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lowQualScore                  :       6              6 3    9   99    9  5555555555555555  9 9 333  000  555   8 8 9 66   0000  9      55         555      0 88 2222   333  7     77     1  22 2     8 1 5  33   1  22 1  444       444 7 55        1   1  1 1  2     
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gi|2720                       :                                                                          ---GCG-T-T-T--CGT----CG-CACCCC--AACTGCAAT---GGAAGA-G-T-G--------CTACTAA--TTT
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gi|2722                       :                                                                              CG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--A--C-CCACTAT--TCCGC-AG--C-TT-CATGGC--ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTGTT





Alignments
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lowQualScore                  :       .              . .    .   ..    .  ................  . . ...  ...  ...   . . . ..   ....  .      ..         ...      . . .  .. .. .       ..     .  .. .  .   .  ..   .   .  .. .  ...       ...   .         .   .  . .  .     
lowQualScore                  :       3              3 7    7   77    7  8888888888888888  7 7 222  777  222   6 6 8 55   9999  8      11         333      9 9 9  88 44 5       44     9  99 9  9   9  88   7   9  99 9  000       000   7         9   9  9 9  7     
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Reference ( family-706 )      : GTCTGC-CGTTCCAGGCCGGT-A-TCCG-TCG--CGGT-AA-T------CT-C----TG-G-T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--A--C-CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTGTT
gi|2701                       : GTCTGC-CGTTCCAGGCCGGT-A-TCCG-TCG--CGGT-AA-T------CT-C----TG-G-T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--A----CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CATGGCA-ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AAT-GGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTGTT
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gi|2704                       : GTCTGC-CGTTCCAGGCTGGT-A-TCCG-TCA--CGGT-AA-T------CT-------G-A-T-A-TT---TT---GCA-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--TACTCAAAT---GGAGGA-G-T-AC--
gi|2705                       : GTCTGC-CGTTCCAGGCCGGT-A-TCCG-TCG--CGGT-AA---------T-C----TA-G-T-GTTT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-TTCCCCA-AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--G--C-CCACTAT--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTATT
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gi|2707                       : GTCTGC-CGTTCCAGGC--GT-A-TCCG-TCG--CGGT-AAAT------CT-C----T----T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--C-C----CGCCACCCC--AACT-AAA-----GA-GA-G-T--CTGA--C-CCACTAG--TCT-C-AG--C-CT-TCTAGA--TTG-AAC-GT--G-A---------GC---AGT-AGTGATTG--TGA--T-G-AA-TTGTT
gi|2708                       : GTCTGC-CGTTCCAGACCGAT-A-TCCG-TCGGACGGT-GA-T------ATGC----TG-G-T-T-TT---TT---GCGTT-T-T--CGCACCGCA-CACCCC--AAATCGAA----GGAGAAGG-T-GC--AACC-CCACTAT--TCTGCAAG--C-TT-CAT-GC--ATA-AAC-AC--G-GAATCACTTTGCACGAATAAGTAATTGC-TGA-TT-G-AATTTGTT
gi|2709                       : GTCGAC-CGTTCCAGGACGGT-A-TCCT-TCG--CGGT-AA-TGTGATGTT-T----TGCGTT-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCC
gi|2710                       :  TCTGC-CGTTCCAGGCCGGT-AATCCG-TCG--CGGTGAA-TA-----CT-C----TG-G-T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAA-----GAGGA-G-T-GC--A--C-CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--AT--AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTGTT
gi|2711                       :  TCTGC-CGTTCCAGACCGGT-A-TCTG-TCA--CGGT----T------AT-C----TG-G-T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-C--CCT--AAATTAAAT---GGAGGA-G-TTGCC-A--CGCCACTAG--TCTGC-AG--C-TTTCATGGC--ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTTTT
gi|2712                       :     GC-CGTTCC-GGCCGGT-ACTCCGGTCG--CGGT-AA-T------CT-C----TG-G-TTG-TT---TTT--GCG-T-T----CGC----CG-CACCCCGTAACTCAA-T---GGAGGA-GGT-GC--A--C-CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CAT-GC--ATG-AACATT--G--A---ACTTT-C---AGTAAGTGATTGT-GGA-TT-G-AATTTGTT
gi|2713                       :                             -TCG--GGAT-AA-C------C--C----TG-G-T-T-TG---TG---GCG-C-TCT--CGT----CG-CACCCC--AACTCCAAT---GGAAGA-G-T-GC--
gi|2714                       :           acccgtcgcgatgacCCG-TCG--CGGT-GA-A------AC-CGGGATA-G-T-A-TTCCTTTCTGGCGCT-T-T--CGT----CG-CACCCC--AACTCCAAT---GGAAGA-G-T-G--------CTACTAA--TTT
gi|2715                       :                           CG-TCG--CGGT-GA-CG-----CT-T----CA-G---G-TT---TT----CG-T-C-TATCGT----CG-CACCTC--AACGCAAAT---GGAGGA-G-T-
gi|2716                       :                                                                          ---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--A--C-CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--ATGAAAC-TT--GAAA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-GAAA-TTG
gi|2717                       :                                                                          ---GCG-T-T-T--CGC----CG--ACCCCGCAACTCAAATCATGGAGGA-G---GT--A--C-C-ACTAG--TCTGC-AG--CGTT-CAT-GC--AT--AAC-T-----AA---AGCTTGC---AGT-AG-GA-TGTATGACTT-G-CA-
