lowQualScore : 22222 111 111
lowQualScore : 1 1 9 77777 444 1 1 888 0 88 22 1 22 2 22 22 333 1 4 555 22 555555 1 22 22 999 1 66 2 22
lowQualScore : . . . ..... ... . . ... . .. .. . .. . .. .. ... . . ... .. ...... . .. .. ... . .. . ..
lowQualScore : 0 8 0 22222 000 4 0 666 7 00 66 9 66 4 66 66 333 9 0 777 66 555555 9 66 66 555 9 33 0 88
consensus : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGAAGA-AG--AAGTCTGGACA--CGCGGGGAT--AACGA-NA--TC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CA-GGGTG-A--A------CTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
Reference ( gi|3549 ) : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGATGA-TC--AAGTCTGGACA--TGCGGGGAG--AACGA-AA--TC-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CA-GAGTG-A--A------CTACT-GA--C--ATCAATAG-AA-ACCAA-ATC-A--GGGAA
gi|3548 : CTATACAGTGTTAGCTGTGTCAATGAAGA-AA--AGGTTTGGACA--CGCGGGGAT--AACGA-AA--TC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CA-GGGTA-A--A------CTACT-GT--C--ATCAATAC-AA-ACCAA-ATC-A--GGGGA
gi|3550 : CCATACAGTGTTAGCTGTGTCAGTGAAGA-AC--AAGTCTGGACA--CGTGGGGAA--AACAA-CA--TC-AAGAAGCT--CCTCA--AC-CAC---CA-TGGTA-A--A------CTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GAGAA
gi|3554 : CTACGCGGTGTTAGCTGTCTGAGTGAAGA-AC--AAGTCTGGACA--TGTGGGGGT--AACAA-TA--CC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CA-GAGTG-A--A------AGACT-GA--C--ATCAATAC-AA-ACCAG-GTC-A--GGGAA
gi|3551 : CTATTCAGTGTTAGCTGTCTCGGTGAAAA-TC--AAGTCTGGACG--TGTGGGGAT--ACCAA-CA--TC-ATGAAGCT--CCTCA--CC-GTT---CA-GGGTA-A--A------CTACT-GT--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3553 : CTAAATGGTGTTAGCTGCCTCAGTGAAGA-AA--AAGTTTGGACA--TGCGGGGAT--GACAA-AA--TC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CA-GAGTG-A--A------TAACT-GCTTC--ATCAATAC-AA-ACCAATGTC-A--GAGAA
gi|3555 : CTCTGCAGTGTTAGGTGTTTCAGAGAAGA------AATATGGACA--AGTGGAAAT--AACGA-AA--TG-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CA-GGGGG-A--A------CTACT-GA--C--ATCAATCG-AA-ACCGA-GTC-A--GGGAA
gi|3556 : CTACGC-GTGTTAGCTGTCTGAGTGAAGA-AC--AAGTCTGGACA--TGT-GGGAGTAGACAA-CA--CCAATGAAGCT--CCTCA--ACGCTC---CA-GAGTG-A--A------CGACTCGA--CAAATCAATAACAA-ACCAG-TTC-ATGGGGA
gi|3552 : CTATACAGTATTAGCTGTCTC-GTGAAGACTCAAAAGTCTGGACG--AGCGGGACT--GACAA-CA--TC-A-GAAGCCTGCCTCACGGT-CT----CA-GGGTG-A--A------CAACT-GT--C--ATCAGTAA-AA-ACC---GTC-A--GGGAA
gi|3557 : CTATACGATGTGGCCTGTCTGAGTTATGA-GG--AAATCTGGACA--TGTGGAGAC--ACCAA-CA--CC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCA-GGGAT-C--A------CTACT-CA--C--GTCAATCA-CA-ACCAA-GTC-T--GGGAA
gi|3560 : CTGTACAACGTGGCCTGTCTGAGTGATGA-GG--AAATCTGGACA--AGTGGAGAT--AGCAG-CA--TC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATC---AATCAGCC-ATCA------CTACT-CA--A--GTCAATCA-CA-ACCAA-GTCTG--GGGAA
gi|3558 : CTTTACAATGTGGCCTGTCTTAGTGATGA-AG--AAATCTGGACA--TATGGAGAT--ATCAG-AA--CC-TTAAAACT--CTTCA--GC-ATCAATCA-GGGAT-C--A------CTACT-CA--A--GTCAATCA-CA-ACTAA-GTT-C--GGG
