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lowQualScore                  :     2   666 1  44  44444   1  1 5 1 22 3333333333333 1        44  22  1  3 3   2    4 9999 2  2   44 2   3333      3  2    2  88  1111         
lowQualScore                  :     .   ... .  ..  .....   .  . . . .. ............. .        ..  ..  .  . .   .    . .... .  .   .. .   ....      .  .    .  ..  ....         
lowQualScore                  :     1   222 9  55  88888   9  9 7 5 66 1111111111111 9        55  66  9  8 7   0    0 2222 0  0   88 0   9999      2  1    1  11  7777         
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Reference ( gi|107208 )       : TACG-TTT---A-CT--CC-----CGT-AT-A-GCT--A----G--------G-TTTTAGTA--GG--TT-TG-AGCCA-AGGT-C--T-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGA-TA-ATTA-CG--TT--A-TCCTACGTA
gi|107209                     : TACG-TTT---A-CT--CC------GT-AT-A-GCT--A----G--------G-TTTTAGTA--GG--TT-TGAAGCCA-AGGT-C--T-A-CT-ACGTTT-TTT--C-CCACGA-TATATTA-CG--TT--A-TCCTACGT
gi|107210                     : TACG-TTT---A-CT--CC-----CGT-AT-A-GCT--A----G--------G-TTTTAGTA--GG--TT-TA-AACCA-AGGT-C--C-A-AT-ACG--T-TTC--C-CCTCGATTA-ATTA-CGT-TT--A-CCCTACGTA
gi|107211                     : TACC-TTT---A-CT--CC-----CGT-AT-A-GGT--A----A--------G-TTTTA-TA--GG--TT-TG-AA-CA-AGGT-C--C-A-CT-ACG--T-CTT--A-CCACGATTA-ATTA-CG--TT--T-TCCTACGTA
gi|107218                     : TACG-TT----A-CT--CC-----CG--AT-AAGCT--A----G--------G-TTTTAGTA--TG--TT-TG-AGCCA-AGGT----T-A-TA-ACG--T-TTG--C-CCACGA-TA-ATGA-CG---T--A-TCCTACGTA
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gi|107217                     : TACT-TCT---A-CTT-CC-----CGT-AT-A--TT--A----A--------G-TTTTAGTA--GG--TT-GG-AAC-A-AGTT-C----G-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGT-TA-ATTA-CG--TT--T-TCCTAatgtttt
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gi|107224                     :  ACG-TTT---A-CT--CC-----CGT-AT-A-GTT--A----G--------G-TTTTAATA--GG--TT-TG-A
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gi|107227                     :     -TTT---A-CT--CC-----CGA-AT-A-GTT--A----A--------G-TTTTAGTA--GG--TT-TG-AACCA-AGGC-T--C-A-CT-ACA--T-CTT--C-CCACGATTT-ATTA-TGT-TT--A-TCCTACGTA
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Alignments
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lowQualScore                  :     .   ... .  ..  .....  . . .  .  .. .. .......... .    .    ..  ..  .  .  .   .    . .. . .  .   .. .   .. .            . .  ..  ..         
lowQualScore                  :     0   000 8  33  55555  6 8 8  8  55 55 8888888888 8    8    33  55  8  8  9   9    8 66 9 9  9   55 9   66 9            0 0  44  55         
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Reference ( family-718 )      : TACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGGT-C--C-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG-TTT-NTCCTACGTA
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gi|107224                     :  ACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-G--------G-TTTT-AATA--GG--TT-TG-Ataaaaacgctgttacgt
gi|107225                     :   CG-TTT---A-CT--CC-----CG-TTA-TA-GC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AG-CCA-AGGT-C--T-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG--TT-ATCCTACGTA
gi|107226                     :   CG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-TC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-GG-AT-CCA-AGGT-G--T-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG--TT-ATCCTACGCA
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Alignments
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lowQualScore                  :     .   ... .  ..  .....  . . .  .  .. .. .......... .    .    ..  ..  .  .  .   .    . .. . .  .   .. .   .. .            . .  ..  ..         
