lowQualScore                  :       4444      9999 2   2 4444  22            2      33   4 4   9      999            
lowQualScore                  :       ....      .... .   . ....  ..            .      ..   . .   .      ...            
lowQualScore                  :       2222      0000 0   0 2222  88            0      11   4 4   8      666            
consensus                     : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
Reference ( gi|71828 )        : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAGAATGGC--ACACAGCCGAGTT
gi|71829                      : TAATTTATATTTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71830                      : TAATTT----TTACTATCTAG-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71831                      : TAATTT----TTATGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTACGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCC
gi|71833                      : TACTTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGCA-ACCCGGCCGATTT
gi|71832                      : TGATTT----TTACGA----G-GTG-AGTGACA--CCTCGTTATGTC-ATCGTC--CAG-C-ATAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71834                      : TGATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCATTATGTC-AG
gi|71835                      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGT
gi|71836                      :  AATTG----TTACGA----T-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCATAGCCGAGTT
gi|71837                      :  AATTT----TTACAA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-TGCGTC--CAG-T-GAA-AATGGC--GGACAGCCGATTT
gi|71838                      :  AATTT----TTACGATA--G-GTG-A----CAACCCTCGTTATGTCAAGCGGTAACAGCC-AAAAACTGGC--GCCCGGCGGATTT
gi|71839                      :   ATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CTCCGTTATTTC-AGCGTC--CAG-CAAAAAAATGGC--GCACAGCTGAGTT
gi|71840                      :   ATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CC---CTATGTC-A-CGTC--CAG-CAAAAAAATGGC--ACACAGCCGAGTT
gi|71841                      :   ATTT----TTACGA----G-ATG-A----CT--CCTCGTTATGTC-ATCA-C--CAG-T-ACAAAATGGA--GGACAACCAATTT
gi|71842                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-T-AAAAAATAGC--GCGCAGCCGAGTT
gi|71843                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAACTCGC--GCACAGCTGAGTT
gi|71844                      :    TTT----TTACGA----G-GTT-A----CA--CCTCGTTATATC-GGCGTC--TAG-C-TAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71845                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--ACCCGTTATGGC-AGCGTC--CAG-C-GAAAAATGGC--GTACAGCCGATTT
gi|71846                      :    TTT----TTACGAC---G-GTC-A-----A--CCT-GTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAA-AATGGTCGGCACAGCCGAGTT
gi|71847                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----TA--CCTCGTTATGTC-AG
gi|71848                      :      T----TTACTA----GAGTGGA----C---CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAGCC-AAAAAATGGG--GCACAGCCGGATT
gi|71849                      :                                     CTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGT--GCACAGCCGAGTT





Alignments
lowQualScore                  :       4444      8888 1   1 4444  22            1      22   4 4          55             
lowQualScore                  :       ....      .... .   . ....  ..            .      ..   . .          ..             
lowQualScore                  :       0000      6666 9   9 0000  66            9      99   2 2          00             
consensus                     : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
Reference ( family-700 )      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71828                      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAGAATGGC--ACACAGCCGAGTT
gi|71829                      : TAATTTATATTTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71830                      : TAATTT----TTACTATCTAG-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71831                      : TAATTT----TTATGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTACGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCC
gi|71832                      : TGATTT----TTACGA----G-GTG-AGTGACA--CCTCGTTATGTC-ATCGTC--CAG-C-ATAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71833                      : TACTTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGCA-ACCCGGCCGATTT
gi|71834                      : TGATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCATTATGTC-AG
gi|71835                      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGT
gi|71836                      :  AATTG----TTACGA----T-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCATAGCCGAGTT
gi|71837                      :  AATTT----TTACAA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-TGCGTC--CAG-T--GAAAATGGC--GGACAGCCGATTT
gi|71838                      :  AATTT----TTACGATA--G-GTG-A----CAACCCTCGTTATGTCAAGCGGTAACAGCC-AAAAACTGGC--GCCCGGCGGATTT
gi|71839                      :   ATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CTCCGTTATTTC-AGCGTC--CAG-CAAAAAAATGGC--GCACAGCTGAGTT
gi|71840                      :   ATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CC---CTATGTC-A-CGTC--CAG-CAAAAAAATGGC--ACACAGCCGAGTT
gi|71841                      :   ATTT----TTACGA----G-ATG-A----CT--CCTCGTTATGTC-ATCA-C--CAG-T-ACAAAATGGA--GGACAACCAATTT
gi|71842                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-T-AAAAAATAGC--GCGCAGCCGAGTT
gi|71843                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAACTCGC--GCACAGCTGAGTT
gi|71844                      :    TTT----TTACGA----G-GTT-A----CA--CCTCGTTATATC-GGCGTC--TAG-C-TAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71845                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--ACCCGTTATGGC-AGCGTC--CAG-C-GAAAAATGGC--GTACAGCCGATTT
gi|71846                      :    TTT----TTACGAC---G-GTC-A-----A--CCT-GTTATGTC-AGCGTC--CAG-C--AAAAATGGTCGGCACAGCCGAGTT
gi|71847                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----TA--CCTCGTTATGTC-AG
gi|71848                      :      T----TTACTA----GAGTGGA----C---CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAGCC-AAAAAATGGG--GCACAGCCGGATT
gi|71849                      :                                     CTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGT--GCACAGCCGAGTT