gi|2718                       :                                                                          ---GCG-T-T-T--CGC-----G-CACCC---AA-TCAAAT---G-AGGA-G-T-GC--A--C-CCAC-AG--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--ATG-AAC-TTTGA-AA---ACTTTGC---AGT-A-TGATTGT-TGA-TG-G-AA-TTGTT
gi|2719                       :                                                                          ---GCG-TGT-T--CGT----CG-CACCCC--AACTCAACT---GGAGGA-G-T-GC--
gi|2720                       :                                                                          ---GCG-T-T-T--CGT----CG-CACCCC--AACTGCAAT---GGAAGA-G-T-G--------CTACTAA--TTT
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gi|2722                       :                                                                              CG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--A--C-CCACTAT--TCCGC-AG--C-TT-CATGGC--ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTGTT


blockSeqs                     :       T              G A    G   GA    G  TGTGATGTTT        C T GT   CCT  CTG   T G C AT   ACCG  C      GT         CAT      G G T  TG AC G       GT     A  GC G  T   G  CA   A   A  TG A  ATC       ACG   A         A   C  C A  T
blockSeqs                     :       .              . C    .   .     .  AACCGGGA          . . TG   .    T     C G . .    .     .      GC         .        . . .  C  .  .       .      .  .  .  .   G  .    A   .  .  .  .         .     A         .   .  . .  T
blockSeqs                     :       .              . .    .   .     .  ATCTC             . . G    .    .     . . . .    .     .      A          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   G  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :       .              . .    .   .     .  TATGC             . . A    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   G  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :       .              . .    .   .     .  TACTC             . . A    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   A  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :       .              . .    .   .     .  CGCTT             . . G    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   G  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :       .              . .    .   .     .  TCTC              . . T    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   G  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :       .              . .    .   .     .  TCTC              . . G    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   G  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :       .              . .    .   .     .  TATC              . . G    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   G  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :       .              . .    .   .     .  TCTC              . . G    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   G  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :       .              . .    .   .     .  TCT               . . T    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   .  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :                             .   .     .  TCT               . . A    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   .  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :                             .   .     .  CCC               . . G    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .      .  .  .  .   .  .    .   .  .  .  .         .     .         .   .  . .  .
blockSeqs                     :                             .   .     .  TC                . . .    .    .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .                                                                               
blockSeqs                     :                                                                          .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .  .  .       .                                                                               
blockSeqs                     :                                                                          .     . . . .    .     .      .          .        . . .  .                                                                                             
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blockSeqCons                  :                                          TCTC************                                                                                                              **
originalCons                  : GTCTGC-CGTTCCAGGCCGGT-A-TCCG-TCG--CGGT-AA-T------CT-C----TG-G-T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--A--C-CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTGTT
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Alignments
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lowQualScore                  :       .              . .    .   ..    .  ................  . . ...  ...  ...   . . . ..   ....  .      ..         ...      . . .  .. .. .       ..     .  .. .  .   .  ..   .   .  .. .  ...       ...   .         .   .  . .  .     