gi|3559 : CTATACAATATTAATTGTTGCGTTGCAGA-AG--AAAGCTGTACA--AATGGATAT--AACGA-AA--TC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTT---CG-TGGAA-A--A------C-AAA-AA--C--GTCAGGAA-AATACCAA-A
gi|3561 : CTTTACAATGTGGCCTGTCAGGGTGATGA-AG--AAATCTGGACC--CGTGGATAT--GGCAG-CA--CC-ATGAAACT--CTTCA--GC-ATCAATCA-GGGAT-C--A------CTACT-AA--A--GTCAATCA-GA-ACAAG-GTC-A--GGGAA
gi|3562 : TACACAGTGTTCGATGTCTCAGTGAAAA-GA--AAGTCTGGACA--TGTGGGAAC--AATAA-TA--TC-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CA-GGGTA-A--A------CTTCT-TG--C--ATCAATAA-AA-ACAAA-GTC-A--GGGAA
gi|3563 : TATACAGTGTTAGGTGTCTTAGCGAAGA-AA--AAGTTTGGACA--TGTGGGGAT--GACGA-AA--CG-ATGATGCT--CTTTA--AT-ATC---CA-TGGTA-A--A------CTACT-GA--C--ATCAGTTC-AA-ACCGA-GTC-A--
gi|3564 : TATTCAGTGTAATATGTCTTAATGATGA-AG--AATTCTGGACA--CTTGGGAAT--GACAA-AA--TC-ATAAGGCT--TTACA--AT-CTC---GA-AGGTA-A--A------TTACT-GA--G--ATCTTTGA-AA-ACCAC-GTC-A--
gi|3565 : ATACAGTGTTATCA--CTCACTGACGA-AA--AAGTCTGGACA--CGCGGA-AT--AACAA-CA--TC-TTGAAGCT--CCTCA--AC-GTC---CA-GGGAA-A--A------CTACT-GA--C--ATCAATAC-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3567 : CGGTGTTAGCTGTATAAGTGAAAA-CG--AAATATGGAC----GCATGGA---AATGACAATCTC-ATGAAGCT--CCTTA--GC-CTC---AA-GAGTG-A--A------CTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3566 : CAGTGTTAA--G-CTCAGTGAAGA-AC--AAATATGGACA--TGTGGGGGT--GATGA-AA--TC-ATGAGGCT--CGTCA--AC-CTT---CA-GGGAA-A--A------CTACT-GA--C--ATCGGTAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGGA
gi|3568 : CAATGTGGCCTGTCTGAGTGATGA-AG--AAATCTGGACA--CGTGGAAAT--GGCAG-CA--CC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCA-G---G-A--ATCACGTCTACT-CA--A--GTCAATCG-CA-ACCAA-GTC-C--GGGAA
gi|3569 : CAGTGTTACCTGTCTGAGTGAAGA-AG--AATTCTGGACAAGTGCAAA-AGTCAGTGA------T-ATGAAATG--CTTTA--AT-GTT---CA-AGGTACA--G------TTATC-AG--T--A-CAATCA-AA-GCAAA-ATC-A--GGG
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 0 1 0 333 1 3 2 0 333 1 0 1 1 22 22 22 555 555555 55 22 1 22 22 0 1 1 1 1 22
lowQualScore : . . . ... . . . . ... . . . . .. .. .. ... ...... .. .. . .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 5 3 4 222 2 0 4 4 222 8 9 0 8 55 55 00 999 222222 99 55 8 55 55 5 8 8 8 9 66
consensus : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGAAGA---AGAAGTCTGGACACGTGGGGA---TA-ACGANATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
Reference ( family-703 ) : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGAAGA---AGAAGTCTGGACACGCGGGGA---TA-ACGANATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3548 : CTATACAGTGTTAGCTGTGTCAATGAAGA---AAAGGTTTGGACACGCGGGGA---TA-ACGAAATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTA-A--ACTACT-GT--C--ATCAATAC-AA-ACCAA-ATC-A--GGGGA
gi|3549 : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGATGA---TCAAGTCTGGACATGCGGGGA---GA-ACGAAATC-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CAGA------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAG-AA-ACCAA-ATC-A--GGGAA
