lowQualScore : 1111111111111 1 22222222222222222 11 111 1
lowQualScore : 33 2 4 22 2 2 2 2222222222222 666 4 2 5 5555 5555 2 33 2 888 2 00000000000000000 44 4444 999999999 33 4 33 4 777777777 2 2 888 2 2 2 4 2 2 55 3 2 2 4 33
lowQualScore : .. . . .. . . . ............. ... . . . .... .... . .. . ... . ................. .. .... ......... .. . .. . ......... . . ... . . . . . . .. . . . . ..
lowQualScore : 22 4 4 99 1 2 2 2222222222222 999 2 2 2 3333 3333 5 44 5 444 5 99999999999999999 88 5555 444444444 22 2 22 7 000000000 2 2 777 2 2 2 3 2 2 33 5 4 4 7 22
consensus : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG-------------GG---GCGCGAAA-TTCAAATCT----CC----AT-TG--TG-GCAC--GATA-AAC-----------------AC-GGCGC--CCG---------CCC--ACGCGGTCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TACNA-CTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGCTGGT-GGC-AG-A--CATGT
Reference ( gi|95293 ) : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG-------------GG---GCGAGAAA-TTCAAATTT----CC----AT-TG--TG-GCAC--AATA-AAC-----------------AC-CGCAC--CCG---------CCC--ACGTGGTCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TACTG-CTGTCT-TT-GAT-CAAATCG-GCGA-C--GCCTGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95289 : TAATACCTTAGTCTCAAAT--GG-GCGACTCCC-GGACAAG--A-ATGG-CGATT-TG-------------GG---GCGCATCA-TTTAAATCT----CC----AT-TG--TG-GCAT--GATA-AAC-----------------AC-TGCGC--CCA---------CCC--ACGCGGTCACA--C-TA------C-TTATT-GCCCCCG-TACCA-CTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGCTAGT-CGC-AG-A--CATGT
gi|95294 : cTAAAGCCTTAGTCACAAAT--GG-ACCACTCTC-GCGCGAG--A-ATGG-CGATT-TG-------------GG---GCGCAAAA-TTCAAATCG----CC----AT-TG--TG-GCAC--GACA-AAC-----------------AC-AGTGC--CCG---------CCC--ACGCGGTCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCATG-CAACA-CTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGG-C--GGCTGGT-GGC-AGCG--CGTGT
gi|95295 : TATTGCCTTAGTCACAAAT--GA-GCGACTCCT-GCTCGAA--A-ATGG-CGATT-TG-------------GG---ACGCGTAA-TTCAAATAT----AT----AT-TG--TG-GCAT--GATA-AAC-----------------AC-GGCGC--TCG---------CTC--ACGCGATCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCCCG-TA------GTCT-TT-GAT-CAAGTTG-GCGA-C--GACTGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95296 : TAATGCCTTGGTCACAAAT--GG-GCGAC-----GTACGAT--A-ATGG-CGATT-TG-------------GG---ACGCGAAA-TTCAAATCT----CC----AT-TG--CC-GCAC--GATA-ATC-----------------AC-GGCGA--TTG---------CCC--ACGCGGTCACA--C-TA------A-CTACT-G-CCCCG-TACGGACTATCT-TG-CGT-CAAGTCG-GCGA-T--GGCT-GT-GGC-AGCA--CAT
gi|95292 : TAATGCCTTAGTC-CAA-T--AG-GCGAC-----GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG-------------TG---GCGCGAAA-TT-AAA-TC----CC----A--TA--TG-GCAC--GATA-AAC-----------------AC-GGCA---CCG---------CCC--ACGC-GCCAAA--C-TA------A--TGCT-GCCCCCG-TACCA-C-G--C-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGGTTGG-GGC-AG-A--CATGT
gi|95297 : cTAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATT-TG-------------GG---ACGCGAGA-TTCAAAT
gi|95298 : TAAT-CTTCAGTCACAAAT--GGCGTACCTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATTCTG-------------GGAC-GCGAG-AA-TTCAAAgcccccgtacgactgtctttgatcaagtcggcgtcggctggtggcagacatgt
gi|95299 : AATGCCTCAGTCAGAAGT--GG-GCGACTTCC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-TGTGGTGGTGGTGGTGG---GGGGGGGA-CC---ATTTGTCGTT----AT-TA--TG-G-AT--CTTG-CAC-----------------AC-GGCG---CCG---------CCT--GCGCGGTCACA--T-TA------ATTTGCC-GCCCCCA-TATCA-CTCTCG-TT-GAC-CGAAGCG-GCGA-C--gcccta
gi|95288 : ATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG-------------GG---ACACGAAA-TTCATATAT----CC----AT-TG--TG-GCAC--AATA-AAC-----------------AC-GGCGC--CAG---------CCT--ACGTGGTCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCTTG-TACCT-CTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGCTGGT-GGC-AG-A--CATGTtgtaggtggta
