lowQualScore                  :                         111111      1                  11111                              11111                         11                        
lowQualScore                  :    2    2   1 3 2 2 444 888888      1   33   55555 1 1 33333 2 2   33 7777  7777 33   2 2 33333 1 1 55555      5 7777   11    2    3 1   2    2   
lowQualScore                  :    .    .   . . . . ... ......      .   ..   ..... . . ..... . .   .. ....  .... ..   . . ..... . . .....      . ....   ..    .    . .   .    .   
lowQualScore                  :    5    4   2 5 9 4 111 111111      8   22   99999 2 2 44444 2 2   11 4444  4444 11   2 2 44444 2 2 99999      9 4444   55    4    5 2   4    5   
consensus                     : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTT-ATA--TTT-----T-T-GT-C--T-G-ACC--A----TA----T--GGT-C-A--G-AC-A-A-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
Reference ( gi|21126 )        : CAG-AACT-GTA-G-CAT-T---A--G---GGTTTT-ATA--TTT-----T-T-GT-C--T-G-ACC--A----TA----T--GGT-C-A--G-AC-A-A-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21127                      : CAG-AACT-GTA-G-CAT-T---A--G---GGTTTT-ATA--TTT-----T-T-GT-C--T-G-ACC--A----TA----T--GGT-C-A--G-AC-A-A-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21127                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTT-ATA--TTT-----T-T-GT-C--T-G-ACC--A----TA----T--GGT-C-A--G-AC-A-A-----AAATAT-A----AAA--CCCT-AATG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21129                      : CAG-AACT-GTA-GGCAT-T---A--G---G-TTTT-ATA--TTT-----T-T-GT-C--T-G-ACC--A----TA----T--GGT-C-A--G-AC-AAA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21129                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTT-ATA--TTT-----TTT-GT-C--T-G-ACC--A----TA----T--GGT-C-A--G-AC-A-A-----AAATAT-A----AAA--CC-T-AATGCC-TAC-AGTT-CTG
gi|21128                      : CAG-AACT-GTAGG-CAT-T---A------GGTTTT-ATA--TTT-----T-T-GT-C--T-G-ACC--A----TA----T--GGT-C-A--G-ACAA-A-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21128                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTT-ATA--TTT-----T-TTGT-C--T-G-ACC--A----TA----T--GGT-C-A--G-AC-A-A-----AAATAT-A----AAA--CC-T-AATG-CCTAC-AGTT-CTG
gi|21131                      : CAGTAGCT-GCA-G-CGT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-GA-C--T-G-ACC--A----TA--------GT-C-A---------A-----AAATAT-A----AAAA-CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21131                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-G---------AC--------TA----T--GGT-C-A--G-TC-A-A-----AAATATAA----AAA--CCAT-AACG-C-TGC-AGCTACTG
gi|21130                      : CAGTAGCT-GCA-G-CGT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-GA-C--T-G-ACC--A----TA--------GT-C-A---------A-----AAATAT-A----AAAA-CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21130                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-G---------AC--------TA----T--GGT-C-A--G-TC-A-A-----AAATATAA----AAA--CCAT-AACG-C-TGC-AGCTACTG
gi|21132                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A------TGTTTT-ATA--TTT-----T-T-GA-C--T-GCACC--ATAACTA----T--GGT-C-A--GTCC-A-A-----AAATATAA----AAA--CCAT-AAC--C-TACGAGTT-CT
gi|21140                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A------TGTTTT-ATA--TTT-----T-T-GA-C--T-GCACC--ATAACTA----T--GGT-C-A--GTCC-A-A-----AAATATAA----AAA--CCAT-AAC--C-TACGAGTT-CT
gi|21133                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-GA-C--T-G-ACC--A----TA----
gi|21145                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-GA-C--T-G-ACC--A----TA----
gi|21135                      : CAA-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-GA-C--T-G-ACC--A----TA----
gi|21147                      : CAA-AACT-GTA-G-CGT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-GA-C--T-G-ACC--A----TA----
gi|21146                      : CAG-AACT-GTA-G-CAT-T---A--T---GGTTTT-ATA--TTT-----T-G-GT-CTTT-G-ACC--A----TA----
gi|21134                      : CAG-AACT-GTA-G-CAT-T---A--T---GGTTTT-ATA--TTT-----T-G-GT-CTTT-G-ACC--A----TA----
