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lowQualScore                  :                  ......  .  ......     .  .. . ...   ......................................................    . .............  .     .     
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consensus                     :          CCCTGGCT------CCCTG------ACTAAAGG--C-A---GTAG--A-GC----T--G--C---TCT-----AC---TGCCTTTAG--TCA------GGAG-CA----TGG-G-A-CA-GGGAA-CCAGG
Reference ( gi|86016 )        :          CCCTGGCT------CCCTG------ACTAAAGG--C-A---GTAG--A-GC----T--G--C---TCT-----AC---TGCCTTTAG--TCAG-----GGAG-CA----TGG-G-A-CA-GGGAA-CCAGG
gi|85999                      :          CCCTGGAT------CCCTG------ACTAAAGG--C-A---GTAG--ACGC----G--G--------------A-----GC--TTA-------------GAG-CA----TGG-G-A-CA-GGGAA-CCAGG
gi|85998                      :   cctggtcCCCTGGCT------CC-TG------ACTAAAGG--C-A---GTAG--ACGC-------G--------T-----A-----GCTT---------------GGAG-CA----TGG-G-A-CA-GGGAA-CCAGG
gi|85997                      :   cctgttcCCCTGGCT------CC-TG------ACTAAAGG--C-A---GTAG--ACGC-------G--------T-----A-----GCTT---------------GGAG-CA----TGG-G-A-CA-GGGAA-CCAGG
gi|86004                      :   cctggtcCCCTGGCT------CCCTG------ACTAAACG--T-----GTA-----------------------T-----AT---AGC--TTAG-------------AG-CA----TGG-G-A-CA-GGGAA-CCAGG
gi|86014                      :   cctggtgCCCTGGCT------CC-TG------ACTAAAGG--C-A---GTAA--G-AC----------------------AC---TG-----AG---CA------TAAG-CA----CGG-G-A-CA-GGGAA-CCAGG
gi|86007                      :     tggtcCCCTGGCT------CCCTG------TCTAGAGG--C-A---GTGA--C-AC----G--GGACA--TAT-----A----TACATGTA----CAT-----GTAG-TA----TGG-G-A-CA-GGGAA-CCAGG
gi|86005                      :   cctggtcCCCTGGCT------CC-TG------ACTAAAGG--C-A---GTAG--A-GC----
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gi|86010                      :    ctggtcCCCTGGCT------CC-TG------A-TAAAGG--C-A---GTAG--A-GC----gtgg
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gi|86018                      :    cctggtcCCTGGCT------CCCTG------ACTAAAGG--C-A---GTAG--A-GCCAAGT--G--------G-----AT---TACCTTGCGACTCGGAACTTAGAG-CA----TGG-G-A-CA-GGGAA-CC
gi|85999                      :           CCTGGTT------CCCTG------TCCCA-TG--C-T---CTA---A-GC----TCCG--CG--TCT-----AC---TGCCTTTAG--TCAG-----GGAT-C-------------CA-GGGGA-CCAGG
gi|85998                      :           CCTGGTT------CCCTG------TCCCATGCTCC-A---------A-GC----T--A--CGCGTCT-----AC---TGCCTTTAG--TCAG-----GAGC-CA----GGG-GAA-CA-GG
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gi|86011                      :           CCTGGTT------CCCTG------CCTTA-TA--C-T---TTA-----------T--G--T---TCC-----ACGTCTGCCTTTAG--TCAA-----GGAG-C-------------CA-GGGAA-CCAG
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|86015 ): GTCCCCTGGCTCCCGAATATTTAAAGGCATGTTGAGACCGCGGAGCATAATCATATGACAGGAACCAGG






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lowQualScore                  :                                                   111111111111111111111111111111111111111111                             
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lowQualScore                  :                   ......  .           . ...    .. ..........................................    ....   .  .  .     .     
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consensus                     :           CCCTGGCT------CCCTGACTAAAGGC-A---GTAG--A-GC-----G--C--CTACTGCCTTTAG--TCA-G------G-AGCA----TGG-GA-CA-GGGAA-CCAGG
Reference ( family-702 )      :           CCCTGGCT------CCCTGACTAAAGGC-A---GTAG--A-GC----TG--C-TCTACTGCCTTTAG--TCA-G------G-AGCA----TGG-GA-CA-GGGAA-CCAGG
gi|85997                      :           CCCTGGCT------CC-TGACTAAAGGC-A---GTAG--A-------CG--C-------G----TAG--CTT-G------G-AGCA----TGG-GA-CA-GGGAA-CCAGG
gi|85998                      :    cctggtcCCCTGGCT------CC-TGACTAAAGGC-A---GTAG--A-------CG--C-------G----TAG--CTT-G------G-AGCA----TGG-GA-CA-GGGAA-CCAGG
gi|85999                      :    cctgttcCCCTGGAT------CCCTGACTAAAGGC-A---GTAG--ACGC----GG-------A--GC--TTA--------------G-AGCA----TGG-GA-CA-GGGAA-CCAGG
gi|86000                      :    cctggtcCCCTGGCTGGGGTATTCCGACTAAAGGC-A---GTAG--ACGC-----G------TA--GC--TTAG---------------AGCA----TGG-GA-CA-GGGAA-CCTGG
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gi|86003                      : cctgttccagCCCTGGCC------CCATGAC-AAAGCC-A---G-------GC----GA--C-GC-GCAGC--TTAG---------------AGCA----TGA-GA-CG-GGGAA-CCAGG
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gi|86006                      :           CCCTGGCC------TCCTGACTAAAGGC-A---GTAG--A-GC----cagtggatatac
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gi|86012                      :                                                     ctggttG--C-T-TACTGCCTTTAG--TCA-G------G-AGC------------CA-GGGGA-CCAG
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gi|86014                      :      ctggtCCCTGGCT------CC-TGACTAAAGGC-A---GTAA--G-AC-------------ACTG-----AG---CA-T------A-AGCA----CGG-GA-CA-GGGAA-CCAGG
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gi|86017                      :            CCTGGTC------CCCTGACTAAAGGA-C---GTGT--A-GC-----------CTA-----------------------G-AGCA----TGG-GA-CA-GGGAA-
gi|86018                      :            CCTGGCT------CCCTGACTAAAGGC-A---GTAG--A-GCCAAGTG------GATTACCTTGCGACTCG-GAACTTAG-AGCA----TGG-GA-CA-GGGAA-CC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|86015 ): GTCCCCTGGCTCCCGAATATTTAAAGGCATGTTGAGACCGCGGAGCATAATCATATGACAGGAACCAGG






