      : CAGGGATAGACA-T-TAAC-T-TT-TGATC--T-C----------A---CTTGTCC-T-TCGGGCAA----------GTATA--G--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
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gi|77703                      :  AGGGATAGACA-T--AAC-T-TT-TTATT--C-C----------A---CTTGTCC-A-TCGGGCAG----------G-------------------------CACTTGTCCGAA--TGAAAAA
gi|77704                      :       TAGATA-TGTAAC-T-TT-T-CCT--C-CTGAAATAATCA---CTTGCCC-GATCGGACAA----------GTGTG--A--T-----C-GAGCT-TTCACTTGTCTGAA--
gi|77705                      :        AGACA-T-TAAC-T-TT-T-TTT--C--------------------------TCGGGCAA----------GTAAA--C--T-----C-AAACT-CTAGCTTGTTTGAA--TGAAA
gi|77706                      :             -T-TAAC-T-TT-T-AAT--CTC----------A---CTTGTCC-T-TTGAACAA----------GTAAA--C--T-----C-AAACT-TTCACTTGTCCGAA--TGAAAAA
gi|77707                      :                           -ATC--T-C----------A---CTTGTCC-T-TCGGGCAA----------GGAAA--C--T-----T-AAACT-TCCACTTGTCCAAA--TAAAAAA