gi|95290 : cttATGCTTTAGTTGCAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG-------------GG---TCGCGAAA-TTCAAATCT----CC----AT-TG--TG-GCAC--GATA-AAC-----------------GC-GGCGC--TTG---------CCT--ACGCGGTCACA--C-TA------A-TTACC-GTCCCC--------TTTTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GC----------GGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95291 : cttATGCCTGAGTCACAAAA--GG-GCGACTACC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-TG-------------TA---ACACGAAA-TCCAAATCC----CT----GT-TG--TG-ACAC--GATA-ACA-----------------AC-GGTAC--TCG---------TCC--ACGCGGTTACA--C-TA------A-TTACT-GCCACCG-TACGG-CTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GACTGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95300 : cttATGCTTTAGTCACAAAT--GG-G-------------------------CGATT-TG-------------GG---ACGCGAAA-TTCAAATCT----CC----AT-TG--TG-GCAC--GATA-ACC-----------------AC-GGCGC--TCG---------CCC--ACGCGGTCACA--C-TA------A-CTACT-GCCCCCG-TACGA-CTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GACTGGT-GGT-AG-A--AACGT
gi|95301 : ATGCTT--GTCAAAGAT--GA----ACTCCTTGCACCAACCA-ATGG-CGATT-TG-------------GT---ACACGATA-TCCAAATCT----CC----AT-TGCTTG-GCACCGATTAGAAC-----------------ACTTACAC--CCA---------CCC--ACTCAGTCACA--CTTA------ATTTAC--GCCCCCG-TAC-A-CTGTCC-TTGGAT-TAAGTCA-GCGA-CCGGGCTGGT-GGC-AG-A--
gi|95302 : ATGCCTCAGTCACATATCGGG-ACGACCCCC-GCACGAT--AGATG--CGATT-TG-------------GGAACGCGGCAAACTTCAAATAT----CCATAAAT-TG--TC-GCAC--GATA-GACTCCTACTAAGAGGGTCTAT-CGCACTACCGCGGACTTCTCCC--AACTCCCCACAACC-TA------A-CT--C-GCTCCCGCTAACG-CTATCT-TT-AAT-CAAGTCG-GCGA-CG-GCTTGGT-GGC-AG-A--CATAT
gi|95303 : TTAGT-ACAAAT--GG-G-GACTACCAGCACGAG--A-ATGGCCGATT-GG-------------GT---ACG-CAAA-TTCAAATCT-----C----ATCTG--TGTGCAC--GA-A-GACCA---------------AC-GGCGC--CCG---------CCCAAACGC-GTCACA--C-TA------A--TACTAGCCGCCG-TACAA-CTGTCTATT-GATAGAAGTCACGTGACC--GGCT-GT-GGC-AG-ACCCATGT
gi|95304 : TTAGTCACAAAT--GG-GTGACTCCC-GCACGAG--A-
gi|95305 : AGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG-------------GG---ACGCAAAA-TTCAAATTT----CC----AT-TG--TG-GTAC--CATA-ACC-----------------AC-GGCGC--TCG---------CCC--ACACGGTCACA--CTTAACATGTA-TTACT-GCCGCCG-TACGA-C--TCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGCTGGTGGGCAAA-A--CATGT
gi|95306 : CTCTC-GCACTAA--A-ATGA-CGATT-TG-------------GG---GCTCAAAA-TTAAAATCT----TC----AT-TG--TG-GCAC--TATA-AAC-----------------AC-GCCGT--CCG---------CCC--ATGCGGTCACA--C-TA------A-TTACT-GTCACCA-TAACA-CTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-T--TGCTGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95307 : CGAG--A-ATGG-TGATT-TG-------------GG---GCATGAAA-TTCAAATCT----TC----AT-TG--TG-GCAC--AATA-AAC-----------------AC-GACGC--CCG---------CCC--ATGCGGTCACA--C-TA------A-TTACT-GTCCCTG-CACTA-CTTTCT-TT-CAT-CAAGTCG-GTGA-C--AGCTGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95308 : CG---------CAC--ACGCGGTCACA--C-TA------A-CTACC-GCCTCCG-TACGA-CTATCT-TT-AAT-CAAATCG-GCGA-C--GGCTGAT-GGC-AG-A--CGTGT
gi|95297 : cggcgatT-GCCCCCG-TACGA-CTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGT-C--GGCTGGT-GGC-AG-A--CATGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111111111111
lowQualScore : 33 2 4 22 2 2 2 22222222222222 22 22 2 22 2 4444 2 33 2 2 33 8888 77777 0 333 2 33 2 333333333333333 33 4 666666 4 2 2 66 2 2 2 2 2 22 2 2 2 4 33
lowQualScore : .. . . .. . . . .............. .. .. . .. . .... . .. . . .. .... ..... . ... . .. . ............... .. . ...... . . . .. . . . . . .. . . . . ..
