lowQualScore : 111 11 11 222222222222222222 11 111111
lowQualScore : 2 7 666 55 2 2 2 2 33 2 4 999 77 4 2 2 2 8888 2 33 77 666 666 66 555555555555555555 2 2 666 4 2 4 44 444 2 55555 2 7 55555 999999 0 4 33 2 333 4 2 4 4 2
lowQualScore : . . ... .. . . . . .. . . ... .. . . . . .... . .. .. ... ... .. .................. . . ... . . . .. ... . ..... . . ..... ...... . . .. . ... . . . . .
lowQualScore : 5 1 222 33 4 4 4 4 22 4 7 555 55 4 4 4 4 2222 4 22 55 111 111 11 333333333333333333 2 2 111 4 2 4 11 111 2 66666 2 6 66666 444444 9 4 11 2 999 7 4 7 7 5
consensus : TAA-AAAGAGC-ATGC-G-TTGC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT--CTTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-ACAA-G-TCA-T-G---CT-GG-GAGGT-GGGAA---AAAAGC-TG-----GA-AGGG-----G--T---CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
Reference ( gi|92060 ) : TAA-AAAGAGC-ATGC-C-TTGG-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT--TTTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-GTTTT----GAGCTA-ATAA-G-TCA-T-G---CT-GG-GAGGT-GAAAA---AAAAGC-TG-----GA-AGGG-----G--G---CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92062 : TAA-AAAGAGCTATGC-C-TTTG-G-ATT-T-T-----A-A-CAATT--TTTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GTC-TTTT---AAT---TTAGAGTTTT----GAGCTATATAAAG-TC--T-G---CTTGG-GAGGT-GTGAA---AAAAGC-TG-----GA-A-GG-----G--G---C-A-GGC--AG-A---GTGAAATCGGG-ACAA-GAA-TTACATGT
gi|92061 : TAA-AAAGAGCTATGC-C-TTTG-G-ATT-T-T-----A-A-CAATT--TTTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GTC-TTTT---AAT---TTAGAGTTTT----GAGCTATATAAAG-TC--T-G---CTTGG-GAGGT-GTGAA---AAAAGC-TG-----GA-A-GG-----G--G---C-A-GGC--AG-A---GTGAAATCGGG-ACAA-GAA-TTACATGT
gi|92056 : TAA-AAAGAGC-ATGC-G-TT-G-C-ATA-T-T-T--TA-A-CAACT--CTTTT--CGAATT-A-CT-T----T-C--GT--AATT---TAT---TTAG-TTTTT----TTAATA-ACAA-G-TCA-T-G---CT-GG-GA-GT-G-GAA---AAAAGC-TG-----GA-A-GG-----G--T---CGA-GGC--AG-A---AGGGAAAC-GA-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92058 : aTAA-TAAGAGT--TGC---TTGCCG-ATTGT-T-T--TATA-CAATTG-TTTTT--CGAA-T-AACC-TAT--T-A--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-ACGA-GGTCA-T-GA--CC-GG-GAGGT-GGGGA---AAAAGC-TG-----GA-A-GG-----G--T---TGA-GGC--AG-A----GGAACTC-GG-AC-AGGAA-TTA
gi|92057 : aTAA-AAAGAGC-A-GC-G-TTGCCG-ATT-AAT-T--TA-A-CAACT--CTTTT--CGAA-T-A-CTGT----T-CTAAT--TT------AT---TTAGTTTTTT----TAACTA-ACAA-G-TCA-T-----CT-GG-GA-GT-G-GAA---AAAAGC-TG-----GA-A-GG-----G--T---CGA--GC--AA-A---GGGAAA-C-GA-AC-A-GAATTTACATGT
gi|92059 : aTAACAAACAGC-ATGC-G-TTGC-G-ATT-T-T-TATTA-AACAATTCCTTTTT--CGAAAT-A-AC-CGTGAT-C--GT--TTTT---AATA--TTTT-GTTTT------------------TCA-T-G---CT-GG-GAGGT-GGGGA---AAAAGC-TG-----GATAGGG-----ATTG---CAA-GGCTAAGTA---GCGAAATC--G-AC-A-GAA-TTACAT
gi|92064 : aA-AAAGAGC-ATGC-G-TTGC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT--ATTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AA----TTAG-TTTTT----GAACTA-ACAA-G-TCA-T-G---CT-GG-G-TGT-G-GAT---AAAAGC-TG-----GA-AGGG-----G--T---TGAGGGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TAAC
