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Reference ( gi|100279 )       : AAATTAAT-A---A-TCT-A----ATTTAGC--AAG-ATG-GCCAACA-CA----A-T-CACCGGATTT-AATTATA--A-AACATCTGG----T----T-------------ACACTAGAA----ACCCGT--G-CCTA-TTT-CATGAACTCCCAAC----ATGATCTT
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Alignments
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Reference ( family-705 )      : AAATTAAT-A---A-TCT-A----ATTCAGC--AAG-ATG-GCCAGCA-CA----A-T-CACCGGATTT-AAATATA--A-AACATCTG---GT----T-------------AC----ACTAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATCTT
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gi|100286                     : AAAT-AAT-A---A-TTT-A----ATTTAGC--AAA-ATG-ACCAACA-CA----A-T-CACCGGATTT-AAATATA--A-AACTTCTG---GT----T-------------AC----ACCAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTT-CATGAA
gi|100287                     : AAATTGAT-A---A-TTT-A----AT---AC--AAG-ATG-ACCAGCT-CA----A-T-CACAGGATTT-AAATTTA--A-AACATCTG---GT----T-------------AC----ACTAGAA----ACGTGT--G-TATA-TTT-CATAAAC-CCCAGT----AAGATCTT
gi|100288                     : AATTTAAT-A---A-TCTTG----ATACATC--AAG-ATG-GTCAGCATCA----AGT-CACTGGATTT-AATGATA--A-A-CATCTG----T----T-------------AC----ACTAGA------CCCGTTCG-TCTACTTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATCT
gi|100289                     : AAATTGAT-A---A-TTT-A----ATACAAC--AAG-ATG-GTCAACA-CA----A-C-CACAGGATTT-GAATTTA--A-AACATCTA---GT----TACATTTGAAATGAAC----ACTAGAAGTTTACCCGT--G-TCTA-T-----TACACTCCCAGC----AAGATCTT
gi|100290                     : AAATTAAT-ATAAA-TCT--------TTAGC--AAGGATG-GCCAACA-AA----A-T-CACTG-ATTT-AAATTTA--A-CACA-ATG---GT----T-------------ACTTACACTA-AA----ACCCGT--G-TCGA-TTT-CATAATCT
gi|100291                     : AAAT-AAC-A---ACTTT-G----ATATAAC--AAA-ATG-ATCAGCA-CA----A-T-CATTAGATTT-AAATATA--A-AAGATCTG---GT----TAAATTTGAAATGAAC----ACTAGAA----ACCCGT--G-CCCA-TTA-CA
gi|100292                     : AAATTTATTA---A-TCT-ATTAGATTTAGCGCAAG-ATAAGCCAACAATA----A-TTCAC-GGATTTTAAATATA--AGAACATCTG---TTAC--T-------------AC----ACTAGAA----A-CCGT--GTTCGA-TTT-CA
gi|100293                     : AAATTAAT-G---A-TTT-A----ATTAGAA--AAG-ATG-GC---CG-CA----A---CAC------T-AAATA-A--A-AACTCCTGGTTGT----T-------------AC----ACTAGCA----A-CTGT--G-TCTA-TTCGCATAAACTCCCA------ATGAT
gi|100294                     : AAATCAAT-A---A-TCT-A----ATT-AGC--AAG-ATG-GCCAACT-AA----A-T-TACCGGGTTT-AAATATAGTA-GACA
gi|100295                     : AAATTAAT-A---A-TTT-A----AT---AC--AAG-ATG-GTCAGCA-CA----A-T-CACTGGAT
gi|100296                     :  AAGTAAT-A---A-TCT-A----ATTAAGC--TAG-ATG-GCCAACA-CA----A-T-CACCAGATTT-AAATATA--A-AACATCTG---GTTTAAT-------------AC----ACTAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATCTT
gi|100297                     :       AT-A---A-TTT-A----ATACAAC--AAG-ATG-ACCAGCC-CA----A-T-TACTGGATTC-AAATGTA--A-AACATCTG---GT----T-------------AC----ACTAGAA----TATCGT--G-TCTA-ATT-CATAAACTCTCAAC----AAGATCTT
gi|100298                     :                                --AAG-ATG-GCCAACA-CATTGAA-T-CATCGGAT---------G--A-AACCTGTG-------------------------------TGG---------CGT--G-TCTA-TTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATC
gi|100299                     :                                                A-CA----A-T-CACCGGATTT-AAATATA--A-AACATCTG---GT----TACATTTGAAATGAAC----ACTACAA----ACTCGT--G-TATA-TTT-CAT-AACTCCGAACTTGTAAGATCTT
gi|100300                     :                                                                                              T----T-------------CC----ACTAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTC-CATAAACACCCACC----ATGACCTT