lowQualScore : 11 2 2 88 0 1 1 44444444444444 77 99 1 99 1 7777 4 22 4 4 22 2222 88888 1 999 2 11 2 999999999999999 11 4 444444 4 1 1 66 1 1 1 1 1 99 1 1 1 4 11
consensus : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
Reference ( family-733 ) : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-GCGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95288 : ATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-ACACG--A-A--A-TTCATATATCC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----GGCGCC---AGC-CT--A-CGTGG---------------TCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCTTG-TAC-CTCTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95289 : cttTAATACCTTAGTCTCAAAT--GG-GCGACTCCC-GGACAAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-GCGCA--T-C--A-TTTAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-TGAT--AAAC----AC-----TGCGCC---CAC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------C-TTATT-GCCCCCG-TAC-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TAGT-CGC-AG-A--CATGT
gi|95290 : cATGCTTTAGTTGCAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-TCGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----GC-----GGCGCT---TGC-CT--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACC-GTCCCC--------TTTTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GC-----------GGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95291 : cttATGCCTGAGTCACAAAA--GG-GCGACTACC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------TA-ACACG--A-A--A-TCCAAATCCCT----GT-TG--TG-ACA-CGAT--AACA----AC-----GGTACT---CGT-CC--A-CGCGG---------------TTACA--C-TA------A-TTACT-GCCACCG-TAC-GGCTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GAC-TGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95292 : cttTAATGCCTTAGTC-CAA-T--AG-GCGAC-----GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------TG-GCGCG--A-A--A-TT-AAATC-CC----A--TA--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCA-C---CGC-CC--A-CGC-G---------------CCAAA--C-TA------A--TGCT-GCCCCCG-TAC-CAC-G--C-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGG-TTGG-GGC-AG-A--CATGT
gi|95293 : cTAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-GCGAG--A-A--A-TTCAAATTTCC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----CGCACC---CGC-CC--A-CGTGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-TGCTGTCT-TT-GAT-CAAATCG-GCGA-C--GCC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95294 : TAAAGCCTTAGTCACAAAT--GG-ACCACTCTC-GCGCGAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-GCGCA--A-A--A-TTCAAATCGCC----AT-TG--TG-GCA-CGAC--AAAC----AC-----AGTGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCATG-CAA-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGG-C--GGC-TGGT-GGC-AGCG--CGTGT
gi|95295 : TATTGCCTTAGTCACAAAT--GA-GCGACTCCT-GCTCGAA--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-ACGCG--T-A--A-TTCAAATATAT----AT-TG--TG-GCA-TGAT--AAAC----AC-----GGCGCT---CGC-TC--A-CGCGA---------------TCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCCCG-TA------GTCT-TT-GAT-CAAGTTG-GCGA-C--GAC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95296 : TAATGCCTTGGTCACAAAT--GG-GCGAC-----GTACGAT--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--CC-GCA-CGAT--AATC----AC-----GGCGAT---TGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACT-G-CCCCG-TACGGACTATCT-TG-CGT-CAAGTCG-GCGA-T--GGC-T-GT-GGC-AGCA--CAT
gi|95297 : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATT-TG--------------GG-ACGCG--A-G--A-TTCAAAT
gi|95297 : T-GCCCCCG-TAC-GACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGT-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGTgcccccgtacgactgtctttgatcaagtcggcgtcggctggtggcagacatgt
gi|95298 : taatgccttagtcacaaatgggcgactcccgcacgaaaatcccgatttgggacgcgagattcaaaTAAT-CTTCAGTCACAAAT--GGCGTACCTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATTCTG--------------GG-ACGCG--AGA--A-TTCAAAGCCCT----A
gi|95299 : AATGCCTCAGTCAGAAGT--GG-GCGACTTCC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-TGTGGTGGTGGTGGTGGG-GGGGG--G-ACCA-TTTG--TCGTT----AT-TA--TG-G-A-TCTT--GCAC----AC-----GGCG-C---CGC-CT--G-CGCGG---------------TCACA--T-TA------ATTTGCC-GCCCCCA-TAT-CACTCTCG-TT-GAC-CGAAGCG-GCGA-C--TGT-AGGT-GGT-A
gi|95300 : ATGCTTTAGTCACAAAT--GG-GCG-------------------------ATT-TG--------------GG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AACC----AC-----GGCGCT---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACT-GCCCCCG-TAC-GACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GAC-TGGT-GGT-AG-A--AACGT