Alignments
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Reference ( family-702 )      :           CCCTGGCT------CCCTGACTAAAGGC-A---GTAG--A-GC---G---C-CTAC-TGCCTTTAG--TCA-G------G-AG-CA----TGG-GA-CA---GGGAACCAGG
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gi|85999                      :    cctgttcCCCTGGAT------CCCTGACTAAAGGC-A---GTAG--A--C---G---C-GGA---GC--TTA--------------G-AG-CA----TGG-GA-CA---GGGAACCAGG
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gi|86001                      :             CTGACT------CCCTGAATAAAGGC-A---GTAG--A-G-----------TA---GC--TTA--------------G-AG-CA----TGG-AA-CAG--GGGAACCAGGagtagcttagagcatggaacaggggaaccagg
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|86015 ): GTCCCCTGGCTCCCGAATATTTAAAGGCATGTTGAGACCGCGGAGCATAATCATATGACAGGAACCAGG






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Reference ( family-702 )      :             CCCTGGCT------CCCTGA----CTAAAGGC-A---GTAG--A-GC-------G--C-TAC-----TG-C--TTTAG-CA---GGAGCATGGGACA-GGGAACCAGG
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Reference ( family-702 )      :             CCCTGGCT------CCCTGA----CTAAAGGC-A---GT--AG--A-GC-------G--C-TA--G-C--TTA---G-CA-----------GGAGCATGGGACA-GGGAACCAGG
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lowQualScore                  :                     ......  .   ....        . ...  ..  .. ...............................................           .          
lowQualScore                  :                     222222  9   9999        8 000  55  55 33333333333333333333333333333333333333333333333           2          
consensus                     :             CCCTGGCT------CCCTGA----CTAAAGGC-A---GT--AG--A-GC-------G--C-TA--G-C--TTA---G-CA-----------GGAGCATGGGACA-GGGAACCAGG
Reference ( family-702 )      :             CCCTGGCT------CCCTGA----CTAAAGGC-A---GT--AG--A-GC-------G--C-TA--G-C--TTA---G-CA-----------GGAGCATGGGACA-GGGAACCAGG
gi|85997                      :             CCCTGGCT------CC-TGA----CTAAAGGC-A---GT--AG--ACGC-------G----TA--G-C--TT-------------------GGAGCATGGGACA-GGGAACCAGG
gi|85998                      :      cctggtcCCCTGGCT------CC-TGA----CTAAAGGC-A---GT--AG--ACGC-------G----TA--G-C--TT-------------------GGAGCATGGGACA-GGGAACCAGG
gi|85999                      :      cctgttcCCCTGGAT------CCCTGA----CTAAAGGC-A---GT--AG--A--C-------G--CGGA--G-C--TTA-------------------GAGCATGGGACA-GGGAACCAGG
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gi|86005                      :      cctggtgCCCTGGCT------CC-TGA----CTAAAGGC-A---GT--AG--A-GC-------
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blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  GCTGCTCTACTGCCTTTAGTCAGGG                                 .
blockSeqs                     :                     .       A   .           . .    .   .  GCCTTGCGACGCGGAGCATAT                                     .
blockSeqs                     :                     .       A   .           . .    .   .  GCGGAGCATAGCAGA                                           .
blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  ACGTGGAACATAA                                             .
blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  CGCGTAGCTTGG                                              .
blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  CGCGGAGCTTAG                                              .
blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  CGCGTAGCTTAG                                              .
blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  CGCGCAGCTTAG                                              .
blockSeqs                     :                     .       T   .           . .    .   .  ACACTGAGCATA                                              .
blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  CCGCGGAGCATA                                              .
blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  GCGTAGCTTGG                                               .
blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  CACGAAGCAT                                                .
blockSeqs                     :                     .       C   .           . .    .   .  GTAGCTTAG                                                 .
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blockSeqs                     :                     .       .   .           . .    .   .  TAGCCTAG                                                  .
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blockSeqs                     :                     .       .   .           . .    .   .                                                             
blockSeqs                     :                     .       .   .           . .    .   .                                                             


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Reference ( family-702 )      :             CCCTGGCT------CCCTGA----CTAAAGGC-A---GT--AG--A-GC-------G--C-TA--G-C--TTA---G-CA-----------GGAGCATGGGACA-GGGAACCAGG
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