lowQualScore                  :                                                                                                                        1111111111111               
lowQualScore                  :              7          1     88888888888   333 1     555555    1  22      1    2   99999999   2       2         2     1111111111111     2         
lowQualScore                  :              .          .     ...........   ... .     ......    .  ..      .    .   ........   .       .         .     .............     .         
lowQualScore                  :              3          9     99999999999   333 9     555555    9  66      9    0   22222222   0       2         5     4444444444444     5         
consensus                     :     AATCAATCAATCAAGTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAGAAAAA-CAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
Reference ( gi|66930 )        :     AATCAATCAGTCAAGTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAGAAAAA-CAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66931                      :     AATCAATCAATCAAGTTCTC-TGTCT----T------TTT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGAG-ATGT-ATG--------ATT-CATATCA-ATAGAAAAA-CAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66933                      :     AATCAATCAATTAAGTTTTC-TGCTT----C------TAT---C-CATCA------ACGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAGAAAAA-CAAAA----C---A----AAAAC-TTCATTCAA
gi|66932                      :     AATCAATCAATCAATTTATT-TTCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCGTGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAGAAAAA-CAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66934                      :     AAT-AATCATCCAAGTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATTA------AAGT-TT--CCAGGG-ATAA-ATG--------ATT-CACATCA-ATAGAAAAA-CAAAA----CAAAA----AAAAG-TATATTCAA
gi|66935                      :     AATCTATCAATCAAGATCTC-TGTTT----C------TAT---C-TATGA------AAGT-TT--CCAGGG-TTGC-ATG--------ATT-CACATCA-ATAGAATAA-CAAAA----C---A----AAAAG-TATATTAAA
gi|66936                      :     AATCAATCAATCAAGTTCTC-TGCAT----C------TAT---C-TATAA------AAGT-TT--TCAGGG-GTAT-ACA--------ATT-CACATCA-ATACAAAAA-CAGAA----C------------G-TACATTCAA
gi|66938                      :     AATCAATCAATCAAATTCTC-TGCTT----C------TAT---C-AATCA------AAGT-TT--CCAGCT-AAGT-ATG--------ATT-CACATCA-A---AAGAA-CA-----------A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66937                      :     AATCAATCAATCAAGTTCTC-TGCTT----C------TCT---C-TATCA------AA----------------GT-ATG--------ATT-CACAACA-ATAGAAAAA-CAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66941                      :     AATCAATCAGTCAAGTTCTC-TGCTT-----------TAT---C-TAGCATACAGTGAGT-TTTCCCAGGG-ATGT-ATG--------ATC-CAAATCATGTAGAAAAA-AAAAAAAACC---ACCGGAAAAGTTACATTCAA
gi|66944                      :     AATCAATTAATCAGGTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-GT--CCAGGG-AT
gi|66945                      :     AATCAATTAATCAAGTTCTC-TGCTT----CTACATGTAT---A-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-AT
gi|66942                      :     AATCGATCAATCAAGTTACC-TGCTTAGAAC------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-A-AT-ATT--------ATT-AAC
gi|66943                      :     AATCAATCAATCAAGTTATT-TTCTC----T------TGT---C-TATGA------AAGT-TT--CCACGG-ATGT-ATGA-------ATT-CAtgcaagacagtatgtaggatttaaatcatcccttgatcattcacatcactagaaaaacaaaaacaaaagtacattcaa
gi|66946                      :     AATCTATCAATCAAGTTCTC-TCCTC----A------TTT---C-AATCA------AAGT-TT--ACAGAT-ATGT-ATG--------ATTGGGCATGA-ATA
gi|66948                      :      ATTAATCAATCAAGTTCTCTTGCTT-----------TAT---C-TATCA------AAGTGTT--CCAGGG-ATATGATGATTTATAAATT-CACATCA-ATA-ATAAA-CAAAG----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66947                      :      ATTAATCAATTAAGTTATC-TGCTT----C------TATAATC-TGTCA------AACT-TC--CCAGAG-ATAT-ATG--------ATT-CGCATCA-ATAG----A-TAAAA----C--------AAAAG-TACATTCAA
gi|66949                      :       TCAAATAATCAATTTTTC-TGCTT----C------TAC---C-GATTA------GATT-TT--CCAGTG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAGAAAAG-CAAAG----C---A----AAAAA-GACATTCAA
gi|66939                      :       TCAATCA---AAGTTCTC-TGCTTT---C------TAT---CCTTTCA------AAGT-TC--CCAGGGGATGT-ATG--------GTT-CACATCA-ATTGAAAAAACAAAA--------------AAAG-TATATTCAA
gi|66950                      : aataaatCAATCAATTAACCTATC-TGCTT----C------TAT---C-CATCA------AAAT-TT--CCGGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAGAAAAA-CAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66951                      :         AATCAATCAAGTTCCC-TGCTT----C------TAC---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CGCATCA-ATAG-------AAAA----C---A----AAAAC-TAATTTCAA
gi|66940                      :               TCAAGTTATC-TGCTT----C------TCT---C-CGTAA------AGGT-TT--CCAGGG-ATGT-ACG--------AGT-CACATCA-ATAGACAA
gi|66942                      :                                                                     aatcatgcaaat-ATC--------ATT-CACATCA-CTAGAAAAA-CAAAA----A---C----AAAAG-TACATTCAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                          1   22    1      1     88888888888   333 1     555555    1  22      1    1   88888888   1       2    2          5555 77777777     2         
lowQualScore                  :                                                                                                          .   ..    .      .     ...........   ... .     ......    .  ..      .    .   ........   .       .    .          .... ........     .         