gi|95301 : ATGCTT--GTCAAAGAT--GA----ACTCCTTGCACCAACCA-ATGG-CGATT-TG--------------GT-ACACG--A-T--A-TCCAAATCTCC----AT-TGCTTG-GCACCGATTAGAAC----ACT----TACACC---CAC-CC--A-CTCAG---------------TCACA--CTTA------ATTTAC--GCCCCCG-TAC--ACTGTCC-TTGGAT-TAAGTCA-GCGA-CCGGGC-TGGT-GGC-AG-A--
gi|95302 : ATGCCTCAGTCACATATCGGG-ACGACCCCC-GCACGAT--AGATG--CGATT-TG--------------GGAACGCGGCA-A--ACTTCAAATATCCATAAAT-TG--TC-GCA-CGAT--AGACTCCTACTAAGAGG-GTCTATCGCACT--ACCGCGGACTTCTCCCAACTCCCCACAACC-TA------A-CT--C-GCTCCCGCTAA-CGCTATCT-TT-AAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGCTTGGT-GGC-AG-A--CATAT
gi|95303 : TTAGT-ACAAAT--GG-G-GACTACCAGCACGAG--A-ATGGCCGATT-GG--------------GT-ACGC---A-A--A-TTCAAATCT-C----ATCTG--TGTGCA-CGA---AGACCA--AC-----GGCGCC---CGC-CCAAA-CGC-G---------------TCACA--C-TA------A--TACTAGCCGCCG-TAC-AACTGTCTATT-GATAGAAGTCACGTGACC--GGC-T-GT-GGC-AG-ACCCATGT
gi|95304 : TTAGTCACAAAT--GG-GTGACTCCC-GCACGAG--A-
gi|95305 : AGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-TG--------------GG-ACGCA--A-A--A-TTCAAATTTCC----AT-TG--TG-GTA-CCAT--AACC----AC-----GGCGCT---CGC-CC--A-CACGG---------------TCACA--CTTAACATGTA-TTACT-GCCGCCG-TAC-GAC--TCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGTGGGCAAA-A--CATGT
gi|95306 : CTCTC-GCACTAA--A-ATGA-CGATT-TG--------------GG-GCTCA--A-A--A-TTAAAATCTTC----AT-TG--TG-GCA-CTAT--AAAC----AC-----GCCGTC---CGC-CC--A-TGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GTCACCA-TAA-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-T--TGC-TGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95307 : CGAG--A-ATGG-TGATT-TG--------------GG-GCATG--A-A--A-TTCAAATCTTC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----GACGCC---CGC-CC--A-TGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GTCCCTG-CAC-TACTTTCT-TT-CAT-CAAGTCG-GTGA-C--AGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95308 : C-----GGCGAT---CGC-AC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACC-GCCTCCG-TAC-GACTATCT-TT-AAT-CAAATCG-GCGA-C--GGC-TGAT-GGC-AG-A--CGTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111111111111
lowQualScore : 33 2 4 22 2 2 2 22222222222222 2 22 2 22 2 4444 2 33 2 2 33 8888 77777 0 333 2 33 2 333333333333333 33 4 666666 4 2 2 66 2 2 2 2 2 22 2 2 2 4 33
lowQualScore : .. . . .. . . . .............. . .. . .. . .... . .. . . .. .... ..... . ... . .. . ............... .. . ...... . . . .. . . . . . .. . . . . ..
lowQualScore : 11 2 2 88 0 1 1 44444444444444 1 99 1 99 1 7777 4 22 4 4 22 2222 88888 1 999 2 11 2 999999999999999 11 4 444444 4 1 1 66 1 1 1 1 1 99 1 1 1 4 11
consensus : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
Reference ( family-733 ) : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95288 : ATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACACG--A-A--A-TTCATATATCC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----GGCGCC---AGC-CT--A-CGTGG---------------TCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCTTG-TAC-CTCTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95289 : cttTAATACCTTAGTCTCAAAT--GG-GCGACTCCC-GGACAAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-GCGCA--T-C--A-TTTAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-TGAT--AAAC----AC-----TGCGCC---CAC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------C-TTATT-GCCCCCG-TAC-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TAGT-CGC-AG-A--CATGT
gi|95290 : cATGCTTTAGTTGCAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-TCGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----GC-----GGCGCT---TGC-CT--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACC-GTCCCC--------TTTTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GC-----------GGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95291 : cttATGCCTGAGTCACAAAA--GG-GCGACTACC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GTA-ACACG--A-A--A-TCCAAATCCCT----GT-TG--TG-ACA-CGAT--AACA----AC-----GGTACT---CGT-CC--A-CGCGG---------------TTACA--C-TA------A-TTACT-GCCACCG-TAC-GGCTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GAC-TGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95292 : cttTAATGCCTTAGTC-CAA-T--AG-GCGAC-----GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GTG-GCGCG--A-A--A-TT-AAATC-CC----A--TA--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCA-C---CGC-CC--A-CGC-G---------------CCAAA--C-TA------A--TGCT-GCCCCCG-TAC-CAC-G--C-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGG-TTGG-GGC-AG-A--CATGT