blockSeqs                     :         T TAA C   T TTAG  TT   GC   G   A       T  TTGA G T   T      T       GT G        GTT  TTAA ACATTTGAAATGA  TTAC       GTTT      TC T    C   G              CGTG
blockSeqs                     :         . .   .   . .     TC   .    .   .       A  .    . .   C      .       .  .        .    AC   AAATTTGAAATGA  .          .         .  .    .   .              TTGT
blockSeqs                     :         . .   .   . .     TT   .    .   .       .  .    . .   C      .       .  .        .    .    ACATTTGAAATGA  .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     AC   .    .   .       .  .    . .   T      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     AC   .    .   .       .  .    . .   T      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     TT   .    .   .       .  .    . .   C      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     TT   .    .   .       .  .    . .   C      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     AC   .    .   .       .  .    . .   A      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     AC   .    .   .       .  .    . .   T      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     TT   .    .   .       .  .    . .   A      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     AT   .    .   .       .  .    . .   T      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     TT   .    .   .       .  .    . .   T      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     TA   .    .   .       .  .    . .   C      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     TA   .    .   .       .  .    . .   T      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .              .   
blockSeqs                     :         . .   .   . .     AC   .    .   .       .  .    . .   C      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .                  
blockSeqs                     :         . .   .   . .     T    .    .   .       .  .    . .   T      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .                  
blockSeqs                     :         . .   .   . .     .    .    .   .       .  .    . .   C      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .                  
blockSeqs                     :         . .   .   . .     .    .    .   .       .  .    . .   C      .       .  .        .    .    .              .          .         .  .    .   .                  
blockSeqs                     :                                .    .   .       .  .    . .   .      .       .  .             .    .              .          .         .  .    .   .                  
blockSeqs                     :                                                 .  .    . .   .                                                                                                       


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAATTAAT-A---A-TCT-A----ATTCAGC--AAG-ATG-GCCAGCA-CA----A-T-CACCGGATTT-AAATATA--A-AACATCTG---GT----T-------------AC----ACTAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATCTT
finalCons                     : AAATTAAT-A---A-TCT-A----ATTCAGC--AAG-ATG-GCCAGCA-CA----A-T-CACCGGATTT-AAATATA--A-AACATCTG---GT----T-------------AC----ACTAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATCTT





Alignments
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lowQualScore                  :         2 333 2   2 4444  99   22   2   2    0  3  4444 1 1   3      2       22 2        333  7777 3333333333333  4444       4444      22 2    2   2              1111        
lowQualScore                  :         . ... .   . ....  ..   ..   .   .    .  .  .... . .   .      .       .. .        ...  .... .............  ....       ....      .. .    .   .              ....        
lowQualScore                  :         1 777 1   1 5555  00   88   0   0    2  8  0000 9 9   2      0       88 0        777  0000 0000000000000  2222       2222      88 0    0   0              3333        
consensus                     : AAATTAAT-A---A-TCT-A----ATTCAGC--AAG-ATG-GCCAGCA-CA----A-T-CACCGGATTT-AAATATA--A-AACATCTG---GT----T-------------AC----ACTAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATCTT
Reference ( family-705 )      : AAATTAAT-A---A-TCT-A----ATTCAGC--AAG-ATG-GCCAGCA-CA----A-T-CACCGGATTT-AAATATA--A-AACATCTG---GT----T-------------AC----ACTAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATCTT
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gi|100289                     : AAATTGAT-A---A-TTT-A----ATACAAC--AAG-ATG-GTCAACA-CA----A-C-CACAGGATTT-GAATTTA--A-AACATCTA---GT----TACATTTGAAATGAAC----ACTAGAAGTTTACCCGT--G-TCTA-T-----TACACTCCCAGC----AAGATCTT
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gi|100291                     : AAAT-AAC-A---ACTTT-G----ATATAAC--AAA-ATG-ATCAGCA-CA----A-T-CATTAGATTT-AAATATA--A-AAGATCTG---GT----TAAATTTGAAATGAAC----ACTAGAA----ACCCGT--G-CCCA-TTA-CA
gi|100292                     : AAATTTATTA---A-TCT-ATTAGATTTAGCGCAAG-ATAAGCCAACAATA----A-TTCAC-GGATTTTAAATATA--AGAACATCTG---TTAC--T-------------AC----ACTAGAA----A-CCGT--GTTCGA-TTT-CA
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gi|100295                     : AAATTAAT-A---A-TTT-A----AT---AC--AAG-ATG-GTCAGCA-CA----A-T-CACTGGAT
gi|100296                     :  AAGTAAT-A---A-TCT-A----ATTAAGC--TAG-ATG-GCCAACA-CA----A-T-CACCAGATTT-AAATATA--A-AACATCTG---GTTTAAT-------------AC----ACTAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATCTT
gi|100297                     :       AT-A---A-TTT-A----ATACAAC--AAG-ATG-ACCAGCC-CA----A-T-TACTGGATTC-AAATGTA--A-AACATCTG---GT----T-------------AC----ACTAGAA----TATCGT--G-TCTA-ATT-CATAAACTCTCAAC----AAGATCTT
gi|100298                     :                                --AAG-ATG-GCCAACA-CATTGAA-T-CATCGGAT---------G--A-AACCTGTG-------------------------------TGG---------CGT--G-TCTA-TTT-CATAAACTCCCAAC----ATGATC
gi|100299                     :                                                A-CA----A-T-CACCGGATTT-AAATATA--A-AACATCTG---GT----TACATTTGAAATGAAC----ACTACAA----ACTCGT--G-TATA-TTT-CAT-AACTCCGAACTTGTAAGATCTT
gi|100300                     :                                                                                              T----T-------------CC----ACTAGAA----ACCCGT--G-TCTA-TTC-CATAAACACCCACC----ATGACCTT