gi|3550 : CCATACAGTGTTAGCTGTGTCAGTGAAGA---ACAAGTCTGGACACGTGGGGA---AA-ACAACATC-AAGAAGCT--CCTCA--AC-CAC---CATG------GTA-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GAGAA
gi|3551 : CTATTCAGTGTTAGCTGTCTCGGTGAAAA---TCAAGTCTGGACGTGTGGGGA---TA-CCAACATC-ATGAAGCT--CCTCA--CC-GTT---CAGG------GTA-A--ACTACT-GT--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3552 : CTATACAGTATTAGCTGTCTC-GTGAAGACTCAAAAGTCTGGACGAGCGGGAC---TG-ACAACATC-A-GAAGCCTGCCTCACGGT-CTC----AGG------GTG-A--ACAACT-GT--C--ATCAGTAA-AA-ACC---GTC-A--GGGAA
gi|3553 : CTAAATGGTGTTAGCTGCCTCAGTGAAGA---AAAAGTTTGGACATGCGGGGA---TG-ACAAAATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGA------GTG-A--ATAACT-GCTTC--ATCAATAC-AA-ACCAATGTC-A--GAGAA
gi|3554 : CTACGCGGTGTTAGCTGTCTGAGTGAAGA---ACAAGTCTGGACATGTGGGGG---TA-ACAATACC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGA------GTG-A--AAGACT-GA--C--ATCAATAC-AA-ACCAG-GTC-A--GGGAA
gi|3555 : CTCTGCAGTGTTAGGTGTTTCAG---AGA---AGAAATATGGACAAGTGGAAA---TA-ACGAAATG-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CAGG------GGG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATCG-AA-ACCGA-GTC-A--GGGAA
gi|3556 : CTACGC-GTGTTAGCTGTCTGAGTGAAGA---ACAAGTCTGGACATGTGGGAG---TAGACAACACCAATGAAGCT--CCTCA--ACGCTC---CAGA------GTG-A--ACGACTCGA--CAAATCAATAACAA-ACCAG-TTC-ATGGGGA
gi|3557 : CTATACGATGTGGCCTGTCTGAGTTATGA---GGAAATCTGGACATGTGGAGA---CA-CCAACACC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCAGG------GAT-C--ACTACT-CA--C--GTCAATCA-CA-ACCAA-GTC-T--GGGAA
gi|3558 : CTTTACAATGTGGCCTGTCTTAGTGATGA---AGAAATCTGGACATATGGAGA---TA-TCAGAACC-TTAAAACT--CTTCA--GC-ATCAATCAGG------GAT-C--ACTACT-CA--A--GTCAATCA-CA-ACTAA-GTT-C--GGG
gi|3559 : CTATACAATATTAATTGTTGCGTTGCAGA---AGAAAGCTGTACAAATGGATA---TA-ACGAAATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTT---CGTG------GAA-A--AC-AAA-AA--C--GTCAGGAA-AATACCAA-
gi|3560 : CTGTACAACGTGGCCTGTCTGAGTGATGA---GGAAATCTGGACAAGTGGAGA---TA-GCAGCATC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCA--------GCC-ATCACTACT-CA--A--GTCAATCA-CA-ACCAA-GTCTG--GGGAAa
gi|3561 : CTTTACAATGTGGCCTGTCAGGGTGATGA---AGAAATCTGGACCCGTGGATA---TG-GCAGCACC-ATGAAACT--CTTCA--GC-ATCAATCAGG------GAT-C--ACTACT-AA--A--GTCAATCA-GA-ACAAG-GTC-A--GGGAA
gi|3562 : TACACAGTGTTCGATGTCTCAGTGAAAA---GAAAGTCTGGACATGTGGGAA---CA-ATAATATC-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CAGG------GTA-A--ACTTCT-TG--C--ATCAATAA-AA-ACAAA-GTC-A--GGGAA
gi|3563 : TATACAGTGTTAGGTGTCTTAGCGAAGA---AAAAGTTTGGACATGTGGGGA---TG-ACGAAACG-ATGATGCT--CTTTA--AT-ATC---CATG------GTA-A--ACTACT-GA--C--ATCAGTTC-AA-ACCGA-GTC-A--
gi|3564 : TATTCAGTGTAATATGTCTTAATGATGA---AGAATTCTGGACACTTGGGAA---TG-ACAAAATC-ATAAGGCT--TTACA--AT-CTC---GAAG------GTA-A--ATTACT-GA--G--ATCTTTGA-AA-ACCAC-GTC-A--