gi|95293 : cTAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-GCGAG--A-A--A-TTCAAATTTCC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----CGCACC---CGC-CC--A-CGTGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-TGCTGTCT-TT-GAT-CAAATCG-GCGA-C--GCC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95294 : TAAAGCCTTAGTCACAAAT--GG-ACCACTCTC-GCGCGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-GCGCA--A-A--A-TTCAAATCGCC----AT-TG--TG-GCA-CGAC--AAAC----AC-----AGTGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCATG-CAA-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGG-C--GGC-TGGT-GGC-AGCG--CGTGT
gi|95295 : TATTGCCTTAGTCACAAAT--GA-GCGACTCCT-GCTCGAA--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--T-A--A-TTCAAATATAT----AT-TG--TG-GCA-TGAT--AAAC----AC-----GGCGCT---CGC-TC--A-CGCGA---------------TCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCCCG-TA------GTCT-TT-GAT-CAAGTTG-GCGA-C--GAC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95296 : TAATGCCTTGGTCACAAAT--GG-GCGAC-----GTACGAT--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--CC-GCA-CGAT--AATC----AC-----GGCGAT---TGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACT-G-CCCCG-TACGGACTATCT-TG-CGT-CAAGTCG-GCGA-T--GGC-T-GT-GGC-AGCA--CAT
gi|95297 : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-G--A-TTCAAAT
gi|95297 : T-GCCCCCG-TAC-GACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGT-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGTgcccccgtacgactgtctttgatcaagtcggcgtcggctggtggcagacatgt
gi|95298 : taatgccttagtcacaaatgggcgactcccgcacgaaaatcccgatttgggacgcgagattcaaaTAAT-CTTCAGTCACAAAT--GGCGTACCTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATTCT--------------GGG-ACGCG--AGA--A-TTCAAAGCCCT----A
gi|95299 : AATGCCTCAGTCAGAAGT--GG-GCGACTTCC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-TGTGGTGGTGGTGGTGGG-GGGGG--G-ACCA-TTTG--TCGTT----AT-TA--TG-G-A-TCTT--GCAC----AC-----GGCG-C---CGC-CT--G-CGCGG---------------TCACA--T-TA------ATTTGCC-GCCCCCA-TAT-CACTCTCG-TT-GAC-CGAAGCG-GCGA-C--TGT-AGGT-GGT-A
gi|95300 : ATGCTTTAGTCACAAAT--GG-GCG-------------------------ATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AACC----AC-----GGCGCT---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACT-GCCCCCG-TAC-GACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GAC-TGGT-GGT-AG-A--AACGT
gi|95301 : ATGCTT--GTCAAAGAT--GA----ACTCCTTGCACCAACCA-ATGG-CGATT-T--------------GGT-ACACG--A-T--A-TCCAAATCTCC----AT-TGCTTG-GCACCGATTAGAAC----ACT----TACACC---CAC-CC--A-CTCAG---------------TCACA--CTTA------ATTTAC--GCCCCCG-TAC--ACTGTCC-TTGGAT-TAAGTCA-GCGA-CCGGGC-TGGT-GGC-AG-A--
gi|95302 : ATGCCTCAGTCACATATCGGG-ACGACCCCC-GCACGAT--AGATG--CGATT-T--------------GGGAACGCGGCA-A--ACTTCAAATATCCATAAAT-TG--TC-GCA-CGAT--AGACTCCTACTAAGAGG-GTCTATCGCACT--ACCGCGGACTTCTCCCAACTCCCCACAACC-TA------A-CT--C-GCTCCCGCTAA-CGCTATCT-TT-AAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGCTTGGT-GGC-AG-A--CATAT
gi|95303 : TTAGT-ACAAAT--GG-G-GACTACCAGCACGAG--A-ATGGCCGATT-G--------------GGT-ACGC---A-A--A-TTCAAATCT-C----ATCTG--TGTGCA-CGA---AGACCA--AC-----GGCGCC---CGC-CCAAA-CGC-G---------------TCACA--C-TA------A--TACTAGCCGCCG-TAC-AACTGTCTATT-GATAGAAGTCACGTGACC--GGC-T-GT-GGC-AG-ACCCATGT
gi|95304 : TTAGTCACAAAT--GG-GTGACTCCC-GCACGAG--A-
gi|95305 : AGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCA--A-A--A-TTCAAATTTCC----AT-TG--TG-GTA-CCAT--AACC----AC-----GGCGCT---CGC-CC--A-CACGG---------------TCACA--CTTAACATGTA-TTACT-GCCGCCG-TAC-GAC--TCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGTGGGCAAA-A--CATGT
gi|95306 : CTCTC-GCACTAA--A-ATGA-CGATT-T--------------GGG-GCTCA--A-A--A-TTAAAATCTTC----AT-TG--TG-GCA-CTAT--AAAC----AC-----GCCGTC---CGC-CC--A-TGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GTCACCA-TAA-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-T--TGC-TGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95307 : CGAG--A-ATGG-TGATT-T--------------GGG-GCATG--A-A--A-TTCAAATCTTC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----GACGCC---CGC-CC--A-TGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GTCCCTG-CAC-TACTTTCT-TT-CAT-CAAGTCG-GTGA-C--AGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95308 : C-----GGCGAT---CGC-AC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACC-GCCTCCG-TAC-GACTATCT-TT-AAT-CAAATCG-GCGA-C--GGC-TGAT-GGC-AG-A--CGTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111111111111
lowQualScore : 33 2 4 22 2 2 2 22222222222222 2 22 2 22 2 4444 2 33 2 2 33 8888 77777 0 333 2 33 2 333333333333333 33 4 666666 4 2 2 66 2 2 2 2 2 22 2 2 2 4 33
lowQualScore : .. . . .. . . . .............. . .. . .. . .... . .. . . .. .... ..... . ... . .. . ............... .. . ...... . . . .. . . . . . .. . . . . ..
