lowQualScore : 11
lowQualScore : 55 2 333 888 4444 1 1 3 2 1 1 2 4444
lowQualScore : .. . ... ... .... . . . . . . . ....
lowQualScore : 33 0 555 000 0000 9 9 8 0 9 9 0 7777
consensus : AATTTC-GTGGTT-TT---G--ACTCT----AA-TAATGA-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
Reference ( gi|8029 ) : AATTTG-GTGGTT-TT---G--GCTCT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8033 : AATTTC-GTGTTT-TT---T--AATCT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-TTTCATTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8034 : AATTTC-GTGGTT-TT---G--ACTCA----AA-TAATGA-A-TTTGTTAACATTAAT-GTTCGTTGATT-TATATA----TTCATT
gi|8031 : AATTTC-GTGGTT-TT---G--ACTCT----AA-CAATGA-A-TTCACTGAAACTAAT-TTTTGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8032 : AAGTTT-GTGGTT-TT---G--ACTCT----AA-TAATGA-A-ATCATTGACAATAAT-TTACGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8035 : AATTTC-ATGGTT-TT---G--ACTCT----AA-TAATGA-A-TGAATTGACATCAAT-TTCTGTTGATT-TATA-A----TTCATCT
gi|8036 : AATTTC-ATGGTT-TC---G--ACTCT----AA-TAATGT-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TACA-
gi|8030 : AATTTT-GTGGTT-TT---G--ACTCT----AA-TAATAA-A-TTTGTTGG-ATCAAT-CTTTGTTGATT-TATA-A----TTAATTT
gi|8037 : AATTTT-GTGGTT-TT---G--ACTCT----AA-AAATGA-A-TTGATCGACATTAAT-TTTCGTAGATT-TAAA-A----TCCATTT
gi|8039 : AATTTC-GTGGTT-TT---G--ACTCT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGAAATTAAT-TTTCG----TT-TACA-ATATTTTCATTT
gi|8040 : AATTTC-GTGGTT-TT---A--ATTCT----TA-TAATTA-A-TTTGTCGACAATGAT-TTTCGTTGATT-CATA-A----TTCATTT
gi|8038 : AATTTT-ATGGTT-TTTAAA--ACTCT----AA-TAATGA-AATTCATTGACATTAAT-ATTTGTTGATT-TATG-A----TTCATTT
gi|8042 : AATTTC-GTAGTA-TT---G--ACTAT----AAATAGTGA-A-TTTGTTGGCTTTAAT-TTTCGTTGATT-TAAA-A----TTCAT
gi|8041 : AATTTT-GTAATT-TT---G--ACTCT----TA-TATTGA-A-TTCGTTGACATTGAT-TTTCGTTGATTATATA-
gi|8043 : AATTTC-GTGCTT-TT---G--ACTCT----AT-TAATGA-T-TTCGTCAAAATTAAT-TTTCGTTCATT-TACA-A----TTAATTT
gi|8045 : AATTTA-GTTGTT-TT---G--ACTAT----TA-TAATGA-A-TTCAATGACATTAAT-TT---TTGATT-TTTA-A----CTCATTT
gi|8046 : AATTTC-GTGTTT-TT---GAAGTT-------A-TAATAA-A-TTCGTTAACTTTGAT-TTTCGTTGACT-TATT-A----TTCATTT
gi|8047 : AATTTT-GTGGTTATT---G--ACTCT----AA-TAATGATA-TTC-TTAA-ATTAATCTTTCATCGATT-TA
gi|8049 : TTTC-GTGGTT-TT---G--AATCT----AA-TAATGA-AATTCATTGACTTTAAT-TTTCATTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8050 : TTTC-GTGGTT-TT---G--AAACT----AA-TAACGA-A-TTCGTTGTCATAAAT-GTTCGTTGATG-TACA-A----TTCATT
gi|8048 : TTGTGTGGTT-TG---G--AATCTTCTTAA-TAATGA-A-TTCGTTGACATGAAT-TTTCGTTGATT-TTTT-A----TTCATTT
gi|8044 : aCT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-GTTCGTTGATT-TTTG-A----TTCATTT
Alignments
lowQualScore : 1 333 44444 8888888888 3333 1 1 3 1 1 1 4444
lowQualScore : . ... ..... .......... .... . . . . . . ....