Alignments
lowQualScore                  :       4444      8888 1   1 4444  22            1      22   4 4          55             
lowQualScore                  :       ....      .... .   . ....  ..            .      ..   . .          ..             
lowQualScore                  :       0000      6666 9   9 0000  66            9      99   2 2          00             
consensus                     : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
Reference ( family-700 )      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71828                      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAGAATGGC--ACACAGCCGAGTT
gi|71829                      : TAATTTATATTTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71830                      : TAATTT----TTACTATCTAG-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71831                      : TAATTT----TTATGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTACGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCC
gi|71832                      : TGATTT----TTACGA----G-GTG-AGTGACA--CCTCGTTATGTC-ATCGTC--CAG-C-ATAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71833                      : TACTTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGCA-ACCCGGCCGATTT
gi|71834                      : TGATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCATTATGTC-AG
gi|71835                      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGT
gi|71836                      :  AATTG----TTACGA----T-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCATAGCCGAGTT
gi|71837                      :  AATTT----TTACAA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-TGCGTC--CAG-T--GAAAATGGC--GGACAGCCGATTT
gi|71838                      :  AATTT----TTACGATA--G-GTG-A----CAACCCTCGTTATGTCAAGCGGTAACAGCC-AAAAACTGGC--GCCCGGCGGATTT
gi|71839                      :   ATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CTCCGTTATTTC-AGCGTC--CAG-CAAAAAAATGGC--GCACAGCTGAGTT
gi|71840                      :   ATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CC---CTATGTC-A-CGTC--CAG-CAAAAAAATGGC--ACACAGCCGAGTT
gi|71841                      :   ATTT----TTACGA----G-ATG-A----CT--CCTCGTTATGTC-ATCA-C--CAG-T-ACAAAATGGA--GGACAACCAATTT
gi|71842                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-T-AAAAAATAGC--GCGCAGCCGAGTT
gi|71843                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAACTCGC--GCACAGCTGAGTT
gi|71844                      :    TTT----TTACGA----G-GTT-A----CA--CCTCGTTATATC-GGCGTC--TAG-C-TAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71845                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--ACCCGTTATGGC-AGCGTC--CAG-C-GAAAAATGGC--GTACAGCCGATTT
gi|71846                      :    TTT----TTACGAC---G-GTC-A-----A--CCT-GTTATGTC-AGCGTC--CAG-C--AAAAATGGTCGGCACAGCCGAGTT
gi|71847                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----TA--CCTCGTTATGTC-AG
gi|71848                      :      T----TTACTA----GAGTGGA----C---CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAGCC-AAAAAATGGG--GCACAGCCGGATT
gi|71849                      :                                     CTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGT--GCACAGCCGAGTT


blockSeqs                     :       ATAT      TCTA A   G GTGA  AC            A      AA   C A          CG
blockSeqs                     :       .         TA   .   . .     .             .      .    C A          A 
blockSeqs                     :       .         C    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .      .    . .          . 
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .                          
blockSeqs                     :       .         .    .   . .     .             .                          


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
finalCons                     : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT





Alignments
lowQualScore                  :       4444      8888 1   1 4444  22            1      22   4 4          55             
lowQualScore                  :       ....      .... .   . ....  ..            .      ..   . .          ..             
lowQualScore                  :       0000      6666 9   9 0000  66            9      99   2 2          00             
consensus                     : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
Reference ( family-700 )      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71828                      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAGAATGGC--ACACAGCCGAGTT
gi|71829                      : TAATTTATATTTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71830                      : TAATTT----TTACTATCTAG-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71831                      : TAATTT----TTATGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTACGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCACAGCC
gi|71832                      : TGATTT----TTACGA----G-GTG-AGTGACA--CCTCGTTATGTC-ATCGTC--CAG-C-ATAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71833                      : TACTTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGCA-ACCCGGCCGATTT
gi|71834                      : TGATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCATTATGTC-AG
gi|71835                      : TAATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGT
gi|71836                      :  AATTG----TTACGA----T-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGC--GCATAGCCGAGTT
gi|71837                      :  AATTT----TTACAA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-TGCGTC--CAG-T--GAAAATGGC--GGACAGCCGATTT
gi|71838                      :  AATTT----TTACGATA--G-GTG-A----CAACCCTCGTTATGTCAAGCGGTAACAGCC-AAAAACTGGC--GCCCGGCGGATTT
gi|71839                      :   ATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CTCCGTTATTTC-AGCGTC--CAG-CAAAAAAATGGC--GCACAGCTGAGTT
gi|71840                      :   ATTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CC---CTATGTC-A-CGTC--CAG-CAAAAAAATGGC--ACACAGCCGAGTT
gi|71841                      :   ATTT----TTACGA----G-ATG-A----CT--CCTCGTTATGTC-ATCA-C--CAG-T-ACAAAATGGA--GGACAACCAATTT
gi|71842                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-T-AAAAAATAGC--GCGCAGCCGAGTT
gi|71843                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAACTCGC--GCACAGCTGAGTT
gi|71844                      :    TTT----TTACGA----G-GTT-A----CA--CCTCGTTATATC-GGCGTC--TAG-C-TAAAAATGGC--GCACAGCCGAGTT
gi|71845                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----CA--ACCCGTTATGGC-AGCGTC--CAG-C-GAAAAATGGC--GTACAGCCGATTT
gi|71846                      :    TTT----TTACGAC---G-GTC-A-----A--CCT-GTTATGTC-AGCGTC--CAG-C--AAAAATGGTCGGCACAGCCGAGTT
gi|71847                      :    TTT----TTACGA----G-GTG-A----TA--CCTCGTTATGTC-AG
gi|71848                      :      T----TTACTA----GAGTGGA----C---CCTCGTTATGTC-AGCGTC--CAGCC-AAAAAATGGG--GCACAGCCGGATT
gi|71849                      :                                     CTCGTTATGTC-AGCGTC--CAG-C-AAAAAATGGT--GCACAGCCGAGTT