lowQualScore                  :     0   000 8  33  55555  6 8 8  8  55 55 8888888888 8    8    33  55  8  8  9   9    8 66 9 9  9   55 9   66 9            0 0  44  55         
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Reference ( family-718 )      : TACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGGT-C--C-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG-TTT-NTCCTACGTA
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gi|107217                     : TACT-TCT---A-CTT-CC-----CG-T-A-TA--T--T--A-A--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-GG-AA-C---AAGT-T--C-G-CT-ACG--T-TTT--C-CCACG-TTAATT-A-CG-TTT--TCCTA
gi|107218                     : TACG-TT----A-CT--CC-----CGAT-A--A-GC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--TG--TT-TG-AG-CCA-AGGT----T-A-TA-ACG--T-TTG--C-CCACGA-TAATG-A-CG---T-ATCCTACGTA
gi|107219                     : TACGCTTT---A-CG--CC-----CG-T-A-TA-GT--TTTATA--------G-TTTT-TTTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGAT-C--C-A-CT-ACG--T-CTT--C-ACA-GATTAATT-AGCGTTTT-TTCCTACGTA
gi|107220                     : TACC-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-A--------GTTTTT-AGGA--AG--TT-TG-AA-CCA---TT-C--C-A-CTGACG--T-TTT----CCACG-T--ATT-A-CG-TTT-T--CTACGTA
gi|107221                     : TACA-TGT---A-CTACTC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-A--------T-TTTTTAGTA--GA---T-TG-AA-CCA-AGGTGC--C-A-CT-ACG--TCCTT--C-CCATGATT-TTT-A-CG-TTT-TTCCTACGTA
gi|107222                     :  ACG-TTT---G-CT--CCGTATACA-T-G-TA-GT--T--A-GTATATAAGG-TTTT-AGTC--G---TT-TG-AA-CCA-AGGTAC--T-A-CT-ATA----TTT--C-CCACCATTAATT-A-CG-TTTAATCCT-CGTA
gi|107223                     :  ACG-TTTTAAA-CT--CC-----CG-T-A-TATGC--T--C-G--------G-TTTT--GTAA-GG--TT-TG-AG-CCA-AGGT-C--C-A-CT-AAG--T-TCT--CTCCACGTTT
gi|107224                     :  ACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-G--------G-TTTT-AATA--GG--TT-TG-Ataaaaacgctgttacgt
gi|107225                     :   CG-TTT---A-CT--CC-----CG-TTA-TA-GC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AG-CCA-AGGT-C--T-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG--TT-ATCCTACGTA
gi|107226                     :   CG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-TC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-GG-AT-CCA-AGGT-G--T-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG--TT-ATCCTACGCA
gi|107227                     :     -TTT---A-CT--CC-----CG-A-A-TA-GT--T--A-A--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGGC-T--C-A-CT-ACA--T-CTT--C-CCACGATTTATT-A-TG-TTT-ATCCTACGTA
gi|107228                     :       TT---ATCT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-A--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CC--AGGT-C--C-A-CT-ATGA-T-ACT--A-CCACGATTAA-T-A-CG-TTT--TCC
gi|107229                     :             -CT--CC-----CG-T-A-TG-ATATT--AAG--------G-TCTT-AGTAAAGG--TGGTG-AA-C-A-AGGT-CAGC-AGCT-ACG--G-TCT--T-CCACGATTAATT-A-CG-GTT-


blockSeqs                     :     C   TAA T  AC  GTATA  A T T  T  AT TT GTATATAAG  T    T    AA  GT  G  T  G   C    G AG G G  G   TT C   GG T            A G  TT  AT
blockSeqs                     :     .   TA  .  T   .      A . .  .  .  .  TA         .    .    A   .   .  .  .   .    A .  . .  .   A  .   .  .            . .  TT  AA
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  AG         .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   A 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  G          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   A 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  G          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   T 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  A          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   T 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  A          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   T 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  A          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   A 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  A          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   T 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  G          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   T 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  A          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   T 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  G          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   A 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  A          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   A 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  A          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  T   A 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  G          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  G   . 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  G          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  .   . 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  G          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  .   . 
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  G          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  .     
blockSeqs                     :     .   .   .  .   .      . . .  .  .  .  A          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .            . .  .     
blockSeqs                     :         .   .  .   .      . . .  .  .  .  A          .    .    .   .   .  .  .   .    . .  . .  .   .  .   .  .                       
blockSeqs                     :             .  .   .      . . .  .  .  .  .          .    .    .   .   .  .                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                 T*
originalCons                  : TACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGGT-C--C-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG-TTT-NTCCTACGTA
finalCons                     : TACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGGT-C--C-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CGT-TT-NTCCTACGTA





Alignments
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lowQualScore                  :     2   666 1  44  44444  3 1 1  1  22 22 9999999999 1    1    44  22  1  1  1   1    3 22 1 1  1   44 1   22 1            2 2  88  11         
lowQualScore                  :     .   ... .  ..  .....  . . .  .  .. .. .......... .    .    ..  ..  .  .  .   .    . .. . .  .   .. .   .. .            . .  ..  ..         