lowQualScore                  :       3              3 7    7   77    7  8888888888888888  7 7 222  777  222   6 6 8 55   9999  8      11         333      9 9 9  88 44 5       44     9  99 9  9   9  88   7   9  99 9  000       000   7         9   9  9 9  7     
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Reference ( family-706 )      : GTCTGC-CGTTCCAGGCCGGT-A-TCCG-TCG--CGGT-AA-T------CT-C----TG-G-T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--A--C-CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTGTT
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gi|2704                       : GTCTGC-CGTTCCAGGCTGGT-A-TCCG-TCA--CGGT-AA-T------CT-------G-A-T-A-TT---TT---GCA-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--TACTCAAAT---GGAGGA-G-T-AC--
gi|2705                       : GTCTGC-CGTTCCAGGCCGGT-A-TCCG-TCG--CGGT-AA---------T-C----TA-G-T-GTTT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-TTCCCCA-AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--G--C-CCACTAT--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTATT
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gi|2707                       : GTCTGC-CGTTCCAGGC--GT-A-TCCG-TCG--CGGT-AAAT------CT-C----T----T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--C-C----CGCCACCCC--AACT-AAA-----GA-GA-G-T--CTGA--C-CCACTAG--TCT-C-AG--C-CT-TCTAGA--TTG-AAC-GT--G-A---------GC---AGT-AGTGATTG--TGA--T-G-AA-TTGTT
gi|2708                       : GTCTGC-CGTTCCAGACCGAT-A-TCCG-TCGGACGGT-GA-T------ATGC----TG-G-T-T-TT---TT---GCGTT-T-T--CGCACCGCA-CACCCC--AAATCGAA----GGAGAAGG-T-GC--AACC-CCACTAT--TCTGCAAG--C-TT-CAT-GC--ATA-AAC-AC--G-GAATCACTTTGCACGAATAAGTAATTGC-TGA-TT-G-AATTTGTT
gi|2709                       : GTCGAC-CGTTCCAGGACGGT-A-TCCT-TCG--CGGT-AA-TGTGATGTT-T----TGCGTT-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCC
gi|2710                       :  TCTGC-CGTTCCAGGCCGGT-AATCCG-TCG--CGGTGAA-TA-----CT-C----TG-G-T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAA-----GAGGA-G-T-GC--A--C-CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--AT--AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTGTT
gi|2711                       :  TCTGC-CGTTCCAGACCGGT-A-TCTG-TCA--CGGT----T------AT-C----TG-G-T-G-TT---TT---GCG-T-T-T--CGC----CG-C--CCT--AAATTAAAT---GGAGGA-G-TTGCC-A--CGCCACTAG--TCTGC-AG--C-TTTCATGGC--ATG-AAC-TT--G-AA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-G-AA-TTTTT
gi|2712                       :     GC-CGTTCC-GGCCGGT-ACTCCGGTCG--CGGT-AA-T------CT-C----TG-G-TTG-TT---TTT--GCG-T-T----CGC----CG-CACCCCGTAACTCAA-T---GGAGGA-GGT-GC--A--C-CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CAT-GC--ATG-AACATT--G--A---ACTTT-C---AGTAAGTGATTGT-GGA-TT-G-AATTTGTT
gi|2713                       :                             -TCG--GGAT-AA-C------C--C----TG-G-T-T-TG---TG---GCG-C-TCT--CGT----CG-CACCCC--AACTCCAAT---GGAAGA-G-T-GC--
gi|2714                       :           acccgtcgcgatgacCCG-TCG--CGGT-GA-A------AC-CGGGATA-G-T-A-TTCCTTTCTGGCGCT-T-T--CGT----CG-CACCCC--AACTCCAAT---GGAAGA-G-T-G--------CTACTAA--TTT
gi|2715                       :                           CG-TCG--CGGT-GA-CG-----CT-T----CA-G---G-TT---TT----CG-T-C-TATCGT----CG-CACCTC--AACGCAAAT---GGAGGA-G-T-
gi|2716                       :                                                                          ---GCG-T-T-T--CGC----CG-CACCCC--AACTCAAAT---GGAGGA-G-T-GC--A--C-CCACTAG--TCTGC-AG--C-TT-CATGGC--ATGAAAC-TT--GAAA---ACTTTGC---AGT-AGTGATTGT-TGA-TT-GAAA-TTG
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