gi|92063 : A-AAAGAGC-ATGC-G-TTGC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT--ATTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AA----TTAG-TTTTT----GAACTA-ACAA-G-TCA-T-G---CT-GG-GTGGT-G-GAT---AAAAGC-TG-----GA-A-GG-----G--T---TGAGGGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-
gi|92065 : A-AAACAGC-ATGC-G-TTGC-T-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT--CTTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG--TTTT------------------TTA-T-G---CT-GG-GAGGT-GGGAA---AAT-GC-TG-----GA-AGGG-----G--T---CAA-GAC--AG-AGGCGGGGAATC-GG-AC-ATAAA-TTACATGT
gi|92066 : A-AAACAGC-ATGC-G-TTGC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT--CTTAT--CGAA-T-A-CA-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTA--GTTTT------------------TCA-T-G---CT-GG-GAGGT-GGGAA---AAAAGC-TG-----GA-AGGGCCGAAG--GGGTCAA-GGC--AG-A---GCGAAATC-GG-AC-A-G
gi|92068 : A-AAACAGCTATGC-G-TTGC-G-ATT-T-TCT--TA-A-CAATT--CTTT---CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTTT--AAT---TTAG-CTTT-----------------A-TCA-TTG---CT-GG-GAGGT-GGAAA---AAA-GC-TG-----AA-AGGG-----T------CAA-GGC--AG-A---GCGAAATC-GGAAC-A-GAA-TTAC-TGT
gi|92067 : A-AAACAGC-AAAT-CGTTGC-GTATT-T-T-T--TA-AACAAAT--CTAT---CGAA-T-A-CA-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTA--GTTTT------------------TCACT-G---CT-GGAGAGGT-GGGAA---AAAAGCTTGAAGCCGA-AGGG-----G--T---CAA-GGC--AG-A----GGAAATC--G-AC-A-GAA-TTAC
gi|92069 : A-AAAGCGC-ATGC-G-TTGC-G-AGT-T-T-T--TA-A-CAATT--TTTTT--CAAT-T-A-CC-T----A-C--AA--TTCG---AAT---TTAG-TTCTT----GAACTG-ACAA-G-TTA-T-G---TC-GA-GAGGT-GGAA
gi|92070 : A-AAAGCGC-ACGC-G-TTGC-G-AGT-T-T-T--TA-A-CAATT--CTTTT--CGAA-
gi|92071 : -AAAACGC-ATGCGT-TTGC-G-ATT-T-T-C--TA-A-CAATTC-TTTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----AAACTA-ACAA-G-TCA-T-G---CT-TG-GTGGTGGAAAA---AAAAGC-TG-----GA-AGGG-----G--T---CGA-GGC---G-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92072 : -AAAGAGC-ATGC-G-TTGC-G-ATA-T-T-T--TA---CACTT--ACTTT--CGAA-TTA-CT-T----TAC--GTAATCTT---A-T---TTAG-TTTTT----AA-CTA-ACAA-GGTCA-T-T---CT-GG-GAGGT-GGAAA---AA--GC-TG-----GA-AAGG-----G--GGT-CGA-GGC--AG-A---GGGAGATC-GA-AC-A-G-A-TTACATG
gi|92073 : C-ATGC-G-TTGC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT--TTTTTTTCGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTTTTTAATCAGTTAG-TTTTTCAGTGAACTA-ACAA-G-TCA-T-GTTGCC-GG-GAGGT-GAAAAAAAAAAAGC-TG-----GA-AGGG-----G--T---CAA-GGC--AG-A---GGG
gi|92074 : ATT--CTTTT--CGAA-C-A-CC-A----T-C--GT--TTTT---TAT---TTAG-TTTTT----GAACCA-ACAA-G-TCA-T-G---CC-GG-GAGGT-GGAAA---AAAAGC-TA-----TA-AGGG-----G--T---CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92075 : --TTTT---GAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-ACAA-G-TCA-T-C---CT-GG-GAGGTGGGGAA---AAAAGC-TG-----GG-AGGG-----G--T---CGA-GGC--AG-A-----GAAG---------A-GAA-TTGCCTGT
gi|92076 : GC-TG-----GA-AGGT-----G--T---CGA-GAC--AG-A---GGGAAATC-AG-AC-A-GAA-TTAAATGT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111
lowQualScore : 2 6 33 2 4 2 2 2 2 33 2 4 4444 99 4 2 2 2 7777 2 33 77 555 666 6 22222 4 2 6 2 2 555 4 2 2 2 2 333 2 22222222 2 333 22 4 22 2 333 4 2 4 4 2
lowQualScore : . . .. . . . . . . .. . . .... .. . . . . .... . .. .. ... ... . ..... . . . . . ... . . . . . ... . ........ . ... .. . .. . ... . . . . .