gi|21137                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---ATGG---GGTTTT-ATG-------------------------------------------GGT--------AT-A-A-----AA-TAT-A----AAA--CCGT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21137                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--C---GGTTTT-ATA---TT-----T-T-AT--------ACC-----------------------------------------CAT-A----AAACCCCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21136                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---ATGG---GGTTTT-ATG-------------------------------------------GGT--------AT-A-A-----AA-TAT-A----AAA--CCGT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21136                      : CAG-AACT-GTA-G-CGT-T---A--C---GGTTTT-ATA---TT-----T-T-AT--------ACC-----------------------------------------CAT-A----AAACCCCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21139                      : CAG-AACT-GTA---CATAT---A--A------TAT-ATAAATTTAAGTGT-T-GT-A--T-G-GTT--AAAA-TA----T--TTT-TGA--A-AC-A-A-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-C-CAC-AGTT-CTG
gi|21139                      : CAG-AACT-GTG-G-CGT-T---A--T---GGTTTT-ATA--TTT-----T-T-GT-T--TCA-AAA--A----TATTT-T--AAC-C-A--T-AC-A-ACACTTAAATTT-AT---ATA--TTAT--ATG---TAC-AGTT-CTG
gi|21138                      : CAG-AACT-GTA---CATAT---A--A------TAT-ATAAATTTAAGTGT-T-GT-A--T-G-GTT--AAAA-TA----T--TTT-TGA--A-AC-A-A-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-C-CAC-AGTT-CTG
gi|21138                      : CAG-AACT-GTG-G-CGT-T---A--T---GGTTTT-ATA--TTT-----T-T-GT-T--TCA-AAA--A----TATTT-T--AAC-C-A--T-AC-A-ACACTTAAATTT-AT---ATA--TTAT--ATG---TAC-AGTT-CTG
gi|21132                      :  AG-AACTCGTA-G--GT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-GGAC--T-G-ACC--A----TAGTTAT--GGTGC-A--G-TC-A-A-----AAATAT-A----AAA--C-AT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21140                      :  AG-AACTCGTA-G--GT-T---A--T---GGTTTTTATA--TTT-----T-T-GGAC--T-G-ACC--A----TAGTTAT--GGTGC-A--G-TC-A-A-----AAATAT-A----AAA--C-AT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21142                      :    -AACT-GTA-GTCGT-TTATA--GTTTGGTTT--ATA--TGT-----T-T-GA-C--T-G-ACC--A----T-----T----T-C-A-------A-A-----AAATATAA----AAA--CCAT--ACG-C-TAC-AGTT-
gi|21142                      :    -AACT-GTA-G-CGT-A---T--G---GTTTTT-ATA--TTT-----T-T-------T-G-A----A-----A----T--GGT-C-A--G-TC-A-A-----ACATAT-AAACCAAA--CTATAAACGAC-TAC-AGTT-
gi|21141                      :    -AACT-GTA-GTCGT-TTATA--GTTTGGTTT--ATA--TGT-----T-T-GA-C--T-G-ACC--A----T-----T----T-C-A-------A-A-----AAATAT-A----AAAA-CCAT-A-CG-C-TAC-AGTT-
gi|21141                      :    -AACT-GTA-G-CGT-A---T--G---GTTTTT-ATA--TTT-----T-T-------T-G-A----A-----A----T--GGT-C-A--G-TC-A-A-----ACATAT-AAACCAAA--CTATAAACGAC-TAC-AGTT-
gi|21143                      :      ACT-GTA-G-TGT-T---A--C---GGTTTT-ATA--TTT-----T-T-AT-CGTT-G-ACCATA----TA----T--GGT-C-A--A-A
gi|21144                      :      ACT-GTA-G-TGT-T---A--C---GGTTTT-ATA--TTT-----T-T-AT-CGTT-G-ACCATA----TA----T--GGT-C-A--A-A
gi|21143                      :                                                        T-T--T-G-ACC--A----TA----TATGGT-C-AACG-AT-A-A-----AAATAT-A----AAA--CCGT-AACA-C-TAC-AGT
gi|21144                      :                                                        T-T--T-G-ACC--A----TA----TATGGT-C-AACG-AT-A-A-----AAATAT-A----AAA--CCGT-AACA-C-TAC-AGT
gi|21133                      :                                                                       ----TA----T--GGT-C-A--G-TC-A-A-----AAATAT-A----AAAA-CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21145                      :                                                                       ----TA----T--GGT-C-A--G-TC-A-A-----AAATAT-A----AAAA-CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21135                      :                                                                       ----TA----T--GGT-C-A--G-TC-A-A-----AAATAT-A----AAAA-CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-TTG
gi|21147                      :                                                                       ----TA----T--GGT-C-A--G-TC-A-A-----AAATAT-A----AAAA-CCAT-AACG-C-TAC-AGTT-TTG
gi|21146                      :                                                                       ----TA----T--GGT-C-AAAG-AC-C-A-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AATG-C-TAC-AGTT-CTG
gi|21134                      :                                                                       ----TA----T--GGT-C-AAAG-AC-C-A-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AATG-C-TAC-AGTT-CTG





Alignments
lowQualScore                  :                        11                        1111       1111111            111               1                                 
lowQualScore                  :    2       1 1    1    33   5555 1      44444 1  1111 1 3   1111111  333     2 000 2  77777      1 8888   66    2    5    5    2   
lowQualScore                  :    .       . .    .    ..   .... .      ..... .  .... . .   .......  ...     . ... .  .....      . ....   ..    .    .    .    .   