lowQualScore : 11 2 2 88 0 1 1 44444444444444 1 99 1 99 1 7777 4 22 4 4 22 2222 88888 1 999 2 11 2 999999999999999 11 4 444444 4 1 1 66 1 1 1 1 1 99 1 1 1 4 11
consensus : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
Reference ( family-733 ) : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95288 : ATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACACG--A-A--A-TTCATATATCC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----GGCGCC---AGC-CT--A-CGTGG---------------TCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCTTG-TAC-CTCTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95289 : cttTAATACCTTAGTCTCAAAT--GG-GCGACTCCC-GGACAAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-GCGCA--T-C--A-TTTAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-TGAT--AAAC----AC-----TGCGCC---CAC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------C-TTATT-GCCCCCG-TAC-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TAGT-CGC-AG-A--CATGT
gi|95290 : cATGCTTTAGTTGCAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-TCGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----GC-----GGCGCT---TGC-CT--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACC-GTCCCC--------TTTTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GC-----------GGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95291 : cttATGCCTGAGTCACAAAA--GG-GCGACTACC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GTA-ACACG--A-A--A-TCCAAATCCCT----GT-TG--TG-ACA-CGAT--AACA----AC-----GGTACT---CGT-CC--A-CGCGG---------------TTACA--C-TA------A-TTACT-GCCACCG-TAC-GGCTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GAC-TGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95292 : cttTAATGCCTTAGTC-CAA-T--AG-GCGAC-----GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GTG-GCGCG--A-A--A-TT-AAATC-CC----A--TA--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCA-C---CGC-CC--A-CGC-G---------------CCAAA--C-TA------A--TGCT-GCCCCCG-TAC-CAC-G--C-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGG-TTGG-GGC-AG-A--CATGT
gi|95293 : cTAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-GCGAG--A-A--A-TTCAAATTTCC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----CGCACC---CGC-CC--A-CGTGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-TGCTGTCT-TT-GAT-CAAATCG-GCGA-C--GCC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95294 : TAAAGCCTTAGTCACAAAT--GG-ACCACTCTC-GCGCGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-GCGCA--A-A--A-TTCAAATCGCC----AT-TG--TG-GCA-CGAC--AAAC----AC-----AGTGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCATG-CAA-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGG-C--GGC-TGGT-GGC-AGCG--CGTGT
gi|95295 : TATTGCCTTAGTCACAAAT--GA-GCGACTCCT-GCTCGAA--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--T-A--A-TTCAAATATAT----AT-TG--TG-GCA-TGAT--AAAC----AC-----GGCGCT---CGC-TC--A-CGCGA---------------TCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCCCG-TA------GTCT-TT-GAT-CAAGTTG-GCGA-C--GAC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95296 : TAATGCCTTGGTCACAAAT--GG-GCGAC-----GTACGAT--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--CC-GCA-CGAT--AATC----AC-----GGCGAT---TGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACT-G-CCCCG-TACGGACTATCT-TG-CGT-CAAGTCG-GCGA-T--GGC-T-GT-GGC-AGCA--CAT
gi|95297 : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-G--A-TTCAAAT
gi|95297 : T-GCCCCCG-TAC-GACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGT-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGTgcccccgtacgactgtctttgatcaagtcggcgtcggctggtggcagacatgt
gi|95298 : taatgccttagtcacaaatgggcgactcccgcacgaaaatcccgatttgggacgcgagattcaaaTAAT-CTTCAGTCACAAAT--GGCGTACCTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATTCT--------------GGG-ACGCG--AGA--A-TTCAAAGCCCT----A
gi|95299 : AATGCCTCAGTCAGAAGT--GG-GCGACTTCC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-TGTGGTGGTGGTGGTGGG-GGGGG--G-ACCA-TTTG--TCGTT----AT-TA--TG-G-A-TCTT--GCAC----AC-----GGCG-C---CGC-CT--G-CGCGG---------------TCACA--T-TA------ATTTGCC-GCCCCCA-TAT-CACTCTCG-TT-GAC-CGAAGCG-GCGA-C--TGT-AGGT-GGT-A
gi|95300 : ATGCTTTAGTCACAAAT--GG-GCG-------------------------ATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AACC----AC-----GGCGCT---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACT-GCCCCCG-TAC-GACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GAC-TGGT-GGT-AG-A--AACGT