lowQualScore                  :                                                                                                          8   55    8      8     00000000000   222 8     222222    8  55      8    9   88888888   9       1    2          0000 33333333     4         
consensus                     :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
Reference ( family-714 )      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66930                      :                                                                                                   AATCAAT-CAG--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66931                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGTCT----T------TTT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGAG-ATGT-ATG--------ATT-CATATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66932                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-TTTATT-TTCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCGTGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66933                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TTAA-GTTTTC-TGCTT----C------TAT---C-CATCA------ACGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAC-TTCATTCAA
gi|66934                      :                                                                                                   AAT-AAT-CAT--CCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATTA------AAGT-TT--CCAGGG-ATAA-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----CAAAA----AAAAG-TATATTCAA
gi|66935                      :                                                                                                   AATCTAT-CAA--TCAA-GATCTC-TGTTT----C------TAT---C-TATGA------AAGT-TT--CCAGGG-TTGC-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AATAACAAAA----C---A----AAAAG-TATATTAAA
gi|66936                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCAT----C------TAT---C-TATAA------AAGT-TT--TCAGGG-GTAT-ACA--------ATT-CACATCA-ATAC-AAAAACAGAA----C------------G-TACATTCAA
gi|66937                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TCT---C-TATCA------AA----------------GT-ATG--------ATT-CACAACA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66938                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-ATTCTC-TGCTT----C------TAT---C-AATCA------AAGT-TT--CCAGCT-AAGT-ATG--------ATT-CACATCA-A----AAGAACA-----------A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66939                      :                                                                                                   AATAAATTCAA--TCAAAGTTCTC-TGCTTT---C------TAT---CCTTTCA------AAGT-TC--CCAGGGGATGT-ATG--------GTT-CACATCA-ATTGAAAAAACAA----------A----AAAAG-TATATTCAA
gi|66940                      :                                                                                                   AATCATG-CAAATTCAA-GTTATC-TGCTT----C------TCT---C-CGTAA------AGGT-TT--CCAGGG-ATGT-ACG--------AGT-CACATCA-ATAG-ACAA
gi|66941                      :                                                                                                   AATCAAT-CAG--TCAA-GTTCTC-TGCTT-----------TAT---C-TAGCATACAGTGAGT-TTTCCCAGGG-ATGT-ATG--------ATC-CAAATCATGTAG-AAAAAAAAAAAAACC---ACCGGAAAAGTTACATTCAA
gi|66942                      :                                                                                                   AATCGAT-CAA--TCAA-GTTACC-TGCTTAGAAC------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-A-AT-ATT--------ATT-AAC
gi|66942                      :                                                                                                                                                                                   -ATC--------ATT-CACATCA-CTAG-AAAAACAAAA----A---C----AAAAG-TACATTCAAtgcaagacagtatgtaggatttaaatcatcccttgatcattcacatcactagaaaaacaaaaacaaaagtacattcaa
gi|66943                      : aatcgatcaatcaagttacctgcttagaactatctatcaaagtttccagggaatattattaactgcaagacagtatgtaggatttaaatcatcccttgAATCAAT-CAA--TCAA-GTTATT-TTCTC----T------TGT---C-TATGA------AAGT-TT--CCACGG-ATGT-ATGA-------ATT-CA
gi|66944                      :                                                                                                   AATCAAT-TAA--TCAG-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-GT--CCAGGG-AT
gi|66945                      :                                                                                                   AATCAAT-TAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----CTACATGTAT---A-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-AT
gi|66946                      :                                                                                                   AATCTAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TCCTC----A------TTT---C-AATCA------AAGT-TT--ACAGAT-ATGT-ATG--------ATTGGGCATGA-ATA
gi|66947                      :                                                                                                    ATTAAT-CAA--TTAA-GTTATC-TGCTT----C------TATAATC-TGTCA------AACT-TC--CCAGAG-ATAT-ATG--------ATT-CGCATCA-ATAG-----ATAAAA----C--------AAAAG-TACATTCAA
