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Reference ( gi|107239 )       : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CT---C-----ACA-A-G--C-TC---T--TG-TGTT--T-T---T-ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GAT-----GAAA----TTCTA-CC----ATC--AGAATCA
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Reference ( family-724 )      : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TTT----TACC----ATC--AGAATCA
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Reference ( family-724 )      : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TTT----TACC----ATC--AGAATCA
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gi|107258                     :      -ATTATCATTG-AATA-TTGCCGTCTGTT-TTC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---TGATGT-GTTGGTGT-T---ATTCCTGG-AAAGAT-TCAATGATGAAA----TTT----TACC----ATCGAGGAATTA
gi|107259                     :                 -AA-A-T--TCG-CT-TT-ATT--CTC-----ACA-G-G--C-TC---TAACGT--TT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TGT----TAAC----ATT--AGAATCA


blockSeqs                     :      T   A      G  T T TG   G  G  TA  CG   TGACC   T T GG C  AGA GA   T   GG G G TGT        C      A  AAT       AAAT   AAAA    ATAT   GA
blockSeqs                     :      T   .      .  . A .    T  .  A   .    TAC     . . .  .  A   AA   .   .  . . A          .      .  A         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . A          .      .  G         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  T   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  G         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  G         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  A         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  A         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  T   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  G         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  T   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  G         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  A         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  A         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  T         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  G         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  A         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  A         .      .       .      . 
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  T   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  G         .      .                
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  A   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .  .         .                       
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  .   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .                                    
blockSeqs                     :      .   .      .  . . .    .  .  .   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .      .                                    
blockSeqs                     :                 .  . . .    .  .  .   .    .       . . .  .  .   .    .   .  . . .          .                                           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TTT----TACC----ATC--AGAATCA
finalCons                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TTT----TACC----ATC--AGAATCA





Alignments
lowQualScore                  :      4   2      1  1 3 22   3  1  44  22   88888   1 1 22 1  555 55   1   22 1 1 777        1      2  444       4444   5555    5555   33       
lowQualScore                  :      .   .      .  . . ..   .  .  ..  ..   .....   . . .. .  ... ..   .   .. . . ...        .      .  ...       ....   ....    ....   ..       
lowQualScore                  :      0   0      9  9 8 66   8  9  99  66   11111   9 9 66 9  222 22   9   66 9 9 111        9      0  333       7777   0000    3333   44       
consensus                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TTT----TACC----ATC--AGAATCA
Reference ( family-724 )      : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TTT----TACC----ATC--AGAATCA
gi|107239                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TTC----TACC----ATC--AGAATCA
gi|107240                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-TA--ATTCCTGG-ACAGAT-TCA--GATAAAA----TTT----TACC----ATC--AGAATCA
gi|107241                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-AGC--CTC-----ACA-A-G--C-CC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TTT----TACA----ATC--AGAATCA
gi|107242                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CTG-CT-TT-TCC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----ATT----TATC----ATC--AGAATCA
gi|107243                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTT-----ACG-A-G--C-GC---T--CAT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAAAT-TCG--GATGAAA----TTT----TACC----ATT--AAAATCA
gi|107244                     : TATATTATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTCTGACCACA-A-GGGC-TC---T--TGT-GTT--T-TGT---ATTCCTGG-ACAGAT-TCA--GATGAAA----TTT----TACC----ATC--AGAATCA
gi|107245                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATT--CTT-----ACG-A-G--C-TC---T--CGT-GTT--T-T-T---GTTCCTGG-GCAGAT-TCA--GATGAAA----TTT----TACCATATATT--AGAATCA
gi|107246                     : TATAT-ATT-ACATTG-GA-A-T--CTG-CT-TT-TTC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-A-T---ATTCCTGG-ACAAAT-TCG--GGTGAAA----TTT----TACT----ATT--AGAATC
gi|107247                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--TCG-CT-TT-TTC--CTA-----ACA-G-G--CCTC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TC---GATGAAAAAATTTT----TACC----ATC--AGAATCA
gi|107248                     : TATAT-ATT-TCAATG-AA-A-T--TTG-CT-TT-ATC--CTC-----ACATATG--C-TC---T----T-GCT--T-T-T---ATTTCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TTC----TACC----ATT--AGAATCA
gi|107249                     : TGTAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CTG-CT-TTTATC--CTC-----ACA-A-G--T-TC---T--TGT---T--T-T-T---ATTCCTGT-ACAGAT-TCA--GATGAAA----
gi|107250                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CTG-CT-TT--TT--CTC-----ACA-A-G--C-TC---T--TGT-GTT--T-T-T---ATCGCTGG-AC
gi|107251                     : TATATTATT-TCATTGGAA-A-T--CCG-CC-TT--TT--CTC-----ACA-A----C-TCA--T--TG--GTT--T-T-T---ATTCCAGA-GCAAAT-TCA--GATGAAA----TTT----T
gi|107252                     : TATAT-ATT-TCATTG-AA-ATT--CCG-CT-TT--TCCGCTC-----ACA-A-G--C--C---T--TGT-G-T--T-T-T---ATTCCAGG-A-AAAT-TCT--GAT---A----TTTAAAAAACC----ATT--AG-ATCAtaactcatacgatca
gi|107253                     :  ATAT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-CT-TT-ATC--CTT-----ATG-A-G--C-TC---T--CGT-GTT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-T
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gi|107255                     :    AT-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCGGCT-TT-ATC--CTT-----ACG-A-G--C-TC---T--CGT-GTT--C-T-TA--ATTCCTGGCACAGAT-T-A--GATGAAA----TTT----TAAC----ATT--AGAATCA
gi|107256                     :     T-ATT-TCATTG-AA-AAT--CCG-CT-TT-ATC--CTCTAC--ACA-A-G--C-TC---T--TGTTGTT--C-T-TTGTATTCCTGG-ACAGG---CA--GATGAAA----TTT----TACC----ATC---GAATCA
gi|107257                     :     T-ATT-TCATTG-AA-A-T--CCG-AT-TT-ATC--CTC-----ATA-A-G--T-TC---T--TGC-GTT--T-T-T---ATTCCTGA-ACAGAT-
gi|107258                     :      -ATTATCATTG-AATA-TTGCCGTCTGTT-TTC--CTC-----ACA-A-G--C-TC---TGATGT-GTTGGTGT-T---ATTCCTGG-AAAGAT-TCAATGATGAAA----TTT----TACC----ATCGAGGAATTA
gi|107259                     :                 -AA-A-T--TCG-CT-TT-ATT--CTC-----ACA-G-G--C-TC---TAACGT--TT--T-T-T---ATTCCTGG-ACAGAT-TCG--GATGAAA----TGT----TAAC----ATT--AGAATCA