gi|3565 : ATACAGTGTTATCA--CTCACTGACGA---AAAAGTCTGGACACGCGGA-A---TA-ACAACATC-TTGAAGCT--CCTCA--AC-GTC---CAGG------GAA-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAC-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3566 : CAGTGTTAA--G-CTCAGTGAAGA---ACAAATATGGACATGTGGGGG---TG-ATGAAATC-ATGAGGCT--CGTCA--AC-CTT---CAGG------GAA-A--ACTACT-GA--C--ATCGGTAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGGA
gi|3567 : CGGTGTTAGCTGTATAAGTGAAAA---CGAAATATGGACGCATGGAAA---TG-ACAATCTC-ATGAAGCT--CCTTA--GC-CTC---AAGA------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3568 : CAATGTGGCCTGTCTGAGTGATGA---AGAAATCTGGACACGTGGAAA---TG-GCAGCACC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCAGGAATCACGT------CTACT-CA--A--GTCAATCG-CA-ACCAA-GTC-C--GGGAA
gi|3569 : CAGTGTTACCTGTCTGAGTGAAGA---AGAATTCTGGACAAGTGCAAAAGTCA-GTGAT----ATGAAATG--CTTTA--AT-GTT---CAAG------GTACA--GTTATC-AG--T--A-CAATCA-AA-GCAAA-ATC-A--GGG
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 0 1 0 333 1 3 0 333 1 0 1 1 22 22 22 555 555555 55 22 1 22 22 0 1 1 1 1 22
lowQualScore : . . . ... . . . ... . . . . .. .. .. ... ...... .. .. . .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 5 3 4 222 2 0 4 222 8 9 0 8 55 55 00 999 222222 99 55 8 55 55 5 8 8 8 9 66
consensus : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGAAGA---AGAAGTCTGGACACGTGGGGA---TA-ACGANATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
Reference ( family-703 ) : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGAAGA---AGAAGTCTGGACACGTGGGGA---TA-ACGANATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3548 : CTATACAGTGTTAGCTGTGTCAATGAAGA---AAAGGTTTGGACACGCGGGGA---TA-ACGAAATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTA-A--ACTACT-GT--C--ATCAATAC-AA-ACCAA-ATC-A--GGGGA
gi|3549 : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGATGA---TCAAGTCTGGACATGCGGGGA---GA-ACGAAATC-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CAGA------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAG-AA-ACCAA-ATC-A--GGGAA
gi|3550 : CCATACAGTGTTAGCTGTGTCAGTGAAGA---ACAAGTCTGGACACGTGGGGA---AA-ACAACATC-AAGAAGCT--CCTCA--AC-CAC---CATG------GTA-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GAGAA
gi|3551 : CTATTCAGTGTTAGCTGTCTCGGTGAAAA---TCAAGTCTGGACGTGTGGGGA---TA-CCAACATC-ATGAAGCT--CCTCA--CC-GTT---CAGG------GTA-A--ACTACT-GT--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3552 : CTATACAGTATTAGCTGTCTC-GTGAAGACTCAAAAGTCTGGACGAGCGGGAC---TG-ACAACATC-A-GAAGCCTGCCTCACGGT-CTC----AGG------GTG-A--ACAACT-GT--C--ATCAGTAA-AA-ACC---GTC-A--GGGAA
gi|3553 : CTAAATGGTGTTAGCTGCCTCAGTGAAGA---AAAAGTTTGGACATGCGGGGA---TG-ACAAAATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGA------GTG-A--ATAACT-GCTTC--ATCAATAC-AA-ACCAATGTC-A--GAGAA
gi|3554 : CTACGCGGTGTTAGCTGTCTGAGTGAAGA---ACAAGTCTGGACATGTGGGGG---TA-ACAATACC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGA------GTG-A--AAGACT-GA--C--ATCAATAC-AA-ACCAG-GTC-A--GGGAA