lowQualScore                  :    0       8 8    8    44   7777 8      55555 8  3333 8 6   3333333  222     5 777 9  11111      4 9999   88    9    7    7    9   
consensus                     : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
Reference ( family-708 )      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21126                      : CAG-AACTGTA-G-CATT-AGGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21127                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCCT-AATG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21128                      : CAG-AACTGTAGG-CATT-A-GG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-ACAAA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21129                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----TTTGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CC-T-AATGCCTAC-AGTT-CTG
gi|21130                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-------T-G-AC--------TA---TGGTC-AG-TC-AA-----AAATATAA----AAA--CCAT-AACG-CTGC-AGCTACTG
gi|21131                      : CAGTAGCTGCA-G-CGTT-ATGG--TTT----TTATATTT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----TA-----GTC-A------A-----AAATAT-A----AAAA-CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21132                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-AT-G--TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-GCACC--ATAACTA---TGGTC-AGTCC-AA-----AAATATAA----AAA--CCAT-AAC--CTACGAGTT-CT
gi|21133                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----TA---
gi|21134                      : CAG-AACTGTA-G-CATT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-GGTCTTT-G-ACC--A----TA---
gi|21135                      : CAA-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----TA---
gi|21136                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ACGG--TTT----T-ATA-TT-----T-TAT-------ACC----------------------------------CAT-A----AAACCCCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21137                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGGGGTTT----T-ATG------------------------------------GGT-----AT-AA-----AA-TAT-A----AAA--CCGT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21138                      : CAG-AACTGTA---CAT--ATAA--TATA---T-AAATTTAAGTGT-TGTA--T-G-GTT--AAAA-TA---TTTTTGAA-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CCAC-AGTT-CTG
gi|21139                      : CAG-AACTGTG-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTT--TCA-AAA--A----TATTTTAACC-AT-AC-AACACTTAAATTT-AT---ATA--TTAT--ATG--TAC-AGTT-CTG
gi|21140                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-AT-G--TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-GCACC--ATAACTA---TGGTC-AGTCC-AA-----AAATATAA----AAA--CCAT-AAC--CTACGAGTT-CT
gi|21141                      :    -AACTGTA-G-CG-T-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-T-----T-G-A----A-----A---TGGTC-AG-TC-AA-----ACATAT-AAACCAAA--CTATAAACGACTAC-AGTT-
gi|21142                      :    -AACTGTA-GTCGTTTATAG--TTTGGTTT-ATATGT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----T----T--TC-A-----AA-----AAATATAA----AAA--CCAT--ACG-CTAC-AGTT-
gi|21143                      :      ACTGTA-G-TGTT-ACGG--TTT----T-ATATTT-----T-TATCGTT-G-ACCATA----TA---TGGTC-AA-A
gi|21144                      :      ACTGTA-G-TGTT-ACGG--TTT----T-ATATTT-----T-TATCGTT-G-ACCATA----TA---TGGTC-AA-A
gi|21145                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----TA---
gi|21146                      : CAG-AACTGTA-G-CATT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-GGTCTTT-G-ACC--A----TA---
gi|21147                      : CAA-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----TA---





Alignments
lowQualScore                  :                        11                        1111       1111111            111               1                                 
lowQualScore                  :    2       1 1    1    33   5555 1      44444 1  1111 1 3   1111111  333     2 000 2  77777      1 8888   66    2    5    5    2   
lowQualScore                  :    .       . .    .    ..   .... .      ..... .  .... . .   .......  ...     . ... .  .....      . ....   ..    .    .    .    .   