lowQualScore : 4 7 11 2 4 2 2 2 2 11 2 4 0000 22 2 2 2 2 8888 2 11 11 888 666 3 44444 2 1 3 1 1 888 2 1 1 1 1 999 1 99999999 1 444 99 2 99 1 777 4 2 4 4 4
consensus : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
Reference ( family-729 ) : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92056 : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC---ATA-T-T-T--TA-A-CAACT-C--TTTT--CGAATT-A-CT-T----T-C--GT--AATT---TAT---TTAG-TTTTT----TTAATA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GA-GT---G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--CGA-GGC--AG-A---AGGGAAAC-GA-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92057 : aTAA-AAAGAGC-A---GCGTT-GCCG-ATT-AAT-T--TA-A-CAACT-C--TTTT--CGAA-T-A-CTGT----T-CTAAT--TT------AT---TTAGTTTTTT----TAACTA-AC-AA-GTCA-T-----CT-GG-GA-GT---G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--CGA--GC--AA-A---GGGAAA-C-GA-AC-A-GAATTTACATGT
gi|92058 : aTAA-TAAGAGT----TGC-TT-GCCG-ATTGT-T-T--TATA-CAATTGT--TTTT--CGAA-T-AACC-TAT--T-A--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-ACGAG-GTCA-T-GA--CC-GG-GAGGT-G-G-GGAAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--TGA-GGC--AG-A----GGAACTC-GG-AC-AGGAA-TTA
gi|92059 : aTAACAAACAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-TATTA-AACAATT-CCTTTTT--CGAAAT-A-AC-CGTGAT-C--GT--TTTT---AATAT-TTTG-TTTTT-------------------CA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GGAAA---AAGC-TG--------GATA--GGGATTGCAA-GGCTAAGTA---GCGAAATC--G-AC-A-GAA-TTACAT
gi|92060 : aTAA-AAAGAGC-A--TGCCTT-GG-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-T--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-GTTTT----GAGCTA-AT-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-A-AAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGG--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92061 : TAA-AAAGAGCTA--TGCCTT-TG-G-ATT-T-T-----A-A-CAATT-T--TTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GTC-TTTT---AAT---TTAGAGTTTT----GAGCTATAT-AAAGTC--T-G---CTTGG-GAGGT-G-T-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGC----A-GGC--AG-A---GTGAAATCGGG-ACAA-GAA-TTACATGT
gi|92062 : TAA-AAAGAGCTA--TGCCTT-TG-G-ATT-T-T-----A-A-CAATT-T--TTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GTC-TTTT---AAT---TTAGAGTTTT----GAGCTATAT-AAAGTC--T-G---CTTGG-GAGGT-G-T-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGC----A-GGC--AG-A---GTGAAATCGGG-ACAA-GAA-TTACATGT
gi|92063 : A-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-A--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AA----TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GTGGT---G-GATAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--TGAGGGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-
gi|92064 : A-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-A--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AA----TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-G----GGT-GTG-GATAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--TGAGGGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TAAC
gi|92065 : A-AAACAGC-A--TGCGTT-GC-T-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT-------------------TA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---T-GC-TG--------GA-A--GGGGT--CAA-GAC--AG-AGGCGGGGAATC-GG-AC-ATAAA-TTACATGT
gi|92066 : A-AAACAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTAT--CGAA-T-A-CA-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT-------------------CA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TGGAAGGGCCGA-A--GGGGT--CAA-GGC--AG-A---GCGAAATC-GG-AC-A-G