lowQualScore : 8 222 55555 0000000000 9999 8 8 6 8 8 9 5555
consensus : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
Reference ( family-716 ) : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8029 : AATTTGGTGGTT-TT---GG-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8030 : AATTTTGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATAA-A-TTTGTTGG-ATCAAT-CTTTGTTGATT-TATA-A----TTAATTT
gi|8031 : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-CAATGA-A-TTCACTGAAACTAAT-TTTTGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8032 : AAGTTTGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-ATCATTGACAATAAT-TTACGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8033 : AATTTCGTGTTT-TT---TA-----AT----------CT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-TTTCATTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8034 : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CA----AA-TAATGA-A-TTTGTTAACATTAAT-GTTCGTTGATT-TATATA----TTCATT
gi|8035 : AATTTCATGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TGAATTGACATCAAT-TTCTGTTGATT-TATA-A----TTCATCT
gi|8036 : AATTTCATGGTT-TC---GA-----CT----------CT----AA-TAATGT-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TACA-
gi|8037 : AATTTTGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-AAATGA-A-TTGATCGACATTAAT-TTTCGTAGATT-TAAA-A----TCCATTT
gi|8038 : AATTTTATGGTT-TTTAAAA-----CT----------CT----AA-TAATGA-AATTCATTGACATTAAT-ATTTGTTGATT-TATG-A----TTCATTT
gi|8039 : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGAAATTAAT-TTTCG----TT-TACA-ATATTTTCATTT
gi|8040 : AATTTCGTGGTT-TT---AA-----TT----------CT----TA-TAATTA-A-TTTGTCGACAATGAT-TTTCGTTGATT-CATA-A----TTCATTT
gi|8041 : AATTTTGTAATT-TT---GA-----CT----------CT----TA-TATTGA-A-TTCGTTGACATTGAT-TTTCGTTGATTATATA-
gi|8042 : AATTTCGTAGTA-TT---GA-----CT----------AT----AAATAGTGA-A-TTTGTTGGCTTTAAT-TTTCGTTGATT-TAAA-A----TTCAT
gi|8043 : AATTTCGTGCTT-TT---GA-----CT----------CT----AT-TAATGA-T-TTCGTCAAAATTAAT-TTTCGTTCATT-TACA-A----TTAATTT
gi|8044 : AATTTCGTTGTT-TT---GAATCTACTGGCAATTATACT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-GTTCGTTGATT-TTTG-A----TTCATTT
gi|8045 : AATTTAGTTGTT-TT---GA-----CT----------AT----TA-TAATGA-A-TTCAATGACATTAAT-TT---TTGATT-TTTA-A----CTCATTT
gi|8046 : AATTTCGTGTTT-TT---GA-----AG----------TT----A--TAATAA-A-TTCGTTAACTTTGAT-TTTCGTTGACT-TATT-A----TTCATTT
gi|8047 : AATTTTGTGGTTATT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGATA-TTC-TTAA-ATTAATCTTTCATCGATT-TA
gi|8048 : ATTGTGTGGTT-TG---GA-----AT----------CTTCTTAA-TAATGA-A-TTCGTTGACATGAAT-TTTCGTTGATT-TTTT-A----TTCATTT
gi|8049 : TTTCGTGGTT-TT---GA-----AT----------CT----AA-TAATGA-AATTCATTGACTTTAAT-TTTCATTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8050 : TTTCGTGGTT-TT---GA-----AA----------CT----AA-TAACGA-A-TTCGTTGTCATAAAT-GTTCGTTGATG-TACA-A----TTCATT
Alignments
lowQualScore : 1 333 44444 8888888888 3333 1 1 3 1 1 1 4444
lowQualScore : . ... ..... .......... .... . . . . . . ....