lowQualScore                  :    0       8 8    8    44   7777 8      55555 8  3333 8 6   3333333  222     5 777 9  11111      4 9999   88    9    7    7    9   
consensus                     : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
Reference ( family-708 )      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21126                      : CAG-AACTGTA-G-CATT-AGGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21127                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCCT-AATG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21128                      : CAG-AACTGTAGG-CATT-A-GG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-ACAAA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21129                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----TTTGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CC-T-AATGCCTAC-AGTT-CTG
gi|21130                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-------T-G-AC--------TA---TGGTC-AG-TC-AA-----AAATATAA----AAA--CCAT-AACG-CTGC-AGCTACTG
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gi|21133                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----TA---
gi|21134                      : CAG-AACTGTA-G-CATT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-GGTCTTT-G-ACC--A----TA---
gi|21135                      : CAA-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----TA---
gi|21136                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ACGG--TTT----T-ATA-TT-----T-TAT-------ACC----------------------------------CAT-A----AAACCCCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
gi|21137                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGGGGTTT----T-ATG------------------------------------GGT-----AT-AA-----AA-TAT-A----AAA--CCGT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
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gi|21140                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-AT-G--TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-GCACC--ATAACTA---TGGTC-AGTCC-AA-----AAATATAA----AAA--CCAT-AAC--CTACGAGTT-CT
gi|21141                      :    -AACTGTA-G-CG-T-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-T-----T-G-A----A-----A---TGGTC-AG-TC-AA-----ACATAT-AAACCAAA--CTATAAACGACTAC-AGTT-
gi|21142                      :    -AACTGTA-GTCGTTTATAG--TTTGGTTT-ATATGT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----T----T--TC-A-----AA-----AAATATAA----AAA--CCAT--ACG-CTAC-AGTT-
gi|21143                      :      ACTGTA-G-TGTT-ACGG--TTT----T-ATATTT-----T-TATCGTT-G-ACCATA----TA---TGGTC-AA-A
gi|21144                      :      ACTGTA-G-TGTT-ACGG--TTT----T-ATATTT-----T-TATCGTT-G-ACCATA----TA---TGGTC-AA-A
gi|21145                      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----TA---
gi|21146                      : CAG-AACTGTA-G-CATT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-GGTCTTT-G-ACC--A----TA---
gi|21147                      : CAA-AACTGTA-G-CGTT-ATGGT-TTT----T-ATATTT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----TA---


blockSeqs                     :    T       G T    T    GG   GGTT T      AAGTG T  TCTT C C   ATAAC    TTT     G GTC A  CACTT      A AACC   CC    A    C    G    A
blockSeqs                     :    .       . .    .    T    A    .      .     .  TCGT . C   ATAAC    .       . GTC .  .          A T      A     .    A    G    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    T    .    .      .     .  TCGT . .   AAAA     .       . GA  .  .          A .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    T    .    .      .     .  TCTT . .   ATA      .       . GA  .  .          A .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    T    .    .      .     .  TC   . .   ATA      .       . GA  .  .          . .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    T    .    .      .     .  TC   . .   A        .       . GT  .  .          . .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    T    .    .      .     .  TC   . .   A        .       . AA  .  .          . .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  AC   . .   A        .       . TA  .  .          . .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  AC   . .   A        .       . GT  .  .          . .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  AC   . .   A        .       . AA  .  .          . .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  AC   . .   A        .       . AA  .  .          . .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  TA   . .   A        .       . A   .  .          . .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  TT   . .   A        .       . .   .  .          . .      .     .    .    .    .
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  AC   . .   A        .       . .                                                
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  AC   . .   A        .       . .                                                
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  AC   . .   A        .                                                          
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  AC   . .   A        .                                                          
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  T    . .   A        .                                                          
blockSeqs                     :    .       . .    .    .    .    .      .     .  .    . .   .        .                                                          
blockSeqs                     :            . .    .    .    .    .      .     .  .    . .   .        .                                                          
blockSeqs                     :            . .    .    .    .    .      .     .  .    . .   .        .                                                          


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
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Alignments
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lowQualScore                  :    .       . .    .    ..   .... .      ..... .  .... . .   .......  ...     . ... .  .....      . ....   ..    .    .    .    .   
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Reference ( family-708 )      : CAG-AACTGTA-G-CGTT-ATGG--TTT----T-ATATTT-----T-TGTC--T-G-ACC--A----TA---TGGTC-AG-AC-AA-----AAATAT-A----AAA--CCAT-AACG-CTAC-AGTT-CTG
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gi|21142                      :    -AACTGTA-GTCGTTTATAG--TTTGGTTT-ATATGT-----T-TGAC--T-G-ACC--A----T----T--TC-A-----AA-----AAATATAA----AAA--CCAT--ACG-CTAC-AGTT-
gi|21143                      :      ACTGTA-G-TGTT-ACGG--TTT----T-ATATTT-----T-TATCGTT-G-ACCATA----TA---TGGTC-AA-A
gi|21144                      :      ACTGTA-G-TGTT-ACGG--TTT----T-ATATTT-----T-TATCGTT-G-ACCATA----TA---TGGTC-AA-A
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