gi|3555 : CTCTGCAGTGTTAGGTGTTTCAG---AGA---AGAAATATGGACAAGTGGAAA---TA-ACGAAATG-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CAGG------GGG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATCG-AA-ACCGA-GTC-A--GGGAA
gi|3556 : CTACGC-GTGTTAGCTGTCTGAGTGAAGA---ACAAGTCTGGACATGTGGGAG---TAGACAACACCAATGAAGCT--CCTCA--ACGCTC---CAGA------GTG-A--ACGACTCGA--CAAATCAATAACAA-ACCAG-TTC-ATGGGGA
gi|3557 : CTATACGATGTGGCCTGTCTGAGTTATGA---GGAAATCTGGACATGTGGAGA---CA-CCAACACC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCAGG------GAT-C--ACTACT-CA--C--GTCAATCA-CA-ACCAA-GTC-T--GGGAA
gi|3558 : CTTTACAATGTGGCCTGTCTTAGTGATGA---AGAAATCTGGACATATGGAGA---TA-TCAGAACC-TTAAAACT--CTTCA--GC-ATCAATCAGG------GAT-C--ACTACT-CA--A--GTCAATCA-CA-ACTAA-GTT-C--GGG
gi|3559 : CTATACAATATTAATTGTTGCGTTGCAGA---AGAAAGCTGTACAAATGGATA---TA-ACGAAATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTT---CGTG------GAA-A--AC-AAA-AA--C--GTCAGGAA-AATACCAA-
gi|3560 : CTGTACAACGTGGCCTGTCTGAGTGATGA---GGAAATCTGGACAAGTGGAGA---TA-GCAGCATC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCA--------GCC-ATCACTACT-CA--A--GTCAATCA-CA-ACCAA-GTCTG--GGGAAa
gi|3561 : CTTTACAATGTGGCCTGTCAGGGTGATGA---AGAAATCTGGACCCGTGGATA---TG-GCAGCACC-ATGAAACT--CTTCA--GC-ATCAATCAGG------GAT-C--ACTACT-AA--A--GTCAATCA-GA-ACAAG-GTC-A--GGGAA
gi|3562 : TACACAGTGTTCGATGTCTCAGTGAAAA---GAAAGTCTGGACATGTGGGAA---CA-ATAATATC-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CAGG------GTA-A--ACTTCT-TG--C--ATCAATAA-AA-ACAAA-GTC-A--GGGAA
gi|3563 : TATACAGTGTTAGGTGTCTTAGCGAAGA---AAAAGTTTGGACATGTGGGGA---TG-ACGAAACG-ATGATGCT--CTTTA--AT-ATC---CATG------GTA-A--ACTACT-GA--C--ATCAGTTC-AA-ACCGA-GTC-A--
gi|3564 : TATTCAGTGTAATATGTCTTAATGATGA---AGAATTCTGGACACTTGGGAA---TG-ACAAAATC-ATAAGGCT--TTACA--AT-CTC---GAAG------GTA-A--ATTACT-GA--G--ATCTTTGA-AA-ACCAC-GTC-A--
gi|3565 : ATACAGTGTTATCA--CTCACTGACGA---AAAAGTCTGGACACGCGGA-A---TA-ACAACATC-TTGAAGCT--CCTCA--AC-GTC---CAGG------GAA-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAC-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3566 : CAGTGTTAA--G-CTCAGTGAAGA---ACAAATATGGACATGTGGGGG---TG-ATGAAATC-ATGAGGCT--CGTCA--AC-CTT---CAGG------GAA-A--ACTACT-GA--C--ATCGGTAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGGA
gi|3567 : CGGTGTTAGCTGTATAAGTGAAAA---CGAAATATGGACGCATGGAAA---TG-ACAATCTC-ATGAAGCT--CCTTA--GC-CTC---AAGA------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3568 : CAATGTGGCCTGTCTGAGTGATGA---AGAAATCTGGACACGTGGAAA---TG-GCAGCACC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCAGGAATCACGT------CTACT-CA--A--GTCAATCG-CA-ACCAA-GTC-C--GGGAA
gi|3569 : CAGTGTTACCTGTCTGAGTGAAGA---AGAATTCTGGACAAGTGCAAAAGTCA-GTGAT----ATGAAATG--CTTTA--AT-GTT---CAAG------GTACA--GTTATC-AG--T--A-CAATCA-AA-GCAAA-ATC-A--GGG
blockSeqs : C CTC C T AGT G A A TG CG GC AAT AATCAC AC TC C TT AA C T T T TG
blockSeqs : C . C C . . C . . . C AAT . G . . . . . . . . .