gi|92067 : A-AAACAGC-AAAT-CGTT-GC-GTATT-T-T-T--TA-AACAAAT-C--TAT---CGAA-T-A-CA-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT-------------------CACT-G---CT-GGAGAGGT-G-G-GAAAA---AAGCTTGAAGCC---GA-A--GGGGT--CAA-GGC--AG-A----GGAAATC--G-AC-A-GAA-TTAC
gi|92068 : A-AAACAGCTA--TGCGTT-GC-G-ATT-T-TCT--TA-A-CAATT-C--TTT---CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTTT--AAT---TTAG-CTTT------------------ATCA-TTG---CT-GG-GAGGT-G-G--AAAA---AAGC-TG--------AA-A--GGG-T--CAA-GGC--AG-A---GCGAAATC-GGAAC-A-GAA-TTAC-TGT
gi|92069 : A-AAAGCGC-A--TGCGTT-GC-G-AGT-T-T-T--TA-A-CAATT-T--TTTT--CAAT-T-A-CC-T----A-C--AA--TTCG---AAT---TTAG-TTCTT----GAACTG-AC-AA-GTTA-T-G---TC-GA-GAGGT-G-G-AA
gi|92070 : A-AAAGCGC-A--CGCGTT-GC-G-AGT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-
gi|92071 : -AAAACGC-A--TGCGTTTGC-G-ATT-T-T-C--TA-A-CAATT-C--TTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----AAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-TG-GTGGT-G-GAAAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC---G-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92072 : -AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATA-T-T-T--TA---CACTT-A--CTTT--CGAA-TTA-CT-T----TAC--GTAATCTT---A-T---TTAG-TTTTT-----AACTA-AC-AAGGTCA-T-T---CT-GG-GAGGT-G-G---AAA---AAGC-TG--------GA-AAGGGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAGATC-GA-AC-A-G-A-TTACATG
gi|92073 : C-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-T--TTTTTTCGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTTTTTAATCAGTTAG-TTTTTCAGTGAACTA-AC-AA-GTCA-T-GTTGCC-GG-GAGGT-G-A-AAAAAAAAAAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CAA-GGC--AG-A---GGG
gi|92074 : ATT-C--TTTT--CGAA-C-A-CC-A----T-C--GT--TTTT---TAT---TTAG-TTTTT----GAACCA-AC-AA-GTCA-T-G---CC-GG-GAGGT-G-G-AAAAA---AAGC-TA--------TA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92075 : --TTTT---GAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-C---CT-GG-GAGGTGG-G-GAAAA---AAGC-TG--------GG-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A-----GAAG---------A-GAA-TTGCCTGT
gi|92076 : GC-TG--------GA-A--GGTGT--CGA-GAC--AG-A---GGGAAATC-AG-AC-A-GAA-TTAAATGT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111
lowQualScore : 2 6 33 2 4 2 2 2 2 33 2 4 4444 99 4 2 2 2 7777 2 33 77 555 666 6 22222 4 2 6 2 2 555 4 2 2 2 2 333 2 22222222 2 333 22 4 22 2 333 4 2 4 4 2
lowQualScore : . . .. . . . . . . .. . . .... .. . . . . .... . .. .. ... ... . ..... . . . . . ... . . . . . ... . ........ . ... .. . .. . ... . . . . .
lowQualScore : 4 7 11 2 4 2 2 2 2 11 2 4 0000 22 2 2 2 2 8888 2 11 11 888 666 3 44444 2 1 3 1 1 888 2 1 1 1 1 999 1 99999999 1 444 99 2 99 1 777 4 2 4 4 4
consensus : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
Reference ( family-729 ) : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92056 : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC---ATA-T-T-T--TA-A-CAACT-C--TTTT--CGAATT-A-CT-T----T-C--GT--AATT---TAT---TTAG-TTTTT----TTAATA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GA-GT---G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--CGA-GGC--AG-A---AGGGAAAC-GA-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92057 : aTAA-AAAGAGC-A---GCGTT-GCCG-ATT-AAT-T--TA-A-CAACT-C--TTTT--CGAA-T-A-CTGT----T-CTAAT--TT------AT---TTAGTTTTTT----TAACTA-AC-AA-GTCA-T-----CT-GG-GA-GT---G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--CGA--GC--AA-A---GGGAAA-C-GA-AC-A-GAATTTACATGT
gi|92058 : aTAA-TAAGAGT----TGC-TT-GCCG-ATTGT-T-T--TATA-CAATTGT--TTTT--CGAA-T-AACC-TAT--T-A--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-ACGAG-GTCA-T-GA--CC-GG-GAGGT-G-G-GGAAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--TGA-GGC--AG-A----GGAACTC-GG-AC-AGGAA-TTA