gi|95301 : ATGCTT--GTCAAAGAT--GA----ACTCCTTGCACCAACCA-ATGG-CGATT-T--------------GGT-ACACG--A-T--A-TCCAAATCTCC----AT-TGCTTG-GCACCGATTAGAAC----ACT----TACACC---CAC-CC--A-CTCAG---------------TCACA--CTTA------ATTTAC--GCCCCCG-TAC--ACTGTCC-TTGGAT-TAAGTCA-GCGA-CCGGGC-TGGT-GGC-AG-A--
gi|95302 : ATGCCTCAGTCACATATCGGG-ACGACCCCC-GCACGAT--AGATG--CGATT-T--------------GGGAACGCGGCA-A--ACTTCAAATATCCATAAAT-TG--TC-GCA-CGAT--AGACTCCTACTAAGAGG-GTCTATCGCACT--ACCGCGGACTTCTCCCAACTCCCCACAACC-TA------A-CT--C-GCTCCCGCTAA-CGCTATCT-TT-AAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGCTTGGT-GGC-AG-A--CATAT
gi|95303 : TTAGT-ACAAAT--GG-G-GACTACCAGCACGAG--A-ATGGCCGATT-G--------------GGT-ACGC---A-A--A-TTCAAATCT-C----ATCTG--TGTGCA-CGA---AGACCA--AC-----GGCGCC---CGC-CCAAA-CGC-G---------------TCACA--C-TA------A--TACTAGCCGCCG-TAC-AACTGTCTATT-GATAGAAGTCACGTGACC--GGC-T-GT-GGC-AG-ACCCATGT
gi|95304 : TTAGTCACAAAT--GG-GTGACTCCC-GCACGAG--A-
gi|95305 : AGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCA--A-A--A-TTCAAATTTCC----AT-TG--TG-GTA-CCAT--AACC----AC-----GGCGCT---CGC-CC--A-CACGG---------------TCACA--CTTAACATGTA-TTACT-GCCGCCG-TAC-GAC--TCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGTGGGCAAA-A--CATGT
gi|95306 : CTCTC-GCACTAA--A-ATGA-CGATT-T--------------GGG-GCTCA--A-A--A-TTAAAATCTTC----AT-TG--TG-GCA-CTAT--AAAC----AC-----GCCGTC---CGC-CC--A-TGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GTCACCA-TAA-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-T--TGC-TGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95307 : CGAG--A-ATGG-TGATT-T--------------GGG-GCATG--A-A--A-TTCAAATCTTC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----GACGCC---CGC-CC--A-TGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GTCCCTG-CAC-TACTTTCT-TT-CAT-CAAGTCG-GTGA-C--AGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95308 : C-----GGCGAT---CGC-AC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACC-GCCTCCG-TAC-GACTATCT-TT-AAT-CAAATCG-GCGA-C--GGC-TGAT-GGC-AG-A--CGTGT
blockSeqs : CG C T CC G C C GTGGTGGTGGTGGT A GC G CC C ATAA C CT T C TA TCCT TAAGA TAT A AA C ACTTCTCCCAACTCC AC T ACATGT T A C GG A G A C C CG T G A C CC
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . CA T . . . . . . T . T . . C . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
finalCons : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111111111111111
lowQualScore : 33 2 4 22 2 2 2 22222222222222 2 22 2 22 2 4444 2 33 2 2 33 8888 77777 0 333 2 33 2 333333333333333 33 4 666666 4 2 2 66 2 2 2 2 2 22 2 2 2 4 33
lowQualScore : .. . . .. . . . .............. . .. . .. . .... . .. . . .. .... ..... . ... . .. . ............... .. . ...... . . . .. . . . . . .. . . . . ..
lowQualScore : 11 2 2 88 0 1 1 44444444444444 1 99 1 99 1 7777 4 22 4 4 22 2222 88888 1 999 2 11 2 999999999999999 11 4 444444 4 1 1 66 1 1 1 1 1 99 1 1 1 4 11
consensus : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
Reference ( family-733 ) : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-NACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95288 : ATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACACG--A-A--A-TTCATATATCC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----GGCGCC---AGC-CT--A-CGTGG---------------TCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCTTG-TAC-CTCTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95289 : cttTAATACCTTAGTCTCAAAT--GG-GCGACTCCC-GGACAAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-GCGCA--T-C--A-TTTAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-TGAT--AAAC----AC-----TGCGCC---CAC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------C-TTATT-GCCCCCG-TAC-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TAGT-CGC-AG-A--CATGT
gi|95290 : cATGCTTTAGTTGCAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-TCGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AAAC----GC-----GGCGCT---TGC-CT--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACC-GTCCCC--------TTTTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GC-----------GGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95291 : cttATGCCTGAGTCACAAAA--GG-GCGACTACC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GTA-ACACG--A-A--A-TCCAAATCCCT----GT-TG--TG-ACA-CGAT--AACA----AC-----GGTACT---CGT-CC--A-CGCGG---------------TTACA--C-TA------A-TTACT-GCCACCG-TAC-GGCTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GAC-TGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95292 : cttTAATGCCTTAGTC-CAA-T--AG-GCGAC-----GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GTG-GCGCG--A-A--A-TT-AAATC-CC----A--TA--TG-GCA-CGAT--AAAC----AC-----GGCA-C---CGC-CC--A-CGC-G---------------CCAAA--C-TA------A--TGCT-GCCCCCG-TAC-CAC-G--C-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGG-TTGG-GGC-AG-A--CATGT