lowQualScore                  :     0   000 8  33  55555  6 8 8  8  55 55 8888888888 8    8    33  55  8  8  9   9    8 66 9 9  9   55 9   66 9            0 0  44  55         
consensus                     : TACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGGT-C--C-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG-TTT-NTCCTACGTA
Reference ( family-718 )      : TACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGGT-C--C-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG-TTT-NTCCTACGTA
gi|107208                     : TACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AG-CCA-AGGT-C--T-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGA-TAATT-A-CG--TT-ATCCTACGTA
gi|107209                     : TACG-TTT---A-CT--CC------G-T-A-TA-GC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AAGCCA-AGGT-C--T-A-CT-ACGTTT-TTT--C-CCACGATATATT-A-CG--TT-ATCCTACGT
gi|107210                     : TACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TA-AA-CCA-AGGT-C--C-A-AT-ACG--T-TTC--C-CCTCGATTAATT-A-CG-TTT-ACCCTACGTA
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gi|107214                     : TACC-TTT---A-CT--CC-----CGAT-A--A-GT--T--A-A--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CCA-A-GT-C--C-A-CT-ACG--T-CTT--C-CCACGATTAATTAA-TG-TTT-
gi|107215                     : TACG-TTTTA-A-CT--CC-----CG-T-ATTA-GT--T--A----------A-TTTG-AGTA--GG--TT-TGTAA-CCA-AGGT-C--CGA-CT-ACG--C-TTTGGT-CCACGA-TAATT-A-CG-TTTATTCCTACGTAt
gi|107216                     : TACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-CA-GC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-T--CT-CTACACAT-C--A-G-CT-ACG--T-TT-----------TTAA-T-A-CG-TAT-TT-CTACGTA
gi|107217                     : TACT-TCT---A-CTT-CC-----CG-T-A-TA--T--T--A-A--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-GG-AA-C---AAGT-T--C-G-CT-ACG--T-TTT--C-CCACG-TTAATT-A-CG-TTT--TCCTA
gi|107218                     : TACG-TT----A-CT--CC-----CGAT-A--A-GC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--TG--TT-TG-AG-CCA-AGGT----T-A-TA-ACG--T-TTG--C-CCACGA-TAATG-A-CG---T-ATCCTACGTA
gi|107219                     : TACGCTTT---A-CG--CC-----CG-T-A-TA-GT--TTTATA--------G-TTTT-TTTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGAT-C--C-A-CT-ACG--T-CTT--C-ACA-GATTAATT-AGCGTTTT-TTCCTACGTA
gi|107220                     : TACC-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-A--------GTTTTT-AGGA--AG--TT-TG-AA-CCA---TT-C--C-A-CTGACG--T-TTT----CCACG-T--ATT-A-CG-TTT-T--CTACGTA
gi|107221                     : TACA-TGT---A-CTACTC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-A--------T-TTTTTAGTA--GA---T-TG-AA-CCA-AGGTGC--C-A-CT-ACG--TCCTT--C-CCATGATT-TTT-A-CG-TTT-TTCCTACGTA
gi|107222                     :  ACG-TTT---G-CT--CCGTATACA-T-G-TA-GT--T--A-GTATATAAGG-TTTT-AGTC--G---TT-TG-AA-CCA-AGGTAC--T-A-CT-ATA----TTT--C-CCACCATTAATT-A-CG-TTTAATCCT-CGTA
gi|107223                     :  ACG-TTTTAAA-CT--CC-----CG-T-A-TATGC--T--C-G--------G-TTTT--GTAA-GG--TT-TG-AG-CCA-AGGT-C--C-A-CT-AAG--T-TCT--CTCCACGTTT
gi|107224                     :  ACG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-G--------G-TTTT-AATA--GG--TT-TG-Ataaaaacgctgttacgt
gi|107225                     :   CG-TTT---A-CT--CC-----CG-TTA-TA-GC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AG-CCA-AGGT-C--T-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG--TT-ATCCTACGTA
gi|107226                     :   CG-TTT---A-CT--CC-----CG-T-A-TA-TC--T--A-G--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-GG-AT-CCA-AGGT-G--T-A-CT-ACG--T-TTT--C-CCACGATTAATT-A-CG--TT-ATCCTACGCA
gi|107227                     :     -TTT---A-CT--CC-----CG-A-A-TA-GT--T--A-A--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CCA-AGGC-T--C-A-CT-ACA--T-CTT--C-CCACGATTTATT-A-TG-TTT-ATCCTACGTA
gi|107228                     :       TT---ATCT--CC-----CG-T-A-TA-GT--T--A-A--------G-TTTT-AGTA--GG--TT-TG-AA-CC--AGGT-C--C-A-CT-ATGA-T-ACT--A-CCACGATTAA-T-A-CG-TTT--TCC
gi|107229                     :             -CT--CC-----CG-T-A-TG-ATATT--AAG--------G-TCTT-AGTAAAGG--TGGTG-AA-C-A-AGGT-CAGC-AGCT-ACG--G-TCT--T-CCACGATTAATT-A-CG-GTT-