gi|92059 : aTAACAAACAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-TATTA-AACAATT-CCTTTTT--CGAAAT-A-AC-CGTGAT-C--GT--TTTT---AATAT-TTTG-TTTTT-------------------CA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GGAAA---AAGC-TG--------GATA--GGGATTGCAA-GGCTAAGTA---GCGAAATC--G-AC-A-GAA-TTACAT
gi|92060 : aTAA-AAAGAGC-A--TGCCTT-GG-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-T--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-GTTTT----GAGCTA-AT-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-A-AAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGG--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92061 : TAA-AAAGAGCTA--TGCCTT-TG-G-ATT-T-T-----A-A-CAATT-T--TTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GTC-TTTT---AAT---TTAGAGTTTT----GAGCTATAT-AAAGTC--T-G---CTTGG-GAGGT-G-T-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGC----A-GGC--AG-A---GTGAAATCGGG-ACAA-GAA-TTACATGT
gi|92062 : TAA-AAAGAGCTA--TGCCTT-TG-G-ATT-T-T-----A-A-CAATT-T--TTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GTC-TTTT---AAT---TTAGAGTTTT----GAGCTATAT-AAAGTC--T-G---CTTGG-GAGGT-G-T-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGC----A-GGC--AG-A---GTGAAATCGGG-ACAA-GAA-TTACATGT
gi|92063 : A-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-A--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AA----TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GTGGT---G-GATAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--TGAGGGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-
gi|92064 : A-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-A--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AA----TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-G----GGT-GTG-GATAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--TGAGGGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TAAC
gi|92065 : A-AAACAGC-A--TGCGTT-GC-T-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT-------------------TA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---T-GC-TG--------GA-A--GGGGT--CAA-GAC--AG-AGGCGGGGAATC-GG-AC-ATAAA-TTACATGT
gi|92066 : A-AAACAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTAT--CGAA-T-A-CA-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT-------------------CA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TGGAAGGGCCGA-A--GGGGT--CAA-GGC--AG-A---GCGAAATC-GG-AC-A-G
gi|92067 : A-AAACAGC-AAAT-CGTT-GC-GTATT-T-T-T--TA-AACAAAT-C--TAT---CGAA-T-A-CA-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT-------------------CACT-G---CT-GGAGAGGT-G-G-GAAAA---AAGCTTGAAGCC---GA-A--GGGGT--CAA-GGC--AG-A----GGAAATC--G-AC-A-GAA-TTAC
gi|92068 : A-AAACAGCTA--TGCGTT-GC-G-ATT-T-TCT--TA-A-CAATT-C--TTT---CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTTT--AAT---TTAG-CTTT------------------ATCA-TTG---CT-GG-GAGGT-G-G--AAAA---AAGC-TG--------AA-A--GGG-T--CAA-GGC--AG-A---GCGAAATC-GGAAC-A-GAA-TTAC-TGT
gi|92069 : A-AAAGCGC-A--TGCGTT-GC-G-AGT-T-T-T--TA-A-CAATT-T--TTTT--CAAT-T-A-CC-T----A-C--AA--TTCG---AAT---TTAG-TTCTT----GAACTG-AC-AA-GTTA-T-G---TC-GA-GAGGT-G-G-AA
gi|92070 : A-AAAGCGC-A--CGCGTT-GC-G-AGT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-
gi|92071 : -AAAACGC-A--TGCGTTTGC-G-ATT-T-T-C--TA-A-CAATT-C--TTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----AAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-TG-GTGGT-G-GAAAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC---G-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92072 : -AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATA-T-T-T--TA---CACTT-A--CTTT--CGAA-TTA-CT-T----TAC--GTAATCTT---A-T---TTAG-TTTTT-----AACTA-AC-AAGGTCA-T-T---CT-GG-GAGGT-G-G---AAA---AAGC-TG--------GA-AAGGGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAGATC-GA-AC-A-G-A-TTACATG