lowQualScore : 8 222 55555 0000000000 9999 8 8 6 8 8 9 5555
consensus : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
Reference ( family-716 ) : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8029 : AATTTGGTGGTT-TT---GG-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8030 : AATTTTGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATAA-A-TTTGTTGG-ATCAAT-CTTTGTTGATT-TATA-A----TTAATTT
gi|8031 : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-CAATGA-A-TTCACTGAAACTAAT-TTTTGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8032 : AAGTTTGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-ATCATTGACAATAAT-TTACGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8033 : AATTTCGTGTTT-TT---TA-----AT----------CT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-TTTCATTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8034 : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CA----AA-TAATGA-A-TTTGTTAACATTAAT-GTTCGTTGATT-TATATA----TTCATT
gi|8035 : AATTTCATGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TGAATTGACATCAAT-TTCTGTTGATT-TATA-A----TTCATCT
gi|8036 : AATTTCATGGTT-TC---GA-----CT----------CT----AA-TAATGT-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TACA-
gi|8037 : AATTTTGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-AAATGA-A-TTGATCGACATTAAT-TTTCGTAGATT-TAAA-A----TCCATTT
gi|8038 : AATTTTATGGTT-TTTAAAA-----CT----------CT----AA-TAATGA-AATTCATTGACATTAAT-ATTTGTTGATT-TATG-A----TTCATTT
gi|8039 : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGAAATTAAT-TTTCG----TT-TACA-ATATTTTCATTT
gi|8040 : AATTTCGTGGTT-TT---AA-----TT----------CT----TA-TAATTA-A-TTTGTCGACAATGAT-TTTCGTTGATT-CATA-A----TTCATTT
gi|8041 : AATTTTGTAATT-TT---GA-----CT----------CT----TA-TATTGA-A-TTCGTTGACATTGAT-TTTCGTTGATTATATA-
gi|8042 : AATTTCGTAGTA-TT---GA-----CT----------AT----AAATAGTGA-A-TTTGTTGGCTTTAAT-TTTCGTTGATT-TAAA-A----TTCAT
gi|8043 : AATTTCGTGCTT-TT---GA-----CT----------CT----AT-TAATGA-T-TTCGTCAAAATTAAT-TTTCGTTCATT-TACA-A----TTAATTT
gi|8044 : AATTTCGTTGTT-TT---GAATCTACTGGCAATTATACT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-GTTCGTTGATT-TTTG-A----TTCATTT
gi|8045 : AATTTAGTTGTT-TT---GA-----CT----------AT----TA-TAATGA-A-TTCAATGACATTAAT-TT---TTGATT-TTTA-A----CTCATTT
gi|8046 : AATTTCGTGTTT-TT---GA-----AG----------TT----A--TAATAA-A-TTCGTTAACTTTGAT-TTTCGTTGACT-TATT-A----TTCATTT
gi|8047 : AATTTTGTGGTTATT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGATA-TTC-TTAA-ATTAATCTTTCATCGATT-TA
gi|8048 : ATTGTGTGGTT-TG---GA-----AT----------CTTCTTAA-TAATGA-A-TTCGTTGACATGAAT-TTTCGTTGATT-TTTT-A----TTCATTT
gi|8049 : TTTCGTGGTT-TT---GA-----AT----------CT----AA-TAATGA-AATTCATTGACTTTAAT-TTTCATTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8050 : TTTCGTGGTT-TT---GA-----AA----------CT----AA-TAACGA-A-TTCGTTGTCATAAAT-GTTCGTTGATG-TACA-A----TTCATT
blockSeqs : A TAA ATCTA GGCAATTATA TCTT A T A C A T TATT
blockSeqs : . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
finalCons : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
Alignments
lowQualScore : 1 333 44444 8888888888 3333 1 1 3 1 1 1 4444
lowQualScore : . ... ..... .......... .... . . . . . . ....