gi|66948                      :                                                                                                    ATTAAT-CAA--TCAA-GTTCTCTTGCTT-----------TAT---C-TATCA------AAGTGTT--CCAGGG-ATATGATGATTTATAAATT-CACATCA-ATA--ATAAACAAAG----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66949                      :                                                                                                     TCAAA-TAA--TCAA-TTTTTC-TGCTT----C------TAC---C-GATTA------GATT-TT--CCAGTG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAGCAAAG----C---A----AAAAA-GACATTCAA
gi|66950                      :                                                                                                      CAAT-CAA--TTAA-CCTATC-TGCTT----C------TAT---C-CATCA------AAAT-TT--CCGGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66951                      :                                                                                                       AAT-CAA--TCAA-GTTCCC-TGCTT----C------TAC---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CGCATCA-ATAG-------AAAA----C---A----AAAAC-TAATTTCAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                          1   22    1      1     88888888888   333 1     555555    1  22      1    1   88888888   1       2    2          5555 77777777     2         
lowQualScore                  :                                                                                                          .   ..    .      .     ...........   ... .     ......    .  ..      .    .   ........   .       .    .          .... ........     .         
lowQualScore                  :                                                                                                          8   55    8      8     00000000000   222 8     222222    8  55      8    9   88888888   9       1    2          0000 33333333     4         
consensus                     :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
Reference ( family-714 )      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66930                      :                                                                                                   AATCAAT-CAG--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66931                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGTCT----T------TTT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGAG-ATGT-ATG--------ATT-CATATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66932                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-TTTATT-TTCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCGTGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66933                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TTAA-GTTTTC-TGCTT----C------TAT---C-CATCA------ACGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAC-TTCATTCAA
gi|66934                      :                                                                                                   AAT-AAT-CAT--CCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATTA------AAGT-TT--CCAGGG-ATAA-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----CAAAA----AAAAG-TATATTCAA
gi|66935                      :                                                                                                   AATCTAT-CAA--TCAA-GATCTC-TGTTT----C------TAT---C-TATGA------AAGT-TT--CCAGGG-TTGC-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AATAACAAAA----C---A----AAAAG-TATATTAAA
gi|66936                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCAT----C------TAT---C-TATAA------AAGT-TT--TCAGGG-GTAT-ACA--------ATT-CACATCA-ATAC-AAAAACAGAA----C------------G-TACATTCAA
gi|66937                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TCT---C-TATCA------AA----------------GT-ATG--------ATT-CACAACA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66938                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-ATTCTC-TGCTT----C------TAT---C-AATCA------AAGT-TT--CCAGCT-AAGT-ATG--------ATT-CACATCA-A----AAGAACA-----------A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66939                      :                                                                                                   AATAAATTCAA--TCAAAGTTCTC-TGCTTT---C------TAT---CCTTTCA------AAGT-TC--CCAGGGGATGT-ATG--------GTT-CACATCA-ATTGAAAAAACAA----------A----AAAAG-TATATTCAA
gi|66940                      :                                                                                                   AATCATG-CAAATTCAA-GTTATC-TGCTT----C------TCT---C-CGTAA------AGGT-TT--CCAGGG-ATGT-ACG--------AGT-CACATCA-ATAG-ACAA
gi|66941                      :                                                                                                   AATCAAT-CAG--TCAA-GTTCTC-TGCTT-----------TAT---C-TAGCATACAGTGAGT-TTTCCCAGGG-ATGT-ATG--------ATC-CAAATCATGTAG-AAAAAAAAAAAAACC---ACCGGAAAAGTTACATTCAA
gi|66942                      :                                                                                                   AATCGAT-CAA--TCAA-GTTACC-TGCTTAGAAC------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-A-AT-ATT--------ATT-AAC