gi|92073 : C-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-T--TTTTTTCGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTTTTTAATCAGTTAG-TTTTTCAGTGAACTA-AC-AA-GTCA-T-GTTGCC-GG-GAGGT-G-A-AAAAAAAAAAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CAA-GGC--AG-A---GGG
gi|92074 : ATT-C--TTTT--CGAA-C-A-CC-A----T-C--GT--TTTT---TAT---TTAG-TTTTT----GAACCA-AC-AA-GTCA-T-G---CC-GG-GAGGT-G-G-AAAAA---AAGC-TA--------TA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92075 : --TTTT---GAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-C---CT-GG-GAGGTGG-G-GAAAA---AAGC-TG--------GG-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A-----GAAG---------A-GAA-TTGCCTGT
gi|92076 : GC-TG--------GA-A--GGTGT--CGA-GAC--AG-A---GGGAAATC-AG-AC-A-GAA-TTAAATGT
blockSeqs : C T AA T C T G A C AT T A CCT TT A T A G GTGA A TA AA TTT CAG T CAGTG T G A C T TTG T A G T A AAA T GAAGGGCC T AGG TG G TA T GGC G A A G T
blockSeqs : . T . . C . . . . . . A GT T . . . . AT . . C T AT A T T . A . . A T . . . . . . AAGCC . G . G . . . G . A T .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . C T . . . . . . . C . . A G . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : G**
originalCons : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
finalCons : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-AG--GGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
Alignments
lowQualScore : 11111 11111111
lowQualScore : 2 6 33 2 4 2 2 2 2 33 2 4 4444 99 4 2 2 2 7777 2 33 77 555 666 6 22222 4 2 6 2 2 555 4 2 2 2 2 333 2 22222222 2 333 22 4 22 2 333 4 2 4 4 2
lowQualScore : . . .. . . . . . . .. . . .... .. . . . . .... . .. .. ... ... . ..... . . . . . ... . . . . . ... . ........ . ... .. . .. . ... . . . . .
lowQualScore : 4 7 11 2 4 2 2 2 2 11 2 4 0000 22 2 2 2 2 8888 2 11 11 888 666 3 44444 2 1 3 1 1 888 2 1 1 1 1 999 1 99999999 1 444 99 2 99 1 777 4 2 4 4 4
consensus : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
Reference ( family-729 ) : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92056 : TAA-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC---ATA-T-T-T--TA-A-CAACT-C--TTTT--CGAATT-A-CT-T----T-C--GT--AATT---TAT---TTAG-TTTTT----TTAATA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GA-GT---G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--CGA-GGC--AG-A---AGGGAAAC-GA-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92057 : aTAA-AAAGAGC-A---GCGTT-GCCG-ATT-AAT-T--TA-A-CAACT-C--TTTT--CGAA-T-A-CTGT----T-CTAAT--TT------AT---TTAGTTTTTT----TAACTA-AC-AA-GTCA-T-----CT-GG-GA-GT---G-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--CGA--GC--AA-A---GGGAAA-C-GA-AC-A-GAATTTACATGT
gi|92058 : aTAA-TAAGAGT----TGC-TT-GCCG-ATTGT-T-T--TATA-CAATTGT--TTTT--CGAA-T-AACC-TAT--T-A--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-ACGAG-GTCA-T-GA--CC-GG-GAGGT-G-G-GGAAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--TGA-GGC--AG-A----GGAACTC-GG-AC-AGGAA-TTA
gi|92059 : aTAACAAACAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-TATTA-AACAATT-CCTTTTT--CGAAAT-A-AC-CGTGAT-C--GT--TTTT---AATAT-TTTG-TTTTT-------------------CA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GGAAA---AAGC-TG--------GATA--GGGATTGCAA-GGCTAAGTA---GCGAAATC--G-AC-A-GAA-TTACAT
gi|92060 : aTAA-AAAGAGC-A--TGCCTT-GG-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-T--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-GTTTT----GAGCTA-AT-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-A-AAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGG--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92061 : TAA-AAAGAGCTA--TGCCTT-TG-G-ATT-T-T-----A-A-CAATT-T--TTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GTC-TTTT---AAT---TTAGAGTTTT----GAGCTATAT-AAAGTC--T-G---CTTGG-GAGGT-G-T-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGC----A-GGC--AG-A---GTGAAATCGGG-ACAA-GAA-TTACATGT