gi|95293 : cTAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-GCGAG--A-A--A-TTCAAATTTCC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----CGCACC---CGC-CC--A-CGTGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCCCG-TAC-TGCTGTCT-TT-GAT-CAAATCG-GCGA-C--GCC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95294 : TAAAGCCTTAGTCACAAAT--GG-ACCACTCTC-GCGCGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-GCGCA--A-A--A-TTCAAATCGCC----AT-TG--TG-GCA-CGAC--AAAC----AC-----AGTGCC---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GCCCATG-CAA-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGG-C--GGC-TGGT-GGC-AGCG--CGTGT
gi|95295 : TATTGCCTTAGTCACAAAT--GA-GCGACTCCT-GCTCGAA--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--T-A--A-TTCAAATATAT----AT-TG--TG-GCA-TGAT--AAAC----AC-----GGCGCT---CGC-TC--A-CGCGA---------------TCACA--C-TA------C-TTACT-GCCCCCG-TA------GTCT-TT-GAT-CAAGTTG-GCGA-C--GAC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95296 : TAATGCCTTGGTCACAAAT--GG-GCGAC-----GTACGAT--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--CC-GCA-CGAT--AATC----AC-----GGCGAT---TGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACT-G-CCCCG-TACGGACTATCT-TG-CGT-CAAGTCG-GCGA-T--GGC-T-GT-GGC-AGCA--CAT
gi|95297 : TAATGCCTTAGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATT-T--------------GGG-ACGCG--A-G--A-TTCAAAT
gi|95297 : T-GCCCCCG-TAC-GACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGT-C--GGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGTgcccccgtacgactgtctttgatcaagtcggcgtcggctggtggcagacatgt
gi|95298 : taatgccttagtcacaaatgggcgactcccgcacgaaaatcccgatttgggacgcgagattcaaaTAAT-CTTCAGTCACAAAT--GGCGTACCTCCC-GCACGAA--A-ATCC-CGATTCT--------------GGG-ACGCG--AGA--A-TTCAAAGCCCT----A
gi|95299 : AATGCCTCAGTCAGAAGT--GG-GCGACTTCC-GCATGAG--A-ATGG-CGATT-TGTGGTGGTGGTGGTGGG-GGGGG--G-ACCA-TTTG--TCGTT----AT-TA--TG-G-A-TCTT--GCAC----AC-----GGCG-C---CGC-CT--G-CGCGG---------------TCACA--T-TA------ATTTGCC-GCCCCCA-TAT-CACTCTCG-TT-GAC-CGAAGCG-GCGA-C--TGT-AGGT-GGT-A
gi|95300 : ATGCTTTAGTCACAAAT--GG-GCG-------------------------ATT-T--------------GGG-ACGCG--A-A--A-TTCAAATCTCC----AT-TG--TG-GCA-CGAT--AACC----AC-----GGCGCT---CGC-CC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACT-GCCCCCG-TAC-GACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-ACGA-C--GAC-TGGT-GGT-AG-A--AACGT
gi|95301 : ATGCTT--GTCAAAGAT--GA----ACTCCTTGCACCAACCA-ATGG-CGATT-T--------------GGT-ACACG--A-T--A-TCCAAATCTCC----AT-TGCTTG-GCACCGATTAGAAC----ACT----TACACC---CAC-CC--A-CTCAG---------------TCACA--CTTA------ATTTAC--GCCCCCG-TAC--ACTGTCC-TTGGAT-TAAGTCA-GCGA-CCGGGC-TGGT-GGC-AG-A--
gi|95302 : ATGCCTCAGTCACATATCGGG-ACGACCCCC-GCACGAT--AGATG--CGATT-T--------------GGGAACGCGGCA-A--ACTTCAAATATCCATAAAT-TG--TC-GCA-CGAT--AGACTCCTACTAAGAGG-GTCTATCGCACT--ACCGCGGACTTCTCCCAACTCCCCACAACC-TA------A-CT--C-GCTCCCGCTAA-CGCTATCT-TT-AAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGCTTGGT-GGC-AG-A--CATAT
gi|95303 : TTAGT-ACAAAT--GG-G-GACTACCAGCACGAG--A-ATGGCCGATT-G--------------GGT-ACGC---A-A--A-TTCAAATCT-C----ATCTG--TGTGCA-CGA---AGACCA--AC-----GGCGCC---CGC-CCAAA-CGC-G---------------TCACA--C-TA------A--TACTAGCCGCCG-TAC-AACTGTCTATT-GATAGAAGTCACGTGACC--GGC-T-GT-GGC-AG-ACCCATGT
gi|95304 : TTAGTCACAAAT--GG-GTGACTCCC-GCACGAG--A-
gi|95305 : AGTCACAAAT--GG-GCGACTCCC-GCACGAG--A-ATGG-CGATT-T--------------GGG-ACGCA--A-A--A-TTCAAATTTCC----AT-TG--TG-GTA-CCAT--AACC----AC-----GGCGCT---CGC-CC--A-CACGG---------------TCACA--CTTAACATGTA-TTACT-GCCGCCG-TAC-GAC--TCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-C--GGC-TGGTGGGCAAA-A--CATGT
gi|95306 : CTCTC-GCACTAA--A-ATGA-CGATT-T--------------GGG-GCTCA--A-A--A-TTAAAATCTTC----AT-TG--TG-GCA-CTAT--AAAC----AC-----GCCGTC---CGC-CC--A-TGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GTCACCA-TAA-CACTGTCT-TT-GAT-CAAGTCG-GCGA-T--TGC-TGGT-GAC-AG-A--CATGT
gi|95307 : CGAG--A-ATGG-TGATT-T--------------GGG-GCATG--A-A--A-TTCAAATCTTC----AT-TG--TG-GCA-CAAT--AAAC----AC-----GACGCC---CGC-CC--A-TGCGG---------------TCACA--C-TA------A-TTACT-GTCCCTG-CAC-TACTTTCT-TT-CAT-CAAGTCG-GTGA-C--AGC-TGGT-GGC-AG-A--CATGT
gi|95308 : C-----GGCGAT---CGC-AC--A-CGCGG---------------TCACA--C-TA------A-CTACC-GCCTCCG-TAC-GACTATCT-TT-AAT-CAAATCG-GCGA-C--GGC-TGAT-GGC-AG-A--CGTGT