gi|66942                      :                                                                                                                                                                                   -ATC--------ATT-CACATCA-CTAG-AAAAACAAAA----A---C----AAAAG-TACATTCAAtgcaagacagtatgtaggatttaaatcatcccttgatcattcacatcactagaaaaacaaaaacaaaagtacattcaa
gi|66943                      : aatcgatcaatcaagttacctgcttagaactatctatcaaagtttccagggaatattattaactgcaagacagtatgtaggatttaaatcatcccttgAATCAAT-CAA--TCAA-GTTATT-TTCTC----T------TGT---C-TATGA------AAGT-TT--CCACGG-ATGT-ATGA-------ATT-CA
gi|66944                      :                                                                                                   AATCAAT-TAA--TCAG-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-GT--CCAGGG-AT
gi|66945                      :                                                                                                   AATCAAT-TAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----CTACATGTAT---A-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-AT
gi|66946                      :                                                                                                   AATCTAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TCCTC----A------TTT---C-AATCA------AAGT-TT--ACAGAT-ATGT-ATG--------ATTGGGCATGA-ATA
gi|66947                      :                                                                                                    ATTAAT-CAA--TTAA-GTTATC-TGCTT----C------TATAATC-TGTCA------AACT-TC--CCAGAG-ATAT-ATG--------ATT-CGCATCA-ATAG-----ATAAAA----C--------AAAAG-TACATTCAA
gi|66948                      :                                                                                                    ATTAAT-CAA--TCAA-GTTCTCTTGCTT-----------TAT---C-TATCA------AAGTGTT--CCAGGG-ATATGATGATTTATAAATT-CACATCA-ATA--ATAAACAAAG----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66949                      :                                                                                                     TCAAA-TAA--TCAA-TTTTTC-TGCTT----C------TAC---C-GATTA------GATT-TT--CCAGTG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAGCAAAG----C---A----AAAAA-GACATTCAA
gi|66950                      :                                                                                                      CAAT-CAA--TTAA-CCTATC-TGCTT----C------TAT---C-CATCA------AAAT-TT--CCGGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66951                      :                                                                                                       AAT-CAA--TCAA-GTTCCC-TGCTT----C------TAC---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CGCATCA-ATAG-------AAAA----C---A----AAAAC-TAATTTCAA


blockSeqs                     :                                                                                                          T   AT    A      T     CTACATG       AAT C     TACAGT    G  TC      G    G   ATTTATAA   G       T    A          AAAC ACCGG        T
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     AGAAC         .   .     .         .  .       .    .   A          .       .    .          .    AAAA         .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     TC            .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     T             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    C            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     T             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    A            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     A             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    .            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .          .    .            .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .    .                             
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .       .                                  
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     C             .   .     .         .  .       .    .   .          .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     .             .   .     .         .  .       .    .   .          .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .     .      .     .             .   .     .         .  .       .                                                              


blockSeqCons                  :                                                                                                   
originalCons                  :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
finalCons                     :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                          1   22    1      1     88888888888   333 1     555555    1  22      1    1   88888888   1       2    2          5555 77777777     2         
lowQualScore                  :                                                                                                          .   ..    .      .     ...........   ... .     ......    .  ..      .    .   ........   .       .    .          .... ........     .         