gi|92062 : TAA-AAAGAGCTA--TGCCTT-TG-G-ATT-T-T-----A-A-CAATT-T--TTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GTC-TTTT---AAT---TTAGAGTTTT----GAGCTATAT-AAAGTC--T-G---CTTGG-GAGGT-G-T-GAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGC----A-GGC--AG-A---GTGAAATCGGG-ACAA-GAA-TTACATGT
gi|92063 : A-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-A--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AA----TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-GG-GTGGT---G-GATAA---AAGC-TG--------GA-A---GGGT--TGAGGGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-
gi|92064 : A-AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-A--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AA----TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-G----GGT-GTG-GATAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--TGAGGGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TAAC
gi|92065 : A-AAACAGC-A--TGCGTT-GC-T-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT-------------------TA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---T-GC-TG--------GA-A--GGGGT--CAA-GAC--AG-AGGCGGGGAATC-GG-AC-ATAAA-TTACATGT
gi|92066 : A-AAACAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTAT--CGAA-T-A-CA-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT-------------------CA-T-G---CT-GG-GAGGT-G-G-GAAAA---AAGC-TGGAAGGGCCGA-A--GGGGT--CAA-GGC--AG-A---GCGAAATC-GG-AC-A-G
gi|92067 : A-AAACAGC-AAAT-CGTT-GC-GTATT-T-T-T--TA-AACAAAT-C--TAT---CGAA-T-A-CA-T----T-C--GT--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT-------------------CACT-G---CT-GGAGAGGT-G-G-GAAAA---AAGCTTGAAGCC---GA-A--GGGGT--CAA-GGC--AG-A----GGAAATC--G-AC-A-GAA-TTAC
gi|92068 : A-AAACAGCTA--TGCGTT-GC-G-ATT-T-TCT--TA-A-CAATT-C--TTT---CGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTTT--AAT---TTAG-CTTT------------------ATCA-TTG---CT-GG-GAGGT-G-G--AAAA---AAGC-TG--------AA-A--GGG-T--CAA-GGC--AG-A---GCGAAATC-GGAAC-A-GAA-TTAC-TGT
gi|92069 : A-AAAGCGC-A--TGCGTT-GC-G-AGT-T-T-T--TA-A-CAATT-T--TTTT--CAAT-T-A-CC-T----A-C--AA--TTCG---AAT---TTAG-TTCTT----GAACTG-AC-AA-GTTA-T-G---TC-GA-GAGGT-G-G-AA
gi|92070 : A-AAAGCGC-A--CGCGTT-GC-G-AGT-T-T-T--TA-A-CAATT-C--TTTT--CGAA-
gi|92071 : -AAAACGC-A--TGCGTTTGC-G-ATT-T-T-C--TA-A-CAATT-C--TTTTT-CGAA-T-A-CC-T----T-C--GC--TTTT---AAT---TTAG-TTTTT----AAACTA-AC-AA-GTCA-T-G---CT-TG-GTGGT-G-GAAAAAA---AAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CGA-GGC---G-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92072 : -AAAGAGC-A--TGCGTT-GC-G-ATA-T-T-T--TA---CACTT-A--CTTT--CGAA-TTA-CT-T----TAC--GTAATCTT---A-T---TTAG-TTTTT-----AACTA-AC-AAGGTCA-T-T---CT-GG-GAGGT-G-G---AAA---AAGC-TG--------GA-AAGGGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAGATC-GA-AC-A-G-A-TTACATG
gi|92073 : C-A--TGCGTT-GC-G-ATT-T-T-T--TA-A-CAATT-T--TTTTTTCGAA-T-A-CC-T----T-C--GT--TTTTTTTAATCAGTTAG-TTTTTCAGTGAACTA-AC-AA-GTCA-T-GTTGCC-GG-GAGGT-G-A-AAAAAAAAAAGC-TG--------GA-A--GGGGT--CAA-GGC--AG-A---GGG
gi|92074 : ATT-C--TTTT--CGAA-C-A-CC-A----T-C--GT--TTTT---TAT---TTAG-TTTTT----GAACCA-AC-AA-GTCA-T-G---CC-GG-GAGGT-G-G-AAAAA---AAGC-TA--------TA-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A---GGGAAATC-GG-AC-A-GAA-TTACATGT
gi|92075 : --TTTT---GAT---TTAG-TTTTT----GAACTA-AC-AA-GTCA-T-C---CT-GG-GAGGTGG-G-GAAAA---AAGC-TG--------GG-A--GGGGT--CGA-GGC--AG-A-----GAAG---------A-GAA-TTGCCTGT
gi|92076 : GC-TG--------GA-A--GGTGT--CGA-GAC--AG-A---GGGAAATC-AG-AC-A-GAA-TTAAATGT