blockSeqs : C . C T . . C . . . C AAT . A . . . . . . . . .
blockSeqs : C . A A . . C . . . G AAT . A . . . . . . . . .
blockSeqs : C . A T . . A . . . C AAT . G . . . . . . . . .
blockSeqs : G . C T . . T . . . C . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : C . G A . . A . . . C . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : G . C T . . C . . . C . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : G . G T . . C . . . A . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : T . G T . . A . . . A . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : C . G A . . A . . . C . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : G . G A . . C . . . A . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : G . G C . . C . . . A . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : C . A T . . T . . . C . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : T . A T . . A . . . A . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : T . G C . . A . . . C . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : C . A C . . C . . . G . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : C . C T . . A . . . C . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . G C . . T . . . C . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : G . G C . . C . . . A . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : G . G A . . T . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGAAGA---AGAAGTCTGGACACGTGGGGA---TA-ACGANATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
finalCons : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGAAGA---AGAAGTCTGGACACGTGGGGA---TA-ACGANATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 0 1 0 333 1 3 0 333 1 0 1 1 22 22 22 555 555555 55 22 1 22 22 0 1 1 1 1 22
lowQualScore : . . . ... . . . ... . . . . .. .. .. ... ...... .. .. . .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 5 3 4 222 2 0 4 222 8 9 0 8 55 55 00 999 222222 99 55 8 55 55 5 8 8 8 9 66
consensus : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGAAGA---AGAAGTCTGGACACGTGGGGA---TA-ACGANATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
Reference ( family-703 ) : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGAAGA---AGAAGTCTGGACACGTGGGGA---TA-ACGANATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3548 : CTATACAGTGTTAGCTGTGTCAATGAAGA---AAAGGTTTGGACACGCGGGGA---TA-ACGAAATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGG------GTA-A--ACTACT-GT--C--ATCAATAC-AA-ACCAA-ATC-A--GGGGA
gi|3549 : CTATACAGTGTTAGCTGTCTCAGTGATGA---TCAAGTCTGGACATGCGGGGA---GA-ACGAAATC-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CAGA------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAG-AA-ACCAA-ATC-A--GGGAA
gi|3550 : CCATACAGTGTTAGCTGTGTCAGTGAAGA---ACAAGTCTGGACACGTGGGGA---AA-ACAACATC-AAGAAGCT--CCTCA--AC-CAC---CATG------GTA-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GAGAA
gi|3551 : CTATTCAGTGTTAGCTGTCTCGGTGAAAA---TCAAGTCTGGACGTGTGGGGA---TA-CCAACATC-ATGAAGCT--CCTCA--CC-GTT---CAGG------GTA-A--ACTACT-GT--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3552 : CTATACAGTATTAGCTGTCTC-GTGAAGACTCAAAAGTCTGGACGAGCGGGAC---TG-ACAACATC-A-GAAGCCTGCCTCACGGT-CTC----AGG------GTG-A--ACAACT-GT--C--ATCAGTAA-AA-ACC---GTC-A--GGGAA