lowQualScore                  :                                                                                                          8   55    8      8     00000000000   222 8     222222    8  55      8    9   88888888   9       1    2          0000 33333333     4         
consensus                     :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
Reference ( family-714 )      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66930                      :                                                                                                   AATCAAT-CAG--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66931                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGTCT----T------TTT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGAG-ATGT-ATG--------ATT-CATATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66932                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-TTTATT-TTCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCGTGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66933                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TTAA-GTTTTC-TGCTT----C------TAT---C-CATCA------ACGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAC-TTCATTCAA
gi|66934                      :                                                                                                   AAT-AAT-CAT--CCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATTA------AAGT-TT--CCAGGG-ATAA-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----CAAAA----AAAAG-TATATTCAA
gi|66935                      :                                                                                                   AATCTAT-CAA--TCAA-GATCTC-TGTTT----C------TAT---C-TATGA------AAGT-TT--CCAGGG-TTGC-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AATAACAAAA----C---A----AAAAG-TATATTAAA
gi|66936                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCAT----C------TAT---C-TATAA------AAGT-TT--TCAGGG-GTAT-ACA--------ATT-CACATCA-ATAC-AAAAACAGAA----C------------G-TACATTCAA
gi|66937                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----C------TCT---C-TATCA------AA----------------GT-ATG--------ATT-CACAACA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66938                      :                                                                                                   AATCAAT-CAA--TCAA-ATTCTC-TGCTT----C------TAT---C-AATCA------AAGT-TT--CCAGCT-AAGT-ATG--------ATT-CACATCA-A----AAGAACA-----------A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66939                      :                                                                                                   AATAAATTCAA--TCAAAGTTCTC-TGCTTT---C------TAT---CCTTTCA------AAGT-TC--CCAGGGGATGT-ATG--------GTT-CACATCA-ATTGAAAAAACAA----------A----AAAAG-TATATTCAA
gi|66940                      :                                                                                                   AATCATG-CAAATTCAA-GTTATC-TGCTT----C------TCT---C-CGTAA------AGGT-TT--CCAGGG-ATGT-ACG--------AGT-CACATCA-ATAG-ACAA
gi|66941                      :                                                                                                   AATCAAT-CAG--TCAA-GTTCTC-TGCTT-----------TAT---C-TAGCATACAGTGAGT-TTTCCCAGGG-ATGT-ATG--------ATC-CAAATCATGTAG-AAAAAAAAAAAAACC---ACCGGAAAAGTTACATTCAA
gi|66942                      :                                                                                                   AATCGAT-CAA--TCAA-GTTACC-TGCTTAGAAC------TAT---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-A-AT-ATT--------ATT-AAC
gi|66942                      :                                                                                                                                                                                   -ATC--------ATT-CACATCA-CTAG-AAAAACAAAA----A---C----AAAAG-TACATTCAAtgcaagacagtatgtaggatttaaatcatcccttgatcattcacatcactagaaaaacaaaaacaaaagtacattcaa
gi|66943                      : aatcgatcaatcaagttacctgcttagaactatctatcaaagtttccagggaatattattaactgcaagacagtatgtaggatttaaatcatcccttgAATCAAT-CAA--TCAA-GTTATT-TTCTC----T------TGT---C-TATGA------AAGT-TT--CCACGG-ATGT-ATGA-------ATT-CA
gi|66944                      :                                                                                                   AATCAAT-TAA--TCAG-GTTCTC-TGCTT----C------TAT---C-TATCA------AAGT-GT--CCAGGG-AT
gi|66945                      :                                                                                                   AATCAAT-TAA--TCAA-GTTCTC-TGCTT----CTACATGTAT---A-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-AT
gi|66946                      :                                                                                                   AATCTAT-CAA--TCAA-GTTCTC-TCCTC----A------TTT---C-AATCA------AAGT-TT--ACAGAT-ATGT-ATG--------ATTGGGCATGA-ATA
gi|66947                      :                                                                                                    ATTAAT-CAA--TTAA-GTTATC-TGCTT----C------TATAATC-TGTCA------AACT-TC--CCAGAG-ATAT-ATG--------ATT-CGCATCA-ATAG-----ATAAAA----C--------AAAAG-TACATTCAA
gi|66948                      :                                                                                                    ATTAAT-CAA--TCAA-GTTCTCTTGCTT-----------TAT---C-TATCA------AAGTGTT--CCAGGG-ATATGATGATTTATAAATT-CACATCA-ATA--ATAAACAAAG----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66949                      :                                                                                                     TCAAA-TAA--TCAA-TTTTTC-TGCTT----C------TAC---C-GATTA------GATT-TT--CCAGTG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAGCAAAG----C---A----AAAAA-GACATTCAA
gi|66950                      :                                                                                                      CAAT-CAA--TTAA-CCTATC-TGCTT----C------TAT---C-CATCA------AAAT-TT--CCGGGG-ATGT-ATG--------ATT-CACATCA-ATAG-AAAAACAAAA----C---A----AAAAG-TACATTCAA
gi|66951                      :                                                                                                       AAT-CAA--TCAA-GTTCCC-TGCTT----C------TAC---C-TATCA------AAGT-TT--CCAGGG-ATGT-ATG--------ATT-CGCATCA-ATAG-------AAAA----C---A----AAAAC-TAATTTCAA