lowQualScore : 8 222 55555 0000000000 9999 8 8 6 8 8 9 5555
consensus : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
Reference ( family-716 ) : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8029 : AATTTGGTGGTT-TT---GG-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8030 : AATTTTGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATAA-A-TTTGTTGG-ATCAAT-CTTTGTTGATT-TATA-A----TTAATTT
gi|8031 : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-CAATGA-A-TTCACTGAAACTAAT-TTTTGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8032 : AAGTTTGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-ATCATTGACAATAAT-TTACGTTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8033 : AATTTCGTGTTT-TT---TA-----AT----------CT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-TTTCATTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8034 : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CA----AA-TAATGA-A-TTTGTTAACATTAAT-GTTCGTTGATT-TATATA----TTCATT
gi|8035 : AATTTCATGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TGAATTGACATCAAT-TTCTGTTGATT-TATA-A----TTCATCT
gi|8036 : AATTTCATGGTT-TC---GA-----CT----------CT----AA-TAATGT-A-TTCGTTGACATTAAT-TTTCGTTGATT-TACA-
gi|8037 : AATTTTGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-AAATGA-A-TTGATCGACATTAAT-TTTCGTAGATT-TAAA-A----TCCATTT
gi|8038 : AATTTTATGGTT-TTTAAAA-----CT----------CT----AA-TAATGA-AATTCATTGACATTAAT-ATTTGTTGATT-TATG-A----TTCATTT
gi|8039 : AATTTCGTGGTT-TT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGAAATTAAT-TTTCG----TT-TACA-ATATTTTCATTT
gi|8040 : AATTTCGTGGTT-TT---AA-----TT----------CT----TA-TAATTA-A-TTTGTCGACAATGAT-TTTCGTTGATT-CATA-A----TTCATTT
gi|8041 : AATTTTGTAATT-TT---GA-----CT----------CT----TA-TATTGA-A-TTCGTTGACATTGAT-TTTCGTTGATTATATA-
gi|8042 : AATTTCGTAGTA-TT---GA-----CT----------AT----AAATAGTGA-A-TTTGTTGGCTTTAAT-TTTCGTTGATT-TAAA-A----TTCAT
gi|8043 : AATTTCGTGCTT-TT---GA-----CT----------CT----AT-TAATGA-T-TTCGTCAAAATTAAT-TTTCGTTCATT-TACA-A----TTAATTT
gi|8044 : AATTTCGTTGTT-TT---GAATCTACTGGCAATTATACT----AA-TAATGA-A-TTTGTTGACATTAAT-GTTCGTTGATT-TTTG-A----TTCATTT
gi|8045 : AATTTAGTTGTT-TT---GA-----CT----------AT----TA-TAATGA-A-TTCAATGACATTAAT-TT---TTGATT-TTTA-A----CTCATTT
gi|8046 : AATTTCGTGTTT-TT---GA-----AG----------TT----A--TAATAA-A-TTCGTTAACTTTGAT-TTTCGTTGACT-TATT-A----TTCATTT
gi|8047 : AATTTTGTGGTTATT---GA-----CT----------CT----AA-TAATGATA-TTC-TTAA-ATTAATCTTTCATCGATT-TA
gi|8048 : ATTGTGTGGTT-TG---GA-----AT----------CTTCTTAA-TAATGA-A-TTCGTTGACATGAAT-TTTCGTTGATT-TTTT-A----TTCATTT
gi|8049 : TTTCGTGGTT-TT---GA-----AT----------CT----AA-TAATGA-AATTCATTGACTTTAAT-TTTCATTGATT-TATA-A----TTCATTT
gi|8050 : TTTCGTGGTT-TT---GA-----AA----------CT----AA-TAACGA-A-TTCGTTGTCATAAAT-GTTCGTTGATG-TACA-A----TTCATT