gi|3553 : CTAAATGGTGTTAGCTGCCTCAGTGAAGA---AAAAGTTTGGACATGCGGGGA---TG-ACAAAATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGA------GTG-A--ATAACT-GCTTC--ATCAATAC-AA-ACCAATGTC-A--GAGAA
gi|3554 : CTACGCGGTGTTAGCTGTCTGAGTGAAGA---ACAAGTCTGGACATGTGGGGG---TA-ACAATACC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTC---CAGA------GTG-A--AAGACT-GA--C--ATCAATAC-AA-ACCAG-GTC-A--GGGAA
gi|3555 : CTCTGCAGTGTTAGGTGTTTCAG---AGA---AGAAATATGGACAAGTGGAAA---TA-ACGAAATG-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CAGG------GGG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATCG-AA-ACCGA-GTC-A--GGGAA
gi|3556 : CTACGC-GTGTTAGCTGTCTGAGTGAAGA---ACAAGTCTGGACATGTGGGAG---TAGACAACACCAATGAAGCT--CCTCA--ACGCTC---CAGA------GTG-A--ACGACTCGA--CAAATCAATAACAA-ACCAG-TTC-ATGGGGA
gi|3557 : CTATACGATGTGGCCTGTCTGAGTTATGA---GGAAATCTGGACATGTGGAGA---CA-CCAACACC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCAGG------GAT-C--ACTACT-CA--C--GTCAATCA-CA-ACCAA-GTC-T--GGGAA
gi|3558 : CTTTACAATGTGGCCTGTCTTAGTGATGA---AGAAATCTGGACATATGGAGA---TA-TCAGAACC-TTAAAACT--CTTCA--GC-ATCAATCAGG------GAT-C--ACTACT-CA--A--GTCAATCA-CA-ACTAA-GTT-C--GGG
gi|3559 : CTATACAATATTAATTGTTGCGTTGCAGA---AGAAAGCTGTACAAATGGATA---TA-ACGAAATC-ATGAAGCT--CCTCA--AC-CTT---CGTG------GAA-A--AC-AAA-AA--C--GTCAGGAA-AATACCAA-
gi|3560 : CTGTACAACGTGGCCTGTCTGAGTGATGA---GGAAATCTGGACAAGTGGAGA---TA-GCAGCATC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCA--------GCC-ATCACTACT-CA--A--GTCAATCA-CA-ACCAA-GTCTG--GGGAAa
gi|3561 : CTTTACAATGTGGCCTGTCAGGGTGATGA---AGAAATCTGGACCCGTGGATA---TG-GCAGCACC-ATGAAACT--CTTCA--GC-ATCAATCAGG------GAT-C--ACTACT-AA--A--GTCAATCA-GA-ACAAG-GTC-A--GGGAA
gi|3562 : TACACAGTGTTCGATGTCTCAGTGAAAA---GAAAGTCTGGACATGTGGGAA---CA-ATAATATC-ATGAAGCT--CCTTA--AC-CTC---CAGG------GTA-A--ACTTCT-TG--C--ATCAATAA-AA-ACAAA-GTC-A--GGGAA
gi|3563 : TATACAGTGTTAGGTGTCTTAGCGAAGA---AAAAGTTTGGACATGTGGGGA---TG-ACGAAACG-ATGATGCT--CTTTA--AT-ATC---CATG------GTA-A--ACTACT-GA--C--ATCAGTTC-AA-ACCGA-GTC-A--
gi|3564 : TATTCAGTGTAATATGTCTTAATGATGA---AGAATTCTGGACACTTGGGAA---TG-ACAAAATC-ATAAGGCT--TTACA--AT-CTC---GAAG------GTA-A--ATTACT-GA--G--ATCTTTGA-AA-ACCAC-GTC-A--
gi|3565 : ATACAGTGTTATCA--CTCACTGACGA---AAAAGTCTGGACACGCGGA-A---TA-ACAACATC-TTGAAGCT--CCTCA--AC-GTC---CAGG------GAA-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAC-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3566 : CAGTGTTAA--G-CTCAGTGAAGA---ACAAATATGGACATGTGGGGG---TG-ATGAAATC-ATGAGGCT--CGTCA--AC-CTT---CAGG------GAA-A--ACTACT-GA--C--ATCGGTAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGGA
gi|3567 : CGGTGTTAGCTGTATAAGTGAAAA---CGAAATATGGACGCATGGAAA---TG-ACAATCTC-ATGAAGCT--CCTTA--GC-CTC---AAGA------GTG-A--ACTACT-GA--C--ATCAATAA-AA-ACCAA-GTC-A--GGGAA
gi|3568 : CAATGTGGCCTGTCTGAGTGATGA---AGAAATCTGGACACGTGGAAA---TG-GCAGCACC-ATGAAACT--CTACA--GC-ATCAATCAGGAATCACGT------CTACT-CA--A--GTCAATCG-CA-ACCAA-GTC-C--GGGAA
gi|3569 : CAGTGTTACCTGTCTGAGTGAAGA---AGAATTCTGGACAAGTGCAAAAGTCA-GTGAT----ATGAAATG--CTTTA--AT-GTT---CAAG------GTACA--GTTATC-AG--T--A-CAATCA-AA-GCAAA-ATC-A--GGG